Cour 4 - LCQB

Introduction*à*la*bio-informatique*(3I019)*
1*
3I019&:&Cour&4&
Introduction à linux et python pour l’analyse de séquences
&
&
&
&
&
&
Responsables.*Hugues*Richard*([email protected])*et*Juliana*Silva-Bernardes*
([email protected]).&
Enseignant&cours.&Juliana*Silva-Bernardes.&
* *

Introduction*à*la*bio-informatique*(3I019)*
2*
*
Linux&
*
*
Lister le contenu d'un dossier
ls liste le dossier de travail courant
ls -l dossier liste au format détaillé le dossier dossier
Par exemple :
*
ls –l
-rw-r--r--@ 1 julianab staff 12310392 Feb 1 15:03 Saccharomyces.cerevisiae.genome
*
*
Besoin d'aide : La commande man
La plupart des commandes ont une page de manuel qui donne une description de leurs utilisations plus ou moins
détaillées, parfois utiles, parfois obscures. Certains disent qu'elles ont été appelées "man pages", parce qu'elles ne
s'adressent qu'aux vrais Hommes.
Exemple: man ls
Déplacer, renommer et copier des fichiers
• Copier un fichier
cp#fichier_source#fichier_destination##
• Copier un dossier
cp#-r#dossier_source#dossier_destination##
• Déplacer ou renommer un fichier
mv#fichier1#nouveau_nom_fichier1#
• Supprimer un fichier (ou une liste de fichiers)
rm#fichier1#[fichier2#…]##
• Supprimer un dossier et tous ses sous-dossiers, à manier avec précaution
rm#-r#dossier1#[dossier2…]
• Créer un dossier
mkdir#dossier1#[dossier2…]##
• supprime un dossier vide
rmdir#dossier1#[dossier2…]## #

Introduction*à*la*bio-informatique*(3I019)*
3*
Visualiser et éditer les fichiers
• affiche le contenu du fichier à l'écran
cat#fichier
• affiche progressivement un fichier à l'écran : Entrer = descend d'une ligne,
Espace = descend d'une page, q = quitte
more#fichier##
• comme more, mais on peut utiliser la touche Page Précédente. Pas disponible
sur tous les systèmes.
less#fichier##
• éditer un fichier avec l'éditeur nano. CtrlX pour savegarder le fichierTous.
nano#fichier##
• affiche par défaut les 10 premières lignes d'un fichier
head#fichier##
• affiche les N premières lignes d'un fichier
head#-n{N}#fichier##
• affiche par default les 10 dernières lignes d'un fichier
tail#fichier## #
• affiche les N dernières lignes d'un fichier
tail#-n{N}#fichier##
Comparaison du contenu de deux fichiers avec diff
La commande diff permet de voir la différence entre deux fichiers. Nous avons deux fichiers version1 et
version2, voici un exemple de comment les comparer.
version1
1
2
4
version2
1
2
3
4
$ diff version1 version2
2a3
> 3
Ici, la commande nous indique que après la deuxieme ligne du premier fichier nous devons incrusté la ligne 3 du
deuxieme fichier.
version1
1
2
4
6
version2
1
2
3
4

Introduction*à*la*bio-informatique*(3I019)*
4*
$ diff version1 version2
2a3
> 3
4d4
< 6
2a3 nous indique que après la deuxieme ligne du premier fichier nous devons incrusté la troisieme ligne du
deuxieme fichier.
4d4 nous indique que la ligne 4 du premier fichier doit être supprimés, car elle n'exist pas derrière la ligne 4 du
second.
Pipes
Le symbole tube ("pipe") "|" est utilisé pour rediriger la sortie d'une commande vers une autre.
Par exemple :
ls -l | more
Cette commande prend la sortie du listage au format long des fichiers dans un répertoire produit par "ls -l" et la
redirige vers la commande "more" (aussi appelé filtre). Dans ce cas, une très longue liste de fichier peut être vue
page par page.
Trouvez plus de detais sur les commades unix dans le liens ci-dessous
- http://www.epons.org/commandes-base-linux.php
- https://buzut.fr/101-commandes-indispensables-sous-linux/
*
Python&
*
*
Python Strings
Les chaines de caractères sont des listes de caractères. On parle de chaine car les caractère se suive et chaque
caractère a sa place comme les maillons d'une chaine. Il est ainsi possible de faire apparaitre plusieurs fois le
même caractère dans une chaine.
>>> dna = 'CTGACCACTTTACGAGGTTAGC'
Nous pouvons donc utiliser certaines propriétés des listes comme les tranches :
>>> dna[0] 'C'
>>> dna[1] 'T'
>>> dna[2] 'G'
>>> dna[3] 'A'
A contrario des listes, les chaînes de caractères présentent toutefois une différence notable, ce sont des listes non
modifiables. Une fois définie, vous ne pouvez plus modifier un de ses éléments. Le cas échéant, Python renvoie
un message d'erreur :
>>> dna[22] = 'C'
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>

Introduction*à*la*bio-informatique*(3I019)*
5*
TypeError: 'str' object does not support item assignment
>>>
Python Functions
Il exist plusieur fonctions associée aux chaînes de caractères qui est particulièrement pratique. Par exemple:
>>> dna.lower()
'ctgaccactttacgaggttagc'
>>> rna = dna.replace('T', 'U')
>>> rna
'CUGACCACUUUACGAGGUUAGC'
La fonction split() découpe la ligne en champs, en utilisant comme séparateur les espaces ou les tabulations. Il
est possible de modifier le séparateur de champs, par exemple :
>>> dna = 'CTG ACC ACT TTA CGA GGT TAG'
>>> dna.split()
['CTG', 'ACC', 'ACT', 'TTA', 'CGA', 'GGT', 'TAG']
La fonction find() recherche une chaîne de caractères passée en argument.
>>> dna = 'CTGACCACTTTACGAGGTTAGC'
>>> dna.find('TTT')
8
Enfin, la fonction count() compte le nombre d'occurences d'une chaîne de caractères passée en argument :
>>> dna.count('TT')
2
Python Lists
Les listes (ou list / array) en python sont une variable dans laquelle on peut mettre plusieurs variables..
>>> bases = ['A', 'C', 'G', 'T']
>>> bases.append('U')
>>> bases
['A', 'C', 'G', 'T', 'U']
>>> bases.reverse()
>>> bases
['U', 'T', 'G', 'C', 'A']
>>> bases[0]
'U'
>>> bases[1]
'T'
>>> bases.remove('U')
>>> bases
['T', 'G', 'C', 'A']
>>> bases.sort()
>>> bases
['A', 'C', 'G', 'T']
Fonctions définies par l'utilisateur
Voici le processus pour créer votre propre fonction en Python. La première ligne commence par le mot-clé def,
est suivi du nom de la fonction et de tous les arguments (valeurs d'entrée attendues) entourés de parenthèses, et