STAGE Ingénieur Agronome ou M2 Développement d’un protocole de détection précoce du virus de la sharka dans des Prunus Contexte du stage La virose de la sharka est une grave maladie des espèces fruitières à noyau du genre Prunus (pêcher, abricotier, prunier notamment) causée par un virus, le Plum pox virus (PPV). La dispersion de la virose est assurée par les échanges commerciaux de matériel végétal contaminé et, à l’échelle du verger, par de nombreuses espèces de pucerons ailés. Les principales méthodes de lutte contre le PPV sont basées sur la production de jeunes plants certifiés indemnes de virus et sur l’arrachage des arbres contaminés dans les vergers (pour plus d’informations sur la virose, voir Dallot et al., 2012). En France, les modalités de la lutte contre la virose, et notamment la surveillance visuelle et l’arrachage des arbres présentant des symptômes, sont définies dans le cadre d’un arrêté national de lutte. Les actions mises en œuvre au cours des deux dernières décennies ont permis de contenir la maladie au sein des régions présentant des foyers épidémiques sans toutefois l’éradiquer. La sensibilité de cette surveillance est probablement l’une des causes de l’efficacité partielle de la lutte. Afin d’être encore plus efficaces, les méthodes de surveillance devraient idéalement permettre de détecter les arbres contaminés avant même que ceux-ci ne soient infectieux et puissent ainsi participer à la dissémination de la virose. En effet, après contamination par un puceron porteur du virus, un arbre n’est infectieux qu’après une durée de une à plusieurs années (période de latence). Durant cette période, le virus n’est pas détectable dans les feuilles de l’arbre, cibles les plus fréquentes des protocoles officiels d’échantillonnage et de diagnostic. Il y a donc un enjeu à développer de nouvelles procédures d’échantillonnage et de détection ciblant d’autres organes de l’arbre. Or, les données disponibles pour le PPV mais aussi pour d’autres virus suggèrent notamment que le virus est présent dans le système racinaire des arbres en période de latence (Quiot et al., 1995) et en période de dormance hivernale (Adams et al., 1999). Les enjeux de ce stage sont ainsi de développer et de tester un nouveau protocole de détection précoce du PPV dans des arbres infectés et encore en période de latence. Sujet du stage Le stage comportera plusieurs étapes : 1- Développement d’un protocole de détection du PPV à partir de plantes infectées : extraction du virus à partir d’échantillons de racines et d’écorce collectés sur de jeunes pêchers infectés artificiellement par le PPV au laboratoire, puis détection sérologique (ELISA) et/ou moléculaire (PCR classique ou PCR quantitative). 2- Développement d’un protocole d’échantillonnage des racines et d’écorce sur des pêchers en verger : à partir d’arbres présentant des symptômes de sharka, définition d’une stratégie d’échantillonnage du système racinaire et d’écorce maximisant la probabilité de détection du virus. 3- Réalisation des prélèvements et des tests de détection précoce du virus sur des échantillons de différents organes (incluant écorce et racines) de pêchers asymptomatiques en vergers. Compétences recherchées et contraintes Les compétences pratiques requises pour ce projet correspondent aux techniques d’expérimentation végétale, de virologie végétale et de biologie moléculaire. L’exploitation des données générées fera appel à des analyses statistiques classiquement utilisée en biologie. De plus, le sujet de stage concerne un virus de quarantaine et l’étudiant sera amené à réaliser des expérimentations biologiques dans un espace de confinement de type NS2 (respect de la réglementation et rigueur indispensables). Le stage implique aussi des activités de terrain (échantillonnage des arbres dans des vergers de production) ce qui nécessitera des déplacements dans la région ainsi que le respect des règles de fonctionnement des équipes en charge de la lutte contre la maladie (FEDON). Equipe d’accueil INRA, UMR BGPI, Equipe Epi2V ‘Epidémiologie végétale et vection’ http://umr-bgpi.cirad.fr/equipes/equipe6.htm Lieu d’accueil UMR BGPI, Cirad TA A-54/K, Campus international de Baillarguet, 34398 Montpellier cedex 5 http://umr-bgpi.cirad.fr/acces.htm Gratification 436 €/mois Contact et encadrement Sylvie Dallot, Ingénieur de Recherche INRA UMR BGPI Tel : 04 99 62 48 49 Email : [email protected] Loup Rimbaud, Doctorant UMR BGPI Tel : 04 99 62 41 90 Email : [email protected] Références bibliographiques Adams A.N., Guise C.M., Crossley (1999) Plum pox virus detection in dormant plum trees by PCR and ELISA. Plant Pathology 48:240-244. Mis en forme : Français (France) Dallot S., Decroocq V., Thébaud G., Candresse T., Borron S., Labonne G. (2012) Sharka, mieux comprendre pour mieux gérer en verger. Phytoma 654:33-37. Mis en forme : Anglais (États Unis) Quiot J.-B., Labonne G., Boeglin M., Adamolle M., Renaud L.Y., Candresse T. (1995) Behavior of two isolates of Plum pox virus inoculated on peach and apricot trees : First results. Acta Horticulturae 386:290-297.