Etude génétique fine et recherche de signatures de sélection dans

Etude génétique fine et recherche
de signatures de sélection dans la
population bovine Borgou
Ressources Génétiques, Sophie Thévenon, 22 septembre 2011
CONTEXTE
Origines et voies de migration des bovins domestiques en Afrique
ILRI 2006
CONTEXTE
Freeman et al., 2004
G. Dayo
 Adaptations locales différentes
(climat, alimentation, conduite, usage, maladies)
CONTEXTE : trypanotolérance
Distribution des tsé-tsé - FAO
FAO
Freeman et al., 2004
J. Bouyer
G.
Dayo
CONTEXTE
Race Borgou, métisse stabilisée 50% taurin / 50% zébu
G.K. Dayo ©
Aptitudes intermédiaires :
productivité et adaptation au climat soudanien, zone à tsé-tsé
CONTEXTE
 Hypothèses
G.
Dayo
S. Thévenon ©
G.K. Dayo ©
Sélection – adaptation en fonction des aptitudes des races parentales
OBJECTIFS
 Objectifs spécifiques du projet
• Identifier les signatures de sélection dans le génome de la Borgou :
d’une région génomique à des polymorphismes identifiés
• Proposer des hypothèses sur les bases de la sélection
• Comprendre les processus de sélection/création des races
 Positionnement et objectifs à long terme
• Caractérisation neutre et adaptative des RGA
• Polymorphismes pertinents pour l’adaptation (climat, maladie…)
• Conservation et amélioration des RGA
MATERIEL ET METHODES
 Matériel animal
- Base de matériel INRA :
21 races taurines/zébu,
africaines/européennes/américaines,
dont 45 Borgou
- 158 prélevés dans le cadre du projet
au Bénin
 Génotypages
 38100 SNP, 796 bovins
Bovine SNP50 (Illumina)
RESULTATS
 Analyses statistiques (cf Gautier et Naves, Mol Ecol 2011, 20(15):3128-43)
Structuration neutre :
Alleles Sharing Distance (R APE), ACP (R ade4), classification hiérarchique non
supervisée (Admixture 1.04)
RESULTATS
 Analyses statistiques (cf Gautier et Naves, Mol Ecol 2011, 20(15):3128-43)
Signatures de Sélection :
- Reconstitution des haplotypes (fastphase 1.4)
- Statistiques basées sur l’identification d’haplotypes homozygotes
longs par rapport à un modèle neutre :
1) iHS (Voight et al. 2006) : intra-population, puissant pour des haplotypes en
cours de fixation
2) Rsb (Tang et al. 2007) : inter-populations, puissant pour des haplotypes fixés,
ratio iES entre populations
Baoulé-Somba (taurins africains) / Borgou
Zébu Fulani / Borgou
- Zone de 100kb, identification des gènes présents par rapport au génome
bovin de référence Btau4.1 ou UMD3.1 (UCSC, NCBI)
RESULTATS
 Analyses statistiques (cf Gautier et Naves, Mol Ecol 2011, 20(15):3128-43)
Signatures de Sélection :
27 zones sous SS :  9 iHS*
 3 Rsb Borgou / Taurins Africains
(contre sélection de l’haplotype taurin)
 16 Rsb Borgou / Zébu africain*
(contre sélection de l’haplotype zébu)
 30 gènes identifiés dans ces zones, 4 zones sans gènes connus
Fonctions (en cours) :
 Réponse immunitaire (activation LT, NK, TNF superfamily…)
 Métabolisme (prise alimentaire, vasodilatation, densité osseuse,
métabolisme lipidique…)
PERSPECTIVES
 Finaliser l’étude des gènes candidats
 Etude fonctionnelle in silico, bibliographie
 Identification des polymorphismes des gènes candidats :
comparaison de séquences entre races
 Mieux caractériser le phénotype des Borgou
- Résistance aux maladies
- Productions, objectifs de sélection des éleveurs
- Appui à la valorisation de la race
G.K. Dayo ©