Haplotypes et Fertilité : une relation découverte Les prédictions génomiques ont démontré qu’ils pouvaient être un super outil pour les centres d’IA et l’élevage laitier. Avec la génomique nous avons "mis la vache à l'envers" et pouvons regarder les gènes réels hérités qui ont un impact sur la génétique global. Par exemple, nous avons trouvé les SNP qui augmentent la production de lait, tandis que nous avons aussi trouvé les SNP qui agissent négativement sur la production de lait. Avec cet outil passionnant nous pouvons faire des progrès beaucoup plus rapidement parce que nous découvrons les bonnes et mauvaises parties du génome. Qu’est-ce que l'on a découvert ? Récemment, USDA-AIPL a découvert 5 nouveaux Haplotypes (un groupe de SNP hérité ensemble) qui existe normalement de type Hétérozygotes, mais ne devrait pas exister logiquement de type homozygote, ayant ainsi un effet négatif sur la fertilité. Ces haplotypes seront appelés HH1 (Holstein Haplotype 1), HH2 (Holstein Haplotype 2), HH3 (Holstein Haplotype 3), JH1 (Jersey Haplotype 1) et BH1 (Brun Haplotype 1). Ces groupes de SNP n'existent pas de façon homozygote, mais existent normalement de type hétérozygote. La succession de ces Haplotypes est très semblable à la couleur de robe Noire et Rouge. Définitions : Haplotype : un "Haplotype" le plus simple est un SNP individuel, mais "Haplotype" se réfère généralement à un groupe de SNP qui est toujours hérité ensemble. Homozygote : Ceci est la définition d'un animal qui a obtenu le même gène, Haplotype, ou SNP des deux côtés du pedigree (père et mère). Dans la couleur de robe, nous dirions que "RR" serait homozygote noir et "rr" serait homozygote rouge. Hétérozygote : Ceci est la définition d'un animal qui a obtenu un gène différent, haplotype, ou SNP des deux côtés du pedigree. Dans la couleur de robe, nous dirions que "Rr" est hétérozygote. Pour la simplicité, on montre un exemple simple ci-dessous. Bien qu'un haplotype soit un groupe de SNP hérité ensemble, le mécanisme de succession est le même que la couleur de robe. Chaque cellule dans le tableau est un résultat d'un accouplement et chaque résultat à 25% de chance de s’exprimer. Les gestations ne sont pas créées ou engendre une perte précoce de gestation dans seulement un des deux états d’homozygotie. R R r Exemple Couleur de robe r RR (Homozygote-noir) Rr (Hétérozygote) Rr (Hétérozygote) rr (Homozygote-red) A A T Exemple d’Haplotype T AA (Homozygote) AT (Hétérozygote) AT (Hétérozygote) N’existe pas Dans cet exemple un homozygote (TT) n'existe pas parce qu'aucune gestation ne va à terme, cependant les deux hétérozygotes (A) sont complètement normaux. Bien que la succession soit semblable, on ne considère pas ces haplotypes récessifs parce qu'aucune mutation génique spécifique n'a été trouvée et les veaux ne sont jamais nés vivants. Le taux de conception est le seul caractère affecté par cette découverte. BOVEC, 69 Chemin des Molières - PA de Charpenay 69210 LENTILLY Tél. : 04 72 52 24 60 – Fax : 04 78 35 93 39 – E-mail : [email protected] – Web : www.bovec.fr © 2012 Bovec - Tous droits réservés 1 En mettant cette nouvelle découverte dans la perspective, les hétérozygotes de chacun des trois Haplotypes Holstein ont une fréquence entre 4.5 et 4.7% dans la population actuelle, ce qui signifie que si un taureau hétérozygote a été utilisé aléatoirement à travers une population entière, l'impact sur des taux de conception serait 0.4 %, un très faible impact comparé à la variation normale entre les animaux. Il est important de savoir que ceux-ci sont tous des haplotypes distincts et l'accouplement d'un hétérozygote d’haplotypes différents n'a aucun impact du tout. Par exemple, accoupler un taureau qui est un hétérozygote HH1 avec une vache qui est hétérozygote pour HH2 n'aboutira à aucune réduction de la fertilité, étant donné que chaque Haplotype fonctionne indépendamment. Quel est l'Effet sur l'Évaluation Génétique ? Avec aucun veaux de nés et seulement un effet sur la fertilité, l'impact de ces haplotypes est limité à la fertilité de taureau (SCR) et le taux de gestation des Filles (DPR). Comme mentionné ci-dessus, quand les hétérozygotes sont accouplés ensemble, 25% des cas, la gestation n'arrivera pas à terme. Heureusement, les index publiées pour le DPR et SCR incluent ces accouplements et donc l'évaluation prend déjà en compte l’impact génétique tant des taureaux hétérozygotes que homozygotes. Donc, cette découverte n'aura pas d'effet au-delà de ce qui est déjà officiellement inclus dans l’index d'un animal. Points Clés : · Nouveaux haplotypes pour la race Holstein, Jersiaise et Brune sont découvert. · Quand des animaux hétérozygotes sont accouplés ensemble, on constate une baisse du taux de réussite de 4 % pour ces animaux (exemple 33 % - 29 %) · SCR et les évaluations DPR incluent déjà cet effets dans les index publiés. · La valeur économique d'un taureau devrait toujours être jugée sur la valeur génétique globale dans votre bilan génétique. Haplotypes des taureaux Tous les CIA sont affectés par la découverte de ces haplotypes. Des taureaux célèbres qui sont hétérozygotes sont rapportés dans le tableau ci-dessous. La liste n'est pas complète et on fera sortir une liste complète après chaque évaluation. BOVEC, 69 Chemin des Molières - PA de Charpenay 69210 LENTILLY Tél. : 04 72 52 24 60 – Fax : 04 78 35 93 39 – E-mail : [email protected] – Web : www.bovec.fr © 2012 Bovec - Tous droits réservés 2 Taureaux Bovec HH1 HH2 HH3 JH1 BH1 AARON ALTAR2 CARSON CLEVELAND DIFFERENCE EMERALD FINLEY FORMATION GABE GRAYSON JABEZ JORDAN-RED LEADMAN LEWIS COLBY DURABLE*RC GENEVA LIN MAXWELL RED MILLION ALTAROSS BOGART BRONCO CARUSO CHASE DALE DEE DERRY ELLROD GARDETTO GOLD CROWN HAYDEN HORIZON ABRAM CELEBRITY FREEZE JORDAN LEGAL LENCREST BON FIRE DALLY Taureau à l’origine MANGO MARION PALERMO ROSS RUDY SAUL SEATTLE SUBPOP THRONE TOYOTA VULCAN WILDTHING WILLROCK WISCONSIN-RED PERKY-RED PRESLEY RED REUNION REVAMP RORY SPEARMINT JUNCTION KRAMER LENNON LEVI MAXLIFE MAYFIELD MOBILE MOTIF O MAN ONESHOT PRENTICE RE DESIGN STANDOUT LOUIE PIRANHA PRIMO RAY SHOWTIME Pawnee-Farm Arlinda Chief EAGLE PAYOFF West Lawn Stretch Improver Willowhome Mark Anthony Glendell Arlinda Chief Gray-View Skyliner Observer Chocolate Soldier Notez : O-Man étant un hétérozygote pour HH3, le pourcentage d’hétérozygotes dans des listes de taureaux supérieurs est approximativement de 20%, beaucoup plus élevé que la moyenne de la population. Faire en sorte d’avoir du Bon Sens ? Certainement il est facile de réagir de manière excessive avec cette découverte, mais cela ne serait pas d’un bon sens. Nous devons nous rendre compte que nous parlons seulement d’une petite partie du génome. Nous ne pouvons pas oublier le reste des gènes qu’un animal peut avoir ! Vous ne voulez pas acheter une maison parce que vous aimez la porte d'entrée mais c'est la maison entière qui est importante. Même chose pour la génétique, l'observation de l'image complète de l’animal est crucial. BOVEC, 69 Chemin des Molières - PA de Charpenay 69210 LENTILLY Tél. : 04 72 52 24 60 – Fax : 04 78 35 93 39 – E-mail : [email protected] – Web : www.bovec.fr © 2012 Bovec - Tous droits réservés 3 Avec l'effet de ces haplotypes démontrant une incidence sur le SCR et le DPR, nous pouvons voir beaucoup d'exemples d’homozygotes sains qui ne sont pas aussi bons que des hétérozygotes pour ces mêmes caractères ! Considérez l'exemple suivant : AltaROSS est connu hétérozygote pour HH3 pourtant il a un DPR de +2.0 et une évaluation de SCR de +2.3 ! En comparaison AltaOLIVER est un homozygote sains pour les trois Haplotypes Holstein et a encore une évaluation de SCR de 0 (la moyenne) et un DPR de -3.4. Ceci est clairement un exemple où AltaROSS a le génome supérieur à d'autres parties qui compensent la petite région où il est un hétérozygote. AltaROSS DPR 2.0 SCR +2.3 AltaOLIVER -3.4 0 Tandis qu'AltaROSS a un groupe de gènes favorables pour la fertilité des filles et du taureau, AltaOLIVER a d'autres caractères qu'il excelle comme la production. Ces taureaux sont juste un exemple de cas parmi tant d’autres. Des centaines d'autres haplotypes existent qui ont des effets négatifs sur des caractères comme la production, le type, SCS, la longévité, etc et certains ont probablement un impact économique plus important que ces cinq haplotypes découvert. Donc, tous les animaux transmettent des haplotypes indésirables. La génomique nous permet de trouver ces animaux qui transmettent les haplotypes le plus désirables pour la combinaison de tous les caractères, tandis qu’il faudra minimiser ceux qui ont un impact négatif. La sélection d’un seul caractère n'a jamais été notre devise avant la découverte des haplotypes et ce ne l’est toujours pas après. Utiliser Efficacement ces nouvelles informations Le défi auquel nous devons maintenant faire face est que faire avec ces nouvelles informations que la génomique nous fournies. Nous avons appris il y a longtemps que la sélection de caractère seul aboutie a diminué le gain génétique sur d'autres caractères et que les index de sélection de caractères multiples ont abouti à un plus fort progrès génétique et une meilleure rentabilité. La génomique nous a appris que les caractères que nous choisissons sont contrôlés par beaucoup de SNPS et haplotypes, sans SNPS simple ou haplotypes ayant un impact économique majeur. Les index GPTAs sont un résumé précis et complet des effets de TOUS les haplotypes, combinés dans un index pour chaque caractère. Dans le passé, nous avons trouvé des gènes indésirables récessifs, comme le BLAD ou le CVM, et tous les cinq ans à peu près, nous avons éliminé ces gènes de la population. Et nous pourrions prendre la même voie sans une pénalité significative sur le gain génétique, puisque ceux-ci étaient rares. La génomique l'a changé, cependant. La première recherche génomique a découvert cinq haplotypes qui affectent la fertilité, et peut être encore d’autres à venir. Comme nous allons augmenter la densité des tests génomiques, nous trouverons plus d’haplotypes impactant le fertilité. Et nous savons que tous les animaux ont des haplotypes qui ont un impact économique négatif. Il sera impossible d'éliminer tout les haplotypes qui ont un effet négatif, donc la clé est d’utiliser ces informations dans notre intérêt et montre l’intérêt des programmes d’accouplement informatisé ! Nous savons que 25% d'accouplements hétérozygote n'ont aucune chance d'aboutir à une gestation. Donc on recommande fortement l'utilisation d’un programme d’accouplement pour faire des accouplements à partir des pedigrees avec une identification complète et précise. ■ BOVEC, 69 Chemin des Molières - PA de Charpenay 69210 LENTILLY Tél. : 04 72 52 24 60 – Fax : 04 78 35 93 39 – E-mail : [email protected] – Web : www.bovec.fr © 2012 Bovec - Tous droits réservés 4