1 - Master ISM

Master 2 R et P : Spécialité MRESTE
Méthodes de Recherche en Environnement - Santé – Toxicologie - Ecotoxicologie
Mention ISM, Ingénieries pour la Santé et le Médicament
Responsable : Pr Anne MAITRE : TIMC-EPSP, UJF/UFR Médecine, CHU Grenoble
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Référent Toxicologie et Modélisation : Dominique BICOUT : TIMC-EPSP, UJF/VETAGROSUP Lyon
Référent Ecotoxicologie : Muriel RAVETON : LECA-P3E, UJF/UFR Biologie
SUJET DE STAGE N° 1
Nom de l’entreprise : CHU de Grenoble et LAPM, UMR 5163, CNRS/UJF
Service de l’entreprise : Laboratoire de Bactériologie
Adresse de l’entreprise : Institut de Biologie et Pathologie
Nom du responsable du stage et coordonnées (tél, fax, email) : Pr. Max MAURIN
Tel. 04 76 76 54 79 – Fax 04 76 76 52 28 – [email protected]
TITRE DU SUJET
Evaluation du risque d’infection d’origine hydrique par analyse bactériologique d’eaux environnementales
PROBLEMATIQUE
De nombreux microorganismes ont pour réservoir principal l’environnement aquatique naturel et/ou les
réseaux d’assainissement et de distribution d’eau potable. Ces microorganismes peuvent occasionnellement
infecter l’Homme, le plus souvent par voie digestive ou respiratoire. Ces infections surviennent aussi bien en
milieu communautaire qu’en milieu hospitalier. Elles sont plus fréquentes et plus graves chez les patients au
terrain déficient (immunosuppression, mucoviscidose, broncho-pneumopathie chronique obstructive, etc.).
Parmi les pathogènes aquatiques, notre équipe s’intéresse plus spécifiquement à quatre groupes d’espèces
bactériennes : Pseudomonas spp., Legionella spp., Francisella spp. et les mycobactéries non tuberculeuses
(NTMB). Ces espèces sont notamment responsables de pneumonies chez l’homme, le plus souvent après
exposition à un aérosol infectieux généré à partir d’une source hydrique contaminée. Toutefois, le mode de
survie et de multiplication de ces bactéries dans l’environnement demeure mal connu. Les sources et modes
de contaminations humaines, et les facteurs de risque d’infection, sont le plus souvent hypothétiques. Il existe
des différences importantes entre l’épidémiologie des souches bactériennes environnantes et celle des
souches infectant l’homme.
Ces pathogènes humains opportunistes ont développé des mécanismes de survie dans l’environnement,
notamment pour se protéger des prédateurs naturels que sont les protozoaires. Par exemple, Pseudomonas
aeruginosa lyse la paroi des amibes libres, alors que Legionella sp., Francisella sp. et certaines NTMB se
multiplient à l’intérieur de ces protozoaires. La plupart de ces espèces environnementales sont également
capables de former des biofilms, ce qui augmente leurs capacités de résistance en conditions
environnementales défavorables. Ces mécanismes adaptatifs expliquent en partie leur pouvoir pathogène
chez l’homme, notamment leur capacité de survie dans les macrophages humains et la formation de biofilms
difficile à éradiquer au niveau des muqueuses respiratoire ou digestive.
OBJECTIFS
L’objectif principal de ce projet est de caractériser la flore microbienne présente dans le réseau d’eau du CHU
de Grenoble et au niveau de diverses sources aquatiques environnantes, de façon à préciser le risque
infectieux réel lié à cette « pollution » microbienne. Ce travail sera ciblé sur quatre groupes de pathogènes
humains opportunistes, de réservoir hydrique : Pseudomonas spp., Legionella spp., Francisella spp. et les
mycobactéries non tuberculeuses (NTMB).
Secrétariat pédagogique : [email protected]
UFR de Médecine – Domaine de la Merci – 38706 La Tronche cedex – France - Tél : (0)4.76.63.75.01 – Fax : (0)4.76.63.75.02
PRINCIPES DU PROTOCOLE
Le protocole de ce projet sera réalisé en 4 étapes :
- collecte d’échantillons d’eau au CHU de Grenoble et dans l’environnement
- détection des bactéries ciblées par trois méthodes complémentaires : culture en milieux acellulaires,
isolement sur culture d’amibes, détection moléculaire (PCR)
- identification moléculaire au niveau de l’espèce des souches bactériennes isolées et typage moléculaire
(MLST ou autre technique)
- analyse des données permettant d’établir l’épidémiologie environnementale des pathogènes ciblés
Mots Clés (5 max) :
Environnement aquatique, bactéries, risque infectieux, pneumonies, épidémiologie.
Dominante du sujet :
1) expérimentale de laboratoire,
2) expérimentale de terrain,
3) épidémiologie de terrain,
4) traitement de données.
Précisez la(les) dominante(s) : 1) expérimentale de terrain, 2) épidémiologie de terrain, 3) traitement de données