Explorations bactériologiques, virologiques, parasitologiques et mycologiques en dermatologie M. Segondy Infections cutanées En guise d’introduction: De très nombreux agents microbiens peuvent être retrouvés au niveau de la peau: - soit à l’état normal: flore cutanée • Bactéries essentiellement - soit à l’état pathologique • Bactéries, virus, parasites, champignons Infections cutanées 1. Infections bactériennes – Il faut distinguer la colonisation d'une lésion cutanée d'une infection – Toute lésion est colonisée par la flore cutanée • Flore cutanée résidente – – – – Staphylocoques coagulase négative Corynebactéries Propionibactérium acnes Staphylocoque doré (20% des individus) • Flore cutanée transitoire – Entérobactéries, entérocoque (origine digestive) – Bacillus, Pseudomonas, acinetobacter… (environnement) Infections cutanées 1. Infections bactériennes • Germes banaux – Impétigo, folliculites, érysipèle, cellulite/fasciite… staphylocoques, steptocoques +++ (≠ atteintes cutanées toxiniques: exfoliation, scarlatine… ) – Infections des plaies et brûlures: staphylocoques, streptocoques, entérobactéries, Pseudomonas, anaérobies etc… Colonisation ou Infection ? • Germes spécifiques – Pasteurella, Borrelia, Eikenella corrodens, Bartonella, Tréponema etc… • Immunodéprimés – Nocardia, Actinomyces, mycobactéries… Infections cutanées 2. Virus • • • • HSV1, HSV2 (Herpès labial, génital) VZV (varicelle, zona) Entérovirus (syndrome pieds-mains-bouche) Papillomavirus (verrues, condylomes, épidermodysplasie verruciforme…) • Poxvirus (monkeypox, orf, nodule des trayeurs…) Manifestations cutanée indirectes (mécanisme immunopathologique): – Fièvres éruptives: rougeole, rubéole, Parvo. B19, HHV6 – Rashs cutanés: EBV, VIH, adénovirus, dengue… – Vascularites viro-induites: HBV (PAN), HCV (cryoglobulinémie) Infections cutanées 3. Parasites • Arthropodes - Gale Pédiculoses Myases Tungose • Helminthes - Filarioses cutanées (dracunculose, onchocercose, loase) - Larva migrans • Protozaires - Leishmaniose cutanée - Amibiase cutanée (ne se voit pas en France) Infections cutanées 4. Champignons Onychomycoses, mycoses de la peau glabre, teignes • Levures • Malassezia furfur (Pityriasis versicolor) • Candida • Dermatophytes • Microsporum • Trichophyton Mycoses tropicales • Mycétome fongique • Chromomycoses (blastomycoses) Localisation cutanée ou sous-cutanées de mycoses profondes chez l'immunodéprimé Les prélèvements 1. Bactériologie • Quelques règles! • • Les prélèvements ne sont indiqués que si l'infection est cliniquement établie Les prélèvements de surface des plaies sont toujours positifs – Faible fiabilité – Tentation de traitement antibiotique inutile (inefficace sur colonisation) et risque de pression de sélection et de résistance Les prélèvements 1. Bactériologie • Infections superficielles • Impétigo, folliculites, furoncles, intertrigos Diagnostic essentiellement clinique Examen bactériologique le plus souvent inutile Les prélèvements 1. Bactériologie • Erysipèle, Fasciite nécrosante Prélèvement: - Ponctions sous-cutanée Désinfection cutanée préalable Injection un peu de sérum Φ dans la lésion et ré-aspirer. -ou Biopsie Examen peu sensible! Peu d'intérêt dans les formes typiques en l'absence de signes de co-morbidité. Prélèvement: En per-opératoire. Ponction sous-cutanée ou biopsie Les prélèvements 1. Bactériologie • Plaies • Plaies aiguës • • • • • Traumatiques (risque contamination tellurique, aquatique…) Morsures, griffures Brûlures Plaies chirurgicales Plaies chroniques • Escarres, ulcères de jambe, pied diabétique… Les prélèvements • Plaies • • • • • Distinguer une simple colonisation d'une infection!!! Ne prélever qu'en présence de signes cliniques d'infection (douleur, chaleur, fièvre, suppuration…) Débridement préalable Nettoyage au sérum Φ stérile, voire antiseptique doux à la surface de la plaie éliminé par rinçage au sérum Φ avant prélèvement Méthodes de prélèvement: • • • • Ecouvillonnage: le plus utilisé mais difficulté de distinguer colonisation et infection. Non adapté aux anaérobies Curetage avant écouvillonnage: + spécifique que l'écouvillonnage simple Biopsie tissulaire: lésions profondes Aspiration à l'aiguille fine: lésions profondes collectées Les prélèvements 1. Bactériologie La réalisation d'hémocultures est souvent utile: fièvre, lésions profondes, étendues, suspicion d'atteinte osseuse… Les prélèvements 2. Virologie • • Lésions: écouvillonnage appuyé Vésicules: percer avant écouvillonnage Les prélèvements 3. Parasitologie • Myase, tungose, filaire de Médine: • • • • Extraction du parasite pour identification macroscopique Onchocercose: biopsie cutanée Loase: microfilaires dans le sang Leishmaniose cutanée: • • • Raclage de la lésion (périphérie) Suc dermique Éventuellement biopsie Les prélèvements 4. Mycologie • Lésions squameuses • • Lésions suintantes • • Scotch test Ongles • • Ecouvillonnage Pityriasis versicolor • • Grattage (curette de Brocq, grattoir de Vidal) Fragments (ciseaux, curette) Cuir chevelu, zones pileuses • Pince à épiler ± squames ± écouvillonnage (si pus) Examen bactériologique 1. Examen direct (bleu de méthylène et gram) • • • Présence et quantité de polynucléaires Charge microbienne Caractère monomicrobien, polymicrobien Examen bactériologique 2. Cultures bactériennes • • Quantitatives ou semi-quantitatives pour différencier colonisation et infection ? Aérobies et anaérobies selon la localisation Examen bactériologique 3. Antibiogramme • • • Selon le résultat des cultures et le contexte clinique Antibiogramme à ne pas réaliser en cas de flore polymorphe, sans bactéries à forte potentialité invasive Antibiogramme si: • Bactéries à potentialité invasive: S. aureus, Streptocoques β-hémolytiques, Pseudomonas… surtout si flore monomorphe Examen bactériologique 4. PCR • Recherche de bactéries non cultivables selon le contexte clinique. • Ex: Borrelia (Maladie de Lyme) diagnostic précoce au stade d'érythème migrant Examen virologique • Repose essentiellement à l'heure actuelle sur la recherche ciblée par PCR de virus dans les lésions: – HSV-1, HSV-2 – VZV – Plus rarement: • Entérovirus • Papillomavirus Examen parasitologique • Arthropodes et helminthes Filaire de Médine (Dracunculose) – Identification morphologique Sarcopte (gale) • Leishmaniose cutanée – Examen direct sur frottis cutané – Culture et PCR pour identification de l’espèce (labo de référence) Examen mycologique 1. Examen direct Candida Dermatophyte – Il est indispensable! – A l’état frais • Sans fixation ni coloration • Avec éclaircissant (lactophénol) – Après fixation et coloration • Hotchkiss-MacManus – Permet un diagnostic rapide de mycose Examen mycologique 2. Culture – Sur milieux spéciaux (Sabouraud) – Nécessite plusieurs jours (1 à 3 semaines pour les dermatophytes) – Identification: morphologie macro et microscopique, caractères culturaux, fermentation des sucres… Examen mycologique • . Candida Trichosporum Examen mycologique 3. Antifongigramme – Réservé aux infections fongiques invasives (candida +++) – Généralement sans utilité dans les infections cutanées Sérodiagnostics dans les infections cutanées • Infections bactériennes – Infections à streptococcus pyogenes • ASLO, ASD: peu sensible (30-50%) et rétrospectif (2 sérums à 15j d'intervalle) – Maladie de Lyme (Borrelia) – Syphilis – Maladie des griffes du chat (Bartonella) Sérodiagnostics dans les infections cutanées • Infections virales – Infections à VZV: • Varicelle: présence d'IgM • Zona: IgM inconstantes – Fièvres éruptives • • • • Rougeole Rubéole Megalérythème épidémique (Parvovirus B19) … Sérodiagnostics dans les infections cutanées • Infections parasitaires – Arthropodes: pas de sérodiagnostic – Helminthes: sérodiagnostic filariose: sans intérêt dans les filarioses cutanées – Leishmaniose cutanée: pas d’intérêt de la sérologie ( ≠ leishmaniose viscérale) Sérodiagnostics dans les infections cutanées • Infections fongiques – Sérodiagnostic réservé aux mycoses profondes (candidoses, aspergilloses)