RELEVE DE DECISIONS du groupe Pertinence des prélèvements microbiologiques Date : 30/10/09 Secteur Est Participants CHI : Yannick Gigant, Laboratoire : Michel Lemarinel, FELIN : Johanna Bègue, Catherine Payet, Cécile Mourlan CSB : Johan Bardil Rédacteur : J.Bègue-C.Mourlan Prochaine réunion 04 Décembre à 14 h au CHI RESUME DES POINTS TRAITES : Début de la réunion: 14h10 Le groupe a discuté de la forme du support du référentiel, éventuellement des fiches cartonnées type bristol en format A5 pour classeur qui permettront le remplacement facile des fiches modifiées dans le temps. L’antenne doit tester ce support afin de vérifier la lisibilité. Il sera diffusé un référentiel par poste de soin dans les établissements, et il sera également accessible par Intranet, et par Internet sur le site de la FELIN. Monsieur François Binois excusé pour cette réunion avait proposé des modifications sur certaines fiches. Catherine Payet a aussi proposé un certain nombre de changement sur ce document. Ces propositions ont été discutées et validées lors de la réunion. Il a été proposé de standardiser les fiches de demandes d’examens microbiologiques, d’intégrer une fiche annexe sur les modalités d’approvisionnement des services par les laboratoires (horaires d’ouverture, modalités de transmission, etc…). Cécile MOURLAN transmettra le document de notre groupe de travail après correction, au Dr Odile Bellon , microbiologiste du CH d’Aix en Provence, chargée de mettre à jour les fiches prélèvements du site du CCLIN SUD EST, pour avis et validation. Listing des prélèvements étudiés pendant cette séance Prélèvement Examen cytobactériologique des urines Examen cytobactériologique des selles Examen cytobactériologique des sécrétions broncho-pulmonaire Hémoculture Examen bactériologique d’un dispositif intra vasculaire Prélèvements cutanés et biopsie osseuse Voir fiches pages ci-dessous Rédacteur Yannick GIGANT François BINOIS Johan BARDIL François BINOIS Référentiels consulter pour rédaction (+ biblio complémentaire au choix du redacteur) : - HAS (http://www.sante.gouv.fr/htm/dossiers/preanalytique/titre-microbiologie.htm) - REMIC (http://bacterioweb.univ-fcomte.fr/bibliotheque/remic/000-Somm.pdf ) - Reco HAS « diagnostic et TT de l’infection bactérienne précoce du NN » et « Prévention anténatale du RI bactérien néonatal précoce » - Document interne laboratoire CHFG - Article “Recommandations pour la bonne pratique du prélèvement microbiologique dans les infections cutanées et osseuses : à propos du pied diabétique - Reco SFHH transmission croisées, avril 2009 - Guide des bonnes pratiques d’antiseptie chez l’enfant, SFHH 2007 - Reco AFSSAPS « diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires chez l’adulte » - Définition des infections associées aux soins, CTINILS, Mai 2007 Fin de la réunion : 16h00, (à la prochaine réunion reprise des discussions à la fiche Examen cyto du LCR) Page 1 sur 8 En cours d’élaboration Examen Cytobactériologique des Urines Dernière mise à jour le 7 Septembre 2009 Indication Examen réalisé à la recherche d’une infection urinaire avec moins un des signes suivants : fièvre (> 38°C), impériosité mictionnelle, pollakiurie, brûlure mictionnelle, ou douleur sus-pubienne, en l’absence d’autre cause, infectieuse ou non. Spécificités gériatriques : Signes cliniques complémentaires possibles : confusion, chute, anorexie, apparition et/ou l’aggravation d’une incontinence, le tout sans autre cause retrouvée. Autres cas de réalisation de l’ECBU : grossesse, décompensation diabète, en pré-opératoire urologique ou gynécologique, contrôle post-thérapeutique. L’ ECBU n’est pas obligatoire en cas de cystite aiguë de la femme de moins de 65 ans sans antécédents, en dehors de la grossesse. Technique de prélèvement et conditions d’acheminement Cas général habituel : (recueil dit "à la volée" ou" du milieu de jet") - Nettoyage au savon de la région vulvaire ou du méat urinaire, rinçage puis désinfection avec un antiseptique non alcoolique (dakin ou polividone iodée) - Eliminer le 1er jet (20 ml) d'urines pour ne recueillir dans un flacon stérile que les 20 ml suivants au minimum en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du récipient. - Chez le patient incontinent : - homme : recueillir l’urine au moyen d’un collecteur pénien ou par cathétérisme sus pubien en cas de rétention d’urines car le sondage expose au risque de prostatite - Femme : un prélèvement après toilette génitale soigneuse peut être considéré comme acceptable et le recours au sondage ne doit donc pas être systématique. Le nourrisson Patient sondé à demeure Nettoyage et Désinfection avec du dakin et rinçage à ‘eau stérile pour le prématuré Utiliser un collecteur stérile spécifique. ne pas laisser en place plus d'une heure. Transvaser les urines dans un flacon stérile Acheminer rapidement vers le laboratoire. (L’urine peut également être saisie «à la volée» au moment du change) Ne pas déconnecter sonde et collecteur Clamper le système en aval Désinfecter la chambre de prélèvement avec un antispetique Ponctionner avec une seringue (20ml) Transvaser dans un flacon stérile Interprétation Infection urinaire Au moins un des signes suivants : fièvre (> 38°C), impériosité mictionnelle, pollakiurie, brûlure mictionnelle, ou douleur sus-pubienne, en l’absence d’autre cause, infectieuse ou non. Et : leucocyturie ≥ 104 leucocytes/ml ET Bactériurie supérieure ou égale à 103/ml pour cystite aigue à Colibacilles et autres Entérobactéries supérieure ou égale à 105/ml pour les cystites à autres bactéries supérieure ou égale à 104 /ml pour les pyélonéphrites et prostatites La colonisation urinaire n’est pas l’indication d’un traitement systématique par les antibiotiques, que le patient soit sondé ou non, diabétique, âgé ou ayant une vessie neurologique, sauf en cas de facteur de risque de morbimortalité : neutropéniques, immunodéprimés et femmes enceintes ou pour les patients en situation préopératoire : chirurgie et explorations urologiques, mise en place de prothèses. Page 2 sur 8 EXAMEN DES SELLES Coproculture +/- parasitologie de selle selon contexte En cours d’élaboration Dernière mise à jour le 30 octobre 2009 Indication Toutes diarrhées aiguës fébriles d’allure invasive (diarrhées glairo-sanglantes) Contextes épidémio-cliniques particuliers : - Notion de voyage récent en «pays tropical», - Malade sous traitement antibiotique, préciser recherche de clostridium difficile et de sa toxine, - Toxi-infection alimentaire collective (TIAC), - Patients infectés par le VIH (SIDA notamment), - Syndrome hémolytique et urémique (SHU). Enfant de moins de deux ans : Réalisation d’une coproculture standard avec recherche supplémentaire des E. coli entéropathogènes en sachant que l’étiologie virale prédomine dans cette tranche d’âge. Cas particuliers du nouveau né : Dans le méconium on se limite à la recherche de bactéries responsables d’infections néonatales : Listeria monocytogenes, E. coli K1 et surtout Streptococcus agalactiae (groupe B). Technique de prélèvement et conditions d’acheminement - Volume d’une noix au minimum dès émission est placé dans un pot à vis stérile. - Un échantillon muco-purulent ou sanglant est choisi lorsqu’il en existe. - Un écouvillonnage rectal peut se révéler utile notamment chez le nourrisson et le petit enfant. Le prélèvement doit être immédiatement acheminé au laboratoire ou conservé au maximum une nuit à + 4°C afin d’éviter la dessiccation et la prolifération des bactéries et levures commensales. Interprétation On ne traite que la présence de micro-organismes pathogènes : Bactéries :Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, Cholera, Clostridium Virus : Rotavirus, Adenovirus, Protozoaires : Amibiase, Giardiase, Helminthes : Anguillule, Ankylostome, En tout état de cause il n’est licite de pratiquer un antibiogramme que pour toutes bactéries pathogènes isolées de coproculture. Page 3 sur 8 En cours d’élaboration Examen cytobactériologique des sécrétions broncho-pulmonaire Dernière mise à jour le 30 octobre 2009 Indication Permet le diagnostic étiologique d’une pneumopathie infectieuse ou d’une exacerbation aiguë de BPCO, par examen direct immédiat du crachat pour le comptage des cellules et la recherche de microorganismes après coloration de Gram et mise en culture. Cet examen n’est exploitable que s’il est correctement effectué (isolement d’une bactérie potentiellement pathogène dans 84% des cas si l’expectoration est purulente et dans seulement 38% des cas si l’expectoration est muqueuse) ; dans ces conditions, l’ECBC a une bonne sensibilité et une bonne spécificité dans les PAC (pneumonies aiguës communautaires) à pneumocoques, d’autant qu’elles sont plus graves, c'est-à-dire bactériémiques, avec alors jusqu’à 93% de cultures de crachats positives (Recommandations HAS, Haute Autorité de Santé). Technique de prélèvement et conditions d’acheminement Recueillir un crachat profond (salive exclue), éventuellement avec l’aide du kinésithérapeute et précédé d’un aérosol de sérum physiologique dans un pot stérile (type ECBU); le crachat doit être adressé dans la demi heure qui suit au laboratoire. Une hygiène buccodentaire avec un rinçage abondant avant le prélèvement ou soin de bouche pour les personnes dépendantes doit être réalisé. Interprétation L’échantillon n’est valide qu’en présence d’au moins 10 cellules épithéliales squameuses et plus de 25 leucocytes par champs microscopiques au faible grossissement. Il n’y a pas de Gold standard pour la réalisation du prélèvement, du frottis et de sa lecture mais on considère en général comme significative la présence de pneumocoques ou de germes de la cavité buccale seulement si le taux est supérieur à 10 millions/ml. Page 4 sur 8 En cours d’élaboration HEMOCULTURE Dernière mise à jour le 30 octobre 2009 Indication Toute fièvre présumée d’origine bactérienne ou indéterminée, surtout si elle est accompagnée de signes cliniques évocateurs d’un sepsis doit donner lieu à la prescription d’hémocultures. Protocoles particuliers : suspicion d’infection de cathéter, suspicion endocardite… Le prélèvement d’hémoculture doit être réalisé au moment du pic fébrile. Technique de prélèvement et conditions d’acheminement - Désinfecter à l’aide d’une compresse imprégnée de Bétadine Alcoolique® les bouchons des flacons, - Repérer la veine (préférer la ponction veineuse plutôt que le prélèvement sur cathéter, sinon le préciser sur la demande d’examen), - Faire l’antisepsie du point de ponction en 5 temps (détersion avec savon antiseptique rinçage, séchage avec une compresse, désinfection avec antisetiques alcooliques, laisser sécher), - Mettre en place le garrot, - Faire une hygiène des mains par friction avec une solution hydro-alcoolique, - Mettre les gants, - Ponctionner la veine, - Selon les nouvelles recommandations (CCLIN SE 2008), remplir en un seul prélèvement les 4 à 6 flacons d’hémoculture (les aérobies en premiers) jusqu'à la limite indiquée, soit au total 30 à 40 ml, Sauf en pédiatrie et en cas de suspicion d’endocardite : maintien des 3 séries d’hémoculture. - Jeter immédiatement l’aiguille dans le collecteur jaune pour piquants tranchants Interprétation Au moins une hémoculture positive (justifiée par des signes cliniques), sauf pour les microorganismes comme staphylocoques à coagulase négative, Bacillus spp. (sauf B. anthracis), Corynebacterium spp., Propionibacterium spp., Micrococcus spp., ou autres microorganismes saprophytes ou commensaux à potentiel pathogène comparable, pour lesquels deux hémocultures positives au même micro-organisme sont exigées (sauf néonatologie en cas de cathérisme intravasculaire). Page 5 sur 8 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE D’UN DISPOSITIF INTRAVASCULAIRE (CATHETER, CHAMBRE IMPLANTABLE) En cours d’élaboration Dernière mise à jour le 30 octobre 2009 Indication Permettre le diagnostic de l’existence d’un état septique ou d’une colonisation par un ou plusieurs micro-organismes. L’examen systématique des cathéters périphériques n’est pas justifié en dehors de signes locaux (pus franc ou liquide puriforme au niveau de l’émergence ou la tunellisation du cathéter) et/ou généraux d’infection. Technique de prélèvement et conditions d’acheminement Ne pas utiliser un antiseptique et éviter la contamination par la flore commensale cutanée lors du retrait du catheter. Sectionner, pour les cathéters longs 5 cm de l’extrémité distal, pour les cathéters courts la totalité de la partie insérée avec des ciseaux stériles, et la mettre dans un récipient stérile et hermétique (pot à urine). Pour les chambres implantables : - écouvillonner la face externe de la chambre, - rincer l’intérieure de la chambre à l’aide d’un sérum physiologique stérile, à recueillir dans un récipient stérile et hermétique (pot à urine), - recueillir les sérosités éventuelles à l’aide d’un écouvillon. Précisez sur la demande d’examen le type de cathéter et le site anatomique et acheminer rapidement (<30mn). Interprétation Suivant la technique semi-quantitative de culture du cathéter selon la méthode de Maki ou quantitatif de Brun buisson pour les chambres implantables. Infection Liée au Cathéter (ILC) locale ou infection liée à une chambre implantable : - culture du dispositif: ≥15 UFC (Maki) ou ≥1000UFC/ml ( Brun Buisson) - et la purulence de l’orifice d’entrée du cathéter ou une tunnelite, ILC générale ou infection liée à une chambre implantable : - culture du dispositif: ≥15 UFC ou ≥1000UFC/ml ( Brun Buisson) - et une régression totale ou partielle des signes infectieux généraux dans les 48 h suivant l’ablation du dispositif. Page 6 sur 8 PRELEVEMENTS CUTANES ET BIOPSIE OSSEUSE valable pour plaies, escarres et ulcères de jambe En cours d’élaboration Dernière mise à jour le 30 octobre 2009 Indication En pratique courante, uniquement s’il y a des signes cliniques d’infection, pour rechercher un germe et guider l’antibiothérapie ; il n’est pas question ici de dépistage à titre systématique de porteurs de germes(ex : portage de BMR) comme cela peut se faire dans certains services à très haut risque infectieux(ex : réanimation) ou dans un but de recherche sur l’écologie microbienne. Technique de prélèvement et conditions d’acheminement En règle générale, avant toute antibiothérapie et acheminement au labo le plus rapidement possible (2h) et à une température autour de 20° et avec des milieux de transport spéciaux pour l’isolement des bactéries anaérobies strictes. Nécessite au préalable une préparation de la plaie : le débridement avec excision des tissus nécrosés permet de réaliser des prélèvements profonds qui sont les seuls valables (les prélèvements de surface n’ont aucun intérêt car ils ne recueillent que des germes de colonisation qui ne sont pas les germes responsables de l’infection). Un nettoyage doit être réalisé avec une compresse imprégnée de sérum physiologique pour éliminer cette flore de colonisation. 1-Curetage-écouvillonnage : pour les plaies superficielles et anfractueuses profondes : il faut racler ou cureter la plaie à sa base ou sur les bords de l’ulcère ; recherche d’anaérobies strictes possibles si milieu de transport jusqu’au laboratoire adapté. 2-Biopsie tissulaire : à l’aide d’un punch biopsie au lit du malade ou d’un trucut ou au bloc opératoire lors du débridement chirurgical ; la biopsie doit passer en peau saine, en ne passant ni par la plaie ni par un trajet fistuleux ; 2 ou 3 petits fragments sont déposés dans un tube stérile avec qq gouttes de sérum physiologique pour éviter la dessiccation ; c’est le « gold standard » mais pas toujours techniquement ou humainement réalisable et d’un coût élevé. 3- Aspiration à l’aiguille fine d’une lésion profonde Pour tout liquide purulent collecté dans un abcès profond, en passant après désinfection, par une zone cutanée saine ou à défaut à travers une plaie superficielle. Si plaie sèche, injecter puis ré aspirer 1 à 2 ml de sérum physiologique au fond de la plaie. La seringue ayant servi au prélèvement doit être envoyée au laboratoire sans aiguille, purgée d’air et bouchée hermétiquement pour la recherche de germes anaérobies. 4- biopsie osseuse L’os est prélevé par le chirurgien ou par ponction percutanée au trocart après désinfection en 5 temps de la peau et de la zone de prélèvement. Le morceau d’os est mis aussitôt dans un pot stérile sans conservateur. Elle doit être pratiquée en cas de contact osseux et de diagnostic d’ostéite douteux et quand le diagnostic bactériologique ne peut être effectué autrement Page 7 sur 8 5- Hémocultures aéro et anaérobies En cas de sepsis (fièvre, infection sévère) une hémoculture doit être systématique en complément. Rq Ecouvillonnage de la plaie : à éviter car ramène la totalité de la flore de colonisation et aucun germe anaérobie Interprétation Il n’existe aucun marqueur permettant de faire la distinction entre une plaie colonisée et une plaie infectée, hors seules les plaies infectées doivent être traitées ; 4 cas de figure : 1- Plaie sans signe clinique = plaie colonisée : pas de tt 2- Plaie infectée avec germes pathogènes : tt antibio 3- Plaie infectée avec germes pathogènes et commensaux : antibio dirigés seulement contre les pathogènes 4- Plaie infectée mais avec seulement des commensaux (S.epidermidis, corynébactéries, Entérococcus spp..) : pas d’antibio sauf si isolés à plusieurs reprises ou sepsis grave. Page 8 sur 8