Titre : La séroprévalence du virus de l`hépatite C en Afrique : une

UNIVERSITE PARIS-EST CRETEIL
FACULTE DE MEDECINE DE CRETEIL
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Année 2016 N°
THESE
POUR LE DIPLOME D’ETAT
DE DOCTEUR EN MEDECINE
Discipline : Santé Publique et Médecine sociale
présentée et soutenue publiquement le 6 avril 2016
à l’Université Pierre et Marie Curie, site de Saint-Antoine, Paris
par
Julien RIOU
né le 7 juin 1987 à Montpellier (Hérault)
Titre : La séroprévalence du virus de
l’hépatite C en Afrique : une revue systématique
avec méta-analyse
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PRESIDENT DE THESE LE CONSERVATEUR DE LA
PR. PIERRE-MARIE GIRARD BIBLIOTHEQUE UNIVERSITAIRE
DIRECTEUR DE THESE
PR. ARNAUD FONTANET
Signature du Cachet de la bibliothèque
Président de thèse universitaire

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Je dédie cette thèse à mes quatre grands-parents, Laure et René, Odile et feu
Jack, en souvenir de leur chaleur, de leur dévouement et des moments partagés.

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Remerciements
Cette thèse a été réalisée à l’Unité d’Epidémiologie des Maladies Emergentes de
l’Institut Pasteur de Paris. Je tiens à remercier chaleureusement l’ensemble des
personnes qui ont participé à cette étude, en premier lieu Arnaud Fontanet qui a
su diriger et orienter ce travail de manière précise et bienveillante, Mohand Aït
Ahmed qui a été un excellent compagnon sur le terrain et a toujours fait preuve
de courage et d’abnégation devant les tâches ingrates, Alexandre Blake qui a
partagé le fardeau de la revue systématique avec entrain, et Pierre-Yves Boëlle
qui a découvert et m’a patiemment expliqué la méthodologie à suivre pour
parvenir aux résultats.
J’aimerais aussi remercier l’ensemble des personnes qui ont partagé leur temps,
leurs connaissances scientifiques et techniques, et leur expérience du terrain avec
nous, en particulier Serge Eholié qui nous a invité à rencontrer de nombreux
acteurs des maladies infectieuses en Afrique de l’Ouest lors d’un séminaire au
Bénin en 2013, et Pierre-Marie Girard et Karine Lacombe qui nous ont introduit
à de nombreux médecins Africains. L’ensemble des personnes ayant contribué à
la collecte des données est détaillé dans l’annexe 5.
Je remercie enfin les personnes qui ont accepté de donner de leur temps pour
participer au jury de cette thèse, Pierre-Marie Girard (PU-PH, Université Pierre
et Marie Curie), Olivier Bouchaud (PU-PH, IMEA/Université Paris 13), Jean-
Claude Desenclos (Directeur scientifique de l'Institut de Veille Sanitaire), Karine
Lacombe (MCU-PH, Université Pierre et Marie Curie) et Gilles Raguin
(Directeur général du GIP Esther).

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Table des matières
Remerciements!............................................................................................................!3!
Table des matières!......................................................................................................!4!
Table des figures!.........................................................................................................!6!
Liste des tableaux!.......................................................................................................!7!
Abréviations et acronymes!.......................................................................................!8!
Introduction! !...............................................................................................................!9!
Partie 1.!Problématiques et éléments de contexte!..........................................!11!
1.1!Les origines de la pandémie de VHC!..............................................!11!
1.1.1!Les méthodes de l’épidémiologie historique!.........................................!11!
1.1.2!Les deux niveaux de diversité génétique du VHC!..............................!12!
1.1.3!La globalisation de l’épidémie du VHC au XXème siècle!..................!14!
1.1.4!La circulation endémique ancienne du VHC!.......................................!21!
1.1.5!L’origine de l’infection chez l’humain!....................................................!23!
1.2!Le VHC en Afrique aujourd’hui!.......................................................!24!
1.2.1!La transmission du VHC sur le continent Africain!............................!24!
1.2.2!Nouveaux traitements et accès!...............................................................!26!
1.2.3!Informations disponibles sur la prévalence du virus de l’hépatite C
en Afrique!......................................................................................................................!27!
1.3!Conclusion!..............................................................................................!30!
Partie 2. La séroprévalence du virus de l’hépatite C en Afrique : une
revue systématique avec méta-analyse!..............................................................!32!
2.1!Introduction!...........................................................................................!32!
2.2!Matériels et méthodes!.........................................................................!33!
2.2.1!Revue de la littérature!.............................................................................!33!
2.2.2!Sélection des études pertinentes!............................................................!34!
2.2.3!Extraction des informations!....................................................................!36!
2.2.4!Méta-analyse!..............................................................................................!36!
2.2.5!Analyses de sensibilité!.............................................................................!38!
2.3!Résultats!..................................................................................................!38!
2.3.1!Résultats de la revue systématique!.......................................................!38!
2.3.2!Résultats de la méta-analyse!..................................................................!41!
2.4!Discussion!...............................................................................................!48!
2.4.1!Mise en perspective des résultats principaux!.....................................!48!
2.4.2!Différences avec les estimations antérieures!......................................!49!
2.4.3!Limites!.........................................................................................................!51!
2.5!Conclusion!..............................................................................................!53!

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Références!...................................................................................................................!54!
Annexe 1. Liste des points utilisés pour l’estimation de la séroprévalence
du VHC par pays!........................................................................................................!67!
Annexe 2. Détails supplémentaires concernant l’analyse statistique!......!71!
Annexe 3. Analyses de sensibilité!.........................................................................!78!
Annexe 4. Questionnaire utilisé pour le recueil des informations auprès
des praticiens locaux!...............................................................................................!81!
Annexe 5. Contributeurs!.........................................................................................!83!