Proposition de stage

Proposition de stage - Année 2011/2012
Titre : La diversité des micro-organismes associés aux arbres est-elle affectée par le
changement climatique? Etude le long d’un gradient latitudinal européen sur hêtre.
Laboratoire d’accueil :
UMR 1136 IAM, Interaction Arbres-Microorganismes
INRA Nancy, F-54280 Champenoux
Responsables du stage :
MARÇAIS Benoit (03 83 39 40 53, [email protected])
BUÉE Marc ([email protected]).
Descriptif du Stage :
La relation entre gradients d’énergie et richesse des communautés est bien documentée
pour de nombreux groupes d’organismes (plantes, animaux, insectes). Toutefois, très peu
d’informations sont disponibles concernant les micro-organismes. Les champignons
ectomycorhiziens et pathogènes sont des éléments clés pour le fonctionnement des
écosystèmes et l’évolution de ces communautés sous l’impact du changement climatique est
donc une question importante. Cette étude a pour but de voir si la diversité et la structure des
communautés de champignons ectomycorhiziens et d’oomycètes pathogènes associés au hêtre
peuvent être affectées par des variables climatiques (température et précipitations) en utilisant
des gradients latitudinaux comme proxy.
Un échantillonnage de sol sur une 20aine de placettes de hêtre situées en plaine a été
réalisé à l’automne 2011, en France. Cet échantillon sera complété par des prélèvements
venant de placettes de hêtre de différents pays européens (Espagne, Italie, Pologne, Suède).
La diversité de champignons et oomycètes dans ces sols sera étudiée durant le stage par une
approche de séquençage de masse : extraction de l’ADN du sol, amplification de la région
ITS-1 des fonges et oomycètes et séquençage 454 FLX.
La richesse et la structures des communautés étudiées sera mise en relation avec les
caractéristiques édaphiques (type de sols) et climatiques des placettes.
Les méthodes d’extraction d’ADN des sols, d’amplification des régions cibles
(barcodes) et les techniques (et pipelines) d’analyse de données 454 ont été validés
antérieurement. L’approche de séquençage haut débit devrait se faire en local
consécutivement à l’acquisition d’un pyroséquenceur « Junior » de paillasse.
Discipline, compétences et techniques développées au cours du stage : Ecologie des
communautés. Techniques d’extraction d’ADN, amplification par PCR, électrophorèse,
initiation à des notions de bio-informatique (utilisation de pipeline déjà développés),
formation au logiciel R, analyses de données et analyses statistiques.
Renseignements additionnels :
- Une gratification de 417 euros par mois est prévue pour un(e) stagiaire de Master 2.