Sujet de Master Online Morphogenesis

Sujet de stage : Online Morphogenesis
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Ce stage s'inscrit dans le cadre l'Institut de Biologie Computationnelle de Montpellier (IBC)
Il s'effectuera au sein des équipes de recherche de Christophe Godin (Virtual Plants INRIA)
et de Patrick Lemaire (CRBM CNRS) à Montpellier.
Ce projet se place dans le contexte des problématiques de la biologie du développement
appréhendées par une approche interdisciplinaire.
Nous avons récemment reconstruit l'histoire de
chaque cellule d'un organisme marin (Ascidie) jusqu'à la fin de la gastrulation à partir d'image 3D +
temps obtenues par microscopie (Figure). Le but de ce sujet de stage est d'implémenter une interface
interactive online permettant de visualiser les données morphologiques du développement d'un
embryon. Elle sera développée par l’intermédiaire de la technologie WebGL (opengl sur le web) afin de
pouvoir toucher une communauté large et d’éviter les problèmes d’installation multi-plateforme. Cette
interface doit permettre de visualiser et d’interagir avec des données surfaciques (maillage des
surfaces cellules). Elle devra comporter :
● un chargement progressif du maillage
● une navigation spatiale par rotation
● un slider pour se déplacer dans le temps
● un ensemble de choix pour le rendu (couleurs, transparence, matériaux, lumière, etc...)
● la possibilité de sélectionner des objets
● la possibilité de pouvoir couper des objets surfaciques selon des orientations choisies.
Cette interface devra être très intuitive pour être utilisée facilement par une communauté de
biologistes non habitués aux logiciels complexes. Elle s'intègre dans un projet plus large qui consiste à
créer un atlas génétique associé à la morphodynamique de l'embryon.