Proposition de sujet de thèse 2016 Candidat(1) Nom - Prénom : ROUSSET Guillaume Date de naissance : 1988 Cursus de second cycle (origine, années, mention) : Polytech Nantes/M2 Univ. Nantes, 2015, B Mention et classement au Master (Xème sur Y) : actuellement en CDD projet SAVALEFER (PI C. Menkes) Sujet de doctorat proposé Intitulé :Etude de la spéciation phytoplanctonique par la couleur de l’eau dans le Pacifique Tropical Sud Ouest La région du Pacifique sud est connue pour ses fortes abondances en diazotrophes (Dupouy et al., 1988, 1991, 2000 ; Campbell et al., 2005 ; Moisander et al., 2010 ; Dupouy et al., 2011; Luo et al., 2013) qui pourraient contribuer à près de 50% de la production nouvelle dans la zone (Garcia et al., 2007; Biegala et Raimbault., 2008). Il s’avère en effet que des efflorescences marquées de phytoplancton sont observées saisonnièrement (Dupouy et al., 2000), en été austral, par satellite autour du Vanuatu et s’étendent sur plusieurs centaines de kilomètres (Figure 1A-B). Pour expliquer la présence de ces efflorescences saisonnières, on invoque le caractère particulier des algues qui seraient principalement composées de diazotrophes (e.g Trichodesmium spp., Figure 1C) inféodées aux eaux chaudes qui apparaissent saisonnièrement autour de cet archipel mélanésien (Dupouy et al., 2011) et qui ont été également récemment observées en masse dans cette région (Shiozaki et al., 2014). L’efflorescence de décembre 2014 a été échantillonnée et captée par MODIS au cours d’une campagne IRD SPOT (N/O Alis) http://earthobservatory.nasa.gov/IOTD/view.php?id=85073 et http://oceancolor.gsfc.nasa.gov/MODIS/HTML/MelanesianTricho. La récente campagne OUTPACE (Oligotrophy to UlTraoligotrophy South PACific Experiment) (18 fevrier-4 avril 2015, N/O Atalante) a traversé cette efflorescence, d’ouest en est, entre la Nouvelle Calédonie et l’archipel des Iles Tonga. Le transfert d’azote et de carbone de ces efflorescences vers la chaîne alimentaire marine est le thème d’étude du projet OUTPACE (Pis : Moutin/Bonnet, ANR, LEFE, IRD, GOPS, CNES, 2014-2018) qui a permis une collaboration internationale. Dossier de candidature à une allocation de recherche CNES 2015 page 1/7 Figure 1: Chlorophylle observée par MODIS 2003-2010 en mg/m3 : en octobre (A) et en février (B). En encadré, la zone du Vanuatu. (C) Trainées de Trichodesmium spp. Vue aérienne entre le Vanuatu et la Nouvelle Calédonie (M. Lardy, IRD) Ainsi, lors des efflorescences exceptionnelles de phytoplancton observés dans la région par satellite, le Trichodesmium pourrait être à l’origine de forts apports en azote (sous forme d’ammonium ou de nitrates) et servir de précurseur à l’efflorescence d’autres groupes phytoplanctoniques. A partir des propriétés optiques (Dupouy et al., 2008) et d’observations satellites d’efflorescences assimilées à du Trichodesmium (Dupouy et al., 2011), plusieurs algorithmes de reconnaissance du Trichodesmium par satellite ont été développés ces dernières années. La revue bibliographique (McKinna, 2015) en résume les principes et les limites qui ont contribué à l’amélioration des capteurs satellites de la couleur au fil du temps. Description des travaux à mener, données disponibles et moyens utilisés au M.I.O. Nouméa Le travail proposé dans cette étude s'inscrit dans le volet analyse de la couleur de l’eau du projet CNES-TOSCA SAVALEFER, et du projet ANR OUTPACE et CNES OUTPACE et plus particulièrement dans la partie relevant de la reconnaissance du phytoplancton par imagerie satellite. Le travail de thèse est basé sur un travail sur des données de radiances satellite multicapteurs de couleur de l’eau, sur des données de niveau de la mer, de température, de vents et produits dérivés (e.g, FSLE : Finite Size Lyapounov Exponents, critères de tourbillons etc…), des données d’indices d’aérosols et de composition. Les tâches prévues dans le cadre de cette thèse sont les suivantes : 1- Analyse des données d’optique (réflectances, profils d’éclairement hyperspectral, propriétés optiques inhérentes et pigments) des campagnes dans la région du Pacifique tropical sud ouest (en particulier des diazotrophes) au cours des campagnes SPOT, NECTALIS, COMEVA et OUTPACE. 2- Ajustement et validation des algorithmes de spéciation incluant les fixateurs d’azote atmosphériques (e.g. Trichodesmium) autour du Vanuatu. Ceci sera notamment réalisé sur les données MERIS pleine résolution (300 m) collectées au site Kalicotier sur la NouvelleCalédonie et le Vanuatu (http://kalicotier.gis-cooc.org/data_access/vanuatu/) et sur l’archive MODIS courante à 1km depuis 2002, puis VIIRS et Sentinel 3 (2016). La validation des algorithmes s’appuiera sur l’analyse des propriétés optiques de l’eau et de sa composition phytoplanctonique (tâche 1) en lien avec les données satellite. Ce travail devra prendre en compte le couplage entre les méthodes de correction atmosphérique et les algorithmes couleur de l’eau. Les algorithmes de spéciation statistiques (e.g Deboissieu et al., 2014) utiliseront a priori la gamme la plus large de données environnementales satellites disponibles (e.g, SST, chlorophylle, rapport de réflectances etc…) mais aussi possiblement in situ (e.g profondeur de la couche mélangée ARGO ou autres etc.). Une partie du travail consistera alors à évaluer le meilleur modèle parmi tous les choix des prédicteurs possibles. 3- Analyse de la structure spatiale des espèces en fonction de l’environnement déduit d’autres mesures satellite à travers des indices de circulation océanique tels que FSLE (Finite Size Lyapounov Exponent, indice de présences de fronts, temps de renouvellement des eaux, (d’Ovidio et al., 2013), critères de tourbillons (e.g Okubo-Weiss etc…), mais aussi des données de température, de vents satellites et d’indices d’aérosols satellites et modélisés (Lefèvre et al., 2014). Par exemple, les premiers résultats de SAVALER montrent qu’il existe une forte coïncidence entre la présence de dynamique frontale près des Iles du Vanuatu, Fidji, et la structure des efflorescences phytoplanctoniques à une certaine époque, et dans un certain nombre de cas, en présence d’une forte concentration d’aérosols volcaniques. Une partie du travail consistera à décorréler les influences des divers facteurs. Laboratoire d’accueil Mediterranean Institute of Oceanography UM110 Case 901, Campus de Luminy, Bâtiment Méditerranée 13288 Marseille Cedex 9, France Aix-Marseille Université, Université de Toulon, IRD, CNRS Programmes finançant la recherche Le travail proposé dans cette étude s'inscrit dans le volet analyse de la couleur de l’eau du projet CNES-TOSCA SAVALEFER (Menkes et al., 2012) et plus particulièrement dans la partie relevant de la reconnaissance du phytoplancton par imagerie satellite). Les moyens informatiques à Nouméa sont répartis entre le LEGOS, le LOCEAN et le M.I.O. (plateforme de modélisation, archive satellite aerosols, couleur de l’eau de la région, Lefèvre J., 2015). Ce projet financé par le CNES pour 3 ans est dédié à cette question et au cours de ce projet, un effort d’analyse des données satellite de couleur de l’eau en coïncidence avec les données d’aérosols satellitaires a été déployé (De Boissieu et al., 2014). Un effort de collecte d’aérosols, de propriétés optiques et chimiques et de poussières sur les volcans va être mis en place en janvier 2016 à l’aide d’une série temporelle atmosphérique au Vanuatu (collecteur d’aérosols, photomètre solaire, CIMEL, mis à disposition par la SCRIPPS). Une partie modélisation atmosphérique avec un modèle régional météorologique couplé à de la chimie atmosphérique (WRF-CHEM, Lefèvre et al., 2013) est aussi développée. Au cours du projet du CNES, un CDD financé pour produire et mettre en forme une base de données de spéciation phytoplanctonique à l’échelle globale, à partir d’images SeaWifs et MODIS de niveau 3 (L3) respectivement à 9 km et 4 km, a cherché à mettre en cohérence les espèces déterminées par spéciation satellite par Alvain et al. (2005) et les algorithmes de Trichodesmium développés séparément par Dupouy et al. (2011). La méthode adoptée, basée sur un système d’apprentissage SVM (Machines à Support de Vecteurs) des données satellites de réflectance marine en fonction des espèces réellement observées (bases de données PHYSAT et MAREDAT) et de données satellites complémentaires (e.g SST, vents) a permis de distinguer 4 grands groupes phytoplanctoniques dans l’océan mondial : les nanoeucaryotes, les prochlorococcus, les synechococcus et les diatomées (De Boissieu et al., 2014a,b,c). Directeur(s) de thèse proposé(s) HDR : Cécile DUPOUY Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Nouméa, Nouvelle-Calédonie Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO, UM 110), équipe Chimie Environnementale Adresse : Centre IRD de Noumea, BP A5, CEDEX, 98848, Nouvelle-Calédonie mail : [email protected] Choix de cinq publications récentes (souligner éventuellement les étudiants dirigés cosignataires) : De Boissieu, F., Menkes, C., Dupouy, C., Rodier, M., Bonnet, S., Frouin, R.., 2014. Phytoplankton global mapping from space with a Support Vector Machine algorithm, Proc. of SPIE Vol. 9261, 92611R · © 2014 SPIE Duprey, N., Lazareth, C. E., Dupouy, C., Butscher, J., Farman, R., 2015. Seawater temperature and salinity records in Tridacna maxima's δ18Oshell: a new calibration integrating in situ data and growth correction, Coral Reefs, DOI 10.1007/s00338-014-1245-z Röttgers, R., Doxaran, D., Dupouy, C., 2016. Quantitative filter technique measurements of spectral light absorption by aquatic particles using a portable integrating cavity absorption meter (QFT-ICAM). Optics Rousset, G., De Boissieu, F., Dupouy, C., Lefèvre, J., Menkes, C., Frouin, R., Remote sensing of Trichdoesmium slicks in the Pacific Ocean with MODIS. Submitted 2016. Wattelez, G., Dupouy, C., Mangeas, M., Lefèvre, J., Touraivane, Frouin, R. 2016. A statistical algorithm for estimating chlorophyll concentration in the New Caledonian lagoon, Remote Sens. 2016, 8(1). Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années Nom : MARTIAS Chloe Intitulé : Dynamique de la matière organique dissoute chromophorique (CDOM) en zone lagonaire tropical du Pacifique Sud (Nouvelle Calédonie et îles Fidji) : influences climatique et anthropogénique. Type d'allocation : BOURSE PRESIDENT A.M.U. Date de début de l'allocation de doctorat : octobre 2014 Programme finançant la recherche : EC2CO TREMOLO, GOPS DROPS, ACTION SUD IRD Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% Nom : Fuchs Rosalie Intitulé : Modélisation de la chlorophylle de surface du lagon de Nouvelle Calédonie comme indicateur de l’état de santé de zones récifales côtières Type d'allocation : CIFRE Date de début de l'allocation de doctorat : 2010 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : Janvier 2013 Programme finançant la recherche : VALHYBIO PNTS Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Situation candidat : Ingénieur modélisation ACRI-ST Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% Co-Directeur proposé Nom – MENKES Christophe CR1 IRD LOCEAN Adresse mail :[email protected] Choix de cinq publications récentes (souligner éventuellement les étudiants dirigés cosignataires) : Cravatte, S., E. Kestenare, G. Eldin, A. Ganachaud, J. Lefèvre, F. Marin, C. Menkès, and J. Aucan, 2015: Regional circulation around New Caledonia from two decades of observations. Journal of Marine Systems, 148, 249–271, doi:10.1016/j.jmarsys.2015.03.004 Hunt B.P.V., Allain V., Menkès C E, Lorrain A.,. Graham B., Rodier M., Pagano, M., Carlotti F., 2014. A coupled stable isotope-size spectrum approach to understanding pelagic food-web dynamics: A case study from the southwest sub-tropical Pacific, Deep Sea Research Part II. http://dx.doi.org/10.1016/j.dsr2.2014.10.023 Jullien S., C. E. Menkès, P. Marchesiello, N. C. Jourdain, M. Lengaigne, A. Koch-Larrouy, J. Lefèvre, E. M. Vincent, V. Faure (2012). Impact of tropical cyclones on the heat budget of the South Pacific ocean, Journal of Physical Oceanography, vol.42, 11, pp. 1882-1906, 2012 Lefevre Jerome, Menkès C. E., Bani Philipson,Marchesiello Patrick, Curci Gabriele, Grell Georg A., Frouin, Robert (2015) Distribution of sulfur aerosol precursors in the SPCZ released by continuous volcanic degassing at Ambrym, Vanuatu, Journal of Volcanology and Geothermal Research, doi: 10.1016/j.jvolgeores.2015.07.018 Menkès C. E., Valerie Allain, Martine Rodier, Francis Gallois, Anne Lebourges-Dhaussy, et al. (2015). Seasonal oceanography from Physics to micronekton in the south-west paci c.Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2015, 113, pp.125-144.< 10.1016/j.dsr2.2014.10.026> Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années Nom : Smeti Houssem Intitulé : Type d'allocation : Date de début de l'allocation de doctorat : Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : Programme finançant la recherche : Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Situation candidat : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% Nom : Jullien Swen Intitulé : Type d'allocation : Date de début de l'allocation de doctorat : Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : Programme finançant la recherche : Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Situation candidat : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% (1) : A remplir lors de la campagne d'attribution des allocations, à l'issue de la session de juin des Masters Références citées Alvain S., Dandonneau, Y. Moulin C., J.F. Bréon., 2005. Remote sensing of phytoplankton groups in case 1 waters from global SeaWiFS imagery. Deep Sea Res. 52, 1989-2004. Biegala and Raimbault 2008, High abundance of diazotrophic picocyanobacteria (<3 µm) in a Southwest Pacific coral lagoon. Aquat. Microb. Ecol. 51:45–53 De Boissieu, F., Menkes, C., Dupouy, C., Rodier, M., Bonnet, S., Frouin, R.., 2014. Phytoplankton global mapping from space with a Support Vector Machine algorithm, Proc. of SPIE Vol. 9261, 92611R · © 2014 SPIE Campbell, L., Carpenter, E.J., Montoya, J. P., Kustka, A. B. & Capone, D. G., 2005. Picoplankton community structure within and outside a Trichodesmium bloom in the Southwestern Pacific Ocean. Vie et Milieu, 55 (3-4): 185-195. d'Ovidio, F., De Monte, S., Della Penna, A., Cotté, C., Guinet, C., 2013. “Ecological implications of eddy retention in the open ocean: a Lagrangian approach ”, J. Phys. A, Special Issue on the Lyapunov Exponent, 67 254023. Dupouy, C., Neveux, J., Dirberg, G., Röttgers, R., Tenório, M. M. B., S. Ouillon, 2008. Bio-optical properties of the marine cyanobacteria Trichodesmium spp., Journal of Applied Remote Sensing, 2, 1-17 Dupouy, C., Benielli-Gary, D., Neveux, J., Dandonneau, Y, T. Westberry, 2011. A new algorithm for detecting Trichodesmium surface blooms in the South Western Tropical Pacific, Biogeosciences, 8, 1-17, doi:10.5194/bg-8-1-2011 Garcia N, Raimbault P., Sandroni V., 2007. Seasonal nitrogen fixation and primary production in the Southwest Pacific: nanoplankton diazotrophy and transfer of nitrogen to picoplankton organisms, MEPS, 343, 25-33 Lefèvre J., Frouin R., Bani P., Grell G., Menkès C., Marchesiello P., Journal of Atmosphere Chemistry and Physic , "Distribution of sulfur aerosol precursors in the SPCZ from persistent passive volcanic degassing at Ambrym, Vanuatu", en révision Luo, Y.-W., et al., 2013. Database of diazotrophs in global ocean: abundance, biomass and nitrogen fixation rates. Earth System Science Data, 4, 47-73, doi:10.5194/essd-4-47-2012 McKinna L., 2015. Three decades of ocean-color remote-sensing in the World’s oceans: A review. Prog. Oceanography, 131, 177–199 . Moisander PH, Beinart RA, Hewson I, White AE, Johnson KS, Carlson CA, Montoya JP, Zehr JP, 2010. Unicellular cyanobacterial distributions broaden the oceanic N2 fixation domain. Science, Mar 19;327(5972):1512-4. doi: 10.1126/science.1185468. Neveux, J., Tenorio, M., Dupouy, C., T. Villareal, 2006. Spectral diversity of phycoerythrins and diazotrophs abundance in tropical South Pacific. Limnology and Oceanography, 51, 4, 1689-1698 Shiozaki, T., T. Kodama, K. Furuya (2014), Large-scale impact of the island mass effect through nitrogen fixation in the western South Pacific Ocean, Geophys. Res. Lett., 41, 2907-2913, doi:10.1002/2014GL059835