VIROLOGIE/ 1/ Quelles sont les données épidémiologiques depuis 1999 qui font de la virose West Nile une infection virale "émergente" ? 2/ A la lumière de vos connaissances sur les mécanismes de réplication du VIH, décrivez les solutions actuellement disponibles en termes de thérapeutiques anti-rétrovirales ainsi que les pistes potentielles pour le développement de nouvelles approches. Sujet de Bactériologie Les biofilms (3 pages maximun) Sujet de Virologie Une demi-page à une page de réponse/question Vous disposez des clones moléculaires permettant d'exprimer: 1) les gènes gag et pro d'un rétrovirus simple de souris. 2) les gènes env d'un rétrovirus de souris 3) les gènes gag et pro d'un rétrovirus simple de chameau. 4) les gènes env d'un rétrovirus de chameau vous disposez en outre d'un clone moléculaire contenant un gène marqueur, celui de la green fluorescent protein (sous le contrôle du promoteur d'une protéine spécifique du lait) flanqué de deux séquences Long Terminal Repeat (LTR) ainsi que de la séquence (psi) d'un rétrovirus simple de la souris. a) décrivez la série d'opérations permettant d'obtenir un virus recombinant susceptible d'infecter la souris (8 pts) b) à quoi servira la séquence pts) c) si vous infectez une souris par voie intra-veineuse (infection systémique), quel organe avez-vous le plus de chance de voir exprimer la GFP? pts) d) que faudrait-il modifier dans l'opération d'obtention du virus recombinant pour obtenir une expression du même type chez la chamelle ? pts) "A partir d'un exemple de virus de votre choix expliquer ce qui caractérise la "plasticité" de son génome" Des échantillons de valve cardiaque prélevés chez un patient atteint d’endocardite sont mis en culture au laboratoire de Bactériologie pour tenter d’identifier l’agent étiologique et proposer un traitement antibiotique adapté. Les cultures traditionnelles réalisées s’avèrent négatives. Vous décidez d’appliquer à ces échantillons de valve cardiaque une méthode moléculaire de recherche et d’identification d’ADN bactérien : l’amplification et le séquençage de l’ADN ribosomal 16S. Le résultat obtenu est le suivant : présence d’ADN bactérien dans l’échantillon, ADN présentant 95% de similarité de séquence d’ADNr 16S avec Bartonella vinsonii. Détailler les différentes étapes de la méthode d’identification moléculaire utilisée. Commentez le résultat obtenu. Qu’en concluez-vous ? Quels sont les avantages et les inconvénients du marqueur moléculaire utilisé ? Quelles sont les pistes que vous pouvez proposer pour tenter de cultiver la bactérie responsable ? 5- Pourquoi tenter de cultiver cette bactérie ? 6- Vous parvenez à obtenir une culture de la bactérie en cause : - quelle approche proposez-vous pour caractériser cette bactérie ? - quels différents types de données devez-vous collecter ? Donnez un exemple pour chacun de ces types de données. 1234- Bactériologie A partir d’exemples de génomique comparés sur plusieurs souches d’Escherichia coli et de Buchneria, expliquez deux grands mécanismes d’évolution du génome bactérien et leurs implications sur les modes de vie des bactéries. Bactériologie La comparaison des génomes de trois souches d’Escherichia coli (K12, entéropathogène et uropathogène) a donné des informations importantes sur les variations du contenu génique des bactéries au sein d’une même espèce. 1-Exposer les principaux résultats de cette approche de génomique comparative sur E. coli. 2-Quel type de gènes trouve-t-on dans le ‘core genome’ ou noyau commun de gènes ? 3- Dans quelle région du génome va t-on trouver des îlots génomiques ? 4- Dans l’exemple de ces trois souches d’E. coli, comment qualifieriez-vous ces îlots ? 5-Comment détecter des îlots génomiques au sein d’un génome ? Virologie Mécanismes d’entrée dans la cellule du virus de la grippe Sujet de Virologie : "Plusieurs arbovirus, comme le virus Chikungunya et le virus West Nile, ont récemment émergé en Europe. Les causes de ces émergences sont multifactorielles. Discutez des différents facteurs qui pourraient être impliqués dans l'émergence du virus Chikungunya en Europe" Sujet de Bactériologie: 1ère partie : Les molécules ci-dessous (une partie du LPS) proviennent du coccobacille Yersinia pestis cultivé à deux températures différentes, 37°C(a) ou 26°C (b) Ces molécules (Y.p LPS) ou celle rencontrée chez E. coli K12 (E. coli LPS) sont inoculées dans différentes combinaisons en concentrations variables (- = absence de la molécule) dans des boites de culture contenant des macrophages. Les milieux de culture sont ensuite récupérés et deux molécules sont dosées (ng/ml), les résultats sont présentés en a et b Analysez ces résultats en justifiant les choix des conditions expérimentales (molécules utilisées, températures, molécules dosées) dans le contexte du processus infectieux de Y. pestis . 2ème partie : Annotez et donnez un titre au schéma suivant (à rendre avec votre copie). Replacez l’utilisation du système décrit dans le contexte du processus infectieux de Y. pestis. Sujet de Virologie : "En vous limitant aux exemples des Rétrovirus et du Poliovirus, schématisez 3 des grandes « stratégies » d'expression utilisées par les virus pour maximiser la capacité codante de leur génome. " Sujet de Bactériologie: A propos de Yersinia pestis: - Quel est le cycle de transmission de cette bactérie ? - Pouvez vous attraper la peste par l’intermédiaire d’une autre personne ?- Lors de l’interaction de cette bactérie avec l’organisme quelles sont les stratégies capitales pour le succès de la bactérie face au système immunitaire. Sujet de Virologie GMBP116 - Juin 2013 Virologie (30 min): Pour chacune des 4 stratégies d'expression des gènes viraux schématisée cidessous: 1) citer le nom du mécanisme impliqué 2) expliquer brièvement (3 lignes max) ce mécanisme 3) donner un exemple de virus qui utilise ce mécanisme