sujet 2013- 05 - Institut Méditerranéen d`Océanologie

Proposition de stage de Master 2
Structuration génétique péri-corse (marqueur microsatellite)
du denti, sparidé marin côtier.
1. INTRODUCTION
Le denti, Dentex dentex (Linnaeus, 1758), est un poisson marin côtier emblématique et
patrimonial de la Méditerranée qui représente un intérêt économique important pour la pêche
professionnelle artisanale. Le denti est particulièrement ciblé par la pêche récréative aussi
bien à l’hameçon qu’en chasse sous-marine mais il n’existe pas de réelle estimation de ce
prélèvement.
Au niveau de ses caractéristiques biologiques, le denti a une longévité importante et les
capacités de renouvellement de la population apparaissent potentiellement limitées. C'est la
seule espèce de sparidés classée comme menacée / vulnérable au niveau de l’évaluation
régionale de l’IUCN pour la Méditerranée (Abdul Malak et al. 2011).
Enfin, l’élevage du denti pour l’aquaculture est actuellement en cours de développement en
Méditerranée (Rueda & Martinez 2001) en apparaissant comme une espèce prometteuse pour
la diversification des piscicultures méditerranéennes dont la production est essentiellement
basée sur le loup et la daurade.
Le denti est réparti sur toute la Méditerranée et l’océan Atlantique Nord Est du golfe de
Gascogne au cap Blanc (Sénégal), Madère, à titre exceptionnel au sud des îles Britaniques et
est signalé comme très rare en Mer Noire (Bauchot & Hureau 1986) ; en Méditerranée il est
bien représenté au centre et au sud de la Méditerranée où ses populations sont plus
nombreuses et stables (Ramos-Espla & Bayle-Sempere 1991). C’est un poisson côtier nectobenthique (0-200m) vivant sur des fonds rocheux et herbiers à Posidonia oceanica. Le denti
est un poisson de relativement grande taille (jusqu’à 1m et plus de 10 kg) dont la longévité est
importante (âge maximum rapporté: 33 ans) (Chemmam-Abdelkader et al. 2004). C'est une
espèce gonochorique (sexes séparés), la maturité sexuelle est atteinte entre l’âge de 2 et 4 ans
et la période de reproduction est étalée entre avril et juin (Morales-Nin & Moranta 1997).
Actuellement il existe très peu d’information en termes de génétique des populations sur
Dentex dentex ; une des rares études publiées montre une nette différentiation entre la
population de Méditerranée et la population Atlantique (Bargelloni et al. 2003). Rien n'est
connu autour de la Corse où il est abondant.
2. PROJET DE STAGE
Il est à "géométrie variable" selon la vitesse d'acquisition des données:
2.1. Partie centrale du projet
L’objectif du stage est de décrire les lignées génétiques de denti tout autour de la Corse
grâce à un échantillonnage abondant (ce qui est exceptionnel pour cette espèce). Une
collaboration étroite entre scientifiques et pêcheurs artisanaux a été indispensable pour obtenir
cet échantillonnage qui est déjà en partie constitué. Les pêcheurs professionnels sont
organisés autour de la Corse en zones correspondant aux 4 prud'homies. Les prélèvements
sont faits au cours de deux automnes successifs (2012-2013).
Une analyse fine, basée sur les marqueurs nucléaires hypervariables, visera à identifier la
structure génétique des populations de denti autour de la Corse et de la comparer avec les
zones adjacentes de la Méditerranée occidentale (Italie, Espagne, Afrique du Nord, etc…).
Pour cela, quelques microsatellites et ISSR sont déjà disponibles (Brown et al. 2005; Casu et
al 2009). D'autres marqueurs nucléaires complémentaires comme les introns (Berrebi et al.
2005, 2006) seront également testés.
Le traitement des données nucléaires passera par des méthodes multidimensionnelles et
d'assignation, en plus des paramètres classiques de la génétique des populations.
2.2. Phylogéographie: étude facultative
L'autre objectif sera abordé si la première partie ne rencontre pas de difficulté. Il s'agit de
positionner la/les populations de Corse dans la phylogénie de l'espèce en Méditerranée (et au
Portugal). Pour cela, les échantillons de Grèce, Italie, Espagne et Portugal de l'étude de
Bargelloni et al. (2003) seront rajoutés à l'échantillonnage.
Plus précisément, à partir d'un échantillonnage raisonné de l'espèce déjà en grande partie
constitué, il sera possible de décrire son organisation populationnelle.
Une étude de base utilisant les séquences de l'ADN mitochondrial (le gène Cytochrome b:
Orrell et al, 2002; et la Dloop: Bargelloni et al, 2003) donnera un aperçu global de l'espèce.
3. CADRE INSTITUTIONNEL
Cette étude de la structure génétique des populations de denti sera entreprise en
collaboration avec l'Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier (correspondant Patrick
Berrebi, co-directeur du stage), l'Hellenic Center for Marine Research (correspondant Costas
Tsigenopoulos, co-directeur du stage) et la Plateforme marine Stella Mare de l'Université de
Corse Pasquale Paoli (correspondant Eric Durieux, co-directeur du stage).
L'étudiant sera basé à l'ISEM de Montpellier.
Ce projet bénéficie d'un financement européen FEDER.
Pour tout renseignement contacter
Patrick Berrebi <[email protected])