microbiologie et coquillages

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Direction des Opérations
Laboratoire Environnement Ressources-Concarneau
Patrick Monfort
MICROBIOLOGIE ET COQUILLAGES
1 – Les Toxi-Infections alimentaires
Les coquillages, consommés crus ou peu cuits, peuvent être à l’origine de toxi-
infections alimentaires (TIA), comme l’ensemble des denrées alimentaires dont les
symptômes sont le plus souvent de nature digestive. Quand deux cas groupés
apparaissent, on parle alors de Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIACs).
La surveillance sanitaire effectuée par l’Institut National de Veille Sanitaire (INVS)
permet de disposer des données épidémiologiques qui soulignent une relative
constance du nombre de foyers de TIAC entre 1991 et 2000 (Figure 1). En moyenne
sur ces dix années prises en référence, 520 foyers d’origine alimentaire ont été
déclarés soit aux Directions Départementales des Affaires Sanitaires et Sociales
(DDASS) soit à la Direction des Services Vétérinaires (DSV).
300
350
400
450
500
550
600
650
700
1991 199 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000
Nombre de foyers
Figure 1 : Evolution du nombre de foyers de TIAC en France entre 1994 et 2003
toutes sources alimentaires confondues (source : INVS)

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Parmi ces 520 foyers de Toxi-Infections Alimentaires Collectives, 51(9.8 %) ont
concerné les produits marins dont 13 (2.5%) mettaient en cause les coquillages.
Sur la période 1995 – 2001, les données acquises par l’INVS montrent que les
bactéries et virus sont les agents le plus souvent impliqués dans les TIACs
engendrées par la consommation de coquillages (figure 2).
Ces statistiques ne doivent cependant pas faire oublier que bon nombre de TIA
familiales non déclarées, voire non diagnostiquées, échappent à ces recensements.
Ainsi, les experts estiment que ces statistiques officielles ne représentent que 1% à
10% des cas réels de salmonelloses (Mossel 1989, Desenclos 1996).
Figure 2 : Importance respective des agents pathogènes dans les TIACs liées aux
coquillages entre 1995 et 2001(source : INVS).
Par ailleurs, certains travaux se sont intéressés à l’incidence économique, financière
et sociale de ces épisodes infectieux. Ainsi, Archer et Kvenberg (1985) déterminent
les coûts induits annuellement par les salmonelloses aux USA entre 1.9 et 2.3
milliards de dollars. Roberts (1988) quant à lui évalue le coût des toxi-infections
bactériennes aux USA à 4.8 milliards de dollars pour l’année 1987. Ces constats
devraient tout naturellement conduire à privilégier les actions de prévention tant
chez les professionnels de l’alimentation que chez les consommateurs.
2 – Germes pathogènes et coquillages
Les microorganismes pathogènes (samonelles, listeria, vibrios, virus de l’hépatite A,
entérovirus,…) dans l’environnement sont le plus souvent des germes allochtones au
milieu marin dont l’origine est à rechercher dans l’intestin de l’homme et des animaux
à sang chaud. On parle alors de bactéries entériques. Toutefois, la recherche de ces

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microorganismes pathogènes, présents en faible quantité, est coûteuse et les
techniques d’identification complexes. Aussi, pour évaluer le risque de contamination
d’origine fécale, les hygiénistes ont retenu au sein du groupe des coliformes, une
espèce, Escherichia coli, comme indicateur de contamination fécale en raison de leur
spécificité fécale, de la résistance comparable d’E.coli et des pathogènes entériques
dans le milieu extérieur et de la sensibilité des méthodes analytiques. La validité des
Escherichia coli pour estimer la présence de bactéries pathogènes dans les eaux et
les coquillages a donné lieu à de nombreuses contreverses (Thomas et Jones 1971,
Andrews et al. 1975, Marjori et al. 1977, Fraiser et Koburger 1984). Une synthèse
des données finistériennes sur l’occurrence des salmonelles dans les coquillages
(Monfort et al 1997) a permis de mettre en évidence une relation hautement
significative (p<0.001) entre la fréquence d’isolement des salmonelles et l’abondance
du germe test de contamination fécale, E. coli (figure 3). Par contre, il est
communément admis que les E. coli ne sont pas des indicateurs efficaces de la
contamination virale.
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
1234
Classes d''Escherichia coli
% Salmonelles
non Fouisseurs
Fouisseurs
CTT/100g
1 - 100
101 - 1000
1001 - 10000
>10000
Classes
1
2
3
4
0.92 5.98
11.98
33.6
3.1 6.4
17.2
39.5
Figure 3 : Pourcentage d’isolements de salmonelles dans les coquillages du
Finistère par classe d’E.coli (source : IFREMER Concarneau).
Ces germes font l’objet d’une dissémination dans l’environnement , induite par les
rejets des effluents urbains (station d’épuration, poste de relèvement, assainissement
autonome) et industriels ou encore par l’épandage des effluents d’élevages agricoles
utilisés à des fins fertilisatrices (figure 4).
S’il paraît vain de vouloir éradiquer ces germes pathogènes de notre environnement
et des salmonelles en particulier en raison de la complexité du cycle de
contamination (figure 5), du moins pouvons nous tenter de limiter les effets délétères
des toxi-infections alimentaires en mettant en place les mesures préventives à tous
les niveaux (réduire les pressions anthropiques sur le bassin versant, assurer une
purification efficace des coquillages, contrôler la qualité sanitaire des produits finis,

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conserver les coquillages dans des conditions optimales du producteur au
consommateur, prendre les mesures d’hygiène appropriées,…).
Figure 4 : 0rigines des sources potentielles de contamination fécale des eaux et des
coquillages (source : http://www.ifremer.fr/envlit/).
Figure 5 : Cycle potentiel de transmission des salmonelles.

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3 – Origines de la contamination microbiologique des eaux
3.1 – Origine urbaine
3.1.1 – Assainissement collectif
Avec le développement de l’urbanisation et de l’industrialisation, les rejets d’eaux
usées ont considérablement évolués tant sur le plan qualitatif que quantitatif. Pour ne
pas hypothéquer les usages de l’eau en aval de ces rejets, des réglementations
européennes (Directive Eaux Résiduaires Urbaines – 21/05/1991) et nationales (Loi
sur l’eau – 3/01/1992, décret – 03/06/1994, Arrêtés – 06/05/1996 et 21/06/1996) ont
été édictées. Elles fixent les obligations des communes et des particuliers et définit le
rôle de l’Etat.
Ces réglementations définissent la notion d’Equivalent-Habitant (EH) qui est
l’estimation de la quantité de pollution journalière rejetée par un habitant (tableau 2 ).
L’équivalent-habitant permet ainsi d’exprimer, à l’aide d’une unité commune, des
types de rejets différents et de pouvoir en conséquence les comparer.
Paramètres Equivalent - Habitant
Volume consommé 150 litres
Demande Biologique en Oxygène sur 5 jours (DBO5) 60 g
Demande Chimique en Oxygène (DCO) 120 g
Matières en suspension (MES) 90 g
Matières azotées (Azote total –NTK) 15 g
Matières phosphorées (phosphore total – PT) 4 g
Escherichia coli (cf. 3.2) 2.14 109
Tableau 2 : Pollution émise journellement par un habitant
D’après le recensement de la population en 1999, 97% des logements disposaient
d’un système d’assainissement et 80% des logements étaient raccordés à un réseau
collectif d’assainissement.
L’épuration des eaux usées domestiques fait appel à différents systèmes alternatifs
(lagunage, filtres plantés de roseaux, lits bactériens, boues activées) dont la mise en
place sera effective en fonction des contraintes locales (capacités épuratrices,
disponibilité de terres,…). Pour les stations d’épuration de plus de 10000
Equivalents-habitant , 50% d’entre elles sont construites sur le principe des boues
activées qui est décrit ci-dessous (figure 6).
Prétraitements
Le Dégrillage consiste à éliminer les déchets les plus grossiers.
Le dessablage et le Déshuilage consistent à faite passer l’effluent dans
un bassin où la réduction de la vitesse d’écoulement va permettre une décantation
des sables et une flottaison des graisses. L’injection de microbulles d’air assure une
accélération de la flottaison des graisses.
Traitements primaires physico-chimiques