P2-UE8-Lebarbenchon-Infections_virales

UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte
Dr Lebarbenchon
Date : 27/04/16 Plage horaire : 10h30 – 12h30
Promo : DFGSM2 Enseignant : Dr.Lebarbenchon
Ronéistes : CAJEE Nawra
CASSAM Nora
Infection virales émergentes
I. Concepts généraux : Émergences et Zoonose
1. Notion d’émergence
2. Les agents infectieux émergents
3. Pourquoi les virus à ARN ?
4. Origine des maladies infectieuses émergentes
5. Le virus Nipah
6. Le MERS-Coronavirus
II. Facteurs et étapes de l’émergence
1. Pourquoi l’émergence de zoonose ?
2. Facteurs favorables à l’émergence
3. Le virus Ebola
4. Les étapes de l’émergence
5. Pratiques d’élevage et émergence
6. Les grippes Aviaires
III. Arbovirus émergents
1. Le chikungunya
2. Les Flavivirus

I. Émergences et Zoonose
1. Notion d’émergence :
Nombreuses définitions :
 Infections récemment apparues dans une population, ou qui ont existé mais dont l’incidence ou la
zone géographique augmente rapidement (Morse 1995).
Ce sont des nouvelles infections qui n’existaient pas avant dans les populations humaines et qui à un moment
donné vont apparaître et circuler. L’incidence, le nombre de cas augmente rapidement dans le temps et au
niveau spatial.
 Maladie transmissible nouvellement identifiée (détectée récemment, il ne s'agit pas d'un nouveau virus),
d’extension rapide, susceptible de poser des problèmes de santé publique à l’échelle locale, régionale
ou internationale (Fassi Fehri 2001).
 Maladie infectieuse dont l’incidence chez l’homme a augmenté au cours des deux dernières décennies
ou qui menace d’augmenter dans un avenir proche (CDC).
On retiendra : Maladie qui apparaît soit pour la première fois dans une population humaine ou soit qui
existait déjà mais dont l’incidence augmente rapidement et /ou géographiquement.
Généralement d’origine infectieuses, elles peuvent cependant être également toxiques, nutritionnelles,
métabolique (diabète, obésité, maladie « environnementales » etc..)
Maladies « ré émergentes »
 Maladie qui a déjà été émergente et qui le redevient (Toma et Thiry, 2003).
Ce sont des maladies qui ont émergé dans le passé, et que l’on a réussi à contrôler par exemple avec de la
vaccination, et qui vont ré émerger à nouveau.
On retiendra : Maladie dont l’incidence a diminué dans le passé mais qui est à nouveau en phase
d’expansion.
Exemple : - Tuberculose maîtrisée il y a une dizaine d'années mais apparition de souches multi résistantes
- Polio (éradiquée en France, recrudescence en Asie et en Afrique)
2. Les agents infectieux émergents
La plupart des agents infectieux responsables de maladies émergentes sont des virus.
Schéma :
Abscisse : différents types d’agents infectieux
Ordonnée : nombre d’espèce Rectangle : mode de
transmission. (Direct : par aérosol par exemple,
indirect : environnementale, vectorisé : par des
moustiques par exemple
On voit bien que le nombre d’espèce de pathogènes
émergents le plus élevé correspond aux virus.

En particulier les virus à ARN : grande capacité d’adaptation à des nouveaux hôtes et conditions
environnementales (les polymérases ne vont pas corriger les erreurs de copie pendant la réplication ce qui
va générer une grande diversité de virus à ARN).
Taux de mutation des virus à ARN
beaucoup plus élevé que celui des
virus à ADN.
Question/Réponse : Les virus à
ADN ne sont pas exclus des virus
émergents.
Ex : Virus de la grippe (influenza) : Retrouvé chez les oiseaux sauvages, chez l’homme, chez les chauves-
souris, chez les chevaux, les porcs, les baleines. A partir d’un seul et même virus il y a des variants
génétiques qui sont sensiblement différents mais capable d’exploiter une grande diversité d’hôte.
3. Pourquoi les virus à ARN ?
Principal mécanisme :
C’est lié aux propriétés des polymérases ARN
dépendantes qui n'ont pas d’activité correctrice et
qui vont donc générer un nombre important de
mutation chez les virus à ARN.
Le taux d’erreur est de l’ordre de 1000 à 10 000
fois plus élevé que pour les virus à ADN ou des
cellules eucaryote.
Autres mécanismes :
Recombinaison : (pas spécifique des virus à ARN) combinaison de matériel génétique provenant de deux
génomes différents (génome diploïde ou co infection) et qui conduit à la formation de génome recombinant
ou mosaïque.
 Lié à un changement de matrice pendant la phase d’élongation de l’ARN ou de l’ADN viral.
Réassortiment : échanges de segments génomiques complets qui a lieu lors de la co infection d’une
même cellule par plusieurs virus.
 Uniquement pour les virus dont le génome est segmenté (virus de la grippe).

4. Origine des maladies infectieuses émergentes :
Zoonose : (la plupart) maladies causées par des agents infectieux qui se
transmettent entre les animaux vertébrés et l’homme. Elles peuvent se
transmettre dans les deux sens (ex : Grippe Porc/Homme)
 60% des maladies infectieuses émergentes sont des zoonoses
 72% des zoonoses proviennent de la faune sauvage
 Augmentation des évènements d’émergence associée à des agents
provenant de la faune sauvage.
5. Le virus Nipah
Paramyxovirus
Famille: Paramyxoviridae
Famille de virus très large retrouvé chez les oiseaux, les singes,
les rats, chez l’Homme : Rougeole, Rubéole
Genre: Henipavirus (comprend le virus Hendra et Nipah)
Principales caractéristiques des virions :
Génome à ARN simple brin de polarité négative (18 kb)
Capside à symétrie hélicoïdale, enveloppée
Découvert en 1999 en Malaisie suite à l’apparition d’un syndrome fébrile associé à une atteinte pulmonaire
et des signes d’encéphalite chez les porcs et l’homme
 Chauvesouris frugivore du genre Pteropus (réservoir des virus Hendra et Nipah)
 6 nouvelles épidémies depuis 1999 étendues à l’Inde et au Bangladesh
Petit historique du virus :
Malaisie : Le facteur principal qui explique le passage du virus à
l'homme est la destruction des forêts tropicales pour l'implantation
d'élevage massif de porcs et d'arbres fruitiers.
Cela a créé un environnement idéal pour les chauves-souris. Elles
sont venues manger les fruits au milieu des élevages de porcs
générant des contacts entre chauves-souris infectés et porcs présents
: passage du virus au porc et ensuite transmission à l’homme. C’est
une infection en cascade l’intermédiaire étant le porc.
I’m
Batman

Bangladesh : Exploitation de lait de palme dans le tronc d’arbre des palmiers
en y faisant des entailles, mais la nuit les chauves-souris venaient se nourrir
du lait de palme. Elles ont à priori transmis le virus via la salive et les urines.
Miam.
Ces virus Nipah sont très proches génétiquement d’un autre type de virus : les Virus Hendra. Ils ont une
épidémiologie un peu similaire, circulant en Australie. Les intermédiaires sont les chauves-souris frugivores
et les chevaux jusqu'à transmission à l’homme.
Cette carte montre l’aire de répartition de ces chauves-souris frugivores (la ligne verte). Les points rouges
mettent en évidence les zones où ont été retrouvés les virus Nipah ou des Ac contre ces virus Nipah chez des
chauves-souris.
En bleu, cas d'infection humaine pour le virus Nipah et Hendra (proche génétiquement).
Il y a un lien évident entre les cas d’infection et la présence de la chauvesouris qui en est le réservoir.
La ligne mauve représente les chauves-souris appartenant à la famille des Pteropodidae (englobe le genre
Pteropus) qui pourraient être aussi des réservoirs de ces Henipavirus. C'est pour cela que vous avez un cas
en Afrique (mais on ne sait pas s'il s'agit d'un cas sporadique ou s'il y aurait un autre réservoir en Afrique).
6. Le MERS- Coronavirus
Famille : Coronaviridae (4 genres α, β, γ, δ)
Famille très large avec aussi des virus de mammifères et d’oiseaux.
Genre : Bétacoronavirus
(MERS : Meedle east respiratory syndrom : syndrome respiratoire du moyen orient)
Banzai !