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UNIVERSITE DE OUAGADOUGOU
Unité de Formation et de Recherche
En Science de la Vie et de la Terre
(UFR/SVT)
Laboratoire de Biologie-Ecologie
Animale (BEA)
BURKINA FASO
**********
Unité -Progrès -Justice
**********
-------------------------------
LABIOGENE/UFR-SVT
THESE
Présentée
Pour l’obtention du
Doctorat Unique de l’Université de Ouagadougou
Spécialité : Sciences Biologiques Appliquées
Option : Parasitologie/Virologie
par
Djénéba OUERMI
Maître ès Sciences
sur le thème :
Prévalence des infections opportunistes parasitaires
et virales chez les personnes vivant avec le VIH/SIDA
au Centre Médical Saint Camille
et au CERBA/LABIOGENE au Burkina Faso
Soutenue publiquement le 7 Novembre 2009
Devant la commission d’examen
Président : Laya SAWADOGO, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Membres : Gustave B. KABRE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Adrien Gaston Marie BELEM,Maître de Conférences, Université Polytechnique de Bobo
Jacques SIMPORE, Maître de Conférences, Université de Ouagadougou
Virgino PIETRA, Université de Brescia (Invité)
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
DEDICACES
A mon Père Issa et à ma Mère Aminata pour votre amour, la confiance que vous avez
placé en moi depuis mon très jeune âge, votre soutien de tout ordre et pour vos
encouragements.
A mes Frères, Sœurs, Parents et Amis pour votre soutien moral, matériels et pour vos
encouragements tout au long de ces années.
A tous ceux, qui, d’une manière ou d’une autre, ont contribué à l’aboutissement de ce
travail.
A toutes les personnes infectées ou affectées par le VIH ⁄ SIDA.
ii
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
REMERCIEMENTS
Ce travail a été réalisé entièrement au Laboratoire de Biologie Moléculaire et de
Génétique (LABIOGENE de l’UFR-SVT), au Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro
Annigoni (CERBA) et au Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou.
Je voudrais remercier le Professeur Laya SAWADOGO, Responsable de mon école
Doctorale de m’avoir acceptée dans son laboratoire de Biologie et Ecologie Animale
(BEA) pour cette spécialisation, et surtout pour avoir accepté de présider le jury. Trouvez
ici l’expression de toute ma reconnaissance.
J’exprime toute ma gratitude au Professeur Gustave B. KABRE, Vice-Président de
l’Université de Ouagadougou, membre du jury et co-directeur de cette thèse. Vous avez
accepté de suivre et de juger ce travail malgré vos multiples occupations. Soyez-en
remercié.
Je tiens à exprimer ma profonde gratitude au Professeur Jacques SIMPORE,
Directeur de cette thèse, membre du jury et Directeur de plusieurs institutions : Laboratoire
de Biologie Moléculaire et de Génétique (LABIOGENE de l’UFR/SVT) ; Centre de
Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA) ; Laboratoire du Centre Médical
Saint Camille de Ouagadougou et Recteur de l’Université Saint Thomas d’Aquin (USTA).
Merci pour ce thème de recherche pertinent que vous m’avez attribué, merci pour le
support économique de cette recherche, pour votre encadrement exceptionnel, vos précieux
conseils, vos encouragements et votre disponibilité malgré vos multiples fonctions.
Je remercie le Professeur Adrien Gaston Marie BELEM (Université Polytechnique de
Bobo), pour avoir accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre
contribution à l’amélioration de ce document et d’avoir accepté d’être membre du jury.
Trouvez ici l’expression de toute ma gratitude.
Je remercie le Professeur Francesco CASTELLI (Université de Brescia, Italie), pour
avoir accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre contribution à
l’amélioration de ce document. Trouvez ici l’expression de toute ma reconnaissance.
iii
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Je remercie le Professeur Wendengoudi GUENDA (Université de Ouagadougou), pour
avoir accepté de lire, critiquer et instruire cette Thèse. Merci pour votre contribution à
l’amélioration de ce document. Trouvez ici l’expression de toute ma gratitude.
Je remercie la Conférence Épiscopale Italienne (C.E.I.) pour le support économique
dans l’achat des multiples réactifs pour la recherche de cette thèse et pour la bourse d’étude
qu’elle m’accordée.
Je remercie le chef de département de Biologie Ecologie Animale, Dr Drissa SANOU,
et tous les enseignants de l’UFR-SVT qui m’ont enseignée et formée au cours de ces
années universitaires.
Je
remercie
les
Professeurs
Jean-Baptiste
NIKIEMA,
Jeanne
MILOGO/RASOLODIMBY, Joseph BOUSSIM et Antoine SANON pour leur
disponibilité, leurs conseils et leurs encouragements.
Je remercie tous mes aînés en particulier, les docteurs Charlemagne GNOULA,
Simplice KAROU,
Adama OUEDA,
Balé BAYALA, Christelle NADEMBEGA et
Monsieur Cyrille BISSEYE, pour leur disponibilité à mes multiples sollicitations.
C’est à tout le personnel de l’équipe du laboratoire du Centre Médical Saint Camille,
de LABIOGENE et du CERBA que je m’adresse pour leur dire combien j’ai été sensible à
leur disponibilité, leur soutien, leur aide. J’ai eu plaisir à travailler avec vous.
Je tiens à remercier les Docteurs Aline LAMIEN/MEDA, Charles Euloge LAMIEN et
Martin KIENDREBEOGO pour leurs conseils, leurs encouragements.
Je remercie également tous mes promotionnaires de Thèse de l’UFR/SVT, pour leur
franche collaboration tout au long de ces années. Je tiens à remercier particulièrement,
Fernand SANKARA, Mamadou MINOUNGOU, Souleymane TRAORE, Noëlie KPODA,
Ousseni OUEDRAOGO, Malika KANGOYE pour leur aide et leur amitié manifestée tout
au long de ce travail.
Enfin j’exprime mes plus vifs remerciements et ma profonde gratitude à ma famille, la
famille OUERMI pour l’aide multiforme qu’elle m’a apportée toutes ces années, et à
monsieur Roland MEDA pour son soutien inconditionnel.
iv
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
SOMMAIRE
REMERCIEMENTS ......................................................................................................... iii SOMMAIRE ....................................................................................................................... v LISTE DES FIGURES..................................................................................................... viii LISTE DES TABLEAUX.................................................................................................. x LISTE DES SIGLES ET ABRÉVIATIONS ................................................................. xii RÉSUMÉ ........................................................................................................................... xiv INTRODUCTION ........................................................................................................... 1 PREMIÈRE PARTIE : ...................................................................................................... 6 RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES ................................................................................. 6 Chapitre I: Le virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH) ......................................... 7 I – L’énigme du VIH ...................................................................................................... 7 I.1- Classification et Origine du VIH .......................................................................... 10 I.2- Structure du virion ................................................................................................ 12 I.3- VIH : Cycle du VIH et mode d’infection ............................................................. 16 I.4- Variabilité génétique du VIH ................................................................................ 19 II- Pathogenèse de l´infection par le VIH .................................................................... 22 II.1-Transmission du VIH....................................................................................... 22 II.2- Dynamique des marqueurs de l’infection á VIH ............................................. 23 II.2.1- Différentes phases de l’infection .............................................................. 23 II.2.2- Des évolutions particulières ..................................................................... 25 III- Classification de l’infection á VIH .................................................................... 26 IV- Diagnostic de l’infection à VIH ............................................................................. 26 IV.1- Diagnostic direct ............................................................................................ 26 IV.1.1- Détection de l’antigène p24 du virus ...................................................... 26 IV.1.2- Diagnostic moléculaire ........................................................................... 26 IV.1.3-Culture du virus........................................................................................ 27 IV.2- Diagnostic indirect : sérologie virale ............................................................. 28 IV.2.1- ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay) .................................. 28 IV.2.2-Tests rapides............................................................................................. 28 V- Traitement antirétroviral du VIH .......................................................................... 29 V.1- Indications de mise sous traitement ARV ...................................................... 29 V.2- Approches thérapeutiques ............................................................................... 30 V.2.1- Inhibiteurs nucléosidiques et nucléotidiques de la Transcriptase inverse 30 V.2.2- Inhibiteurs non nucléotidiques de la transcriptase inverse (INNRT) ....... 30 V.2.3- Inhibiteurs de la protéase (IP) .................................................................. 30 V.2.4- Inhibiteurs d’entrée et de fusion ............................................................... 31 V.2.5- Inhibiteurs de l´intégrase .......................................................................... 31 VI- Suivi biologique de l´infection à VIH .................................................................... 32 VI.1- Mesure du taux de lymphocytes TCD4 ......................................................... 32 VI.2- Mesure de la charge virale plasmatique du VIH ............................................ 33 VII-Traitement ARV et suivi biologique de l’infection à VIH au Burkina Faso..... 33 Chapitre II : Co-infections virales avec le VIH .............................................................. 35 I. Les Rotavirus .............................................................................................................. 35 I.1- Morphologie.......................................................................................................... 36 I.2- Structure ................................................................................................................ 37 v
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.3- Notion de sérotypes .............................................................................................. 38 I.4- Variabilité génétique et antigénique ..................................................................... 39 I.5- Mécanismes de cette diversité génétique :............................................................ 39 I.6- Mécanisme de la diarrhée ..................................................................................... 41 I.7- Clinique ................................................................................................................. 44 I.8- Diagnostic biologique ........................................................................................... 45 I.9- Prévention et traitement ........................................................................................ 45 II. Virus de l’hépatite B (VHB) ................................................................................... 47 II.1-Structure et génome .............................................................................................. 47 II.2-Mode d’infection et pathogenèse .......................................................................... 48 II.3-Symptômes de la maladie ..................................................................................... 49 II.4-Traitement et prévention....................................................................................... 50 III. Les Papillomavirus humain (HPV) ...................................................................... 52 III.1 - Classification ..................................................................................................... 52 III.2- Structure et génome ............................................................................................ 52 III.3- Mécanisme d’action des HPV ............................................................................ 54 III.4- Diagnostic .......................................................................................................... 55 III.5- Pouvoir pathogène et génotype .......................................................................... 55 III.6- Epidémiologie .................................................................................................... 56 III.7- Traitement et prévention .................................................................................... 57 Chapitre III: Co-infections parasitaires avec le VIH ..................................................... 59 I. Toxoplasma gondii ...................................................................................................... 59 I.1 -Présentation du parasite : Toxoplasma gondii ...................................................... 60 I.1.1-Classification .................................................................................................. 60 I.1.2- Biologie et cycle de développement .............................................................. 60 I.1.2.1- Biologie ................................................................................................... 60 I.1.2.2- Cycle de développement ......................................................................... 63 I.2- Mécanisme d’invasion cellulaire .......................................................................... 65 I.3- Méthodes biologiques de mise en évidence du parasite ....................................... 69 I.3.1- Les méthodes directes .................................................................................... 69 I.3.1.1- L’examen direct au microscope optique ................................................. 69 I.3.1.2- La mise en culture du parasite contenu dans un prélèvement ................. 69 I.3.1.3- La PCR (polymérase Chain réaction) ..................................................... 69 I.3.2- Les méthodes indirectes ................................................................................ 70 I.3.2.1-Le Dye-test ou test de Sabin et Feldmann ............................................... 71 I.3.2.2- Les tests d’immunofluorescence ............................................................. 71 I.3.2.3- Les réactions d’agglutination .................................................................. 72 I.3.2.4- Les réactions immuno-enzymatiques...................................................... 72 I.3.2.5- Les réactions d’immuno-capture............................................................. 72 I.4-Toxoplasmoses et méthodes prophylactiques ........................................................ 73 I.4.1- La toxoplasmose acquise ............................................................................... 73 I.4.2- La toxoplasmose congénitale ......................................................................... 73 I.4.3- Méthodes prophylactiques : ........................................................................... 75 I.4.3.1- Prophylaxie primaire............................................................................... 75 I.4.3.2- Prophylaxie secondaire ........................................................................... 75 II. Les Parasites intestinaux.......................................................................................... 77 II.1- Entamoeba histolytica ........................................................................................ 77 II.1.1- Biologie du parasite ...................................................................................... 78 vi
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
II.1.2- Physiopathologie .......................................................................................... 81 II.1.3- Clinique ........................................................................................................ 82 II.1.4- Diagnostic ..................................................................................................... 82 II.1.5- Traitement..................................................................................................... 83 II.1.6- Propylaxie ..................................................................................................... 83 II.2- Giardia intestinalis ............................................................................................. 84 II.2.1- Biologie du parasite ...................................................................................... 84 II.2.1.1- Classification ......................................................................................... 84 II.2.1.2 - Morphologie ......................................................................................... 85 II.2.2 - Cycle de développement.............................................................................. 86 II.2.3- Physiopathologie .......................................................................................... 87 DEUXIÈME PARTIE :................................................................................................... 88 MATÉRIEL ET MÉTHODES ....................................................................................... 88 I – Contexte de l’étude .................................................................................................. 89 II - cadre d'étude .......................................................................................................... 90 III. Matériel et Méthodes ............................................................................................. 93 III.1-Pour le dépistage du VIH, du VHB et de T. gondii ........................................ 93 III.1.1-Prélèvement de sang total ......................................................................... 93 III.1.2- Tests ELISA commerciaux pour le VIH ................................................. 94 III.1.3- Tests ELISA commerciaux pour le VHB................................................ 94 III.1.4- Tests ELISA commerciaux pour T. gondii ............................................. 94 III.1.5-La prophylaxie ARV pour la PTME ........................................................ 95 III.2- Pour le dépistage des RV, AdE, Parasites intestinaux ................................. 95 III.2.1-Prélèvement des selles .............................................................................. 96 III.2.2-Examen parsitologique des selles ............................................................. 96 III.2.3-Technique immunochromatographique sur membrane pour le test des RV
et des AdE............................................................................................................ 97 III.2.4- Technique RT-PCR comme test moléculaire de confirmation des RV .. 98 III.2.5-Caractérisation de l’état nutritionnel des enfants inclus dans l’étude .... 100 III.3 - Pour le dépistage des HPV ........................................................................... 101 III.3.1- Prélèvement des échantillons ................................................................ 101 III.3.3- PCR/ Hybridation .................................................................................. 101 III.3.4-Technique de cytofluorimétrie pour la numération des cellules CD4 .... 105 III.3.5-Le dosage de la Charge Virale du VIH .................................................. 105 TROISIÈME PARTIE :................................................................................................. 107 RÉSULTATS ET DISCUSSIONS ............................................................................... 107 I – Résultats : ................................................................................................................ 108 I.1 – Les résultats des travaux du premier article: ..................................................... 108 I.2- Les résultats des travaux du deuxième Article .................................................. 114 I.3- Les résultats des travaux du troisième article .................................................... 118 I.4- Les résultats des travaux du quatrième article .................................................... 124 II- Discussion générale ................................................................................................ 130 II. 1- Prévalence du VIH au Burkina Faso ................................................................ 130 II. 2- Coinfections virales avec le VIH ...................................................................... 131 II. 3 - Coinfections parasitaires et bactériennes avec le VIH .................................... 137 II. 4- Techniques de la biologie moléculaire et diagnostic viral ............................... 140 RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES .................................................................... 145 ANNEXE : PUBLICATIONS RÉALISÉES.............................................................. 162 vii
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
LISTE DES FIGURES
Figure 1: Carte du Burkina Faso présentant 6 sites sentinelles ............................................. 9 Figure 2: La prévalence du VIH au sein des femmes enceintes .......................................... 10 Figure 3: Représentation phylogénétique du SIV et du VIH............................................... 12 Figure 4: Structure du VIH .................................................................................................. 13 Figure 5: Disposition des gènes du VIH.............................................................................. 15 Figure 6: Processus d’infection du VIH .............................................................................. 17 Figure 7: Cycle du VIH ....................................................................................................... 17 Figure 8: Représentation géographique des souches des VIH de la genbank ..................... 21 Figure 9: Evolution de quelques paramètres lors de l’infection .......................................... 24 Figure 10: Les classes de médicaments antirétroviraux et leurs sites d’action. .................. 32 Figure 11: Répartition des Rotavirus dans le monde. .......................................................... 36 Figure 12: Morphologie d’un Rotavirus .............................................................................. 36 Figure 13: Structure d’un Rotavirus .................................................................................... 37 Figure 14: Classification des Reoviridae et du genre Rotavirus ......................................... 38 Figure 15: Souches de rotavirus .......................................................................................... 39 Figure 16: Réassortiments entre rotavirus d’espèces différentes ........................................ 40 Figure 17: Mécanisme d’infection du Rotavirus ................................................................. 40 Figure 18: Mécanisme de réplication du Rotavirus ............................................................. 41 Figure 19: Schématisation des mécanismes de la diarrhée à rotavirus................................ 43 Figure 20: Voies de transmission des virus des Rotavirus .................................................. 44 Figure 21: Hepatitis B virions ............................................................................................. 47 Figure 22: Structure du virus de l’hépatite B ...................................................................... 48 Figure 23: Schéma de HPV ................................................................................................. 52 Figure 24: Structure de HPV-16 .......................................................................................... 53 Figure 25: CONDYLOME : Verrues génitales ................................................................... 54 Figure 26: Toxoplasma gondii ............................................................................................. 61 Figure 27: Kyste tissulaire renfermant de nombreux bradyzoïtes ....................................... 62 Figure 28: Oocyste de toxoplasme ...................................................................................... 63 Figure 29: Cycle de développement de T. gondii ................................................................ 64 Figure 30: Schéma de l’évolution T. gondii ........................................................................ 68 © Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 31: Evolution des anticorps spécifiques au cours d’une primo-infection ................ 71 Figure 32 : E.histolytica (Trophozoïte et kyste) dans les selles .......................................... 79 Figure 33: Cycle de développement de l’Entamoeba histolytica ........................................ 81 Figure 34: Giardia intestinalis : Trophozoïte (A) et Kyste (B) observés dans les selles, ... 86 Figure 35: Cycle de développement du Giardia intestinalis ............................................... 87 Figure 36: La carte du Burkina Faso ................................................................................... 89 Figure 37: Ville de Ouagadougou ....................................................................................... 91 Figure 38: La ville de Ouagadougou divisée en 30 secteurs ............................................... 92 Figure 39 : Chaine ELISA : Spectrophotomètre ................................................................. 95 Figure 40: Résultat des tests rapides de Rotavirus et Adénovirus....................................... 98 Figure 41 : a: Kit d’extraction de l’ARN, b:Thermocycleur 9700 Applied Biosystem .... 100 Figure 42: Analyse et d’interprétation des résultats .......................................................... 104 Figure 43 : a: FACSCount (BD), b: FACSCalibur(BD) ................................................... 105 Figure 44 : M2000 (Abbott) .............................................................................................. 105 Figure 45: Proportion des agents pathogènes mis en évidences dans la diarrhée. ............ 116 Figure 46: Course d’électrophorèse sur gel d’agarose des amplicons de Rotavirus ......... 123 Figure 47: Photographie des Dot blot ................................................................................ 125 Figure 48: Évolution de la prévalence du VIH .................................................................. 131 Figure 49 : Fréquence en pourcentage des différentes souches de HPV isolées et leurs
coinfections........................................................................................................................ 136 ix
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
LISTE DES TABLEAUX
Tableau I: Protéines du VIH-1 et leurs fonctions (JAY et al., 1993). ................................. 16 Tableau II: Classification OMS de l’infection a VIH......................................................... 26 Tableau III: IIIa ; IIIb et IIIc : Conditions de la PCR ........................................................ 102 Tableau IV: Résultats des tests VIH des 3127 femmes enceintes. .................................... 109 Tableau V: Information sur le niveau scolaire, la fonction et la maternité des femmes
enceintes ............................................................................................................................ 110 Tableau VI: Coinfection T. Gondii et VHB en fonction de la sérologie VIH des femmes
enceintes ............................................................................................................................ 111 Tableau VII: Prévalence de T. gondii (IgM et IgG) et du VHB en fonction des classes
d’âge .................................................................................................................................. 111 Tableau VIII: Moyennes d’âge et de taux de CD4 corrélées aux antigènes anti-VHB, aux
anticorps de T. gondii et au VIH ....................................................................................... 112 Tableau IX: Prévalence des coinfections T. Gondii et VHB parmi les femmes enceintes
VIH séropositives .............................................................................................................. 113 Tableau X: Moyenne de l’âge, du Poids et de la taille en fonction de l’effectif de chaque
classe d’âge. 115 Tableau XI: Moyenne d’âge des enfants positifs et négatifs pour: Rotavirus, VIH,
Giardia intestinalis (G.i), Trichomonas intestinalis (T.i) et Hymenolepis nana.(H.n) ..... 116 Tableau XII: Nombre d’enfant par valeur du Z-score taille/âge (HAZ), poids/taille
(WHZ) et poids/âge (WAZ) .............................................................................................. 117 Tableau XIII: Valeur moyenne du Z-score par classe d’âge....................................... 117 Tableau XIV: Moyenne de l’âge, du Poids et de la taille en fonction de l’effectif de chaque
classe d’âge. ....................................................................................................................... 119 Tableau XV: Fréquence des agents pathogènes mis en évidence dans les selles et
prévalence du VIH selon l’âge .......................................................................................... 120 Tableau XVI: Sérologie du VIH-1 corrélée aux différentes co-infections et paramètres
anthropométriques ............................................................................................................. 121 Tableau XVII: Nombre d’enfants par valeur du Z-score taille/âge (HAZ), poids/taille
(WHZ) et poids/âge (WAZ) corrélé avec leur statut nutritionnel. .................................... 122 x
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Tableau XVIII: Moyenne d’âge, de CD4, CD3, CD8 et médiane de CV en fonction des
types de HPV ..................................................................................................................... 126 Tableau XIX: Statut matrimonial en fonction des résultats des tests de HPV .................. 127 Tableau XX: Profession en fonction des résultats des tests de HPV................................. 128 Tableau XXI: Fréquences des HPV en fonction des classes d’âges.................................. 128 xi
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
LISTE DES SIGLES ET ABRÉVIATIONS
3TC :
Lamivudine
Ac
Anticorps
:
ADN :
Acide désoxyribonucléique
ADNc :
ADN complémentaire
AdE :
Adénovirus entérique
Ag
:
Antigène
APP
:
Ancien Protocole Prophylactique
ARN :
Acide ribonucléique
ARV :
Antirétroviraux
AZT :
Azidothymidine (Zidovudine)
CD4 :
Classe de Différenciation 4
CERBA :
Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni
CMSCO :
Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou
ELISA :
Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay
E. H
:
Entamoeba histoliytica
Env
:
Enveloppe
Gag
:
Groupe antigène
Gp
:
Glycoprotéines
G. i
:
Giardia intestinalis
H.n.
:
Hymenolepis nana
HAART:
Highly Active Antiretroviral Treatment
HPV :
Papillomavirus
IgG
Immunoglobulines G
:
K.O.P.:
Kystes, Œufs, Parasites
LABIOGENE :
Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique
Lev
levure
:
L T CD4 :
Lymphocytes T CD4
LTR :
Long Terminal Repeat
Nef
:
negative factor
NPP
:
Nouveau Protocole Prophylactique
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
NVP :
Névirapine
OMS :
Organisation Mondiale de la Santé
ONUSIDA
Pol
:
:
Organisme des Nations Unies chargé de la lutte contre le SIDA
Polymérase
PTME :
Prévention de la Transmission Mère-Enfant du VIH
Rev
regulator of viral protein expression
:
RT/PCR :
Reverse Transcriptase/Polymerase Chain Reaction
RV
:
Rotavirus
S.s.
:
Strongyloïdes stercoralis
SIDA :
Syndrôme de l’ImmunoDéficience Acquise
TARV :
Traitement antirétroviraux
T. gondii :
Toxoplasma gondii
T.i.
:
Trichomonas intestinalis
Tat
:
transactivator
VHB :
Virus de l’hépatite B
Vif
:
Virion infectivity factor
VIH
:
Virus de l’Immunodéficience Humaine/
Vpr
:
Viral protein R
Vpu
:
Viral protein U
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
RÉSUMÉ
Objectif : Le but principal de cette thèse était de contribuer à améliorer la prise en charge
médicale des infections opportunistes parasitaires (Toxoplasma gondii, Entamoeba histolytica,
Giardia intestinalis) et virales (Rotavirus, Virus de l’Hépatite B, Papillomavirus Humain) chez les
personnes vivant avec le VIH/SIDA (PVVIH/SIDA).
Site d’étude : Notre site d’étude se situe dans la ville de Ouagadougou et plus précisément
dans le district sanitaire de Bogodogo qui regroupe les secteurs 14, 15, 28, 29, et 30. Nous avons
choisi ce district sanitaire car le CMSC, le CERBA et le LABIOGENE qui s’y trouvent, prennent
en charge médicalement les PVVIH/SIDA ayant des coinfections diverses.
Résultats : Les tests sérologiques du VIH chez 3127 femmes enceintes ont donnés les
résultats suivants : 7,3% des femmes étaient VIH-séropositives. Parmi elles, 97,4% avaient le VIH1 ; 1,8% le VIH-2 ; et 0,9% avaient une coinfection de VIH-1 et VIH-2. Nous avons effectué
également des analyses qui montrent des coinfections virales et parasitaires avec le VIH. C’est
ainsi que nous avons trouvé 31,9% de coinfection avec Toxoplasma gondii ; 2,9% avec Entamoeba
histolytica ; 8,8% avec Giardia intestinalis ; 13,0% avec le Virus de l’Hépatite B (VHB) et 38,2%
avec les Rotavirus. En plus de ces résultats obtenus, nous avons effectué des recherches
moléculaires de génotypes sur les papillomavirus (HPV) chez les femmes VIH-séropositives. Nous
avons trouvé 52,66% de HPV positifs. Nos résultats montrent une forte prévalence des souches de
HPV-18 (22,47%) ; HPV-30’S (15,73%) ; HPV-50’S (14,61%) et la coinfection de la souche 18
avec la souche 30’S (12,36%). Nos résultats indiquent donc que ces femmes sont prédisposées à
développer un cancer du col de l’utérus et parmi elles, 95,51% sont à haut risque pour développer
ce cancer au cours de leur vie.
Conclusion : Ce travail de recherche préliminaire sur les coinfections virales et parasitaires
nous montre des résultats qui ont des impacts de santé publique. Cette étude pourrait être un
tremplin pour une campagne de dépistage, de sensibilisation et de surveillance épidémiologique des
différentes souches du VIH, du HPV, du VHB, de T. gondii et des Rotavirus circulants au Burkina
Faso. L’évidence de la haute prévalence de l’infection à papillomavirus, au Virus de l’Hépatite B et
à Toxoplasma gondii dans notre pays, nous amène à proposer l’introduction des vaccins spécifiques
contre les souches du HPV, du VHB et de Toxoplasma gondii pour vacciner les adolescentes et les
femmes en âge de procréer.
Mots clefs : VIH/SIDA ; VHB ; HPV ; Rotavirus ; T. gondii ; Giardia ; amibe ; coinfection.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
ABSTRACT
Objective: The main purpose of this Thesis was to improve the medical management of
opportunistic parasitic infections (Toxoplasma gondii, Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis)
and viral (Rotavirus, Hepatitis B, Human Papilloma Virus) in people living with HIV/AIDS.
Study site: Our study site is located in the city of Ouagadougou and more specifically in
the health district of Bogodogo comprising these sectors: 14, 15, 28, 29 and 30. We chose this
district because there, we have CMSC, CERBA and LABIOGENE that care for people infected
with HIV/AIDS.
Results: The serological test for HIV in 3127 pregnant women was given the following
results: 7.3% of women were HIV-seropositive. Among them, 97.4% had HIV-1; 1.8% HIV-2; and
0.9% had a coinfection of HIV-1 and HIV-2. We also conducted tests that show viral and parasitic
co-infections with HIV. Thus we found 31.9% of co-infection with Toxoplasma gondii; 2.9% with
Entamoeba histolytica; 8.8% with Giardia lamblia; 13.0% with the Hepatitis B virus (HBV) and
38.2% with Rotavirus. In addition to these results, we have conducted research on molecular
genotypes Papillomavirus (HPV) in HIV-infected. We found 52.66% (89/169) of HPV positive.
Our results show a high prevalence of strains of HPV-18 (22.47%); HPV-30's (15.73%); HPV-50's
(14.61%) and co-infection of strain 18 with strain 30's (12.36%). Our results indicate that 89/169
women are predisposed to develop cancer of the cervix, of whom 95.51% are at high risk to
develop this cancer during their lifetime.
Conclusion: This preliminary research work on viral and parasitic coinfections shows
results that have impact in public health. This study could be a springboard for a screening
campaign, awareness and epidemiological surveillance of different strains of HIV, HPV, HBV, T.
gondii and Rotavirus circulating in Burkina Faso. The evidence of the high prevalence of HPV, the
hepatitis B virus and Toxoplasma gondii infection in our country leads us to propose the
introduction of vaccines against specific strains of HPV, HBV and Toxoplasma gondii to vaccinate
girls and women of childbearing age.
Key words : HIV/AIDS ; HBV ; HPV ; Rotavirus ; T. gondii ; Giardia ; amoeba; coinfection
xv
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
INTRODUCTION
1
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Introduction
Depuis les premiers cas déclarés en 1981 aux États-Unis (Centers for Disease
Control, 1981), le syndrome d’immunodéficience acquise (SIDA) continue de faire des
victimes à travers le monde. En 2007 on estimait à 33,2 millions le nombre de personnes
vivants avec le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) (UNAIDS, 2008) ; les femmes
représentant 15,4 millions et les enfants de moins de 15 ans 2,5 millions.
L’Afrique subsaharienne reste la région du monde la plus gravement touchée et le
SIDA y est toujours la principale cause de mortalité des adultes avec environ 22,5 millions
de personnes vivant avec le VIH, soit 68,0% des sujets infectés dans le monde
(ONUSIDA/OMS, 2007). A partir de 2001, le nombre annuel de nouvelles infections à
VIH a baissé ; passant de 3,0 millions à 2,7 millions en 2007. Parmi les nouvelles
tendances, il faut noter la baisse récente de la prévalence du VIH au Burkina Faso. En
effet, selon les estimations de l’OMS, le nombre de personnes, adultes et enfants, vivant
avec le VIH/SIDA est passé de 140.000 en 2001 à 130.000 en 2007 (OMS, 2006). La
prévalence du VIH chez les adultes a été estimée à 1,6% en 2007 (UNAIDS, 2008). La
prévalence du VIH parmi les jeunes femmes enceintes (15 – 24ans) fréquentant les
services de soins prénataux urbains est passée de 4% en 2001 à un peu moins de 2%
(OMS, 2006).
De 1981 à nos jours, plus de 20 millions de personnes sont décédées du SIDA
(ONUSIDA/OMS, 2007) laissant derrière eux veuves et orphelins. L’apparition du
VIH/SIDA a vu la recrudescence des infections opportunistes. La plupart des décès dus au
SIDA sont liés à ces infections opportunistes qui peuvent être parasitaires, bactériennes,
fongiques et virales ; du fait de la dépression immunitaire que provoque le VIH chez les
malades du SIDA. Les infections parasitaires opportunistes fréquemment retrouvées chez
les malades du SIDA sont surtout celles dues aux parasites intestinaux, principaux agents
responsables de diarrhée chronique sévère. Les parasites dits opportunistes les plus
fréquemment incriminés dans la genèse de cette diarrhée sont des Protozoaires du groupe
des Coccidies (Isospora belli, Cryptosporidium sp.), et des Microsporidies (KONATE et
al., 2005, BACHUR et al., 2008)). Des études ont montrées également de fortes
2
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
prévalences de Entamoeba histolytica et de Giardia intestinalis parmi les agents
pathogènes identifiés dans les diarrhées chez les personnes infectées par le VIH/SIDA.
GASSAMA et al., dans leur étude à Dakar au Sénégal ont identifié Entamoeba histolytica
parmi les agents pathogènes les plus fréquents chez les personnes infectées par le VIH
(GASSAMA et al., 2001). Toxoplasma gondii, responsable de la Toxoplasmose, est un
parasite qui connaît une recrudescence avec l’apparition du VIH. Asymptomatique chez le
sujet immunocompétent, il est reconnu comme agent opportuniste pathogène responsable
d’encéphalites et d’infections systémiques chez le sujet immunodéprimé (KAMI KIM et
LOUIS M. WEISS, 2008; GIANNOULIS et al., 2008). SIMPORE et al., en 2005 au
Burkina Faso, avait trouvé une prévalence de toxoplasmose de 28,5% parmi les femmes
enceintes VIH-séropositives contre 20,20% chez celles non infectées (SIMPORE et al.,
2006b).
Les coinfections virales telles que celles à Rotavirus, Virus du Papillome Humain
(VPH), Virus de l’hépatite B (VHB) sont également retrouvées chez les sujets VIHséropositifs. Les Rotavirus sont reconnus être la cause la plus commune de diarrhée aiguë
sévère chez les enfants de moins de 5 ans dans le monde (OLESEN et al., 2005). Certains
auteurs ont révélé une forte prévalence des Rotavirus chez les enfants VIH-séropositifs.
KIULIA et al., lors d’une étude menée e à Nairobi au Kenya, ont trouvé un taux de 23,3%
parmi les enfants infectés par le VIH contre seulement 2,9% chez ceux non infectés
(KIULIA et al., 2009).
En Afrique sub-saharienne le cancer du col de l’utérus causé par le Virus du
Papillome Humain est le cancer le plus fréquent chez les femmes et est la cause la plus
commune de mortalité attribuée au cancer. L'histoire naturelle de l'infection par le HPV est
altérée chez les personnes infectées par le VIH et il y a un risque accru des infections à
HPV persistantes au sein de cette population. Les femmes séropositives en particulier
celles qui sont gravement immunodéprimées sont cinq fois plus susceptibles de contracter
le HPV que les femmes VIH-séronégatifs (DAMES et al., 2009 ; SMITS et al., 2005).
Le Virus de l’hépatite B et le VIH se partagent les mêmes voies de transmission.
L'infection chronique par le VHB touche environ 5% de la population dans le monde entier
(THIBAULT et al., 1999) et jusqu'à 49,2 à 68 % des patients infectés par le VIH (PEREZ3
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
RODRIGUEZ et al.,2009). En 2005 lors d’une étude réalisée au Burkina Faso, SIMPORE
et collaborateurs. ont trouvé un taux de prévalence de 11,6% pour le VHB parmi les
femmes enceintes infectées par le VIH (SIMPORE et al., 2006b).
La mise au point de la trithérapie antiretrovirale (TARV) dans les années 1996, a
été une avancée considérable dans la prise en charge des patients et dans la réduction de la
mortalité.
A l’heure actuelle, puisqu’il n’existe pas encore de vaccin anti-VIH, les antirétroviraux (ARV) restent les seuls moyens utilisés pour combattre le VIH et prévenir la
transmission mère enfant du virus malgré l’émergence des résistances aux ARV.
Pour une meilleure prise en charge des personnes vivant avec le VIH, il faut un
système de Prise en charge des infections opportunistes consistant à diagnostiquer les
coinfections parasitaires (parasites intestinaux, urinaires et sanguins) ; bactériennes
(Salmonelles, E. coli, Mycoplasme) et virales (Rotavirus, HBV, HPV).
A travers les techniques de la biologie moléculaire, nous avons pu quantifier les
charges virales du VIH et identifier les différentes souches du HPV et des Rotavirus. La
prise en charge de ces coinfections a été initiée au Centre Médical Saint Camille (CMSC)
de Ouagadougou et au Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA) au
Burkina Faso. Cette prise en charge a amélioré l’espérance de vie de plus de 1500 malades
du SIDA que comptent ces deux centres, faisant ainsi de ces patients des malades
chroniques et non des malades grabataires en phase terminale comme dans les années
1990.
Au cours de ce travail de thèse, après l’énoncé de nos objectifs, nous avons
développé en première partie une revue bibliographique sur le VIH et les infections liées
au VIH/SIDA. Dans cette synthèse bibliographique, nous nous sommes attachés à décrire
les virus à savoir le virus de l’hépatite B, le Papillomavirus Humain et les Rotavirus ainsi
que les parasites comme T. gondii, E. histolytica et G. intestinalis qui ont fait l’objet de
notre étude. en deuxième partie, nous avons présenté avec le matériel que nous avons
utilisé la méthodologie adoptée pour aboutir aux résultats que nous avons présenté dans la
troisième et dernière partie avant de conclure le travail et émettre des perspectives.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Objectifs de la thèse
Objectif général :
Contribuer à améliorer la prise en charge médicale des infections opportunistes parasitaires
et virales chez les personnes vivant avec le VIH/SIDA au Centre Médical Saint Camille.
Objectifs spécifiques :
9 Recherche des co-infections parasitaires (toxoplasme, parasites intestinaux) chez
les personnes VIH séropositives ;
9 Recherche des co-infections du VIH avec les Virus de l’hépatite B, Rotavirus et
Virus du Papillome Humain (HPV) ;
9 Identifier les génotypes HPV capables d’induire le cancer du col de l’utérus chez
les femmes VIH séropositives au Centre médical saint Camille.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
PREMIÈRE PARTIE :
RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
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Chapitre I: Le virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH)
I – L’énigme du VIH Plus d’un quart de siècle s’est écoulé depuis l’apparition du syndrome
d’immunodéficience acquise (SIDA). Deux types de virus sont responsables de cette
maladie infectieuse et contagieuse: le VIH-1 qui est responsable de la majorité des
infections à VIH et le VIH-2, isolé en Afrique de l’Ouest et qui ne compte que quelques
cas d’infection dans le monde. Le SIDA est une épidémie mondiale et est encore
aujourd’hui incurable. Depuis les premiers cas déclarés en 1981 aux États-Unis, il continue
de se propager sans contrôle. Jamais, aucune maladie infectieuse n’a provoqué tant de
souffrance physique, tant de misère morale et tant de morts de jeunes gens comme le
SIDA. Avec l’avènement de cette nouvelle pathologie qui ravage surtout les personnes en
âge de procréer, les parents de ces derniers se redécouvrent du coup, pères et mères pour
leurs petits fils devenus orphelins. Sans une prévention adéquate et sans une recherche
judicieuse de médicaments et de vaccins efficaces contre le VIH, de nombreuses
générations de garçons et de filles, à la fleur de l’âge disparaîtront indéniablement en
Afrique Sub-saharienne, en Asie du Sud et en Amérique Latine où le taux de prévalence
reste encore élevé.
Le Burkina Faso a officiellement déclaré ses dix (10) premiers cas de malades du
SIDA en 1986 (Présidence du Faso, Conseil National de lutte contre le SIDA et les IST,
Secrétariat permanent ; Revue à Mi-parcours du cadre stratégique de lutte contre le SIDA
et les IST 2006-2010, 2009). Dès lors, plusieurs études ont été réalisées dans le but de
surveiller l’épidémie et aussi pour les besoins de la planification de la réponse à cette
épidémie. Il s’agit entre autres de : l’étude de séroprévalence en milieu carcéral effectué
par SANGARE et al., 1987 qui donnait un taux de 9,1% ; l’étude du Centre Muraz sur les
chauffeurs routiers en 1994 (18,6%) ; BERTHE et al., 1994, auprès des professionnelles du
sexe (45%) ; SIMPORE et al., en 2006 chez les femmes enceintes au Centre Médical Saint
Camille (11,2%) (SIMPORE et al., 2006a).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
La sérosurveillance par site sentinelle commencée en 1997 dans 3 sites sentinelles,
s’est progressivement étendue à 5 en 1998, puis 10 en 2003 et 13 depuis 2004. Elle couvre
depuis 2004 l’ensemble du territoire et se décompose en 7 sites urbains et 6 sites ruraux
répartis dans les 13 régions sanitaires du pays (Figure 1).
La prévalence du VIH au sein des femmes enceintes de 1997 à 2007 est illustrée
dans la Figure 2
Au Burkina, la propagation du virus est essentiellement due aux relations sexuelles
à risque mais aussi à la transmission verticale mère-enfant. Ce dernier mode de
transmission est responsable des nouvelles infections touchant plus de 10.000 nouveaux
nés annuellement dans le monde (WHO/UNAIDS 2004).
Avant les années 2000, les taux de morbidité et de mortalité liés au VIH/SIDA
étaient très élevés au Burkina Faso, dus à l’absence de traitements antirétroviraux (TARV)
appropriés. A partir des années 2002, le gouvernement du Burkina Faso, avec l’appui de
nombreux partenaires financiers a entrepris un vaste programme de lutte contre le
VIH/SIDA. Cela a permis de constater une baisse sensible du taux de séroprévalence
nationale. En 2007 la prévalence du VIH chez les 15-49 ans est de 1,6% avec une moyenne
générale nationale inférieure à 2% (ONUSIDA, 2008). Quoique son taux de prévalence
soit en baisse : 7,2% en 1997 ; 6,5% en 2001 ; 4,2% en 2002 (SIMPORE J. et al., 2007),
2,7% en 2003 (CNLS-IST, 2005) et moins de 2% en 2007 (CNLS-IST, 2009), le
VIH/SIDA demeure un problème de santé publique au Burkina Faso, car cette infection
continue de sévir. Aujourd’hui, la situation épidémiologique montre un total de 130.000
personnes vivant avec le VIH au Burkina Faso ; parmi lesquelles nous avons 61.000
femmes et 10.000 enfants de 0-14 ans. Sur un total de 7012 nouveaux cas enregistrés en
2007, 4521 étaient des femmes (ONUSIDA, 2008).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 1: Carte du Burkina Faso présentant 6 sites sentinelles
9
Figure 2: La prévalence du VIH au sein des femmes enceintes
I.1­ Classification et Origine du VIH Le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) appartient à
la famille des
Retroviridae. Le VIH est un virus à ARN équipé d'une enzyme appelée Transcriptase inverse
(TI) ou Reverse transcriptase (RT) qui est capable de transcrire, à partir de l'ARN viral, un
ADN bicaténaire. Les séquences LTR de cet ADN proviral lui donne la possibilité de
s’intégrer, grâce à l’enzyme intégrase, dans le génome de la cellule hôte.
Nous avons quatre sous-familles de Retroviridae qui infectent l’Homme : les
Oncovirinae ou oncovirus, les Lentivirinae ou lentivirus, les Spumavirinae ou spumavirus et
les Rétrovirus endogènes humains (CONSTANTINE et al., 2005 ; ROBERTSON et al.,
2000). Les VIH des types 1 et 2 (VIH-1 ; VIH-2) font partie de la sous-famille des lentivirus :
ce sont des virus qui provoquent des maladies à évolution lente et ont des propriétés
cytolytiques et immunosuppressives. Notons que le VIH-1 qui est présent partout dans le
monde est classé en 3 groupes différents ‫ ׃‬M (majoritaire), O (outlier) et N (New ou non M,
non O). Le groupe M responsable de la majorité des infections est subdivisé en sous-types : A
à K ; le groupe O a été décrit pour la première fois en Afrique Centrale, les premiers isolats
hautement divergents de ceux du groupe M ont été isolés au Cameroun ; le groupe N encore
peu décrit est retrouvé uniquement au Cameroun. La recombinaison entre les différents soustypes du VIH-1 a accru la diversité génétique du VIH en forme recombinante circulante
10
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
(CRP). Le VIH-2 qui est également présent surtout en Afrique de l’Ouest, est plus homogène.
Il est subdivisé en huit sous-types ‫ ׃‬A à H (Figure 3).
Pour ce qui concerne l’origine du VIH et de la pandémie du SIDA dans le
monde, plusieurs hypothèses sont émises. Selon CHAMPREDON, 2004, le premier cas
européen de SIDA sera observé chez un marin norvégien ayant séjourné en Afrique. Sa
maladie débuta en 1966. Son épouse et sa fille furent aussi contaminées ; tous trois décèderont
en 1976. Les échantillons de sang prélevés sur ces patients permettront à posteriori d’établir
un diagnostic irréfutable de SIDA. Ce marin était infecté par un des rares variants du groupe
O, souche qui n'aura pas connu de diffusion épidémiologique à ce moment là
(CHAMPREDON et al., 2004).
Des analyses rétrospectives de sérums recueillis pour d’autres raisons ont permis
d’identifier des anticorps anti-VIH dans des échantillons prélevés en 1959. Le cas clinique le
plus précoce semble avoir été observé en 1959, à Manchester en Angleterre, où un homme est
mort d’infection par le cytomégalovirus et par Pneumocystis carinii. L’ADN extrait de cet
échantillon a été analysé par PCR à l’aide d’amorces pour le gène gag. Ce test a confirmé la
séropositivité de ce patient (WATSON et al., 1994).
HOOPER dans son livre « The River » (HOOPER E ., 1999) lâche la bombe en
soutenant que ce sont les grandes campagnes de vaccination contre la poliomyélite par un
vaccin à prise orale qui aurait été préparé sur des cellules de chimpanzés verts infectés qui
seraient à l'origine de la diffusion du VIH-1 en Afrique Centrale.
En réponse à cette hypothèse provocatrice de HOOPER, une forte activité scientifique
s'est développée en ces années sur : les origines des virus du Sida, la datation de leur
pénétration dans l'espèce humaine et leur circulation dans les différentes populations. Pour les
origines du VIH-1, les chercheurs pensent à une transmission inter – espèce entre chimpanzés
et hommes (HUET
et al., 1990 ; KEELE et al., 2006 ; HEENEY et al., 2006 ; VAN
HEUVERSWYN et al., 2006). La récente découverte d'un chimpanzé captif vivant aux ÉtatsUnis et de plusieurs chimpanzés au Cameroun infectés par des virus SIV (Simian
Immunodeficiency Virus) proche des VIH-1 ont permis de confirmer l'étroite homologie entre
les virus présents chez les chimpanzés et ceux impliqués dans la pandémie VIH (Figure 3).
11
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 3: Représentation phylogénétique du SIV et du VIH
I.2­ Structure du virion Le VIH, Virus de l’Immunodéficience Humaine, est un rétrovirus de 100 nm de
diamètre, du sous-groupe des Lentiviridae, qui a un génome à ARN (Acide Ribo Nucléique)
(Figure 4). De l’extérieur vers l’intérieur du virus, nous avons :
L’enveloppe du virion : les glycoprotéines p 120, p 41 et une double couche de
phospholipides;
La matrice est constituée de glycoprotéines p 17;
La capside, formée par des glycoprotéines p 24 contient : deux filaments d’ARN de
9200 bp environ enveloppés par la nucléocapside (protéine p 7), la transcriptase inverse,
l’intégrase, la protéase et la ribonucléase.
12
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Gp 120
Gp 41
Matrice
Capside
ARN
Intégrase
Transcriptase
inverse
Double couche
lipidique
Figure 4: Structure du VIH
Le VIH possède 3 gènes rétro-viraux, codant pour différentes protéines virales :
gag (groupe antigène) code pour des protéines internes "core" : p50 et p40 qui se
cliveront en p13, p18 et p 24 ;
pol (polymérase) code pour des enzymes nécessaires à sa réplication : notamment p68
(reverse transcriptase) et p34 (intégrase) ;
env (enveloppe) code pour des glycoprotéines (gp 110 et gp 41 issues de gp 160). La
gp 110 est une partie de l'enveloppe responsable de l'interaction avec la membrane de la
cellule cible au niveau du récepteur CD4, permettant la pénétration du virus. Une autre
propriété de l'enveloppe (gp 41) est de pouvoir induire la fusion cellulaire (syncitium) qui est
un des éléments cytopathogènes du VIH.
13
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Le VIH possède d’autres gènes codant pour différentes protéines virales:
Contrairement aux autres rétrovirus, le VIH possède d'autres gènes intervenant dans sa
réplication ; cette complexité, qui est une de ses caractéristiques, explique probablement son
haut pouvoir pathogène. Il a trois gènes qui codent pour des protéines de structure (gag, pol et
env) et 6 gènes qui commandent la synthèse des protéines régulatrices (tat, rev, vif, nef, vpu,
vpr) (WATSON et al., 1994).
Les protéines de structure :
Env (enveloppe) : le gène env produit les protéines de l’enveloppe. Ces protéines sont
produites à partir d'un précurseur, Pr160 codée par le gène env. Le Pr160 est exprimée par les
ARNm une fois épissé dans le réticulum endoplasmique. Le précurseur migre ensuite dans
l'appareil de Golgi ou il sera glycosilé. Il y est ensuite clivé par une protéase cellulaire (furine)
pour donner la protéine de surface (SU) gp120 correspondant à la partie externe de la particule
virale et une glycoprotéine transmembranaire (TM) gp41. Env est exprimée à la surface des
virions et des cellules infectées sous forme de trimère contenant trois complexes gp120/gp41
associées par des liaisons non covalentes (FRANKEL et al., 1998) .
Gag (group specific antigen) est un gène qui code pour les protéines de la capside. Le
précurseur de ces protéines, Pr55 myristylée (55 kDa) se clive sous l'action de la protéase
virale en plusieurs protéines, matrice capside, nucléocapside, p6 et deux petits peptides p2 et
p1. Gag intervient dans l'assemblage de la particule virale et son précurseur Pr55 est souvent
appelé "assemblin" pour marquer son rôle dans la formation de la particule virale.
Pol (polymerase) est le gène qui code pour les enzymes virales : protéase, reverse
transcriptase et intégrase. Ces enzymes sont produites sous forme d'un précurseur
polyprotidique Pr180 (gag-pol) qui sera ensuite clivé par la protéase virale.
Les protéines régulatrices :
vif (virion infectivity factor), qui permet d'augmenter l'infectiosité ;
nef (negative regulatory factor) agit en maintenant l'état de latence virale. Cette
protéine a un contrôle négatif sur l'expression des CD4 sur les lymphocytes T. Elle perturbe
l'activité des lymphocytes T et induit la stimulation de l'infectivité du VIH-1. Elle empêche
également l'expression des molécules du HLA par les cellules infectées (FRANKEL et al.,
1998);
14
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
vpu (viral protein u) est une protéine d'environ 16 kDa unique au VIH-1 et aux autres
lentivirus infectant les chimpanzés. Intégrée à la membrane plasmique, c'est une protéine de
81 acides aminés (18 kDa). Elle a deux fonctions essentielles que sont la dégradation des CD4
dans le réticulum endoplasmique et l'induction de l'exportation des particules virales produites
(CIMARELLI, A and DARLIX, JL 2002).
vpr (viral protein r) est une protéine de 96 acides aminés (14 kDa) est intégrée au
virion. Ses fonctions incluent l'importation dans le noyau du complexe de préintégration,
l'arrêt de la croissance cellulaire, la transactivation des gènes cellulaires et l'induction de la
différenciation cellulaire (CIMARELLI, A and DARLIX, JL 2002,).
Tat (transactivator of transcription) est une protéine nucléaire composée de 72 ou 101
acides aminés. Tat est le facteur de transcription absolument nécessaire à la réplication virale.
Elle se fixe sur la séquence TAR du LTR à l'extrémité 5' et amplifie la transcription de tous
les ARNm.
Rev (regulation of expression of virion proteins) est une phosphoprotéine de 19 kDa.
Elle est localisée dans le nucléole/noyau. La protéine rev est codée par deux exons encadrant
le gène env. Rev commande la transition de la latence vers la réplication. Elle augmente la
synthèse des grandes protéines (précurseurs de gag, pol et env) au dépend des petites protéines
régulatrices. (Figure 5).
Figure 5: Disposition des gènes du VIH
15
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Tableau I: Protéines du VIH-1 et leurs fonctions (JAY et al., 1993).
Protéines
Taille (KDa)
Fonction
Gag
P25 (p24)
Protéine structurale de la capside (CA)
Capside
P17
Protéine myristoylique de la matrice (MA)
P9
Protéine de liaison-ARN
Polymérase (Pol)
P55, p63
RT, RNaseH
Protéase (PR)
P15
Processus post translationel des protéines virales
Intégrase (IN)
P11
Intégration virale de l´ADNc
gp 120
Protéine de l´enveloppe de surface (SU)
gp 41
Protéine de l´enveloppe transmembranaire (TM) du VIH-1
gp 36
Protéine de l´enveloppe transmembranaire (TM) du VIH-2
Tat
P14
Transactivation
Rev
P19
Protéine de régulation de l´expression de l´ARNm
Nef
P27
Pleiotropique ; suppression virale
Vif
P23
Accroit l´infectiosité du virus et la transmission intercellulaire
Vpr
P18
Intervient dans la réplication du virus : transactivation
Vpu
P15
Intervient dans le relargage des virus
Tev
P26
Activateurs de Tat et Rev
Enveloppe
I.3­ VIH : Cycle du VIH et mode d’infection La pénétration du VIH à l’intérieur de la cellule nécessite au préalable une étape qui
est la reconnaissance par l’enveloppe virale (GP120) de molécules de surface cellulaire
appelées récepteurs et co-récepteurs. Leur fonction habituelle est de reconnaître des
substances solubles connues sous le nom de chémokines. Le récepteur ayant la plus haute
affinité pour le VIH est la molécule CD4. Un co-récepteur est aussi nécessaire à la pénétration
du virus, ce peut être soit la molécule CXCR4, reconnue seulement par les VIH-1 qui se
répliquent dans les lignées de cellules T en induisant une fusion cellulaire, soit une autre
molécule nommée CCR5, exprimée surtout par les lymphocytes T mémoires et les
macrophages, utilisée par les VIH-1 lymphotropes (Figure 6). L'ARN du génome viral, libéré
de son enveloppe est transcrit en ADNc (ADN copie) par l’enzyme : transcriptase inverse au
niveau du cytoplasme cellulaire. Cet ADNc viral pénètre dans le noyau de son hôte et s’y
intègre et devient un provirus (Figure 7). Ainsi, lors de chaque réplication et division
16
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
cellulaire, la cellule copie et transporte le génome viral avec elle. L'expression des gènes du
virus permet la synthèse des protéines du virus. Assemblées, les protéines virales permettent
la formation de nouveaux virions, qui bourgeonnent de la cellule, en s'entourant au passage
d'une membrane, héritée de la cellule infectée. Par ces processus de réplication, de
transcription et de synthèse protéique, nous avons une amplification et par conséquent, une
libération de nouveaux virus dans le sang de l'organisme infecté. Spécifions que pour
s’exprimer, les gènes du génome viral ont besoin de la machinerie de transcription et de
traduction de la cellule infectée.
Figure 6: Processus d’infection du VIH
Source : http://sidanet.refer.org/
Figure 7: Cycle du VIH
Source : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/SIDA/3cycle.htm
17
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
(1) Attachement : le virus se fixe sur le lymphocyte T4, par reconnaissance entre la protéine
virale gp120 et la protéine CD4 du lymphocyte et au co-récepteur.
(2) Pénétration : la membrane du virus et celle du lymphocyte se fusionnent, ce qui permet la
pénétration du matériel génétique viral dans le cytoplasme de la cellule hôte.
(3) Décapsidation : la capside se dissocie et libère l'ARN viral dans le cytoplasme.
(4) Réverse transcription et intégration : grâce à la réverse transcriptase virale, l'ARN viral est
rétrotranscrit en ADN double brin. Cet ADN pénètre dans le noyau, où il s'intègre au génome
du lymphocyte. Il est ensuite transcrit en ARN.
(5) Traduction : après avoir été transcrits par l'ARN polymérase de la cellule, les ARN
messagers viraux sont traduits en trois précurseurs protéiques. Ces précurseurs sont clivés par
des protéases, pour donner les différentes protéines du virus.
(6) Assemblage : les protéines virales et l'ARN viral sont associés pour reformer des virus
(sans la membrane). Les protéines virales membranaires sont intégrées à la membrane du
lymphocyte.
(7) Bourgeonnement : le virus bourgeonne, emportant un fragment de la membrane plasmique
du lymphocyte (qui contient uniquement les protéines membranaires virales).
(8) Libération : les nouveaux virus sont libérés dans le milieu intérieur. Ils peuvent infecter de
nouveaux lymphocytes T4.
Notons que le VIH sous forme latente peut être activé par des stimulations extérieures
telle une infection à Herpès virus, à cytomégalovirus ou autres agents infectieux entraînant
une réplication virale intense. Deux autres caractéristiques du VIH sont communes aux
lentivirus : elles permettent d'expliquer la défaillance de la réponse immunitaire de l'hôte
infecté par le VIH.
18
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.4­ Variabilité génétique du VIH Le VIH est classifié en types, groupes, sous-types, formes recombinantes circulantes et
formes recombinantes uniques. Le VIH-1 a été subdivisé en trois groupes : M (major), N
(New, non-M, non-O), et O (outlier), alors que le VIH-2 ne comprend que 8 sous-types (A-H).
Le VIH-1 du groupe M
Les virus du groupe M responsables de la majorité des infections dans le monde, sont
regroupés en 9 sous-types (A,B,C,D,E,F,G,H,I, J, et K), 5 sous sous-types (A1, A2, A3, F1, et
F2),
43
CRFs
et
plus
de
200
souches
non
identifiées
(URFs)
(http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html; consulté le 20 Avril 2009).
Un sous-type est dit pur si l’analyse génétique de la souche virale identifie le même
sous-type sur tout le génome. Un nouveau sous-type sera décrit lorsque 3 souches non liées
épidémiologiquement sont caractérisées sur le génome entier.
En général, les sous-types forment des groupes approximativement équidistants l'un de
l'autre dans l´arbre phylogénétique. Lorsque des divergences deviennent importantes au sein
d’un même sous-type mais insuffisantes pour former un nouveau sous-type, des sous soustypes peuvent être institués : c´est le cas des sous-types A et F, qui sont subdivisés
respectivement en sous sous-types A1, A2, A3 et F1, F2. Chaque paire de sous sous-type est
plus proche l´un de l´autre qu´avec les sous-types parentaux.
VIH-1 des groupes O et N
Ils sont génétiquement divergents du groupe M, ils représentent moins de 5% des
infections mondiales et ont presque été détectés exclusivement à l´Ouest de l´Afrique Centrale
principalement au Cameroun et dans certains pays voisins. A ce jour, l'infection á VIH-1
groupe N n’a été identifiée qu’au Cameroun (SIMON et al., 1998) un pays endémique pour le
VIH-1, avec tous les groupes majeurs en co-circulation.
VIH-1 inter sous-type recombinants
Il est très vite apparu des divergences dans la désignation de sous-types entre gènes
analysés. Cela a permis de mettre en évidence des profils mosaïques inter sous-types et par la
suite, des CRFs. Chaque CRF est identifié par un chiffre indiquant l’ordre chronologique de
caractérisation et des lettres indiquant les sous-types impliqués.
Les lettres sont remplacées par “cpx” dénoter “complexe”, si plus de 2 sous-types sont
impliqués. Une majorité de génomes CRF sont des inter sous-types recombinants très
19
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
complexes, dont certains qui deviennent extrêmement stables et d´autres qui ont une
apparence inégale due à de multiples points de croisement.
VIH-1 intergroupes recombinants
La recombinaison entre deux groupes très divergents M et O de VIH-1 a été rapportée
au Cameroun (PEETERS et al., 1999) Les virus mosaïques provenant du Groupe M/O
peuvent bien se reproduire in vivo comme in vitro, et peuvent également devenir la variante
prédominante dans la population malade. Si les virus recombinants intergroupes ont une
meilleure aptitude que les virus du groupe parental O, leur prévalence peut augmenter
rapidement avec des conséquences sur le diagnostic sérologique, moléculaire et sur le
traitement.
Variantes du VIH- 1 au Burkina Faso.
MONTAVO et al., ont identifié en 2002, chez des patients du Burkina Faso et du
Mali, un virus recombinant à structure mosaïque similaire à ceux identifiés au Sénégal, en
Cote-d´Ivoire et au Nigeria (MONTAVO et al., 2002) : Le CRF06-cpx. Le CRF06-cpx est
désigné comme étant un complexe formé de 4 sous-types A, G, K et J (LEITNER et al.,
2005). C´est l’une des formes recombinantes prédominantes au Burkina Faso (VERGNE et al,
2006 ; TEBIT et al., 2006 ; TEBIT et al., 2008). Mais Aujourd´hui on note la prévalence
élevée du virus recombinant CRF02-AG, identifiés á 70% chez des femmes enceintes et des
patients naïfs vivant en milieu rural par TEBIT et al. (TEBIT et al., 2006) et á 31% chez des
patients vivant en milieu urbain par NADEMBEGA et al.( NADEMBEGA W.M et al., 2006).
Ces 2 CRFs constituent l´essentiel des souches VIH-1 répertoriées au Burkina Faso. Par
ailleurs, d´autres variantes du VIH-1 ont été rapportées: des sous-types D, des sous sous-type
A3, des CRF09-cpx, des recombinants uniques CRF02-AG/CRF-09 cpx (TEBIT et al., 2006).
Les souches du VIH-2
Huit sous-types du VIH-2 ont été décrits : A, B, C, D, E, F, G et H. Les sous-types A
et B sont les souches prédominantes, ils sont couramment décrits en Afrique de l’Ouest. Les
autres sous-types ont été décrits chez peu d´individus : les sous-types C, D, E et F trouvés en
milieu rural au Sierra Leone et au Libéria ; Le sous-type G en Cote-d´Ivoire. La diversité des
séquences nucléotidiques des virus VIH-2 est plus grande que la diversité des virus VIH-1
groupe M. La présence de polymorphisme naturels et parfois transmis (RUELLE et al., 2007)
confèrent au VIH-2 une résistance acquise a certain ARV.
20
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Bien que des co-infections VIH-1/VIH-2 ont été fréquemment rapportés dans les
régions où les deux virus circulent, aucun recombinant entre les 2 types n´a été décrit à ce
jour. Ainsi, la distribution de la population des sous-types ou des formes circulantes
recombinantes (CFR) est très hétérogène avec les sous-types dominants dans certaines régions
(Figures 8 ).
Figure 8: Représentation géographique des souches des VIH de la genbank
Source : http://www.hiv.lanl.gov.
Le sous-type A et le recombinant A/G (CRF02) prédominent en Afrique de l’Ouest et
du Centre jusqu’au bassin du Congo et dans d’autres régions comme en Ouganda où le soustype A frolle le seuil de 45% (HERBECK et al., 2007). Il exite des régions où il est quasiment
la seule souche en circulation (94%) comme au Kazakhstan (EYZAGUIRRE et al., 2007).
Tandis que le sous-type B est dominant aux Etats-Unis, au Brésil et en Europe
(MCCUTCHAN, 2006 ; VERAS et al., 2007). Alors que le sous-type C est largement
21
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
dominant en Afrique de l’Est, en Inde, au Népal (MANDAL et al., 2000 ; KUMAR et al.,
2006).
Mécanismes de variation génétique
La variabilité génétique induite par les erreurs de la transcriptase reverse lors de la
transcription de l’ARN du côté 5’ vers 3’, constitue le salut de ce virus car à tout moment il
peut muter et être résistant aux divers médicaments. En effet, la
transcriptase inverse a un
taux d'erreur très élevé, de l'ordre de 10-3 à 10-4. Ceci correspond à une à deux mutations par
cycle de réplication. En plus, le taux de renouvellement du virus est très élevé (demi-vie de 48
heures), ce qui donne de 108 à 109 virions synthétisés par jour. Une telle variabilité rend
difficile l'élaboration d'un vaccin. Ainsi, dans l’organisme d’un individu infecté, nous avons
plusieurs types de variants du VIH. Cependant, nous avons presque toujours un seul variant
qui prédomine (CHEN et al., 2005).
II­ Pathogenèse de l´infection par le VIH II.1-Transmission du VIH
9 -Transmission sexuelle
L’infection par le VIH a d’abord été connue comme une maladie transmise par voie
sexuelle avec une forte prévalence chez les homosexuels masculins. Par la suite, des études
ont montré que la transmission hétérosexuelle était à l’origine de la grande majorité des
infections mondiales. La transmission sexuelle de l´infection se fait par l´intermédiaire des
muqueuses génitales, rectales ou buccales, selon les pratiques sexuelles, lorsqu´elles entrent
en contact avec des sécrétions sexuelles ou du sang contenant du virus.
Quelques individus, dits résistants au niveau des couples VIH sérodifférents, demeurent non
infectés par le VIH, en dépit du nombre d'expositions sans protection aux sécrétions génitales
des partenaires sexuels infectés. Cependant, la présence concomitante de maladies
sexuellement transmissibles et de lésions peut augmenter les niveaux d´infection par les
sécrétions génitales (GIARARD et al., 2004).
9 -Transmission par voie sanguine
La transmission par la voie sanguine concerne principalement trois (3) groupes de
population : les usagers de drogues par voie intraveineuse, les hémophiles et les transfusés
et plus rarement les professionnels de santé en milieu de soins et laboratoires, victimes
d´accidents exposant au sang. Quelques transmissions nosocomiales entre patients ont
aussi été décrites et quelques cas anecdotiques ont été publiés : suite á des contacts
22
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
cutanéomuqueux avec le sang de personnes séropositives, suite à l´utilisation d´aiguilles
souillées (tatouages, acupuncture) ou suite à des morsures profondes avec saignement
(GIARARD et al., 2004).
-Transmission mère-enfant
La transmission materno-fœtale est une voie importante de transmission notamment en
Afrique. Elle peut survenir á différentes étapes de la grossesse: in utero dans les semaines
précédant l´accouchement dans un tiers des cas, intra-partum au moment de l´accouchement
dans deux tiers des cas et pendant la période de l´allaitement présente également un risque
d´infection pour l´enfant estimé entre 5 et 7%. Le taux de transmission materno-foetale du
VIH-1 en l´absence de thérapeutique varie de 15 à 30%, voire 50% (GIARARD et al., 2004)
et ce quel que soit le mode de contamination de la mère.
En dehors du sang, du sperme, des sécrétions vaginales (cyprine) et du lait, le VIH a
été isolé dans le liquide céphalorachidien, le liquide pleural et le liquide broncho alvéolaire.
Le virus a aussi été retrouvé dans la salive, les larmes, les urines mais en raison de la faible
concentration virale et de la présence éventuelle de composants inactivant le virus, le risque
de transmission est considéré comme nul (GIARARD et al., 2004).
Le facteur essentiel qui augmente le risque de transmission est la charge virale élevée
dans les liquides biologiques qui véhiculent les virions. Du fait de l´importance de la virémie,
la phase de primo-infection et le stade SIDA chez le patient infecté sont des périodes á haut
risque de transmission du VIH. Les autres facteurs augmentant le risque de transmission sont
des CD4 inférieurs á 200 cellules/mm3, une antigénémie p24 positive, ou une multirésistance
aux antirétroviraux du partenaire source. Chez la mère on peut craindre une infection
sexuellement transmissible ulcérative ou une rupture prolongée des membranes (GIARARD
et al., 2004).
II.2- Dynamique des marqueurs de l’infection á VIH
II.2.1- Différentes phases de l’infection
La cinétique de l’infection des patients VIH-1 non traités est décomposée en 3 phases :
la primo-infection (ou encore phase aiguë et précoce), la phase asymptomatique et la phase
symptomatique ou SIDA (Figure 9).
23
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 9: Evolution de quelques paramètres lors de l’infection
Source : (http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/SIDA/6diagnostic.htm
II.2.1.1- Primo-infection.
La primo-infection est caractérisée par une augmentation exponentielle de la charge
virale, la virémie jusqu’à un pic d’environ 106 à 108 copies d’ARN viral par ml dans le plasma
des individus infectés (CLARK et al., 1991). Selon COOPER et al., 1985, la phase de
réplication intense du virus peut s’accompagner de signes cliniques ressemblant notamment à
une mononucléose infectieuse (fièvre, fatigue générale, maux de tête). Cette phase dure 3 à 6
semaines et précède la séroconversion (apparition d’anticorps spécifiques du VIH-1
détectables dans le sang). CHUN et al., (1998) ont observé lors de cette phase une chute
massive mais transitoire des lymphocytes T CD4+ (LT CD4+) dans le sang, l’établissement
d’un réservoir de LT CD4+ infectés de façon latente et le développement d’une réponse
immunitaire spécifique du VIH-1.
En fin de primo-infection, la charge virale chute (100 à 1000 fois par rapport au pic) et
se stabilise à un point d’équilibre, variable selon les individus. Il a été montré que le point
d’équilibre semble être prédictif d’un pronostic sur le long terme. Ainsi, plus le point
d’équilibre où se stabilise la charge virale est élevée, plus l’évolution vers la maladie est
rapide.
II.2.1.2- La phase asymptomatique
Durant cette phase, l'individu atteint ne présente aucun symptôme de la maladie, et le
nombre de virus n'augmente que très légèrement. Cependant, le nombre de variants viraux
24
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
augmente fortement. Nonobstant le contrôle de la maladie par le système immunitaire, les
lymphocytes T sont progressivement détruits par le virus. Lors de cette phase, la production
virale est estimée supérieure à 109 virions par jour (HO et al., 1995). Tandis que la charge
virale plasmatique en ARN serait de l’ordre de 104 copies/ml. Il existerait donc une
dynamique très rapide d’élimination et de renouvellement des cellules infectées. Cette
dynamique est notamment liée à la réponse immunitaire, en effet un nombre élevé de
Lymphocytes T CD8+ activés est détecté dans la circulation périphérique.
II.2.1.3- La phase symptomatique ou SIDA
Durant cette phase, le nombre des lymphocytes CD4 diminue drastiquement et par
conséquent, nous avons une dépression du système immunitaire. Cette chute du nombre des
CD4 conduit à l’apparition des premiers symptômes de la maladie avec les infections
opportunistes (IO). La phase SIDA est prononcée alors, lorsque le nombre de Lymphocyte T
CD4+ chute en dessous de 200 cellules/mm3, ce qui correspond à une réduction de plus de la
moitié du nombre total de LT CD4+ dans le corps. En parallèle, la charge virale plasmatique
en ARN augmente fortement. L’ensemble des réponses immunitaires est défaillant en fin
d’évolution de l’infection, l’activité anti-VIH-1 des Lymphocyte T CD8+ diminue. Cela
conduit ainsi au développement d’infections opportunistes (toxoplasmose cérébrale, infection
à cytomégalovirus, pneumonie, candidose), de tumeurs (lymphome, sarcome de Kaposi),
voire de troubles neurologiques. La phase clinique s’étale sur environ 12 à 18 mois chez
l’homme.
II.2.2- Des évolutions particulières
Chez un petit pourcentage de personnes infectées par le VIH-1, il n’y a pas de
progression vers la maladie. Ces personnes appelées “non progresseurs sur le long terme”
(Long Term Non-Progressors) ont, un taux de Lymphocyte T CD4+ qui reste stable pendant de
nombreuses années et une charge virale cellulaire et plasmatique faible. Par ailleurs,
PANTALEO et al., 1995 ont observé chez ces patients une faible hyperplasie lymphocytaire,
une conservation de l’architecture ganglionnaire et de hauts niveaux de Lymphocyte T CD8+
cytotoxiques mémoires anti-VIH-1(PANTALEO et al., 1995 ; RINALDO et al., 1995). Enfin,
l’apoptose spontanée des Lymphocytes T est réduite chez ces patients. Précisons que certaines
personnes auraient des gènes mutés qui codent pour des co-recepteurs CCR5 ou CXCR4 que
le VIH ne reconnaissent pas et par conséquent, il ne peut se fusionner avec la membrane de la
cellule cible (WEINBERGER et al., 2009). Ainsi, parmi ces personnes exposées et non
25
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
infectées, certaines portent une mutation défective (délétion de 32 paires de bases) du gène
codant pour le co-récepteur CCR5. Cette
III­ Classification de l’infection á VIH La classification de l´infection á VIH a été récemment révisée afin d’assurer une plus
grande cohérence entre le système de classification de l’adulte et celui de l’enfant (Tableau
II).
Tableau II: Classification OMS de l’infection a VIH
Taux de lymphocytes Asymptomatique
TCD4+
A
B
Symptomatique
non A ou non C
C
Stade SIDA
1.≥ 500 cells/µL
A1
B1
C1
2.200-499 cells/µL
A2
B2
C2
3.≤ 200 cells/µL
A3
B3
C3
Source :http‫׃‬//www.who.int/hiv/pub/guidelines
IV­ Diagnostic de l’infection à VIH IV.1- Diagnostic direct
IV.1.1- Détection de l’antigène p24 du virus
Les anticorps d’un sérum polyclonal fixés sur le fond des puits d’une microplaque ou
sur des billes de polystyrène sont mis en présence du sérum à tester. Ces anticorps se lient à
l’antigène viral au cas où il serait présent. Après plusieurs lavages, la présence de l’antigène
p24 est révélée par des anticorps de lapin ou de chèvre anti-p24 de VIH marqués par une
enzyme. On dit que l’antigène est pris en sandwich (GIARARD et al., 2004).
IV.1.2- Diagnostic moléculaire
Trois méthodes sont principalement utilisées: l’hybridation moléculaire et ses
variantes (hybridation avec amplification du signal ou bDNA, hybridation à la recherche de
mutations du génome viral), l’amplification génique ou PCR, et le séquençage nucléotidique.
Ces deux dernières méthodes sont les plus utilisées (NEDJMA et al., 2006).
26
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
IV.1.2.1- Technique d̉’hybridation moléculaire
Le principe de l’hybridation moléculaire repose sur la formation d’un hybride par
fixation du complexe acide nucléique du prélèvement (ADN ou ARN) et sonde spécifique du
génome viral recherché a un support (membrane, microplaque, tube). Après suivra la
détection immuno-enzymatique de l’hybride moléculaire par des anticorps antiacide nucléique
double brin ou marquage froid de la sonde puis détection colorimétrique, fluorescente ou
chimioluminescent.
IV.1.2.2- PCR (Polymérase Chaine Reaction)
La réaction de polymérase en chaine ou Polymérase Chaine Reaction (PCR) est une
technique d’amplification du matériel génétique à l’aide des amorces spécifiques à un gène
donné, des dNTPs et d’un ADN polymérase. Cette technique se fait en plusieurs cycles.
Chaque cycle de PCR comporte une étape de dénaturation de l’ADN, une étape d’hybridation
des amorces, puis une étape de synthèse de l’ADN, étapes réalisées dans un thermocycleur par
trois changements successifs de température.
IV.1.2.3-Séquençage nucléotidique
La méthode de Sanger est utilisée pour le séquençage de routine. C'est une PCR, au
cours de laquelle on ajoute des didéoxynucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP) marqués
par un fluorochrome au mélange réactionnel habituel. La polymérase synthétise l'ADN en
utilisant, au hasard soit les déoxynucléotides, soit les didéoxynucléotides. Chaque fois qu'un
didéoxynucléotide est incorporé dans la chaîne d'ADN, l'élongation de la chaîne s'arrête, car
ces molécules ne permettent pas la liaison phospho-diester suivante. La réaction de séquence
aboutit donc à la fabrication de fragments d'ADN de toutes les tailles possibles (par exemple,
pour un fragment d'ADN recopié de 200 nucléotides, de 1 à 200).
Les séquenceurs «automatiques» permettent la détection automatique du fluorochrome
sur les fragments d’ADN, par électrophorèse. Celle-ci est réalisée soit en gel vertical
d’acrylamide, soit dans des capillaires de silice remplis de polymère.
IV.1.3-Culture du virus
La mise en culture est réalisée à partir des lymphocytes, obtenus après séparation du
sang prélevé sur tube hépariné. La séparation est réalise dans un délai de 6 heures.
Dans un milieu de culture adéquat, on met les lymphocytes du patient en contact avec
des lymphocytes provenant de donneurs sains. Les lymphocytes provenant du patient infectent
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
les lymphocytes sains où vont alors se multiplier les virus. On mesure la quantité de particules
virales produites, exprimées en nombre d'unités infectieuses par millions de lymphocytes.
Pour cela, on quantifie dans les surnageants de culture, soit l'activité transcriptase inverse, soit
l'antigène p24.
IV.2- Diagnostic indirect : sérologie virale
IV.2.1- ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay)
Les tests ELISA actuels permettent soit la détection simultanée des 2 types de VIH
(ELISA mixte), soit l’un ou l’autre (ELISA simple) des deux.
IV.2.2-Tests rapides
-Technique d’agglutination
Elle est basée sur le principe d’agglutination passive des billes de polystyrène ou des
hématies humaines servant de support aux protéines virales du VIH (naturelles ou produits de
génie génétique). Mises en présence d’anticorps anti-VIH, elles forment un réseau
d’agglutination visible à l’œil nu. Ces tests peuvent être effectués sur une lame (test au latex)
ou sur plaque de micro-agglutination (hémagglutination passive avec lecture de culot de
sédimentation des hématies).
-Technique d’immunofiltration ou Dot Blot
Elle utilise une membrane de papier ou de nitrocellulose comme support solide.
L’antigène est fixé sur un support solide et prend la forme d’un petit cercle ; il s’agit d’un
peptide synthétique ou recombinant. Une pièce en plastique soutient en général le support
solide. Le support contient des tampons hydrophiles sous le papier pour recueillir le sérum et
les réactifs après addition. Il existe deux types d’immunodot en phase solide: Immunodot sur
carte et l’immunodot sur membrane.
-Test immunochromatographique (ex. Determine HIV 1/2)
La plupart des tests de dépistage mixtes actuels, qu’il soit des ELISA ou des tests
rapides, sont conçus pour la détection des VIH-1 des groupes M et O et du VIH-2. Les tests de
dépistage sont classés en 4 générations, selon les origines des antigènes utilisées et
implicitement selon les classes d’immunoglobulines qu’ils permettent de détecter. Ceux de la
4ème génération permettent la détection simultanée des Ac anti-VIH et des Ag VIH : la
détection des marqueurs combine alors les principes de l’ELISA indirect à celui de l’ELISA
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
sandwich. Les tests de 4ème génération existent désormais aussi bien en formats rapides qu’en
formats ELISA.
-Western Blot
Après fragmentation d'une culture de virus, les protéines virales sont séparées par
électrophorèse en gel d'agarose dans lequel elles vont migrer en fonction de leur poids
moléculaire : les grosses molécules (gp160, gp120) migrant moins facilement que les petites
(gp41, p17). On transfère les protéines séparées en "buvardant" le gel avec un papier de
nitrocellulose. Cette feuille est découpée en bandelettes. On immerge par la suite une
bandelette dans un petit bac contenant le sérum à contrôler : si ce sérum contient des anticorps
spécifiques du VIH, ils se fixent aux antigènes. La fixation des anticorps est révélée par une
technique ELISA identique à celle utilisée pour le test de dépistage : on ajoute un anticorps
anti Ig humaines marqué par une enzyme puis le substrat de cette enzyme. Une bande colorée
apparaît pour chaque protéine virale sur laquelle s'est fixé un anticorps.
V­ Traitement antirétroviral du VIH V.1- Indications de mise sous traitement ARV
Selon les recommandations OMS (2006), les personnes infectées appartenant à des
catégories cliniques et biologiques ci après ont une indication de mise sous traitement ARV
(http‫׃‬//w ww.who.int/hiv/pub/guidelines consulté le 24 juin 2009):
Adulte et adolescent :
• Patient symptomatique appartenant à la catégorie C (CDC 1993) ou au stade 4 (OMS, 2006)
quels que soient les lymphocytes CD4.
• Patient paucisymptomatique appartenant à la catégorie B de la classification CDC 1993 ou
aux stades 2 ou 3 (OMS, 2006) avec des lymphocytes CD4 < 350/mm3.
• Patient asymptomatique ayant des lymphocytes CD4 < 200/mm3.
Enfant de plus de 18 mois :
• Stade 3 de l’OMS ou stade C du CDC quels que soient les CD4.
• Stade 1 ou 2 de l’OMS ou stade A ou B du CDC et CD4 < 15 %.
Enfant de moins de 18 mois :
• Stade 3 de l’OMS ou stade C du CDC quels que soient les CD4.
• Stade 1 ou 2 de l’OMS ou stade A ou B du CDC et CD4 < 20 %.
29
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
V.2- Approches thérapeutiques
V.2.1- Inhibiteurs nucléosidiques et nucléotidiques de la Transcriptase inverse
Sept nucléosides et un analogue nucléotidique ont été approuvés: Zidovudine,
Didanosine, Zalcitabine, Stavudine, Lamivudine, Abacavir, et Emtricitabine. Le Tenofovir
disoproxil fumarate (TDF) est le seul analogue nucléotidique approuvé. Les nucléosides et les
analogues nucléotidiques sont des prodrogues qui doivent être phosphorylés en position 5´ par
des enzymes cellulaires.
Les INRT(Inhibiteurs Nucléosidiques et Nucléotidiques de la Transcriptase inverse)
phosphorylés entre en compétition avec les désoxynucléotides triphosphates naturel (dNTPs)
pour l´incorporation dans la molécule d´ADN en synthèse entraînant ainsi un arrêt de la
chaîne de synthèse. En plus de la combinaison COMBIVIR® (Zidovudine plus Lamivudine)
qui existait déjà, deux autres combinaisons ont été approuvées en 2004 par la FDA (Food and
Drug administration) : EPZICOM® (Abacavir plus Lamivudine), TRUVADA® (Tenofovir
plus Emtricitabine). En 2006, la combinaison ATRIPA® (Efavirenz plus Emtricitabine plus
Tenofovir) est approuvée.
V.2.2- Inhibiteurs non nucléotidiques de la transcriptase inverse (INNRT)
Les INNRT inhibent la réplication du VIH-1 de façon allostérique en déplaçant les
résidus catalytiques d'aspartate placés au site de fixation polymerasique. Le site hydrophobe
de fixation des INNRT est moins conservé que le site de fixation dNTP. En effet, VIH-1
Groupe O et VIH-2 ont une résistance intrinsèque à la plupart des INNRT (WITVROUW et
al., 2004)
Aux trois molécules de INNRT déjà présentes dans les protocoles (Nevirapine,
Delaverdine et Efavirenz), a été ajoutée en janvier 2008 une autre INNRT : INTELENCE®
(Etravirine). Des protocoles thérapeutiques composés de INNRT sont généralement prescrits
en tant que thérapie initiale pour des patients naïfs. L'utilisation des INNRT comme thérapie
initiale permet de préserver les IP pour un usage ultérieur, réduisant ou retardant l'exposition
du patient à certains effets nuisibles généralement liés aux IP.
V.2.3- Inhibiteurs de la protéase (IP)
La protéase du VIH est une enzyme essentielle á la réplication virale du virus. Elle
permet la formation de virus matures et infectieux ; de ce fait, elle correspond á une cible
idéale pour le traitement antirétroviral. On compte actuellement dix (10) IP approuvés par la
30
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
FDA: Amprenavir, Indinavir, Lopinavir (co-formulé avec le Ritonavir), Nelfinavir, Ritonavir,
Saquinavir, l'Atazanavir, et Fosamprenavir qui est une prodrogue d'Amprenavir avec une
biodisponibilité améliorée ; le Tipranavir et le Darunavir (TMC-114) composés récemment
approuvés par la FDA doivent être administrés en combinaison avec le Ritonavir.
Les facteurs pharmacologiques influencent davantage l'efficacité clinique des IP que
celle des autres classes d´anti-rétroviraux. La réponse virologique est fortement corrélée au
quotient inhibiteur (Q.I.), le QI est défini comme la concentration minimale ou résiduelle
divisée par la concentration inhibitrice de la molécule. Les concentrations d´IP obtenues lors
de monothérapie peuvent changer considérablement en fonction des individus, résultant très
souvent á des QI bas. Ceci a mené à administrer en pratique des doses de Ritonavir (un
inhibiteur d'enzyme de cytochrome P450) en combinaison avec les autres PI pour augmenter
ou « amplifier » leur action (LICHTERFELD et al., 2003). Le Lopinavir est formulé dans une
combinaison fixe avec le Ritonavir; et le Saquinavir, l'Indinavir, et l'Amprenavir sont
maintenant habituellement administrés avec de faible dose de Ritonavir. Les IP boostés
exigent des niveaux plus élevés de résistance que les PIs administrés en monothérapie.
V.2.4- Inhibiteurs d’entrée et de fusion
Ils agissent en se fixant sur les protéines de surface des lymphocytes T ou du VIH.
Certains inhibiteurs se fixent sur la protéine gp120 ou gp41 du VIH et d´autres ont pour cible
les récepteurs CD4, CCR5 ou CXCR4. Les études cristallographiques des fragments gp41
montrent deux domaines heptaédriques répétés (HR1 et HR2). Les premiers inhibiteurs de
fusion étaient des peptides synthétiques empêchant l'interaction de HR1 et de HR2 en imitant
HR1 ou HR2. Un de ces peptides, T20 (Enfuvirtide) correspond à une partie de HR2 (résidus
127 á 162 de la gp41).
Un inhibiteur des co-récepteurs CCR5 a été approuvé en août 2007 par la FDA :
SEZENTRY® (maraviroc).
V.2.5- Inhibiteurs de l´intégrase
Bien que les inhibiteurs de l'intégrase aient été étudiés pendant plusieurs années par les
compagnies pharmaceutiques et les chercheurs, très peu ont fait des avancées dans les essais
cliniques. Récemment (octobre 2007) le Raltegravir, aussi connu sous le nom de Isentress et
MK-0518 a été approuvé par la FDA. Les inhibiteurs de l’integrase agissent en bloquant la
protéine dont le virus à besoin pour intégrer son matériel génétique dans le génome de l’hôte
infecté. Une autre intégrase Le GS-9137 est en phase II de développement.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 10: Les classes de médicaments antirétroviraux et leurs sites d’action.
Source :
http://www.biology.arizona.edu/immunology/tutorials/AIDS/graphics/hiv_biology.gif
VI­ Suivi biologique de l´infection à VIH Deux marqueurs biologiques sont régulièrement utilisés pour déterminer les
indications au traitement et pour contrôler l´efficacité thérapeutique: le taux des lymphocytes
TCD4+ et la charge virale plasmatique. De plus en plus on note l´introduction des tests de
résistance génotypique dans le suivi des patients.
VI.1- Mesure du taux de lymphocytes TCD4
Depuis l’abandon des techniques manuelles qui utilisaient un système de comptage au
microscope des lymphocytes TCD4, les techniques de quantification des LTCD4 ont évolué
vers la cytométrie de flux.
Du sang total est mis en présence d’anticorps marqués par des fluorochromes, ces
anticorps vont se fixés sur les antigènes de surface des cellules LTCD4. La mesure
s’effectuera par comptage des cellules fluorescentes lors de leur passage devant un laser.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
VI.2- Mesure de la charge virale plasmatique du VIH
De nos jours, le choix d’un système de dosage de l’ARN viral tient compte de la
capacité du test à détecter la majorité des sous-types circulants dans une région donnée. Les
trousses de PCR commercialisées sont fondées sur le principe de quantification par PCR
compétitive avec standard(ou étalon) interne, ou sur le principe de l’ADN branché ou encore
sur la PCR en temps réel.
La PCR compétitive utilise un étalon qui est introduit dans les prélèvements à
analyser, avant l’extraction des acides nucléiques. Cet étalon est un acide nucléique dont les
extrémités sont identiques à celles de la séquence du virus sauvage, ce qui permet d’utiliser le
même couple d’amorces. Chaque échantillon est testé dans plusieurs tubes. Dans chacun des
tubes, le prélèvement est présent toujours en même quantité, mais l’étalon est distribué avec
des concentrations différentes (dilutions de l’étalon). Au cours de la PCR, les amorces
s’hybrident soit à la séquence sauvage (virus de l’échantillon), soit à l’étalon : il y a donc
compétition (PCR compétitive). Les amorces s’hybrident plus volontiers à l’ADN présent en
quantité supérieure : il est donc davantage amplifié. Dans un tube la même amplification est
obtenue pour les deux matrices: la concentration d’étalon étant connue, cela permet de déduire
la quantité de molécules dans l'échantillon.
Les méthodes de PCR en temps réel mesurent la quantité de molécules d’ADN
fabriquées pendant le début de la phase exponentielle de la réaction de PCR.
Schématiquement, l'ADN fabriqué pendant la PCR est quantifié par incorporation d’une
molécule fluorescente ou hybridation de deux sondes spécifiques émettant une fluorescence.
Ces thermocycleurs particuliers sont équipés pour la lecture continue (en temps réel) de la
fluorescence émise.
VII­Traitement ARV et suivi biologique de l’infection à VIH au Burkina Faso Le traitement est instauré chez tout patient symptomatique stade C quelque soit le taux de
CD4 et chez tout patient symptomatique stade B ayant des CD4<200cells/µl. Compte tenu des
ARV disponibles actuellement, le schéma thérapeutique de 1ère ligne pourra être
[AZT/D4T+3TC]+[EFV/NVP] ou [ AZT/D4T+3TC]+IDV pour le VIH2 ou VIH 1+2. Le
traitement de 2ème intention [ABC/ddI] + [RTV-IP/NFV/INNRT] (Normes et protocoles de
prise en charge de l’infection à VIH au Burkina Faso.Ouagadougou, 2003.p199). Le suivi du
traitement ARV dans les services de santé comporte‫׃‬
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
9 En bilan initial (M0) :
L’anamnèse, l’examen clinique complet et un bilan biologique initial. Les examens
complémentaires effectués sont : KOP, sérologie de la syphilis, sérologie Hépatite B (Ag
Hbs), sérologie Hépatite C, NFS, Glycémie/Azotémie, Créatininémie, Transaminases,
Amylasémie,Numération lymphocytaire CD4,Radiographie pulmonaire.
9 Pendant le traitement ARV :
J15 : vérification de la bonne prise des médicaments et de la tolérance clinique
M1 : vérification de la bonne prise des médicaments et de la tolérance clinique ; examen
clinique+examens complémentaires
M3 :
surveillance de l’efficacité du traitement et détection des effets secondaires ; Bilan à
faire : idem M1+CD4
M6 :
puis tous les 6 mois : idem M3+charge virale (si disponible).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Chapitre II : Co-infections virales avec le VIH
Selon la littérature scientifique internationale, le VIH qui induit la dépression
immunitaire chez ses victimes, ouvre en elles les portes d’entrée à plusieurs autres types de
virus comme : le HHV8, le rotavirus, les adénovirus, les papillomavirus humains, les virus des
hépatites B, C et D. Nous nous limiterons dans notre recherche à étudier les co-infections du
VIH avec les rotavirus, les HPV et l’hépatite B.
I. Les Rotavirus Les Rotavirus sont répandus dans l’ensemble du règne animal et sont responsables
chez l’homme de la majorité des gastroentérites aigües du nourrisson. Leur génome comporte
11 segments d’ARN bicaténaire correspondant à 11 gènes. Les Rotavirus présentent une
variabilité génétique qui se traduit par une grande diversité antigénique et génotypique,
observée dans les études épidémiologiques (E. Gault, 1998 ; OLESEN et al., 2005). Ce sont
des virus qui entraînent des anomalies non spécifiques de la muqueuse intestinale causant des
troubles digestifs aigüs (nausées, vomissements, douleurs abdominales, diarrhées hydroélectrolytiques), accompagnés de signes généraux souvent modérés. Ils évoluent généralement
de manière bénigne en quelques jours. Mais des formes sévères avec déshydratation sont
possibles notamment chez les nourrissons (PIGNATELLI et al., 2000; RAMBAUD et
BOUHNIK, 1994).
Les Rotavirus restent la cause majeure de morbidité et de mortalité parmi les enfants et
les jeunes enfants aussi bien dans les pays développés que dans les pays en voie de
développement; et sont responsables de 30 à 50 % des cas de diarrhée sévère chez les jeunes
enfants (GIORDANO et al., 2001). Toutefois, leur gravité est majorée dans les pays en
développement (figure 11). Environs 130 millions d’enfants développent des diarrhées dues
aux Rotavirus chaque année, parmi eux 18 millions passent par une déshydratation modérée à
sévère donnant entre 418 000 à 520 000 morts avec 85% de ces décès dans les pays à basse
revenue (LUZ et al., 2005).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 11: Répartition des Rotavirus dans le monde.
Source : http://www.nlv.ch/Rotavirus/graphics/rotavirusdistribution.gif
I.1­ Morphologie En 1973, l'équipe de Bishop a observé pour la première fois, dans des biopsies
intestinales d'enfants atteints de diarrhées, des particules virales de 70 nm de diamètre (figure
12): Ce virus a reçu le nom de Rotavirus, inspiré de sa morphologie en forme de roue (rota en
latin).
Figure 12: Morphologie d’un Rotavirus
Source : http://i.esmas.com/image/0/000/003/594/rotavirus_N.jpg
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.2­ Structure Les Rotavirus constituent un genre spécifique de la famille des Reoviridae. Ce sont des
virus non enveloppés d’un diamètre de 70 nm à symétrie icosaédrique. Le génome viral
d’environ 18,5 kb est un ARN double brin constitué de 11 segments. Chaque segment code
pour une seule protéine virale à l’exception du gène 11 codant pour les protéines NSP5 et
NSP6 (LOISY, 2004), soit au totale six protéines de structure (VP pour viral protein) et six
protéines fonctionnelles (NSP pour non structural protein) (TARAPOREWALA et al., 2003).
Au coeur des virions, ce génome est stabilisé et protégé par les protéines de capside,
organisées en triple couche (BAJOLET et al., 1998) (figure 5):
Une couche protéique externe, constituée des protéines VP4 et VP7, qui sont des
antigènes déterminant les anticorps neutralisants et protecteurs, spécifiques de types. VP4 est
clivée en VP5 et VP8 et est responsable de l'attachement du virion aux récepteurs
membranaires portés par les entérocytes ; elle a diverses fonctions biologiques en rapport avec
la pathogénicité: hémagglutination, virulence, fusion, et pouvoir infectieux (BAJOLET et al.,
1998).
Une couche intermédiaire avec une seule protéine, VP6, fortement immunogène, qui
porte les structures antigéniques de groupe et de sous groupe communes aux Rotavirus
infectant différentes espèces animales.
Une couche interne formée par les protéines internes, VP1 (polymérase), VP2 et VP3.
Figure 13: Structure d’un Rotavirus
Source : http://i.esmas.com/image/0/000/003/594/rotavirus_N.jpg
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I.3­ Notion de sérotypes Les rotavirus apartiennent à la famille des Reoviridae, ils forment le genre Rotavirus.
Différents groupes de Rotavirus humains ou animaux peuvent être distingués en fonction de la
taille de leurs segments génomiques et des propriétés de certaines protéines structurales.
Ainsi, en fonction de l’antigène porté par la protéine VP6 les Rotavirus sont répertoriés en 7
groupes désignés par des lettres (A à G). Les Rotavirus des groupes A, B et C, infectent
habituellement les hommes et les animaux, les autres sérogroupes n’ont été observés que chez
les animaux. Les Rotavirus du groupe A sont les plus nombreux et les plus étudiés, ils sont
divisés en sérotypes identifiés à partir d’antigènes induisant des anticorps neutralisants: la
protéine VP7 définit le sérotype G (glycoprotéine ou antigène G) et la protéine VP4, le
sérotype P (protéine sensible aux protéases ou antigène P) (LOISY, 2004).
Parmi les Rotavirus humains et animaux, 15 types G et 20 types P ont été identifié de
nos jours. 10 types G et 11 types P sont associés aux infections humaines (LUZ et al., 2005).
Seuls les génotypes G ont été sérologiquement confirmés en tant que sérotypes et parmi eux
les sérotypes G1, G2, G3, G4, sont les plus fréquents dans les infections humaines. Pour le
groupe P, P [8] est le génotype le plus commun, suivit de P [4] et P [6] (RAHMAN et al.,
2003).
Figure 14: Classification des Reoviridae et du genre Rotavirus
Source : http://www.microbe-edu.org/etudiant/imggastro/reoviridae.gif
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.4­ Variabilité génétique et antigénique Les rotavirus présentent une très grande diversité génétique et antigénique :
9 Les souches les plus courantes en Europe et aux USA sont : G1P[8]; G2P[4]; G4P[8] ;
G3P[8] et G9P[8].
9 D’autres souches sont observées dans certains pays : P[8];G5 au Brésil; P[8];G8 en
Afrique et P[11];G10 ou P[4]/P[6];G12 en inde.
Figure 15: Souches de rotavirus
Source : http://www.microbe-edu.org/etudiant/imggastro/variable-genetique.gif
I.5­ Mécanismes de cette diversité génétique : 9 Les arrangements génétiques sont fréquents mais ont peu d’impacts sur
l’épidémiologie.
9 Les mutations peuvent entraîner une dérive génétique avec pour conséqunce
l’apparition de mutants d’échappement voire de souches épidémiques.
9 Réassortiments entre génomes humains et entre génomes de différentes espèces. Ils
sont à l’origine de l’emergence de nouveaux génotypes humains comme par exemple
les rotavirus G9.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 16: Réassortiments entre rotavirus d’espèces différentes
Source : http://www.microbe-edu.org/etudiant/imggastro/mecanisme.gif
Le Mécanisme d’infection du Rotavirus s’effectue en 5 étapes :
(1) le Rotavirus en contact avec les entérocytes, sa protéine VP4 se détache.
(2) le virus entre dans le cytoplasme de la cellule cible.
(3) dans le cytoplasme, il se multiplie et synthétise des toxines.
(4) une fois sa maturation effectuée, il ressort des entérocytes en reprenant la protéine
VP4.
(5) Les cellules épithéliales, après avoir libéré ces nouveaux virus, meurent (figure 17).
Figure 17: Mécanisme d’infection du Rotavirus
Source : http://ocw.jhsph.edu/imageLibrary/views/fileLibrary/EID_Black_rotavirus-medium.jpg
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Le Mécanisme de réplication du rotavirus : après l’entrée du Rotavirus dans la cellule
cible, son ARNm traduit ses protéines. Ces protéines virales néo-synthétisées s’associent à
son ARN viral pour la constitution de nouveaux virus qui sortent des entérocytes par
bourgeonnement.
Figure 18: Mécanisme de réplication du Rotavirus
Source : http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/9e/Rotavirus_replication.png
I.6­ Mécanisme de la diarrhée La diarrhée induite par les Rotavirus est causée par la combinaison d’un ensemble de
facteurs. Ces facteurs incluent: une réduction de surface dans la région épithéliale de
l’intestin, un remplacement d'entérocytes mûrs par des cellules immatures, un effet osmotique
résultant d’une absorption incomplète d'hydrates de carbone de la lumière intestinale avec une
fermentation bactérienne de ces composés non absorbés, une sécrétion de fluide intestinal et
d’électrolytes à travers l’activation du système nerveux entérique, et enfin un effet de la
protéine non structurale 4 (NSP4) du Rotavirus qualifiée d’entérotoxine viral (BOSHUIZEN
et al., 2003).
Les cellules cibles des virus sont les entérocytes matures de l'intestin grêle (Figure 19);
la multiplication intracytoplasmique entraîne une vacuolisation du cytoplasme avec
aplatissement des villosités qui se couvrent de cellules cuboïdes immatures, résistantes à
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
l'infection. Dans les cellules infectées, le taux des diholosides dont la lactase et des
aminopeptidases est diminué, le lactose s'accumule, le flux d’eau et la pression osmotique
s'élèvent, le transport du calcium est altéré. La pullulation des bactéries, la malabsorption et
l'inflammation, se conjuguent pour déclencher la diarrhée. Le virus, excrété en grande
quantité dans les selles (108 à 1010 particules / m l), persiste quelques jours après la guérison
clinique. La restauration de la muqueuse se fait en 6 à 8 semaines. Les entérocytes immatures
seraient insensibles en raison de l'absence de la protéase nécessaire au clivage de
l’hémagglutinine (VP4), facteur d'attachement aux récepteurs cellulaires (BAJOLET et al.,
1998).
Les Rotavirus infectent les entérocytes de l’intestin grêle et provoquent une diarrhée
selon un mécanisme complexe et probablement multifactoriel associant une malabsorption et
une composante sécrétoire (tableau 1). L’infection virale, le virus lui-même et sa protéine
NSP4 sont responsables, directement ou via un messager, d’une activation du système
nerveux entérique (SNE) et d’une augmentation du calcium intracellulaire ([Ca2+]i)
provoquant une succession d’évènements conduisant à une fuite de chlore, une
désorganisation de l’architecture de la cellule et à sa lyse.
En plus, L'entérotoxine NSP4 du Rotavirus induirait une augmentation du calcium
intracellulaire. Un des résultats est l’ouverture d’un canal chlore calcium dépendant (différent
du CFTR) responsable d’une fuite d’ions Cl- et d’eau (BAJOLET et al., 1998).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 19: Schématisation des mécanismes de la diarrhée à rotavirus.
Source : http://www.microbe-edu.org/etudiant/imggastro/rotavirus2.gif
L’augmentation du calcium intracellulaire par mobilisation du calcium du réticulum
endoplasmique est l’évènement pivot expliquant les modifications au niveau des entérocytes
des villosités et des cellules des cryptes. La protéine NSP4 et le système nerveux entérique
sont les principaux inducteurs de la composante sécrétoire de la diarrhée.
Nombreuses, sont les voies qui permettent l’infection à Rotavirus. Nous avons les
contaminations inter-personnes ; les contaminations par les aliments, les fruits, les légumes et
l’eau infectés (Figure 20).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 20: Voies de transmission des virus des Rotavirus
Source : http://www.microbe-edu.org/etudiant/imggastro/epidemie-localise1.gif
I.7­ Clinique Age : Toutes les tranches d’âge, mais elles sont plus sévères chez le jeune enfant (< 3 ans).
Mais les facteurs de gravité sont : la malnutrition et la co-infection bactérienne.
Caractéristiques selon le virus
Rotavirus du groupe A est l’agent étiologique majeur des gastro-entérites infantiles :
9 Epidémies hivernales dans les pays tempérés
9 Gastroentérites : enfants entre 6 et 24 mois (>90% des enfants âgés de trois ans ont été
en contact avec le Rotavirus).
9 Vieillards et les immunodéprimés.
9 Infections asymptomatiques : enfants de plus de 3 ans et les adultes.
Rotavirus des groupes B et C : Epidémiologie encore mal définie.
Les épidémies de Rotavirus du groupe B sont décrites qu’en Chine ; et celles des
Rotavirus du groupe C, en Europe, Asie et Amérique. Les Rotavirus du groupe C infectent
surtout en période hivernale en pays tempérés.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.8­ Diagnostic biologique Le diagnostic se fait par recherche de l'antigène viral : la technique d'agglutination de
particules de latex sensibilisées par des anticorps spécifiques est simple et rapide et les
techniques immunoenzymatiques ou immunochromatographiques sont adaptées à l'examen
d'un grand nombre de prélèvements.
Le diagnostic peut se faire également par electrophorèse sur gel polyacrylamide
(PAGE).
On peut chercher directement les Rotavirus dans les selles, où ils sont éliminés en
grande quantité, par examen en microscopie électronique (ME). Cette technique, qui est la
méthode de référence, n'est pas utilisée en routine. Elle nécessite un investissement très lourd
mais a l'avantage de montrer aussi d'autres virus non cultivables responsables de gastroentérites.
De nos jours les progrès technologiques dans les méthodes de détection moléculaire
ont conduit au développement de la sensibilité, des essais
pour la détection
des Rotavirus : c’est le cas par exemple de la RT-PCR (reverse transcriptase-polymerase chain
reaction) qui a permis de faire d’énormes progrès dans les connaissances sur les rotavirus et
dans la recherche de vaccin.
I.9­ Prévention et traitement Les Rotavirus en dehors de son hôte (l’homme), possèdent un degré de robustesse qui
leur permet de persister face aux conditions qu’ils rencontrent dans l’environnement (LOISY,
2004). La principale voie de transmission de ce virus est celle orofécale. Elle peut également
se faire par contact avec des sécrétions de voies aériennes, l’eau, les aliments ou les surfaces
contaminées. Des moyens préventifs comme l’allaitement au sein pourrait apporter une
certaine protection contre la maladie chez le très jeune nourrisson (OMS, 1999).
En 1999, un vaccin antirotavirus tétravalents ciblant les souches G1 à G4
prédominantes, très efficace, RotaShieldTM, autorisé aux Etats-Unis, a été retiré du marché
après moins d’une année d’utilisation en raison de son association avec des cas d’invagination
intestinale. Deux nouveaux vaccins antirotavirus atténués vivants oraux ont été autorisés en
2006 : le vaccin antirotavirus humain monovalent (RotarixTM) et le vaccin réassorti bovin
humain pentavalent (RotaTeqTM). Des essais cliniques à grande échelle, menés dans des pays
occidentaux industrialisés et en Amérique latine, ont démontré que ces 2 vaccins présentaient
de très bons profils d’innocuité et d’efficacité. Toutefois, tant que le véritable potentiel des
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
vaccins antirotavirus actuels n’a pas été confirmé dans toutes les régions de la planète, et en
particulier en Asie et en Afrique, l’OMS n’est pas disposée à recommander une telle
introduction, au niveau mondial (OMS, 2007).
Il n'y a pas de traitement spécifique : le traitement est uniquement symptomatique et
vise essentiellement à corriger les états de déshydratation qui représentent le risque majeur de
la maladie.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
II. Virus de l’hépatite B (VHB) L’hépatite B, infection du foie potentiellement mortelle provoquée par le virus de
l’hépatite B (VHB), constitue un nouvel enjeu de santé publique de par l’importance du
nombre des personnes contaminées, la gravité des formes évolutives de l’infection et le coût
élevé de la prise en charge des patients. En effet, on estime à 2 milliards le nombre de
personnes infectées par le virus de l’hépatite B dont plus de 350 millions deviennent des
porteurs chroniques (BOUTAYEB et al., 2006). Elle est particulièrement fréquente en
Afrique au Sud du Sahara et en Asie du Sud-Est. L'hépatite B est beaucoup plus fréquente
dans les pays du tiers monde, plus de 7% en Asie du sud-est et Afrique subsaharienne, moins
de 2% en Europe, Amérique du nord et Australie (OMS, 2000).
Figure 21: Hepatitis B virions
Source : http:/www.dpd.cdc.gov/dpdx
II.1­Structure et génome Le virus de l’hépatite B (VHB), composé d’une chaîne à ADN circulaire appartient à
la famille des Hepadnaviridae (PERROT, 1996). Il est constitué d’un noyau central (core,
AgHBc) contenant l’acide désoxyribonucléique du virus (figure 23). Ce noyau est entouré
d’une enveloppe externe (antigène de surface, AgHBs). L’antigène «e» (AgHbe) est une
protéine soluble dérivée de l’AgHBc qui lui est insoluble (ne se retrouve pas en circulation,
mais seulement dans le foie).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Le VHB se réplique par des mécanismes similaires à ceux des rétrovirus. L’ADNpolymérase du VHB possède en effet une activité transcriptase inverse (VILLENEUVE,
1998). Le VHB est capable d'induire la synthèse en excès de protéines virales libérées dans la
circulation sanguine lors de l'infection, sidérant le système immunitaire de l'hôte. Il est
capable de s'intégrer dans le génome cellulaire et cette capacité explique son oncogène dans le
développement de cancer de foie. Il pénètre la cellule, et intègre le noyau sous forme
circulaire très stable. Il produit des transcrits d'ARNm. Les uns servent à la fabrication des
protéines virales au niveau du réticulum endoplasmique. Un transcrit complet subit l'action de
la transcriptase réverse, et donne naissance à un brin négatif d'ADN. L'ADN polymérase
virale synthétise la chaîne complémentaire, formant un ADN en partie bicaténaire qui est
ensuite assemblé avec les protéines virales pour former une particule virale complète.
Figure 22: Structure du virus de l’hépatite B
Source: http://www.hepnet.com/hepbfr/qag.html
II.2­Mode d’infection et pathogenèse La maladie se transmet surtout par voie parentérale (seringues, aiguilles, transfusions
de sang) et atteint principalement le personnel hospitalier, les hémodialysés, les transfusés et
les toxicomanes. Le VHB est facilement transmissible par voie sexuelle, et l’infectiosité du
sperme d’hommes porteurs du VHB a été démontrée (SCOTT et al., 1980), ce qui impose la
vaccination systématique des partenaires sexuels des patients infectés. L’ADN du VHB est
détectable dans le liquide séminal d’hommes atteints d’hépatite B aiguë ou chronique
(HADCHOUEL et al., 1985; JENISON et al., 1987). Des travaux préliminaires ont rapporté
l’intégration de séquences de l’ADN du VHB dans l’ADN des spermatozoïdes, toutefois la
48
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
possibilité d’une transmission verticale à travers la lignée germinale reste à étudier
(HAYASHI et al., AIDS 2000; IOANNIDIS et al., 2001).
Il existe également la possibilité d'une transmission mère-enfant (OMS, 2000). Les
enfants sont quant à eux contaminés à la naissance, le risque atteignant 90% s'ils naissent
d'une mère AgHBe+ et AgHBs+. Il est de 20% si la mère a déjà éliminé l'AgHBe et est
uniquement AgHBs+ Lorsque la contamination a lieu à la naissance, 90% des enfants
développeront une forme chronique (CAQUET, 2004). Si la contamination a lieu plus tard
dans la vie (adolescence, âge adulte), 90% des hépatites B évoluent sur un mode aigü, et 10%
passent à la chronicité (SOKAL, 2005; SIMPORE et al., 2006b).
II.3­Symptômes de la maladie Le virus de l’hépatite B peut être à l’origine d’une maladie aiguë dont les symptômes se
prolongent pendant plusieurs semaines, il peut également provoquer une infection chronique
du foie qui évolue à un stade ultérieur vers la cirrhose ou le cancer.
9 Forme aiguë
La forme aiguë correspond à une inflammation récente. La majorité des malades
développe peu ou pas de symptômes. Souvent on la confond avec une grippe (fièvre, fatigue,
nausées, vomissements). Certains cas de la forme aiguë présentent une jaunisse avec des selles
décolorées et urine foncée. 90 à 95% des cas aigus guérissent sans séquelle et les malades sont
immunisés à vie contre la maladie.
9 Forme chronique
Elle correspond tout simplement à une inflammation qui dure depuis plus de 6 mois. Chez
une proportion substantielle des patients adultes (jusqu’à 10%), le VHB, loin d’être éliminé,
peut persister dans l’organisme et entraîner une hépatite chronique pouvant ultimement
évoluer une cirrhose et un hépatocarcinome. Elle peut évoluer sans symptômes ou apparaître
comme un malaise général (perte d'appétit, fatigue chronique). Seuls les tests sanguins
établissent un diagnostic certain de cette forme d'hépatite. La cirrhose et le cancer du foie sont
les complications graves qui peuvent se manifester 20 à 30 ans après l'épisode aigu. Ils
représentent les principales causes de décès dus à cette maladie (VILLENEUVE, 1998).
Ces porteurs chroniques (200 millions à travers le monde) constituent le principal réservoir du
VHB et contribuent à la propagation de la maladie (FLEURY, 1999). Chez les nourrissons ou
chez les personnes qui ont un système immunitaire affaibli, l’hépatite chronique peut conduire
49
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
à une insuffisance hépatique aiguë, mortelle. La vaccination confère une protection qui dure
plusieurs années (ANGLARET et al., 1994; ILBOUDO et al., 2002).
II.4­Traitement et prévention Du fait de la physiopathogénie principalement immunomédiée de l'hépatite chronique B,
deux types de traitement, éventuellement combinés, peuvent être proposés pour les infections
chroniques par le VHB: les antiviraux notamment les analogues nucléotidiques, l’Interféron-α
et les immunostimulants.
¾ Les analogues nucléotidiques
Les analogues nucléotidiques agissent principalement en inhibant la réplication virale par
l'inhibition de l'incorporation des nucléosides lors de l'élongation de l'ADN viral par l'ADN
polymérase; leur efficacité et leur toxicité minime doivent être soulignées. Si certains tels que
la fialuridine ont été rapidement abandonnés du fait d'une toxicité mitochondriale inacceptable
(stéatose microvésiculaire mortelle), deux analogues, la lamivudine (Zeffix, Epivir) et
l'adéfovir (Hepsera), sont actuellement les principaux traitements.
¾ L'Interféron-α
L'Interféron-α (IFNα), molécule physiologique de défense contre les virus, trouve une
place de choix dans le traitement des hépatites chroniques B puisqu'il associe des propriétés
antivirales, immunomodulatrices et anti-prolifératives . La première action de l'IFN-α découle
de sa fixation à des récepteurs membranaires spécifiques à la surface des cellules infectées.
Elle déclenche l'activation d'enzymes intracellulaires favorisant la traduction de diverses
protéines qui rendront la cellule plus résistante aux infections virales.
¾ Les immunostimulants
L'utilisation de dérivés thymiques, tels que la thymosine, le GM-CSF ou le PolyA-PolyU
(Polyadenur), immunomodulateur de synthèse correspondant à un ARN double brin formé par
des complexes polymérisés d'acide polyadénylique, ont donné des résultats intéressants qui
demandent confirmation. Seule la thymosine en monothérapie ou en association avec
l’interféron semble apporter un effet clairement suggéré par les méta-analyses. Dans tous les
cas, on rappellera que l’action de l’interféron comme
50
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Le traitement peut coûter des milliers de dollars par an et il n’est pas disponible pour la
plupart des patients dans les pays en développement. Le cancer du foie est presque toujours
mortel et il apparaît souvent au moment où les patients sont au stade le plus productif de leur
vie et ont des responsabilités familiales. Dans les pays en développement, la plupart en meurt
en quelques mois après le diagnostic. Dans les pays à revenu élevé, la chirurgie et la
chimiothérapie peuvent prolonger la vie de quelques années dans certains cas.
Le fondement de la prévention est l’administration du vaccin contre l’hépatite B à tous
les nourrissons. La vaccination complète induit une concentration protectrice en anticorps
chez plus de 95 % des nourrissons, des enfants et des jeunes adultes. Après l’âge de 40 ans, la
protection induite par la vaccination primaire passe en dessous de 90%. À 60 ans, seuls 65 à
75% des sujets vaccinés conservent une concentration suffisante en anticorps. La protection
dure au moins 20 ans et devrait se maintenir toute la vie (MYERS et al., 2004, REYNAUD et
al., 2009).
51
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III. Les Papillomavirus humain (HPV) Les Papillomavirus humain (HPV) sont des virus à ADN. Il existe plus de 100 types
différents dont plus d’une quarantaine ont un tropisme pour les muqueuses ano-génitales. Ils
sont responsables de cancers (cancer du col de l’utérus principalement), de condylomes
acuminés et de verrues. Ce sont les virus les plus fréquents dans les maladies sexuellement
transmissibles.
III.1 ­ Classification Règne :
Virus
Groupe : Groupe I
Famille : Papovaviridae
Genre:
Papillomavirus
Espèce:
virus du papillome humain (VPH) ou Human papillomavirus (HPV)
Types:
HPV-1, 2, 4, 7, 11,31, 33, 35, 51, 52, 58, 16, 18, 45, 46, ……
III.2­ Structure et génome Les papillomavirus sont des virus nus comprenant une capside icosaédrique de 45 à 55
nm de diamètre. Le génome se présente sous forme d’ADN bicaténaire circulaire dont un seul
brin est codant (MONSONEGO et al., 2006).
Figure 23: Schéma de HPV
Source : http://inature.canalblog.com/images/20051213_01.gif
Parmi les différentes protéines codées, L1 et L2 participent à l’élaboration de la
capside alors que E6 et E7 des HPV à risque seulement sont impliqués dans la transformation
52
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
des cellules en se liant respectivement aux protéines inhibitrices du cycle cellulaire p53 et
pRb. Les HPV à bas risque n’ont pas cette propriété (MONSONEGO et al., 1996)
Figure 24: Structure de HPV-16
Source :http://acces.inrp.fr/acces/ressources/sante/epidemies-et-agentsinfectieux/comprendre/cancer_viro_induits/structure
Les HPV possèdent une étroite spécificité d’hôte et affectent les épithéliums
pavimenteux et plus rarement cylindriques des tissus cutanéomuqueux. Les HPV dits à haut
risque sont responsablent des cancers du col (MUNOZ et al., 2003), de l’anus, de la vulve.
Les HPV dits à bas risque sont impliqués dans les condylomes acuminés génitaux et plus
rarement dans certaines lésions planes condylomateuses.
53
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 25: CONDYLOME : Verrues génitales
Source :
www.laserveineux.fr/LASERCO2%20EN%20GYNECOLOG...
http://www.dermis.net/
III.3­ Mécanisme d’action des HPV Les HPV pénètrent les épithéliums pavimenteux pour se retrouver dans leurs cellules
cibles, les cellules basales. Dans le col utérin, ce contact est aisé au niveau de la jonction
squamocylindrique constituée d’une seule couche de cellules basales. L’ADN viral se réplique
sous une forme incomplète (épisomal) dans les cellules basales. Durant leur migration dans
les couches supérieures les cellules filles infectées continuent leur différenciation
pavimenteuse qui conditionne la fin du cycle de réplication virale, en particulier l’expression
des gènes viraux L1 et L2 participant à l’élaboration de la capside. Ces protéines (L1 et L2)
s’auto_assemblent pour envelopper l’ADN viral. Les virus matures sont libérés à la surface et
peuvent se propager au sein du même épithélium ou sont transmis par contact lors des
rapports sexuels. Ce processus d’excrétion du virus est majeur dans les condylomes acuminés
siège d’une forte réplication virale, très faible voire nul dans les cas des précurseurs du cancer
où les formes épisomales ou intégrées à l’ADN de la cellule prédominent sur les formes
matures et productives (MONSONEGO et al., 1996 et 2006).
L’infection peut évoluer selon 2 modes : la clairance ou la persistance. La majorité des
infections à HPV à risque évolue sur le mode de la clairance (tend à disparaître) en particulier
chez les jeunes de mois de 30 ans, alors qu’elle évolue vers la persistance après cet âge en
particulier pour HPV 16 (SCHIFFMAN et al., 2003). La persistance annonce des
transformations morphologiques (DALSTEIN et al., 2003) témoignant de l’expression des
gènes E6 et E7 des HPV à risque et donc des anomalies cellulaires. A ce stade, le HPV est
épisomal ou intégré au génome des cellules.
54
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III.4­ Diagnostic Les HPV sont des virus non cultivables et ne sont détectables que par les techniques de
la biologie moléculaire :
Le diagnostic d'infection génitale à HPV se fait par recherche d'ADN viral (par
"capture hybride" par des sondes d'ARN, ou par amplification génique (polymerase chain
reaction, ou PCR), in vitro) lors de la réalisation d'un frottis. Ce test est basé sur la détection
de l’ADN des virus. Un résultat positif démontre uniquement la présence du virus mais la
valeur prédictive positive pour le risque de développement d’un cancer est faible (de 10 à
20%).
Le diagnostic d'infection génitale à HPV se fait aussi par recherche d'ARNm viral
(Nuclisens EasyQ HPV). L’expression des oncoprotéines virales E6 et E7 initie le processus
de cancer en affectant le contrôle du cycle cellulaire. Ce nouveau test de dépistage est basé sur
la détection des ARNm des oncoprotéines E6 et E7 dans les cellules humaines. Les ARNm
des oncoprotéines E6 et E7 sont des marqueurs prédictifs de l’activité oncogénique des HPV
permettant d’identifier les femmes à risque de développer un HSIL (CIN2/3) et un carcinome
du col utérin. Le principe de ce test repose sur l’amplification et la détection des ARNm
E6/E7 par NASBA (Nucleic Acid Sequence-Based Amplification) en temps réel.
Il n’existe pas de test sérologique sur le marché.
III.5­ Pouvoir pathogène et génotype Le pouvoir pathogène des papillomavirus humains dépend :
-
du statut immunitaire de la personne infectée : les déficits immunitaires favorisent ce
type d'infection (immunodépression congénitale, transplantations, HIV, traitements
immuno-suppresseurs),
-
de facteurs génétiques favorisant la transformation maligne des lésions dues aux HPV,
-
du type d'HPV : les types HPV 6 et HPV 11 causent des lésions cutanées et muqueuses
bénignes (verrues vulgaires, verrues plantaires, verrues planes, condylomes anogénitaux, verrues génitales, épidermodysplasie verruciforme et papillomes laryngiens);
les types HPV 16, 18, 31, 33 et 35 sont associés à des néoplasies cervicales intraépithéliales et au cancer du col de l'utérus.
55
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III.6­ Epidémiologie Le Center for Diseases Contol estime que au mois la moitié de toutes les personnes
sexuellement actives vont acquérir le HPV à un moment donné de leur vie, tandis que 80% au
moins des femmes acquerra l’infection à HPV avant l’âge de 50 ans (AULT K.A., 2006).
Environ 6,2 millions de nouvelles infections se produisent chaque année aux ÉtatsUnis et environ 20 millions d’individus sont actuellement infectés (AULT K.A., 2006).
Le cancer du col de l’utérus est le second cancer le plus répandu dans le monde et le
premier en Afrique Sub-saharienne (85% des nouveaux cas annuels et 85% des décès dus au
cancer dans le monde). Sa prévalence augmente dans plusieurs pays africains (ANORLU,
2008).
D’après CLIFFORD et al., 2003 ; BOSCH et al., 2003 et MUNOZ et al., 2003 les soustypes 16 et 18 sont les plus fréquemment retrouvés dans les lésions du col de l’utérus en
Europe et aux USA (60 et 10% respectivement).
Des études réalisées en Afrique sur des groupes de femmes VIH séropositives et VIH
séronégatives montrent des prévalences très variées selon les types de HPV rencontrés, la
présence du VIH et selon les régions géographiques. Ainsi, nous avons :
¾ Au Rwanda, 69% des femmes séropositives ont au moins un type de HPV dont 46%
de type cancéreuse et 10% de HPV de type 16. La prévalence de HPV est plus élevée
chez les femmes de 25-34 ans (75%) que chez celles ayant plus de 55 ans (37,5%)
(SINGH et al., 2009).
¾ En Afrique du Sud, 90% des femmes VIH séropositives étaient porteuses d’au moins
un HPV dont 80% de type cancéreuse contre 40% de taux de prévalence pour les
femmes séronégatives (ADLER et al., 2008).
¾ Au Kenya, nous avons 17% de prévalence de HPV chez les femmes séronégatives
contre 49% chez les femmes séropositives (YAMADA et al., 2008).
¾ En Uganda, nous avons 73,2% de prévalence de HPV chez les femmes séronégatives
contre 87,8% chez les femmes séropositives (BANURA et al., 2008).
¾ En Zambie, les HPV les plus fréquemment retrouvés étaient les HPV-16 et 18 (21,6%
chacun). Les PvVIH avaient beaucoup plus de HPV à haut risque que les femmes
séronégatives en particulier le HPV-18 (NG’ANDWE et al., 2007).
56
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III.7­ Traitement et prévention Le virus du papillome humain se transmet par contact direct, par voie buccale, auto
inoculation (la transmission de verrues vulgaires est favorisée par le grattage) et par contact
indirect (objets et surfaces contaminées favorisent la propagation plantaire). La transmission
est sexuelle dans les cas de condylomes ano-génitaux, la transmission du papillome laryngien
s’effectue de la mère à l’enfant lors du passage dans la filière génitale.
La majorité des infections au HPV sont transitoires, c’est-à-dire qu’elles régressent
dans un délai de 8 à 14 mois selon l’immunité naturelle de la personne infectée.
Les facteurs favorisant les infections à HPV sont : une activité sexuelle précoce,
l’existence de nombreux partenaires sexuels, l’immunodépression (notamment le VIH), le
tabac, une contraception orale prolongée, d’autres MST associés, un bas niveau socioéconomique (HIBBITTS et al., 2006).
L’importance de la charge virale et la persistance du virus oncogène sont des facteurs
d’évolution vers une lésion précancéreuse et cancéreuse du col de l’utérus.
Traitement
Il n'existe aucun traitement permettant la guérison d'une infection à papillomavirus. La
destruction des lésions visibles peut être cependant faite de manière plus ou moins simple. Les
lésions du col de l’utérus sont traitées par la cryothérapie (application d’azote liquide) par le
laser, voire par la chirurgie, soit en enlevant une partie du col (conisation), soit en l'ôtant en
totalité. Des traitements locaux sont également possibles (Podofilox solution ou gel à 0,5 %,
Podophylline à 10-25 % qui ne doit être appliquée que par un médecin).
D'autres traitements stimulateurs de l'immunité sont actuellement en cours de
développement. Après le traitement, il se peut que le virus soit toujours présent même si les
condylomes ont disparu. Il est donc important de surveiller la réapparition des lésions pendant
plusieurs mois après la résection.
Prévention
Le préservatif diminue en grande partie la transmission des papillomavirus et la
fréquence des infections persistantes à HPV (ce qui signifie que l'utilisation régulière du
préservatif entraîne une régression des lésions préexistantes plus fréquentes que chez ceux qui
57
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
ne l'utilisent pas). Il peut y avoir cependant contamination par contact avec des zones cutanées
non couvertes par le préservatif.
En octobre 2005 est sorti un vaccin contre le papillomavirus type 6, 11, 16 et 18. Cette
vaccination nommé Gardasil est de nature à prévenir les lésions précancéreuses et les cancers
non invasifs du col de l'utérus dus aux papillomavirus de type 6, 11, 16 et 18.
L'immunité conférée dure au moins cinq ans. Son efficacité est quasi totale (98%) chez les
femmes non infectées par un des virus contenus dans le vaccin. Il ne paraît pas efficace, ni
pour les autres génotypes, ni pour les femmes déjà infectées. L'efficacité n'est pas connue audelà de cinq ans, notamment en raison de la longueur de développement du cancer du col de
l'utérus.
La vaccination concerne surtout les adolescentes avant les premières relations
sexuelles, soit à l'âge de 14 ans, et c'est ce que recommande le CSHPF qui préconise une
vaccination systématique à cet âge. Elle ne dispense pas de la poursuite du dépistage du
cancer du col de l'utérus ni de l'utilisation du préservatif.
58
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Chapitre III: Co-infections parasitaires avec le VIH
Au cours de notre recherche de thèse, nous avons isolé chez les personnes vivant avec le
VIH/SIDA, plusieurs co-infections de parasites intestinaux et sanguins. Nous étudierons
spécifiquement dans ce chapitre trois types de parasites : Giardia intestinalis, Entamoeba
histolytica et Toxoplasma gondii.
I. Toxoplasma gondii La Toxoplasmose, causée par le protozoaire Toxoplasma gondii (T. gondii), est une
infection parasitaire chez l'homme qui a une distribution cosmopolite. La prévalence de
l’infection à T. gondii varie selon les différentes régions géographiques. L’infection se
caractérise par des symptômes non spécifiques avec par conséquent, la formation de kystes
mais qui restent latent dans de nombreux organes (ALFONSO et al., 2009). La réactivation
de l’infection latente se produit chez les patients immunodéprimés causant une maladie
mortelle, en particulier l'encéphalite (ALFONSO et al., 2009). La Toxoplasmose aigu non
traité chez une femme enceinte peut être transmise au fœtus à travers le placenta
(Toxoplasmose congénitale). La Toxoplasmose congénitale peut entraîner des complications
telles que l’hydrocéphalie et conduire à des lésions oculaires pouvant survenir plus tard après
la naissance (SIMPORE et al., 2006b) .
Historique
Le toxoplasme a été découvert en 1908 par Charles NICOLLE et Laveran MANCEAU
en Tunisie en (Afrique du Nord) chez le gondii à la suite d’une épidémie de laboratoire. Il fut
signalé en Afrique tropicale de l’Ouest dès 1916 précisément au Congo par Van SACEGHEM
sur le lapin (DUMAS et al., 1991). En 1917 CHATTON et GEORGES notent une parenté
morphologique entre les coccidies et le toxoplasme (GOLVAN Y.J. 1983). En 1923 JANKU
décela le premier cas humain (HARANT H.et DELAGE A.1971). WOLF et COWEN firent
les 1ères expérimentations en 1937-1938 (GOLVAN Y.J. 1983). Au départ, on pensait qu’il y
avait autant d’espèces différentes de toxoplasme qu’il y avait d’hôtes vertébrés distincts, mais
Sabin en 1939 eut le mérite de montrer qu’il s’agissait d’une seule et même espèce :
Toxoplasma gondii (GOLVAN Y.J. 1983). En collaboration avec FELDMANN, il découvrit
et mis au point un test immunologique précoce, sensible et spécifique : le Dye-test qui permet
le diagnostique sérologique de cette parasitose (DUMAS et al., 1991). En 1950, GIROUD et
59
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
GRJEBINE isolent au Congo la 1ère souche de toxoplasme de l’homme puis, en 1953,
GIROUD et coll. confirment la présence de la toxoplasmose humaine dans cette zone de
l’Afrique en isolant 4 souches en République Centrafricaine (DUMAS et al., 1991). Une
publication sur le cycle complet du toxoplasme fut faite en 1965 par Hutchinson W. M.
(GOLVAN Y.J. 1983).
I.1 ­Présentation du parasite : Toxoplasma gondii I.1.1-Classification
Pendant longtemps, la place de T. gondii dans l’échelle zoologique a été discutée. Il
apparaît aujourd’hui comme voisin des coccidies du groupe Isospora, mais des études de
structure immunologique n’ont pas encore permis de la rattacher à une espèce définie de
Isospora .
Classification
Règne
: Animal
• Sous-règne
: Protistes (Protozoaires)
• Embranchement : Apicomplexa (Sporozoaires)
Classe
: Coccidea
Ordre
: Eimeriida
Famille
: Sarcocystidae
Genre
: Toxoplasma
Espèce
: gondii, N. & M.
I.1.2- Biologie et cycle de développement
I.1.2.1- Biologie
Toxoplasma gondii est rencontré sous des formes morphologiques variées dans l’organisme
de ses hôtes. Il se présente sous trois formes infectieuses au cours de son cycle de vie:
-
Le tachyzoïte.
C’est un organisme en forme de croissant, piriforme ou arqué, dépourvu d’appareil
locomoteur mais, avec une extrémité effilée mobile. Sa partie antérieure forme un rostre
constitué d’anneaux concentriques et de fibres sous pelliculaires. Dans cette région naissent
des rhoptries (organites intervenant dans le processus de pénétration du parasite dans la
60
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
cellule-hôte) et les micronèmes. Le cytoplasme renferme un noyau, un appareil de golgi, une
mitochondrie, des plages de paraglycogène, ainsi que des globules lipidiques. Le toxoplasme
mesure environ 5-10 micromètres de long sur 3-4 micromètres de large. Il est endocellulaire
dans les macrophages où il se multiplie rapidement par endodyogénie (figure 26). Très fragile,
il est détruit par l’acide chlorhydrique (Hcl). Il est caractérisé par la protéine membranaire de
surface P30. (BLACK M.W.et BROOTHROYD J. C. 2000; RIZVI et al., 1993).
Figure 26: Toxoplasma gondii
Auteur: BLACK M.W. et BROOTHROYD J. C.2000.(Source: Microbiology and molecular
biology reviews, p. 607-623, Vol. 64, No. 3)
-
Le bradyzoïte ou cystozoïte
Sa structure est voisine de celle du tachyzoïte. Il se multiplie lentement dans une
cellule nerveuse ou musculaire où il évolue pour donner un kyste d’environ 100 micromètres
renfermant 2 à 3000 bradyzoïtes. Il est plus résistant que le tachyzoïte. (FORTIER et al.,
1996)
61
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 27: Kyste tissulaire renfermant de nombreux bradyzoïtes
Auteur : DUBEY et al., 1998 (Source : Clinical Microbiology Reviews,p. 267–299 Vol. 11,
No. 2)
-
L’oocyste.
Il résulte de la reproduction sexuée du parasite chez le chat. Il est ovoïde, environ 15 x 10
micromètres. L’oocyste est libéré immature avec les fèces du chat. La maturation se fait sur le
sol et conduit à la formation de 2 sporocystes contenant 4 sporozoïtes (flèches) chacun. Le
sporozoïte ressemble au tachyzoïte. L’oocyste est très résistant sur le sol ; il résiste également
à l’acide chlorhydrique (Hcl). (BLACK M.W.et BROOTHROYD J. C.2000) (Figure 28).
62
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 28: Oocyste de toxoplasme
Auteur : DUBEY et al., 1998 (Source : Clinical Microbiology Reviews,p. 267–299 Vol. 11,
No. 2)
I.1.2.2- Cycle de développement
Le toxoplasme se transmet essentiellement par voie orale. Les principales sources de
contamination pour l’homme sont :
-
L’ingestion d’oocystes murs telluriques infestant les eaux, les aliments ou les mains
sales ;
-
L’ingestion de kystes vivant dans la viande crue ou insuffisamment cuite ;
-
Le passage transplacentaire ;
-
La transmission par greffe d’organe ;
-
La transmission par les formes végétatives dans des cas exceptionnels (Ex :
manipulation au laboratoire de produits sanguins, de lait ou de certains liquides
d’animaux infectés par des souches très virulentes).
Chez ses hôtes, le parasite se localise dans les organes du système réticuloendothéliale,
l’œil, le muscle, le fœtus, le système nerveux central.
Les hôtes définitifs sont les Félidés en occurrence les chats car très proches de
l’homme. Le chat s’infeste en ingérant des kystes contenus dans les tissus d’animaux
contaminés ou des oocystes mûrs souillant la terre ou les herbes. Seul chez le chat (hôte
définitif), le parasite réalise les deux modes de reproduction asexuée et sexuée.
Les
hôtes
intermédiaires
sont :
l’homme,
les
mammifères
(Lagomorphes,
Rongeurs…), et les oiseaux de basse-cour (pigeons, poulets, canards…). Il a été démontré que
le parasite est plus fréquemment rencontré chez les carnivores que chez les herbivores et,
63
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
l’homme est le « carnivore » le plus souvent lourdement infesté. Cependant du point de vue
épidémiologique, ce sont les grands herbivores domestiques (moutons, porcs, bœufs…) qui
sont le plus souvent source de contamination pour l’homme. (DURIEZ Th., DUJARDIN L.,
AFCHAIN D. 2002; GOLVAN Y.J. 1983; VERCRUYSSE J. 1982). La contamination des
hôtes intermédiaires se fait également par ingestion de kystes vivant ou d’oocystes mûrs
essentiellement. Les animaux sont les réservoirs à virus ; il n’a pas encore été prouvé
l’existence d’hôtes vecteurs Arthropodes.
L’évolution de T.gondii se déroule en deux phases :
-
Une phase de multiplication asexuée chez les hôtes intermédiaires (Cycle hétéroxène)
aboutissant à la formation de kystes qui survivraient dans certains tissus en particulier
les cellules nerveuses et musculaires.
-
Une phase de multiplication sexuée dans l’intestin du chat (cycle monoxène) qui
apparaît comme l’hôte définitif du parasite. Elle aboutit à la dissémination par les
excréments de l’animal des oocystes qui subissent une maturation dans le milieu
extérieur qui les rend infestant pour les vertébrés supérieurs qui les ingèrent. (BLACK
M.W. et BROOTHROYD J. C.2000; GOLVAN Y.J. 1983).
Figure 29: Cycle de développement de T. gondii
Auteur: BLACK M.W. et BROOTHROYD J. C.2000.(Source: Microbiology and molecular
biology reviews, p. 607-623, Vol. 64, No. 3)
64
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.2­ Mécanisme d’invasion cellulaire T. gondii est un parasite intra-cellulaire obligatoire. Le bradyzoïte ou le sporozoïte
libéré dans la lumière intestinale pénètre dans une cellule hôte intestinale ; il devient un
tachyzoïte et se multiplie activement. La cellule hôte bourrée éclate et libère ainsi d’autres
tachyzoïtes ; puis commence alors une phase d’invasion de l’organisme. L’entrée dans la
cellule-hôte conditionne la survie du parasite.
L’invasion de la cellule hôte repose sur une motilité particulière du parasite lui-même
qui y prend une part active majeure. Le mécanisme de cette motilité n’est pas encore bien
compris
au
plan
moléculaire,
mais
des
hypothèses
explicatives
sont
avancées.
Schématiquement, le tachyzoïte entre en contact avec la future cellule-hôte par sa partie
apicale. Le contenu des micronèmes est exocyté et va contribuer à l’interaction précoce du
parasite avec la cellule hôte (motilité, reconnaissance, puis attachement à la cellule-hôte) au
niveau d’une « jonction mobile ».
Le parasite induit la formation d’un nouveau compartiment cellulaire appelé vacuole
parasitophore dans lequel il pénètre en générant lui-même la force mécanique nécessaire à
l’internalisation. Cette vacuole est incapable de fusionner avec d’autres vésicules subcellulaires. Des observations réalisées à l’aide de techniques expérimentales diverses montrent
que l’essentiel de la membrane vacuolaire néoformée est constituée de phospholipides issus
de la membrane plasmique de la cellule hôte ainsi que de protéines (et peut-être même des
lipides) issues de l’exocytose des rhoptries. Le rôle de ces protéines est inconnu Au
microscope électronique cette membrane est triple. Il a été démontré l’existence de pores
transmembranaires non spécifiques permettant le passage de molécules de taille inférieure à
1200 daltons. Ces pores mettent de facto le parasite au contact direct du cytosol tout en lui
évitant une interaction avec d’autres composantes cellulaires indésirables telles que les
protéasomes. Ces pores sont constitués par des protéines parasitaires non encore identifiées.
La jonction mobile qui se forme entre les deux partenaires agit comme un filtre
limitant la diffusion de certaines molécules, notamment les protéines transmembranaires, du
plasmalemme vers la membrane vacuolaire. Les échanges métaboliques avec la cellule hôte
s’effectuent grâce à des systèmes transmembranaires de transport de métabolites. Quant au
mécanisme de translocation des protéines mis en jeu par le parasite, ils restent encore
énigmatiques.
La pénétration du parasite dans la cellule hôte se fait par un glissement parallèlement
au grand axe du protozoaire (déplacement antéropostérieur) d’une adhésion entre la surface du
65
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
parasite et celle de la cellule hôte. Le mécanisme mis en jeu repose sur un moteur
actomyosinique localisé sous la membrane plasmique parasitaire. La toxofiline serait une
molécule protéique majeure impliquée dans le développement de cette force motrice actinedépendante. La transduction du mouvement à travers la membrane plasmique de la cellule
hôte reste énigmatique car on ne connaît pas chez les Apicomplexa des molécules
transmembranaires de surface mais seulement des protéines de surface ancrées par des
groupements glycosyl phosphatidyl inositol.
Pour expliquer cette mobilité, il a été admis que le parasite peut insérer, au moins
transitoirement dans sa membrane plasmique, des protéines transmembranaires. Selon des
observations diverses réalisées chez des Apicomplexa, ce sont les protéines stockées dans les
micronèmes qui seraient transloquées à la surface pour jouer ce rôle d’interface (entre le
moteur actomyosinique sous-jacent et le substrat (cellule) sur lequel se déplace le parasite).Si
cette hypothèse est démontrée, il reste à établir les mécanismes régulant la spécifié de
l’interaction. (BLACK M.W. et BROOTHROYD J. C., 2000; BHOPALE G M. 2003;
CARRUTHERS Vern B., 1999; DUBREMETZ J.F., 1999).
Des expériences en culture cellulaire ont montré que des situations de stress en culture
cellulaire favoriseraient l’évolution des parasites vers le stade bradyzoïte. Il a été montré que
des effecteurs générateurs d’oxyde d’azote ou inhibiteurs du métabolisme mitochondrial,
présentaient les mêmes effets kystogènes in vitro. Il semble également que la réponse immune
à travers les cytokines ou autres molécules dérivées de leur action, déclenche la
transformation des parasites prolifératifs (formes végétatives) en parasites quiescents (formes
kystiques) mais le ou les effecteur(s) impliqué(s) ne sont pas connus.
Le mécanisme de la réactivation des kystes n’est pas encore connu. Diverses
hypothèses sont émises :
On pense que les kystes auraient une durée de persistance limitée. Au bout d’un
certain temps, ils s’ouvrent pour libérer les bradyzoïtes infectieux qu’ils contiennent. Si
l’individu est toujours immunocompétent, les parasites issus du kyste sont rapidement décelés
par les défenses de l’hôte qui les neutralisent ou les conduisent au réenkystement sans phase
proliférative patente. Et lorsque survient une immunodépression, l’hôte ne pourra plus juguler
cette auto-réinfection spontanée et le parasite retournera à une phase proliférative aiguë qui
peut être fatale. (FORTIER B et al., 1996).
On pense que chez certains individus, l’immunosuppression provoque l’éclatement des
kystes conduisant ainsi à la réactivation. Quoi qu’il en soit, il n’existe pas à l’heure actuelle
une solution thérapeutique capable d’éradiquer tous les kystes présents chez le patient
66
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
immunodéprimé, les parasites enkystés étant réfractaires à l’action des drogues connues. Des
efforts sont faits afin d’élucider de nouveaux métabolismes susceptibles de devenir des cibles
thérapeutiques plus efficaces. La découverte récente d’un organite proche des chloroplastes
chez le toxoplasme et d’autres Apicomplexa ouvre une voie nouvelle à la recherche de
meilleurs traitements. (DUBREMETZ J.F. 1999).
Evolution des formes chez les hôtes
• Chez le chat
Le développement parasitaire chez le chat est mal connu du fait de la relative difficulté
d’expérimenter sur ce modèle. Néanmoins des travaux récents ont montré que l’interaction
entre le parasite et sa cellule hôte diffère dans cette phase du cycle de développement du
parasite. L’aspect le plus énigmatique de cette interaction concerne la spécificité parasitaire.
En effet, les stades qui infestent la muqueuse intestinale du chat s’y développent sous une
forme coccidienne typique menant à la différenciation sexuée, alors que, placés en culture de
cellules, ils adoptent un mode de développement caractéristique de l’hôte intermédiaire. Les
particularités de la muqueuse intestinale qui conduisent à activer ce programme particulier de
différenciation ne sont pas encore élucidées. (DUBREMETZ J.F. 1999).Le gamète mâle ou
micro gamète est mobile grâce à trois flagelles dont un rudimentaire, tandis que le gamète
femelle ou macrogamète, également sphérique, est immobile. On pense que c’est le
microgamète qui libéré de sa cellule hôte, va pénétrer dans le macrogamète pour donner un
œuf diploïde entouré d’une coque résistante : l’oocyste. Après quelques temps, l’oocyste est
libéré dans la lumière intestinale puis éliminée immature avec les fèces du chat. La maturation
se fait dans le milieu extérieur où les oocystes deviennent infestant. Les premiers oocystes
sont retrouvés 3 à 10 jours après l’ingestion des parasites.
• Chez les hôtes intermédiaires en particulier l’homme
Les phases précoces de l’infection toxoplasmique chez l’hôte intermédiaire sont
également peu connues à cause de la rareté des parasites à ce stade. Les lymphocytes du tissu
intestinal y jouent un rôle capital par la mise en place d’une protection immune inhibant le
mécanisme d’invasion de l’organisme.
L’infestation, toxoplasmique comprend trois phases :
-
Une phase primaire :
Au cours de cette phase, le toxoplasme (bradyzoïte ou sporozoïte) se multiplie au point
d’inoculation dans les cellules histiomonocytaires où il prend une forme tachyzoïte. Il se
forme un véritable chancre d’inoculation et les cellules hôtes encombrées de formes
végétatives éclatent, libérant ainsi les parasites ; il se crée alors des lésions inflammatoires.
67
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
A partir du chancre d’inoculation, les formes végétatives diffusent par voie sanguine ou
lymphatique dans les viscères et en particulier dans les organes riches en cellules du système
réticulo-histiocytaires. Ils s’y multiplient à nouveau et prolifèrent.
L’organisme réagit en produisant des anticorps protecteurs (IgM, IgG, IgA…) qui tendent à
réduire cette parasitémie.
-
Une phase secondaire :
Au cours de cette phase, le sujet s’immunise. Les formes végétatives sont lysées dès
qu’elles sont libérées de leurs cellules hôtes. Cependant, la multiplication se poursuit dans les
organes pauvres en anticorps tels que le cerveau et l’œil.
-
Une phase tertiaire :
Elle conduit à la toxoplasmose chronique qui peut durer des années. Les formes
végétatives évoluent vers l’enkystement particulièrement dans le système nerveux central et
ses dépendants ainsi que dans les muscles. Ces kystes n’entraînent pas la formation
d’Anticorps car ils sont isolés par les tissus de l’hôte. (GOLVAN Y.J. 1983 ; RIZVI et al.,
1993)
Figure 30: Schéma de l’évolution T. gondii
68
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.3­ Méthodes biologiques de mise en évidence du parasite La diversité des manifestations cliniques et l’extrême latence de certaines formes
rendent difficile le diagnostique clinique de la toxoplasmose. Un diagnostic fiable ne peut
être posé que par l’examen biologique de prélèvement d’un échantillon de tissu sur l’individu.
Les différentes techniques biologiques effectuées sont regroupées en deux catégories : les
méthodes directes et les méthodes indirectes.
I.3.1- Les méthodes directes
I.3.1.1- L’examen direct au microscope optique
Il consiste à la recherche directe du toxoplasme au microscope optique sur des frottis
sanguins ou des coupes ultrafines de tissu. Mais compte tenu de la fragilité du toxoplasme, il
est difficile de l’observer. Exceptionnellement, on le retrouve dans le culot de centrifugation
du liquide céphalo-rachidien, la moelle osseuse et les macrophages du sang. Il se colore bien
au May-Grünwald-Giemsa, le cytoplasme en bleu et le noyau en rouge.
I.3.1.2- La mise en culture du parasite contenu dans un prélèvement
Elle peut se faire par :
-
Inoculation à la souris par voie péritonéale de broyats de tissu ou de liquide céphalorachidien additionné de streptomycine afin de prévenir le développement de souillures
bactériennes. Au préalable on devra s’assurer que l’animal est indemne. Cette
opération se fait sur un lot de souris et par passage en série du foie, de la rate et du
cerveau des animaux inoculés. Elle permet l’exaltation de la virulence des souches. La
réponse est tardive après quelques semaines de travail.
-
La culture sur des fibroblastes. La réponse est rapide en quelques jours.
I.3.1.3- La PCR (polymérase Chain réaction)
Il s’agit d’une réaction d’amplification permettant l’identification de l’ADN
parasitaire. Elle est très sensible et permet de détecter les parasites morts ou vivants dans un
prélèvement.
69
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.3.2- Les méthodes indirectes
Il s’agit essentiellement de tests sérologiques de détection des anti-corps circulants.
Pour ce faire, il est nécessaire de connaître la cinétique de la réponse immunitaire afin de
pouvoir bien interpréter les résultats.
Cinétique de la réponse immunitaire
Dès la première semaine de l’infection, les anticorps IgM, IgA et IgE apparaissent.
Leur détection indique généralement une toxoplasmose à son début, mais leur persistance est
variable selon les sujets. Les IgG paraissent un peu plus tard. Généralement les IgM
apparaissent une semaine après l’infection. Leur taux augmente pendant environ un à deux
mois et ils sont détectables pendant un an au maximum. Les IgA ont une évolution parallèle à
celle des IgM et sont détectables pendant six mois. Ils sont utiles dans le diagnostique de la
toxoplasmose congénitale. Les IgE ont une évolution parallèle aux IgA. Leur cinétique est
rapide pendant la phase évolutive de la maladie. Ils n’apparaissent jamais dans les immunités
anciennes.
Quant aux IgG, selon les antigènes qui les suscitent, leur cinétique est différente. Les
immunoglobulines d’antigènes membranaires ou de surface sont les plus précoces ; ils
apparaissent une à deux semaines après la contamination et peuvent persister jusqu’à six mois
avant de décroître lentement. Par contre, les immunoglobulines d’antigènes solubles ou
cytoplasmiques apparaissent trois à quatre semaines après la contamination. Elles peuvent
persister jusqu’à six mois avant de décroître lentement. Seules les immunoglobulines G
persistent en cas de toxoplasmose chronique. Le choix des techniques sérologiques de
détection des anticorps est fonction des cas particuliers et de la législation en la matière
70
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 31: Evolution des anticorps spécifiques au cours d’une primo-infection
Source : http://arachosia.univ-lille2.fr/labos/parasito/Internat/courspar/toxopl.html
I.3.2.1-Le Dye-test ou test de Sabin et Feldmann
Son principe est basé sur un phénomène de lyse partielle des toxoplasmes vivants en
présence d’un immunosérum, entraînant ainsi une altération du cytoplasme qui devient non
colorable au bleu de méthylène, d’où le nom de Dye-test ; il perd sa réfringence et devient
noir en contraste de phase. Le Dye-test donne un résultat positif à partir du 4ème au 20ème jour
de l’infection.
I.3.2.2- Les tests d’immunofluorescence
-
L’immunofluorescence indirecte (IFI)
Elle utilise des antigènes figurés et des antigènes membranaires ; elle permet la
détection des IgG et IgM. Les réponses sont exprimées en unités internationales définies par
rapport à un sérum positif étalon. Seuil : 7 UI/ml.
-
Le test de Remington
Il met en évidence par immunofluorescence des IgM antitoxoplasmiques et donc
permet de diagnostiquer très tôt l’infection. Elle se pratique en association avec d’autres
techniques afin de confirmer ou d’affirmer le caractère récent de la contamination.
71
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.3.2.3- Les réactions d’agglutination
-
L’agglutination directe sensibilisée (ADS)
Elle est réalisée sur des antigènes figurés sensibilisés par la trypsine ; elle permet de
détecter les IgG. Le traitement éventuel du sérum par le 2mercapto-éthanol permet d’apprécier
la présence des IgM. Seuil : 2 UI/ml
-
L’agglutination passive
Elle utilise des antigènes solubles fixés sur des hématies ou du latex. Un traitement du
sérum par le 2mercapto-éthanol permet d’apprécier la présence des IgM. Par rapport à
l’A.D.S., ce test donne une réponse tardive en raison de l’utilisation d’Ag solubles.
I.3.2.4- Les réactions immuno-enzymatiques
-
L’Enzyme Immuno-sorbent Assay (EIA )
Elle utilise des Ag membranaires fixes sur un support. Les Ac antitoxoplasmiques du
sujet s’y fixent puis fixent à leur tour une antiglobuline humaine marquée par un enzyme.
-
L’Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (ELISA)
Elle est semblable au précédent sauf qu’ici, ce sont des Ag cytoplasmiques qui sont
utilisés,et la détection se fait par coloration. Seuil : 2 UI/ml.
I.3.2.5- Les réactions d’immuno-capture
-
L’Immuno Sorbent Agglution Assay (ISAgA)
On procède par immuno capture préalable des IgM totales grâce à un antiglobuline
anti « mu » humain ou des IgA totales grâce à un antiglobuline anti « a » humain, puis par
révélation. Cette révélation est faite par la mise en contact des immunoglobulines avec
l’antigène toxoplasma convenable entraînant ainsi l’agglutination des toxoplasmes entiers
formolés. L’agglutination est visible directement.
-
L’EIA reverse
On procède comme précédemment sauf que, ici la révélation est faite par un Ag
soluble marqué par un enzyme. La lecture est faite au spectrophotomètre.
-
L’Enzyme Linked Immuno-Filtration Assay (ELIFA)
Elle se fait par :
Electrosynérèse sur acétate de cellulose d’un antigène toxoplasmique et du sérum du
patient.
Immuno-filtration d’antiglobulines humaines marquées par un enzyme
Révélation par un substrat chromogène qui visualise les bandes de précipitation.
72
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I.4­Toxoplasmoses et méthodes prophylactiques On distingue trois formes de toxoplasmose selon l’origine de la manifestation infectieuse.
I.4.1- La toxoplasmose acquise
Ce terme indique que l’infestation toxoplasmique a lieu après la naissance par voie
orale. Les formes cliniques sont inapparentes dans 80% des cas. Selon la virulence de la
souche, on peut observer : des mononucléoses infectieuses caractérisées par une affection
d’allure grippale avec un peu de fièvre, des choriorétinites et des uvéites ; l’examen du fond
de l’œil montre une boursouflure oedémateuse entourée d’un halo congestif avec au centre
une nécrose grisâtre. La cicatrisation se fait par atrophie de la lésion et prolifération du
conjonctif donnant ainsi l’aspect d’une plage blanc nacré d’atrophie rétinienne. On observe
aussi souvent des ganglions cervicaux, une asthénie, des lésions cardiaques, pulmonaires, des
symptômes neurologiques tels que les méningo-encéphalites. (PECHERE et al., 1984).
L’orientation diagnostique est faite par les arguments cliniques et épidémiologiques, la
recherche d’anticorps sériques persistants. Les tests couramment utilisés sont : l’IFI, l’ADS, et
l’ELISA.
Le traitement se fait généralement par l’association de sulfamides (sulfapyrimidine,
sulfadiazine.), de pyriméthamine et d’acide folinique.
I.4.2- La toxoplasmose congénitale
Ce terme signifie que l’infestation s’est produite au cours de la grossesse par voie
placentaire suite à une toxoplasmose acquise chez la mère. Mais la contamination de l’enfant
ne peut se produire que pendant la phase primaire septicémique de la maladie. Dans l’espèce
humaine, la toxoplasmose chronique n’est pas transmissible au fœtus et toutes les femmes qui
présentent des réactions immunologiques positives avant leurs grossesses mettent au monde
des enfants indemnes. Même en cas de toxoplasmose chez la mère, la transmission au fœtus
n’a pas obligatoirement lieu. Mais la gravité et la fréquence de ses manifestations souvent
retardées chez l’enfant imposent la surveillance de toutes les femmes enceintes ayant des
réactions sérologiques négatives et donc réceptives à la toxoplasmose.
L’infestation du fœtus se fait par l’intermédiaire de foyers disséminés dans le tissu placentaire
et non par passage direct du parasite de la circulation maternelle à la circulation fœtale. Cette
phase d’invasion est très brève car, rapidement, la mère développe son immunité et ses
anticorps protecteurs passent chez l’enfant. Cette protection peut ne pas suffire et alors le
parasite survivra.
73
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
La gravité de l’infection est liée à la virulence de la souche, l’état du système
immunitaire de la mère (parasitémie) et à la période du passage transplacentaire. Le risque de
contamination fœtale est faible en début de grossesse (avant le 4ème mois) mais les atteintes
sont graves et conduisent à la mort in utero de l’enfant ou à des manifestations pathologiques
graves à la naissance telles que : hydrocéphalie, calcification intracérébrale, troubles
psychomoteurs, choriorétinites, surdité, malformations cardiaques, ainsi que des formes
monstrueuses d’incapacité de survie. Le risque de contamination fœtale est plus important en
fin de grossesse ; il augmente du 4ème mois au 9ème mois, et dans ce cas, la toxoplasmose
congénitale sera bénigne ou latente.
Notons que dans la tératogenèse ; les malformations pouvant intervenir pendant le
développement embryonnaire (l’organogenèse), ne se produisent que durant les trois premiers
mois de la grossesse. Les facteurs tératogènes peuvent préexister à la fécondation: ce sont les
facteurs génétiques ou chromosomiques à transmission héréditaire (mongolisme, par
exemple).Les facteurs survenant après la fécondation sont dits métagénésiques; ils agissent en
perturbant le développement d'un embryon initialement indemne. Ils peuvent être d'origine: a)
infectieuse (rubéole, toxoplasmose, syphilis, etc.); b) chimique (thalidomide, antimitotiques,
hypoglycémiants de synthèse, etc.); c) physique (radiations ionisantes).Dans notre cas c’est la
toxoplasmose.
Le diagnostique est posée par la recherche d’Anticorps sériques avant et en cours de
grossesse.
*En cas de séroconversion de la mère, il faut :
-
Traiter immédiatement la femme enceinte par la spiramycine (Rovamicine) jusqu’à
-
l’accouchement
-
Confirmer le résultat par un sérodiagnostic trois semaines plus tard
-
Surveiller le fœtus pour détecter une éventuelle contamination fœtale par des
-
échographies mensuelles ; les anomalies sont décelables 2 à 3 semaines après
contamination, par la formation de zones hyper-échogènes. Si la date présumée de la
contamination maternelle est précoce, faire un prélèvement du liquide amniotique
et/ou du sang fœtal après la 22ème semaine d’aménorrhée puis rechercher les IgM ou
IgA par ISAgA, PCR ou mise en culture sur fibroblastes.
*Si
la
contamination
du
fœtus
a
été
prouvée,
il
faut
traiter
la
mère
par
pyrimethamine+sulfadiazine+acide folinique trois semaines par trimestre en alternance avec
la spiramycine jusqu’à la naissance. Dans certains pays, lorsque l’échographie montre des
lésions importantes dues à la toxoplasmose, certains médecins conseillent une interruption
74
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
volontaire de grossesse (IVG).C’est le cas en Perusse (France), où le droit de ne pas naître
(enfant atteint de rubéole durant la grossesse) est connue.
*Dans tous les cas, à la naissance, il convient de faire un dépistage sérologique des IgM ou
IgA du nouveau-né afin de s’assurer de sa sérologie. Si cette recherche est positive, il faut
traiter l’enfant par la pyriméthamine+sulfadiazine+acide folinique. Dans le cas contraire,
traiter l’enfant par la spiramycine puis surveiller les IgG sériques qui normalement doivent
décroître, sinon cela prouverait une infection et alors il faut réaliser un traitement actif de
l’enfant jusqu’à l’âge de 24 mois.
Il est nécessaire de surveiller l’état sérologique de l’enfant pendant plusieurs années même si
le bilan néo-natal est négatif. (BESSIERES M.H., CASSAING S.2003 ; BINQUET C.2002 ;
CAZENAVE J.2003 ; COUVREUR J. 1992 ; ECOCHARD R. 1996 ; MORIN A.1998).
I.4.3- Méthodes prophylactiques :
C’est l’ensemble des moyens destinés à prévenir l’apparition, la propagation ou l’aggravation
d’une maladie à l’aide de médicaments, de tests de dépistage, de messages de prévention.
I.4.3.1- Prophylaxie primaire
Afin de prévenir une première manifestation infectieuse, il est conseillé de :
-
Se laver les mains après avoir jardiné ou manipulé la terre ou jardiner avec des gants
-
Bien laver les légumes avant de les utiliser dans les crudités
-
Eviter que votre chat ne se contamine. Pour cela, l’empêcher de chasser, ne pas lui
donner de la viande ou du lait cru, vider et ébouillanter chaque jour sa caisse à litière
-
Bien cuire la viande avant la consommation
et se laver les mains après toute
manipulation de viande fraîche
-
Se laver les mains avant les repas
-
Conseiller le sérodiagnostic prénatal chez la femme enceinte.
I.4.3.2- Prophylaxie secondaire
Il s’agira de traitement curatif afin d’éviter toute aggravation ou rechute de la maladie. Le
traitement peut se faire par :
-
Association de sulfamides –pyriméthamine
Les sulfamides agissent sur les toxoplasmes en diminuant leurs possibilités de synthétiser
l’acide folique. Ils ont un rôle statique (la multiplication du parasite reprend dès qu’on arrête
leur administration).
75
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
La pyriméthamine (Malocide) remplacerait l’acide folique dans la synthèse des nucléotides
parasitaires.
Le Malocide serait toxique pour l’homme car il agirait sur les lignées
hématopoïétiques ; cette action pourrait conduire à l’anémie, à l’agranulocytose ou à la
thrombopénie. Le Malocide tue les formes végétatives mais comme les sulfamides, il n’a pas
d’action sur les kystes.
Entre ces deux groupes existe une synergie d’action. Il leur est souvent associé l’acide
folique qui a un effet protecteur contre l’action toxique du Malocide. Des corticoïdes peuvent
également être associés au traitement afin de réduire les phénomènes inflammatoires, de
limiter les nécroses, et de faciliter le passage des médicaments actifs au niveau des cellules en
réduisant leurs effets toxiques.
-
Antibiotiques dont, la spiramycine (Rovamycine) semble assurer la meilleure
protection. Elle n’est pas toxique et se concentre bien dans les tissus en particulier
dans le placenta assurant ainsi une bonne protection du fœtus.
Chez les sujets immunodéprimés, à partir d’un taux de CD4+ inférieur à 350/mm3 (au
Burkina Faso), une chimiophrophylaxie primaire au bactrim forte (ou à la pyriméthamine
seule) est conseillée.
Dans les greffes et les transplantations où le risque de réactivation des kystes est présent, une
chimioprophylaxie primaire par la pyriméthamine, le fansidar ou le bactrim s’impose pendant
la durée de l’immunodépression.
76
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
II. Les Parasites intestinaux Les infections parasitaires intestinales sont parmi les infections les plus communes dans le
monde. Il est estimé que près de 3,5 milliards de personnes sont touchées, et que 450 millions sont
malades à cause de ces infections, la majorité étant des enfants. Ces infections sont considérées
comme de graves problèmes de santé publique, car ils provoquent l'anémie ferritive, un retard de
croissance chez les enfants et d'autres problèmes de santé physiques et mentales (OKAYAYE et
al., 2004 ; OSTAN et al., 2007). Depuis la découverte du SIDA de nombreuses études ont
démontré que les parasites intestinaux ont été fréquemment associés à des épisodes de diarrhées
sévères chez les patients atteints de VIH, dans les pays développés ainsi que les pays en
développement (SMITH et al., 1988 ; BACHUR et al., 2008). Les parasites intestinaux dites
opportunistes les plus fréquemment retrouvées chez les personnes infectées par le VIH sont les
Protozoaires intracellulaires telles que Isospora belli, Cryptosporidium parvum, et Cyclospora sp. ;
qui sont liés à des changements gastro-intestinal chez les patients atteints du virus (MORAN et al.,
2005 ; BACHUR et al., 2008). Cependant des infections dues à des parasites intestinaux
extracellulaires considérées comme non opportunistes mais également pathogènes chez l’homme
sont aussi bien causes de diarrhées chez les personnes atteintes de SIDA. Parmi ces parasites
Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis, Strongyloides stercoralis, et Ascaris lumbricoides sont
les plus importants (MORAN et al., 2005).
Les parasitoses intestinales sont causes de morbidité et de mortalité chez les personnes
vivant avec le VIH à travers le monde (ZALI et al., 2004). Malgré les avancés de la médecine en
ces dernières années, les parasitoses intestinales par leur morbidité, demeurent un grave problème
sanitaire pour les pays en voie de développements (BASUALDO et al., 2007).
II.1­ Entamoeba histolytica Entamoeba histolytica seule amibe pathogène pour l’homme qui en est le seul
réservoir est un parasite qui infecte le gros intestin, provoquant une infection amibienne,
produisant l'amibiase.
L’amibiase est l'une des principales causes de morbidité et de mortalité et un grand
problème de santé public dans les pays en développement. Elle touche 500 millions de
personnes chaque année, 50 millions de cas cliniques de dysenterie amibienne ou d'abcès du
foie, et 70.000 à 100.000 décès chaque année (BANSAL et al., 2006). Il s’agit dune parasitose
cosmopolite rencontrée à l’état endémique en zones inter tropicale et sous forme sporadique
77
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
en pays tempérés. Sa prévalence atteint 80% dans les régions tropicales et subtropicales
(BENHAMOU et al., 1998).
II.1.1- Biologie du parasite
Entamoeba histolytica est l'espèce pathogène des amibes qui provoque l’amibiase ou
dysenterie amibienne, et un large spectre d'autres maladies, y compris les abcès amibiens du
foie, les infections des voies respiratoires et l’amibiase cérébrale et génito-urinaires. Il a été
décrit pour la première foi par Fedor Lösch en 1875 à Saint-Pétersbourg, en Russie, qui a
décrit l'amibiase intestinale mais le nom de l'espèce E. histolytica a été inventé par Fritz
Schaudinn en 1903 (ACKERS J.P., 2002 ; ANANE S. et KHALED S., 2005 ; FOTEDAR et
al., 2007a).
Classification
Règne :
Animal
Sous-règne :
Protozoaire
Embranchement :
Amoebozoa
Classe :
Oligohymenophorea
Ordre :
Entamoebida
Famille :
Parameciidae
Genre :
Entamoeba
Nom binominal :
Entamoeba histolytica
Morphologie
Les amibes sont constituées d’une seule cellule mobile (forme végétative) pouvant
s’entourer d’une coque fine formant une protection allant de quelques microns à plusieurs
dizaines de microns de diamètre (7 à 12 microns), appelée kyste amibien. Forme de résistance
et de dissémination, le kyste contient de 1 à 4 noyaux caractéristiques et, du moins dans les
formes jeunes, des inclusions trapues, réfringentes à frais (cristalloïdes) et se colorant
fortement en noir par l'hématoxyline ferrique (chromidiums)
Au stade végétatif, l'amibe dysentérique peut se présenter sous deux formes :
•
la forme minuta, d'un diamètre moyen de 10 à 15 microns, présente un ectoplasme
clair et un endoplasme granuleux contenant des bactéries phagocytées et, latéralement,
le noyau caractéristique : arrondi, d'un diamètre de 5 µm, il a une couronne
périphérique de petites croutelles chromatiniennes et un gros caryosome central ;
78
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
•
la forme histolytica, plus grande (25 à 40 µm) et dont l'endoplasme contient, au lieu
de bactéries, des hématies phagocytées aux divers stades de leur digestion (figure 32).
On peut trouver également des stades de division asexuée de chacune des deux formes
précédentes et, pour la forme minuta seulement, des stades prékystiques : amibes arrondies
ayant chassé de leur cytoplasme les résidus de la digestion.
Figure 32 : E.histolytica (Trophozoïte et kyste) dans les selles
A : Trophozoïte avec hématie ingérée ; B : Kyste mature a 4 noyaux ; C : Trophozoïtes
(flèches) dans les tissues du colon ; D : Abcès intestinal cause par E.histolytica
Source :
A et C : http:/www.dpd.cdc.gov/dpdx ;
B et D : www.umanitoba.ca/.../dick/z346/entahome.html
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Cycle de développement
L'amibe dysentérique a une biologie très originale qui aboutit, selon les circonstances,
à un dualisme évolutif se traduisant par les deux aspects morphologiques décrits, mais aussi
par
des
biotopes,
modes
de
nutrition
et
pouvoirs
pathogènes
très
différents.
L'amibe minuta réalise, aux moindres frais, le cycle parasitaire normal assurant la pérennité et
la dispersion de l'espèce. Elle vit à la surface de la muqueuse du gros intestin, surtout dans les
zones de stagnation relative du contenu intestinal : cæcum et côlon ascendant, sigmoïde et
ampoule rectale. Elle s'y nourrit de bactéries et de levures, et s'y multiplie par division binaire
asexuée. Périodiquement, elle s'arrête, s'arrondit et s'enkyste. Le kyste est rejeté dans le milieu
extérieur avec les selles (Figure 33).
Le cycle évolutif est direct (cycle monoxène), bouclé lorsqu'un sujet neuf déglutit les
kystes infectieux souillant ses aliments ou sa boisson (rôle des mains sales des porteurs de
germes et rôle vecteur passif des mouches). Dans l'intestin, le kyste libère une petite amibe
métakystique à 4 noyaux qui, après une nouvelle division nucléaire, se scinde en 8 amoebules
de type minuta qui s'installent sur la muqueuse du côlon. Le passage à la forme histolytica
peut se faire à tout moment sous l'influence de divers facteurs dont certains seulement sont
élucidés (flore associée, pH, déficit en IgA sécrétoires, fléchissement de l'état général…).
L'amibe change alors de biologie : pénétrant dans l'intimité de la muqueuse, grâce à des
enzymes protéolytiques, elle devient hématophage et se multiplie activement provoquant une
nécrose tissulaire. Certaines, revenues à la surface de la muqueuse, perdent leur caractère
hématophage et redonnent des formes minuta.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 33: Cycle de développement de l’Entamoeba histolytica
Source : www-fac-pharma.u-strasbg.fr/.../amibiase.htm
II.1.2- Physiopathologie
Entamoeba histolytica, seule amibe intestinale dont la pathogénicité chez l'homme soit
certaine, a longtemps été considérée comme une espèce de virulence variable, ce qui
permettait d'expliquer qu'environ seulement 10 % des porteurs développaient une pathologie
amibienne. Bien que l'hypothèse de deux espèces, microscopiquement identiques (en dehors
de la forme hématophage), dont l'une serait pathogène (E. histolytica), et l'autre non
pathogène (E. dispar), ait été évoquée dès 1925 par le parasitologue français E. Brumpt, ce
n'est que depuis 1993 que l'existence de ces deux espèces a été reconnue, grâce à des données
biochimiques, immunologiques et génétiques indiscutables (PAUGAM et al., 2001).
Sous l’effet de facteurs encore mal définis, E. histolytica peut se transformer: elle
grossit et attaque la muqueuse intestinale en suivant des phases caractéristiques :
Phase d’adhérence : la reconnaissance par l'amibe de la cellule agressée est sous
dépendance de lectines reconnaissant la galactosamine de la cellule épithéliale. Elle est suivie
d'une phase d'adhérence avec disparition des microvillosités de la cellule épithéliale.
81
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Cytolyse : elle se fait grâce à des enzymes: protéases, des phospholipases et à la
production d’amoebopores (peptides cytotoxiques).
Phagocytose : l’amibe détruit et phagocyte les cellules épithéliales intestinales.
Les lésions de la muqueuse colique sont à l'origine de la dysenterie amibienne. En érodant la
muqueuse, l'amibe atteint les capillaires de la sous-muqueuse et peut disséminer via le flux
sanguin vers d'autres organes : principalement le foie (RAVDIN, IJ, et GUERRANT, LG
1981)
.
II.1.3- Clinique
L'amibe dysentérique est la seule qui, en pratique, ait un rôle important en pathologie
humaine. Ses actions n'en sont pas moins très variées : affections non apparentes des porteurs
sains et colites amibiennes chroniques paucisymptomatiques dues à la forme minuta, ou
épisodes dysentériques aigus et redoutables métastases extra-intestinales de la forme
histolytica. Dans la pratique courante, en zone endémieque, c'est la dysenterie qui révèle une
amibiase.
Les symptômes se traduisent par une diarrhée douloureuse s’accompagnant de sang
(dysenterie amibienne), une dyspnée (difficulté à respirer). Parfois l’amibiase se complique
d’un abcès du foie qui entraîne une compression des vaisseaux des voies biliaires qui passent
à proximité, et se traduit par : une fièvre, une douleur du foie, et une augmentation du volume
du foie.
L’amibiase peut également entraîner des abcès au niveau des poumons, le malade
souffrant alors de douleurs dans le thorax s’accompagnant de fièvre et de toux. Il peut même
dans certains cas cracher du pus de couleur sombre accompagné de plus ou moins de sang.
Plus rarement, l’amibiase peut occasionner des abcès au cerveau.
II.1.4- Diagnostic
Les caractères morphologiques des trophozoites et des kystes permettent au
microscopiste d’ identifier et de différencier E. histolytica des autres amibes parasites de
l'intestin de l'homme mais non pathogènes telles que Entamoeba coli, Entamoeba hartmanni,
Entamoeba poleki Endolimax nanus, et Pseudolimax butschlii.
Lors d'une crise de dysenterie amibienne seules sont présentes les formes hématophages
(végétatives) très fragiles. L'examen extemporané des selles venant d'être émises est capital.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Une méthode de fixation-coloration des amibes comme le MIF et de la mise en culture du
prélèvement, peuvent être utilisé pour un meilleur diagnostic.
Mais il faut noter que l'examen parasitologique des selles ne permet généralement pas de faire
la différence entre E. histolytica, et Entamoeba dispar ou Entamoeba moshkovskii qui sont
deux autres espèces d’amibes non pathogènes mais morphologiquement identique à
E.histolytica (sauf la forme hématophage). Dans ce cas le diagnostic différentiel avec
E.histolytica ne peut être que moléculaire (PCR) ou immunologique (coproantigènes
spécifiques) (FOTEDAR et al., 2007b).
II.1.5- Traitement
Amoebicides diffusibles (ou tissulaires)
Ils agissent en diffusant par voie sanguine dans les tissus. Ce sont des dérivés 5nitroimidazolés, transformés en dérivés toxiques pour l’amibe par réduction du groupement
nitro par la pyruvate ferrédoxine oxydoréductase (enzyme présente dans le métabolisme
énergétique anaérobie de ce protozoaire).il s’agit entre autre du Metronidazole, Tinidazole,
Ornidazole et bien d’autres.
Amoebicides de contact
Ils agissent sur les amibes directement dans la lumière intestinale et sont donc prescrits
contre les formes pathogènes et en consolidation d'un traitement d'amibiase maladie :
Tiliquinol et Secnidazole
II.1.6- Propylaxie
La prophylaxie générale est illusoire en zone d’endémie, mais individuellement, il faut
être attentif à l’hygiène alimentaire (ne boire d'eau suspecte que bouillie ou filtrée, éviter les
crudités, les fruits et les préparations locales effectuées dans des conditions d'hygiène
suspectes), ainsi qu’à l’apparition des premiers symptômes intestinaux pour mettre
immédiatement en place le traitement adapté.
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II.2­ Giardia intestinalis Giardia a été initialement décrit par Van Leeuwenhoek en 1681 quand il examinait ses
propres selles diarrhéiques au microscope. L'organisme a été décrite plus en détail par
LAMBL en 1859, qui pensaient qu’i appartenait au genre Cercomonas et l'a nommé
Cercomonas intestinalis. Par la suite, certains chercheurs ont nommé le genre, tandis que
d'autres ont nommé l'espèce de la forme humaine après lui. C’est en 1888 que BLANCHARD
a suggéré le nom Lamblia intestinalis puis STILES l’a alors changé en Giardi. duodenalis en
1902. Par la suite, Kofoid et Christiansen ont proposé les noms Giardia lamblia en 1915 et
Giardia enterica en 1920. Le nom de l'espèce Giardia lamblia a été largement accepté
pendant les années 1970. Depuis les années 1980, certains ont encouragé l'utilisation du nom
Giardia duodenalis, et dans les années 1990, le nom Giardia intestinalis a été encouragé par
d'autres chercheurs mais à cette époque il n’y avait pas de raison suffisante pour renoncer au
terme Giardia lamblia, ce qui a été largement acceptée dans le domaine médical et dans la
littérature scientifique (ADAM RD, 2001).
II.2.1- Biologie du parasite
C’est un protozoaire flagellé cosmopolite qui vit dans le duodénum et le jéjunum de
l’homme. Ce parasite qui est strictement humain vit en milieu tempéré et chaud. Il est le plus
communément isolé du tractus gastro-intestinal. Son incidence mondiale varie de 20 à 60%
(YAKOOB et al., 2005) Il prédomine dans les pays tropicaux et infecte avec prédilection les
enfants.
II.2.1.1- Classification
Règne:
Animal
Sous-règne:
Protozoaire
Embranchement:
Sarcomastigophora
Sous-embranchement:
Mastigophora
Classe:
Zoomastigophora
Ordre:
Diplomonadida
Genre:
Giardia
Espèce:
Giardia intestinalis
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
II.2.1.2 - Morphologie
L’animal se présente sous deux formes: le trophozoïte et le Kyste.
Le Trophozoïte : Les trophozoïtes de G. intestinalis sont en forme de poire et mesurent
environ 12 à 15 µm de long et 5 à 9 µm de large. Le cytosquelette comporte un corps médian,
quatre paires de flagelles (antérieur, postérieure, caudales, et ventrale) et un disque ventral.
Les trophozoïtes ont deux noyaux sans nucléoles qui sont situés en avant et sont symétriques
par rapport à l’axe longitudinal. Des vacuoles lysosomales, ainsi que du ribosome et des
granules de glycogène, se trouvent dans le cytoplasme. Des complexes Golgiennes deviennent
visibles pendant l’enkystement du trophozoïtes mais leur présence n'a pas été confirmée dans
la forme végétative du
trophozoïtes. Toutefois, les membranes empilées suggestives de
l'appareil de Golgi ont été mises en évidence (ADAM RD, 2001).
Le Kyste : L’enkystement se produit après que les organismes aient subi la réplication
nucléaire mais avant la cytocinèse, par conséquent, les kystes contiennent quatre noyaux. Ils
sont environ 5 à 10 µm de diamètre et sont couverts par une coque qui est de 0,3 à 0, µm
d'épaisseur et composé d'une couche filamenteuse externe et d’une couche membraneuse
interne à deux membranes. La partie externe de la paroi du kyste est couverts par un réseau
de 7 - à 20-nm de filaments. Quatre grandes protéines ont été identifiées dans la partie externe
de la paroi du kyste : 29, 75, 88, et 102 kDa de taille. La composante du sucre de la portion
l'externe est principalement la galactosamine sous la forme N-acetylgalactosamine (GalNAc).
(ADAM RD, 2001).
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 34: Giardia intestinalis : Trophozoïte (A) et Kyste (B) observés dans les selles,
C : Schémas de Trophozoïte et Kyste
Source A et B: http:/www.dpd.cdc.gov/dpdx ;
Source C: E:\giardia3.htm.
II.2.2 - Cycle de développement
La transmission est orofécale le sujet s’infeste par ingestion de kyste. Dans l’estomac
ceux-ci libèrent des trophozoïtes qui se divisent et colonisent l’intestin grêle. Le parasite ne se
reproduit que par division binaire. Giardia intestinalis peut s’enkyster et c’est sous cette forme
qu’il est disséminé par les matières fécales.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 35: Cycle de développement du Giardia intestinalis
Source : www.stanford.edu/.../Giardiasis/morphology.htm
II.2.3- Physiopathologie
La Giardiase se manifeste par une diarrhée, un syndrome de malabsorption en cas
d’infestation massive avec atrophie villositaire partielle plus rarement totale (chez les enfants
en milieu tropical). Le mécanisme de la maladie est encore mal définie, des suggestions de
causes vont d’une perturbation de l’activité enzymatique intestinale et endommagement de la
muqueuse à une augmentation de la perméabilité intestinale et perturbation de la flore
bactérienne (YAKOOB et al., 2005; ROXSTROM-LINDQUIST et al., 2005).Ainsi il a été
rapporté qu’une infection due à Giardia intestinalis serait à l’origine d’une malabsorption
intestinale de graisse, de D-xilose, de vitamine A et vitamine B12 , et également du fer
(OLIVARES et al., 2004).
Le diagnostic peut être effectué par la recherche des kystes et des formes végétatives à
l’examen parasitologique des selles, ou encore la détection des antigènes par ELISA dans les
selles.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
DEUXIÈME PARTIE :
MATÉRIEL ET MÉTHODES
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
I – Contexte de l’étude Pays sahélien enclavé d’Afrique de l’Ouest, le Burkina Faso constitue aussi un
carrefour routier important pour les six pays avec lesquels il possède une frontière (Mali,
Bénin, Togo, Ghana, Côte d’Ivoire, Niger). Sa superficie est de 274 000 km2 pour une
population de presque 12 millions en 2001, dont plus de la moitié a moins de 15 ans.
L’économie du Burkina Faso repose principalement sur l’agriculture et l’élevage. Sa
vulnérabilité aux mauvaises conditions climatiques ainsi qu’au prix des produits d’exportation
(coton) maintient cet État, depuis de nombreuses années, dans le rang des pays les plus
pauvres du monde. L'impact du VIH/SIDA a entraîné une diminution de la croissance du PNB
de presque 1% par an sur la période 2001 – 2005 (PNUD, 2001).
Figure 36: La carte du Burkina Faso
Source : www.vacanceo.com/img/cartes_580/185.jpg
Caractérisée par une morbidité et une mortalité élevées, la situation sanitaire du
Burkina Faso demeure précaire. La mortalité maternelle était de 484 pour 100 000 naissances
en 1998, la mortalité infantile de 105 ‰ en 1998-2000 (contre 94‰ en 1993). En dépit des
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
efforts réalisés par le gouvernement en matière de lutte contre le VIH/sida, le nombre de
personnes séropositives ne cesse d’augmenter. Le nombre de cas de sida déclarés à l’OMS
était de 10 en 1986, le nombre cumulé de cas s’élevant à 18 144 à la fin de l’année 2001. En
réalité, on estime que plus de 440 000 personnes sont actuellement infectées par le VIH/sida
au Burkina Faso, avec un taux de prévalence de 6,5 % parmi la population adulte
(ONUSIDA/OMS, 2002) et 2% (1,5-2,5) en 2005 (ONUSIDA, 2006). Aujourd'hui, les adultes
vivant avec le VIH/SIDA sont environ 140 000 (100 000-160 000) dont 80 000 femmes
(49 000-110 000) (ONUSIDA, 2006). La propagation du virus est essentiellement due aux
relations sexuelles à risque mais aussi à la transmission verticale mère-enfant. La
séroprévalence chez les femmes enceintes augmente avec la progression de l’épidémie. En
1989, elle était de 3,7%. En 1999, elle variait, au niveau des sites sentinelles de consultation
prénatale, de 4 à 8,3%. Cette situation épidémiologique de l’infection chez les femmes
enceintes expose l’enfant à la transmission verticale du VIH. Si l’incidence du VIH/SIDA est
estimée autour de 44 000 nouvelles infections par an, environ 10 000 sont attribuées à la
transmission du virus de la mère à l’enfant pendant la grossesse, au moment de
l’accouchement ou au cours de l’allaitement (OMS, 2004).
II ­ cadre d'étude Le centre médical Saint Camille et le Centre de Rechercher Biomoléculaire
CERBA/LABIOGENE sont deux structures situées à Ouagadougou (figure 37) dans le district
sanitaire de la commune de Bogodogo (figure 38) le Centre Médical Saint Camille et le
CERBA sont situés respectivement dans les secteurs 14 et 30. Le district sanitaire du secteur
30 est mi-urbain, mi-rural. Il couvre une population de 18 068 habitants et attire des personnes
en provenance d’autres aires sanitaires.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 37: Ville de Ouagadougou
La ville de Ouagadougou est divisée en 30 secteurs qui se regroupent en 4 districts
sanitaires. Le District de Bogodogo, notre site de recherche comprend 5 secteurs (les Secteurs
N° 14 ; 15 ; 28 ; 29 et 30). Le Centre Médical se trouve au Secteur 14 tandis que le CERBA
est au trentième.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 38: La ville de Ouagadougou divisée en 30 secteurs
Le CMSC comprend une maternité, un service de pathologie néonatale, un service de
pédiatrie, un service de santé maternel et infantile (SMI), un dispensaire adulte, un dépôt
pharmaceutique, un cabinet dentaire, un service d'imagerie médicale et un laboratoire
d'analyse (parasitologie, bactériologie, biochimie, hématologie, sérologie, immuno-virologie,
biologie moléculaire). Le CMSC gère en son sein quatre projets relatifs au VIH/SIDA, la
phytothérapie du VIH/SIDA, la prévention de la transmission mère enfant du VIH/SIDA
(PTME) la prise en charge des PVVIH et la recherche d’un vaccin thérapeutique antiVIH/SIDA.
Le CERBA est un centre de traitement ambulatoire des personnes infectées par le
VIH/SIDA. Le CERBA prend en charge 650 malades. Il est également un centre de recherche.
Nos échantillons ont été traités dans ce centre.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III. Matériel et Méthodes III.1-Pour le dépistage du VIH, du VHB et de T. gondii
Echantillonage
De Janvier à Juin 2009, parmi les femmes enceintes accueillies dans le service de SMI
(Santé Maternelle et Infantile) du CMSC pour des consultations prénatales (CPN), 3127
femmes, âgées de 19 à 42 (27,65 ± 5,35) ans, ayant au moins 32 semaines d’aménorrhée, ont
accepté volontairement le protocole de la PTME qui prévoit:
9 CDV (conseil et dépistage volontaire du VIH) pour toutes les femmes enceintes;
9 Thérapie Antirétrovirale (TARV) pour les femmes enceintes ayant un taux de CD4
<200/µl et la mono prophylaxie avec la névirapine pour l’infection au VIH-1 ou
l’AZT au cas de co-infection au VIH-2 pour les femmes ayant plus de 200 CD4/µl;
9 Allaitement artificiel ou maternel exclusif avec sevrage précoce au quatrième mois ;
9 Test RT-PCR aux enfants au sixième mois de naissance ;
En plus de ce que prévoyait la PTME, nous avons fait les tests du VHB et de Toxoplasma
gondii, à ces femmes enceintes.
Critères d’inclusion
Les femmes enrollees dans cette étude ont été recrutées selon les critères ci-dessous :
¾ Etre une femme enceinte,
¾ Manifester librement de vouloir suivre le protocole de la PTME,
¾ Etre VIH-1 séropositive ou VIH1/2 séropositive après dépistage,
¾ Manifester le désire de faire les tests de Toxoplasma gondii, et de l’hépatite B.
III.1.1-Prélèvement de sang total
Après le consentement éclairé, 10 ml de sang veineux a été prélevé chez chaque
femme enceinte et mis dans deux tubes à EDTA. Le premier tube a été utilisé pour le
dépistage du VIH et la numération des lymphocytes T CD4. Le deuxième tube a été
centrifugé à 3000 tr/min pendant 10 min pour la sérologie du Toxoplasma gondii, la charge
virale du VIH. Avec l'accord des parents séropositifs, 5ml de sang ont été prélevés chez leurs
enfants âgés de 6 mois. Le plasma a été gardé à -80°C pour les tests PCR du VHB et du VIH.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III.1.2- Tests ELISA commerciaux pour le VIH
Pour la sérologie VIH, deux tests rapides ont été utilisés successivement : Détermine®
et Genie-II® pour détecter VIH-1 et VIH-2, comme décrit précédemment par Koblavi-Deme
et al., (2001). Un troisième test a été utilisé dans le cas où les deux tests rapides ont donné
des résultats discordants. Dans de tels cas les échantillons ont été testés avec la technique
immuno-enzym assay (ELISA), utilisant l'Abbott IMX Système (Laboratoires Abbott, N.
Chicago, IL), afin de confirmer ou d’exclure une infection au VIH.
III.1.3- Tests ELISA commerciaux pour le VHB
Pour le diagnostic du HBsAg de l’hépatite B : Kit: ImmunoComb HBs ; La trousse
Immuno-Comb II HBsAg est un test rapide de détection qualitative de l’antigène de surface
du virus de l’hépatite B (AgHBs) dans le sérum et le plasma humain. La trousse comprend 36
tests. C’est un test immunoenzymatique en phase solide. La phase solide est un peigne de 12
dents sensibilisées à leur surface en deux points ou spots de réaction : Le spot supérieur est le
contrôle interne. Il contient un sérum albumine bovine biotinylée. Le spot inférieur est
sensibilisé par des anticorps monoclaunaux anti-HBs.
Pour confirmer le bon fonctionnement du test et valider les résultats, les trois
conditions suivantes doivent être remplies :
9 le contrôle positif doit présenter deux spots sur la dent,
9 le contrôle négatif doit présenter uniquement le spot de contrôle interne (spot
supérieur), le spot inférieur ne doit pas apparaître. S’il apparaît il doit présenter une
intensité très faible,
9 tout échantillon testé doit présenter le spot de contrôle interne (spot supérieur).
Lorsqu’une des trois conditions n’est pas remplie, les résultats ne peuvent être validés.
Les échantillons et les contrôles doivent être de nouveau testés.
III.1.4- Tests ELISA commerciaux pour T. gondii
Pour la mise en évidence de T. gondii nous avons utilisé deux Kits de 96 tests chacun :
TOXOPLASMA IgG et TOXOPLASMA IgM (RADIM, Italie). Ce sont des tests
immunoenzymatiques qualitatives et/ou quantitatives de détection des anticorps anti-IgG et
anti-gM de T. gondii dont le résultat se détermine visuellement ou par lecture au
spectrophotomètre (Figure 39). Les tests ont étés faits suivant le protocole du fournisseur.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Figure 39 : Chaine ELISA : Spectrophotomètre
III.1.5-La prophylaxie ARV pour la PTME
Elle est basée sur la prise de la névirapine par les femmes enceintes VIH séropositives
ayant plus de 200 CD4/µl. Une dose (gélule = dans une capsule de gel) de 200 mg en une
seule prise au début du travail et, pour le nouveau-né 2 mg/kg de suspension orale en dose
unique avant les 48 à 72 heures après la naissance (OMS, 2001). Pour question de discrétion,
à partir du sixième mois de la grossesse, la dose de la névirapine est confiée à la femme afin
qu’elle l’avale discrètement au début de l’accouchement. Dans le cas où la femme aurait déjà
utilisé la névirapine lors d’une précédente grossesse (risque de souches VIH résistantes) ou
d’infection par le VIH-2 (sur le quel la névirapine est inefficace), la prophylaxie se fait alors
par la zidovudine (AZT), mais seulement au niveau de la mère. Un comprimé de 300 mg
d’AZT à prendre 3 fois par jour à partir de la 36e semaine de la grossesse et un comprimé de
300 mg chaque trois heures au cours du temps de l’accouchement (OMS, 2001). En tenant
compte des effets secondaires de l’AZT, le taux d’hémoglobine de ces patientes est contrôlé à
partir de la 36e semaine. L’efficacité de ces trois protocoles permet de réduire d’une manière
très significative le risque de la transmission verticale du VIH (OMS, 2001).
III.2- Pour le dépistage des RV, AdE, Parasites intestinaux
Ce travail de recherche des RV, des AdE, des parasites intestinaux s’est effectué lors
d’une première étude qui s’est déroulée de Janvier à Juin 2006 et a concernée 66 enfants puis
lors d’une deuxième étude qui a regroupée 648 enfants et qui s’est déroulée de Mais 2006 à
Juin 2008, où nous avons recherché également autres causes de GEA chez les enfants comme
certaines bactéries.
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Pour cette recherche, a été inclus, tout enfant âgé de zéro (0) a cinq (5 ans) faisant la
diarrhée ou ayant une gastroentérite aigüe, et venu en consultation au CMSC.
III.2.1-Prélèvement des selles
Les selles sont prélevés très tôt le matin par les mères dans des sachets en plastiques
(KOP) ou dans des boites stériles (coproculture et analyses virales) pour êtres analysés tout au
plus dans les 60 minutes suivant leur émissions
III.2.2-Examen parsitologique des selles
Les selles sont examinées directement :
D’abord macroscopiquement pour noter leur consistance, la présence de sang ou de mucus,
et aussi la présence éventuelle d’anneaux de Tænia, d’adultes d’Ascaris ou d’oxyures ;
Puis microscopiquement entre lame et lamelle à l’état frais (à l'eau physiologique), et après
coloration au microscope optique.
Principe
L’examen direct des selles permet de mettre en évidence les formes végétatives, vivantes et
mobiles des protozoaires ainsi que leurs kystes, mais également les œufs ou les adultes des
helminthes. L’observation de toute la lame se fait d’abord à l’objectif 10× puis à l’objectif 40×. La
coloration (au Lugol) permet d’une part de différencier les kystes d’Entamoeba histolytica/
Entamoeba dispar (noyaux coloré en jaune) de ceux d’Entamoeba coli, et d’autre part de bien
distinguer les kystes de Giardia (forme du kyste bien nette).
Procedure
Nous avons ainsi prélevé à plusieurs endroits (2 à 3 endroits selon l’aspect des selles) de
l’échantillon de selle une petite quantité de selle. Ce prélèvement a été étalé entre lame et lamelle
dans une goutte d’eau physiologique puis observé au microscope optique respectivement à
l’objectif 10× et 40× (la préparation ne doit pas être épaisse). Une goutte de Lugol a été enfin
déposée dans la préparation et l’observation s’est fait comme précédemment.
96
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III.2.3-Technique immunochromatographique sur membrane pour le test des RV et
des AdE
La recherche des virus s’est effectuée par des tests Adeno-Strip et Rota-Strip qui sont
des Kits permettant de rechercher respectivement les Adénovirus et les Rotavirus dans les
selles par l’intermédiaire d’une technique immunochromatographique sur membrane sans
aucun traitement préalable de l’échantillon de selle.
Principe
Le principe de ces deux testes est basé sur l’utilisation d’un anticorps monoclonale
conjugué avec des particules colloïdales d’orées spécifiques (des Rotavirus du groupe A ou
des Adénovirus) formant un complexe avec l’antigène virale (Rotavirus ou Adénovirus)
quand celui-ci est présent dans l’échantillon de selle. Ce complexe va migrer par capillarité et
lorsqu’il rencontrera l’anticorps polyclonal (anti- Rotavirus ou anti- Adénovirus), il va se
former une première ligne rouge-bleue. La migration continue jusqu'à la formation d’une
deuxième ligne rouge-bleue du à la présence de l’IgG de souris.
Si l’antigène viral n’est pas présent dans l’échantillon de selle, seule la deuxième ligne
se forme et cela est dû à la réaction de l’anticorps monoclonal avec l’IgG de souris.
Procedure
Avant leur utilisation les kits préalablement conservés à 4°C sont mis à la température
ambiante du laboratoire.
On mélange d’abord dans un tube Eppendorf 150 µL de tampon (Rota-Strip ou AdenoStrip) avec 50 µl de matière fécale fraîche à l’aide d’un vortex. on préleve ensuite 15µl de ce
mélange puis procédons à une dilution à 5% (285µL d’eau distillée). Après une sédimentation
de deux minutes, la bandelette (Rota-Strip ou Adeno-Strip) est trempée pendant dix minutes
dans le mélange dilué, puis on la retire et on l’incube à la température ambiante du
laboratoire.
97
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Le résultat est lu et interprété tel qu’indiqué sur la figure suivante.
Figure 40: Résultat des tests rapides de Rotavirus et Adénovirus.
III.2.4- Technique RT-PCR comme test moléculaire de confirmation des RV
9 Extraction de l’ARN des Rotavirus
L’ARN a été isolé des selles à l’aide d’un kit « QIAamp® Viral RNA Mini»
(QIAGEN,Hilden,Germany) en suivant le protocole fourni par le fabriquant (Figure 41a).
Avant de commencer la procédure d’extraction on place les échantillons préalablement dilués
à 10% (vol/vol) dans du PBS 1× (Phosphate-Buffered Saline) et conservés à -20°C, à la
température ambiante (15-25°C) et on prépare les tampons de lavages AW1, AW2 ; le tampon
d’élution AVE (qui doit être à la température ambiante également avant de début de
l’extraction) et le tampon de lyse AVL comme décrit dans le manuel du kit.
Procédure
1-On pipette 560 µl du tampon AVL préparé que l’on introduit dans les tubes de
micro-centrifugation (tube eppendorff) de 1,5 ml ;
2-On ajoute ensuite 140 µl du surnageant de chaque échantillon de selle dans ces tubes
et on mélange bien au vortex pendant 15 secondes ;
3-On incube le mélange à la température ambiante pendant 10 minutes ;
4-Après avoir centrifuger brièvement (pour faire retomber toutes les gouttes qui restent
sur le bouchon au fond des tubes) les tubes contenant le mélange, on y ajoute 560 µl d’éthanol
(96-100%) et on passe au vortex pendant 15 minutes puis on centrifuge brièvement encore ;
5-On transfère 630µl de la solution obtenue à l’étape 4 dans les colonnes du QIAamp
Mini (QIAamp Mini spin colomn) qui son adhérées à des tubes de collecte de 2 ml sans
98
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
mouiller le bord des colonnes. On centrifuge ensuite l’ensemble à 8000 rpm pendant 1
minute et on transfère les colonnes sur de nouveaux tubes de collecte de 2 ml, puis on jette les
tubes contenant le filtrat ;
6-On répète encore l’opération de l’étape 5 ;
7-Après on ajoute 500 µl du tampon de lavage AW1 dans les colonnes et on centrifuge
à 8000 rpm pendant 1 minute. On transfère les colonnes sur de nouveaux tubes de collecte de
2 ml puit on jette les tubes contenant le filtrat ;
8-On ajoute maintenant 500 µl du tampon de lavage AW2 dans les colonnes et on
centrifuge à grande vitesse (14000 rpm) pendant 3 minutes ;
9-On transfère de nouveaux les colonnes sur des tubes micro-centrifugation de 1,5 ml
(mais non fourni par le kit) et on ajoute 60 µl de tampon AVE puis après incubation pendant
1 minute à température ambiante on les centrifuge à 8000 rpm pendant 1 minute pour
recueillir l’ARN. L’ARN double brin (dsRNA) de Rotavirus ainsi obtenu peut rester stable
plus de 12 mois s’il est conservé è -20 ou -70 °C.
9 RT ou transcription inverse
La procédure de retrotransciption de l’ARN viral en ADN complémentaire ou ADNc a
été effectuée comme précédemment décrit par ITURRIZA-GOMARA et al. en 1999.
Brièvement, on prélève 28 µl de l’ARN obtenu précédemment que l’on mélange avec 50
pmol d’amorces dans des tubes PCR, puis on réalise la dénaturation à 97°C pendant 5 minutes
au Thermocycleur (figure 41b). À la fin de cette réaction on place immédiatement les tubes
sur la glace pendant 2 minutes puis on y ajoute une bille de RT-PCR (Amersham
Biosciences,United Kingdom) plus de l’eau RNase-fre pour obtenir un volume total final de
50 µl. On lance ensuite la réaction RT à 42°C pendant 30 minutes. Cette dernière étape va
donner l’ADNc de Rotavirus destiné au génotypage et au séquençage (BUCARDO et al.,
2007).
9 PCR
Un mélange pour PCR a été préparé en utilisant 5µl de 10× de tampon UFP Native
(Stratagene, La Jolla, CA), 1µl du mix de désoxynucléoside triphosphate (dNTP) 10 mM
(Applied Biosystems, Warrington, Royaume-Uni), 4 pmol de chaque amorce (VP7-F et VP7R), 2.5 U d’ ADN polymérase Native (Stratagene, La Jolla, CA), et d'eau RNase-free pour
obtenir un volume final de 50µl. L’amplification a démarré par une étape initiale de
dénaturation à 94°C pendant 2 mn, et a consisté en 35 cycles de :
-
Dénaturation à 94ºC
1 mn
-
Hybridation à 50ºC
1 mn
99
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
-
Extension à 72ºC
1 mn
Une extension finale à 72°C pendant 7mn à terminer la PCR (BUCARDO et al., 2007).
Après la réalisation de la PCR à l’aide du thermocycleur (figure 41b), l’ADN amplifié (les
amplicons), a été mise à migrer par électrophorèse sur gel d’agarose à 2%. La révélation sous
UV et la photographie ont été faite à l’aide de l’appareil Gene Flash de Sygene Bio Imaging
muni d’une imprimante Mitsubishi P93.
Figure 41 : a: Kit d’extraction de l’ARN, b:Thermocycleur 9700 Applied Biosystem
III.2.5-Caractérisation de l’état nutritionnel des enfants inclus dans l’étude
Nous avons utilisé des mensurations telles le poids, la taille de chaque enfant pour
déterminer l’état nutritionnel des enfants en utilisant la population de référence internationale
définie par le U.S. National Center for Health Statistics (standard NCHS). Les enfants sont
alors classés selon le Z-score (ou SD-score: standard déviation score). Cette classification
selon le Z-score recommandée par l’OMS et l’UNICEF, utilise les indices nutritionnels
poids/taille, poids/âge, taille/âge, et se fait selon les critères suivants:
•
Z-score inférieur ou égale à -3: correspond à une malnutrition sévère.
•
Z-score compris entre -3 et -2: correspond à une malnutrition modérée.
•
Z-score supérieur à -2: correspond à un état nutritionnel normal.
100
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III.3 - Pour le dépistage des HPV
De Mai à Aout 2009, nous avons effectués des tests de dépistage des HPV chez 169
femmes séropositives suivit au CMSC et au CERBA.
Les femmes ont été sélectionnées suivant les critères ci-dessous :
¾ Etre une femme non enceinte,
¾ Etre VIH-1 séropositive ou VIH1/2 séropositive,
¾ Manifester le désire de faire les tests du HPV
III.3.1- Prélèvement des échantillons
Après avoir mis en évidence le col de l’utérus à l’aide d’un spéculum, on introduit un
écouvillon à bout cotonné dans l’endocol et on le tourne au moins 3 fois dans le sens des
aiguilles d’une montre. L’échantillon ainsi collecté est ensuite mis à sec dans un tube
d’extraction de 1,5 ml et placer à -50°C en attendant l’extraction de l’ADN.
III.3.3- PCR/ Hybridation
Cette étape se fait à l’aide d’un kit « HPV STAR BLOT » de diatech®. Le principe
de ce test est basé sur l’amplification d’un fragment du gène L1 de l’ADN du virus de HPV
suivie d’une reverse hybridation sur des bandelettes nitrocellulosiques dans des puits
préalablement marqués. Elle permet de détecter les génotypes HPV suivant : 16, 18, 31, 33,
35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73, 82, 6, 11, 40, 42, 43, et 44.
Chaque manipulation est accompagnée d’un control positif et d’un control négatif.
9 Extraction de l’ADN
Elle se fait à l’aide d’un kit « INSTANT Virus DNA Kit » de analytkjena® bio
solutions en suivant le protocole fourni par le fabriquant :
¾ Après avoir retiré les échantillons du congélateur, on ajoute dans chaque tube
d’extraction contenant un échantillon 400µl de TLS (solution de lyse) et 25µl de
protéinase K. Puis on vortexe pendant 10s et on incube à 50°C pendant 15 minutes.
¾ Après l’incubation, on retire l’écouvillon en le pressant contre la paroi du tube afin
d’extraire tout l’échantillon. On ajoute ensuite 400µl de TBS (solution de liaison) dans
le tube d’extraction et on vortexe.
101
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
¾ On place ensuite un Spin filter (tube de filtrage) sur un tube récepteur et on y transfère
la totalité de l’échantillon. On centrifuge à 12000rpm pendant 2mn.
¾ On ajoute 500µl de HS (tampon de lavage) et on centrifuge à 12000 rpm pendant 1mn.
On ajoute ensuite 750µl de MS (tampon de lavage) et on centrifuge encore 1mn à
12000 rpm.
¾ On change le tube récepteur et on centrifuge à vitesse maximale soit 14000 rpm
pendant 2 mn pour éliminer l’alcool contenu dans les tampons de lavage.
¾ On place ensuite le Spin filter contenant l’échantillon sur un tube d’élution et on ajoute
50µl de tampon d’élution préchauffé à 50°C. On incube 1mn à température ambiante
et on centrifuge à 8000 rpm pendant 1mn. La même opération est répétée encore une
fois et on obtient 100µl d’ADN de virus prêt pour la PCR. Cet ADN peut se conserver
à -50°C ou utilisé immédiatement pour la PCR.
9 PCR
La PCR est faite en utilisant 2 Master-Mix préparées comme suit :
-
Master-Mix I (Volume : 38µl/ échantillon)
Tableau III: IIIa ; IIIb et IIIc : Conditions de la PCR
IIIa :
HPV primers/ dNTP mix I
30,0 µl
PCR buffer 10X (sans MgCl2)
5,0 µl
MgCl2 50mM
2,5 µl
Taq polymérase 5U/µl de Invitrogen Life Technologies®
Mettre 38 µl de Master-Mix I dans des tubes PCR appropriés et ajouter dans ces tubes
9 Control négatif :
12 µl d’eau
9 Échantillon :
12 µl d’ADN extrait
9 Control positif :
12 µl de HPV control positif
102
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
-
Master-Mix II (Volume : 38µl/ échantillon)
IIIb :
HPV primers/ dNTP mix II
30,0 µl
PCR buffer 10X (sans MgCl2)
5,0 µl
MgCl2 50mM
2,5 µl
Taq polymérase 5U/µl de Invitrogen Life Technologies®
Mettre 38 µl de Master-Mix II dans des tubes PCR appropriés et ajouter dans ces tubes
9 Control négatif :
12 µl d’eau
9 Echantillon :
12 µl d’ADN extrait
9 Control positif :
12 µl de HPV control positif
Placer les tubes dans un thermocycleur et suivre le programme suivant :
IIIc :
Hold 1 :
95° Pendant 10mn
30 cycles :
95°C pendant 45s / 40°C pendant 45s / 72°C pendant 30s
Hold 2 :
72°C pendant 8 mn
On obtient à la fin de la PCR de l’ADN que l’on peut utiliser pour la reverse hybridation.
9 Reverse hybridation ou Dot Blot
¾ Après avoir mis 40 µl de réactif de dénaturation dans chaque puits marqué, on y ajoute
20 µl du produit PCR de chacun des 2 Mix (Master-Mix I et Master-Mix II). On
mélange bien et on incube à température ambiante pendant 5 mn.
¾ On ajoute doucement 1 ml de tampon d’hybridation préchauffé en évitant tout contact
inter puits. On place ensuite une bandelette dans chaque puits et on incube le tout à
47°C sur incubateur- agitateur.
¾ A la fin de l’incubation, on jette le tampon d’hybridation et on lave les bandelettes 2
fois avec 1 ml de Stringent wash solution préchauffé (tampon de lavage). On ajoute
ensuite 1 ml de tampon de lavage dans chaque puits et on incube à 47°C sur
l’incubateur/agitateur pendant 15mn.
103
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
¾ On Jette le stringent wash solution et on lave ensuite 2 fois avec la solution Rinse 1X
(tampon de lavage obtenu après dilution : 1/5 du Rinse 5X préchauffé). On jette le
tampon de lavage (Rinse 1X).
¾ On ajoute 1ml de conjugué (AP-conjugate dillué au 1/100 avec le conjugate buffer)
dans chaque puits et on incube à température ambiante pendant 30 mn.
¾ Après l’incubation, on jette le conjugué et on lave 3 fois avec le Rinse 1X. On jette le
Rinse 1X puis on ajoute 1 ml de substrat dans chaque puits. On incube ensuite 5 à 15
mn selon l’intensité de la coloration des bandelettes. On arrête la réaction en jetant le
substrat et en lavant 2 fois avec de l’eau distillée.
¾ On transfère enfin les bandelettes sur un papier absorbant et on les laisse sécher à
l’abri de la lumière. On analyse les résultats en utilisant la fiche d’analyse de résultats
en suivant les instructions du fournisseur.
Analyse et interprétation des résultats
Après avoir laissé sécher les bandelettes, on lit les bandes obtenues en les comparant avec
ceux du fournisseur. On obtient ainsi les différents types de HPV pour chaque échantillon
(Figure 42).
Exemple d’analyse et d’interprétation des résultats
Le diagramme suivant montre les différents résultats possibles attendus.
1
2
3
4
5
Conjugate control
Amplification
control
HPV-poly
HPV-HR
HPV-16
HPV-18
HPV-45
HPV-30’s
HPV-50’s
HPV-LR
HPV-6
HPV-11
Reference line
Légende:
1:
2:
3:
4:
HPV-6
5:
détection de HPV haut risque, génotype 18
détection de HPV faible risque, génotype 11
génotype de HPV non détectable (Limites du protocole)
coinfection avec des génotypes haut risque HPV-16 et à faible risque
coinfection avec génotype haut risque HPV-18 et HPV-45
Figure 42: Analyse et d’interprétation des résultats
104
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
III.3.4-Technique de cytofluorimétrie pour la numération des cellules CD4
La numération du Taux des Cellules CD4 s’est faite par le FACSCount
ou le
FACSCalibur (BD: Becton Dickinson ; San Jose ; CA).
Le FACSCount (Figure 43b) et le FACSCalibur (Figure 43a)sont des appareils dont le
principe est basé sur la cytométrie de flux qui est l’étude des paramètres résultant de l’analyse
individuelle de cellules en suspension lorsqu’elles traversent un faisceau lumineux
généralement un rayon laser à argon émettant à 488 nm. Le FACSCount utilise une paire de
tubes, l’une détermine le nombre absolu de lymphocytes T helper/inducteurs (CD4/CD3) et
l’autre détermine le nombre absolu de lymphocytes T suppresseurs/cytotoxique (CD8/CD3).
Les anticorps anti CD4 et les anticorps anti CD8 synthétiques se lient respectivement aux
lymphocytes T helper et aux lymphocytes T cytotoxiques. Les deux tubes mesurent le nombre
absolu de CD3. Le software donne le ratio CD4/CD8.
Figure 43 : a: FACSCount (BD), b: FACSCalibur(BD)
III.3.5-Le dosage de la Charge Virale du VIH
La charge virale a été déterminée en utilisant le système de PCR à temps réel avec un
appareil M2000 d’Abbott (Laboratoires Abbott, Chicago Nord, IL) (figure 44) en utilisant le
protocole du fournisseur.
Figure 44 : M2000 (Abbott)
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© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Comité d’éthique : Le comité d’éthique du Centre Médical Saint-Camille à approuvé cette
étude et chaque femme a donné oralement son consentement pour la collecte du sang et des
selles des enfants.
Analyses statistiques : Les données démographiques et cliniques ont été analysées avec le
logiciel standard SPSS-12 pour Windows et par le logiciel EpiInfo-6. Le seuil statistique était
fixé à p<0,05.
106
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
TROISIÈME PARTIE :
RÉSULTATS ET DISCUSSIONS
107
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I – Résultats :
I.1 – Les résultats des travaux du premier article:
Co-infection de Toxoplasma gondii avec le VHB chez les femmes enceintes VIH
séropositives et séronégatives au Burkina Faso
D. Ouermi, J. Simpore, A.M.G. Belem, I. Sanou, D.S. Karou, D. Ilboudo, C. Bisseye, S.M.
Onadja, V. Pietra, S. Pignatelli, C. Gnoula, J.B. Nikiema, G.B. Kabre.
Les infections à Toxoplasma gondii peuvent entraîner des complications graves chez
les femmes séropositives enceintes, conduisant à une fausse couche; favoriser la transmission
mère-enfant du VHB, du VIH et provoquer des malformations congénitales.
Les objectifs de cette étude étaient les suivants:
i) quantifier les anticorps IgM et IgG anti-Toxoplasma gondii chez les femmes
enceintes VIH-séropositifs et séronégatifs;
ii) identifier les antigènes de l'hépatite B (HBsAg) chez les femmes enceintes ;
iii) déterminer les co-infections T. gondii et le VHB chez ces patients.
L'étude a été menée au Centre médical Saint Camille, au Burkina Faso de Janvier à
Juin 2009. Nous avons effectué 3127 tests de VIH aux femmes enceintes, et un total de 276
femmes enceintes infectées par le VIH (138) et non infectés (138) a été inclus. Toutes les
femmes avaient au moins 32 semaines d'aménorrhée et étaient âgés de 19 à 42 ans. T. gondii
et des anticorps HBsAg ont été détectés en utilisant la méthode ELISA. En outre, les femmes
ont librement accepté de répondre à un questionnaire. Les réponses au questionnaire et le test
ELISA nous a permis d'obtenir ces différents résultats:
Le tableau IV nous donne la prévalence du VIH parmi les femmes enceintes que nous
avons dépistés. Nous avons identifié 227 (7,3%) femmes VIH séropositives. Parmi les
femmes infectées, nous avons 97,4 % qui sont de VIH-1 ; 1,8% de VIH-2 et 0,9% de VIH 1 et
2 (Tableau IV)
108
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Tableau IV: Résultats des tests VIH des 3127 femmes enceintes.
3127 tests sérologiques du VIH
Types de VIH chez les sujets VIH-séropositifs
VIH -
VIH +
VIH /1
VIH /2
VIH /1-2
N
2900
227
221
4
2
%
92,7%
7,3%
97,4%
1,8%
0,9%
Age
25,4 ± 5,3
27,9 ± 4.2
27,5±5.2
32,3 ± 2,1
29
Age VIH- Æ VIH + p < 0,0001
Le tableau V présente les informations sur le niveau de formation scolaire,
l'occupation et à la maternité des 276 femmes enceintes réparties en fonction de l'âge. Nous
notons que 107 (38,8%, IC 95%: 33,04 à 44,82) étaient analphabètes, 15 (5,4%, 95% CI 3,18
à 8,99) fonctionnaires (fonction publique), 139 (50,4%, IC 95%: 44,32 à 56,39) étaient des
ménagères et 122 (44,2%, IC 95%: 38,29 à 50,28), des commerçantes. Parmi elles, plusieurs
avaient eu des enfants morts 0.71 (0 - 3) et beaucoup ont eu plusieurs fausses couches 0.64 (0
- 3), au cours de leurs grossesses précédentes.
109
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
Tableau V: Information sur le niveau scolaire, la fonction et la maternité des femmes enceintes
Niveau scolaire des femmes
enceintes
Groupe d’age
(ans)
Nombre
X<20
23
20- 25
83
26-31
98
32-37
64
X>37
8
Total
276
fonctions des femmes enceintes.
illettrées
Alphabétisées
ménagères
Commerçantes fonctionnaires
9/23
14/23
18/23
4/23
1/23
39,1%
60,9%
78,3%
17,4%
4,3%
30/83
53/83
51/83
25/83
7/83
36,1%
63,9%
61,5%
30,1%
8,4%
39/98
59/83
39/98
57/98
2/98
39,8%
60,2%
39,8%
58,2%
2,0%
26/64
38/64
28/64
31/64
5/64
40,6%
59,4%
43,8%
48,4%
7,8%
3/8
5/8
3/8
5/8
0/8
37,5%
62,5%
37,5%
62,5%
0,0%
107/276
169/276
139/276
122/276
15/276
38,8%
61,2%
50,4%
44,2%
5,4%
Nombre d’enfants vivants, morts, et avortement des
femmes
Nombre d’enfants Nombre d’enfants
Nombre
vivants
morts
d’avortement
1,61 (0 - 3)
0,35 (0 - 2)
0,27 (0 - 1)
2,35 (1 – 4)
0,58 (0 – 2)
0,56 (0 – 2)
2,48 (1 – 4)
0,63 (0 – 3)
0,79 (0 – 2)
2,59 (1 – 5)
0,69 (0 – 3)
0,74 (0 – 3)
2,78 (1 – 5)
0,71 (0 – 3)
0,81 (0 – 3)
2,46 (0 – 5)
0,71 (0 – 3)
0,64 (0 – 3)
110
Dans le tableau VI, sont présentés les résultats de coinfections de Toxoplasma gondii
et du VHB chez les femmes enceintes. Pour le test de la toxoplasmose, nous avons obtenu les
résultats suivants: IgM+ 13 (4,7%; IC 95 de 2,64 à 8,11), des IgG+ 75 (27,2%; IC à 95 de
22,10 à 32,90) et pour l'AgHBs+ 26 (9,4%; IC à 95 de 6,36 à 13,65). Pour la fréquence du
VHB, nous avons trouvé une différence statistiquement significative entre les femmes
enceintes VIH séropositives et séronégatives (p = 0,039).
Tableau VI: Coinfection T. Gondii et VHB en fonction de la sérologie VIH des femmes
enceintes
Statut
sérologique VIH
Nombre
VIH-*
138
130
VIH+°
138
133
Total
276
263
IgM-
Valeurs de p
Toxoplasma gondii
IgM+
IgG8/138
107/138
5,8%
77,5%
5/138
94/138
3,6%
68,1%
13/276
201/276
4,7%
72,8%
*→°
p = 0,394
VHB
IgG+
31/138
22,5%
44/138
31,9%
75/276
27,2%
*→°
p = 0,079
VHB130/138
120/138
250/276
VHB+
8/138
5,8%
18/138
13,0%
26/276
9,4%
*→°
p = 0,039
Comme le montre le tableau VII, le taux de prévalence de la toxoplasmose (IgG)
augmente significativement avec l'âge de la classe 1 à la classe 3 (p = 0,021) et de la classe 3
à la classe 5 (p = 0,024). Le taux de prévalence de l'hépatite B (Ag HBs) augmente également
de façon significative avec l'âge: la classe 1 (0,0%); classe 2 (7,2%), classe 3 (8,2%), classe 4
(15,6%) et la classe 5 (25,0%).
Tableau VII: Prévalence de T. gondii (IgM et IgG) et du VHB en fonction des classes d’âge
Classes
âges
Nombre
1
X<20 ^
23
IgM23/23
2
20- 25
83
80/83
3
26-31&
98
94/98
4
32-37
64
58/64
5
X>37°
8
8/8
Total
Total
276
263/27
6
Toxoplasma gondii
IgM+
IgG0/23
13/23
0,0%
56,5%
3/83
62/83
3,6%
74,7%
4/98
78/98
4,1%
79,6%
6/64
45/64
9,4%
70,3%
0/8
3/8
0,0%
37,5%
13/276
4,7%
201/276
72,8%
IgG+
10/23
43,5%
21/83
25,3%
20/98
20,4%
19/64
29,7%
5/8
62,5%
75/276
27,2%
VHB
VHB+
0/23
0,0%
77/83
6/83
7,2%
90/98
8/98
8,2%
54/64
10/64
15,6%
6/8
2/8
25,0%
250/27
26/276
6
9,4%
VHB23/23
IgG + : 1 → 3 : p = 0,021 ; 3 →5 : p = 0,024
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
111
Le tableau VIII présente les âges moyens et les taux de cellules T CD4 sur la base des
coinfections avec le VIH, le VHB et T. gondii. En termes d'âges, le t-test révèle une différence
statistiquement significative entre celles ayant des anticorps IgM + (30,62 ± 4,86 ans) et IgM
(27,51 ± 5,34 ans) (P = 0,041); entre celles étant VIH- (26,78 ± 5,70 ans) et VIH+ (28,52 ±
4,83 ans) (P = 0,007) et entre celles ayant VHB- (27,35 ± 5,24 ans) et VHB + (30,54 ± 5,57
ans) (P = 0,004).
Tableau VIII: Moyennes d’âge et de taux de CD4 corrélées aux antigènes anti-VHB, aux
anticorps de T. gondii et au VIH
T. gondii
IgM+
N
IgMN
IgG+
N
IgGN
VIHN
VIH +
N
VHBN
VHB+
N
N = nombre
Moyenne d’age
30,62 ± 4,86
13
27,51± 5,34
263
28,00 ± 6,07
75
27,52 ± 5,06
201
26,78 ± 5,70
138
28,52 ± 4,83
138
27,35 ± 5,24
250
30,54 ± 5,57
26
P
0,041
0,508
(NS)
0,007
0,004
CD4
299,2 ± 39,54
5
358,5 ± 133,7
133
363,9 ± 119,7
44
352,8 ± 190,9
94
356,3 ± 171,0
138
360 ±180,4
120
331,2 ± 85,4
18
P
0,325
NS
0,723
NS
-
0,506
NS
Ce tableau montre également qu’il n’ya pas de différence significative du taux de T
CD4 chez les femmes enceintes VIH-séropositifs coinfectées par la toxoplasmose ou
l'hépatite B (p> 0,500).
Le taux de coinfections VIH-séropositifs / T. gondii-séropositifs (31,9%; IC à 95 de
24,36 à 40,43) a été supérieur à celui de la coinfection VIH / T. gondii-séropositifs (22,5%, IC
à 95%: de 15,99 à 30,51) chez ces femmes enceintes (p <0,001) (Tableau IX). Le taux de coinfections VIH-séropositifs / HBV-séropositifs (18/138: 13,0%; IC 95 de 8,12 à 20,09) a été
également supérieur à celui de la coinfection VIH / VHB séropositifs (8 / 138: 5,8 %, 95% CI
2,72 à 11,48) chez ces femmes enceintes (p <0,001) (Tableau IX).
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
112
Tableau IX:
Prévalence des coinfections T. Gondii et VHB parmi les femmes enceintes VIH
séropositives
VIH : 138
VHB
T. gondii
44/138
18/138
31,9%
13,0%
T. gondii : 75
VIH
VHB
44/75
13/75
58,7%
17,3%
VHB : 26
VIH
T. gondii
18/26
2/26
69,2%
7,7%
VIH/T. gondii → T. gondii/ VIH:
p < 0,001
VIH / VHB → VHB / VIH:
p <0,001
VHB/T. gondii → T. gondii/ VHB:
p = 0,384 (NS).
La présente étude révèle une forte prévalence du VIH chez les femmes enceintes
(7,3%) au niveau du Centre Médical saint Camille. Elle montre également une grande
vulnérabilité des femmes enceintes et leurs fœtus, à la co-infection T. gondii et VH B. Cette
étude suggère aux politiques de santé publique de prendre soin de la prévention primaire et
secondaire pour toutes les femmes enceintes et leurs fœtus. L’infection intra-utérine par T.
gondii est une cause importante de certains défauts de naissance dans le monde entier, et de
nombreux cas de toxoplasmose congénitale peuvent être évités. Pour cela, des mesures
spécifiques doivent être prises par les femmes et leurs prestataires de soins pour diminuer le
risque d'infection pendant la grossesse et prévenir des maladies graves chez les nouveau-nés.
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
113
I.2- Les résultats des travaux du deuxième Article
Prévalence des infections à Rotavirus, Adénovirus et Parasites Entériques chez les
enfants malades au Centre Médical Saint Camille au Burkina Faso.
OUERMI Djeneba, KAROU Damintoti, ILBOUDO Denise, NADEMBEGA Christelle,
PIETRA Virgilio, BELEM Adrien, SIMPORE Jacques, KABRE Gustave, SAWADOGO
Laya, Pak J Biol Sci. 2007 ;10 (23):4266-70.
La diarrhée reste la deuxième cause de mortalité chez les enfants de moins de cinq (5)
ans .Chaque année près de 2,5 milliards de cas de diarrhée surviennent parmi les enfants de
moins de 5 ans dans le monde causant 1,5 millions de morts (UNICEF/WHO, 2009).Au
Burkina Faso, l’incidence de la diarrhée est de 6 à 8 épisodes par enfant et par an chez les
moins de 5 ans (SANOU et al.,1999) et 23 400 enfants en meurent chaque année
(UNICEF/WHO, 2009). Dans les pays en développement les diarrhées aigues et chroniques
causent plus de morts parmi les enfants infectés par le VIH.
Cette présente étude a pour objectifs d’estimer : i) les fréquences des parasites
entériques au Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou, ii) les prévalences des
entérovirus provoquant la diarrhée comme les Rotavirus.
Cette deuxième étude menée au Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou,
portant sur la prévalence de Rotavirus, Adénovirus et les parasites entériques
chez les
enfants, a permis de colliger 66 enfants (59 VIH-séronégatifs et 7 VIH-séropositifs) dont l’âge
est compris entre 2 et 60 mois (16,38±13,00 mois). L’analyse des selles de ces enfants nous a
donné les résultats suivants :
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
114
Le tableau X présente la distribution et les caractéristiques de la population
d’étude en fonction des classes d'âges. Nous notons qu'entre les classes d’âges il existe
des différences statistiquement significatives au niveau du poids et de la taille des
enfants. Dans l’ensemble, p est inférieur à 0,001 (p<0,001). Cependant, nous constatons
qu’au niveau de la taille, il n’y a pas une différence significative entre les enfants de la
classe II et ceux de la classe III (p = 0,519).
Tableau X:
Moyenne de l’âge, du Poids et de la taille en fonction de l’effectif de
chaque classe d’âge.
Classe d’âge
Taille moyenne
Effectif
Age moyen (mois)
Poids moyen (Kg)
2-11 (I)
31
7,32±2,34
6,15±1,58
66,13±4,91
12-24 (II)
24
17,17±4,77
7,73±1,35
75,45±5,14
25-60 (III)
11
40,18±12,29
11,02±2,93
73,68±11,07
66
16,38±13,00
7,54±2,46
73,68±10,91
(mois)
Population totale
(cm)
Le Test-t nous donne:
Classe d’âge
Poids
Taille
I → II
P< 0,001
P< 0,001
I → III
P< 0,001
P= 0,004
II → III
P< 0,001
P= 0,519
L’examen parasitologique Kystes, Œufs, Parasites (K.O.P.) a mis en évidence 8
cas sur 66 (12,12%) d’infections par des Protozoaires (Giardia intestinalis et
Trichomonas intestinalis) contre 4 cas (6,06%) d’Helminthes (Strongyloïdes stercoralis
et Hymenolepis nana).
Les tests de Rotavirus et d’Adénovirus ont montré des infections suivantes :
15/66 (22,73%) de Rotavirus et 1/66 (1,52%) d’Adénovirus (Figure 45).
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
115
12.12%
RV
AdV
Protozoaires
Helminthes
22.73%
Figure 45: Proportion des agents pathogènes mis en évidences dans la diarrhée.
Les résultats de notre étude montrent que ce sont les enfants de très jeune âge
qui sont infectés par les Rotavirus (moyenne d’âge : 9,00±5,37) et la différence d’âge
entre les enfants négatifs et positifs pour Rotavirus est statistiquement significative
(P=0,011). Par contre pour le VIH, les Protozoaires et les Helminthes, les enfants
positifs sont plus âgés (âge compris entre 12 et 60 mois c'est-à-dire, les classes d’âge II
et III) (tableau XI)
Tableau XI:
Moyenne d’âge des enfants positifs et négatifs pour: Rotavirus, VIH,
Giardia intestinalis (G.i), Trichomonas intestinalis (T.i) et Hymenolepis
nana.(H.n)
RV
Moyenne
VIH
G. i.
T. i.
H. n.
Positif
9,00±5,37 33,29±19,74 22,40±8,20 35,33±21,73 24,67±10,2
Négatif
18,55±13,8 14,37±10,51 15,89±13,24 15,48±11,99 15,98±13,06
d’âge
(en mois)
Test-t. : p
P=0,011
P<0,001
P=0,285
(NS)
P=0,009
P=0,261
(NS)
Parmi ces enfants étudiés 41 sur 66 (62,12%) présentent un poids insuffisant pour leur
âge, et 34 enfants sur 66 (51,51%) ont un poids insuffisant pour leur taille (tableau XII).
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
116
Tableau XII:
Nombre d’enfant par valeur du Z-score taille/âge (HAZ),
poids/taille (WHZ) et poids/âge (WAZ)
HAZ
WHZ
WAZ
X<-3,00
11/66 (16,7%)
9/66 (13,6%)
21/66 (31,8%)
-2,99<X<-2,00
6/66 (9,1%)
25/66 (37,9)
20/66 (30,3%)
X>-2
49/66 (74,2%)
32/66 (48,5%)
25/66 (37,9%)
Dans toutes les classes d’âge que nous avons examinées, la valeur moyenne du Z-score
révèle une malnutrition au niveau du rapport poids/taille et Poids/âge. Pour le rapport
poids/âge, nous avons une différence statistiquement significative entre les classes I et II
(tableau XIII).
Tableau XIII: Valeur moyenne du Z-score par classe d’âge.
Classe d’âge (mois)
2-11 (I)
12-24 (II)
25-60 (III)
Effectifs
31
24
11
HAZ
-0,99±1,38
-1,49±1,43
-1,65±1,34
WHZ
-4,09±13,97
-2,38±0,94
-2,19±0,75
WAZ
-2,06±1,51
-2,84±1,14
-2,72±1,29
Le Test-t nous donne:
Classe
HAZ
WHZ
I→II
P=0,195(NS)
P= 0,553(NS) P=0,040
I→III
P=0,178(NS)
P=0,657 (NS) P=0,205(NS)
II→III
P= 0,756(NS) P=0,560(NS)
d’âge
WAZ
P=0,783(NS)
Les résultats de cette deuxième étude montrent que les Rotavirus sont à prendre
en compte dans les agents étiologiques de la diarrhée du nourrisson au Burkina Faso.
Cette diarrhée qu’elle soit virale, parasitaire ou bactérienne, augmente le risque de
mortalité chez l’enfant.
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
117
I.3­ Les résultats des travaux du troisième article Étiologie des gastro-entérites aigues chez les enfants au Centre Médical
saint Camille de Ouagadougou, au Burkina Faso
Jacques Simpore, Djeneba Ouermi, Denise Ilboudo, Abdoulaye Kabre, Boukaré Zeba,
Virginio Pietra, Salvatore Pignatelli , Jean Baptiste Nikiema, Gustave Boukaré Kabre,
Silvio Caligaris, Fabbio Schumacher, Francesco Castelli.
Pak J Biol Sci. 2009 Feb 1;12(3):258-63.
L'un des problèmes majeurs du Burkina Faso est la malnutrition surtout chez les
enfants de moins de 5 ans, provoquée d’une part, par un régime alimentaire insuffisant
et pauvre en substances protéino-énergétiques; et d’autre part, par des gastro-entérites
infantiles (GEI), qui se traduisent généralement par des épisodes de diarrhées
déshydratantes. Les objectifs de cette étude étaient d’identifier les agents pathogènes
responsables de GEI, et d’évaluer leurs prévalences. Cette étude qui a été réalisée au
Centre Médical Saint Camille, nous a permis d’aboutir aux résultats suivants :
La distribution et les caractéristiques de la population d’étude en fonction des
classes d'âges présentés dans le tableau XIV, nous montre qu'entre les tranches d’âges il
existe des différences statistiquement significatives au niveau du poids et de la taille des
enfants (p<0,001).
L’examen parasitologique Kystes, Œufs, Parasites (K.O.P.) a mis en évidence 74
(13,89%) infections par des Protozoaires (Giardia intestinalis , Entamoeba histolytica
et Trichomonas intestinalis) contre 29 (4,50%) d’Helminthes (Strongyloïdes stercoralis
et Hymenolepis nana ).
Les tests de RV et d’AdE ont donné les prévalences
suivantes : 137/648
(21,14%) de RV et 12/648 (1,85%) d’AdE (Tableau XV). Au niveau de ce tableau, les
fréquences des parasites intestinaux Giardia intestinalis, Entamoeba histoliytica,
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
118
croissent avec l’âge tandis que celles des RV décroissent avec l’âge. Cette évolution de
la prévalence indique que ce sont les enfants âgés de 10 à 20 mois qui sont les plus
infectés par les RV tandis que les infections avec les protozoaires s’effectuent bien au
delà des 10 mois de naissance. Pour ce qui est des bactéries isolées qui provoquent les
GEA, les E. coli EPEC ont la plus haute fréquence (27/72 : 37,5%).
Lorsqu’on associe la sérologie du VIH-1 avec les différentes coinfections. Nous
notons une forte prévalence des RV chez les enfants VIH séropositifs (38,2%) que chez
ceux VIH séronégatifs (20,2%) avec une différence statistiquement significative
(Tableau XVI). Le même constat se fait au niveau de la prévalence des bactéries isolées.
Tableau XIV: Moyenne de l’âge, du Poids et de la taille en fonction de l’effectif de
chaque classe d’âge.
Moyennes
N°
Classe d’âge
Effectif
Ages (mois)
Poids (kg)
Taille (cm)
1
2<X<10
292 (45,03%)
7,01±2,28
5,98±1,67
65,58±5,00
2
11<X<20
247 (38,09%)
15,11±2,23
7,57±1,20
72,60±3,59
3
21<X<30
82 (12,65%)
23,07±1,96
8,91±1,68
79,28±5,30
4
X>30
27 (4,17%)
36,11±3,17
11,37±0,67
92,63±2,22
648 (100,00%)
13,34±7,62
7,18±2,00
71,11±7,89
Total
t-test values : P< 0,001
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
119
Tableau XV: Fréquence des agents pathogènes mis en évidence dans les selles et prévalence du VIH selon l’âge
Prévalence des différents pathogènes en (%)
N°
Classe d’âge
Effectif
RV
AdE
VIH
G. i
E. h
EPEC
Salmonela sp
Shigella sp
Yersinia
1
2<X<10
292
24,7
0,0
5,1
0,0
0,0
1,0
0,0
0,0
0,0
2
11<X<20
247
21,4
1,6
5,3
12,6
1,2
4,1
5,5
2,4
1,2
3
21<X<30
82
13,4
8,5
6,1
15,8
2,4
10,3
6,1
4,9
8,5
4
X>30
27
3,7
3,7
3,7
18,5
7,4
22,2
11,1
7,4
3,7
648
21,1
1,8
5,2
7,6
1,1
41,67
3,4
1,9
1,7
Rotavirus
1Æ2 : P = 0,380 (NS);
1Æ3 : P = 0,030;
1Æ4 : P = 0,013 ;
2 Æ3 : P = 0,111 (NS) ;
2Æ4 : P = 0,028 ;
3Æ4 : P = 0,297 (NS)
NS = non significatif
120
Tableau XVI: Sérologie du VIH-1 corrélée aux différentes co-infections et paramètres anthropométriques
Prévalence des différents germes pathogènes (%)
Effectif
VIH+
VIH-
Total
Moyennes des paramètres anthropométriques
Shigella
sp
8/34
EPEC
Yersinia
Age
taille
poids
1/34
Salmonella
sp
15/34
11/34
4/34
11,18
69,10
8,8%
2,9%
44,1%
23,5%
32,4%
11,8%
±7,11
11/614
46/614
24/614
7/614
4/614
16/614
7/614
20,2%
1,8%
7,5%
3,9%
1,1%
0,7%
2,6%
137/648
12/648
49/648
25/648
22/648
12/648
21,1%
1,9%
7,6%
3,8%
3,4%
Yates’s X2
Yates’s X2
Test
Test
RV
AdE
G. i
E. h
13/34
1/34
3/34
38,2%
2,9%
124/614
WHZ
WAZ
6,29
-2,85
-3,63
±6,20
±1,17
±0,99
±1,01
13,46
71,22
7,21
-2,18
-3,16
1,1%
±7,63
±7,96
±2,02
±1,97
±1,21
27/648
11/648
13,34
71,11
7,16
-2,21
-3,19
1,9%
41,67%
1,7%
±7,62
±7,89
±1,99
±1,96
±1,26
P = 0,09
P = 0,01
P = 0,13
P = 0,05
-
P<0,001
-
34
614
648
X2 Test
P =0,012
-
Yates’s X2
Test
P = 0,96
P = 0,86
(NS)
(NS)
P = 0,03
(NS)
(NS)
P<0,001
NS = Non significatif
121
A cause des fortes diarrhées déshydratantes provoquées par les GEA, parmi les enfants
étudiés, 405 sur 648 (62,50%) présentent un poids insuffisant pour leur âge, et 335 enfants sur
648 (51,70%) ont un poids insuffisant pour leur taille (Tableau XVII).
Tableau XVII:
Nombre d’enfants par valeur du Z-score taille/âge (HAZ), poids/taille
(WHZ) et poids/âge (WAZ) corrélé avec leur statut nutritionnel.
HAZ
WHZ
WAZ
X<-3,00
107/648 (16,5%)
89/648 (13,7%)
207/648 (31,9%)
-2,99<X<-2,00
60/648 (9,3%)
246/648 (38,0)
198/648 (30,6%)
X>-2
481/648 (74,2%)
313/648 (48,3%)
243/648 (37,5%)
Il ressort de cette troisième étude : i) que les GEA d’origine virale, parasitaire ou
bactérienne, occupent une place importante dans les pathologies de l’enfant de moins de 60
mois ; ii) que de nombreux enfants, indépendamment de leur sérologie de VIH font la
diarrhée et sont déshydratés et malnutris. Le contrôle des GEA nécessiterait un suivit clinique
régulier des enfants, une éducation sanitaire adéquate de la population sur l’hygiène
alimentaire, et la promotion de l’allaitement maternelle jusqu’à quatre (04) mois dans le cas
où la mère n’est pas infectée par le VIH. Ces types de prévention et de formation pourraient
contribuer à réduire significativement les prévalences des GEA qui provoquent de
nombreuses mortalités infantiles dans les pays en voie de développement et en particulier au
Burkina Faso.
Résultats du test moléculaire de confirmation RT-PCR des Rotavirus
Des 15 échantillons positifs aux Rotavirus obtenus après les deux études qui ont mis
en évidence ces virus et préalablement conservés à moins 20°C, nous avons extrait l’ARN
viral et nous avons effectué un RT-PCR.
Après extraction, transcription inverse, amplification par PCR de l’ADNc viral et
après électrophorèse sur gel d’agarose à 2%, avec un courant de 100 volts pendant 90
minutes, nous avons observé ces bandes (figure 46). Le Contrôle positif : 876 bp
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
122
Figure 46: Course d’électrophorèse sur gel d’agarose des amplicons de Rotavirus
Le Contrôle positif et le contrôle négatif de la RT-PCR ont bien donné. Cependant,
nous n’avons pas trouvé les bandes correspondantes aux différents échantillons. Les
hypothèses avancées seraient qu’il existerait une mutation des Rotavirus au niveau du Burkina
Faso faisant que les amorces (primers) que nous avons utilisés dans la réaction ne puissent pas
reconnaître leurs séquences complémentaires ou alors l’ARN virale a été dégradé avant
l’extraction. Nous pensons modifier les conditions de la PCR en rabaissant la température
d’appariement (annealing) qui est actuellement de 50°C à 48°C. Nous espérons, ainsi
amplifier cette séquence. Dans le cas où il existerait des mutations, nous pourrons découvrir
par la suite des souches nouvelles de Rotavirus au Burkina Faso.
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
123
I.4- Les résultats des travaux du quatrième article
Génotypage des souches de papillomavirus humain (HPV) chez les femmes VIH
séropositives au Centre Médical saint Camille.
Les manifestations cliniques du HPV qui varient selon le génotype viral, causent des
lésions cutanées, muqueuses bénignes (verrues vulgaires, verrues plantaires, verrues planes,
condylomes ano-génitaux, verrues génitales, épidermodysplasie verruciforme et papillomes
laryngiens), des néoplasies cervicales intra-épithéliales et des cancers du col de l'utérus
(HEARD et al., 2005). Sur 500.000 nouveaux cas de cancers du col de l’utérus diagnostiqués
chaque année, 80% sont des femmes qui se trouvent dans les pays en développement (CUTTS
et al., 2007). Cette étude est très importante, car, en termes de prévalence, le cancer du col de
l’utérus, induit par les HPV, représente le deuxième cancer, après celui du sein, chez la
femme ; et en terme de mortalité, il est la deuxième cause de décès dus aux cancers chez la
femme dans le monde (PYEON et al, 2009). Aussi au Burkina Faso, très peu d’études ont été
faits sur la prévalence de HPV que ça soit chez les femmes séropositives ou chez celles
séronégatives.
La présente étude qui visait l’identification des HPV, l’estimations de leurs
prévalences chez les femmes VIH séropositives, et le génotypage des différentes souches de
HPV, nous a permis d’aboutir aux résultats suivants :
Après extraction, PCR, migration et hybridation, nous obtenons les résultats
photographiés et présentés par figure 47.
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
124
Figure 47: Photographie des Dot blot
Les fréquences des différentes souches de papillomavirus humain susceptibles de
conférer une prédisposition au cancer du col de l’utérus que nous avons trouvé dans nos
échantillons (en suivant l’interprétation du fournisseur) sont présentées dans le tableau XIX.
Nous notons une haute prévalence des souches HPV 18 (22,47%); 30’S (15,73%) ; 50’S
(14,61%) et la coinfection de la souche 18 avec la souche 30’s (12,36%).
Tableau XIX: Différents génotypes de HPV prédisposant au cancer du col de l’utérus.
Génotypes HPV
18
30’S
50’S
18 + 30’S
16 + 18
45
16
16 + 18 + 50’S
16 + 30’S + 50’S
18 + 30’S + 50’S
18 + 30’S + 6
30’S + 50’S
LR (Low risque)
HR (High risque)
Total
Nombre
20
14
13
11
2
4
3
1
1
3
1
4
4
8
89
Pourcentage
22,47
15,73
14,61
12,36
2,25
4,50
3,37
1,12
1,12
3,37
1,12
4,50
4,49
8,99
100
Le tableau XIX nous présente les génotypes à haut risque de HPV en fonction de la
moyenne d’âge, de CD4, CD3, CD8 et de la médiane de la CV. Nous observons que le taux
de CD4 n’est pas corrélé à l’infection par le HPV en témoignent les valeurs de p. Par contre si
125
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
on compare les moyennes de la charge virale des différents génotypes avec les HPV négatifs,
la différence est statiquement significative (P< 0,001). L’étude réalisée parmi les hommes
infectes par le VIH par COSTA et ses collaborateurs à Sao Paulo au Brésil en 2009, a
également révélée des résultats similaires aux notre sauf qu’au niveau de la CV ils ont
remarques que le taux des HPV positifs était plus élevé que celui des HPV négatifs (COSTA
et al., 2009) .Cependant ces femmes étant sous ARV, nous ne pouvons pas tirer de conclusion
car il n’y a pas eu observance de ces TARV.
Tableau XVIII: Moyenne d’âge, de CD4, CD3, CD8 et médiane de CV en fonction des types
de HPV
CV
Génotypes
N
Age (an)
CD4/µl
CD3/µl
CD8/µl
(copies/ml)
HPV
Med: 5959
18
20
33,3±6,2
462,2±180,2
1637,1±616,4
1111,5±451,6
Min: 00
Max: 119379
Med: 40
30’S
14 33,93±4,65 427,27±144,92 1613,77±406,06 1057±319,36
Min: 00
Max: 154560
Med: 40
50’S
13 32,73±5,87 365,95±175,20 1244,94±394,23
887,75
Min: 00
Max: 166568
Med: 70980
18+30’S 11
32,8±7,9
452,31±205,26
1764,5±783,9
1151,1±475,87
Min: 54635
Max: 87326
Med: 47047
30’S+50’S 4
28,0±8,7
341,75±166,34 1374,33±74,80
907±103,87
Min: 47047
Max: 47047
Med: 00
45
4
39±11,6
350,50±96,49 1200,33±362,84 823,33±280,26
Min: 00
Max: 00
Med: 40
16
3 33,30±5,71 343,43±189,23 997,57±453,91 579,14±250,20
Min: 40
Max: 40
Med: 40
16+18
2 36,50±2,12 330,67±96,65 1165,67±296,82
758±173,22
Min: 40
Max: 40
Med: 96,72
HPV80
34,3±5,9
407,66±211,80
14,74±575,12
982,54±421,00
Min: 00
Max: 175866
CD4 (HPV-) → CD4 (HPV 18)
P= 0,29 (NS)
CD4 (HPV-) → CD4 (HPV 30’S)
P= 0,74 (NS)
CD4 (HPV-) → CD4 (HPV 18+ 30’S)
P= 0,51 (NS)
CD4 (HPV-) → CD4 (HPV 50’S)
P= 0,50 (NS)
CV (HPV-) → CV (HPV 18)
P< 0,001
CV (HPV-) → CV (HPV 30’S)
P< 0,001
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
126
Le Tableau XX présente les statuts matrimoniaux des femmes VIH séropositives en
fonction de leurs co-infections avec le HPV. Nous notons une haute prévalence de HPV chez
les femmes VIH séropositives mariées (27,22%) et chez les veuves (11,83%). Ce pendant, il
n’existe pas une différence statistiquement significative entre ces deux classes (p = 0,106).
Par contre, il existe une différence statistiquement significative pour l’infection avec le HPV
entre la classe des femmes mariées (27,22%) et celles des femmes célibataires (7,69%) car p
est égal à 0,037.
Tableau XIX: Statut matrimonial en fonction des résultats des tests de HPV
Statut
Total
HPV-
HPV+
% HPV+
matrimoniale
Classes
1
Mariée
96
50
46
27,22(46/169)
2
Divorcée
16
6
10
5,92(10/169)
3
Veuve
31
11
20
11,83(20/169)
3
Célibataire
26
13
13
7,69(13/169)
169
80
89
52,66
Total
X2 :1 Æ2 : p = 0,137 (NS) ; 1Æ3 : p = 0,106 (NS) ; 1Æ4 : p = 0,037 ;
2 Æ 3 : p = 0,840 (NS) ; 2 Æ 4 : p = 0,659 (NS) ; 3Æ 4 : p = 0,837 (NS)
Quant au tableau XXI, il nous révèle que les ménagères sont plus infectées par le HPV
(33,75%) par rapport aux autres types de professions.
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
127
Tableau XX: Profession en fonction des résultats des tests de HPV
Professions
Total
HPV-
HPV+
% HPV+
1
Ménagère
117
53
64
37,87(64/169)
2
Fonctionnaire
21
8
13
7,69(13/169)
3
Commerçante
6
2
4
2,37(4/169)
4
Secteur informel
13
9
4
2,37(4/169)
5
Étudiante
4
2
2
1,18(2/169)
6
autres
8
6
2
1,18(2/169)
169
74
89
52,66
classes
Total
1 Æ2 : p = 0,012 ; 1Æ3 Yate’s : p = 0,151 (NS) ; 1Æ4 Yate’s : p = 0.016 ;
1Æ 5 Yate’s : p = 0,313 (NS)
Le tableau XXII nous présente les co-infections du HPV en fonction des classes
d’âges. Nous remarquons que les femmes de plus de 30 ans ont une fréquence de HPV très
élevée (33,73%) par rapport à celles qui ont moins de 30 ans (18,93) d’autant plus que p est
significatif (p = 0,041). Selon la littérature scientifique, les femmes qui ont plus de 30 ans et
qui sont positives au test de HPV, sont potentiellement prédisposées à développer un cancer
de col de l’utérus.
Tableau XXI: Fréquences des HPV en fonction des classes d’âges
Classe d’âge
Total
HPV-
HPV+
% HPV+
Valeur de p
13 à 30
55
23
32
18,93(32/169)
0,041
31 à 51
114
57
57
33,73(57/169)
Total
169
80
89
52,66
(en année)
Cette étude sur le papillomavirus humain nous a permis de connaître la prévalence du
HPV au sein des femmes VIH séropositives de notre centre de recherche (52,66%). Cette
fréquence de HPV de notre étude est moins élevée par rapport à d’autres études faites hors du
Burkina Faso parmi les femmes VIH séropositives : au Brésil, à San Paolo (GONÇALVES
et al., 2008) 78,3% ; au Rwanda (SINGH et al., 2009) 69,00% et en Afrique du Sud à
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
128
Johannesburg (FIRNHABER et al., 2009) 95,00%. Nos résultats indiquent que ces 89/170
femmes sont prédisposées à développer un cancer du col de l’utérus. Parmi les HPV positives
95,51% sont à haut risque pour développer le cancer du col de l’utérus.
Ce travail de recherche préliminaire, qui nous montre des résultats qui ont des impacts
de santé publique, pourrait être un tremplin pour une campagne de dépistage et de
surveillance épidémiologique des différents types de souches HPV circulants au Burkina
Faso. L’évidence de la haute prévalence de l’infection à papillomavirus dans notre pays, nous
amène à proposer l’introduire des vaccins spécifiques contre les souches HPV circulantes
pour vacciner les adolescentes.
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
129
II- Discussion générale
Au cours de notre étude pour la thèse, nous avons effectué au Centre Médical saint
Camille et au Centre de recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni CERBA/LABIOGENE:
9 des tests de VIH à 3127 femmes enceintes,
9 des analyses de toxoplasmose et de l’hépatite B à 276 femmes et à leurs enfants,
9 des examens de selles pour la recherche des parasites intestinaux et pour
l’identification des Rotavirus à 648 enfants,
9 et des tests de papillomavirus (HPV) à 169 femmes VIH séropositives.
Ces différentes analyses parasitologiques et virologiques nous ont permis d’évaluer les
prévalences du VIH au sein d’une population cible comme les femmes enceintes et les enfants
de moins de 5 ans et d’y estimer les différentes coinfections avec Toxoplasma gondii,
Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, le virus de hépatite B, les Rotavirus et les
papillomavirus. Les résultats de ces analyses nous permettent d’affirmer que les femmes VIH
séropositives sont de véritables « réservoirs » de parasites et de virus pathogènes.
II. 1- Prévalence du VIH au Burkina Faso
Le taux de prévalence du VIH chez les femmes enceintes que nous avons trouvé dans
notre recherche au CMSC et au CERBA/LABIOGENE est très élevé (7,3%) car le CMSC est
un centre de référence en matière de VIH/SIDA ; que ce soit pour la prise en charge des
personnes vivant avec le VIH/SIDA (PVVIH) ou la prévention de la transmission mère-enfant
du VIH (PTME). Certaines personnes (surtout les femmes) bien que connaissant leur statut
sérologique VIH viennent se faire dépister à nouveau au CMSC pour bénéficier de cette prise
en charge gratuite et efficace de la PTME qui donne moins de 2% de transmission verticale du
VIH. Ce qui expliquerait le fait que notre taux de prévalence soit bien supérieur à celui du
plan national qui est inférieur à 2% (Figure 48).
Pour réduire encore plus ce taux de prévalence, le gouvernement du Burkina Faso
devrait mettre l’accent sur : i) la prévention des transmissions sexuelles, parentérales et
verticales du VIH ; ii) l’extension des TARV à tous les patients infectés par le VIH ; iii) la
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
130
promotion de nouveaux médicaments au Burkina Faso afin de parer aux risques de résistances
aux antirétroviraux et enfin iv) l’identification et la prise en charge des différentes
coinfections virales et parasitaires qui induisent la co-morbidité chez ces personnes infectées
et affectées par le VIH/SIDA.
6
2,1
2,5
5
2,5
2,2
4
2
1,9
3
2
1,7
1,7
2
1,6
1,3
1
1
1
0,7
0,3
0
2003
2004
2005
2006
2007
Zone urbaine
2,1
2,5
2,2
2
2,5
Totale
1,9
1,7
1,7
1,3
2
Zone rurale
1,6
0,7
1
0,3
1
Figure 48: Évolution de la prévalence du VIH
Source : Présidence du Faso, Conseil National de lutte contre le SIDA et les IST, 2009. Revue
à mi-parcours du cadre stratégique de lutte contre le SIDA et les IST 2006-2010.
II. 2- Coinfections virales avec le VIH
II.2.1 – Coinfection du VIH avec le VHB
Il existe dans le monde plus de 30 millions de personnes vivant avec le VIH/SIDA
(dont les deux tiers vivent en Afrique subsaharienne) (UNAIDS, 2008) et 350 millions de
porteurs chroniques du virus de l’hépatite B (VHB) (BOUTAYEB et al., 2006). En Afrique
sub-saharienne, la prévalence de l’infection à VIH chez l’adulte varie entre 7 et 15 %, celle de
l’infection virale B varie entre 8 et 15% (ATTIA K. A., 2007).
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
131
Dans notre étude, le test de l’hépatite B a donné une prévalence de 9,4% (26/276) chez
les femmes enceintes qui fréquentent le Centre Médical Saint Camille. Des résultats similaires
ont été trouvés par JAIN et al., (2009) en Inde (9,9%) et par ILBOUDO et al., (2007) au
Burkina Faso (10,4%). Des taux de prévalences plus élevés ont été signalés par
LUKHWARENI et al., (2009) en Afrique du Sud (40,6%) ; par BALAN et al., (1998) en
Roumanie (36,7%) et par NAGU et al., (2008) en Tanzanie (17,3%). Cependant, DIALLO et
al., (2004) au Sénégal et LOPEZ et al., (2004) au Mexique ont présenté respectivement des
taux de prévalences de 3,18% et 1,22% pour le VHB, nettement inférieures aux nôtres. Ces
différents taux de prévalence élevés, montrent que l'infection par le virus de l'hépatite B
constitue un véritable problème de santé publique pour les pays de l’Afrique sub-saharienne.
Grâce aux TARV, l’espérance de vie des personnes vivant avec le VIH s’est
considérablement améliorée (NADEMBEGA et al., 2006 ; SIMPORE et al., 2007).
Cependant, les coinfections avec le VHB, augmentent la morbidité et la mortalité chez ces
personnes. Nous notons que dans notre étude que l’infection par le VHB est plus fréquente
chez les sujets VIH positifs que chez les sujets VIH négatifs (13,0% versus 5,8%). Dans le
contexte du Burkina Faso, le pronostic de cette coinfection est plus sévère pour plusieurs
motifs :
9 Le diagnostic de l’infection par le VHB chez les personnes VIH séropositives est
souvent tardif (recherche d’une coinfection non systématique), à un stade avancé de
l’infection VIH, lors de la mise en route des médicaments ARV ;
9 La lamivudine (3TC), le plus ancien inhibiteur nucléosidique de la polymérase du
VHB est également efficace pour l’inhibition de la transcriptase inverse du VIH.
Malheureusement, aujourd’hui, on note de nombreuses résistances chez certains
patients traités la 3TC;
9 Les difficultés de la prise en charge de cette coinfection sont liées également aux
limites de la subvention des ARV qui ne prend en compte qu’un seul médicament actif
sur le VHB (la 3TC) dans le cadre de la trithérapie antirétrovirale. L’amélioration de la
qualité de la prise en charge et du pronostic de cette coinfection passe par la résolution
de ces différentes difficultés.
9 Le VIH affaiblit le système immunitaire, l’organisme des personnes PVVIH exposés
au VHB, est moins susceptible de lutter contre ce virus contrairement à celui des
personnes non infectées par le VIH. Le VHB a un tropisme hépatique et l’infection
chronique détruit graduellement cet organe. Les personnes coinfectées par le VHB
132
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
courent alors un risque accru de présenter des lésions hépatiques et un cancer du foie.
Le risque de mortalité liée aux complications hépatiques est donc particulièrement
élevé chez les personnes coinfectées par ces deux virus.
Le nombre d’agents anti-VHB disponibles est limité, donc le traitement consiste
généralement en une monothérapie à la 3TC. Cependant, les bienfaits de la 3TC contre le
VHB risquent de ne pas durer longtemps à cause des résistances que nous avons mentionnées
plus haut. De plus, au fur et à mesure que d’autres médicaments sont découverts, les
chercheurs doivent valider l’efficacité de ses molécules par des essais cliniques chez les
personnes VIH séropositives coinfectées par le VHB.
Pour le moment, l’utilisation de la 3TC dans la trithérapie des femmes enceintes coinfectées par le VIH et le VHB est à recommander. La solution idéale, pour éviter la
transmission sexuelle, parentérale et verticale du VHB serait la vaccination contre l’hépatite B
chez toutes les femmes en âges de procréer.
II.2.2 – Coinfection du VIH avec les rotavirus
Au cours de nos recherches sur les gastro-entérites aiguës (GEA) en pédiatrie, nous
avons noté qu’en raison des diarrhées sévères déshydratantes provoquées par les Rotarivus,
Giardia intestinalis et Entamoeba histolytica, 62,50% (405/648) des enfants présentaient un
poids insuffisant pour leur âge et 51,70% (335/648) avaient un poids insuffisant pour leur
taille. Chaque année dans le monde, 111 millions d'enfants de moins de 5 ans sont infectés par
le Rotavirus, et 440 000 en meurent (PARASHAR et al., 2003). Ainsi, depuis 2001, l’OMS a
mis en place un réseau de surveillance des Rotavirus (réseaux régionaux de sentinelles en
milieu hospitalier dans 35 pays des six régions de l'OMS), qui a montré que près de 40% des
hospitalisations pour diarrhée de l’enfant de moins de 5 ans dans le monde sont dues à des
Rotavirus (souches G1, G2, G3, G4 et G9 le plus souvent, avec une répartition des souches
variant selon les régions).
Après une période d'incubation allant de quelques heures à quelques jours (en général
24 à 72 heures), des selles fréquentes et liquides apparaissent soudainement. Le virus pouvant
atteindre le foie, ces selles peuvent être claires et accompagnées d'urines foncées. La fièvre,
généralement peu élevée, s'accompagne parfois de vomissements, surtout chez les
133
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
nourrissons. La guérison complète survient après 4 à 7 jours. Cependant, une diarrhée sévère
sans réhydratation adaptée (en eau et électrolytes) peut entraîner le décès. L'association à
d'autres pathogènes comme le VIH peut jouer un rôle dans la sévérité de la maladie.
Par cette recherche nous avons trouvé que 21,1% (137/648) de notre échantillon était
infecté par les Rotavirus. Notre taux de prévalence est supérieur à celui obtenu respectivement
par SANOU et al., (1999) à Ouagadougou (14 .4%) ; par OLESEN et al., (2005) au
Danemark (13,2%) et par CARDOSO et al., (2003) à Goiânia (Brésil) (14,4%). Toutefois, des
taux similaires ont été obtenus par MALAN au Burkina Faso (1993) (21,5%) et par FODHA
et al., (2006) en Tunisie (20,0% ). Cependant, le taux de prévalence que nous avons trouvé au
Burkina est inférieur à ceux de KIM et al., (1990) en Corée (68%), de GIORDANO et al.,
(2001) à Cordoba en Argentine (35,3%) et d’ARMAH et al., (2003) au Ghana (40,5%). Ces
données montrent que les Rotavirus ont des taux de fréquences qui varient d'un pays à l'autre
et à l'intérieur du même pays, mais ils restent l'agent étiologique principal de GEA virale
partout dans le monde (GERBA et al., 1996).
Nous notons dans notre étude que les enfants coinfectés par les Rotavirus et le VIH
(38,2%) sont plus susceptibles de souffrir de déshydratation grave comparativement à ceux
qui ne sont pas coinfectés (20,2%), en raison de la diarrhée abondante, des vomissements et
de la fièvre causés par les Rotavirus et aussi de la diarrhée du à la malabsorption intestinale
que provoque le VIH lui même surtout au stade SIDA (ISAAC et al., 2008 ; LISTE et al.,
2000). Ainsi, lorsqu'un nourrisson est atteint d'une gastro-entérite grave à Rotavirus, le
nombre d'épisodes de vomissements et de diarrhée peut rendre très difficile le maintien d'un
degré suffisant d'hydratation de l'organisme. Plus importante est encore la diarrhée lorsque le
VIH est associé aux Rotavirus. Dans ces cas, le VIH et les Rotavirus peuvent induire
synergiquement une forte diarrhée déshydratante. Ainsi, les personnes VIH séropositives qui
sont coinfectées par les Rotavirus font plus de diarrhée, sont malnutris et sont sujets à la
mortalité.
Dans notre étude, la fréquence de l'infection à Rotavirus diminue considérablement en
fonction des classes d'âge : 2 à 10 mois → 21 à 30 mois (p = 0,030); 2 à 10 mois → 31 à 41
mois (p = 0,013) et 11 à 20 mois → 31 à 41 mois (p = 0,028). En fait, selon CARDOSO et al.,
(2003), le taux de détection des Rotavirus est élevé pour les enfants de moins de 12 mois par
rapport aux enfants âgés de 24 mois et diminue fortement après 24 mois. Egalement, la
134
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
première infection à Rotavirus suscite chez l’enfant une réponse immunitaire spécifique du
sérotype. Cette réponse s’amplifie à l’occasion de contacts répétés, et l’immunité acquise au
cours de ces premières infections protège l’enfant contre une maladie grave lors des
expositions ultérieures à des Rotavirus de sérotypes différents (OMS, 1999). Ceci expliquerait
donc cette baisse de fréquence des Rotavirus chez les enfants de plus de 24 mois obtenue dans
nos résultats
Pour résoudre la problématique de l’infection à Rotavirus, plusieurs types de vaccins
anti-rotavirus ont été élaborés : Un premier vaccin a été développé en 1983 mais s'est révélé
assez peu efficace en pratique courante dans les pays du tiers monde. Un second vaccin oral
anti-rotavirus, le Rotashield, a été breveté en 1991 et homologué en 1998 et a permis
l’administration d’environ 1,5 million de doses avant l’interruption de sa commercialisation
suite à une recommandation du CDC à Atlanta : quelques cas d’occlusions intestinales fatales
par invagination intestinale avaient été associés à la vaccination anti-rotavirus. Depuis 2004,
deux nouveaux vaccins (à virus vivants) qui ne montrent plus de risque d'occlusions
intestinales fatales, lorsqu'ils sont utilisés chez le nourrisson, sont commercialisés : le
Rotarix® du laboratoire GlaxoSmithKline et le Rotateq® de Merck.
Il serait souhaitable qu’en Afrique Sub-saharienne, tous les enfants de 0 à 5 ans,
surtout ceux qui sont infectés par le VIH soient vaccinés contre l’infection à Rotavirus.
II.2.3 – Coinfection du VIH avec le papillomavirus humain
Les papillomavirus humains (HPV) sont un groupe de petits virus à ADN qui infectent
spécifiquement les épithelia de la peau ou des muqueuses. Ils induisent généralement des
lésions hyperprolifératives bénignes telles que verrues, papillomes ou condylomes. Cependant
certaines souches comme les HPV 16 ; 18 ; 30’S et 50’S prédisposent aux cancers du col de
l’utérus (TORRES-POVEDA et al., 2008; SMITS et al.,2005; BELL et al., 2007;
GONÇALVES et al., 2008). Spécifions que le cancer du col de l’utérus se situe au deuxième
rang des cancers de la femme dans le monde, et est le premier en terme de mortalité dans les
pays en voie de développement (ANORLU, 2008).
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
135
Dans notre recherche sur les génotypes de HPV circulants au Burkina Faso, en
l’occurrence à Ouagadougou, nous avons put isoler principalement les souches suivantes :
HPV 18 (22,47%); HPV 30’s (15,73%) ; HPV 50’s (14,61%) et des coinfections des souches
HPV 18 avec celle de HPV 30’s (12,36%) (Figure 49).
22,47
23,58
2,25
4,5
15,73
4,5
12,36
HPV18
HPV 30'S + 50'S
HPV 30'S
HPV 16+18+30'S
14,61
HPV 5'S
HPV 16+18
HPV 18+50'S
Autres HPV
Figure 49 : Fréquence en pourcentage des différentes souches de HPV isolées et leurs
coinfections.
Les papillomavirus humains (HPV) infectent strictement l’homme ou la femme
(FERNANDEZ et al., 2009). Ils sont transmis par contact direct à travers des microlésions de
la peau ou des muqueuses, ou au cours de rapports sexuels. La transmission de la mère à
l’enfant, au moment de l’accouchement, peut être à l’origine d’une papillomatose laryngée
chez l’enfant, si la mère est porteuse de condylomes anaux ou génitaux (ROMBALDI, et al.,
2008). L’infection génitale à papillomavirus humain est l’une des maladies sexuellement
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
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transmises les plus fréquentes chez l’homme et chez la femme, et au moins la moitié de toutes
les personnes sexuellement actives vont acquérir le HPV à un moment donné de leur vie,
tandis que 80% au moins des femmes fera l'infection à l'âge de 50 ans (AULT K.A., 2006). La
transmission du HPV peut empreinter les mêmes voies que celles du VIH et par conséquent,
dans un contexte de pandémie de SIDA, nous pouvons observer une haute prévalence de cotransmission de ces deux virus. En plus, la prévalence de l’infection à papillomavirus est
augmentée dans la population infectée par le VIH, et ceci est corrélé à l’immunodépression.
Le HPV pourrait également favoriser la transmission mère-enfant du VIH.
Ainsi, la co-infection par le VIH est un facteur favorisant les proliférations cutanées ou
muqueuses associées aux papillomavirus. Une conséquence majeure de l’immunodépression
liée au VIH est l’augmentation des cancers anogénitaux (CHATURVEDI et al., 2009) qui
peut être prévenue par une surveillance régulière, associée au dépistage des papillomavirus
oncogènes en cas de dysplasie. L’amélioration des thérapeutiques ARV, si elle diminue la
fréquence de ces lésions, ne doit pas faire oublier leur risque de toxicité et les résistances
qu’elles induisent.
Au regard de ces considérations et de toutes ces souches que nous avons isolées qui
prédisposent au cancer, il est évident que le HPV constitue un problème de santé publique
dans notre pays. Et par conséquent, le ministère de la santé devrait prendre des mesures de
dépistage systématique des papillomavirus chez toutes les femmes en âge de procréer et
surtout chez les femmes VIH-séropositives, et diffuser en même temps le vaccin contre les
souches du HPV susceptibles de causer le cancer du col de l’utérus.
II. 3 - Coinfections parasitaires et bactériennes avec le VIH
II.3.1 – Coinfection du VIH avec Toxoplasma gondii
Nous résultats révèlent que 27,2% (75/276) des femmes enceintes de notre étude sont
positives pour les anticorps anti IgG de T. gondii. Ce taux de prévalence est similaire aux
données de séroprévalence d’autres études au Burkina Faso et dans certains pays africains: en
Ouganda 27,0% (ZUMLA et al., 1991); à Ouagadougou, au Burkina Faso 25,3% (SIMPORE
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et al., 2006); à Bobo-Dioulasso, au Burkina Faso 24,5% et au Mali parmi les donneurs de
sang 21,0% (MAIGA et al., 2001).
La toxoplasmose est une maladie parasitaire due à un protozoaire intracellulaire
ubiquiste, Toxoplasma gondii qui cause des lésions localisées surtout au niveau du système
nerveux central. D’autres organes comme les yeux, les poumons, le coeur, le foie et la peau
peuvent également être touchés. Dans le cadre de l’infection à VIH/SIDA, la toxoplasmose est
une infection opportuniste qui peut revêtir des formes graves comme une encéphalite abcédée,
une pneumopathie hypoxémiante, ou une infection disséminée pouvant avoir une évolution
fatale.
Notre étude à montré que la prévalence de T. gondii est élevé chez les personnes VIHséropositives (31,9%) que chez les personnes non infectées par le VIH (22,5%) et il peut y
avoir donc un risque de tératogenèse au cours de la grossesse et aussi de transmission mèreenfant du VIH chez ces femmes enceintes. La plupart des femmes de notre échantillon
proviennent des zones pauvres de Ouagadougou, dans lesquelles il manque l’hygiène
alimentaire : consommation de viandes mal cuites contaminées par des kystes et ingestion de
ces kystes à travers la consommation d’eau ou de végétaux souillés par T. gondii excrété par
des chats. La transmission materno-fœtale s'effectue en moyenne 4 à 8 semaines après la
colonisation du placenta (BINQUET C, 2002). La fréquence de transmission materno-fœtale,
estimée globalement à 30% des cas, est d'autant plus élevée que l'infection survient
tardivement au cours de la grossesse. Mais les progrès des examens complémentaires
morphologiques et biologiques, dont la sensibilité n'a cessé de progresser ces dernières
années, ont bouleversé les anciennes notions d'interprétation du risque de toxoplasmose
congénitale. La PCR qui détecte des quantités infimes de génome parasitaire, ouvre de
nouvelles perspectives diagnostiques et pourrait s'accompagner dans un avenir proche d'une
analyse génomique évaluant le pouvoir pathogène de la souche parasitaire considérée.
Néanmoins, face à une infection de T. gondii, durant la grossesse, il est recommandé
l’association de la pyriméthamine 100 mg le premier jour puis 75 mg les jours suivants, acide
folinique 50 mg par jour, clindamycine 2,4 g par jour en intraveineux et prednisolone 1 mg
par kg par jour. Au dixième jour, la clindamycine est remplacée par de l’atovaquone (1,5 g
toutes les 12 heures) devant un rash cutané (WALLON et al., 2002 ; PITTNER et al.,2009)
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Il serait souhaitable que par rapport à ces résultats que nous avons obtenus dans notre
thèse, toutes les femmes enceintes VIH-séropositives que VIH-séronégatives en âge de
procréer puissent effectuer les tests de dépistage de Toxoplasma gondii et bénéficier d’une
prise en charge conséquente.
II.3.2 – Coinfection du VIH avec les parasites intestinaux
Au cours de cette recherche, nous avons pu isoler au niveau des selles de nos patients,
des agents pathogènes responsables des gastro-entérites aiguës (GEA) comme : Giardia
intestinalis et Entamoeba histolytica. D’autres parasites pathogènes non inducteurs de GEA
ont été également isolés comme : Hymenolopis nana, Tenia sp et Strongyloïdes stercoralis.
Cependant, la giardiose humaine est la parasitose intestinale la plus répandue dans le monde.
Elle est due à un protozoaire flagellé, Giardia intestinalis (ou Giardia duodenalis,
anciennement Giardia lamblia). Son habitat est la partie supérieure de l’intestin grêle. C’est
une des étiologies parasitaires du syndrome de malabsorption intestinale. Les kystes de G.
intestinalis restent infectieux dans l’eau douce pendant 2 semaines à 25°C et 11 semaines à
4°C ; dans les selles de 1 à 4 semaines.
Notre étude à montré que la prévalence de G. intestinalis est élevé chez les personnes
VIH-séropositives (8,8%) que chez les personnes non infectées par le VIH (7,5%). Chez nos
patients, les parasites intestinaux comme G. intestinalis ont provoqué des diarrhées, aggravant
le stade SIDA surtout chez les enfants VIH séropositifs, par conséquent, nous recommandons
aux cliniciens de bien vouloir prescrire fréquemment des examens de selles pour les enfants
VIH-séropositives qui ont moins de 5 ans afin de les déparasiter périodiquement.
II.3.3 – Coinfection du VIH avec les bactéries pathogènes
Les infections opportunistes (IO) causent la plupart des maladies et des décès parmi
les personnes atteintes du SIDA. Ainsi, l'altération du système immunitaire provoqué par le
VIH peut entraîner le développement d'infections opportunistes. Il s'agit aussi de certaines
infections bactériennes liées au VIH/sida qui surviennent lorsque le système immunitaire de
l'organisme est affaibli.
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Les agents bactériens pathogènes responsables des GEA que nous avons isolés au
cours de notre étude dont
E. coli entéropathogène (EPEC), Salmonelles, Shigelles et
Yersinia ; se sont révélés avec une plus forte prévalence chez les enfants infectes par le VIH.
D’autres bactéries non inducteurs de GEA ont été également isolés comme : Klebsiella
pneumoniae et Shigella flexneri. Cependant, aucun Campylobacter, colibacilles et
cryptosporidium n’a été mis en évidence.
Depuis ces 20 dernières années, avec l’apparition du VIH/SIDA, d’énormes
innovations ont été réalisées dans l’antibiothérapie à cause de la recrudescence des IO. Mais
le contre-pied et les conséquences de ce type de thérapie est l'émergence de bactéries de plus
en plus résistantes et qui constitue un lourd tribut payé à notre consommation abusive et
excessive d'antibiotiques. Les résistances à ces médicaments modernes nous font comprendre
combien, en matière de lutte contre les maladies infectieuses, les victoires sont fragiles; car
nous avons affaire à un monde vivant qui s'adapte pour survivre, à notre environnement, à
notre mode de vie, à nos pratiques médicales, à nos armes thérapeutiques et profite des
moindres failles pour gagner du terrain.
II. 4- Techniques de la biologie moléculaire et diagnostic viral
Les techniques de la PCR classique et de la PCR à temps réel nous ont permis de :
9 doser la virémie (la charge virale) des particules virales du VIH chez les personnes
infectées ;
9 d’effectuer le diagnostic moléculaire des Rotavirus ;
9 et d’identifier les différentes souches des papillomavirus (HPV) capables d’induire le
cancer du col de l’utérus chez la femme.
Ces techniques, sans doute, nous ont aidées à réaliser l’objectif principal de notre thèse :
« Contribuer à améliorer la prise en charge médicale des infections opportunistes
parasitaires et virales chez les personnes vivant avec le VIH/SIDA au Centre Médical Saint
Camille ».
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Désormais, ces techniques du génie génétique sont indispensables pour la recherche
sur les maladies infectieuses et parasitaires. Par conséquent, il conviendrait de les vulgariser
dans toutes les structures sanitaires du Burkina Faso.
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141
Conclusion générale et perspective
Cette étude sur les personnes VIH séropositives coinfectées avec des parasites et virus
pathogènes a été réalisée au Centre Médical Saint Camille (CMSC) et au Centre de
Rechercher Biomoléculaire Pietro Anigonni (CERBA/LABIOGENE) à Ouagadougou.
Dans cette étude nous avons eu à analyser :
9 3316 échantillons de femmes enceintes pour les tests de VIH et nous avons trouvé une
prévalence de séropositivité de 7,3% (227/3127) soit : 97,4% de VIH1 ; 1,8% de VIH2
et 0,9% de VIH1/2.
9 276 tests de Toxoplasma gondii chez des femmes enceintes infectées ou non par le
VIH qui ont révélé une prévalence de 4,7% (IgM) et 27,2% (IgG) spécifiques de T.
gondii. Dans cette recherche, la séropositivité au VIH semble être associée aux taux de
prévalence élevés de T. gondii (31,9% vs 22,5%).
9 276 tests d’hépatite B chez des femmes enceintes infectées ou non par le VIH et nous
avons identifié un taux d’infection de 9,40%. La séropositivité au VIH semble, ici
aussi, être associée aux taux de prévalence élevés du VHB (13,0% vs 5,8%).
9 648 tests de Rotavirus qui ont donné 21,1% (137/648) de prévalence.
9 648 examens parasitologiques de selle qui ont révélé 7,6% (49/648) de Giardia
intestinalis et 3,9% (25/648) de Entamoeba histolytica. Les bactéries suivantes ont été
également isolées : Salmonella sp ; Shigella sp ; E. coli EPEC et Yersinia.
9 169 tests de HPV chez des femmes VIH séropositives qui ont décelé les souches
suivantes : HPV 18 (22,47%); HPV 30’s (15,73%) ; HPV 50’s (14,61%) et des
coinfections des souches HPV 18 avec celle de HPV 30’s (12,36%). Nous avons
spécifié que les souches de papillomavirus de génotypes 16 ; 18 ; 30’S et 50’S
prédisposent aux femmes qui les portent à un cancer du col de l’utérus.
Pour ces analyses, nous avons suivis plusieurs méthodes :
• La lecture au microscope optique pour la parasitologie ;
• L’Immunochromatographie pour les Rotavirus ;
• L’ELISA pour les tests du VIH, du VHB et de T. gondii ;
• La PCR pour le diagnostic des Rotavirus et des papillomavirus.
• La PCR en temps réel pour le dosage de la charge virale (la virémie) du VIH ;
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• En plus, la technique de cytofluorométrie nous a permis de faire la numération des
CD4/CD8 afin de suivre l’évolution des paramètres immunologiques des patients VIH
séropositifs sous traitement ARV.
Cette étude de thèse nous a permis de réaliser non seulement notre objectif générale qui
est de contribuer à améliorer la prise en charge médicale des infections opportunistes
parasitaires et virales chez les personnes vivant avec le VIH/SIDA, mais aussi nos objectifs
spécifiques qui consistaient à :
•
Rechercher les coinfections parasitaires (toxoplasme et parasites intestinaux) chez les
personnes VIH séropositives ;
•
Diagnostiquer les coinfections du VIH avec les Virus de l’hépatite B, les Rotavirus et
les papillomavirus ;
•
Identifier les génotypes de HPV capables d’induire le cancer du col de l’utérus chez
les femmes VIH séropositives au Centre médical saint Camille.
Pour réduire la haute prévalence du VIH au Burkina Faso, nous avons suggéré au cours de
notre thèse la prévention, la sensibilisation contre la transmission non seulement sexuelle mais
aussi parentérale et verticale de ce rétrovirus. Pour ceux qui sont déjà infectés par le VIH,
nous recommandons la prise en charge médicale par les antirétroviraux.
Pour ce qui concerne l’éradication des infections des hépatites B, des papillomavirus, des
Rotavirus
et
de
la
toxoplasmose,
nous
avons
recommandé
l’hygiène
personnelle/communautaire et la vaccination généralisée de la population Burkinabè contre
ces agents pathogènes infectieux.
Les parasites (Giardia intestinalis; Entamoeba histolytica) et les bactéries pathogènes
(Salmonella sp ; Shigella sp ; E. coli EPEC et Yersinia) qui induisent des gastro-entérites
aigües (GEA) infectent les populations qui pratiquent peu d’hygiène de vie. Pour éviter ces
infections surtout chez les personnes VIH séropositives, il faudra :
•
Laver les mains avant de manger, après être allé aux toilettes, après avoir changé les
couches et après avoir pris soin d’un animal domestique ;
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•
Laver tous les fruits et les légumes avant de les manger ;
•
Bien cuire la viande avant de la consommer;
•
Garder les ongles courts et propres ;
•
Ne pas marcher les pieds nus ni dans la cours, ni dans la campagne ;
•
Passer un examen médical régulièrement pour détecter les probables d’infections
parasitaires.
Au vu des conséquences possibles de co-morbidités provoquées par ces différentes co-
infections (VHB, HPV, Toxoplasma gondii, Giardia intestinalis; Entamoeba histolytica,
Salmonella sp ; Shigella sp ; E. coli EPEC et Yersinia) avec le VIH, nous espérons que cette
recherche de thèse sera un tremplin pour d’autres études plus poussées ayant comme finalité
la vulgarisation du diagnostic moléculaire de ces germes chez les enfants, les femmes en âge
de procréer ou enceintes. En attendant un travail à large échelle, on pourrait, dès à présent,
sensibiliser les femmes sur les risques de contracter les papillomavirus, le VIH, le virus de
l’hépatite B et surtout Toxoplasma gondii durant la grossesse.
Perspectives de recherche post-thèse :
Nous souhaitons poursuivre les études initiées dans notre thèse de doctorat, à savoir :
9 Rechercher par PCR les différentes souches de Rotavirus circulant au Burkina Faso ;
9 Différencier dans les selles des patients fréquentant le Centre Médical Saint Camille
(CMSC) ou le Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA)
Entamoeba histolytica de Entamoeba dispar par les techniques de la biologie
moléculaire (PCR) ;
9 Identifier grâce aux technique de la PCR en temps réel, les différentes souches de
Toxoplasma gondii circulant au Burkina Faso ;
9 Etendre le dépistage des papillomavirus chez les jeunes filles VIH séronégatives au
Burkina Faso et déterminer avec exactitude les différentes souches de HPV au sein des
30’S et 50’S.
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WM, YARA, J, ZOUNGRANA, N, BAKOUAN, D, COLIZZI, V, CASTELLI, F &
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ANNEXE : PUBLICATIONS RÉALISÉES
© Thèse de Doctorat Unique Djénéba OUERMI, 2009
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1 - OUERMI Djeneba, KAROU Damintoti, ILBOUDO Denise, NADEMBEGA Christelle,
PIETRA Virgilio, BELEM Adrien, SIMPORE Jacques, KABRE Gustave, SAWADOGO
Laya, 2007. Prevalence of rotavirus, adenovirus and enteric parasites among pediatric patients
attending Saint Camille Medical Centre in Ouagadougou. Pak J Biol Sci. 2007 ;10(23):426670.
2 - D. Ouermi, J. Simpore, A.M.G. Belem, I. Sanou, D.S. Karou, D. Ilboudo, C. Bisseye,
S.M. Onadja, V. Pietra, S. Pignatelli, C. Gnoula, J.B. Nikiema, G.B. Kabre. 2007. Coinfection of Toxoplasma gondii with HBV in HIV-Infected and uninfected pregnant women in
Burkina Faso. Pak J Biol Sci. 2009 ;12 (17):188-1193.
3 - Jacques Simpore, Djeneba Ouermi, Denise Ilboudo, Abdoulaye Kabre, Boukaré Zeba,
Virginio Pietra, Salvatore Pignatelli , Jean Baptiste Nikiema, Gustave Boukaré Kabre, Silvio
Caligaris, Fabbio Schumacher, Francesco Castelli. 2009. Aetiology of acute gastro-enteritis in
children at Saint Camille Medical Centre, Ouagadougou, Burkina Faso. Pak J Biol Sci. 2009
Feb 1;12(3):258-63.
4 - D. Ilboudo, J. Simpore, D. Ouermi, C. Bisseye, T. Sagna, S. Odolini, F. Buelli, V. Pietra,
S. Pignatelli, C. Gnoula, J.B. Nikiema, S. Musumeci.Toward the complete eradication of
Mother to Child co-transmission of HIV and HBV at Saint Camille Medical Centre in
Burkina Faso. Brazilian Journal of Infectious Diseases, Volume 14 n ° 01 2010
5 - Karou SD, Ilboudo IP, Nadembega WM, Ameyapoh Y, Ouermi D, Pignatelli S, Pietra V,
Traore AS, de Souza C, Simpore J.2009. Antibiotic resistance in urinary tract bacteria in
Ouagadougou. Pak J Biol Sci. 2009 May 1;12(9):712-6.
6 - Ilboudo D, Karou D, Nadembega WM, Savadogo A, Djeneba Ouermi, Pignatelli S, Pietra
V, Bere A, Simpore J, Traore AS.2007. Prevalence of human herpes virus-8 and hepatitis B
virus among HIV seropositive pregnant women enrolled in the Mother-to-Child HIV
Transmission Prevention Program at Saint Camille Medical Centre in Burkina Faso. Pak J
Biol Sci. 2007 Sep 1;10(17):2831-7.
7 - J. Simpore, D.S. Sanou, D. Karou, D.J. Sia, D. Ouermi, C. Bisseye, T. Sagna, S. Odolini,
F. Buelli, V. Pietra, S. Pignatelli, C. Gnoula, J.B. Nikiema, F. Castelli and D. Ilboudo. 2009.
Mother-to-Child HIV and HHV-8 Transmission in Neonates at Saint Camille Medical Centre
in Burkina Faso. Pakistan Journal of Biological Sciences. 12 (12): 908-913
8 - Florencia DJIGMA, Charlemagne OUEDRAOGO, Djeneba OUERMI, Cyrille
BISSEYE,Tani SAGNA, Moctar ZEBA, Virginio PIETRA, Salvatore PIGNATELLI,
Abdoulaye KABRE, Charlemagne GNOULA, Joseph Dabogo SIA, Jean-Baptiste NIKIEMA,
Jacques SIMPORE. Co-infection de Mycoplasma hominis et de Ureaplasma urealyticum avec
le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) chez les femmes séropositives à
Ouagadougou. Revue Science et Sante (Accepté).
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9 - Tani SAGNA, Cyrille BISSEYE, Drissa S. SANOU, Florencia DJIGMA, Djeneba
OUERMI, Virginio PIETRA, Salvatore PIGNATELLI, Charlemagne GNOULA, Joseph
Dabogo SIA, Jean-Baptiste NIKIEMA, Jacques SIMPORE. Diagnostic précoce, par RT/PCR,
du VIH-1 chez les enfants nés des mères séropositives. Revue Science et Sante (Accepté).
10 - Virginio PIETRA, Dominique KIEMA, OUERMI Djeneba, SAGNA Tani, Dieudonné
SORGHO, Francesco CASTELLI, Jacques SIMPORE. Prévalence des marqueurs du virus de
l’hépatite B et des anticorps contre le virus de l’hépatite C parmi le personnel du District
Sanitaire de Nanoro, Burkina Faso. Revue Science et Sante (Accepté).
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