LI VRES ARTI CLES APPARI TI ONS MÉDI AS DOSSI ER DE PRESSE NOUVELLES RESSOURCES AUJOURD'HUI , LES LI ENS Certains de mes meilleurs amis sont des germes Michael Pollan , le New York Times Magazine , 15 mai 2013 Je peux vous dire la date exacte à laquelle j'ai commencé à penser que je suis dans la première personne du pluriel - comme un super-organisme, c'est, plutôt qu'un vieux être humain ordinaire. Il est arrivé sur Mars 7 C'est là que j'ai ouvert mon e-mail pour trouver un énorme fichier des cartes et des données brutes, processeur étouffement d'un laboratoire situé à l' Institut BioFrontiers à l'Université du Colorado, Boulder. Dans le cadre d'une nouvelle initiative citoyens de la science appelée le projet de Gut américain , le laboratoire séquencé mon microbiome - dire que les gènes pas de «moi», exactement, mais des plusieurs centaines d'espèces microbiennes avec qui je partage ce corps. Ces bactéries, qui sont au nombre d'environ 100 milliards de dollars, vivent (et mourir) en ce moment sur la surface de ma peau, sur ma langue et profondes dans les bobines de mes intestins, où le plus gros contingent d'entre eux sera trouvé, un livre ou deux des microbes formant ensemble un vaste désert intérieur, largement inexploré que les scientifiques commencent tout juste à la carte. J'ai cliqué ouvert un fichier appelé tableaux taxons, et un graphique à barres coloré sauté sur mon écran. Chaque barre représente un échantillon prélevé (avec un tampon) de ma peau, la bouche et les fèces. Pour fins de comparaison, ceux-ci ont été juxtaposés avec des barres représentant les microbiomes d'environ 100 "moyenne" Américains précédemment séquencés. Il y avait là les noms des centaines d'espèces bactériennes qui m'appellent à la maison.En chiffres absolus, ces microbes et leurs gènes nous écrasent. Il s'avère que nous ne sommes que 10 pour cent humaine: pour chaque cellule humaine qui est intrinsèque à notre corps, il ya environ 10 microbes résidents - y compris commensaux (généralement des parasites inoffensifs) et mutualistes (commerçants de faveur) et, que dans un petit nombre de cas, les agents pathogènes. Dans la mesure où nous sommes porteurs de l'information génétique, et plus de 99 pour cent de celui-ci est microbienne. Et il semble plus probable que ce «second génome», comme on l'appelle parfois, exerce une influence sur notre santé aussi grand et peut-être même plus que les gènes que nous héritons de nos parents. Mais alors que vos gènes hérités sont plus ou moins fixes, il peut être possible de remodeler, même cultiver, votre deuxième génome. Justin Sonnenburg , un microbiologiste à l'Université Stanford, suggère que nous ferions bien de commencer en ce qui concerne le corps humain comme «un navire élaborée optimisé pour la croissance et la propagation de nos habitants microbiennes.« Cette nouvelle façon d'humilité de penser l'auto a de grandes implications pour la santé humaine et microbienne, qui se révèlent être inextricablement liés. Troubles dans notre écosystème interne - une perte de la diversité, disent, ou une prolifération du genre «mauvais» de microbes - peuvent nous prédisposer à l'obésité et toute une gamme de maladies chroniques, ainsi que certaines infections. " greffes fécaux », qui impliquent l'installation microbiote d'une personne en bonne santé dans le ventre d'une personne malade, il a été démontré pour traiter efficacement un antibiotique agent pathogène intestinal, résistante appelée C. difficile, qui tue 14.000 Américains chaque année. (Les chercheurs utilisent le mot «microbiote» pour désigner tous les microbes dans une communauté et «microbiome» pour désigner leurs gènes collectives.) Nous savons depuis quelques années que les souris obèses transplantées avec la communauté intestinale des souris maigres perdre du poids et vice versa. (Nous ne savons pas pourquoi.) Une expérience similaire a été réalisée récemment sur les humains par des chercheurs aux Pays-Bas: lorsque le contenu du microbiote d'un donneur maigre ont été transférés aux tripes de patients masculins atteints du syndrome métabolique, les chercheurs ont constaté des améliorations remarquables de la la sensibilité des bénéficiaires à l'insuline, un marqueur important pour la santé métabolique. D'une certaine manière, les microbes intestinaux étaient influencer les métabolismes des patients. Nos microbes résidents semblent également jouer un rôle essentiel dans la formation et la modulation de notre système immunitaire, l'aidant à distinguer avec précision entre l'ami et l'ennemi et ne pas aller sur les noix, ainsi, les noix et toutes sortes d'autres allergènes potentiels. Certains chercheurs pensent que l'augmentation alarmante des maladies auto-immunes de l'Ouest peut être redevable à une rupture dans la relation ancienne entre nos corps et de leurs «vieux amis» - les symbiotes microbiens avec lesquels nous co-évolué. Ces affirmations sonnent extravagant, et, en fait, de nombreux chercheurs sont sur le microbiome attention à ne pas faire l'erreur que les scientifiques travaillant sur le génome humain ont fait une dizaine d'années il ya, quand ils ont promis qu'ils étaient sur la piste de remèdes pour de nombreuses maladies. Nous attendons toujours. Pourtant, si des remèdes émergent de l'exploration de la deuxième génome, les implications de ce qui a déjà été appris - pour notre sens de soi, pour notre définition de la santé et de notre attitude envers les bactéries en général - sont difficiles à exagérer. La santé humaine doit maintenant "être considéré comme une propriété collective du microbiote humain associé», comme un groupe de chercheurs a récemment conclus dans une revue de référence article sur l'écologie microbienne - qui est, en fonction de la communauté, et non l'individu. Un tel changement de paradigme ne vient pas trop tôt, car en tant que civilisation, nous avons juste passé la plus grande partie du siècle faisons de notre mieux inconsciente de détruire le microbiote humain associé à une guerre multifronted sur les bactéries et un régime particulier au détriment de son bien-être. Les chercheurs parlent maintenant d'une «microbiome occidentalisé" pauvre et se demandent si le moment est venu de se lancer dans un projet d '«écologie de la restauration" - pas dans la forêt tropicale ou sur la prairie, mais ici, chez nous, dans l'intestin humain. En Mars je me suis rendu à Boulder pour voir la machine Illumina HiSeq 2000 séquençage qui avait répandu sa lumière puissante sur mon propre microbiome et de rencontrer les scientifiques et les programmeurs informatiques qui faisaient sens de mes données. Le laboratoire est dirigé par Rob Chevalier , un longiligne, 36 ans, biologiste en brosse qui, le premier venu aux États-Unis à partir de son pays natal, la NouvelleZélande pour étudier les espèces envahissantes , un problème grave dans son pays d'origine. Chevalier a obtenu son doctorat en écologie et de biologie évolutive de Princeton quand il avait 24 ans et a ensuite dérivé de l'étude des espèces visibles et des communautés au invisibles. En chemin, il a découvert qu'il avait un talent pour la biologie computationnelle. Chevalier est considéré comme un brillant analyste de données de séquençage, habile à trouver des modèles dans le flot des informations produites par les machines que «séquence de lot" tout l'ADN dans un échantillon, puis démêler les signatures génétiques uniques de chaque microbe. Ce talent explique pourquoi tant de scientifiques explorant le microbiome aujourd'hui envoyer leurs échantillons à séquencer et analysés par son laboratoire; c'est aussi la raison pour laquelle vous trouverez le nom de Chevalier sur la plupart des papiers importants dans le domaine. Au cours de deux jours à Boulder, j'ai apprécié plusieurs repas avec Knight et ses collègues, post-doctorants et étudiants des cycles supérieurs, mais je dois dire que j'ai été un peu surpris par le discours de table. Je ne pense pas que je n'ai jamais entendu autant de discussions de matières fécales humaines au dîner, mais une chose ces scientifiques sont à une réévaluation radicale du contenu du colon humain. J'ai appris fille de 16 mois, de Knight, qui a eu la plupart des couches à laquelle elle a contribué échantillonnés et séquencés. M. Knight a déclaré au dîner que lui-même prélevé tous les jours; sa femme, Amanda Birmingham, qui nous a rejoint une nuit, m'a dit qu'elle était heureuse d'être réduit à une fois par semaine. "Bien sûr, je garde un couple de tampons dans mon sac, en tout temps,» dit-elle en roulant des yeux, «parce que vous ne savez jamais." Un résultat d'une vaste auto-étude de la famille a été une série de documents à étudier la dynamique microbienne de la famille. Les données ont contribué à démontrer que les communautés microbiennes des couples partageant une maison sont similaires, ce qui suggère l'importance de l'environnement dans l'élaboration de microbiome d'un individu. Chevalier a également constaté que la présence d'un chien de la famille a tendance à mélanger la peau des collectivités de tout le monde, probablement par léchage et les caresses. Un document, intitulé «Moving Pictures de la microbiome humain», suivi des changements au jour le jour dans la composition microbienne de chaque partie du corps. Chevalier a produit des animations montrant comment chaque communauté l'intestin, la peau et la bouche - a organisé un casting fondamentalement différente de caractères microbiennes qui varient dans une fourchette relativement étroite au fil du temps. Échantillonnage quotidien de Chevalier des couches de sa fille (ainsi que ceux de l'enfant d'un collègue) a également retracé le processus remarquable par laquelle la communauté de l'intestin d'un bébé, qui in utero est stérile et plus ou moins une ardoise vierge, est colonisé. Ce processus commence peu de temps après la naissance, quand une communauté naissante distinctif de microbes assemble dans l'intestin. Puis, avec l'introduction d'aliments solides, puis le sevrage, les types de microbes passent progressivement jusqu'à ce que, par 3 ans, l'intestin du bébé vient à ressembler à une communauté adulte ressemble beaucoup à celle de ses parents. L'étude des bébés et leur régime alimentaire spécialisé a donné des informations clés sur la façon dont la colonisation de l'intestin se déroule et pourquoi il est si important pour notre santé. L'un des premiers indices de la complexité du microbiome proviennent d'un coin inattendu: l'effort pour résoudre un mystère sur le lait. Pendant des années, les scientifiques de la nutrition ont été confondus par la présence humaine dans le lait maternel de certains glucides complexes , appelés oligosaccharides, dont le nourrisson humain n'a pas les enzymes nécessaires pour digérer. Théorie de l'évolution affirme que tous les composants du lait de la mère doit avoir une certaine valeur pour le développement du bébé ou la sélection naturelle aurait depuis longtemps jeté comme un gaspillage de ressources précieuses de la mère. Il s'avère que les oligosaccharides sont là pour nourrir le bébé, mais pas un particulier bactérie intestinale appelée Bifidobacterium infantis, qui est particulièrement bien adapté à décomposer et à utiliser des oligosaccharides spécifiques présents dans le lait maternel. Quand tout va bien, les bifidobactéries prolifèrent et dominer, aidant à garder le bébé en bonne santé en évinçant les caractères microbiennes moins salés avant de pouvoir s'établir et, peut-être le plus important, en favorisant l'intégrité de l'épithélium la muqueuse de l'intestin, qui joue un rôle essentiel en nous protéger contre l'infection et l'inflammation. "Le lait maternel, étant la seule nourriture des mammifères en forme par la sélection naturelle, est la pierre de Rosette pour tous les aliments», explique Bruce allemand , un spécialiste de l'alimentation à l'Université de Californie, Davis, qui fait des recherches lait. "Et qu'est-ce qu'il nous a dit, c'est que lorsque la sélection naturelle crée un aliment, il est préoccupé non seulement à nourrir l'enfant, mais les microbes intestinaux de l'enfant aussi." D'où viennent ces bifidobactéries tous importants viennent et ce que cela signifie si, comme moi, vous n'avez jamais été allaités? Le lait maternel n'est pas, comme l'a été pensé, stérile: il est à la fois un «prébiotique» - une nourriture pour les microbes - et un «probiotique», une population de microbes bénéfiques introduit dans le corps. Certains d'entre eux peuvent trouver leur chemin à partir du colon de la mère à ses conduits de lait et de là dans l'intestin du bébé avec sa première tétée. Parce que les concepteurs de préparations pour nourrissons n'ont pas, du moins jusqu'à récemment, de tenir compte de ces résultats, y compris ni oligosaccharides prébiotiques ou probiotiques dans leur formule, les entrailles de bébés nourris au biberon n'est pas optimale colonisés. La plupart des microbes qui composent la communauté de l'intestin d'un bébé sont acquis à la naissance - un processus microbienne riche et désordonné qui expose le bébé à toute une série de microbes maternelle. Les bébés nés par césarienne, cependant, la procédure est relativement stérile, n'acquièrent pas de microbes vaginaux et intestinaux de leur mère à la naissance. Leurs premières communautés de l'intestin ressemblent plus à celle de (et père) la peau de leur mère, ce qui est loin d'être idéale et peut expliquer les taux plus élevés de l'allergie, l'asthme et des problèmes auto-immunes chez Csection bébés: ne pas avoir été ensemencé avec l'assortiment optimal de microbes à la naissance, le système immunitaire peut ne pas se développer correctement. Au dîner, le chevalier m'a dit qu'il était suffisamment préoccupé par une telle éventualité qui, quand sa fille est née par césarienne d'urgence, lui et sa femme a pris les choses en main: l'aide d'un écouvillon stérile, ils inoculé le nouveau-né de peau avec les sécrétions vaginales de la mère pour assurer une bonne colonisation. Un procès formel d'une telle procédure est en cours à Porto Rico. Pendant que j'étais à Boulder, je me suis assis avec Catherine A. Lozupone, un microbiologiste qui venait de quitter le laboratoire de Chevalier de mettre en place sa propre à l'Université du Colorado, Denver, et qui a passé du temps à regarder mon microbiome et en la comparant avec d'autres , y compris le sien. Lozupone est l'auteur principal d'une importante 2,012 papier dans la nature, "la diversité, la stabilité et la résilience du microbiote intestinal humain», qui cherche à s'approcher de la communauté de l'intestin comme un écologiste pourrait, en essayant de déterminer l'état «normal» de l'écosystème et puis en examinant les divers facteurs qui perturbent le temps. Comment le régime alimentaire affecte pas? Les antibiotiques? Pathogènes?Qu'en est-il des traditions culturelles? Jusqu'à présent, la meilleure façon de commencer à répondre à ces questions peut être en comparant les communautés de l'intestin des diverses populations lointaines, et les chercheurs ont été très occupés à recueillir des échantillons du monde entier et de leur expédition vers les centres de séquençage pour l'analyse. Le projet de Gut américain, qui espère, à terme, le séquençage des communautés de dizaines de milliers d'Américains, représente l'effort le plus ambitieux comme à ce jour; il aidera les chercheurs à découvrir les modèles de corrélation entre le mode de vie, le régime alimentaire, l'état de santé de la population et la composition de leur communauté microbienne. Il est encore trop tôt dans cette recherche, comme Lozupone (et tout le monde, j'ai interviewé) a souligné; les scientifiques peuvent même pas dire avec certitude ce qu'est un microbiome "sain" devrait ressembler. Mais quelques grandes, les modèles intrigants font leur apparition. Plus la diversité est probablement mieux que moins, car un écosystème diversifié est généralement plus résistants - et la diversité dans l'intestin de l'Ouest est nettement plus faible que dans d'autres, les populations les moins industrialisés. Le microbiote intestinal des gens de l'Ouest est très différente de celle d'une variété d'autres peuples géographiquement dispersés. Ainsi, par exemple, la communauté de l'intestin des populations rurales en Afrique de l'Ouest rapproche davantage de celui des Amérindiens au Venezuela qu'il fait de un Américain ou un Européen de. Ces populations rurales non seulement abritent une grande diversité de microbes, mais aussi une distribution différente des personnages principaux. Tripes américains et européens contiennent des niveaux relativement élevés de Bacteroides et Firmicutes et de faibles niveaux de la prevotella qui dominent le courage d'Africains ruraux et les Amérindiens. (Il n'est pas clair si les niveaux élevés ou faibles de l'un de ces est bon ou mauvais.) Pourquoi les microbes différent? Il pourrait être l'alimentation, qui dans les deux populations rurales dispose d'une quantité considérable de grains entiers (qui prevotella semble aimer), usine de fibres et très peu de viande. (Beaucoup de Firmicutes comme les acides aminés, de sorte qu'ils prolifèrent quand l'alimentation contient beaucoup de protéines;. Bacteroides métaboliser les glucides) Quant à la biodiversité plus faible dans l'Ouest, ce qui pourrait être le résultat de notre utilisation incontrôlée des antibiotiques (en soins de santé ainsi que le système alimentaire), notre régime alimentaire des aliments transformés (qui a généralement été nettoyée de toutes les bactéries, le bon et le mauvais), les toxines environnementales et généralement moins "pression microbienne" - c'est à dire, l'exposition aux bactéries - dans la vie quotidienne.Tout cela peut aider à expliquer pourquoi, si ces populations rurales ont tendance à avoir de plus grandes expositions à des maladies infectieuses et l'espérance de vie plus bas que ceux de l'Ouest, ils ont aussi des taux plus faibles de maladies chroniques comme les allergies , l'asthme, le diabète de type 2 et les maladies cardiovasculaires. "Les populations rurales passer beaucoup plus de temps à l'extérieur et beaucoup plus de contact avec les plantes et le sol», explique Lozupone. Un autre chercheur, qui a recueilli des échantillons au Malawi, m'a dit: «Dans certains de ces cultures, les enfants sont élevés en commun, transmis d'une paire de mains à l'autre, de sorte qu'ils sont régulièrement exposés à une plus grande diversité de microbes." Le nucléaire famille peut ne pas être favorable à la santé du microbiome. Comme il arrive, Lozupone et j'ai eu quelque chose en commun, parlant microbienne: nous partageons des niveaux anormalement élevés de prevotella pour les Américains.Nos communautés de l'intestin ressemblent plus à ceux des Africains ou des Amérindiens que comme ceux de nos voisins ruraux. Lozupone soupçonne que les raisons pour lesquelles cela pourrait avoir à faire avec un régime alimentaire à base de plantes; chacun de nous mangeons beaucoup de grains entiers et les légumes et relativement peu de viande. (Bien que aucun de nous n'est un végétarien.) Comme moi, elle était fière de son prevotella, le considérant comme un signe d'une saine alimentation non-occidental, au moins jusqu'à ce qu'elle commence à faire des recherches sur le microbiote de VIH patients. Il semble que, eux aussi, ont beaucoup de prevotella. Ce qui complique davantage l'histoire, une étude récente reliant certains microbes intestinaux communs dans les mangeurs de viande à des niveaux élevés d'un marqueur sanguin pour la maladie cardiaque a suggéré que prevotella était un microbe. Les premiers jours, en effet. Deux autres caractéristiques de mon microbiome ont attiré l'attention des chercheurs qui ont examiné il. Tout d'abord, l'ensemble de la biodiversité de la communauté de mon intestin était significativement plus élevée que celle de l'Occidental typique, j'ai décidé de prendre comme un compliment, même si la communauté extravagante diversité de microbes sur ma peau a soulevé quelques sourcils. "Où sont donc vos mains été, l'homme?" Jeff Leach du projet de Gut américain a demandé après avoir examiné mes résultats. Ma peau abrite des bactéries associées aux plantes, le sol et une variété peu alarmant de viscères d'animaux. Je mets cela sur le jardinage, le compostage (je garde aussi les vers) et aussi le fait que je suis la fermentation du kimchi et la fabrication du fromage au lait cru, «live-culture" aliments regorgeant de microbes. Par rapport à une forêt tropicale ou une prairie, l'écosystème intérieur n'est pas bien compris, mais les principes de base de l'écologie - qui, avec de puissantes nouvelles machines de séquençage ont ouvert cette frontière invisible à la science - commencent à donner quelques réponses préliminaires et un grand nombre hypothèses les plus intrigants. Votre communauté microbienne semble se stabiliser âge de 3 ans, date à laquelle la plupart des diverses niches de l'écosystème de l'intestin sont occupées. Cela ne veut pas dire qu'il ne peut pas changer par la suite; c'est possible, mais pas aussi facilement. Un changement de régime alimentaire ou une cure d'antibiotiques, par exemple, peuvent apporter des changements dans la population relative des différentes espèces résidentes, aider certains types de bactéries de se développer et d'autres à languir. Peuvent être introduites de nouvelles espèces? Oui, mais probablement que si un créneau est ouvert après une perturbation importante, comme une tempête antibiotique.Tout comme n'importe quel autre écosystème mature, l'un dans notre intestin a tendance à résister à l'invasion par les nouveaux arrivants. Vous acquérez la plupart des microbes initiales dans votre communauté intestinale de vos parents, mais d'autres sont pris en charge de l'environnement. «Le monde est recouverte d'une fine patine d'excréments», comme le microbiologiste Stanford Stanley Falkow dit aux élèves. Les nouveaux outils de séquençage ont confirmé son intuition: Saviez-vous que la poussière de maison peut contenir des quantités importantes de particules fécales? Ou que, chaque fois qu'une chasse d'eau, une partie de son contenu sont sous forme d'aérosol? Le laboratoire de chevalier a séquencé les bactéries sur les brosses à dents. Ces nouvelles est pendant le petit déjeuner, donc je n'ai pas demandé de détails, mais les a de toute façon: "Vous voulez garder votre brosse à dents un minimum de six mètres de toilettes", l'un des collègues de Knight m'a dit. Certains scientifiques dans le domaine emprunter le terme «services écosystémiques» de l'écologie au catalogue toutes les choses que la communauté microbienne fait pour nous comme hôte ou de l'habitat, et les services rendus sont remarquablement varié et impressionnant. "Résistance à l'invasion" est un. Nos microbes résidents travaillent à maintenir des agents pathogènes de gagner un pied en occupant des niches potentielles, ou de rendre l'environnement inhospitalier pour les étrangers. La robustesse de la communauté de l'intestin d'un individu pourrait expliquer pourquoi certaines personnes sont victimes d' une intoxication alimentaire tandis que d'autres peuvent allègrement manger le même repas sans aucune séquelle. Nos bactéries intestinales jouent également un rôle dans la fabrication de substances comme neurotransmetteurs (dont la sérotonine); les enzymes et les vitamines B et notamment (K) et d'autres éléments nutritifs essentiels (y compris l'acide aminé important et les acides gras à chaîne courte); et une série d'autres molécules de signalisation qui se parlent, et de l'influence, le système immunitaire et les systèmes métaboliques. Certains de ces composés peuvent jouer un rôle dans la régulation de notre niveau de stress et même tempérament: quand les microbes de l'intestin de souris aventure décontractée sont transplantées dans les entrailles de la souris anxieux et timides, ils deviennent plus aventureux. L'expression «penser avec votre intestin" peut contenir une plus grande part de vérité que nous le pensions. Les microbes intestinaux sont à la recherche de leurs propres intérêts, au premier rang desquels avoir suffisamment à manger et la régulation du passage des aliments dans leur environnement. Les bactéries se semblent aider à gérer ces fonctions par la production de produits chimiques de signalisation qui régulent notre appétit, la satiété et la digestion. Une grande partie de ce que nous apprenons sur le rôle du microbiome dans le métabolisme humain est venu d'étudier "les souris axéniques" - souris soulevées dans les laboratoires comme Jeffrey I. Gordon de l'Université de Washington, à St. Louis, pour être microbiologiquement stérile, ou germe exempt. Récemment, le laboratoire de Gordon transplanté les microbes intestinaux des enfants du Malawi avec kwashiorkor une forme aiguë de malnutrition - dans des souris sans germes. Le laboratoire a trouvé ces souris atteints de kwashiorkor qui ont été nourris régime alimentaire typique des enfants ne pouvait pas facilement métaboliser les nutriments, indiquant que cela peut prendre plus de calories pour remédier à la malnutrition. Réparation métabolisme désordonné d'un patient peut nécessiter la refonte de la communauté d'espèces dans son intestin. Garder le système immunitaire de façon productive en prise avec les microbes - exposés à beaucoup d'entre eux dans notre corps, notre alimentation et notre environnement - est un autre service important de l'écosystème et qui pourrait s'avérer essentiel à notre santé. «Nous avons utilisé à penser que le système immunitaire a ce travail assez simple," Michael Fischbach , biochimiste à l'Université de Californie, San Francisco, dit."Tous les bactéries étaient clairement« non-soi »avait donc tout simplement être reconnus et traités. Mais le travail du système immunitaire semble maintenant être beaucoup plus nuancée et complexe. Il doit apprendre à considérer nos mutualistes "par exemple, les bactéries résidentes -« comme soi aussi. Dans l'avenir, nous allons même pas appeler le système immunitaire, mais le système d'interaction microbienne. "L'absence d'engagement constructif entre les microbes et le système immunitaire (en particulier lors de certaines fenêtres de développement) pourrait être derrière l'augmentation des maladies auto-immunes de l'Ouest . Alors pourquoi n'avons-nous pas évolué nos propres systèmes pour effectuer ces fonctions les plus importantes de la vie? Pourquoi avons-nous externalisé tout ce travail à un groupe de microbes? Une théorie est que, parce que les microbes évoluent beaucoup plus vite que nous faisons (dans certains cas, une nouvelle génération toutes les 20 minutes), ils peuvent répondre aux changements dans l'environnement - à des menaces et des opportunités - avec beaucoup plus de rapidité et d'agilité que " nous "possible.Délicieusement réactive et adaptative, les bactéries peuvent échanger des gènes et des fragments d'ADN entre eux. Cette polyvalence est particulièrement utile quand une nouvelle source de toxine ou de la nourriture apparaît dans l'environnement. Le microbiote peut rapidement venir avec précision le bon gène nécessaire pour le combattre - ou manger. Dans une étude récente, les chercheurs ont constaté qu'un microbe intestinale commune chez les Japonais a acquis un gène d'une bactérie marine qui permet aux Japonais de digérer les algues, quelque chose que le reste d'entre nous ne peut pas faire aussi bien. Cette plasticité sert à étendre notre génome relativement rigide, nous donnant accès à un énorme sac à malices biochimiques nous n'avions pas besoin de nous évoluer. "Les bactéries dans votre intestin sont continuellement en train de lire l'environnement et de répondre», explique Joel Kimmons, un scientifique de la nutrition et épidémiologiste aux Centers for Disease Control and Prevention à Atlanta. «Ils sont un miroir microbienne de l'évolution du monde. Et parce qu'ils peuvent évoluer très rapidement, ils aident notre corps à s'adapter aux changements de notre environnement ". Une poignée de microbiologistes ont commencé sonnette d'alarme sur la destruction involontaire de notre civilisation du microbiome humain et de ses conséquences. Espèces microbiennes importantes ont peut-être déjà éteintes, avant que nous ayons eu l'occasion d'apprendre qui ils sont ou ce qu'ils font. Ce que nous considérons comme un désert intérieur peut être en fait rien de la sorte, après avoir longtemps été remodelé par les activités humaines inconscientes. Prenant la métaphore écologique en outre, le "microbiome occidentalisé" plupart d'entre nous portons aujourd'hui est en fait un artefact de la civilisation, n'est plus un désert aujourd'hui que, disons, les Meadowlands New Jersey. Pour obtenir une idée plus claire de ce qui a été perdu, María Gloria Dominguez-Bello , un microbiologiste d'origine vénézuélienne à l'Université de New York, a voyagé vers des contrées éloignées de l'Amazone à recueillir des échantillons de chasseurs-cueilleurs qui ont eu peu de contacts antérieurs avec Occidentaux ou la médecine occidentale. "Nous voulons voir comment le microbiote humain ressemble avant les antibiotiques, les aliments transformés, avant avant la naissance moderne," me dit-elle. "Ces échantillons sont vraiment en or." Les résultats préliminaires indiquent que le microbiome vierge - de personnes qui ont eu peu ou pas de contact avec les Occidentaux - dispose d'une plus grande biodiversité, y compris un certain nombre d'espèces jamais séquencés, et, comme mentionné, des niveaux élevés de prevotella que se trouve généralement dans le intestin de l'Ouest.Dominguez-Bello dit ces microbiomes dynamiques, diversifiées et antibiotique naïfs peuvent jouer un rôle dans les taux nettement plus faibles d'allergies, l'asthme, la maladie atopique et les maladies chroniques comme le diabète de type 2 et les maladies cardiovasculaires de amérindiens. Une bactérie communément trouvée dans le microbiome non-occidentale, mais presque disparu dans le nôtre est un habitant de tire-bouchon en forme de l'estomac par le nom de la bactérie Helicobacter pylori . Le mari de Dominguez-Bello, Martin Blaser , un médecin et microbiologiste à NYU, a étudié H. pylori depuis le milieu des années 1980 et est convaincu que c'est une espèce en voie de disparition, l'extinction de laquelle nous pouvons un jour rue. Selon «l'hypothèse du microbiote manquant», nous dépendons de microbes comme H. pylori pour réguler diverses fonctions métaboliques et immunitaires, et leur disparition est désordre de ces systèmes. La perte est cumulatif: «Chaque génération passe sur le nombre de ces microbes," Blaser m'a dit, avec le résultat que le microbiome Ouest est progressivement appauvri. Il appelle à H. pylori "l'enfant de l'affiche» pour les microbes disparus et dit médecine a été effectivement tente de l'exterminer depuis 1983, lorsque des scientifiques australiens ont proposé que le microbe était responsable de gastro-duodénaux ulcères ; il a depuis été impliquée dans le cancer de l'estomac ainsi. Mais H. pylori est un personnage plus complexe, le spectre entier de bonne microbienne et le mal roulé dans un bogue. Les scientifiques ont appris que H. pylori joue également un rôle dans la régulation de l'acide dans l'estomac. On peut supposer que le fait de rendre son habitat préféré inhospitalier pour les concurrents, mais l'effet sur son hôte peut être salutaire. Les personnes sans H. pylori peuvent pas avoir des ulcères gastro-duodénaux, mais souvent ils ne souffrent de reflux acide . Non traitée, cela peut conduire à l'oesophage de Barrett et, éventuellement, un certain type de cancer de l'œsophage , taux ont grimpé en flèche dans l'Ouest comme H. pylori a disparu. Quand, après un récent épisode de reflux acide, mon médecin a ordonné une endoscopie, j'ai découvert que, comme la plupart des Américains d'aujourd'hui, mon estomac n'a pas H. pylori. Mon gastroentérologue était heureux, mais après avoir parlé à Blaser, les nouvelles semble plus équivoque, car de H. pylori nous fait aussi beaucoup de bien. Le microbe s'engage avec le système immunitaire, calmer la réponse inflammatoire de manière à servir ses propres intérêts - être laissé en paix - ainsi que la nôtre. Cet effet calmant sur le système immunitaire pourrait expliquer pourquoi les populations qui abritent encore H. pylori sont moins sujettes aux allergies et à l'asthme. Le laboratoire de Blaser a également trouvé des preuves que H. pylori joue un rôle important dans le métabolisme humain en régulant les niveaux de l'hormone de la ghréline de l'appétit."Quand l'estomac est vide, il produit beaucoup de ghréline, le signal chimique dans le cerveau à manger», dit Blaser. »Puis, quand il en a eu assez, l'estomac arrête la production de ghréline, et l'hôte se sent rassasié." Il dit que la disparition de H. pylori peut contribuer à l'obésité en coupant ces signaux. Mais qu'en est-il des maladies H. pylori sont reprochés? Blaser dit ils ont tendance à se produire que tard dans la vie, et il fait la suggestion plutôt à couper le souffle que le rôle de l'évolution de ce microbe pourrait être pour nous aider shuffle stade de la vie une fois que nos années de procréation ont passé. Donc important ne Blaser concerne cette étrange, paradoxal symbiote qu'il a proposé non pas un mais deux interventions thérapeutiques non conventionnelles: vacciner les enfants avec H. pylori pour leur donner le bénéfice de ses services au début de la vie, puis exterminer avec des antibiotiques à 40 ans, lorsqu'elle est de nature à causer des ennuis commencent. Ces jours Blaser est plus préoccupé par les dommages que les antibiotiques, même en petites doses, font pour le microbiome - et en particulier à notre système immunitaire et le poids. «Les agriculteurs ont été effectue une grande expérience depuis plus de 60 ans," Blaser dit, "en donnant des doses sous-thérapeutiques d'antibiotiques à leurs animaux pour les faire prendre du poids." Les scientifiques ne sont pas exactement pourquoi cette pratique œuvres, mais les médicaments peuvent favoriser les bactéries qui sont plus efficaces à la récupération d'énergie à partir de l'alimentation. «Sommes-nous en train de faire la même chose à nos enfants?" Qu'il demande. Les enfants de l'Ouest reçoivent, en moyenne, entre 10 et 20 cours d'antibiotiques avant d'avoir 18 ans et les médicaments prescrits ne sont pas les seuls antimicrobiens trouver leur chemin à la flore; les scientifiques ont trouvé des résidus d'antibiotiques dans la viande, le lait et l'eau de surface ainsi. Blaser est également préoccupé par l'utilisation de composés antimicrobiens dans nos vies de tous les jours et de régime - tout de lavages de chlore pour la laitue de désinfectants pour les mains. «Nous utilisons ces produits chimiques, précisément parce qu'ils sont antimicrobien», dit Blaser. "Et bien sûr, ils nous font du bien. Mais nous devons nous demander, que font-ils à notre microbiote "Personne ne met en doute la valeur des antibiotiques à la civilisation - ils nous ont aidé à conquérir un grand nombre de maladies infectieuses et l'augmentation de notre espérance de vie.Mais, comme dans toute guerre, la guerre contre les bactéries semble avoir eu des conséquences inattendues. L'un des résultats les plus frappants de la séquence de mon microbiome est l'impact d'une seule cure d'antibiotiques sur ma communauté de l'intestin. Mon dentiste m'avait mis sur la voie de l'amoxicilline par mesure de précaution avant la chirurgie orale. (Sans antibiotiques prophylactiques, bien sûr, la chirurgie serait beaucoup plus dangereux.) Dans une semaine, mon impressionnante non-occidental "diversité alpha" - une mesure de la diversité microbienne dans mon ventre - avait chuté et venir à ressembler beaucoup à la Américain moyen. Mon (éventuellement) des niveaux sains de prevotella avaient également disparu, pour être remplacé par un pic de Bacteroides (beaucoup plus commun dans l'Ouest) et une prolifération alarmante de protéobactéries, un phylum qui comprend un grand nombre de caractères adventices et pathogènes, y compris E. coli et la salmonelle . Quel était apparu comme un intestin assez saine diversification a été élève maintenant des expressions de préoccupation parmi les microbiologistes qui ont consulté la page de mes données. "Votre E. coli floraison est effrayant," Ruth Ley, un microbiologiste de l'Université Cornell, qui étudie le rôle de la microbiome de l'obésité, m'a dit. "Si nous mettons cet échantillon dans les souris sans germes, je parie qu'ils avaient enflammés." Grande. Juste au moment où je commençais à penser que je suis un donneur prometteur pour une transplantation fécale, maintenant j'avais un intestin qui rendrait les souris malades. J'ai été soulagé d'apprendre que ma communauté de l'intestin serait finalement rebondir à quelque chose ressemblant à son état antérieur. Pourtant, une étude récente a révélé que lorsque les sujets ont reçu une seconde cure d'antibiotiques, la reprise de leur écosystème intérieur était moins complète que après la première. Peu de scientifiques que j'ai interviewés ont eu beaucoup de doute que le régime alimentaire occidental a été modifie notre microbiome intestinal de façon troublante.Certains, comme Blaser, sont préoccupés par les antimicrobiens nous ingestion avec nos repas; d'autres avec la stérilité de produits alimentaires transformés. La plupart ont convenu que le manque de fibres dans le régime alimentaire occidental était nocive pour le microbiome, et d'autres encore ont exprimé leur inquiétude au sujet des additifs dans les aliments transformés, dont quelques-uns ont déjà été étudiés pour leurs effets spécifiques sur le microbiote. Selon un récent article paru dans Nature par le microbiologiste Stanford Justin Sonnenburg, «Consommation de hyperhygienic, produit en masse, hautement transformés et les aliments riches en calories est de tester la rapidité de la flore de personnes dans les pays industrialisés peut s'adapter." Comme notre microbiome évolue à faire face à l'alimentation occidentale, Sonnenburg, dit-il craint que différents gènes sont de plus en plus difficile à trouver que la baisse de la biodiversité inhérentes au microbiome avec notre exposition quotidienne à des bactéries. Catherine Lozupone à Boulder et Andrew Gewirtz , immunologiste à l'Université d'Etat de Géorgie, dirigé mon attention sur les émulsifiants couramment utilisés dans de nombreux aliments transformés - les ingrédients avec des noms comme la lécithine, Datem, CMC et du polysorbate 80 laboratoire de Gewirtz a fait des études chez la souris indiquent que certains de ces composés detergentlike peut endommager la muqueuse - le revêtement de protection de la paroi de l'intestin - qui pourrait conduire à des fuites et inflammation. Un nombre croissant de chercheurs en médecine sont à venir autour de l'idée que le dénominateur commun d'un grand nombre, sinon la plupart, des maladies chroniques dont nous souffrons aujourd'hui peut être une inflammation - une réponse immunitaire accrue et persistante par le corps à un réel ou perçu menace. Différents marqueurs de l'inflammation sont fréquentes chez les personnes atteintes du syndrome métabolique, le complexe d'anomalies qui prédispose à des maladies comme les maladies cardiovasculaires, l'obésité, le diabète de type 2 et peut-être un cancer . Alors que les organisations de santé diffèrent sur la définition exacte du syndrome métabolique, un rapport des Centers for Disease Control and Prevention 2009 a révélé que 34 pour cent des adultes américains sont atteints de la maladie. Mais est-inflammation encore un autre symptôme du syndrome métabolique, ou est-ce peut-être la cause? Et si elle est la cause, quelle est son origine? Une théorie est que le problème commence dans l'intestin, d'un trouble de la flore, en particulier de l'épithélium de toute importance que les lignes de notre des voies digestif.Cette peau interne - la surface de ce qui est assez large pour couvrir un court de tennis - médiatise notre rapport au monde extérieur de notre corps; plus de 50 tonnes de nourriture passent à travers elle dans une vie. Le microbiote joue un rôle critique dans le maintien de la santé de l'épithélium: certaines bactéries, comme les bifidobactéries et Lactobacillus plantarum (commun dans les légumes fermentés), semblent directement renforcer sa fonction. Ces et d'autres bactéries intestinales contribuent également à son bien-être en le nourrissant. Contrairement à la plupart des tissus, qui prennent leur nourriture à partir de la circulation sanguine, les cellules épithéliales du colon obtenir une grande partie de leur à partir des acides gras à chaîne courte qui produisent des bactéries de l'intestin comme un sous-produit de la fermentation de fibres végétales dans le gros intestin. Mais si la barrière épithéliale n'est pas correctement nourri, il peut devenir plus perméable, ce qui lui permet d'être violée. - Les bactéries, des endotoxines qui sont les sous-produits toxiques de certaines bactéries et - les protéines peuvent se glisser dans le courant sanguin, ce qui provoque le système immunitaire du corps à monter une réponse. Cette inflammation de bas grade obtenu, qui affecte l'ensemble du corps, peut conduire au fil du temps au syndrome métabolique et un certain nombre de maladies chroniques qui ont été liés à elle. Preuve à l'appui de cette théorie commence à s'accumuler, certains des plus intrigante venant du laboratoire de Patrice Cani de l'Université Catholique de Louvain à Bruxelles.Lorsque Cani alimenté une haute teneur en gras, alimentation "junk food" à des souris, la communauté de microbes dans leurs tripes beaucoup changé comme il le fait chez les humains sur une alimentation fast-food. Mais Cani a également trouvé le régime junk-food fait les barrières de l'intestin des animaux nettement plus perméable, ce qui permet d'endotoxines de s'infiltrer dans la circulation sanguine. Cela a produit une inflammation de bas grade qui a finalement conduit au syndrome métabolique. Cani conclut que, au moins chez la souris, "bactéries intestinales peuvent initier des processus inflammatoires associés à l'obésité et la résistance à l'insuline" en augmentant la perméabilité intestinale. Ceux-ci et d'autres expériences montrent que l'inflammation de l'intestin peut être à l'origine du syndrome métabolique, et non son résultat, et que les variations de la flore microbienne et la doublure de la paroi de l'intestin peut provoquer cette inflammation. Si Cani est correcte - et il ya maintenant des preuves indiquant que le même mécanisme est à l'œuvre chez l'homme - alors la science médicale peut être sur la piste d'une Grande Théorie Unifiée de maladies chroniques, au cœur même de ce qui nous trouverons l'intestin microbiome. Ma première réaction à l'apprentissage tout cela était de vouloir faire quelque chose immédiatement, quelque chose à entretenir la santé de mon microbiome. Mais la plupart des scientifiques que j'ai interviewés étaient peu disposés à faire des recommandations pratiques; Il est trop tôt, ils m'ont dit, nous ne savons pas encore assez. Une partie de cette hésitation reflète une abondance de prudence compréhensible. Les chercheurs sur le microbiome ne veulent pas faire l'erreur de overpromising, que les chercheurs du génome fait. Ils sont également préoccupés par l'alimentation d'une fleur gigantesque de charlatanisme prébiotique et probiotique et à juste titre: les probiotiques sont déjà étant médiatisée comme la nouvelle panacée, même si ce n'est pas du tout évident que ces bactéries bénéfiques soi-disant fait pour nous ou comment ils font ce qu'ils font.Certaines recherches suggèrent que certains probiotiques pourraient être efficaces dans un certain nombre de façons: la modulation du système immunitaire; réduire une réponse allergique; réduction de la durée et de la gravité des rhumes chez les enfants;soulager la diarrhée et les symptômes du côlon irritable; et l'amélioration de la fonction de l'épithélium. Le problème est que, parce que le marché des probiotiques est en grande partie non réglementé, il est impossible de savoir ce que, si quelque chose, vous obtenez lorsque vous achetez un produit «probiotique». Une étude a testé 14 probiotiques commerciaux et a constaté que seul contenait l'espèce exacte indiquée sur l'étiquette. Mais une partie de la réticence des scientifiques de faire des recommandations flux sûrement de la partialité institutionnelle de la science et de la médecine: que l'avenir de la gestion de microbiome doit rester fermement entre les mains de la science et de la médecine. Dans cette voie - qui détient véritable promesse - mensonge amélioration des probiotiques et des prébiotiques, les transplantations fécales (avec de meilleurs noms) et les thérapies liées. Jeffrey Gordon, l'un de ces scientifiques qui pairs loin à l'horizon, se réjouit à l'époque où les troubles du microbiome seront traités avec «symbiotiques» suites de cibles, les microbes de la prochaine génération de probiotiques administrés ainsi que les nutriments prébiotiques adéquats pour nourrir les. La transplantation fécale va céder la place à quelque chose de beaucoup plus ciblée: un assemblage purifiée et culture d'une douzaine de microbiennes espèces qui, avec de nouveaux aliments thérapeutiques, seront présentés à la communauté de l'intestin pour réparer «lésions» espèces disparues importants ou des fonctions . Pourtant, en supposant que tout cela fonctionne comme annoncé, une telle approche permettra également Big Pharma et Big Food de jalonner et de coloniser le microbiome humain dans un but lucratif. Quand j'ai demandé à Gordon sur do-it-yourself gestion de microbiome, il a dit qu'il espérait un jour «où les gens peuvent cultiver ce jardin magnifique qui est si influente dans notre santé et notre bien-être» - mais ce jour-là attend beaucoup plus de la science .Donc, il a refusé de donner des conseils de jardinage ou des conseils diététiques. «Nous devons gérer les attentes», at-il dit. Hélas, je suis impatient. J'ai donc abandonné demandant scientifiques de recommandations et commencé leur demander plutôt comment, à la lumière de ce qu'ils ont appris sur le microbiome, ils ont changé leurs propres régimes et modes de vie. La plupart d'entre eux ont apporté des modifications. Ils ont été plus lents à prendre, ou donner à leurs enfants, les antibiotiques. (Je tiens à souligner qu'en aucune façon est-ce un argument pour le rejet d'antibiotiques quand ils sont médicalement nécessaires.) Certains ont parlé de relâcher le régime sanitaire dans leurs maisons, en encourageant leurs enfants à jouer dehors dans la terre et les animaux - délibérément accroître leur exposition à la grande patine. De nombreux chercheurs m'ont dit qu'ils avaient éliminé ou réduire les aliments transformés, soit en raison de son manque de fibre ou de préoccupation au sujet des additifs. En général, ils semblent accorder moins de confiance en probiotiques (dont peu d'entre eux utilisés) que dans prébiotiques - aliments susceptibles de favoriser la croissance des «bonnes bactéries» déjà présents. Plusieurs pays, dont Justin Sonnenburg, ont dit qu'ils avaient ajouté des aliments fermentés à leur régime alimentaire: yaourt, le kimchi, la choucroute. Ces aliments peuvent contenir un grand nombre de bactéries probiotiques, comme L. plantarum et les bifidobactéries, et alors que la plupart des bactéries probiotiques ne semblent pas prendre résidence permanente dans l'intestin, il existe des preuves qu'ils pourraient laisser leur marque sur la communauté, parfois par modifier l'expression des gènes des résidents permanents en effet activer ou de désactiver les voies métaboliques dans la cellule - et parfois en stimulant ou calmant la réponse immunitaire. Qu'en est-il augmenter notre exposition aux bactéries? "Il ya un cas pour salir votre alimentation," Sonnenburg m'a dit. Pourtant, conseiller aux gens de ne pas laver leurs produits est probablement sage dans un monde de résidus de pesticides. «Je considère comme une analyse coûts-avantages», a écrit Sonnenburg par e-mail. "Augmentation de l'exposition aux microbes de l'environnement diminue probablement l'occasion de nombreuses maladies occidentales, mais augmente l'exposition aux agents pathogènes.Certes, les coûts augmentent car les bactéries résistantes aux antibiotiques effrayants deviennent plus fréquents. "Alors lavez-vous les mains dans les situations où des agents pathogènes ou de produits chimiques toxiques sont probablement présents, mais peut-être pas après caresser votre chien. "En termes de nourriture, je pense que manger des aliments fermentés est la réponse - par opposition à ne pas se laver les aliments, sauf s'il s'agit de votre jardin,» dit-il. Avec sa femme, Erica, également un microbiologiste, Sonnenburg tend une colonie de souris gnotobiotique à Stanford, en examinant (entre autres) les effets de l'alimentation occidentale sur leur microbiote. (Retrait fibre entraîne une baisse de la diversité, mais l'effet est réversible.) Il s'agit d'un boulanger amateur, et quand j'ai visité son laboratoire, nous avons parlé des avantages de la cuisson avec des grains entiers. "La fibre est pas un seul nutriment», a déclaré Sonnenburg, ce qui explique pourquoi les suppléments de fibres sont pas de formule magique. "Il ya des centaines de différents polysaccharides" - les hydrates de carbone complexes, y compris la fibre - ". Chez les plantes, et les différents microbes aiment chomp sur différents principes» Pour stimuler la fibre, l'industrie alimentaire a ajouté beaucoup d'un polysaccharide appelé inuline, à des centaines de produits, mais c'est juste un genre (souvent dérivé de la racine de chicorée-usine) et donc ne peuvent favoriser un nombre limité de microbes. J'ai entendu à la place d'un argument pour une variété de grains entiers et un régime alimentaire diversifié de plantes et de légumes ainsi que les fruits. "La meilleure façon d'augmenter votre biodiversité microbienne est de manger une variété de polysaccharides," at-il dit. Son commentaire a sonné avec quelque chose d'un gastro-entérologue à l'Université de Pittsburgh m'a dit. "Le gros problème avec l'alimentation occidentale," Stephen O'Keefe a dit, "c'est qu'il ne se nourrit pas l'intestin, seul le G I. supérieure Toute la nourriture a été traitée pour être facilement absorbé, ne laissant rien pour le G inférieure I. Mais il s'avère que l'une des clés de la santé est la fermentation dans le gros intestin. "Et la clé de l'alimentation de la fermentation dans le gros intestin est en lui donnant beaucoup de plantes avec leurs différents types de fibres, y compris l'amidon résistant (trouvé dans les bananes, les haricots, l'avoine); fibres solubles (dans les oignons et autres légumesracines, noix); et les fibres insolubles (dans les céréales complètes, en particulier le son, et les avocats). Grâce à notre régime de sucres et de graisses absorbées rapidement, nous allons manger pour une seule et priver le trillion de la nourriture qu'ils aiment le mieux: glucides complexes et de fibres végétales fermentescibles. Le sous-produit de la fermentation sont les acides gras à chaîne courte qui nourrissent la barrière intestinale et aident à prévenir l'inflammation. Et il ya des études suggérant que les plantes en ajoutant tout simplement à une alimentation fast-food va atténuer son effet anti-inflammatoire. Les grandes lignes d'une alimentation pour le nouveau superorganisme venaient clairement, et il n'a pas besoin de les ministrations des scientifiques de l'alimentation chez Nestlé ou General Mills pour le concevoir. Big Food et Big Pharma avez probablement un rôle à jouer, comme les symbiotiques de la prochaine génération de volonté Jeffrey Gordon, dans la réparation de la flore de personnes qui ne peuvent pas ou ne se soucient pas de simplement changer leur régime alimentaire. Cela va être une grosse affaire. Pourtant, les éléments d'un régime de microbiote de l'environnement sont déjà sur les rayons des supermarchés et dans les marchés de producteurs. Vu sous cet angle, les aliments sur les marchés apparaissent dans une lumière nouvelle, et j'ai commencé à voir comment vous pourriez commencer à magasiner et cuisiner avec le microbiome à l'esprit, pour mieux nourrir la fermentation dans nos tripes. Moins un aliment est transformé, plus il y qui obtient en toute sécurité à travers le tractus gastrointestinal et dans les griffes avides du microbiote. Pâtes al dente, par exemple, se nourrit des insectes mieux que les pâtes doux fait; avoine mieux que l'acier laminé coupe;légumes crus ou légèrement cuits offrent les bugs plus chomp sur de trop cuit, etc C'est à la fois un très vieux et une toute nouvelle façon de penser à la nourriture: il suggère que toutes les calories ne sont pas créés égaux et que la structure d'un aliment et comment il est préparé peut être important autant que sa composition nutritionnelle. C'est une idée frappante que l'une des clés de la bonne santé peut se révéler impliquer la gestion de notre fermentation interne. Ayant récemment appris à gérer plusieurs fermentations externes - du pain et du kimchi et de la bière - Je connais un peu les aléas de ce processus. Vous comptez sur les microbes, et que vous faites de votre mieux pour aligner leurs intérêts avec les vôtres, principalement en les nourrissant le genre de choses qu'ils aiment manger - bon ". Substrat" Mais le contrôle absolu du processus est trop à espérer. C'est beaucoup plus comme le jardinage que de gouverner. Le jardinier succès a toujours su que vous n'avez pas besoin de maîtriser la science du sol, qui est encore un autre foyer de fermentation microbienne, afin de nourrir et l'entretenir. Vous avez juste besoin de savoir ce qu'il aime manger - fondamentalement, la matière organique - et comment, d'une manière générale, d'aligner vos intérêts avec les intérêts des microbes et les plantes. Le jardinier découvre aussi que, lorsque des agents pathogènes ou des parasites apparaissent, les interventions chimiques «travail», qui est, à résoudre le problème immédiat, mais à un coût pour la santé à long terme du sol et tout le jardin. L'entraînement pour un contrôle absolu conduit à des formes imprévues de trouble. Ceci, il me semble, est à peu près où nous en sommes aujourd'hui à l'égard de nos microbiomes - notre grouillante, quasi-désert. Nous ne savons pas beaucoup, mais nous savons probablement assez pour commencer à prendre mieux soin d'elle. Nous avons une assez bonne idée de ce qu'il aime manger, et les produits chimiques forts font pour elle. Nous savons tous que nous devons savoir, en d'autres termes, pour commencer, avec modestie, pour s'occuper du jardin indisciplinés intérieur. Michael Pollan est le professeur Chevalier de journalisme à l'Université de Californie, Berkeley, et l'auteur, plus récemment, de "cuit: A Natural History de la transformation." Editeur: Ilena Silverman