laboratoires - La gazette du laboratoire AFRIQUE

LABORATOIRES
LA GAZETTE DU LABORATOIRE
P2
n° 79 - octobre 2013
Zoom
sur
le
Laboratoire
de
Phytobactériologie et de lutte biologique de
l’INRA, outil sophistiqué de diagnostic des
maladies végétales et de lutte biologique
Depuis sa création au sein de
l’INRA Maroc en 1984, le laboratoire
de Phytobactériologie et de lutte
biologique s’intéresse à l’étude des
différentes maladies bactériennes
présentes au Maroc, à savoir:
chancre bactérien de la tomate, du
cerisier, tuberculose de l’olivier,
crown gall des rosacées fruitières
et de la vigne, taches angulaires
des cucurbitacées, jambe noire et
pourritures de la pomme de terre,
et feu bactérien des arbres fruitiers
à pépin. En matière de lutte, ses
travaux de recherche ciblent surtout
l’usage des biopesticides à base
de levures et/ou de bactéries et
les huiles essentielles des plantes
aromatiques et médicinales. Le
laboratoire a à son actif une grande
expertise dans la valorisation
des « Plant Growth Promoting
Rhizobacteria » (PGPR) en matière
d’augmentation de la productivité
d’une part, et dans la lutte face aux
stress abiotique et biotique d’autre
part.
Le laboratoire est l’un des 4 laboratoires
constituant l’Unité de Recherche en
Protection des Plantes (URPP) du
Centre Régional de la Recherche
Agronomique de Meknès (Laboratoires
de Mycologie, d’Entomologie et des
mauvaises herbes).
Il dispose de tout le matériel nécessaire
pour les études de base et avancées et
offre un environnement très propice au
traitement des différentes thématiques
liées aux problèmes des phytobactéries
[Détection par des moyens classiques
et récents (PCR en temps réel),
épidémiologie, stratégies de luttes].
Il est actuellement aménagé pour
répondre aux exigences liées à la
biosécurité, pour pouvoir se confronter
à l’étude des germes bactériens de
quarantaine, notamment le « feu
bactérien », qui a fait son apparition
en 2006 au Maroc. Une des priorités
du laboratoire est maintenant de mieux
identifier les germes bactériens les
plus importants (Erwinia amylovora,
Agrobacterium vitis, Pseudomonas
savastanoi, Pectobacterium sp), de
les étudier dans le but de trouver des
moyens susceptibles de réduire leurs
impacts sur notre agriculture, voire
de les éradiquer (usage des huiles
essentielles des PAM, des antagonistes,
recherche de porte-greffes résistants).
Masters et 5 doctorants (facultés des
sciences de Meknès, de Kénitra, et
facultés des sciences et technique de
Mohammedia et de Settat)
Sur une superficie de 160m², le
laboratoire de phytobactériologie de
l’INRA est équipé de tout le matériel
indispensable pour des études en
bactériologie
végétale
(isolement,
identification biochimique, sérologique et
moléculaire, études épidémiologiques,
élaboration de stratégie de lutte, lutte
biologique) : hottes à flux laminaire,
autoclaves, balances de précision,
étuves pour stérilisation, distributeur
de milieux, étuves réfrigérées, BainMarie, Congélateurs à -20 et -80°C,
Centrifugeuses,
Lyophilisateur,
Microscopie
à
Epifluorescence,
Compteur de colonies, pH mètres,
Spectrophotomètre,
Lecteur
de
plaques ELISA, Stomacher, Lampe
à
UV,
Thermocycleur,
appareil
d’Electrophorèse, Système d’Imagerie
sophistiqué,
Fermenteur,
Sécheur
(formulation
des
biopesticides),
Light Cycler 480 II (Real time PCR),
Phytotron, chambre de croissance,
serre de quarantaine, etc..
La serre de quarantaine, acquise en
2008, permet à l’équipe du laboratoire
de réaliser les essais in planta sur E.
amylovora relatifs à la production des
symptômes et à la lutte biologique
faisant appel aux souches antagonistes
(bactéries et levures). Le Light Cycler
480 IIème génération a intégré le
parc instrumental du laboratoire en
2009. Très utile en phytopathologie, il
permet le diagnostic rapide des germes
phytopathogènes, l’étude des facteurs
de virulence des phytobactéries …etc.
L’équipe vient d’acquérir en plus un
fermenteur de 7 litres pour la production
en masse des germes (bénéfiques en
particulier).
Missions et activités de recherche
Les activités de recherche du laboratoire
sont orientées vers le végétal et la
microbiologie très majoritairement axée
sur la pathologie végétale (maladies
bactériennes et fongiques des plantes).
Ces activités visent plusieurs axes de
recherche :
1. Gestion intégrée de l’arboriculture :
cet axe englobe les activités de
recherche suivantes :
Ressources matérielles et humaines
du laboratoire
- Etude du Feu bactérien des rosacées
fruitières à pépin en passant par :
Le laboratoire de Phytobactériologie
et de lutte biologique regroupe 12
membres permanents répartis comme
suit :
Activité 1 : La cartographie et la
caractérisation de la population
marocaine
d’Erwinia
amylovora
(Morphologique,
biochimique,
sérologique et moléculaire) ;
L’étude de la résistance de cette
population au cuivre et à la streptomycine ;
Activité 2 : Détection d’E. amylovora
à partir des rameaux du poirier par
des
techniques
sérologiques
et
moléculaires ;
- Dr. El Hassan Achbani (responsable
du laboratoire et coordinateur de
l’URPP),
- Abdellatif Benbouazza, technicien
spécialisé,
- une secrétaire et 9 stagiaires, dont 4
Un aperçu des équipements du laboratoire
Une partie de l’équipe réunie autour du Dr El Hassan ACHBANI (au centre)
Activité 3 : Etude génétique de la
population marocaine de 2007 à 2012
selon l’analyse MLVA ;
Activité 4 : Développement des stratégies
de lutte contre le feu bactérien via l’usage
des antagonistes et des huiles essentielles
des plantes aromatiques et médicinales ainsi que la lutte biologique contre les
maladies post-récolte des pommes : deux
biopesticides à base de levures sont déjà
développés dans le laboratoire.
2. Gestion intégrée de l’olivier
Activité 5 : Etude de la diversité
génétique de la tuberculose de l’olivier
due à Pseudomonas savastanoi ;
Activité 6 : Lutte contre Pseudomonas
savastanoi par des antagonistes
bactériens, de l’anti-QS et des huiles
essentielles des PAM.
3. Gestion intégrée de la vigne
Activité 7 : Caractérisation aux niveaux
biochimique
et
moléculaire
des
populations d’Agrobacterium vitis au
Maroc ;
Activité 8 : Amélioration des outils de
détection de la bactérie pour un contrôle
aux frontières et à l’intérieur du pays ;
Activité 9 : Détermination des zones à
risques et étude de l’épidémiologie de
la maladie au Maroc ;
Activité 10 : Etude des mécanismes
de virulence d’A.vitis sur la vigne, en
particulier le rôle du quorum-sensing
dans la virulence et les mécanismes
d’adaptation d’A. vitis à son hôte ;
Activité 11 : Elaboration d’une stratégie
de lutte intégrée contre la galle du collet
incluant l’usage de pesticide biologique
à base d’antagonistes et des huiles
essentielles ou extraits des PAM et
l’anti-QS.
4. Conservation des ressources
naturelles
et
protection
de
l’environnement et de la biodiversité
à travers la recherche d’antagonistes
des pourritures molles de la pomme
de terre dues aux Pectobacterium
spp (Erwinia pectinolytiques) et des
biopesticides contre les phytobactéries
présentes au Maroc.
5. Prestation de service :
Le
laboratoire
diagnostique
les
différentes
maladies
bactériennes
des espèces végétales cultivées à
travers des prestations de service et
propose des conseils adaptés à chaque
situation. Des conventions sont établies
entre le laboratoire et la profession et
ou les agriculteurs pour bénéficier de ce
service payant.
Partenariats
Le laboratoire entretient des liens de
partenariats et/ou de coopération avec :
-
Les
établissements
d’enseignement
supérieur
à travers le cours de
Phytobactériologie et de
Lutte biologique et les
travaux pratiques, les visites
mutuelles aux laboratoires et
l’encadrement des étudiants
pour les mémoires de fin
d’études,
des
LABORATOIRES
LA GAZETTE DU LABORATOIRE
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Masters, des thèses d’Etat
et nationale, en tant que
rapporteur de thèses etc.. :
le laboratoire est ainsi en
rapport avec l’Ecole Nationale
d’Agriculture de Meknès, les
Facultés des sciences de
Meknès, de Fès, de Kénitra,
les facultés des sciences et
Techniques d’Errachidia et
de Mohammedia pour les
mêmes prestations.
La DEFER et le CNRST
et à travers les projets
de
recherche
et
de
développement tels que le
PRAD, PROFERD et projets
CNRST,
Les directions provinciales
et régionales de l’agriculture
et les ORMVAs à travers les
conventions de formation
continue pour le personnel
cadre et technicien : l’ORMVA
du Haouz, du Gharb et du
Loukous.
La Délégation Régionale du
Commerce et d’Industrie et
la chambre du Commerce
et d’Industrie à travers les
conférences sur la qualité
des produits agricoles etc..
La radio Medinafm à travers
l’animation d’une émission
radiophonique
en
direct
sur l’agriculture marocaine
depuis septembre 2011.
Des
établissements
étrangers de Recherche et
d’enseignement
supérieur
à travers des projets PRAD,
d’actions intégrées, Volubilis,
projet AUF, etc.. (notamment :
INRA France, Universités de
Rennes, Université Blaise
Pascal de Clermont Ferrand,
Paris VII, Université Lyon 1 en
France, l’Instituto Valenciano
de Investigaciones Agrarias
(IVIA)
de
Moncada
Valence
en
Espagne,
Faculté Universitaire des
Sciences agronomiques de
Gembloux et Université libre
de Bruxelles en Belgique,
faculté des sciences de
Tunis...).
Un laboratoire impliqué dans la
formation scientifique
Au cours de ses 30 ans d’existence,
le laboratoire a pris en charge la
réalisation de nombreux projets portant
sur les axes cruciaux de l’agriculture,
que ce soit à l’échelle nationale ou
internationale
Un aperçu des équipements du laboratoire
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Le laboratoire encadre également des
étudiants pour leur mémoires ou leurs
thèse, à l’exemple de :
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Khaoula
Habbadi,
2013.
Lutte
biologique
contre
Agrobacterium
vitis
responsable du crown gall de
la vigne, Mémoire du Master de
FS de Kénitra.
Doussoumou Epiphane, 2012.
Lutte contre E. amylovora (feu
bactérien) par des produits
phénoliques extraits à partir de
certaines plantes aromatiques
et médicinales, Mémoire du
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n° 79 - octobre 2013
Master, FS de Kénitra.
Souad
YAKOUBI,
20082014. Utilisation des Huiles
essentielles
des
plantes
aromatiques et médicinales
pour lutter contre le feu
bactérien
des
rosacées
fruitières à pépins (Fac des
Sciences de Meknès) ;
Ameur
Afaf,
2011-2014.
Diversité génétique
de la
population marocaine d’Erwinia
amylovora par l’usage des
VNTR (Thèse de doctorat, FST
Mohammedia) ;
Sadik Soumia, 2012-2014.
Caractérisation des nouvelles
bactéries
phytopathogènes
sur l’oignon dans le Sais et
moyen Atlas et possibilité de
lutte (Thèse de Doctorat, FS de
Meknès) ;
Ichou
Abdallah,
20112014.
Valorisation
des
Huiles essentielles Contre
Erwinia amylovora (Burrill,
1883; Winslow et al., 1920)
responsable du feu bactérien
au Maroc (FS kénitra) ;
Bouhaichi Abdelaziz, 20132015. Etude de la diversité
génétique de la population de
Pseudomonas savastanoï et
recherche de moyens de lutte
biologique contre la tuberculose
de l’olivier (FS de Kénitra) ;
Adib Meryem, 2013-2015.
Etude de la diversité génétique
de la population d’A. vitis
responsable de la galle du collet
de la vigne (FS de Méknès) ;
Mariam Moutaeine, 2013-2015.
La valorisation des composts
enrichis par les PGPR dans
l’amélioration de la production
agricole via la réduction de
l’impact des stress biotique et
abiotiques (FS de Kénitra).
En termes de formation, le laboratoire
intervient dans les enseignements
suivants :
-
-
Cours
de
Bactériologie
végétale (Théorie + travaux
pratiques) pour les étudiants
de 3ème cycle (5ème année)
de l’ENA de Meknès (de 1994
à 2006),
Cours
de
Bactériologie
végétale (Théorie + travaux
-
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-
-
pratiques) pour les étudiants
de DESA et de Master, des
Facultés des Sciences de
Meknès, Kénitra, FST de
Mohammedia. (depuis 2006)
Cours
de
Bactériologie
végétale (Théorie + travaux
pratiques) pour les techniciens
l’Ecole
d’Horticulture
de
Méknès. (1994-1996)
Cours
de
Microbiologie
générale (Théorie + travaux
pratiques) pour les étudiants
de 2ème cycle (3ème année)
de l’ENA de Méknès (19972001)
Cours de Phytopathologie
spéciale - module sur maladies
bactériennes des plantes
cultivées et maladies du
tournesol- pour les étudiants
du 2ème cycle (4ème année)
de l’ENA de Méknès (depuis
1997 jusqu’au 2006).
Cours de Bactériologie
végétale. Master des facultés
des Sciences de Meknès,
Kénitra et de Mohammedia
Cours sur la lutte biologique,
Masters des facultés des
Sciences de Meknès (depuis
2010).
L’efficacité
et
le
dévouement
du laboratoire lui ont valu une
renommée bien au-delà des frontières
marocaines. Il a participé avec une
douzaine d’autres laboratoires de
renommée internationale dans la
comparaison des différents protocoles
de détection du feu bactérien à partir
des échantillons symptomatiques
et asymptomatique des rosacées
fruitières à pépin. Il accueille chaque
année des visiteurs (Etudiants
des différents instituts : IAV HII,
Complexe Horticole d’Agadir, ENA,
FST Errachidia, FST Fès, FST
Mohammedia, FS Meknès et Kénitra)
et des professionnels, experts et
délégations venant de différents pays.
HR
Meknès, Maroc