Master Ecosciences, Microbiologie PROPOSITION SUJET

MasterEcosciences,Microbiologie
ParcoursRecherche«EcologieMicrobienne»
BâtimentDubois–2èmeétage
UniversitéClaudeBernardLyon1
69622–VILLEURBANNECEDEX
Tel:0472431377
E‐mail:master2.ecomi@univ‐lyon1.fr
http://spiral.univ‐lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm
PROPOSITIONSUJETdeMASTER2014‐2015
TITRE:Caractérisationdevoiesmétaboliquesimpliquéesdansladégradationdescomposés
végétauxlorsdel’infectiondeplantesparlabactériephytopathogèneDickeyadadantii
Nom,PrénomduMaitredeStage: COTTE‐PATTATNicole
Qualité:DirecteurdeRechercheCNRS
Téléphone:0472431553  E‐mail:nicole.cotte‐pattat@insa‐lyon.fr
Laboratoired’accueil,Responsableetéquipe:UMR5240Microbiologie,Adaptation&Pathogénie‐
EquipeVirulenceetinteractionschezlesbactériesphytopathogènes
Adresse: 
UMR5240CNRS‐UCB‐INSA‐Bayer
DomaineScientifiquedelaDoua,BâtimentAndréLWOFF,
10rueRaphaëlDubois
69622VilleurbanneCedexFRANCE
Nomducandidatéventuellementproposé:
S'iln'estpasretenu,acceptez‐vousunautrecandidat?   Oui‐Non
Descriptiondusujetauverso

Sujet(objectif,démarcheettechnique,collaboration(s),...):
LabactériephytopathogèneDickeyadadantii(exErwiniachrysanthemi),estunbonmodèlepourl’étude
desfonctionsimpliquéesdansl’interactionplantes‐bactéries.Cesbactériesprésententpeudespécificité
d’hôteetsontresponsablesdepourrituressurdenombreuxvégétaux.Lafortemultiplicationdes
bactériesdanslaplantenécessitel’assimilationdenombreuxcomposésvégétaux.Lacaractérisationdes
substancesnutritivesdisponiblesetdesvoiesmétaboliquesimpliquéesrestentdesaspectsmalexplorés
delapathogenèse.Enplusdeleurrôlelanutrition,lesmétabolitesforméspeuventagircommesignaux
decommunicationentrelabactérieetsonhôte,influençantl’issuedel’infection.
Nousnousintéressonsparticulièrementauxmétabolismesetmétabolitescarbonés,sucresouacides
organiques.L’établissementdesprofilsmétaboliquesdeplantesinfectéesparDickeyadadantii
(collaborationavecleCEAdeGrenoble)arévélélaprésencedenombreusesmoléculesvégétalesdontla
concentrationvarieaucoursdel’infection(moléculesdégradéesouproduitesparlesbactéries).
L’analysedugénomedeDickeyadadantiipermetdesélectionnerlesgènespotentiellementimpliqués
danslesvoiesmétaboliquescorrespondantes.Cesgènesserontinactivésparuneméthodedegénétique
inverse,impliquantl’amplificationdesgènesparPCR,leurclonagepuisl’insertiond’unecassette
d’inactivationdansunsitederestrictionsituédanscegène.AprèsobtentiondesmutantsdeDickeya
dadantii,diversphénotypesserontanalysés,enparticulierleurcroissancesurdifférentssubstrats,leur
virulenceainsiquel’expressiondesgènesenprésenced’extraitsvégétaux.
Lacomplémentaritédecesapprochesdemicrobiologie,génétiqueetbiologiemoléculairepermet
d’aborderd’unefaçoninnovantelacompréhensiondesmodificationsmétaboliquesayantlieuaucours
del’infection.Cetteapprochepeutrévélerdesvoiesmétaboliquesessentiellesencoreignoréesainsique
desmétabolitesjouantunrôledansledialoguemoléculaireentrelaplanteetlepathogène.
Quelquesréférencesrécentes:
EffantinG.,C.Rivasseau,M.Gromova,R.Bligny,N.Hugouvieux‐Cotte‐Pattat.(2011)Massive
productionofbutanediolduringinfectionbyphytopathogenicbacteriaofthegeneraDickeyaand
Pectobacterium.MolecularMicrobiology82:988‐997.
GlasnerJ.D.,C.‐H.Yang,S.Reverchon,N.Hugouvieux‐Cotte‐Pattat,G.Condemine,etal.(2011)
Genomesequenceoftheplant‐pathogenicbacteriumDickeyadadantii3937.JournalofBacteriology193:
2076‐2077.
HassanS.,N.Hugouvieux‐Cotte‐Pattat(2011)IdentificationoftwoferuloylesterasesinDickeya
dadantii3937andinductionbyferulicacidofthemajorferuloylesteraseandofpectatelyases.Journal
ofBacteriology193:963‐970.
CharkowskiA,BlancoC,GCondemine,DExpert,TFranza,CHayes,NHugouvieux‐Cotte‐Pattat,
etal(2012)TheroleofsecretionsystemsandsmallmoleculesinsoftrotEnterobacteriaceae
pathogenicity.AnnualReviewofPhytopathology50:425‐449.
Charaoui‐BoukerzazaS.,Hugouvieux‐Cotte‐PattatN.(2013)Afamily3glycosylhydrolaseof
Dickeyadadantii3937isinvolvedinthecleavageofaromaticglucosides.Microbiology159,2395–2404.
HassanS.,ShevchikV.E.,RobertX.,Hugouvieux‐Cotte‐PattatN.(2013)PelNisanewpectate
lyaseofDickeyadadantii3937withunusualcharacteristics.JournalofBacteriology195:2197‐2206.