ÉTUDE CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES SELLES 1. Flore intestinale normale Les bactéries anaérobies strictes constituent la flore de Veillon : 1.1. Composition de la flore du colon Le tube digestif humain héberge 1012 bactéries essentiellement dans le colon. Des bactéries commensales s’implantent dès la naissance pour donner une flore endogène qui devient stable à partir de l’âge d’un an. Cette flore normale regroupe environ 450 espèces. L’analyse de différentes selles donne la composition de la flore fécale normale correspondant à la flore du colon. Bactéries Aérobies à Gram – Flore de Veillon Aérobies à Gram + Anaérobies à Gram – Anaérobies à Gram + Les bactéries anaérobies strictes sont largement prédominantes et représentent 99 % du nombre total de bactéries des selles et 40 % de la masse sèche des selles. • • Gram ! : Bacteroïdes Gram + : Peptococcus, Streptopeptococcus, Eubacterium, Clostridium La présence de ces bactéries rend l’isolement des selles, dans des conditions aérobies, difficile. Parmi les aéro-anaérobies, Escherichia coli est de loin l’espèce la mieux représentée. En dehors des bactéries, on peut trouver en petite quantité des levures du genre Candida. 1.3. Rôles de la flore intestinale Flore constante ou fréquente Flore inconstante ou rare Escherichia coli : 1 à 2.107 Citrobacter Klebsiella (rares) Proteus vulgaris et mirabilis (rares) Enterococcus : 1 à 2.104 Staphylococcus : 102 à 103 Lactobacillus : 104 à 105 1.3.1. Rôle métabolique Elle possède une action métabolique bénéfique à l’hôte : Morganella Providencia Pseudomonas Hafnia alvei • Micrococcus Bacillus Staphylococcus aureus • dégradation de substrats exogènes (cellulose, acides gras, acides aminés, …) et endogènes (urée, bilirubine, acides biliaires,…) ainsi que des débris cellulaires du colon. production de vitamine B12 (cobalamine) impliquée dans le métabolisme des acides nucléiques 1.3.2. Rôle protecteur Bacteroïdes : 1012 Elle constitue une barrière microbienne qui s’oppose à l’implantation de bactéries exogènes ou en limite le nombre. Peptococcus Streptopeptococcus Eubacterium : 106 Clostridium : 106 2. Infections intestinales 2.1. Intestins et métabolisme intestinal Tableau 1 : Composition de la flore intestinale normale de l’adulte avec indication approximative de la concentration de chaque groupe par gramme de selles La coloration de Gram de selles normales présentent un équilibre en Gram – et Gram +. 2.1.1. Fonctions d’absorption L’intestin grêle et le colon permettent l’absorption des nutriments, de l’eau et des électrolytes de la lumière intestinale vers le sang. 2.1.2. Fonctions de sécrétion L’eau et les électrolytes peuvent être sécrétés du sang vers la lumière intestinale. 2.1.3. Bilan 1.2. Répartition des différents groupes bactériens Chez l’adulte sain, 98 % des 9 litres de liquide entrant dans le tube digestif sont absorbés. On distingue : • des espèces dominantes présentes à des concentrations de l’ordre de 109 à 1011 / gramme de selles. • des espèces sous-dominantes présentes à des concentrations de l’ordre de 106 à 108 / gramme de selles. • des espèces fluctuantes (105 bactéries / gramme de selles) présentes ou non selon les individus. • des espèces en transit apportées par l’alimentation. C. LARCHER 1- Cytobactériologie selles – Page 1 / 4 – L’eau résiduelle (environ 200 mL) donne sa consistance à la selle. 2.1.4. Déséquilibre Une augmentation en eau du contenu fécal avec pour conséquence une diminution de la consistance des selles et une augmentation de la fréquence peut être considérée comme une diarrhée. Une diarrhée est une émission fréquente et abondante de selles liquides à molles. Une diarrhée peut avoir une cause non infectieuse (dysfonctionnement de l’absorption d’aliments, tumeur, médicaments, substances toxiques). C. LARCHER 1- Cytobactériologie selles – Page 2 / 4 – Cependant, les diarrhées les plus fréquentes sont d’origine microbienne : virale, bactérienne ou parasitaire. partie des bactéries est détruite par les ganglions ce qui entraîne une libération de l’endotoxine (antigène O) et les troubles généraux (troubles nerveux, fébriles,…). Certaines Salmonelles 2.2. Toxi-infections et diarrhées gagnent la circulation sanguine après la circulation lymphatique. Ceci se traduira par une La plupart des diarrhées d’origine bactérienne sont la conséquence de toxi-infections d’origine coproculture et une hémoculture positives. alimentaire. c. Conditions de l’infection Une toxi-infection1 ou infection d’origine alimentaire est une intoxication de l’organisme par des Le nombre de bactéries entéropathogènes dans l’aliment doit être élevé pour entraîner toxines sécrétées par les micro-organismes. des troubles. 2.2.1. Ingestion de bactéries entérotoxiques et libération des toxines dans l’intestin a. Bactéries responsables 2.3. Flores intestinales pathologiques Dans certains cas de diarrhée, le germe responsable de l’infection est largement prédominant en Vibrio cholerae et Vibrio parahaemolyticus, Clostridium perfringens A Escherichia coli entérotoxique culture presque pure, la flore est déséquilibrée, la bactérie dominante doit être identifiée : b. Mécanisme d’action L’entérotoxine inhibe la réabsorption d’eau et des électrolytes au niveau intestinal d’où la fuite hydrominérale et la diarrhée. • Dysenterie bacillaire (Shigella dysenteriae) • Choléra (Vibrio cholerae) • Entérocolites (Yersinia, E. coli, Proteus, Pseudomonas) Dans d’autres cas, l’agent infectieux peut exister en petit nombre au sein d’une flore commensale La muqueuse n’étant pas détruite, les diarrhées sont fécales sans pus ni sang. 2.2.2. Intoxinations dues à la libération des toxines dans l’aliment 1 Une intoxination est un empoisonnement dû uniquement aux toxines présentes dans l’aliment et produites par des microorganismes que ceux-ci soient encore présents ou non a. Bactéries responsables Staphylococcus aureus entérotoxique non modifiée (équilibre entre bactéries à Gram + et bactéries à Gram –). C’est le cas de la plupart des shigelloses (sauf dysenterie bacillaire) et surtout des salmonelloses. La présence de Salmonella et de Shigella dans une selle a toujours une signification pathologique quel qu’en soit le nombre. 3. Coproculture ou étude cytobactériologique des selles Une coproculture correspond à l’ensemencement pratiqué à partir des fèces (selles) dans le but d’isoler et b. Mécanisme d’action La toxine est produite et sécrétée par la bactérie dans l’aliment avant l’ingestion. Remarque : Clostridium botulinum est une bactérie qui est responsable d’intoxinations (botulisme) mais qui ne provoque pas de diarrhée. 2.2.3. Colonisation par des bactéries entéroinvasives a. Bactéries responsables Salmonella, Shigella, Escherichia coli entéroinvasives (EIEC) et entéropathogènes (EPEC) Yersinia enterocolitica, Campylobacter jejuni b. Mécanisme d’action Les bactéries adhèrent aux entérocytes (par exemple par leurs fimbriae) puis pénètrent dans l’entérocyte et s’y multiplient. Elles gagnent le tissu conjonctif. Cela entraîne une réaction inflammatoire avec lésions de la muqueuse et donc une diarrhée purulente avec d’identifier les agents pathogènes responsables d’une infection digestive. 3.1. But Rechercher parmi la flore normale : • • • soit des bactéries normalement absentes et pathogènes, soit une espèce bactérienne anormalement dominante, soit des bactéries entéropathogènes chez un porteur sain. 3.2. Contexte de réalisation Elle peut être demandée : • • • pour rechercher l’agent pathogène responsable d’une diarrhée, pour contrôler l’efficacité d’un traitement, pour chercher des porteurs sains. 3.3. Les différentes étapes de l’analyse Voir polycopié sur l’analyse cytobactériologique d’une selle quelquefois présence de sang. Les Salmonelles des fièvres typhoïde et paratyphoïdes pénètrent très profondément dans la muqueuse où elles se multiplient puis atteignent les ganglions mésentériques. Une grande 1 http://www.granddictionnaire.com/btml/fra/r_motclef/index800_1.asp C. LARCHER 1- Cytobactériologie selles – Page 3 / 4 – C. LARCHER 1- Cytobactériologie selles – Page 4 / 4 –