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Introduction à UNIX
Patrick Fuchs
Institut Jacques Monod
Université Paris Diderot
[email protected]
M1BI, M2BI, M2ISDD Septembre 2014 Où ? Qui ? Quand ?
• Adresse web : http://didel.script.univ-paris-
diderot.fr/claroline/course/index.php?cid=33OEB1
• Lieu: PRG (Halle aux Farines, Lamarck)
– cf emploi du temps !
• Enseignants :
– Cours : Patrick Fuchs
– TP : Amélie Bacle, Caroline Sénac, Thibault Tubiana,
Patrick Fuchs
– Contributeurs Cours / TP : Patrick Fuchs, Pierre
Poulain, Denis Mestivier
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PLAN
1. Introduction
2. Première session
3. Gestion et manipulation des fichiers
4. Quelques outils Unix courants
5. Fichiers et flux
6. Archivage des données
7. Gestion des processus
8. Quelques bases d'Unix avancé
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PLAN
1. Introduction
• système d'exploitation
• caractéristiques et fonctionnement d'UNIX
• historique d'UNIX
2. Commandes de base
3. Gestion et manipulation des fichiers
4. Quelques outils Unix courants
5. Fichiers et flux
6. Archivage des données
7. Gestion des processus
8. Quelques bases d'Unix avancé
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Système d'exploitation
• Définition : programme assurant la gestion de
l'ordinateur et de ses périphériques. Il sert
d'interface entre l'utilisateur et le matériel.
Rq : on utilise souvent le sigle OS pour "Operating System"
• Exemple : Windows, Unix, Mac OSX, Be OS,
MS-DOS, Linux…
Matériel Système
d'exploitation Utilisateur(s)
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Caractéristiques d'UNIX
• UNIX est un Système d'exploitation :
–multi-utilisateurs
–multi-tâches
– multi-plate-formes (c'est-à-dire portable) : IBM, SUN, HP, IRIX
(Silicon Graphics)… et maintenant sur PC avec Linux
– qui gère la répartition des ressources (mémoire, processeur et
espace disque)
etc…
• Mais aussi il est :
– orienté réseau (e.g. partage de fichiers sur une machine distante :
NFS…)
– très utilisé en développement et en recherche
–très stable
etc…
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Fonctionnenent de base d'UNIX
Matériel
Noyau
Shell
Utilisateurs
= Processeur, mémoire, disque dur, lecteur de
CDROM, écran, clavier…
le noyau UNIX est chargé en mémoire lors du
démarrage de l'ordinateur; il alloue les
ressources mémoire et processeur, gère le
stockage des fichiers…
Unix est un système d'exploitation qui fonctionne par
couches (ici seule une petite partie vous en est montrée):
système UNIX
le shell envoie des appels au noyau en
fonction des requêtes de(s) (l')utilisateurs
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Historique d'UNIX:
naissance de Linux
Linux
(Linus
Thorvald)
première
version
d'UNIX
développée
par Ken
Thompson
(Bell Labs) BSD pour Berkeley
Software Design
1998
1995
1990
1985
1980
1975
1970
Minix (Vrije
Universiteit
Amsterdam)
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Historique d’Unix (plus à jour)
source http://fr.wikipedia.org/wiki/UNIX
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Distributions Linux
• Redhat
• Fedora
• Mandriva
• Debian
• Ubuntu version conseillée pour débuter
• Suse
• Slackware
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Importance d’Unix en Bioinfo
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Dudley & Butte, PLOS Comp. Biol., 2009
PLAN
1. Introduction
2. Première session
• gestion des utilisateurs
• se connecter
• notion de shell Unix
• quelques commandes de base
3. Gestion et manipulation des fichiers
4. Quelques outils Unix courants
5. Fichiers et flux
6. Archivage des données
7. Gestion des processus
8. Quelques bases d'Unix avancé
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Les Utilisateurs
• Unix est multi-utilisateurs
nécessité d'avoir un nom particulier aux yeux du système ("login") ainsi
qu'un mot de passe pour la sécurité
• 2 types d'utilisateurs
– l'utilisateur "root" : super utilisateur -> possède tous les droits sur la
machine
– les autres utilisateurs (possèdent des droits restreints)
• Chaque utilisateur est caractérisé par :
– un nom ("login") et un numéro d'utilisateur ("UID")
– un groupe et un numéro de groupe ("GID")
– un mot de passe ("passwd")
– un type de shell (= intérpréteur de commandes)
– un répertoire utilisateur qui lui appartient ("home directory")
(Rq : toutes ces informations sont stockées dans le fichier /etc/passwd)
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Première Connexion
Saisie du nom
d'utilisateur
(login) et du mot
de passe (passwd)
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Salles info Lamarck : Ubuntu 12.04
L'environnement X-Window ou X11
(XFree86 = version libre)
Sous Ubuntu 12.04 on arrive sous l'environnement Unity (successeur de
gnome) = interface graphique permettant le multi-fenêtrage (X-Window)
barre
de menu
moteur de
recherche (possibilité
d’y déposer
des icônes)
barre de
tâches
bureau
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pour quitter
la session
Déconnexion de la session X-Window
Nécessité de se déconnecter à la fin d'une session
(selon les systèmes):
Cliquer en haut à droite dans la barre de menu
puis "Fermer la session" (ou "Log out")
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Déconnexion de la session X-Window
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Notion de shell
Le shell est un programme qui va faire le lien entre
le noyau UNIX et l'utilisateur
= interpréteur de commandes interactif
invite ("prompt")
le shell est prêt à recevoir
des commandes rentrées
au clavier
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Terminal
Terminal = fenêtre permettant de piloter un shell
Unix
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Notion de shell (2)
• Ouverture du shell (sous X-Window) :
– cliquer sur l'icône Terminal (=fenêtre pilotant un shell)
• A ce point le shell peut recevoir des commandes :
– exemples :
date : affiche la date
cal : affiche le calendrier du mois en cours
• Fermeture du shell :
– commande exit
– Ctrl-D
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