Avogadro - Phychim
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Avogadro : éditeur de structures chimiques Avogadro Avogadro est un éditeur et un visualiseur de modèles moléculaires. Il est multi plateformes, gratuit, librement téléchargeable : http://eduscol.education.fr/site.physique-chimie/actualites/Sialle-Avogadro-1.0.0 Il supporte la plupart des types de fichiers de représentation moléculaire. Il peut ainsi servir à visualiser une structure en 3D comme JMol (également téléchargeable sur SIALLE http://www.cndp.fr/sialle/fiche-detailleejmol-147.php ), mais il permet également de concevoir des molécules, atome par atome, sans se soucier de la structure, le logiciel ordonnant lui-même la molécule ainsi formée. La fonction de visualisation comprend beaucoup d’options : sphères, bâtonnets … On peut également faire apparaître des informations comme le nom des atomes, leur taille, les distances inter-atomes, les angles, … La création de molécules est vraiment simplifiée par l’ergonomie du logiciel. _____________________________________________________________________________________________ 1 Quelques activités 2 La page d’accueil du logiciel 3 Le menu fichier importer 4 Adresses _____________________________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________________________ 1 Quelques activités _____________________________________________________________________________________________ a) Modéliser une molécule comportant des atomes de carbone, d’hydrogène et des liaisons simples. b) Représenter une molécule plus complexe : autres atomes, autres liaisons c) Représenter une molécule à partir de sa formule (brute, semi-développée ; développée) et inversement écrire une formule à partir du modèle. exemple : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/16199695/0/fiche___ressourcepedagogique/ d) Au collège : classe de 4ème - A partir d’un modèle : identifier les espèces d’atomes, écrire une formule brute - A partir d’une formule brute, représenter la molécule par un modèle (activité très limitée cependant). Le menu « fichier importer » facilite l’accès aux données. ______________________________________________________________________________________________ 2 La page d’accueil du logiciel _______________________________________________________________________________________________ E : Optimisation du dessin avec la souris (molette : zoom ; droit : déplacement ; gauche : rotation) Outil dessin pour représenter une molécule Ferme le fichier en cours Vue : changer la couleur du fond outil navigation Rotation automatique de la molécule * Paramètres affichage Mesures : sélectionner (clic gauche) trois atomes ; en bas de l’écran sont indiquées les distances entre 1et 2 ; 2 et 3 et l’angle mesuré a 2 comme sommet. ↗↗ Aligner deux molécules Afficher les paramètres *Outils et affichage Clic droit sur l’un des atomes d’hydrogène Outil dessin, clic droit Après chaque modification, rétablir la géométrie de la molécule : « extensionsoptimisation de la géométrie *Paramètre des outils : attention, ces choix ne sont possibles que si l’outil dessin est sélectionné. La représentation des atomes d’hydrogène est validée Si vous choisissez l’option « autres », vous accédez à la classification périodique des éléments. _______________________________________________________________________________________________ 3 Le menu fichier importer _______________________________________________________________________________________________ Il peut s’avérer utile, en particulier au collège. Il permet de proposer des activités à partir de molécules déjà modélisées. - - « fichier de molécule » : ouverture d’une représentation issue d’une bibliothèque (personnelle ou celle présente dans Avogadro (programmesfiles/Avogadro/share/Avogadro/fragments). La bibliothèque présente dans le logiciel comporte 31 dossiers soient 443 fichiers disponibles. « télécharger par nom chimique » permet d’accéder au méthane, eau, dioxyde de carbone … et d’étudier ces modèles moléculaires. _____________________________________________________________________________________________ 4 Adresses _____________________________________________________________________________________________ - Le site de Framasoft : http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Screencasts - Les différents affichages : http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Display_Gallery - Prise en main rapide : http://www.pedagogie.acnantes.fr/1285789224246/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1161018342921 - Pour aller plus loin : http://sourceforge.net/p/avogadro/wiki/Home/
