Introduction-genetique MED2 2015 [Mode de
publicité
Introduction à la génétique Tests génétiques. Interprétation et règles de bonne pratique MED2 S Manouvrier Clinique de génétique médicale Hôpital J de Flandre Ce cours est illustré de nombreux exemples, les pathologies auxquelles s’adresse la génétique sont souvent rares, certains termes peuvent être compliqués et n’ont pas à être retenus. Pour simplifier les textes qui n’ont pas à être appris figurent en bleu 23 paires de chromosomes ≈ 20 000 paires de gènes > 3 milliards paires de bases Un gène = Une « recette » ? Son anomalie => Une maladie ? ADN « lu » par mots de 3 lettres = « codons », codant chacun un acide aminé. ADN Exon Intron Transcription ARNnucléaire Maturation ARN = épissage ARN messager Traduction Protéine, Enzyme … ton cap est 30.5 lat 120 lon fin Codon stop prématuré ton fin Décalage du cadre de lecture ton cae st3 0.5l at1 20l onf Délétion ton cap est lat 120 lon fin ton cap 30.5 lat 120 lon fin Délétion d’un exon / délétion complète Délétère ? Non délétère ? Modification ponctuelle d’une base ton cap est 10.5 lat 120 lon fin ton cap est 30.6 lat 120 lon fin Anomalie d’épissage Anomalie des zones régulatrices … • Tous porteurs d’anomalies géniques • Certaines d’entre elles confèrent même des avantages – Drépanocytose et Paludisme La drépanocytose une maladie grave de l’hémoglobine responsable de déformations des globules rouges. Elle est beaucoup plus fréquente en Afrique qu’en Europe Chez l’hétérozygote: protection/paludisme Car le parasite est détruit avec les hématies déformées = « avantage sélectif » – Mucoviscidose et typhoïde La mucoviscidose est une maladie beaucoup plus fréquente (1/2500) dans en Europe qu’en Afrique. Elle est due à une anomalie d’un canal chlore empêchant la sortie normale de Clet de l’eau des cellules. Les hétérozygotes sont protégés de la typhoïde car la bactérie « salmonella typhi » a plus de difficultés à pénétrer dans leurs cellules 3 à 5 % de la population Maladies « communes » « multifactorielles», fréquentes Maladies « monogéniques » rares Gé n é t i q u e Env ironnemen t Reste le plus souvent clinique Par exemple chez cet enfant atteint de surdité Syndrome de Waardenburg (AN de la pigmentation et surdité) => Bilan auditif S’aide d’examens paracliniques (radio, biologie …) Syndrome « Nail Patella » Risques : Atteinte rénale=> Surveillance rénale Glaucome => surveillance oculaire Pourra s’aider d’Analyses génétiques ± ciblées selon orientation diagnostique Confirment le diagnostic / aide au conseil génétique Parfois inutiles Exemple pour ces 3 enfants adressés pour déficience intellectuelle T21 => caryotype « X Fragile » => analyse du gène FMR1 Fœtopathie alcool => pas analyse génique Le caryotype Le caryotype La « FISH » Fluorescent In Situ Hybridization Exemple délétion 22q11 Sonde Contrôle Sonde 22q11 Le Séquençage La CGH-Array Le Séquençage « haut débit » • Liste de gènes ciblés vers la pathologie / la symptomatologie • « Déficience intellectuelle » • Malformations oculaires, rénales, des membres … • « Exome » / « Génome » Non ciblées Séquençage « d’exome » « de génome entier » Sonde spécifique Sonde contrôle Ciblées Perte de la région chromosomique étudiée Séquençage haut débit « ciblé » Problème des « variants » de signification inconnue (mutation « ponctuelle », certaines variations CGH-Array ou séquençage « haut débit » « Variant » d’un gène associé à la déficience intellectuelle présent chez le père (sain) et l’enfant => Probablement non responsable de la déficience « Variant » d’un gène impliqué dans le syndrome de Waardenburg présent chez la mère et l’enfant => a priori associé à la maladie Caryotype: 46,XY CGH : Triplication 19p13.2 contenant >10 gènes, non retrouvée chez les parents Mais les anomalies fœtales et la consanguinité parentale évoquent un syndrome rare autosomique récessif => Mutation homozygote du gène en cause => « Variant » CGH n’est pas en cause. On est devant une maladie autosomique récessive, risque de récidive 25% à chaque grossesse, diagnostic prénatal possible par génétique moléculaire Exemple : amniocentèse pour caryotype fœtal en raison, soit d’une maladie génétique connue, soit d’un risque augmenté pour la trisomie 21 Klinefelter (47,XXY) Trisomie 21 Maladie familiale Petit garçon Pas de déficience intellectuelle Infécondité • En général longues, et coûteuses • Pas toujours de résultat • Difficultés d’interprétation – Caractère délétère ou non de la particularité identifiée – Données familiales • Découverte fortuite d’anomalies non recherchées Pour l’interprétation des analyses génétiques, le dialogue entre clinicien et biologiste est essentiel A qui, Dans quel contexte, Dans quel but ? • Un malade – Fœtus/Embryon – Enfant – Adulte DPN/DPI Diagnostic Souvent intriqués Information génétique • Un apparenté asymptomatique ? Grossesse Prise en charge « Éviter » les récurrences - Pour lui même - Pour sa famille « Prévention » de la maladie Test « Prédictif » Risque propre de développer la maladie Médecine très particulière – de l’individu • Colloque singulier, confidentialité • Droit au secret, respect vie privée • Choix de savoir / ne pas savoir – de la famille Serment Hippocrate : « … Admis à l'intérieur des maisons, mes yeux ne verront pas ce qu'il s'y passe, ma langue taira les secrets qui me seront confiés … » Article L1110.4 du CSP (13.8.2004) : « Toute personne …. a droit au respect de sa vie privée et du secret des informations la concernant » • Information de la famille • Mesures préventives / apparentés • Éviter les récurrences DPN / DPI Source éventuelle de conflit de valeur Article 1111.2 du CSP (4.3.2002) : « Toute personne a le droit d’être informée de son état de santé …. Cette information porte sur … les actions de prévention… » • Est-elle justifiée ? – Apporte-t-elle un plus pour le patient ? – Est-elle nécessaire à l’information génétique pour la famille ? • Le patient est-il d’accord pour la réaliser ? – A-t-il compris les implications de ce test pour lui-même et sa famille ? – Dispose-t-il de toute l’autonomie de décision ? – A-t-il eu un temps de réflexion suffisant ? • L’analyse prescrite est-elle fiable / validée scientifiquement ? Risque-t-elle d’apporter des informations non recherchées ? • Lors d’une consultation individuelle – colloque singulier, (CSP L1110.4) – Respect de la confidentialité (droit au secret et au respect de la vie privée) – liberté de chacun de pouvoir choisir s’il souhaite « savoir » ou « ne pas savoir » • Explications claires et adaptées – – – – (CSP R1131-4) Les caractéristiques de la maladie recherchée Les moyens de la détecter Les possibilités de prévention et de traitement Les modalités de transmission génétique et leurs possibles conséquences chez d'autres membres de la famille MAIS Consultations « familiales » Défaut intégration des informations délivrées Analyse « globale » du génome • Signature d’un consentement écrit du patient (de ses parents s’il est mineur ou de son tuteur s’il est sous tutelle) – le consentement du mineur ou du majeur sous tutelle est systématiquement recherché s'il est apte à exprimer sa volonté et à participer à la décision. CSP R1131-4 • doit être réalisée par un médecin agréé dans un laboratoire autorisé par le ministère L 1131-2 CSP « Préalablement à l'expression écrite de son consentement, la personne est informée des caractéristiques de la maladie recherchée, des moyens de la détecter, du degré de fiabilité des analyses ainsi que des possibilités de prévention et de traitement …. le consentement du mineur ou du majeur sous tutelle est systématiquement recherché s'il est apte à exprimer sa volonté et à participer à la décision.» 2011 : Art. L. 1131-1-2. « Préalablement à la réalisation d'un examen des caractéristiques génétiques d'une personne, le médecin prescripteur informe celle-ci des risques qu'un silence ferait courir aux membres de sa famille potentiellement concernés si une anomalie génétique grave dont les conséquences sont susceptibles de mesures de prévention, y compris de conseil génétique, ou de soins était diagnostiquée. Il prévoit avec elle, dans un document écrit qui peut, le cas échéant, être complété après le diagnostic, les modalités de l'information destinée aux membres de la famille potentiellement concernés afin d'en préparer l'éventuelle transmission » Article L1131-1 CSP • Par le médecin prescripteur • Empathie / psychologue « Seul le médecin prescripteur est habilité à communiquer les résultats à la personne concernée, ou le cas échéant à la personne de confiance » • Proposition de suivi médical individualisé, aide à la prise en charge • Problème des informations génétiques découvertes fortuitement ? • Se méfier des informations trouvées sur Internet • S’assurer de la diffusion de l’information à la famille si cela est justifié (conseil génétique / mesures de prévention) Pourquoi? • Ils peuvent être à risque de développer la maladie – Et bénéficier de mesures de prévention – Ou avoir le droit de choisir d’être informés de leur statut génétique vis-à-vis de cette maladie • Et/ou ils peuvent être à risque d’avoir des enfants atteints – D’une maladie qui nécessite une prise en charge pré- ou post-natale – Ou pouvoir choisir un diagnostic prénatal, en cas d’affection d’une particulière gravité non curable Diffusion de l’information dans la famille, Dépend du type d’anomalie et du mode de transmission Même si elle peut être essentielle, elle est diversement transmise • • • • • Information complexe Personnes / patients fragilisés Liens familiaux ± solides Mot « Génétique » « fait peur », reste « tabou » Certains apparentés ne veulent pas entendre Loi Bioéthique 2011 CSP L.1131.1.2 Le patient peut aussi autoriser le médecin à transmettre l’information aux proches dont il lui aura donné les coordonnées. Art. L. 1131-1-2. « La personne est tenue d'informer les membres de sa famille potentiellement concernés dont elle ou, le cas échéant, son représentant légal possède ou peut obtenir les coordonnées, dès lors que des mesures de prévention ou de soins peuvent leur être proposées. Si la personne ne souhaite pas informer elle-même les membres de sa famille potentiellement concernés, elle peut demander par un document écrit au médecin prescripteur, qui atteste de cette demande, de procéder à cette information. Elle lui communique à cette fin les coordonnées des intéressés dont elle dispose. Le médecin porte alors à leur connaissance l'existence d'une information médicale à caractère familial susceptible de les concerner et les invite à se rendre à une consultation de génétique, sans dévoiler ni le nom de la personne ayant fait l'objet de l'examen, ni l'anomalie génétique, ni les risques qui lui sont associés » • Le diagnostic prénatal • La médecine « prédictive » Antécédents d’anomalie génétique / Risque augmenté d’anomalie chromosomique / Mise en évidence d’anomalie échographique Biopsie de Amniocentèse (>16SA) trophoblaste/villosités choriales (12-13SA) Analyse de l’ADN fœtal circulant dans le sang maternel • Fécondation in vitro • Deux cellules embryonnaires examinées • « Sélection » des embryons non porteurs de l’anomalie génétique • Implantation dans l’utérus • Etre précédée d’une consultation d’information de la femme enceinte et de la signature d’un consentement éclairé • Tenir compte de la loi sur l’interruption de grossesse pour raison médicale (IMG) Article L162-12 du 17-1-1975 • L’interruption de grossesse pour raison médicale est autorisée si il existe une forte probabilité que l’enfant attendu soit atteint d’une affection d’une particulière gravité reconnue comme incurable au moment du diagnostic • Concerne surtout des affections autosomiques dominantes, et survenant à l’âge adulte – Prédispositions génétiques aux cancers – Maladies neurodégénératives – Certaines pathologies cardiaques. • Si une anomalie délétère a été identifiée chez un malade de la famille, elle peut être recherchée chez les sujets asymptomatiques de la famille • Encadrement juridique. (CSP R1131-4) – Dans le cadre d'une consultation médicale individuelle – Par un médecin œuvrant au sein d'une équipe pluridisciplinaire rassemblant des compétences cliniques et génétiques, dotée d'un protocole type de prise en charge et déclarée auprès de l'Agence de la biomédecine... – Les examens ne peuvent être prescrits chez un mineur ou chez un majeur sous tutelle que si celui-ci ou sa famille peuvent personnellement bénéficier de mesures préventives ou curatives immédiates. La prescription des analyses génétiques dans le cadre de la médecine « prédictive » doit veiller à préserver pour chaque individu les principes fondamentaux • • • • Autonomie Respect de la vie privée Justice, Équité, Solidarité Qualité Exemple prédisposition aux cancers du colon et de l’endomètre dans le cadre d’un « syndrome de Lynch » Peuvent être rassurés ainsi que leur descendance Doivent être surveillés annuellement Doivent avertir leurs descendants • Une discipline très transversale • Evolution très rapide des connaissances et des techniques Connaître les pathologies et leurs conséquences Connaître les modes de transmission Connaître les analyses génétiques, leurs avantages et leurs limites Respecter les règles de bonne pratique et ne pas prescrire une analyse génétique à la légère
