18 ICAC RECORDER Effet sur la qualité Coût de production au Nicaragua Opération Engrais Lutte contre les plantes adventices Ravageur Assistance technique Total Production conventionnelle 60,70 31,18 340.95 432,83 Production organique 9,2 73,3 28.9 27.4 138,8 Le coton organique est cultivé au Nicaragua depuis 4 ans sur la base expérimentale. Le coût comparatif de quatre opérations importantes de coton organique versus la production conventionnelle est donné dans le tableau ci-dessus. Au Nicaragua, le coton est généralement pulvérisé en moyenne 13 fois, d’où une réduction significative dans l’utilisation d’insecticides ces 5 dernières années. Dans le cadre de la production organique, les opérations de lutte contre les insectes consistaient notamment à appliquer un extrait d’une plante locale ayant un effet insecticide outre les produits chimiques autorisés par une organisation de certication. Les coûts des visites fréquentes pour conseiller les planteurs, comparé aux conseils quasi-gratuits du secteur public, font partie de l’assistance technique. Il semble que la production organique soit moins chère au Nicaragua mais son économie dépend du niveau de rendement et du surprix reçu. Vu que les insecticides chimiques sont les méthodes de lutte les plus efficaces contre les insectes, une pression d’insectes élevée pourrait grandement affecter le rendement. Dans le cadre de la culture classique, la plupart des données sur la production de coton organique appartiennent aux propriétaires et sont difficiles à obtenir. La littérature montre que, si de l’azote n’est pas appliqué au coton lorsque c’est nécessaire, le micronaire est renforcé et la longueur de la soie est diminuée. L’élimination d’insecticides dans le système de production augmentera l’apparition de taches jaunes. Aux Etats-Unis, un grand nombre de laboratoires de technologie de la fibre, dont l’International Textile Center à Lubbock et l’Institute of Textile Technology à Charlottesville, ont testé le coton organique. Mais aucune donnée n’est disponible pour déterminer l’effet qu’entraîne la suppression des insecticides et des engrais. Des communications personnelles avec certains laboratoires ont indiqué que le grade du coton est généralement plus faible dans le cadre de la production organique. Swezey et Goldman (1996) ont également étudié l’effet des conditions de culture organique sur la qualité de la fibre et ils n’ont trouvé aucune différence au niveau de la longueur de la résistance de la fibre et du micronaire. Toutefois, le coton organique avait un pourcentage plus élevé de coton taché. Surprix pour le coton organique Normalement, les planteurs de coton organique s’attendent à un prix plus élevé pour leur coton organique pour compenser les pertes de rendement et les coûts supplémentaires de la production. Les informations disponibles montrent que ces majorations vont de zéro à 100 %. Klonsky et al (1996) ont analysé la performance économique du coton organique dans la vallée au Nord de San Joaquin et ont conclu que la production organique devait obtenir un prix plus élevé pour rester viable du point de vue économique. Les références se trouvent à la page cinq. Empreinte de l’ADN pour l’identification de variétés La sélection au sein de la population existante est une méthode reconnue pour le développement des variétés. Les mutations spontanées, les croisements ou une combinaison pourraient aboutir à des variations au sein d’une variété génétique pure. Le problème principal concerne toujours l’identification de telles variétés en fonction des différences morphologiques. Même si la variété a été développée par le biais de l’hybridation entre cultivars avec une base génétique étroite, l’identification devient difficile à moins que le nouveau génotype ait un gène marqueur. Mais, premièrement, les gènes marqueurs avec des différences morphologiques proéminentes ne sont pas facilement disponibles et, deuxièmement, ils risquent d’entraîner des caractères peu souhaitables. Il n’est pas recommandé, suite au temps nécessaire que cela demanderait, de faire des travaux de sélection pour l’induction d’un caractère morphologique proéminent ou pour éviter le caractère indésirable du gène marqueur. Toutefois, aux fins de maintenir la pureté d’une nouvelle variété dans le processus de production de semences, il faut trouver des différences morphologiques proéminentes entre les variétés. Les traits mor- phologiques sont indicatifs de la structure génétique de la plante et, généralement, il n’est pas difficile pour les sélectionneurs d’identifier leurs propres variétés même dans le cas de différences mineures par rapport à d’autres variétés. Les systèmes de production de semences dans le monde entier se fondent encore sur les différences visuelles. Les types marginaux —s’écartant de la norme de la variété— sont éliminés et le reste de la population est supposé être pure. Identification de la diversité génétique L’information génétique codée dans l’acide désoxyribonucléique ou ADN —produit chimique complexe qui est le code de l’information génétique de tous les organismes vivants comprend quatre bases dont les abréviations sont les suivantes : A (adénine), C (cytosine), G (guanine) et T (thiamine). La séquence de l’arrangement de ces bases détermine le comportement interne et externe d’un génotype. Il n’existe pas de manières faciles de déterminer la pureté génétique au sein d’une population. La diversité SEPTEMBRE 1996 génétique résultant de l’introgression intra ou interespèces peut être évaluée avec des caractères morphologiques, des protéines des graines, des iso-enzymes et des marqueurs (ADN). L’analyse des iso-enzymes est limitée par le faible nombre des loci des marqueurs, un manque général de polymorphisme dans ces loci et des risques de variabilité dans le mode des bandes suite au développement de la plante (Tanksley et al 1989). Un grand nombre de marqueurs polymorphes sont nécessaires pour mesurer la diversité génétique de façon fiable qui limite l’utilisation de caractères morphologiques et des iso-enzymes qui seront utilisés pour mesurer la diversité génétique. Le polymorphisme de longueur restrictive de fragments (RFLP) peut être utilisé mais cela prend beaucoup de temps et revient cher. Toutefois, les empreintes de l’ADN représentent un mode fort utile pour identifier l’ampleur des analogies et des différences entre génotypes. L’utilisation de l’ADN aléatoire, amplifié et polymorphe (RAPD) présente un nombre illimité de marqueurs à diverses fins. La technique RAPD est simple et suffisamment rapide pour mesurer la relation entre les génotypes avec une bonne mesure de fiabilité. La technique RAPD a su fournir la quantité de variation ou a su confirmer la relation entre génotypes. En outre, Tatineni et al (1996) ont comparé les différences génétiques obtenues des marqueurs RAPD de seize variétés des Etats-Unis avec des différentiations morphologiques visuelles des mêmes variétés et ont conclu que l’analyse des marqueurs RAPD confirmait les différences taxinomiques entre les variétés. Quantification de la diversité génétique Peu de travaux ont été faits sur la quantification de la diversité génétique entre espèces et variétés et au sein des variétés. Toutefois, certains des travaux les plus récents faits en Australie, au Pakistan et aux Etats-Unis ont montré que les différences interespèces du polymorphisme ne sont pas importantes. L’empreinte génétique de G. hirsutum, G. barbadense et G. arboreum avec des marqueurs RAPD a montré que les espèces G. barbadense et G. arboreum étaient analogues à raison de 50 % au moins à G. hirsutum. Multani et Lyon (1995) ont utilisé des marqueurs RAPD générés par trente amorces aléatoires de dix polymères et une coloration argentée pour marquer trente cotons upland et une variété de G. barbadense. Trente variétés de G. hirsutum comprenaient onze génotypes australiens développés localement, la variété Deltapine DP 90 et la variété S 295 de la France. Les graines ont été stérilisées dans une solution avec 20% d’un agent de blanchiment style eau de javel pendant vingt minutes et cultivées artificiellement dans des conditions de laboratoire. Pour l’extraction de l’ADN, les feuilles cotylédonaires de deux à cinq cotonniers ont été mélangées pour arriver à une masse de 1,5 grammes. Trente amorces de dix polymères de quatre ensemble différents ont été utilisées pour l’amplification de l’ADN. Les échantillons d’ADN amplifiés ont été analysés par électrophorèse et une amplification par une amorce donnée a été marquée comme présente ou absente de tous les cultivars. 19 Selon Multani et Lyon, quatorze cultivars de coton et trente amorces ont abouti à la formation de 453 fragments d’ADN amplifiés ou marqueurs RAPD. 15 % du total des marqueurs étaient spécifiques à la variété G. barbadense S-7 et ils étaient absents dans toute autre variété faisant partie de l’essai. 33 % du total des marqueurs étaient uniques aux variétés G. hirsutum. Pour les types hirsutum, DP 90 était différent génétiquement à raison de 60 % des variétés australiennes et pourtant était semblable à 80 % au CS 50. La variété française S 295 supposée avoir une origine diverse (peut-être a-t-elle été développée dans un pays africain) était analogue à raison d’environ 90 % au type australien CS 50. Toutes les variétés ne pouvaient pas être distinguées par un certain nombre de marqueurs. Certains cultivars upland pouvaient être distingués uniquement avec 10, 12, 15 et 19 marqueurs RAPD alors que Pima S-7 variait par rapport aux types upland de 104 marqueurs (69 uniques et 35 marqueurs absents). Il a été possible en fonction des marqueurs moléculaires de regrouper les variétés en divers groupes par rapport à leurs analogies ou différences génétiques. Multani et Lyon sont partis de l’hypothèse selon laquelle il serait possible, sur la base des marqueurs polymorphes, de comprendre les relations génétiques entre génotypes d’origine inconnue. Des travaux analogues ont été effectués au Pakistan sur 22 cultivars upland de l’Australie, du Pakistan et des Etats-Unis et la variété pakistanaise cultivée commercialement G. arboreum. Ravi Iqbal et al (1996) ont également utilisé la technique RAPD de Williams et al (1990) pour estimer l’homologie génétique entre des variétés de coton d’origine diverses. Cinquante amorces appartenant à divers groupes d’Operon ont été utilisées pour l’amplification PCR. Iqbal et son groupe, en plus des différences génétiques entre variétés, ont également étudié les différences entre cotonniers au sein d’une même variété. A cette fin, deux variétés, S 12 et la variété candidate Krishma ont été cultivées au-delà du stade du jeune plant. Vingt cotonniers au sein de la variété S 12 ont montré des profils d’amplification constants pour treize amorces montrant ainsi un niveau très élevé d’analogie entre les cotonniers. Il a été prouvé que la variété représente une authentique sélection très homozygote dans sa structure génétique. Quinze cotonniers de la variété Krishma ont été étudiés par rapport à neuf amorces et le caractère polymorphe n’a été constaté que pour deux amorces. Les études sur le polymorphisme de Krishma ont montré que la variété n’est pas homozygote et que certains caractères sont encore en train de subir une ségrégation. Selon Iqbal et al (1996), les différences morphologiques entre cotonniers Krishma et leur réponse différente à la frisolée dans le champ confirmaient également l’hétérogénéité de la population. Aucune amorce unique n’a été capable de déclencher des effets polymorphes dans toutes les 23 variétés, de sorte à pouvoir les différencier entre elles. Quarante des cinquante amorces ont amplifié un total de 349 fragments d’ADN dans 22 variétés. Une 20 des amorces n’était pas polymorphe pour aucune des 23 variétés. Mais l’incapacité d’une seule amorce à produire des marqueurs polymorphes dans toutes les variétés étudiées a indiqué une relation génétique plus étroite entre les variétés. A l’instar des travaux australiens, les différences intervariétés pour un certain nombre de fragments amplifiés étaient très évidentes et la dimension des fragments amplifiés avec des amorces différentes variait également selon les variétés. Iqbal et al (1996) ont également confirmé des différences interespèces concernant les marqueurs polymorphes. Ils ont constaté que la variété G. arboreum avait le moins d’analogie avec d’autres variétés. Ravi a montré une analogie de 55 % avec la variété CIM 1100, supérieure à la proportion pour toutes les autres variétés. Les cotons diploïdes seraient tolérants à la frisolée et les essais sur le terrain ont prouvé que CIM 1100 (G. Hirsutum) a également une tolérance élevée à cette maladie, une des raisons de l’analogie entre ces deux variétés. Les données RAPD ont également montré que dix-sept sur les 22 variétés avaient une analogie de 82 % à plus de 94 % dans leur amplification de l’ADN. L’analogie est plus grande, d’après certaines indications, entre variétés développées dans la même station. Iqbal et al (1996) ont rapproché cette analogie de la base génétique étroite utilisée lors de l’hybridation de nouveaux génotypes. Tatineni et al (1996) ont étudié l’effet de 80 amorces sur l’amplification des génomes de ADN de 19 génotypes de coton dont les génotypes G. hirsutum et G. barbadense. Les génotypes utilisés avaient une origine très diversifiée et ont montré une grande variation dans les données morphologiques telles que la longueur des sympodes, la longueur de la feuille, la profondeur de la coupure dans la feuille, la couleur des pétales, la couleur du pollen ainsi que la forme et la surface de la capsule, etc. A la place des feuilles cotylédonaires, Tatineni et al ont utilisé des feuilles arrivées à maturité de dix cotonniers différents et les ont mélangées avant d’extraire l’ADN génomique. Vingt-sept des 80 amorces ont donné soit des produits amplifiés monomorphes ou aucun morphisme n’a été constaté dans une variété quelconque. Cinquante-trois amorces ont été en mesure d’amplifier 135 fragments à l’évidence polymorphes montrant ainsi une moyenne de 1,7 RAPD par amorce. Tel qu’on pouvait s’y attendre, les deux génotypes barbadense avaient entre eux une faible distance génétique de 0,42. Il a été possible sur la base du RAPD de regrouper toutes les variétés en deux grands groupes de G. hirsutum et G. barbadense. Ce développement récent dans l’étude de l’ADN a créé de nouvelles possibilités de comprendre les analogies et différences. Cela a également permis d’établir des relations entre génotypes d’origine inconnue. Les études susmentionnées sont parmi les premières études faites dans ces pays en vue de quantifier la diversité génétique concernant une vaste gamme de génotypes appartenant à trois espèces cultivées différentes de coton. Les génotypes choisis comprenaient des génotypes plus ou moins reliés et une variété d’amorces a été essayée. Les détails sur les ICAC RECORDER Etudes sur le polymorphisme dans certains pays Elément No. de variétés No. d’amorces Pas de polymorphisme No. total de polymorphisme Moyenne RAPD/amorce Australie 14 30 0 453 15,1 Pakistan 23 50 1 349 7,0 Etats-Unis 19 80 27 135 1,7 amorces peuvent être obtenus dans les laboratoires respectifs mais les résultats des trois études sont comparés dans le tableau ci-dessus. Les caractéristiques ou paramètres classiques qui distinguent les variétés ou les génotypes sont très influencés par l’environnement et les conditions de végétation. Les codages des loci des gènes pour les iso-enzymes et les protéines sont conservés dans la nature et partant ne sont pas assez polymorphes pour faciliter la différentiation de variétés avec des différences génétiques étroites. L’identification d’autres systèmes de marqueurs capables de distinguer des matériaux étroitement reliés entre eux est nécessaire. Avec la découverte de l’empreinte de l’ADN en 1985, l’attention s’est concentrée sur l’ADN comme source de polymorphisme informatif. La séquence de l’ADN est unique chez chaque personne et n’est pas influencée par l’environnement ou les conditions de développement. La séquence de l’ADN est stable et ne change pas avec la croissance fournissant ainsi un excellent moyen d’étudier l’identification des génotypes dans le coton et dans d’autres organismes vivants. Outre l’étude de la diversité génétique dans une population donnée, l’empreinte de l’ADN marque également les gènes d’importance économique et leur utilisation efficace dans les programmes de sélection. Le marquage des gènes donnera non seulement un sens de la direction mais aussi une précision nettement plus grande dans la sélection en vue d’objectifs spécifiés. L’empreinte de l’ADN pourrait être un outil très utile pour l’établissement des droits de propriété intellectuelle dans divers pays. Elle pourrait aider à résoudre les questions controversées se rapportant à l’utilisation de gènes spécifiques brevetés ainsi qu’à l’introduction et à la multiplication de semences pour les plantations commerciales. En Inde, le Centre national de recherche sur les empreintes de l’ADN a été créé récemment pour effectuer des recherches dans le domaine de la mise au point de sondes pour les différentes espèces, techniques et technologies pour l’utilisation de l’information codée sur l’ADN. Contributions des parents dans les hybrides F1 Un système génétique qui pourrait directement mesurer l’importance du caractère hétérozygote dans les hybrides du coton commercial ou même les hybrides ordinaires est très important. La mesure de l’ampleur de l’hybridité peut refléter dans une grande mesure la performance. Gwyn et al (1995) utilisant l’analyse RFLP ont étudié dix lignes parentales de capacité de liaison SEPTEMBRE 1996 21 connue, leurs huit combinaisons F1 et la population F2 de deux combinaisons parentales. Des deux, on a analysé, aux fins d’intégrité génétique, les combinaisons F1 comprenant les sous-populations hybrides à 100 % et à 50 % et les deux populations F2 produites des cotonniers F1 purs à 100 %. Les techniques de bandes de l’ADN de la population F1 reflétaient précisément la contribution à100 % ou à 50 % du parent mâle. La population F2 a également démontré clairement le ratio génétique espéré. Gwyn et al (1995) ont prouvé que le RFLP pouvait être utilisé avec succès pour déterminer la contribution génétique des parents et pouvait peut-être servir à maximiser le caractère hétérozygote et partant l’hétérosis des hybrides de coton. Des progrès ont déjà été faits pour trouver l’homologie chromosomique et pour localiser l’existence de caractères sur les divers chromosomes utilisant une carte des différentes sondes de l’ADN et de l’analyse RFLP. Il semble que, grâce à l’empreinte ADN, il sera possible sous peu d’identifier l’importance de l’expression d’un caractère particulier avant les tests sur le terrain. Une meilleure compréhension de l’emplacement de gènes spécifiques facilitera la prévision de la performance des hybrides. Les références se trouvent à la page huit. Résistance à la toxine Bt dans le coton La campagne du coton 1996/97 entre dans les annales de l’histoire de la production cotonnière avec la plantation commerciale du coton Bt résistant aux lépidoptères. Les planteurs de coton aux Etats-Unis et les chercheurs dans le domaine du coton dans le monde entier entendent parler du coton Bt depuis 10 ans. L’industrie cotonnière était impatiente de voir le coton Bt cultivé dans les champs, utilisant à large échelle la technologie d’ingénierie génétique. Depuis l’acceptation des chromosomes comme porteurs de matériel héréditaire, des progrès ont été faits pas à pas pour comprendre le mécanisme du contrôle génétique et l’utilisation d’unités plus petites que le chromosome entier. La génétique biochimique a donné naissance au concept selon lequel un gène est l’unité la plus petite de l’hérédité et qu’un gène est responsable pour la production d’une enzyme. Ce sont la reconnaissance et la compréhension du modèle Watson et Crick de la structure de la double hélice de l’ADN (acide désoxyribonucléique) qui ont inspiré le développement significatif suivant. Une fois que les chercheurs avaient pris connaissance de la structure de l’ADN, ils ont commencé à explorer les possibilités de transformer et de régénérer les plants. La régénération d’un plant à partir d’une seule cellule était établie depuis longtemps pour d’autres produits avant d’être essayée avec succès pour le coton. Une fois un plant régénéré à partir de ses tissus cellulaires, l’essai suivant était d’inclure le matériel génétique dans les tissus somatiques et d’obtenir une expression génétique d’un trait par le biais d’une culture somatique menant effectivement au développement de plants transgénétiques dans les cultures, surtout pour le coton. Premier coton Bt résistant aux insectes Les chercheurs ont identifié un gène dans la bactérie du sol Bacillus thuringiensis (Bt) qui a le code d’une protéine insecticide. Ils ont été en mesure d’isoler et de transférer ce gène au coton pour stimuler la production d’une toxine à l’intérieur du cotonnier. Le coton transformé avec un gène Bt résistant aux lépidoptères est appelé BollgardTM aux Etats-Unis et IngardTM en Australie. Les deux cotons Bt sont capables de produire CryIA, protéine toxique pour la plupart des chenilles de la capsule et des boutons floraux. En octobre 1995, la société Monsanto a reçu l’approbation réglementaire finale de l’Agence des Etats-Unis pour la protection environnementale (US Environmental Protection Agency) pour planter le coton Bt à échelle commerciale aux Etats-Unis. Seules deux variétés de coton résistantes au ver des boutons floraux et à la chenille de la capsule, dont H. armigera, au ver du tabac et au ver rose, étaient disponibles pour la culture commerciale en 1996/97. Les variétés Bt sont nommées NuCOTN 33B et NuCOTN 35B et ont été développées à partir de leurs variétés isogéniques cultivées commercialement, Delta et Pine Land DPL 5415 et DPL 5690, respectivement. Un grand nombre d’autres variétés avec un gène Bt sont sur le point d’être mises sur le marché mais seules NuCOTN 33 et NuCOTN 35 étaient offertes à la vente en 1996/97. L’on estime qu’en 1996/97, le coton Bollgard Bt était cultivé sur environ 700 000 hectares aux Etats-Unis. Selon le CCIC, le coton était planté sur une superficie d’environ 5,53 millions d’hectares aux Etats-Unis pendant 1996/97. Le NuCOTN 33 à lui seul était cultivé sur environ 10 % de la superficie totale et est devenu la variété la plus importante aux Etats-Unis. NuCOTN 35 couvrait environ 2 % de la superficie américaine totale. L’on suppose que des variétés analogues de coton Bt pourront être cultivées sur plus de deux millions d’hectares dans des régions affectées par le ver du tabac et la chenille de la capsule. Certains futurs cotons Bt La campagne 1996/97 s’avérera une année d’importance capitale pour le coton Bt. La technologie a fait ses preuves dans le cadre d’essais à petite échelle mais 1996/97 montrera les réactions des agriculteurs. Les premiers comptes rendus pendant la campagne 1996/97 aux Etats-Unis ont montré que le coton Bt n’était pas complètement à l’abri de la chenille de la capsule et les agriculteurs ont commencé à douter de la technologie. Ou alors les promesses faites par les promoteurs du coton Bt n’étaient pas tenues ou alors les agriculteurs ne comprenaient pas vraiment que le gène Bt ne conférait pas une protection à 100 % contre tous les types de chenilles de la capsule et qu’il n’éliminerait pas l’utilisation d’insecticides. Toutefois, la technologie diminuera cer-