04.04.2025
Руководство пользователя
модуль
Биомаркеры
2Руководство пользователя
Оглавление
1. Наименование и назначение системы ................................4
2. Термины и определения .............................................5
3. Порядок получения доступа к системе и запуск программы ..........6
Установка и запуск программы 6
4. Авторизация в системе ..............................................7
5. Выбор модулей .....................................................8
6. Выход из системы ...................................................9
7. Профиль пользователя .............................................10
8. Библиотека ......................................................... 11
Соединения 14
Меню «Действия» 14
Действия из карточки соединения 16
Коэффициенты 16
Меню «Действия» 16
Действия из карточки коэффициента 18
Шаблоны графиков 18
Меню «Действия» 18
Действия из карточки шаблона графика 23
9. Страница проектов .................................................24
Выбор и смена рабочей группы 24
Создание нового проекта 25
Выбор проекта 26
10. Проект ............................................................27
Информация о проекте 27
Изменение названия, комментария, статуса, кодового слова проекта 28
Изменение типа глубины и названия хроматограмм в проекте 29
11. Хроматограммы ....................................................30
Импорт и заполнение паспорта 30
Просмотр вкладки «Хроматограммы» 34
Действия с хроматограммами 36
Меню «Действия с хроматограммами» 36
Действия на уровне группы 42
Действия на уровне файла 42
12. Фрагменты ........................................................43
Импорт фрагментов 43
Действия с фрагментами 45
Меню «Действия с фрагментами» 45
Действия на уровне TIC 48
Действия на уровне SIM 48
13. Разметка ..........................................................49
Изменение высоты графиков в раметке 49
Горячие клавиши в разметке 50
Выбор эталона и задание параметров эталона 52
Параметры, регулирующие алгоритм детектирования пиков 53
Параметры: общие, интервалы, запрет разметки 62
Детектирование пиков и начало разметки 63
Сохранение разметки 64
Шаг 1 Настройка эталона 65
Задание интервалов 65
Шаг 2 Разметка эталона 69
Шаг 3 Настройка сопроводительных 70
Шаг 4 Разметка сопроводительных 71
Шаг 5 Идентификация 72
Шаг 6 Завершение разметки 73
3Руководство пользователя
Дополнительные возможности 74
Добавление сопроводительных хроматограмм 74
Переразметка хроматограмм 75
Возвращение на предыдущие шаги разметки 77
14. Версии разметок ...................................................78
15. Числовые данные .................................................79
Таблицы данных 79
Меню «Действия с таблицами» 79
Действия с таблицами данных на уровне группы 82
Действия с таблицами данных на уровне файла 82
Действия из открытой таблицы данных 83
Таблицы коэффициентов 88
Меню «Действия с таблицами» 88
Действия с таблицами коэффициентов на уровне группы 88
Действия с таблицами коэффициентов на уровне файла 88
Действия из открытой таблицы коэффициентов 88
Импортированные таблицы 89
Импорт таблиц 89
Меню «Действия с таблицами» 92
Действия с импортированными таблицами на уровне группы 92
Действия с импортированными таблицами на уровне файла 92
Действия из открытой импортированной таблицы 92
Объединенные таблицы 93
Меню «Действия с таблицами» 93
Действия с объединёнными таблицами на уровне группы 93
Действия с объединёнными таблицами на уровне файла 93
Действия из открытой объединённой таблицы 93
16. Графики .......................................................... 94
Меню «Действия с графиками» 94
Действия с графиками на уровне группы 95
Действия с графиками на уровне файла 95
Просмотр и изменение графиков 96
17. МГК анализ ........................................................97
Построение модели МГК 97
Работа с моделью МГК 98
Расчёт критерия Хотеллинга 111
Модели МГК 114
18. Порядок обращения в Техническую поддержку ................... 115
41 Наименование и назначение системы Руководство пользователя
Наименование Бизнес-решения — «Программа идентификации геохимических данных для генетической
и катагенетической типизации» (модуль «Биомаркеры») в составе ИТ-платформы «Геобазис»
Модуль «Биомаркеры» предназначен для обеспечения полного цикла обработки геохимических данных
для генетической и катагенетической типизации изучаемых проб В модуле возможно проводить разметку
хроматографических данных с идентификацией химических соединений, рассчитывать биомаркерные соотношения
и строить графики, характеризующие фациально-генетические и катагенетические признаки изучаемых образцов
Работа в модуле «Биомаркеры» состоит из 4-х основных частей:
1 Авторизация — вход в систему «Геобазис», дальнейший выбор модуля «Биомаркеры»
2 Страница проектов — создание проекта / выбор из перечня доступных проектов
3 Проект — работа в проекте
4 Библиотека — добавление соединений, коэффициентов и шаблонов графиков
Проект состоит из следующих разделов:
• Информация о проекте — страница проекта с возможностью управления проектом: переименования, изменения
типа отображаемой глубины и шаблона имени в проекте, удаление проекта
• Хроматограммы и фрагменты — загрузка, список хроматограмм и фрагментов проекта
• Версии разметок — хранение разметок
• Числовые данные — хранение таблиц (таблицы данных с химическими соединениями, таблицы коэффициентов,
импортированные таблицы, объединенные таблицы)
• Графики — хранение графиков, построенных по шаблонам из библиотеки
• Модели МГК — результаты МГК анализа
Примечание: в Руководстве пользователя все названия, включая названия месторождений, хроматограмм,
пользователей, групп и других объектов и сущностей являются вымышленными
1. Наименование и назначение системы
52 Термины и определения Руководство пользователя
2. Термины и определения
Таблица 1. Термины и определения
Термин Определение
ЛКМ Левая кнопка мыши
ПКМ Правая кнопка мыши
ПО Программное обеспечение
БЛ Базовая линия
ГК Главная компонента
МГК Метод главных компонент
TIC (total ion chromatography) — режим сканирования по полному диапазону
масс, видны все компоненты, идентифицированные в пробе
SIM
(single ion monitoring) — режим сканирования отдельных масс, выполняется
искусственно, «вырезается» определенный участок хроматограммы
и на нем выводится только сигнал целевой группы компонентов В системе
SIM файлы называются «Фрагменты»
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
1
/
116
100%
