sujet 2012- 01 - Aix
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Organisme d’accueil : CNRS Délégation Provence et Corse 31, chemin Joseph Aiguier 13402 Marseille Cedex 20 France Laboratoire d’accueil : Information Génomique & Structurale UPR 2589-CNRS Aix-Marseille Université Parc Scientifique de Luminy, Institut de Microbiologie de la Méditerranée 163 Avenue de Luminy - case 934 13288 Marseille cedex 09 (France) Tel: +33 4 91 82 54 20 fax: +33 4 91 82 54 21 http://www.igs.cnrs-mrs.fr Activités confiées : Amplification de girus marin par la mise en culture d’échantillons environnementaux en présence d’Acanthamoeba Le projet de stage porte sur la remise en culture de la fraction « girus » d’échantillons environnementaux filtrés dans le cadre de la mission TARA-océans. Les girus correspondent à des virus géants capable d’infecter des organismes marins de type eucaryote. Le stagiaire devra déterminer les conditions de remises en culture appropriées à l’amplification des virus infectieux sur les amibes tout en limitant la propagation de bactéries éventuellement présentes sur les filtres. Les cas d’infection induisant une mort cellulaire seront analysés en microscopie à fluorescence ainsi qu’en microscopie électronique afin de déterminer la nature de l’agent infectieux ainsi que l’influence de l’infection sur le cycle cellulaire de l’hôte Acanthamoeba. Les échantillons montrant une amplification de virus possibles seront produits massivement afin de procéder à une extraction d’ADN dans le but de caractériser plus précisément l’agent infectieux, puis par des méthodes d’analyse de séquence et de phylogénie de déterminer de quel type viral il s’agit ainsi que de sa place dans la phylogénie des virus géants. . Encadrement : Responsable : Chantal Abergel, Directeur de Recherche CNRS
