sujetsGMBP116

VIROLOGIE/
1/ Quelles sont les données épidémiologiques depuis 1999 qui font de la virose West Nile une infection virale
"émergente" ?
2/ A la lumière de vos connaissances sur les mécanismes de réplication du VIH, décrivez les solutions
actuellement disponibles en termes de thérapeutiques anti-rétrovirales ainsi que les pistes potentielles pour le
développement de nouvelles approches.
Sujet de Bactériologie
Les biofilms (3 pages maximun)
Sujet de Virologie
Une demi-page à une page de réponse/question
Vous disposez des clones moléculaires permettant d'exprimer:
1) les gènes gag et pro d'un rétrovirus simple de souris.
2) les gènes env d'un rétrovirus de souris
3) les gènes gag et pro d'un rétrovirus simple de chameau.
4) les gènes env d'un rétrovirus de chameau
vous disposez en outre d'un clone moléculaire contenant un gène marqueur, celui de la green
fluorescent protein (sous le contrôle du promoteur d'une protéine spécifique du lait) flanqué
de deux séquences Long Terminal Repeat (LTR) ainsi que de la séquence (psi) d'un
rétrovirus simple de la souris.
a) décrivez la série d'opérations permettant d'obtenir un virus recombinant susceptible
d'infecter la souris (8 pts)
b) à quoi servira la séquence pts)
c) si vous infectez une souris par voie intra-veineuse (infection systémique), quel organe
avez-vous le plus de chance de voir exprimer la GFP? pts)
d) que faudrait-il modifier dans l'opération d'obtention du virus recombinant pour obtenir une
expression du même type chez la chamelle ? pts)

"A partir d'un exemple de virus de votre choix expliquer ce qui caractérise la "plasticité" de
son génome"
Des échantillons de valve cardiaque prélevés chez un patient atteint d’endocardite sont mis en
culture au laboratoire de Bactériologie pour tenter d’identifier l’agent étiologique et proposer
un traitement antibiotique adapté.
Les cultures traditionnelles réalisées s’avèrent négatives. Vous décidez d’appliquer à ces
échantillons de valve cardiaque une méthode moléculaire de recherche et d’identification
d’ADN bactérien : l’amplification et le séquençage de l’ADN ribosomal 16S. Le résultat
obtenu est le suivant : présence d’ADN bactérien dans l’échantillon, ADN présentant 95% de
similarité de séquence d’ADNr 16S avec Bartonella vinsonii.
1- Détailler les différentes étapes de la méthode d’identification moléculaire utilisée.
2- Commentez le résultat obtenu. Qu’en concluez-vous ?
3- Quels sont les avantages et les inconvénients du marqueur moléculaire utilisé ?
4- Quelles sont les pistes que vous pouvez proposer pour tenter de cultiver la bactérie
responsable ?
5- Pourquoi tenter de cultiver cette bactérie ?
6- Vous parvenez à obtenir une culture de la bactérie en cause :
- quelle approche proposez-vous pour caractériser cette bactérie ?
- quels différents types de données devez-vous collecter ? Donnez un exemple pour
chacun de ces types de données.
Bactériologie
A partir d’exemples de génomique comparés sur plusieurs souches d’Escherichia coli et de
Buchneria, expliquez deux grands mécanismes d’évolution du génome bactérien et leurs
implications sur les modes de vie des bactéries.
Bactériologie
La comparaison des génomes de trois souches d’Escherichia coli (K12,
entéropathogène et uropathogène) a donné des informations importantes sur les
variations du contenu génique des bactéries au sein d’une même espèce.
1-Exposer les principaux résultats de cette approche de génomique comparative
sur E. coli.
2-Quel type de gènes trouve-t-on dans le ‘core genome’ ou noyau commun de
gènes ?
3- Dans quelle région du génome va t-on trouver des îlots génomiques ?

4- Dans l’exemple de ces trois souches d’E. coli, comment qualifieriez-vous ces
îlots ?
5-Comment détecter des îlots génomiques au sein d’un génome ?
Virologie
Mécanismes d’entrée dans la cellule du virus de la grippe
Sujet de Virologie :
"Plusieurs arbovirus, comme le virus Chikungunya et le virus West Nile, ont récemment
émergé en Europe. Les causes de ces émergences sont multifactorielles. Discutez des
différents facteurs qui pourraient être impliqués dans l'émergence du virus Chikungunya
en Europe"
Sujet de Bactériologie:
1ère partie :
Les molécules ci-dessous (une partie du LPS) proviennent du coccobacille Yersinia pestis
cultivé à deux températures différentes, 37°C(a) ou 26°C (b)
Ces molécules (Y.p LPS) ou celle rencontrée chez E. coli K12 (E. coli LPS) sont inoculées
dans différentes combinaisons en concentrations variables (- = absence de la molécule)
dans des boites de culture contenant des macrophages. Les milieux de culture sont
ensuite récupérés et deux molécules sont dosées (ng/ml), les résultats sont présentés
en a et b

Analysez ces résultats en justifiant les choix des conditions expérimentales (molécules
utilisées, températures, molécules dosées) dans le contexte du processus infectieux de
Y. pestis .
2ème partie :
Annotez et donnez un titre au schéma suivant (à rendre avec votre copie). Replacez
l’utilisation du système décrit dans le contexte du processus infectieux de Y. pestis.

Sujet de Virologie :
"En vous limitant aux exemples des Rétrovirus et du Poliovirus, schématisez 3
des grandes « stratégies » d'expression utilisées par les virus pour maximiser la
capacité codante de leur génome. "
Sujet de Bactériologie:
A propos de Yersinia pestis:
- Quel est le cycle de transmission de cette bactérie ? - Pouvez vous attraper la
peste par l’intermédiaire d’une autre personne ?- Lors de l’interaction de cette
bactérie avec l’organisme quelles sont les stratégies capitales pour le succès de
la bactérie face au système immunitaire.
Sujet de Virologie
GMBP116 - Juin 2013
Virologie (30 min):
Pour chacune des 4 stratégies d'expression des gènes viraux schématisée ci-
dessous:
1) citer le nom du mécanisme impliqué
2) expliquer brièvement (3 lignes max) ce mécanisme
3) donner un exemple de virus qui utilise ce mécanisme