Terminale S Fiche Méthode #4 – Utiliser le logiciel Phylogène OBJECTIF Le logiciel Phylogène permet de construire des arbres phylogénétiques à partir de caractères ou de molécules. CONSTRUIRE (UNE MATRICE DE CARACTERES) Choisir une collection (ex. Vertébrés-Lycée’). Cliquer sur ‘Construire’. Sélectionner les espèces en cliquant sur chacune d’elles. Un nouveau clic sur la figure enlève l’espèce de la sélection. Choisir les caractères dans le menu déroulant. Indiquer dans le tableau les états des caractères, en cliquant dans chacune des cases et en utilisant les informations qui apparaissent en bas, à droite de l’écran. Vérifier votre tableau. Corriger si nécessaire. Exemple : Cliquer sur pour afficher l’arbre phylogénétique correspondant. Il est possible de modifier le mode d’affichage de l’arbre dans . La permet de comparer le nombre de différences entre les différentes séquences, soit comptées en nombre d’acides aminés, soit en pourcentage (à définir dans ). Les distances peuvent être affichées sur l’arbre à l’aide du bouton . LES OUTILS POUR LA CONSTRUCTION D’UN ARBRE POLARISER (ET CODER LES CARACTERES) Choisir le taxon extra-groupe (espèce qui présente tous les caractères à l’état primitif). Colorer les états primitifs, puis les états dérivés avec une autre couleur. Déplacer éventuellement les colonnes et les lignes pour regrouper les niveaux entre eux. PHYLOGENETIQUE Annule les opérations réalisées (une par une). Zoom avant et zoom arrière Mode édition. Permet de réarranger les branches de l’arbre et l’affichage du code couleur. ÉTABLIR DES PARENTES Cliquer sur ‘Établir des parentés’. Passer en mode édition (Choix|Éditer l’arbre, puis ) Cliquer sur les différentes espèces pour faire apparaître les taxons dans l’arbre. Relier deux taxons qui possèdent un caractère au même niveau (dérivé par ex.) par un trait. Permutation des branches autour d’un nœud. Cliquer sur cette icône puis se placer au niveau d’un nœud et cliquer à nouveau. Annule toutes les opérations. Retour au point de départ (origine commune à tous les taxons) Affiche sur l’arbre phylogénétique moléculaire les distances (soit en acides aminés, soit en pourcentage) A partir du bouton ‘Choix’, il est possible d’afficher les boîtes de l’arbre (taxons) Il est possible de nommer les taxons en cliquant sur chaque nœud (une liste de groupes apparaît alors). Faire ‘Choix|afficher les noms de groupe’ pour les afficher sur l’arbre. COMPARAISONS MOLECULAIRES Après avoir choisi une collection, faire, ‘Fichier|Ouvrir|Tableau de séquences’. Sélectionner les espèces (bouton enfoncé) dont on veut comparer les séquences (indiquées par une lettre pour chaque acide aminé) Les autres fiches méthodes utilisées en classe sont disponibles sur le site http://theosvt.free.fr bsavoye2007