Gestion des exploitations agricoles. Travail de génétique. 2ème

Gestion des exploitations agricoles.
Travail de génétique.
2ème doctorat
DELAHAIE Thomas
KABERGHS Julien
SINDT Mathieu
I) Étude de texte / Actualité peste aviaire
A) Résumé partiel d’éléments utiles du
texte:
« Pathogens and parasites: insights from
evolutionary biology »
-Prévalence du parasitisme:
notion de niche écologique : Milieu terrestre,
eau douce, eau de mer MAIS aussi et
surtout organismes vivants!!!
-Perspective d’évolution: l’hypothèse de la
reine rouge:
Dans Alice au pays des merveilles, la reine rouge,
une pièce d’échec, entraîne l’ héroïne dans une
course effrénée :
-Alice : « mais reine rouge, nous courons vite et le
paysage autour de nous ne change pas ! »
-la reine : « nous courons pour rester à la même
place »
 Nécessité d’évoluer pour survivre
 (pour l’hôte ET pour le parasite)
-Diversité génétique des virus (et bactéries):
« antigenic drift » « antigenic shift »
Ex:Influenza A,B et C (peste aviaire=>A)
A: HnNm (16H et 9N)
1) Antigenic drift (dérive): Accumulation de mutations (surtout
H)=>épidémie
2) Antigenic shift (cassure): réassortiment des segments=>
pandémies
Le virus influenza a 8 segments d’ARN!
Une cellule infectée simultanément par deux virus différents peut
être à l’origine de réassortiments=> mélanges génomiques
viraux=>Hybrides
PORC= « mixing vessels » entre les formes
humaines et aviaires (possède les récepteurs pour
les deux types de virus), l’hybride obtenu pourrait
passer ainsi à l’homme.
On a eu aussi le cas d’une transmission directe de
peste aviaire à l’homme sans intermédiaire.
(1997, Hong-Kong)
Virus=> excréments porcs et canards en
aquaculture=> poissons!!
-Perspectives historiques:
Nouvel environnement pour les micro-organismes
=> contact hommes/animaux (10.000 ans)
=>transmission inter-espèces plus aisée
-Grippe espagnole(1918) :
+++meurtrière
Provient entièrement d’un virus aviaire: H1N1
1889
H2N2
1900
H3N8
1918
H1N1
1957
H2N2
1968
H3N2
1977
H1N1
2005
?
H1N1
H2N2
H3N?
H5N1 ?
Espèces touchées (virus de la grippe) : humains,
chevaux, porcs,phoques, oiseaux => Attention
migration!!
1er passage oiseau - homme: 1997
Difficilement éradicable car bcp de sous-types
présents dans les réservoirs (oiseaux aquatiques)
B) Conclusion sur l’étude du texte:
• Thème du texte très (trop!) vaste (ensemble des microorganismes)
• clarté scientifique- nombreuses explications virologiques
• Surtout données épidémiologiques (peu de génétique)
• Historique des grippes intéressant.
• Intérêt du texte:
Montre avec clarté la façon d’évoluer des virus.
Vue d’ensemble de la problématique des virus de la grippe
=> Texte destiné à un public large !
II) Mécanismes d’évolution et
adaptation des virus influenza.
Propriétés des virus influenza A:
- Peu résistants dans le milieu extérieur
- Inactivés par les détergents
- Inactivés par la chaleur
- Conditions de transmission:
Par voie aérogène
Pathogène: digestif primaire, respi secondaire
Hémagglutinine et neuraminidase
H=>récepteur d’acide sialique (site de
liaison)
Peptide de fusion (activé après clivage)
Site de clivage par des protéases
(déterminant de pathogénicité)
N=>Site actif pour le clivage de l’acide
sialique
Variabilité des virus influenza
Virus influenza: orthomyxoviridae
-Types A,B,C selon l’antigénicité de la
nucléoprotéine
-Sous-types (de A): HnNm, selon l’antigénicité de HA
et NA
HA: 16 sous-types (aviaires)
NA: 9 sous-types (aviaires)
Virus influenza A
-aviaires; porcins;humains; (équins;mammifères
marins)
Variabilité du virus influenza A humain
Dérive antigénique
-accumulation de mutations ponctuelles dans
l’hémagglutinine
-épidémies limitées de grippe saisonnière
Cassure antigénique
-Réassortiment de segments génomiques
-Implication au moins d’un changement
complet d’hémagglutinine
- »Pandémies »
Co -infection par deux virus différents
 Échanges de segments génomiques
 Apparition de nouveaux virus hybrides par
réassortiment
 Intérêt de la vaccination contre grippe humaine
Origine d’un nouveau virus humain:
-Adaptation par mutations d’un virus aviaire
-Hypothèse du porc comme « mixing vessels »:
->Réassortiment entre virus influenza A aviaire et
humain chez le porc
->En asie.
Bibliographie:
-Gregory G. DIMIJIAN,The University of Texas Southwestern
Medical Center at Dallas: Pathogens and parasites: insights
from evolutionary biology
-La grippe aviaire: Actualités et mises à jour des
connaissances, formation AFSCA, Liège, le 27/10/05
-Pr Etienne THIRY, FMV,Ulg : les virus influenza: les
mécanismes de leur évolution au cours du temps et leur
adaptation aux espèces domestiques
ET VIVE LES BELGES!!!