1- Cytobacteriologie des selles

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ÉTUDE CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES SELLES
1. Flore intestinale normale
1.1. Composition de la flore du colon
Le tube digestif humain héberge 1012 bactéries essentiellement dans le colon. Des bactéries
commensales s’implantent dès la naissance pour donner une flore endogène qui devient stable à partir de
l’âge d’un an. Cette flore normale regroupe environ 450 espèces.
L’analyse de différentes selles donne la composition de la flore fécale normale correspondant à la
flore du colon.
Bactéries
Flore constante ou fréquente
Flore inconstante ou rare
Aérobies à Gram –
Escherichia coli : 1 à 2.107
Citrobacter
Klebsiella (rares)
Proteus vulgaris et mirabilis
(rares)
Morganella
Providencia
Pseudomonas
Hafnia alvei
Aérobies à Gram +
Enterococcus : 1 à 2.104
Staphylococcus : 102 à 103
Lactobacillus : 104 à 105
Micrococcus
Bacillus
Staphylococcus aureus
Anaérobies à
Gram –
Bacteroïdes : 1012
Flore de Veillon
Anaérobies à
Gram +
Peptococcus
Streptopeptococcus
Eubacterium : 106
Clostridium : 106
Tableau 1 :
Composition de la flore intestinale normale de l’adulte avec indication approximative
de la concentration de chaque groupe par gramme de selles
La coloration de Gram de selles normales présentent un équilibre en Gram – et Gram +.
1.2. Répartition des différents groupes bactériens
On distingue :
• des espèces dominantes présentes à des concentrations de l’ordre de 109 à 1011 / gramme de
selles.
• des espèces sous-dominantes présentes à des concentrations de l’ordre de 106 à 108 /
gramme de selles.
• des espèces fluctuantes (105 bactéries / gramme de selles) présentes ou non selon les
individus.
• des espèces en transit apportées par l’alimentation.
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Les bactéries anaérobies strictes sont largement prédominantes et représentent 99 % du nombre
total de bactéries des selles et 40 % de la masse sèche des selles.
Les bactéries anaérobies strictes constituent la flore de Veillon :
• Gram ! : Bacteroïdes
• Gram + : Peptococcus, Streptopeptococcus, Eubacterium, Clostridium
La présence de ces bactéries rend l’isolement des selles, dans des conditions aérobies, difficile.
Parmi les aéro-anaérobies, Escherichia coli est de loin l’espèce la mieux représentée.
En dehors des bactéries, on peut trouver en petite quantité des levures du genre Candida.
1.3. Rôles de la flore intestinale
1.3.1. Rôle métabolique
Elle possède une action métabolique bénéfique à l’hôte :
• dégradation de substrats exogènes (cellulose, acides gras, acides aminés, …) et
endogènes (urée, bilirubine, acides biliaires,…) ainsi que des débris cellulaires du
colon.
• production de vitamine B12 (cobalamine) impliquée dans le métabolisme des acides
nucléiques
1.3.2. Rôle protecteur
Elle constitue une barrière microbienne qui s’oppose à l’implantation de bactéries exogènes
ou en limite le nombre.
2. Infections intestinales
2.1. Intestins et métabolisme intestinal
2.1.1. Fonctions d’absorption
L’intestin grêle et le colon permettent l’absorption des nutriments, de l’eau et des électrolytes
de la lumière intestinale vers le sang.
2.1.2. Fonctions de sécrétion
L’eau et les électrolytes peuvent être sécrétés du sang vers la lumière intestinale.
2.1.3. Bilan
Chez l’adulte sain, 98 % des 9 litres de liquide entrant dans le tube digestif sont absorbés.
L’eau résiduelle (environ 200 mL) donne sa consistance à la selle.
2.1.4. Déséquilibre
Une augmentation en eau du contenu fécal avec pour conséquence une diminution de la
consistance des selles et une augmentation de la fréquence peut être considérée comme une
diarrhée.
Une diarrhée est une émission fréquente et abondante de selles liquides à molles.
Une diarrhée peut avoir une cause non infectieuse (dysfonctionnement de l’absorption
d’aliments, tumeur, médicaments, substances toxiques).

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Cependant, les diarrhées les plus fréquentes sont d’origine microbienne : virale, bactérienne
ou parasitaire.
2.2. Toxi-infections et diarrhées
La plupart des diarrhées d’origine bactérienne sont la conséquence de toxi-infections d’origine
alimentaire.
Une toxi-infection1 ou infection d’origine alimentaire est une intoxication de l’organisme par des
toxines sécrétées par les micro-organismes.
2.2.1. Ingestion de bactéries entérotoxiques et libération des toxines dans l’intestin
a. Bactéries responsables
Vibrio cholerae et Vibrio parahaemolyticus,
Clostridium perfringens A
Escherichia coli entérotoxique
b. Mécanisme d’action
L’entérotoxine inhibe la réabsorption d’eau et des électrolytes au niveau intestinal d’où
la fuite hydrominérale et la diarrhée.
La muqueuse n’étant pas détruite, les diarrhées sont fécales sans pus ni sang.
2.2.2. Intoxinations dues à la libération des toxines dans l’aliment
Une intoxination1 est un empoisonnement dû uniquement aux toxines présentes dans
l’aliment et produites par des microorganismes que ceux-ci soient encore présents ou non
a. Bactéries responsables
Staphylococcus aureus entérotoxique
b. Mécanisme d’action
La toxine est produite et sécrétée par la bactérie dans l’aliment avant l’ingestion.
Remarque : Clostridium botulinum est une bactérie qui est responsable d’intoxinations
(botulisme) mais qui ne provoque pas de diarrhée.
2.2.3. Colonisation par des bactéries entéroinvasives
a. Bactéries responsables
Salmonella, Shigella,
Escherichia coli entéroinvasives (EIEC) et entéropathogènes (EPEC)
Yersinia enterocolitica, Campylobacter jejuni
b. Mécanisme d’action
Les bactéries adhèrent aux entérocytes (par exemple par leurs fimbriae) puis pénètrent
dans l’entérocyte et s’y multiplient. Elles gagnent le tissu conjonctif. Cela entraîne une
réaction inflammatoire avec lésions de la muqueuse et donc une diarrhée purulente avec
quelquefois présence de sang.
Les Salmonelles des fièvres typhoïde et paratyphoïdes pénètrent très profondément dans
la muqueuse où elles se multiplient puis atteignent les ganglions mésentériques. Une grande
1 http://www.granddictionnaire.com/btml/fra/r_motclef/index800_1.asp
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partie des bactéries est détruite par les ganglions ce qui entraîne une libération de l’endotoxine
(antigène O) et les troubles généraux (troubles nerveux, fébriles,…). Certaines Salmonelles
gagnent la circulation sanguine après la circulation lymphatique. Ceci se traduira par une
coproculture et une hémoculture positives.
c. Conditions de l’infection
Le nombre de bactéries entéropathogènes dans l’aliment doit être élevé pour entraîner
des troubles.
2.3. Flores intestinales pathologiques
Dans certains cas de diarrhée, le germe responsable de l’infection est largement prédominant en
culture presque pure, la flore est déséquilibrée, la bactérie dominante doit être identifiée :
• Dysenterie bacillaire (Shigella dysenteriae)
• Choléra (Vibrio cholerae)
• Entérocolites (Yersinia, E. coli, Proteus, Pseudomonas)
Dans d’autres cas, l’agent infectieux peut exister en petit nombre au sein d’une flore commensale
non modifiée (équilibre entre bactéries à Gram + et bactéries à Gram –). C’est le cas de la plupart des
shigelloses (sauf dysenterie bacillaire) et surtout des salmonelloses.
La présence de Salmonella et de Shigella dans une selle a toujours une signification pathologique
quel qu’en soit le nombre.
3. Coproculture ou étude cytobactériologique des selles
Une coproculture correspond à l’ensemencement pratiqué à partir des fèces (selles) dans le but d’isoler et
d’identifier les agents pathogènes responsables d’une infection digestive.
3.1. But
Rechercher parmi la flore normale :
• soit des bactéries normalement absentes et pathogènes,
• soit une espèce bactérienne anormalement dominante,
• soit des bactéries entéropathogènes chez un porteur sain.
3.2. Contexte de réalisation
Elle peut être demandée :
• pour rechercher l’agent pathogène responsable d’une diarrhée,
• pour contrôler l’efficacité d’un traitement,
• pour chercher des porteurs sains.
3.3. Les différentes étapes de l’analyse
Voir polycopié sur l’analyse cytobactériologique d’une selle