Le nouveau visagede la microbiologie diagnostique
publicité
‘ ‘ éditorial Le nouveau visage de la microbiologie diagnostique L a microbiologie vit une véritable révolution : de nouvelles technologies permettent de connaître plus tôt, avec plus de fiabilité et davantage de détails, les causes des infections. Ainsi, la biologie moléculaire a-t-elle relégué la culture cellulaire à jouer les seconds rôles pour détecter les virus et les bactéries intracellulaires. De même, la protéomique (spectrométrie de masse) a révolutionné la microbiologie con­ ventionelle rendant quasi obsolètes les galeries biochimiques d’identification. Même la traditionnelle gélose dévelopée par Julius Petri à la fin du «… deux autres méthodes méritent d’être connues des XIXe siècle a considérablement évolué, par exemple par l’adjonction de praticiens : le MALDI-TOF chromogènes pour améliorer ses per­ et le séquençage à haut formances. Le laboratoire de micro­ biologie moderne privilégie désordébit …» mais automatisation et technologies de l’information dans un but d’économicité, d’efficience et de qualité accrues. Pour bien comprendre ce tournant historique, prenons l’exemple des pneumonies. La bactériologie conventionnelle permet d’identifier par une approche non sélective une grande diversité de pathogènes. Cependant, PCR et tests rapides immuno-chromatographiques ont émergé comme des approches complémentaires incontournables, par exemple, pour la détec­ tion des légionelles. L’arrivée de PCR de type POCT (point-of-care test) permet désormais non seulement de détecter l’ADN de Mycobacterium tuberculosis, mais également d’identifier son éventuelle résistance à la rifampicine, par du personnel non formé en biologie moléculaire. Les POCT sont en train de révolutionner la microbiologie classique à différents niveaux. Ils modifient l’organisation du laboratoire de microbiologie lorsqu’ils sont délocalisés près du patient. Ils permettent un rendu plus Articles publiés sous la direction des professeurs rapide de résultats et offrent la possibilité d’être à disposition 24 heures sur 24, 7 jours sur 7. Enfin, de nouveaux tests rapides, généralement utilisés au laboratoire, permettent de détecter rapidement certaines résistances aux antibiotiques. Ceci est particulièrement utile pour les entérobactéries et les bacilles Gram négatif non fermentatifs qui, en raison de la pression de sélection importante, ont acquis des facteurs de résistance aux antibiotiques. La grande transmissibilité de ces mécanismes de résistance, portés par des éléments mobiles (transposons, plasmides), mérite d’être Gilbert Greub mentionnée car elle souligne l’importance de réduire au maximum la pres­ Médecin-chef sion de sélection liée à l’administration d’antibiotiques. Institut de microbiologie UNIL-CHUV, Lausanne Outre une adaptation aux nouvelles épidémies et aux nouvelles menaces, dont les bactéries Gram négatif multirésistantes, le laboratoire de micro Jacques Schrenzel biologie évolue par l’adoption de nouvelles technologies. En dehors des Médecin responsable POCT-PCR, deux autres méthodes méritent d’être connues des praticiens : Laboratoire de recherche génomique le MALDI-TOF et le séquençage à haut débit. Service des maladies infectieuses Laboratoire de bactériologie Le MALDI-TOF permet une identification rapide et fiable de la plupart Service de médecine de laboratoire des souches isolées en clinique et offre la perspective d’une identification HUG, Genève bactérienne directement à partir d’hémocultures positives, permettant une Editorial G. Greub J. Schrenzel Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 03_04_38187.indd 1 2123 10.11.14 11:41 ‘ ‘ antibiothérapie mieux ciblée et plus tôt dans environ 50% des cas. Ce nou­ vel outil permet également la détection de certains mécanismes de résistance (carbapénémases) ou un typage préliminaire de certaines souches. Le séquençage à haut débit permet d’entrevoir dans un proche avenir le développement de la génomique microbienne d’importance médicale, dont les applications incluent : a) la détection de facteurs de virulence ; b) la traçabilité des souches lors d’épidémies (typage définitif) ; c) la détection de mécanismes de résistance aux anti«… le séquençage à haut biotiques et d) l’identification de nouvelles cibles pour le développement de kits diag­ débit sera disponible pour nostiques. Avec la réduction des coûts et la le praticien dans les années validation de pipelines bioinformatiques, le à venir …» séquençage à haut débit se rapproche du laboratoire de microbiologie diagnostique et sera disponible pour le praticien dans les années à venir. L’autre application importante du séquençage à haut débit est l’étude de la biodiversité microbienne par le séquençage parallèle de l’ensemble des ADN microbiens présents dans l’échantillon. Cette technique, appelée métagénomique, permet de donner une vision complète des flores composant l’être humain. La flore digestive apparaît ainsi fondamentale dans la biogenèse de l’obésité, et la flore respiratoire directement impliquée dans la pathogenèse de l’asthme. Ainsi, la microbiologie, d’une bran­che initialement au service des infectiologues, devient-elle un outil essentiel pour d’autres spécialistes, bien au-delà de l’infection et de l’inflammation. 2124 Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 03_04_38187.indd 2 Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 0 10.11.14 11:41
