OFFRE DE THESE
RENTREE 2017
CEA GRENOBLE
Test Optique de Susceptibilité pour la
Phagothérapie
Laboratoire d’électronique et de technologie de l’information
Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives Direction de la recherche technologique
MINATEC Campus | 17 rue des Martyrs | 38054 Grenoble Cedex 9 Département micro-technologies pour la biologie et la santé
T. 04-38-78-44-56 | F. 04-38-78-51-64
Établissement public à caractère industriel et commercial RCS Paris B 775 685 019
MOTS-CLES
Phagothérapie ; bactéries pathogènes ; diagnostic in-vitro ; méthodes optiques sans
marquage ; spectroscopie sur cellule unique ; imagerie de speckle ; holographie numérique.
CONTEXTE DE LA THESE
La pandémie de bactéries multirésistantes a un impact croissant sur la mortalité dans le
monde entier. Avec l’apparition fin 2015 d’une résistance à la colistine, l’antibiotique de
dernier recours, la situation s’aggrave et l’OMS prévoit que, dans un futur proche, les
maladies infectieuses redeviendront la première cause de mortalité dans le monde.
Pourtant, dans les 30 dernières années, aucune nouvelle classe d’antibiotiques n’a atteint le
stade de la mise sur le marché.
Dans ce contexte, la phagothérapie devrait connaître un important essor dans les
prochaines années. Il s’agit d’une alternative crédible aux antibiotiques reposant sur les
bactériophages (ou phages), un type de virus infectant spécifiquement les bactéries. De
même qu’une antibiothérapie efficace et raisonnée se base sur des outils de diagnostic in-
vitro, l’antibiogramme notamment, la phagothérapie devra se baser sur un test donnant la
sensibilité de la bactérie isolée chez le patient à un panel de phages. Et comme
l’antibiogramme, ce test de susceptibilité pour la phagothérapie devra s’adapter au
contexte d’automatisation croissante des laboratoires de diagnostic.
OBJECTIFS DE LA THESE
La thèse se propose de développer un outil de diagnostic pour la phagothérapie. Il s’agira de
préciser, à partir de la bactérie isolée chez le patient, quel(s) phage(s) employer dans la
thérapie, et ce en moins d’une heure. Instrumentalement, pour chaque phage testé, il s’agit
de suivre un événement de lyse bactérienne (ou l’absence de lyse) en fonction du temps.
Plusieurs méthodes optiques, innovantes et sensibles, sont envisagées pour y parvenir :
l’objectif principal de la thèse sera de les tester et de les comparer pour déterminer laquelle
est la plus apte à être mise en œuvre dans les laboratoires de microbiologie.
Les deux premières méthodes qui seront étudiées se basent sur un test avec culture
bactérienne, et donc sur un suivi de la biomasse. La première est fondée sur une culture en
milieu gélosé. L’évolution de la biomasse sera déterminée par une technique de suivi
cinétique du «speckle», c’est-à-dire la granularité obtenue lorsque l’objet diffusant que
constitue la culture bactérienne est éclairé par une lumière cohérente. Cette technologie est