Intitulé de la thèse : Régulation de gènes de séquences d'insertions bactériennes impliquées dans la résistance aux antibiotiques Laboratoire d'accueil : UMR Inserm1092: Anti-infectieux:Supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques Direction de thèse : Pr Marie-Cécile Ploy / Dr Thomas Jové Description du sujet de thèse : L'UMR1092 s'intéresse aux déterminants génétiques de la multirésistance des bactéries aux antibiotiques. Ce phénomène est principalement lié à la capacité des bactéries à échanger des éléments génétiques mobiles (EGM) via des transferts horizontaux de gènes. Nous avons récemment commencé à nous intéresser à une famille d'EGM appelée ISCR, peu caractérisée mais potentiellement impliquée à la fois dans la dissémination mais aussi dans l'expression de l'antibiorésistance. En effet, ces éléments présentent un gène rcr codant une probable protéine de mobilité (transposase) mais également un promoteur dirigé en dehors de l'élément ISCR. Or les ISCR sont très souvent localisés de façon adjacente à des gènes de virulences. Ainsi l'élément ISCR le plus prévalent, appelé ISCR1, est associé à des combinaisons variables de gène de résistance aux antibiotiques pour l'expression desquels il pourrait fournir un promoteur fonctionnel. Au laboratoire, nous avons montré qu'en effet la présence d'ISCR1 contribue de façon importante à l'expression de ces gènes et localisé les promoteurs "PcRCR1" qui interviennent dans ce processus. De plus, nous avons identifié une voie de régulation, appelée "réponse SOS", qui induit spécifiquement le niveau d'expression du gène rcr1 et donc potentiellement le taux de mobilité de l'élément ISCR1. Cette régulation est enclenchée suite à des stress conduisant à des dommages de l'ADN, tels que l'exposition à certains antibiotiques, suggérant que des traitements antibiotiques pourraient directement stimuler la mobilité des ISCR et ainsi favoriser la multirésistance des bactéries aux antibiotiques. Les objectifs de la thèse proposée sont: (i) de déterminer s'il existe d'autres voies de régulation pour les promoteurs Prcr1 et PcRCR1, (ii) de caractériser la diversité des éléments ISCR1 et plus généralement de la famille ISCR (iii) d'étendre cette étude à d'autres membres de la famille ISCR qui présentent des motifs de régulations analogues. En effet, des analyses bioinformatiques nous ont permis d'identifier que des MGE d'autres familles pourraient également présenter des régulations analogues, ce qui nous avons confirmer expérimentalement avec l'une d'entre-elles. (iv) de déterminer si en effet la mobilité de l'élément ISCR1 entier est induite dans les conditions de la réponse SOS (collaboration avec l'équipe du Dr Ton-Hoang, Université Paul-Sabatier/CNRS, Toulouse). Expérience souhaitée/profil : Master 2 recherche en microbiologie et/ou biologie moléculaire. Intérêt pour la résistance aux antibiotiques et les analyses bioinformatiques. Motivation. Modalités de dépôt de candidature et contact : [email protected], [email protected]