Les principales missions du laboratoire de microbiologie

FESASS International Conference
Farmers and veterinarians together to
tackle antimicrobial resistances
Rapid testing to target the
most successful antibiotics
Marc Saulmont
ARSIA asbl
Brussels, 23 Octobrer 2015
Les principales missions du laboratoire
de microbiologie en médecine
vétérinaire
Identification des bactéries pathogènes
Déterminer leur profil de résistances aux antibactériens
Répondre aux exigences du client
Résultats fiables
Résultats rapides
Coûts peu élevé
Microbiologie vétérinaire
Absence de développement technologique spécifique (sauf PCR)
Automatisation très limitée
Absence de réseaux structurés
En Belgique, nombre très limité d’intervenants de taille significative
Microbiologie vétérinaire
–Avant:
•tests phénotypiques classiques
–Colorations, galeries
biochimiques…
–Peu ou pas d’automatisation, pas
d’automates réellement adaptés à la
bactériologie vétérinaire
Microbiologie vétérinaire
Depuis peu:
Apparition de la spectrométrie de masse
appliquée à la microbiologie
MALDI TOF (Matrix Assay Laser Desorption
Ionisation, Time of Flight)
Identification des bactéries
pathogènes
Ensemencement des différents milieux de culture
24H à 48H
Avant
Maintenant
Tests phénotypiques (colorations,
oxydases, catalases, galeries…)
Maldi Tof
48H
5 minutes
Identification
Délais d'obtention d'un résultat bactériologique
100%
92%
90%
80%
70%
63%
<3j
60%
50%
3-5j
45%
42%
6-10j
40%
>10j
30%
30%
20%
10%
0%
2011
2012
2013
2014
2015
Délais d'obtention d'un résultat bactériologique
100%
92%
90%
80%
70%
63%
<3j
60%
50%
3-5j
45%
42%
6-10j
40%
>10j
30%
30%
20%
10%
0%
2011
1er trimestre 2013
>10j
28%
2012
2013
2014
6-10j
5%
<3j
20%
2015
>10j
4%
4e trimestre 2013
3-5j
30%
6-10j
15%
<3j
61%
3-5j
37%
Mais aussi…
Résultats plus précis et plus
fiables
Bibliothèque Bruker riche de plus de 4200 spectres de
référence
Exemple: SCN, Mycoplasma spp.
Mises à jour régulières des bibliothèques
Création de réseaux d’utilisateur
A faible coût
Exception faite de l’amortissement et la maintenance
2° mission du laboratoire de microbiologie
Déterminer le profil de résistances
aux antibactériens
•Technique de diffusion en milieu
gélosé
•Sous accréditation pour les
entérobactéries et Staphylococcus
aureus
Belac ISO 17025
QC
Système Sirscan
• lecture semi automatisée
• aide à l’interprétation des résultats bruts
• stockage des données et traitement épidémiologique
Un objectif
immédiat et urgent
Des objectifs
indirects
http://www.canstockphoto.fr/math-tableau-noir-9875082.html
http://stickeramoi.com/sticker-animaux-ferme/5851-autocollant-fermier-deco-chambre-enfant.html
Détermination de la sensibilité
aux antibiotiques
Un objectif direct
Apporter aux praticiens, une information précise en
matière de résistance aux antibactériens d’intérêt
vétérinaire
Interpréter le résultat et le replacer dans le contexte
pathologique
Un objectif indirect
Épidémiologique
Même s’il existe plusieurs biais de prélèvement
Recours fréquent au laboratoire en cas d’échec
thérapeutique
Bactéries soumises à une pression de sélection
préalable
Pas de maîtrise du prélèvement
Permet néanmoins
De montrer, s’il y a ou non évolution de
l’antibiorésistance dans le cadre de notre pratique
bovine
Exploiter et vulgariser des données
Provenant des utilisateurs directs et donc des prescripteurs
Articles, présentations diverses pour vétérinaires
Rapport d’activité antibiogramme (4 éditions depuis 2005)
Société Belge Francophone de Buiatrie
Evolution de l'antibiorésistance pour les E. coli CS31a et F17 chez les veaux
% Rb 2005 2009
% Rb 2010 2012
TETRACYCLINE
FLORFENICOL
KANAMYCINE
C3G et C4G
FLUOROQUINOLONE
GENTAMICINE 2
COLISTINE 2
AMOX-CLAV 2
AMOXICILLINE 2
% Ra2013-2015
TRIMETHOP+SULFA
2
100,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
40,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
Evolution de l'antibiorésistance pour les E. coli CS31a et F17 chez les veaux entre
2005-2009 et 2010-2012
% Rb 2005 2009
TETRACYCLINE
FLORFENICOL
KANAMYCINE
C3G et C4G
FLUOROQUINOLONE
GENTAMICINE 2
COLISTINE 2
AMOX-CLAV 2
AMOXICILLINE 2
% Rb 2010 2012
Evolution de l'antibiorésistance pour les E. coli CS31a et F17 chez les veaux entre
2010-2012 et 2013-2015
% Rb 2010 2012
TETRACYCLINE
FLORFENICOL
KANAMYCINE
C3G et C4G
FLUOROQUINOLONE
GENTAMICINE 2
COLISTINE 2
AMOX-CLAV 2
% Ra2013-2015
AMOXICILLINE 2
100,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
40,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
TRIMETHOP+SULFA
2
TRIMETHOP+SULFA
2
100,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
40,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
Evolution de l'antibiorésistance pour les E. coli CS31a et F17 chez les veaux entre
2010-2012 et 2013-2015
% Rb 2010 2012
TETRACYCLINE
FLORFENICOL
KANAMYCINE
C3G et C4G
FLUOROQUINOLONE
GENTAMICINE 2
COLISTINE 2
AMOX-CLAV 2
AMOXICILLINE 2
% Ra2013-2015
TRIMETHOP+SULFA
2
100,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
40,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
E. coli résistants à la colistine (CMI > 2mg/L) (en % )
5,00%
4,32%
4,50%
4,00%
3,50%
3,00%
2,50%
2,00%
1,28%
1,50%
0,89%
1,00%
0,50%
0,00%
0,09%
2011
2012
0,00%
2013
2014
2015
Intégration des données ARSIA dans le système de
contrôle et de gestion des médicaments belges
Intégration de première ligne
ARSIA
• Anamnèse
• Infos traitements
• infos animaux
traités
• Autopsies
• Résultats Bactério
• Antibiogrammes
Eleveurs
/vétérinaires
AMCRA
Antimicrobial
Consumption and
Resistance in Animals)
• Recommandations
• Vademecum médicaments
• Interprétation
• Recommendations
• Conseils en
collaboration avec
vété traitant
Vété conseil ARSIA
Intégration des données ARSIA dans le système de
contrôle et de gestion des médicaments belges
DESIR = Data Mining
LIMS ARSIA
données labo
ELEVEURS Traitements
Motifs de traitement
données
identifications
Indicateurs
sanitaires
Indicateurs s/
usage des
médicaments
Vétérinaires
Traitements
Motifs de traitement
BIGAME:
gestion informatique
des médicaments à
la ferme
données
antibiotiques
Benchmarking
s/ usage des
médicaments
Sanitel-MED
DB médicament
officielle
AMCRA
Antimicrobial Consumption
and Resistance in Animals)