Algorithmes sur les mots (séquences)

Algorithmes sur les mots (séquences)
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Introduction
Algorithmes sur les mots (textes, séquences, chaines
de caractères)
Nombreuses applications :
P bases de données bibliographiques
P bioinformatique (séquences de biomolécules)
P sécurité informatique
Livres :
P M.Crochemore, C.Hancart, T.Lecroq, Algorithmique du
texte, Vuibert 2001
http://igm.univ-mlv.fr/~mac/CHL/CHL.html
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Recherche d’un motif dans un texte
T[1..n] texte
P[1..m] motif
Tâche : localiser toutes les occurrences de P dans T
(variantes : vérifier si P apparait dans T, compte le
nombre d’occurrences)
Algorithme naïf : O(nm)
T=aaaaaa…aa=an
P=aa…ab=am-1b�
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Recherche d’un motif dans un texte
a b a b a a a b a b a a b a …�
a b a a b�
T =
P =

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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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P =

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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =

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Recherche d’un motif dans un texte
a b a b a a a b a b a a b a …�
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
P =
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Recherche d’un motif dans un texte
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Recherche d’un motif dans un texte
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T =
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Recherche d’un motif dans un texte
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Recherche d’un motif dans un texte
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Recherche d’un motif dans un texte
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Recherche d’un motif dans un texte
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a b a a b�
T =
P =