TP2 - ESI

TP2
Devoir 1
Des questions??
Traduction
• Voir le site pour une petite astuce:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi
• Remarquez dans quel ordre sont disposés les
codons
• 1. Un nucléotide (ACGT) peut être associée à un chiffre.
• 2. On peut compter en base 4 de la même façon que l'on compte
en base 10.
• 3. Un codon peut très bien être la représentation d'un nombre en
base 4.
• Par exemple, si T=0 , le codon TTT = 0*16+0*4+0*1 = 0
Format de sortie suggéré
Frame+1 :
MVRRPWRGEAPSPAPTRAPRPPGPTGHPQPSWPRTQTPPLTLLLPAGCSCPSPPPRPTSRTS
Frame+3 :
MAPSSQGRGSRGLREV
Frame-2 :
MSAARPGVPPRPKHKPWRARGPALFWSPQTQREPTMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEG
Vérification: Emboss
• Getorf
% getorf -minsize 100
Finds and extracts open reading frames (ORFs)
Input sequence(s): SeqTest
Output sequence [eclaci.orf]:
TraiteFichier.java
• Traitement de fichier en bioinformatique
• Ouverture, Lecture, Écriture de fichiers
• Formule d’usage dans vos programmes
(non obligatoire mais BONUS)
TP d’aujourdhui
• Problème 1:
Programme qui prend en entrée un codon d’ARN
et qui retourne l’acide aminé correspondant
• Problème 2 :
Programme qui lit une séquence, l’inverse et
retourne la séquence inversée dans un fichier
Remise
Remise dbin1001 devoir1 devoir1.tar
Le 9 février 2007 à 17h00
Remise du code et du fichier reponse.txt
Commande tar:
% tar -cvf devoir1.tar devoir1.java reponse.txt