Énoncé du TP #1 :

Énoncé du TP#2 1 Inf7214
Énoncé du TP#2 : Échéance : 25 mars 2010
Ce TP est à réaliser seul ou en groupe de 2. Vous pouvez bien sur vous entraider et discuter des
algorithmes que vous utilisez mais attention, l'entraide s'arrête là où commence la copie de code
(=fraude)...
L’objectif de ce travail est d’écrire un programme Java qui encapsule le programme l’application
bioinformatique ClustalW. ClustalW est un programme qui permet de faire l’alignement multiple de
séquences. Vous pouvez voir sur http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html l’interface WEB
de cette application. Vous devrez vous en inspirer pour créer une interface graphique.
Travail à faire :
1. Analyser le programme ClustalW, les paramètres d’exécution, les fichiers input et output,
comment l’exécuter en ligne de commande.
2. Développer un programme Java ayant une interface permettant de saisir les différentes options et
les séquences à aligner, puis d’afficher les résultats
Votre document d’analyse doit contenir les informations suivantes:
- Description du programme ClustalW. (1 page)
- Comment utiliser ClustalW en ligne de commande. (1 page)
- Comment appeler ClustalW depuis un programme Java. (1 page)
- Un jeu de tests avec traces d’exécution (pour chaque test) de votre programme java.
À rendre :
Votre document d’analyse incluant votre code source le jeudi 25 mars au début du cours (ce cours
sera donné par Vladimir Makarenkov, je serai sur place pour les récupérer). De plus vous
m’enverrez par mail une archive de votre projet Netbeans + votre document d’analyse le lundi 24
février. Il vous sera enlevé 10 points par jour de retard.