Pertinence du diagnostic virologique des infections

M
I
S
E
A
U
P
O
I
N
T
Pertinence du diagnostic virologique des infections
respiratoires communautaires
Relevance of virological diagnosis in communautary-acquired
respiratory tract infections
● A. Mosnier*, B. Lina**
Résumé : Les infections virales respiratoires communautaires font partie du quotidien de tous les praticiens de ville. Il s’agit
d’infections aiguës des voies aériennes supérieures ou inférieures, quelquefois compliquées par une surinfection bactérienne et
évoluant souvent sous forme d’épidémies. De nombreux virus peuvent être responsables de ces infections, et il est impossible
d’en faire le diagnostic étiologique exclusivement sur la clinique. Ce diagnostic nécessite la réalisation d’un prélèvement au niveau
de la muqueuse nasale ou pharyngée (écouvillon, lavage ou aspiration) qui sera analysé dans un laboratoire de virologie spécialisé. Du fait de la lourdeur et de la lenteur des techniques virologiques, ce diagnostic est peu approprié à la pratique de ville, et
ces infections virales sont donc rarement documentées. Pourtant, le diagnostic étiologique des infections respiratoires communautaires est utile, nécessaire et pertinent, en particulier dans la perspective d’un bon usage des antibiotiques et du développement d’antiviraux spécifiques. Grâce aux réseaux de surveillance de la grippe, des données épidémiologiques de terrain, étayées
par des analyses virologiques, sont déjà disponibles. Elles fournissent des informations en temps réel sur la circulation des virus
et sur la situation épidémiologique de terrain. En complément, la commercialisation de tests virologiques rapides accessibles
aux praticiens pourrait leur permettre de réaliser un diagnostic étiologique précis chez certains des patients consultant pour
une infection respiratoire aiguë, et de connaître ainsi au mieux la situation épidémiologique locale.
Mots-clés : Culture cellulaire - Épidémiologie - PCR - Tests diagnostiques rapides - Traitement - Virus respiratoires.
Abstract: Respiratory tract infections are frequent diseases in outpatients. These are acute infections of the upper or lower
respiratory tract, rapidly evolving, responsible for large epidemic, with frequent bacterial super-infections. Numerous viruses are
responsible for these infections, and it remains impossible to identify the causative agents by simple analysis of the clinical
symptoms. This diagnosis has to be carried out by analysis in a virology lab of nasal/pharyngeal swabs or washes collected from
the patients. This diagnosis is rarely carried out in outpatients due to the lack of rapid and easy-to-handle techniques. In the
frame of the development of new antiviral agents, and the need for good practices in the management of antibiotics, the accurate diagnosis of acute respiratory tract infections in outpatients is both useful and relevant. Surveillance networks already
implemented for influenza surveillance provide real-time epidemiological and virological data available for general practice. The
development and future commercialisation of near patient tests should be of help to allow the accurate diagnosis of acute respiratory tract infection in outpatients.
Key-words: Cell culture - Epidemiology - Near patient tests - PCR - Respiratory viruses.
L’
infection respiratoire communautaire est la pathologie infectieuse la plus fréquemment rencontrée
en médecine de ville (1, 2). Les manifestations cli-
* Coordination nationale des GROG, Open Rome, Paris.
** Centre national de référence pour les virus influenza, région Sud, hospices
civils de Lyon, UMR 5537, Domaine Rockefeller, Lyon.
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
niques de ces infections sont très variées, allant du simple rhume
à la pneumopathie hypoxémiante, en passant par l’otite moyenne
aiguë. Les virus sont les principaux agents étiologiques de ces
infections respiratoires communautaires (3-6). Elles sont observées toute l’année avec un pic durant la période hivernale (3, 4, 7).
Les virus respiratoires sont les virus influenza, le virus respiratoire syncytial, les Adénovirus, les Rhinovirus, les Coronavirus,
57
I
S
E
A
les virus para-influenza, et les métapneumovirus. Ils sont responsables de pathologies respiratoires aiguës, souvent de durée courte
(4 à 7 jours), atteignant toutes les tranches d’âges et survenant
dans toutes les régions du globe (1). La circulation de ces virus,
et donc leur épidémiologie, dépendent de la saison et des latitudes (1, 8).
Parmi les virus respiratoires, le virus influenza est responsable
de la plus grande morbi-mortalité ; c’est aussi celui pour lequel
nous avons le plus de données épidémiologiques. Ce virus fait
l’objet d’une surveillance étroite, tant au niveau national (réseau
de surveillance des GROG) qu’au niveau international (réseaux
EISS et OMS) (1, 7). Cette surveillance est nécessaire pour détecter et caractériser les virus circulants, vérifier l’adéquation de la
composition vaccinale en cours et choisir les variants qui devront
être inclus dans les compositions vaccinales à venir. C’est aussi
grâce aux réseaux de surveillance internationaux qu’il a été possible de constater, durant l’hiver 2001-2002, l’apparition d’un
virus réassortant humain A (H1N2) (9).
En France, le réseau des médecins des Groupes régionaux d’observation de la grippe (GROG) assure depuis 1987 la surveillance
des infections grippales communautaires. Les généralistes et les
pédiatres des GROG réalisent des prélèvements chez des patients
présentant une infection respiratoire aiguë et adressent ces prélèvements, accompagnés d’une fiche de renseignements cliniques,
aux laboratoires de virologie. Ainsi, le réseau GROG assure la collecte d’informations cliniques et virologiques qui permettent
d’annoncer et de caractériser avec précision l’arrivée des virus grippaux sur le territoire français, de décrire l’épidémie et de mesurer
l’impact médico-économique de la grippe chaque hiver (7, 10).
Depuis 1990, le diagnostic des infections respiratoires aiguës effectué sur ces prélèvements de ville par le Centre national de référence pour les virus influenza (région Sud) pour la région RhôneAlpes combine la détection des virus grippaux à celle d’autres virus
respiratoires (VRS, virus para-influenza, Adénovirus, Rhinovirus et Entérovirus), de Chlamydia pneumoniae et de Mycoplasma
pneumoniae (7). L’élargissement de l’éventail du diagnostic audelà de la simple détection de la grippe a paru essentiel pour assurer un diagnostic étiologique aussi complet que possible des infections aiguës des voies aériennes supérieures et ne pas sur- ou
sous-estimer l’impact de la grippe (11, 12). Ce diagnostic précis
peut aussi permettre de corriger les erreurs d’appréciation parfois
importantes faites par le public quant à l’efficacité du vaccin antigrippal. En effet, même en période épidémique, le diagnostic de
grippe peut être porté en excès chez un patient vacciné devant une
symptomatologie respiratoire aiguë qui peut être la conséquence
d’une infection par un autre pathogène respiratoire, voire de phénomènes allergiques (12).
LES VIRUS RESPIRATOIRES ET LEUR POUVOIR PATHOGÈNE
Au cours des infections respiratoires communautaires, différents
virus peuvent être impliqués. Les trois les plus fréquemment rencontrés sont les Rhinovirus, les virus influenza (A et B) et le virus
respiratoire syncytial (sérotypes A et B).
La morbidité liée aux infections grippales ou à VRS est nettement plus importante que celle associée aux infections à Rhino58
U
P
O
I
N
T
virus. Les virus influenza et le VRS sont responsables d’infections hautes et basses essentiellement rencontrées en fin
d’automne et durant l’hiver, parfois compliquées de surinfections
bactériennes (pneumopathies, otites, sinusites). Le VRS est particulièrement en cause dans les infections respiratoires basses des
petits enfants (bronchiolite), et peut aussi être responsable d’infections chez l’adulte et la personne âgée. D’autres virus respiratoires sont également impliqués dans des pathologies respiratoires (Adénovirus, virus para-influenza 1, 2 et 3, Coronavirus,
métapneumovirus et parfois Entérovirus). À la différence des
virus influenza, dont l’épidémiologie reste imprévisible, la chronologie de la circulation des autres virus est connue. Ainsi, certains sont rencontrés plutôt durant l’automne et le printemps (Rhinovirus et Coronavirus), pendant l’été (virus para-influenza 3 et
Entérovirus), ou durant toute l’année, avec des petites bouffées
épidémiques localisées et transitoires (Adénovirus).
Enfin, cliniquement, certains, tels que les Rhinovirus ou les Coronavirus, ne donnent pratiquement que des infections bénignes des
voies aériennes supérieures, alors que le para-influenza 3 et les
Adénovirus peuvent être responsables d’infections des voies
aériennes inférieures accompagnées de signes généraux parfois
importants. Toutefois, en l’absence d’analyse virologique, il est
impossible pour le praticien de ville de faire un diagnostic étiologique précis des infections respiratoires, aucun de ces virus ne
donnant de tableau clinique pathognomonique (10, 13).
CONDUITE DU DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
DES INFECTIONS VIRALES RESPIRATOIRES
Techniques de prélèvement
Les infections virales respiratoires sont des infections aiguës
d’évolution courte et rapide. Le site primaire de réplication de la
plupart des virus respiratoires est l’épithélium cilié des voies
aériennes supérieures, quelles que soient les manifestations cliniques observées chez le patient infecté. L’excrétion virale se fait
essentiellement au niveau de la muqueuse nasale et ne dure que
4 à 7 jours, avec un pic au deuxième jour (figure 1). Dès lors,
pour être utile, un prélèvement à visée diagnostique doit être réalisé, de préférence au niveau de la muqueuse nasale, dans les deux
5
Nombre de virus (log)
par ml de sécrétion nasale
M
4
3
2
1
0
0
12 24 36 48 60 72 84 96 108 120 132 144
Durée (heures)
Date d'infection
Figure 1. Cinétique d’excrétion du virus influenza chez l’adulte (d’après 21).
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
ou trois premiers jours de la maladie. Plus le prélèvement sera
réalisé précocement, plus la chance d’obtenir un résultat positif
sera élevée. La technique la plus simple pour effectuer ce prélèvement consiste à réaliser un écouvillonnage nasal à l’aide d’un
écouvillon réservé aux analyses virologiques, c’est-à-dire associé
à un milieu de transport ou de survie. En pratique, l’écouvillon
est introduit dans la narine sur une longueur de 1,5 à 2 cm, horizontalement, sur un plan parallèle au plan du palais. Une rotation lente est alors appliquée sur l’écouvillon, puis il est retiré et
placé dans son milieu de survie ou de transport. Plutôt qu’un
écouvillonnage nasal, les Anglo-Saxons utilisent un système dit
d’aspiration nasale (14). Pour cela, un dispositif est placé dans
la narine du patient, permettant l’injection intranasale de 2 à 3 ml
de sérum physiologique. Ce liquide est ensuite aspiré et collecté
dans un tube du dispositif.
Pour certains virus respiratoires, il sera utile d’effectuer un écouvillonnage de gorge. C’est le cas pour les virus dont la réplication
se situe essentiellement au niveau des amygdales et du pharynx
(Adénovirus, Entérovirus). Ainsi, devant un tableau respiratoire
sans écoulement nasal clair franc (trachéite ou bronchite isolée),
certains préconisent de combiner systématiquement le prélèvement nasal à un prélèvement pharyngé au niveau des piliers de
l’amygdale et du fond de la gorge. Les deux écouvillons seront
envoyés au laboratoire.
Les virus sont responsables de 90 % des épisodes de bronchite
aiguë. Chez les patients atteints de bronchite chronique, les infections aiguës se partagent entre infections d’origine virale et bactérienne (50 %) (5). Au cours d’une bronchite, le prélèvement le
plus souvent réalisé est un crachat, dont l’analyse n’a aucun intérêt pour le diagnostic virologique (15). En effet, ces prélèvements
sont souvent purement salivaires, pauvres en cellules épithéliales,
et ne peuvent donc pas être informatifs (16). Au cours des épisodes de bronchite aiguë d’origine virale, le patient présente une
toux sèche, irritative et non productive. Lorsque la bronchite est
accompagnée d’une toux grasse, cela peut être le signe d’une surinfection bactérienne. Chez les patients atteints de bronchite aiguë
non productive, le diagnostic virologique sera possible sur un
prélèvement de nez et de gorge.
L’objectif de l’ensemble de ces techniques est de prélever des
cellules épithéliales infectées en nombre suffisant pour permettre
la réalisation du diagnostic ; les prélèvements paucicellulaires
sont à l’origine de faux négatifs.
Le délai d’acheminement des échantillons au laboratoire conditionne aussi le résultat. Afin d’avoir les meilleures chances de
diagnostic, les prélèvements doivent arriver le plus rapidement
possible. Qu’il s’agisse d’un prélèvement de nez ou de gorge, la
détection des virus est excellente lorsque les écouvillons sont placés
dans des milieux de transport adaptés. Ces prélèvements peuvent
attendre 48 à 72 heures à température ambiante avant d’être traités par le laboratoire de virologie, cela sans réduction des possibilités de détection de la plupart des virus respiratoires. Ainsi, les
prélèvements effectués en ville par les médecins des GROG sont
adressés aux laboratoires de virologie par la poste, dans des conteneurs spécifiques. Pour les liquides de lavage nasal, il n’y a pas
de milieu de transport possible. Toutefois, il est possible de
mélanger le liquide collecté avec un milieu de survie simple, ce
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
qui permet de conserver l’échantillon à 4 °C pendant quelques
heures avant de l’envoyer au laboratoire dans un délai maximum
de 8 heures.
Techniques de détection des virus respiratoires (tableau I)
Le diagnostic virologique au laboratoire est généralement réalisé
en combinant des techniques de détection antigénique rapide et
de mise en culture sur lignée cellulaire.
Les premières mettent en évidence des protéines virales directement
dans le prélèvement, généralement par ELISA ou par immunofluorescence (IF). Ces techniques rapides (2 heures en moyenne)
ont souvent une sensibilité correcte, parfois bonne (17-19), et permettent au laboratoire de donner une première réponse le jour même
du prélèvement. C’est sur la base de ces techniques que se développent les doctor-tests, tests simplifiés et rapides (en général
moins de 15 minutes), réalisables par un médecin dans son cabinet
(voir plus loin).
Il existe aussi des tests unitaires rapides utilisables au laboratoire
(environ 10 à 20 minutes). Le principe de ces tests est habituellement un ELISA sur membrane. Ils n’existent que pour la détection des virus de la grippe [par exemple Flu A-B Directigen, Beckton Dickinson (20), ou le VRS (Directigen)]. Ils permettent la
différenciation entre influenza A et influenza B, mais pas le soustypage des virus de type A (20). Leur évaluation par rapport aux
techniques classiques les place à équivalence avec certains tests
ELISA conventionnels.
Pour obtenir une bonne sensibilité, ces tests de diagnostic direct
sont en général couplés à la culture (7). La culture des virus demande
un environnement technique important dont ne disposent pas la
grande majorité des laboratoires privés. En effet, la culture virale
nécessite l’utilisation de hottes à flux laminaire de classe II (ou
postes de sécurité microbiologique), de microscopes inversés, de
centrifugeuses à plaques et d’étuves à CO2. Outre l’aspect purement technique, le second facteur qui limite l’utilisation de la culture est la nécessité d’avoir un personnel ayant la connaissance
et la maîtrise de ces techniques délicates. La culture des virus respiratoires nécessite l’entretien de différentes lignées, car il n’existe
Tableau I. Liste des techniques utilisables pour le diagnostic des infections à virus respiratoires.
Virus
IF
Influenza A
Influenza B
VRS A
VRS B
Rhinovirus
Adénovirus
Para-influenza 1
Para-influenza 2
Para-influenza 3
Para-influenza 4
Coronavirus**
Entérovirus
Métapneumovirus
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
Diagnostic direct
ELISA
TDR
+
+
+
+
+*
+*
+*
+
-
+
+
+
+
-
PCR
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Culture
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
±
* Les différents types peuvent être détectés par une réaction unique couplant
les AC anti-1+2+3.
** Hors souches Urbani et TOR.
59
M
I
S
E
A
Prélèvement
U
P
(Nez-gorge)
Milieu de transport
3 ml
3 aliquots
+ antibiotiques
30 mn
Centrifugation
+ 1 congelé (- 80 °C)
+ 1 PCR
Cellules + milieu
I
N
T
Figure 2. Algorithme utilisé
pour la détection des virus
respiratoires (CNR région
Sud). Cet algorithme ne tient
pas compte des techniques
moléculaires qui peuvent être
utilisées occasionnellement
pour augmenter la sensibilité
des tests ou pour confirmer
un diagnostic direct positif/
culture négatif (7).
2 mn x 400 g
Cultures sur cellules
Cellules + PBS
ELFA
VIDAS
VRS
Incubation
ECP
O
IF
IC ELISA
GR A
GR B
PARA
IC ELISA
(surnageant)
Identification
pas de lignée cellulaire permettant l’isolement de l’ensemble de
ces virus. Certaines cellules sont plus sensibles pour certains virus
respiratoires (par exemple : MDCK pour virus influenza ; HEp2
pour VRS ou Adénovirus). Ces cultures sont réalisées dans des
plaques et centrifugées, ou bien dans des tubes, ces derniers étant
mis sur des rollers afin d’améliorer la sensibilité de la culture
(17). Les prélèvements respiratoires sont habituellement incubés
à 34 °C.
Les méthodes diagnostiques utilisables pour la détection ou la
culture des virus dépendent du pathogène recherché. Ainsi, une
détection antigénique par ELISA et/ou IF est utilisable pour VRS,
influenza A et B et para-influenza 1, 2 et 3. Pour les Entérovirus,
les Rhinovirus, les Adénovirus respiratoires et les Coronavirus,
il n’existe pas d’anticorps adaptés à leur détection.
Hormis les Coronavirus, les virus respiratoires sont bien isolés
en culture cellulaire. Ainsi, dans un laboratoire expérimenté, la
culture reste la technique de référence pour la détection des virus
respiratoires. En utilisant un panel de lignées cellulaires, il est possible d’organiser la détection concomitante de plusieurs virus dans
un prélèvement. Ainsi, le CNR des virus influenza (région Sud)
assure un diagnostic assez élargi sur des prélèvements réalisés
en pratique communautaire (figure 2). Le défaut de cet algorithme est le délai de réponse. Les infections virales respiratoires
sont des infections aiguës, d’apparition et d’évolution rapides,
pour lesquelles seul un diagnostic rapide permet un diagnostic
étiologique et un traitement spécifique en temps réel. Pour cette
gestion du patient consultant pour une infection respiratoire aiguë,
le besoin d’un diagnostic rapide a été renforcé par la commercialisation de produits spécifiquement à activité antigrippale,
l’efficacité de ces produits étant directement liée à la précocité
de leur administration [effet maximal en cas d’administration
moins de 36 heures après le début des symptômes (21)]. Leur
60
spécificité antigrippale ainsi que leur prix font qu’ils ne doivent
être administrés qu’à bon escient, au mieux chez des patients pour
lesquels un diagnostic étiologique a pu être réalisé. Or, le délai
de réponse de la culture pour les virus respiratoires est d’environ
quatre jours.
Cette constatation simple, combinée au fait que certains virus ne
sont pas facilement isolables en lignée cellulaire, que la culture
des virus nécessite un investissement important en personnel et
que l’absence de diagnostic en temps réel entraîne un désintérêt
des cliniciens, a conduit au développement des tests moléculaires
de type PCR.
La PCR est une méthode de diagnostic rapide (de 4 à 24 heures)
et sensible. Comparée à la culture, elle est d’une sensibilité supérieure, et permet la détection de pathogènes dont la culture est
longue et fastidieuse, voire impossible (exemple : certains Coronavirus). L’avantage de cette technique est que le résultat positif ou négatif est obtenu rapidement (22). Comme pour la culture
des virus, la réalisation de la PCR se fait avec un environnement
technique important et du personnel qualifié. En effet, le diagnostic par PCR nécessite la maîtrise des processus d’extraction
des acides nucléiques (ARN ou ADN), ainsi que des techniques
d’amplification. Des procédures déjà publiées décrivent des PCR
permettant de détecter un pathogène précis (PCR simple) ou plusieurs pathogènes [PCR multiplex] (18, 19, 22). Les avantages
et inconvénients de la PCR par rapport à la culture des virus sont
un sujet de discussions passionnées. Certains prêchent pour le
tout-moléculaire (22), d’autres pour le tout-culture (23), les plus
modérés préférant l’utilisation combinée des deux techniques.
En fait, ces deux techniques sont complémentaires. Cependant,
l’utilisation intensive de la PCR permet aux laboratoires bien
structurés et capables d’absorber la demande de donner des
réponses rapides (en 4 à 8 heures), utiles pour la prise en charge
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
des patients. Cette rapidité de réponse entraîne une modification
de la perception de l’utilité du diagnostic virologique par les cliniciens, les rendant plus enclins à demander des analyses virologiques du fait de la valeur ajoutée à cette prise en charge (24). Les
techniques dites “multiplex”, permettant la détection simultanée
et rapide de deux à dix pathogènes respiratoires différents, seront
potentiellement très utiles (18). Ces techniques d’avenir nécessitent encore de la mise au point, afin d’avoir une sensibilité équivalente à celle obtenue globalement avec les PCR simples.
Actuellement, les techniques PCR ont une meilleure sensibilité
que la culture pour la détection des virus respiratoires. Toutefois,
le gain de sensibilité est différent selon les virus : il est indiscutable pour les Coronavirus et les Rhinovirus, moins évident pour
les virus influenza (19, 25). Par ailleurs, le retour en temps réel,
vers les praticiens, des résultats de prélèvements effectués à titre
diagnostique, pour des pathologies aussi courantes, nécessiterait
une adaptation du mode de transmission des résultats.
LES TESTS DE DIAGNOSTIC RAPIDE UNITAIRES (TDR)
Ces tests sont destinés aux médecins se trouvant au chevet du patient.
Ils sont appelés doctor tests ou near patient tests, et reposent généralement sur le principe d’une immuno-chromatographie sur bandelette après traitement des échantillons par un détergent libérant
les protéines virales contenues dans le prélèvement [exemple :
test QuickVue, QUIDEL (20)]. Ces TDR, dont le délai de réponse
est en moyenne de 10 à 20 minutes, s’appliquent indifféremment
sur des écouvillonnages, aspirations ou lavages de nez. Ils ne sont
commercialisés que pour les virus influenza. Le délai de réponse
de ces TDR en fait des outils intéressants pour la mise en route
du traitement antiviral antigrippal spécifique “en temps réel”.
Toutefois, comparés à la culture, ils manquent encore de sensibilité, ne différencient pas les types de virus influenza et ne per-
mettent pas le diagnostic d’autres viroses (12, 20). Par ailleurs,
leur réalisation nécessite une formation préalable et un temps de
réalisation difficilement compatibles avec la pratique de la médecine de ville.
FAUT-IL FAIRE LE DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
DES INFECTIONS RESPIRATOIRES COMMUNAUTAIRES ?
La réponse à cette question peut varier selon le contexte.
✓ Pour le Centre national de référence (CNR) des virus
influenza et des virus respiratoires, il est indispensable de faire
un diagnostic précis des infections respiratoires communautaires,
afin de caractériser le plus précisément possible les virus en circulation et leur impact médical réel (mortalité et morbidité), d’éviter ainsi de faire des interprétations erronées concernant leur circulation, et de participer aux choix vaccinaux (vaccin antigrippal).
Pour le CNR, le diagnostic virologique des infections respiratoires communautaires est donc pertinent. Ce diagnostic permet
la surveillance de la circulation des virus influenza comme celle
des autres virus respiratoires qui circulent avant ou en même
temps, et qui peuvent compliquer la surveillance de la grippe en
l’absence de données virologiques précises (figure 3) (11, 12, 26).
Les outils de la surveillance virologique doivent être préférentiellement la culture avec identification des souches virales isolées
(23). Seule la caractérisation des virus respiratoires permet le
suivi précis de la circulation des souches épidémiques, la détection
éventuelle de nouveaux variants, voire de souches potentiellement
pandémiques.
✓ Du point de vue du médecin hospitalier qui voit arriver en
urgence un patient pour un tableau infectieux grave lié à une possible infection virale, le diagnostic virologique est indispensable
Nombre de prélèvements
100
40
80
30
60
20
40
10
20
Nombre de prélèvements positifs
50
120
0
0
36 38 41 43 45 47 49 51 1
2001
3
5
7
Semaines
9 11 13 15 17 19 21 26
2002
Grippe A
Grippe B
Virus respiratoire syncytial
Rhinovirus
Entérovirus
Nombre de prélèvements
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
Adénovirus
Para-influenza
Figure 3. Circulation des principaux virus respiratoires dans
la région Rhône-Alpes, hiver
2001-2002. (Données GROG).
61
M
I
S
E
A
(25). À la différence du CNR, ce clinicien a besoin d’un diagnostic
positif ou négatif rapide pour une décision thérapeutique instaurant un traitement adapté et évitant les prescriptions inutiles. Pour
cela, ce médecin devra envoyer des prélèvements au laboratoire
de virologie qui réalisera de préférence un diagnostic direct ou
un diagnostic par PCR et, éventuellement, une mise en culture
(22). Le critère principal pour justifier le choix de la technique
utilisée par le laboratoire sera la rapidité de la réponse positive
ou négative. Seuls quelques laboratoires hospitaliers ont la capacité technique de réaliser la culture des virus respiratoires ; en
revanche, après un choix raisonné des amorces et des procédures
à utiliser, la plupart des laboratoires de CHU et de CHG auront
la capacité technique d’appliquer la PCR. Auront-ils le personnel
pour le faire ?
✓ Du point de vue du praticien de ville qui reçoit lors de sa
consultation des patients présentant une infection virale probable,
mais chez lesquels il redoute une infection bactérienne nécessitant l’administration d’antibiotiques, la seule solution spécifique
serait la réalisation au cabinet de tests de diagnostic rapide (20).
Actuellement, seuls existent des tests pour le diagnostic de grippe,
de sensibilité souvent insuffisante, et dont aucun n’est commercialisé en France. Dans un avenir proche, on pourra aussi faire le
diagnostic d’infection à VRS ou à Rhinovirus. Le résultat du test
permettrait d’argumenter un traitement adapté (ex. : antiviraux
spécifiques) et d’éviter la prescription inutile d’antibiotiques en
l’absence de signes de surinfection (16). Actuellement, les possibilités de diagnostic en temps réel d’une infection virale communautaire par un praticien de ville sont limitées, car les techniques diagnostiques ne sont pas encore accessibles. Outre ce
manque de tests permettant la recherche simultanée de plusieurs
virus, la place importante des infections respiratoires dans la pratique de ville rend l’élaboration d’une stratégie de diagnostic au
cabinet difficilement envisageable, faute de temps.
Aujourd’hui, seuls les praticiens participant aux réseaux de surveillance de la grippe ont la possibilité d’obtenir des résultats
virologiques en temps réel pour la grippe (TDR), ou dans un délai
rapide pour les autres virus (résultats du CNR). Toutefois, la réalisation et l’envoi de prélèvements par ces médecins vigies aux
laboratoires de référence permettent de fournir des données épidémiologiques utiles à tous les praticiens (7, 10). La confrontation
des données cliniques et virologiques obtenues renseigne sur les
conditions épidémiologiques du moment, et permet d’alerter lors
de l’apparition d’une épidémie. La diffusion large d’informations
épidémiologiques structurées au plan régional (notamment à travers le site Internet www.grog.org) est un élément clé du diagnostic étiologique précis. En période épidémique déclarée, les
médecins font le diagnostic clinique de la grippe avec une assez
bonne spécificité chez l’adulte et le grand enfant (15). Un travail
récent réunissant les données de plusieurs études a ainsi montré
que, en période confirmée de circulation grippale, la valeur prédictive positive de l’association d’une toux et de fièvre chez un adulte
vu à la 36e heure était de 85 % (13). Ainsi, à défaut d’un diagnostic
étiologique porté sur des prélèvements réalisés chez le patient, le
médecin peut au moins faire un diagnostic clinique probabiliste
étayé sur des données épidémiologiques en temps réel.
62
U
P
O
I
N
T
✓ Pour les autorités sanitaires, la connaissance précise de l’épidémiologie et de l’impact médico-économique des différentes
infections respiratoires virales est nécessaire à l’élaboration d’une
politique de soin adaptée : ciblage de la campagne vaccinale antigrippale, gestion des structures de soins pouvant être déstabilisées par la survenue de phénomènes épidémiques, meilleure
connaissance des populations à risque pour chaque virus, bon
usage des antibiotiques et antiviraux, élaboration d’un plan de lutte
en cas de pandémie grippale... Dans ce contexte, toutes les données
issues de la veille épidémiologique des infections respiratoires
sont utiles.
CONCLUSION
Le diagnostic des infections virales respiratoires communautaires
est important. Il est pertinent pour la prise en charge du patient,
car il permet d’apporter une réponse claire et documentée à des
situations cliniques fréquentes. En s’appuyant sur les résultats,
le praticien pourra expliquer rationnellement la stratégie thérapeutique proposée au patient (absence de prescription d’antibiotiques et éventuelle prescription d’antiviraux), ainsi que l’évolution prévisible de la maladie (durée et intensité des symptômes,
risque de contagion pour l’entourage). Pour la pratique de médecine communautaire, seule la mise au point de tests de proximité
(type TDR) permettrait aux praticiens de faire le diagnostic des
infections communautaires en temps réel. Cependant, la fréquence
de ces infections, le temps nécessaire à la réalisation de chaque
test et le coût inhérent à ces tests rendent peu plausible l’hypothèse de leur utilisation systématique. La diffusion large des données colligées par les réseaux GROG (données cliniques et prélèvements analysés par les CNR pour les virus influenza) prend
alors toute sa valeur en apportant aux soignants de terrain des
informations clinicobiologiques précises concernant l’épidémiologie et le pouvoir pathogène des virus respiratoires. Cette surveillance étroite montre que si l’épidémiologie des virus respiratoires est souvent prévisible, elle peut aussi être surprenante. Cette
stratégie de surveillance permet également de décrire des virus
émergents comme le métapneumovirus humain (7), ou surtout le
Coronavirus, responsable du syndrome respiratoire aigu sévère.
Il est particulièrement instructif de voir que les premières équipes
qui ont pu décrire ce nouveau pathogène ont eu recours aux techniques de culture cellulaire en utilisant des lignées classiques
(cellules vero) (27, 28). C’est grâce à l’isolement viral que
l’ensemble des études complémentaires a pu être réalisé, et qu’il
a été possible de diffuser rapidement un test diagnostique PCR
utilisable par de nombreux laboratoires (29).
Si l’on souhaite que les praticiens adhèrent à la stratégie du prélèvement virologique lors des infections respiratoires et que le
diagnostic soit d’un rapport coût-efficace favorable, il est nécessaire de développer des outils de diagnostic rapide fiables et sensibles. La combinaison de ces deux événements fera que les médecins auront le moyen d’identifier les infections virales et d’agir
sur elles en temps réel, et pourront peut-être dire : “Ah ! vous
voyez, c’est viral” en montrant le résultat du test, et donc administrer un traitement curatif et/ou symptomatique avec l’assenti■
ment d’un patient convaincu de la réalité du diagnostic.
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
R
É
F
É
R
E
N
C
E
S
B
I
B
L
I
O
G
R
A
P
H
I
Q
U
E
S
1. Treanor J. Respiratory infections. In : Richman DD, Whithley RJ, Hayden
FG, Eds. Clinical Virology. New York : Churchill Livingstone ; 1997 ; 5-33.
2. Arruda E, Pitkaranta A, Witek TJ, Doyle CA, Hayden FG. Frequency and
natural history of rhinovirus infection in adults during autumn. J Clin Microbiol 1997 ; 35 : 2864-8.
3. Nicholson KG, Kent J, Hammersley V, Cancio E. Acute viral infections of
upper respiratory tract in elderly people living in the community : comparative, prospective, population based study of disease burden. Brit Med J 1997 ;
315 : 1060-5.
4. Tsai HP, Kuo PH, Liu CC, Wang JR. Respiratory viral infections among
pediatric inpatients and outpatients in Taiwan from 1997 to 1999. J Clin.
Microbiol 2001 ; 39 : 111-8.
5. Reimer LG, Carroll KC. Role of the microbiology laboratory in the diagnosis of lower respiratory tract infections. Clin Infect Dis 1998 ; 26 : 742-8.
6. Van den Hoogen BG, De Jong JC, Groen J et al. A newly discovered human
pneumovirus isolated from young children with respiratory tract disease. Nat
Med 2001 ; 7 : 719-24.
7. Lina B, Valette M, Foray S et al. Surveillance of community-acquired viral
infections due to respiratory viruses in Rhône-Alpes (France) during winter
1994-1995. J Clin Microbiol 1996 ; 34 : 3007-11.
8. Aymard M, Valette M, Lina B, Thouvenot D, the members of the Groupe
Régional d’Observation de la Grippe and European Influenza Surveillance
Scheme. Surveillance and impact of influenza in Europe. Vaccine 1999 ; 17 :
S30-S41.
9. Gregory V, Bennett M, Orkhan MH et al. Emergence of influenza A H1N2
reassortant viruses in the human population during 2001. Virology 2002 ;
300 : 1-7.
10. Quenel P, Dab W, Hannoun C, Cohen JM. Sensitivity, specificity and predictive values of health service based indicators for the surveillance of
influenza A epidemics. Eur J Epidemiol 1994 ; 23 : 849-55
11. Boivin G, Osterhaus AD, Gaudreau A, Jackson HC, Groen J, Ward P.
Role of picornaviruses in Flu-like illness of adults enrolled in an oseltamivir
treatment study who had no evidence of influenza virus infection. J Clin Microbiol 2002 ; 40 : 330-4.
12. Drinka PJ, Gravenstein S, Krause P. Non-influenza respiratory viruses
may overlap and obscure influenza activity. J Am Geriatr Soc 1999 ; 47 :
1087-93.
13. Monto AS, Gravenstein S, Elliott M et al. Clinical signs and symptoms
predicting influenza infection. Arch Intern Med 2000 ; 160 : 3243-7.
14. Heikkinen T, Marttila J, Salmi AA, Ruuskanen O. Nasal swab versus
nasopharyngeal aspirate for isolation of respiratory viruses. J Clin Microbiol
2002 ; 40 : 4337-9.
15. Snacken R. Influenza diagnosis working party. Managing influenza in primary care, a practical guide to clinical diagnosis. Dis Manage Health Outcomes 2000 ; 8 : 79-85.
La Lettre du Pneumologue - Volume VII - no 2 - mars-avril 2004
16. Gonzales R, Bartlett JG, Bseere RE et al. Principles of appropriate antibiotic use for treatment of uncomplicated acute bronchitis : background. Ann
Intern Med 2001 ; 134 : 521-9.
17. Chomel JJ, Pardon D, Thouvenot D et al. Comparison between three
rapid methods for direct diagnosis of influenza and the conventional isolation
procedure. Biologicals 1991 ; 19 : 287-92.
18. Liolios L, Jenney A, Spelman D, Kotsimbos T, Callon M, Wesselingh S.
Comparison of a multiplex reverse transcription PCR-enzyme hybridization
assay with conventional viral culture and immunofluorescence techniques for
the detection of seven viral respiratory pathogens. J Clin Microbiol 2001 ; 39 :
2779-83.
19. Magnard C, Valette M, Aymard M, Lina B. Comparison of two nested
PCR, cell culture and antigen detection for the diagnosis of upper respiratory
tract infections due to influenza A and B viruses. J Med Virol 1999 ; 58 : 215-20.
20. Rodriguez WJ, Schwartz RH, Thorne MM. Evaluation of diagnostic tests
for influenza in paediatric practice. Pediatr Infect Dis J 2002 ; 21 : 193-6.
21. Hayden FG, Treanor JJ, Fritz RS et al. Use of the oral neuraminidase
inhibitor oseltamivir in experimental human influenza. Randomized controlled
trial for prevention and treatment. JAMA 1999 ; 282 : 1240-6.
22. Carman W. Molecular techniques should now replace cell culture in diagnostic virology laboratories. Rev Med Virol 2001 ; 11 : 347-9.
23. Olgivie M. Molecular techniques should not now replace cell culture in
diagnostic virology laboratories. Rev Med Virol 2001 ; 11 : 351-4.
24. Barenfanger J, Drake C, Leon N, Mueller T, Troutt T. Clinical and financial benefits of rapid detection of respiratory viruses : an outcome study. J
Clin Microbiol 2000 ; 38 : 2824-8.
25. Billaud G, Peny S, Legay V, Lina B, Valette M. Detection of rhinovirus
and enterovirus in upper respiratory tract samples using a multiplex nested
PCR. J Virol Methods 2003 ; 108 : 223-8.
26. Zambon MC, Stockton JD, Clewley JP, Fleming DM. Contribution of
influenza and respiratory syncytial virus to community cases of influenza-like
illness : an observational study. Lancet 2001 ; 358 : 1410-6.
27. Drosten C, Gunther S, Preiser W et al. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med 2003 ;
348 : 1967-76.
28. Ksiazek TG, Erdman D, Goldsmith CS et al. A novel coronavirus associated
with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med 2003 ; 348 : 1953-66.
29. Poutanen SM, Low DE, Henry B et al. Identification of severe acute respiratory syndrome in Canada. N Engl J Med 2003 ; 348 : 1995-2005.
Les auteurs remercient chaleureusement Danielle Thouvenot et
Martine Valette des discussions constructives autour de ce manuscrit,
ainsi que de leur insatiable soif pour la transmission des techniques de
culture cellulaire.
© La Lettre de l’Infectiologue 2003;XVIII(6):213-9.
63