Les bactériophages de type T4 : des composants prépondérants de

Lymphocytes B
A
PCNA
B
TUNEL
C
Figure 1. Coupe transversale de greffon aortique un mois après la transplantation. PCNA : proliferating cell
nuclear antigen ; TUNEL : terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP nick end labelling.
s’élabore. De futurs travaux devront
vérifier si la néogenèse lymphoïde est
une cible thérapeutique intéressante
pour prévenir le rejet chronique. ◊
Implication of the lymphoid
neogenesis process in chronic rejection
MAGAZINE
au sein de greffons humains (reins et
cœurs) détransplantés pour rejet chronique terminal, démontrant la réalité du
processus de néogenèse lymphoïde en
transplantation clinique.
Ces résultats démontrent que les greffons sont non seulement la cible mais
aussi le site où la réponse allo-immune
RÉFÉRENCES
1. Mennander A, Tiisala S, Halttunen J, et al. Chronic
rejection in rat aortic allografts. An experimental
model for transplant arteriosclerosis. Arterioscler
Thromb 1991 ; 11 : 671-80.
2. Plissonnier D, Henaff M, Poncet P, et al. Involvement
of antibody-dependent apoptosis in graft rejection.
Transplantation 2000 ; 69 : 2601-8.
3. Plissonnier D, Nochy D, Poncet P, et al. Sequential
immunological targeting of chronic experimental
arterial allograft. Transplantation 1995 ; 60 : 414-24.
4. Thaunat O, Field AC, Dai J, et al. Lymphoid neogenesis
in chronic rejection : evidence for a local humoral
alloimmune response. Proc Natl Acad Sci USA 2005 ;
102 : 14723-8.
5. Kratz A, Campos-Neto A, Hanson MS, et al. Chronic
inflammation caused by lymphotoxin is lymphoid
neogenesis. J Exp Med 1996 ; 183 : 1461-72.
NOUVELLES
Le caractère fonctionnel de ces centres
germinatifs adventitiels a été documenté par des techniques d’organoculture en condition hyperoxique qui ont
permis de démontrer qu’ils sont le siège
de la production d’alloanticorps.
Enfin, nous avons mis en évidence un
tissu lymphoïde secondaire ectopique
NOUVELLE
Les bactériophages de type T4
Des composants prépondérants
de la « matière noire » de la biosphère
Jonathan Filée, André M. Comeau,
Curtis A. Suttle, Henry M. Krisch
> La biosphère a aussi sa masse cachée : les
bactériophages. Nombreux, omniprésents et
inertes, les bactériophages ne deviennent
actifs que lorsqu’ils infectent une bactérie
hôte parmi les innombrables bactéries présentes dans l’environnement. Les phages
sont les entités les plus abondantes de
la biosphère : on estime que leur nombre
dépasse celui des bactéries d’un facteur 10
environ [1, 2]. Plus de 5 000 phages ont été
décrits dans la littérature, 96 % d’entre eux
possèdent une queue [3]. Mais cet inventaire ne représente qu’une fraction infime
de la diversité réelle des phages. Il existerait plus de 1030 phages à queue dans la
biosphère [4]. Parmi ceux-ci, les myovirus
à queue contractile sont particulièrement
répandus. Des études quantitatives par
J. Filée, A.M. Comeau, H.M. Krisch :
Laboratoire de Microbiologie et de Génétique moléculaire,
CNRS, UMR5100, 118, route de Narbonne,
31062 Toulouse Cedex 9, France.
C.A. Suttle : Department of Earth
and Ocean Sciences (Oceanography),
University of British Columbia,
6270 University Boulevard, Vancouver BC, V6T 1Z4 Canada.
[email protected]
microscopie électronique et
des analyses métagénomiques indiquent que, dans les environnements marins, les myovirus représentent
une fraction prépondérante des phages
présents.
T4, l’archétype de la famille des myovirus,
appartient au groupe monophylétique
des phages de type T4 [5]. Sur la base
de leur séquence et de leur morphologie, les phages de type T4 peuvent être
classés en différents sous-groupes (T
pairs et pseudo-T pairs, schizo et exo-T
pairs). L’analyse récente de séquences du
génome entier d’une douzaine de phages
de type T4 a largement accru nos connaissances de la superfamille T4. Mais
l’estimation de la diversité des phages
dans la nature reste toujours mal connue
car beaucoup de bactéries de l’environnement (et de ce fait leurs phages) ne
sont pas cultivables. Pour contourner
cette difficulté, des analyses de séquences génétiques ont été faite directement
sur de l’ADN extrait de l’environnement
et amplifié sélectivement par PCR (polymerase chain reaction), sans passer par
l’étape de mise en culture.
Étonnamment, la partie centrale de la
séquence du gène codant pour la protéine
principale (g23) de la tête du phage T4
(la capside) peut servir de bon substitut
phylogénique à l’ensemble du génome
[6]. Nous avons donc créé une paire
M/S n° 2, vol. 22, février 2006
Article disponible sur le site http://www.medecinesciences.org ou http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2006222111
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d’amorces PCR qui amplifie le segment
g23 de l’ADN des phages de la superfamille T4 de tous les sous-groupes connus
et des nombreux échantillons marins de
diverses provenances. Nous avons cloné
et séquencé au hasard 125 de ces produits
amplifiés et confirmé que la plupart de
ces séquences sont apparentées à celle du
g23 de T4 [6] ; 85 d’entre elles sont différentes les unes des autres. Bien qu’une
douzaine de ces séquences furent étroitement apparentées à la séquence du gène
g23 de T4 (> 90 % d’acides aminés identiques), la plupart des séquences divergeaient considérablement (< 55 % d’acides aminés en commun). En se servant des
acides aminés les mieux conservés du g23,
un arbre phylogénétique a été construit
(Figure 1). Cet arbre a permis d’affiner le
classement en sous-groupes des phages
de type T4 déjà classés. La grande majorité des nouvelles séquences appartient
à cinq groupes encore inconnus (I à V).
Comme ce segment du gène 23 détermine
la forme de la tête du phage, il semble
probable que la morphologie de la tête de
nombreux phages marins diffère de celle
des phages de type T4 déjà connus.
Selon nos données écologiques, les
phages de type T4 sont très répandus et très divers dans les biotopes
marins. Le spectre d’hôtes de ces phages serait donc beaucoup plus étendu
que prévu. Dans tous les échantillons
tirés d’une localité géographique donnée, il est intéressant de constater que
des phages appartenant à différents
sous-groupes de T4 sont représentés.
Par exemple, l’échantillon marin prélevé
dans l’océan arctique à 3246 m de profondeur contenait des séquences g23
appartenant aux sous-groupes I, II, IV
et aux phages T pairs (séquences indiquées en vert sur la Figure 1). La cohabitation de phages de type T4 si divers
dans les mêmes niches écologiques et
les très hauts taux de recombinaison
de ces phages pourraient favoriser de
fréquents transferts génétiques entre
eux. Ces échanges de gènes pourraient
avoir une influence non négligeable sur
l’évolution de ces phages mais aussi sur
l’évolution de leurs hôtes.
Dans ce contexte, une autre publication
récente du laboratoire d’Henry Krisch
(Toulouse, France) offre un intérêt particulier. Nous avons formulé l’hypothèse
selon laquelle la lutte entre les phages
et leurs hôtes a créé une source immense
de diversité génétique qui est capable
d’être détournée par les bactéries à
leurs propres fins [7]. Par exemple, les
fibres de phages peuvent être facilement
détournées par les bactéries pathogènes
comme pili/facteurs de colonisation des
cellules eucaryotes. La prépondérance
des phages de type T4 dans divers environnements suggère que les échanges
latéraux d’origine phagique peuvent
affecter l’ensemble des populations bactériennes et, de ce fait, la diversité de la
biosphère toute entière. ◊
T4-type bacteriophages :
ubiquitous components
of the “dark matter” of the biosphere
REMERCIEMENTS
Thermo- T
Les auteurs tiennent à remercier Germaine
Burgener Krisch, Françoise Tétart et Michael
Chandler pour leur aide apportée à la réalisation de ce travail.
Schizo- T
Groupe I
T+Pseudo- T
RÉFÉRENCES
Groupe II
Goupe III
Exo- T
Groupe IV
Groupe V
Figure 1. Arbre phylogénétique des séquences g23 des phages de type T4. Les cercles noirs et gris
indiquent des nœuds internes avec respectivement au moins 95 % et 50 % de soutiens statistiques. Les séquences de type T4 en provenance des océans pacifique sont en bleu, atlantique en
rouge et arctique en vert. Celles tirées de la base de données Genbank sont en noir. Les groupes I,
II, III, IV et V se réfèrent à des sous-groupes de phages de type T4 nouvellement identifiés.
L’échelle mesure la fréquence de substitution d’un acide aminé par un autre.
112
M/S n° 2, vol. 22, février 2006
1. Fuhrman JA. Marine viruses and their biogeochemical
and ecological effects. Nature 1999 ; 6736 : 541-8.
2. Suttle CA. Viruses in the sea. Nature 2005 ;
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3. Ackermann HW. Frequency of morphological phage
descriptions in the year 2000. Brief review. Arch
Virol 2001 ; 5 : 843-57.
4. Brussow H, Hendrix RW. Phage genomics : small is
beautiful. Cell 2002 ; 1 : 13-6.
5. Desplats C, Krisch HM. The diversity and evolution of
the T4-type bacteriophages. Res Microbiol 2003 ;
4 : 259-67.
6. Filee J, Tetart F, Suttle C, Krisch HM. Marine T4-type
bacteriophages, a ubiquitous component of the dark
matter of the biosphere. Proc Natl Acad Sci USA 2005 ;
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7. Comeau AM, Krisch HM. War is peace : dispatches
from the bacterial and phage killing fields. Curr Opin
Microbiol 2005 ; 4 : 488-94.