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Maîtrise de Biologie Informatique
Université Paris 7 - Denis Diderot
Rapport de stage de maîtrise
Charles Hébert
Contrôle qualité des puces à ADN :
Mise en œuvre d’une stratégie d’analyse des réplicats
intra lame en utilisant les réseaux bayesiens
Stage réalisé sous la direction de :
Pr. Claude Jacq Gaëlle Lelandais
Équipe de Génétique Moléculaire de la Levure
CNRS UMR 8541
Département de Biologie
École Normale Supérieure
46, rue d’Ulm, 75230 Paris Cedex 05
Année universitaire 2003-2004

R
RE
EM ME ER RC CI IE EM ME EN NT TS S
Je souhaite remercier Claude Jacq pour m’avoir accueilli au sein du laboratoire de génétique
moléculaire de l’ENS, pour m’avoir permis de m’initier à la technologie des puces à ADN.
Je tiens à remercier Gaëlle Lelandais pour l’attention qu’elle m’a accordée tout au long de ce stage, ses
idées, pour sa disponibilité, ses conseils et son soutien.
J’adresse un remerciement particulier à l’équipe de la plate-forme puce à ADN de l’ENS, Sophie
Lemoine, Véronique Tanty, Laurent Jourdren pour leurs explications, conseils et aide à la réalisation
de ce stage.
Merci à Vivienne Fardeau, pour les données de puces utilisées dans cette étude et pour son regard
d’expert des puces.
Merci à Édouard Bray pour son assistance technique qui a grandement facilité mon stage.
Merci à Frédéric Devaux et Stéphane Le Crom, pour leur aide et les échanges critiques que nous avons
eus.
Enfin, merci à toute l’équipe du laboratoire de génétique moléculaire, pour leur accueil chaleureux
dans le laboratoire.
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R
RÉ
ÉS SU UM MÉ É
Les puces à ADN produites par l’ENS sont constituées de deux blocs. Chaque bloc porte l’intégralité
des 6000 ORFs de la levure, un gène est donc présent deux fois (deux spots) sur une même puce, ce
sont les réplicats. La mesure de l’expression d’un gène correspond à la compilation des valeurs de
ratios Cy5/Cy3 de ces réplicats. Lorsque ces deux ratios sont très différents, l’usage veut que la valeur
compilée soit éliminée. Nous présentons une analyse de la variabilité des réplicats intra lame.
Nous exposons une méthodologie permettant de conserver une partie de l’information. Cette
conservation est réalisée grâce à l’utilisation d’un apprentissage supervisé permettant de sélectionner
la valeur la plus cohérente et d’éliminer la seconde. L’apprentissage est fondé sur l’utilisation des
réseaux bayesiens appliqués aux qualités physiques des spots de la lame.
M
MO
OT TS S C
CL
LE EF FS S
: :
Puces à ADN, Contrôle qualité, Spot, Réplicat, Réseau bayesien, Apprentissage supervisé.
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