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COURS DCEM1 – PARIS 7
Les infections virales émergentes
Faculté de Médecine Diderot – Paris VII
– Professeur François SIMON
Plan
• L’épidémiologie et les causes des émergences virales
• La nature des virus
• Exemples d’émergences virales dans les différents continents
• La prévention et les perspectives
I- Le terme de « maladie émergente d’origine virale » recouvre plusieurs
définitions :
 Est considérée comme émergence virale chez l’Homme, l’apparition dans
l’espèce humaine d’un nouveau virus. Les virus du SIDA et du SRAS sont des
exemples. On peut considérer comme maladies virales émergentes celles liées à
des virus inconnus et révélées à l’occasion de conditions pathologiques
particulières telles l’immunodépression acquise ou induite par des
thérapeutiques.
On appellera virus ré-émergent, un virus déjà identifié, qui s’est manifesté
dans le passé et qui va réapparaître de façon épidémique. Les virus de la fièvre
jaune ou de la variole du singe sont des exemples. Les ré-émergences sont liées
le plus souvent à des modifications épidémiologiques, comme la disparition de
l’immunité croisée chez des sujets où des modifications écologiques telles les
pullulations de vecteurs comme les moustiques ou les tiques transmettant les
viroses.
Les épidémies virales ont été fréquentes de par le passé, essentiellement
lors de la mise en contact de populations immunologiquement naïves avec ces
pathogènes comme ce fut le cas pour la fièvre jaune et la variole dans le nouveau
monde ou pour la diffusion de la dengue à l’ensemble des régions sous
tropicales. Au début du 20ème siècle, la grippe Espagnole a été responsable d’une
pandémie meurtrière et les épidémies de poliomyélite en Europe avant la
systématisation de la vaccination ont laissé de lourdes séquelles.
 De très nombreuses viroses avec des conséquences épidémiologiques
majeures ont été caractérisées lors des dernières décennies, au premier rang
desquelles les virus VIH et les virus des hépatites C et E responsables

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d’épidémies majeures. C’est dans les régions tropicales d’Afrique et d’Asie qu’ont
été identifiés de nouveaux pathogènes comme les virus responsables des fièvres
Ebola et de Lassa.
 L’émergence ou la réémergence de nouveaux germes au 20ème et 21ème
siècle, et particulièrement de virus, illustre les thèses de Charles Nicolle, Prix
Nobel de Médecine en 1928, qui prophétisait : « Il y aura donc des maladies
nouvelles. C’est un fait fatal, elles apparaîtront comme Athéna sortant toute
armée du cerveau de Zeus. Il faut se résigner à l’ignorance des premiers cas qui
seront méconnus, confondus avec des maladies existantes ».
 L’émergence d’un pathogène et sa diffusion nécessitent une somme de
différents événements. La croissance de la population humaine augmente avec les
modifications écologiques de déforestation et de modification climatique. Ces
altérations des contacts entre l’homme et la nature permettent l’émergence de
pathogènes dont la diffusion est accélérée par la fréquence des voyages
intercontinentaux. La surpopulation urbaine et les conditions socio-économiques
dans de nombreux pays aux conditions d’hygiène insuffisantes favorisent la
circulation des pathogènes.
 Lors de l’émergence d’un nouveau pathogène, on retrouve souvent la
notion de zoonose, c'est-à-dire du passage de pathogènes qui vont
accidentellement franchir la barrière d’espèce et infecter l’homme. L’homme est
contaminé directement par proximité avec des animaux réservoirs de la maladie
(rongeurs, animaux de bétail), ou par l’intermédiaire de vecteurs (tiques,
moustiques). Ce mécanisme suit généralement les modifications de
l’environnement et/ou du climat entrainant la pullulation des hôtes
intermédiaires, et des vecteurs de la maladie. La proximité accrue entre l’homme
et l’animal, ainsi que les habitudes culturelles ou culinaires, favorisent les
contacts et les risques de passage.
L’exemple du SRAS illustre bien ce risque. En Chine, les marchés offrent
une grande variété d’animaux sauvages et domestiques à des fins de
consommation humaine. Ces animaux sont vendus vivants afin de garantir leur
fraîcheur… A l’origine le coronavirus du SRAS était un virus de chauve souris qui
a été accidentellement transmis à des civettes (sortes de chat) sur ces marchés
et qui après quelques adaptations génétiques mineures a pu infecter l’homme.
Les densités de populations dans les zones urbaines ou périurbaines ont alors
permis une amplification de la maladie chez l’homme à l’origine d’une véritable
épidémie.
 Ce passage de virus entre les espèces peut avoir des conséquences
majeures dans l’espace et dans le temps. Le passage des VIH entre les

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chimpanzés et l’homme s’est traduit par une épidémie mondiale grâce à une
transmission interhumaine sexuelle et sanguine. Inversement, de nombreuses
maladies émergentes restent liées à l’écologie des vecteurs, les zones d’endémies
des moustiques et des différents rongeurs correspondant à des biotopes bien
particuliers.
 Un exemple de modification climatique et d’émergence virale peut être
celui de l’épidémie de la fièvre de la Vallée du Rift en 2006. Des pluies très
abondantes ont été mises en évidence par les satellites d’observations et se sont
traduites par une pullulation des moustiques qui a entraîné une épidémie chez les
bovins avec secondairement des transmissions à l’homme.
 Pour résumer, les principaux déterminants de l’émergence virale sont :
1. La taille de la population, et sa densité (urbanisation)
2. La mobilité des personnes (échanges rapides - avion)
3. L’hygiène insuffisante
4. La modification de l’environnement avec :
- des pullulations vectorielles, soit de type insectes ou rongeurs
favorisant la circulation virale,
- la promiscuité entre l’homme et l’animal illustrée avec l’épidémie de
SRAS (porc, singe, chauve souris, civette…)
- les grands travaux, notamment dans les régions intertropicales,
comme les barrages, favorisant la pullulation des moustiques,
- enfin le réchauffement climatique agissant sur la diffusion des
vecteurs et certains moustiques, initialement réduits à une zone
purement intertropicale, et susceptibles de coloniser d’autres
régions
5. Le développement de l’industrie agro-alimentaire
6. Les comportements modifiés comme l’homosexualité et la toxicomanie
intraveineuse ont favorisé le développement de l’infection par le VIH, et
les hépatites.
7. Les injections non stériles, et les transfusions non contrôlées sont
également à l’origine de la diffusion iatrogène de pathogènes comme le
VIH et l’hépatite C.
8. Les modifications des modes de vie traditionnels, essentiellement
ruraux, avec un déplacement des populations en zone urbaine réduit les
contacts entre les vecteurs dans la petite enfance. Les adultes vivant en
zone d’endémie se retrouvent naïfs immunologiquement comme le sont les
touristes.

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9. Enfin la résistance aux anti-infectieux est un problème réel lié à l’usage
excessif des anti-infectieux, chez l’homme comme chez l’animal, avec les
modifications de l’écologie, et l’adaptation des micro-organismes.
 Les moyens de lutte contre l’émergence virale sont dictés par ces
critères épidémiologiques. Des exemples d’interventions, comme la surveillance
des modifications climatiques, pourraient conduire à prévenir certaines
pathologies par une prévention vaccinale adaptée (virus de la fièvre de la Vallée
du Rift, virus de la fièvre jaune …).
La surveillance virologique avec des outils adaptés permet de dépister
rapidement l’émergence de ces pathogènes chez l’homme ou chez l’animal et de
mieux contrôler l’épidémie (adaptation régulière du vaccin contre les virus
grippaux).
La surveillance virale repose sur les tests traditionnels de sérologie pour
la caractérisation indirecte des virus ou fait appel aux méthodes de biologie
moléculaire.
II- La nature des viroses émergentes :
a- Il s’agit essentiellement de virus à ARN qui sont à l’origine de ces
maladies virales émergentes. La relation phylogénétique entre les espèces est
probablement importante rendant par exemple le passage entre primates –
humains et non humains plus aisé. Ceci explique les nombreuses relations entre
les virus de l’espèce humaine et ceux des grands singes.
La capacité du virus à se multiplier peut être plus ou moins altérée en
fonction des mutations nécessaires au passage entre espèces différentes. Enfin
la fréquence de recombinaison et de réassortiment joue un rôle très important,
comme pour les virus grippaux.
b- Le taux de mutation varie en fonction des espèces. Faible pour les
eucaryotes et limité chez les bactéries et virus à ADN, ce taux de mutation est
élevé chez les virus à ARN avec un taux avoisinant 10-3 substitutions par site et
par an. Ce taux de mutation élevé est lié à l’impossibilité pour les ARN
polymérases et les transcriptases inverses de réparer les erreurs de l’ADN. En
revanche, ces mutations sont très souvent délétères, c'est-à-dire qu’elles auront
un impact négatif sur la possibilité pour le virus de se multiplier. En cas de
compétition entre les formes dîtes « sauvages » et les formes mutées, les
mutations délétères ne permettront pas au virus muté de s’imposer en terme
épidémique. Ces virus peuvent rester présents dans l’organisme en très faible
quantité. C’est la notion de « quasi-espèce virale »: les virus d’une espèce virale
chez un même patient sont tous légèrement différents les uns des autres de
part l’existence d’une ou plusieurs mutations. En cas de pression immunologique

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ou thérapeutique dirigée vers la forme prédominante dite forme sauvage, les
quasi-espèces mutées résistantes au système immunitaire ou au traitement
pourront alors émerger. Ce phénomène est particulièrement bien décrit avec les
antirétroviraux, les virus résistants naturellement aux antirétroviraux sont en
nombre extrêmement réduit. Lors de l’introduction d’un traitement dans le cadre
du SIDA, toute suppression incomplète de la réplication virale va conduire à la
sélection de virus naturellement résistants au traitement. Ces virus vont alors se
multiplier et remplacer les souches sauvages. Ces souches résistantes
apparaissent chez les patients chez qui la réplication complète n’a pu être
obtenue.
De même, il existe aux Etats-Unis depuis quelques années une
augmentation très inquiétante de la résistance des virus grippaux à l’amantadine.
Ce traitement est peu utilisé mais le taux de 90% de résistance des virus
grippaux et la rapidité d’acquisition de cette résistance à ce composé montrent
que la résistance aux antiviraux doit être considérée comme un phénomène de
pathologie virale émergente.
III- Exemples de maladies virales émergentes en fonction des régions
géographiques :
AMERIQUE ET AFRIQUE
a- Amérique et Antilles : Dans ces régions c’est la dengue qui est la
maladie émergente la plus préoccupante. La dengue est une arbovirose, c'est-à-
dire une maladie transmise par des insectes (ARthropodes Borne virus). Il existe
4 types de virus de la dengue transmis par le moustique Aedes aegypti. Le plus
souvent il s’agit d’une « grippe tropicale » invalidante mais sans complication. De
plus en plus fréquemment, on observe des formes hémorragiques pouvant être
mortelles. La dengue connaît actuellement une recrudescence tout
particulièrement en Amérique du Sud avec la circulation des souches originaires
du Sud Est Asiatique. Les îles Caraïbes sont particulièrement concernées, comme
la Jamaïque, où plusieurs centaines de cas de dengue fébrile hémorragique, dont
certains mortels, ont été rapportés. En Martinique, le niveau d’alerte
épidémiologique est élevé compte tenu du nombre de cas, malgré la
démoustication des foyers d’Aedes aegypti. Au Brésil, les autorités de santé
déclarent près de 500 000 personnes infectées par le virus de la Dengue sur une
population de 180 millions d’habitants. En Amérique Centrale, la situation est
également préoccupante au Honduras et au Mexique.
Il faut noter que les moustiques vecteurs ne sont pas uniquement des
« seringues » volantes mais qu’ils servent d’amplificateurs à ces infections
virales. La lutte contre les arboviroses passe par la lutte contre ces vecteurs, ce