DIPLOME UNIVERSITAIRE Séquençage haut débit et maladies génétiques : Approches expérimentales et outils bio-informatiques RESPONSABLES Pr. Frédéric Huet (Responsable universitaire) M. Yannis Duffourd (responsable pédagogique) M. Julien Thevenon (co-responsable pédagogique) OBJECTIFS Acquérir une formation en séquençage nouvelle génération appliqué aux maladies génétiques mendéliennes, des technologies de séquençage et approches expérimentales possibles aux outils bio-informatiques utilisés pour le traitement des données brutes, l'identification de variations génétiques et l'interprétation des résultats. Se familiariser avec le système Unix/Linux, la ligne de commande et la gestion et l'analyse de données sur un serveur à distance. Connaître et savoir utiliser les principaux logiciels dédiés à l'analyse de données de séquençage nouvelle génération, de l'alignement des séquences brutes à l'annotation de variations génétiques. Maîtriser les principaux navigateurs, bases de données et outils de prédiction couramment utilisés en génétique humaine et médicale. Connaître les différentes applications possibles du séquençage nouvelle génération pour le diagnostic de maladies génétiques, les principales règles à suivre et paramètres à considérer pour assurer la qualité des données produites dans un contexte de laboratoire médical, et les considérations éthiques que soulève le séquençage nouvelle génération pour l'interprétation et le rendu des résultats. PUBLIC Généticiens, médecins biologistes en génétique, ingénieurs en génétique humaine/médicale, étudiants en thèse, internes et stagiaires post-doctoraux de ces disciplines. Ce diplôme est ouvert à la formation initiale et à la formation continue. Il est validé par l'Unité Mixte de Développement Professionnel Continu en Santé (UMDPC Santé) de l'Université de Bourgogne. PRE-REQUIS Cursus scientifiques : M2 (ou diplôme équivalent) de génétique, de biologie ou d'un domaine connexe. Cette formation est également ouverte aux techniciens de laboratoire sans diplôme de M2 effectuant du séquençage nouvelle génération sur le campus dijonnais. Cursus médicaux : thèse de médecine ou de pharmacie, ou DES de génétique en cours. Aucune connaissance en bio-informatique n'est requise pour l'inscription à ce DU. Par contre, étant donné son contenu, cette formation n'est pas adaptée à des personnes peu à l'aise avec l'informatique. LIEU, DUREE ET TARIFS Lieu Université de Bourgogne Facultés de Médecine et de Pharmacie 7 boulevard Jeanne d'Arc – Salle 151 Dijon Durée 105 heures réparties sur 5 modules de 3 jours (21 heures par module) Tarifs Formation initiale : Formation continue : Droits administratifs : 500 € 1100 € Environ 200 € (Tarif fixé par le ministère) PROCEDURE D'INSCRIPTION 1. Site internet : http://fcpharma.u-bourgogne.fr 2. Onglet « pour vous préinscrire » (menu de gauche) 3. Sélectionner « DU séquençage haut débit et maladies génétiques » dans le menu déroulant et compléter le formulaire en ligne. Les étudiants pré-inscrits seront contactés par l’Unité Mixte de Développement Professionnel Continu (UMDPC) et devront transmettre : un curriculum vitae, une lettre de motivation (une page maximum) et une copie de leur diplôme le plus élevé. Les candidats retenus recevront les directives pour leur inscription au DU. Les inscriptions sont limitées à 20 candidats. Pour toute demande d'informations : [email protected] ou [email protected]. VALIDATION La formation est sanctionnée par un Diplôme d'Université habilité par l'Université de Bourgogne. La validation du DU « Séquençage haut débit et maladies génétiques » repose sur les points suivants : • Le présentiel : la présence est obligatoire pour l’ensemble des cours. Un absentéisme supérieur à 20 % ne permet pas de d’obtenir le DU, indépendamment des résultats obtenus à l’évaluation finale. Les feuilles d’émargement sont à signer chaque demi-journée et seront disponibles au début de chaque cours. Les participants ayant rempli ces conditions recevront une attestation de présence à la fin de la formation. • Un contrôle des connaissances au début du Module 5 (voir le programme détaillé) sanctionné par une épreuve écrite. Il s'agit d'un examen d'une durée de 2 heures sous forme de 40 questions à choix multiples (QCM) couvrant la matière des modules 1 à 4 (10 questions par module). Une réponse exacte rapporte 0,5 point, une réponse indéterminée ou fausse rapporte 0 point. - La validation de l'épreuve écrite est obtenue par une note égale ou supérieure à 12/20. - Une note inférieure à 10/20 ne permet pas d'obtenir le DU. - Pour les étudiants ayant obtenu une note égale ou supérieure à 10 mais inférieure à 12, une séance de rattrapage comprenant 10 QCM sera organisé en juin 2015, sous la forme d'un entretien téléphonique. Lors de cette séance, une note minimale de 6/10 sera requise pour valider la formation. PROGRAMME DETAILLE Module 1 : Introduction au NGS et à la bio-informatique Date Horaire Introduction aux technologies de séquençage 12/10/2015 9h30-13h DNA-seq ciblé : principales méthodes d'enrichissement 12/10/2015 14h30-18h DNA-seq : Introduction aux analyses bio-informatiques 13/10/2015 9h30-13h Gestion et stockage des données & veille technologique 13/10/2015 14h30-18h Introduction à Linux : notions de bases et connexion à distance 14/10/2015 9h00-12h30 Introduction à Linux : Principales commandes à connaître 14/10/2015 13h30-17h Module 2 : Analyse de données de NGS & Linux Date Horaire Contrôle-qualité des données brutes et manipulation de fichiers FASTQ 07/12/2015 9h30-13h Alignement de séquences & manipulation de fichiers SAM/BAM 07/12/2015 14h30-18h Manipulation de coordonnées : fichiers BED & autres 08/12/2015 9h30-13h Identification de variations génétiques - CNV 08/12/2015 14h30-18h Contrôles-qualité de fichiers BAM & VCF 09/12/2015 9h00-12h30 Introduction à Galaxy 09/12/2015 13h30-17h Module 3 : Analyse de données de NGS & Python Date Horaire Introduction à Python : notions de bases 01/02/2016 9h30-13h Introduction à Python : structures de décision & boucles 01/02/2016 14h30-18h Introduction à Python : manipulations de fichiers & utilisation de modules 02/02/2016 9h30-13h Annotation, Priorisation & filtre des variations : principe & outils 02/02/2016 14h30-18h IGV & Interprétation des variations génétiques 03/02/2016 9h00-12h30 Bases de données de variations & phénotypiques 03/02/2016 13h30-17h Module 4 : Interprétation des données & outils informatiques associés Date Horaire Limites technologiques & stratégies de réanalyse 21/03/2016 9h30-13h Python : création d'un script d'annotation de VCF 21/03/2016 14h30-18h Outils de prédiction in silico 22/03/2016 9h30-13h Introduction à Ensembl & BioMart 22/03/2016 14h30-18h Introduction au UCSC Genome Browser 23/03/2016 9h00-12h30 Rendu des résultats aux cliniciens 23/03/2016 13h30-17h Module 5 : NGS & diagnostic – Exemples d'applications, Qualité, rendu des résultats et considérations éthiques Date Horaire Évaluation (QCM) 23/05/2016 9h30-11h30 NGS & diagnostic : Revue des recommandations internationales 23/05/2016 11h30-13h NGS & Qualité : vers l'accréditation 23/05/2016 14h30-18h Mutations somatiques en oncologie 24/05/2016 9h30-13h Séquençage ciblé dans la DI 24/05/2016 14h30-18h Séquençage d'exomes en diagnostique 25/05/2016 9h30-13h Point de vue du clinicien & considérations éthiques 25/05/2016 14h-17h30 Pot de fin de DU 25/05/2016 17h30-19h