la taxonomie bacterienne

LA TAXONOMIE BACTERIENNE
I- INTRODUCTION:
 Le monde bactérien est complexe et polymorphe.
 Il nécessite un système de classification nécessaire à la communication scientifique.
 La classification des bactéries a d’abord été fondée sur l’étude de leurs caractères
phénotypiques, puis de leurs caractères génotypiques grâce aux développements de
la biologie moléculaire.
II- BASES DE LA TAXONOMIE BACTERIENNE:
1- DEFINITIONS:
 La taxonomie: (du grec taxi : ordre et nomos : gouverner) a pour but de classer les
individus qui se ressemblent en groupes taxonomiques ou taxons.
 La classification : décrit les taxons et les rapports entre eux.
 L’identification : consiste à placer une souche dans un taxon.
 La nomenclature: réunit les règles qui permettent de nommer une souche identifiée.
2- LES UNITES TAXONOMIQUES:
 Les êtres vivants sont classés selon une classification hiérarchique à 7 rangs:
 Règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre et espèce.
 Ordre, famille, genre et espèce sont les plus utilisés en bactériologie médicale et sont
désignés par un terme latin dont la terminaison est «ales» pour l’ordre, «aceae »
pour la famille et « us » pour le genre et l’espèce.
 En pratique courante, genre et espèce suffisent pour désigner une souche.
 Exemple: Staphylococcus aureus
 Ordre : Micrococcales
 Famille : Micrococcaceae
 Genre : Staphylococcus
 Espèce: aureus
 L’unité taxonomique la mieux définie est l’espèce.
 Chez les procaryotes, les souches appartenant à une même espèce, dérivent d’un
ancêtre commun et possèdent des structures génétiques très voisines. Les génomes
des souches d’une même espèce ont plus 70 % d’homologies.
 L’espèce définie sur des marqueurs génotypiques est dite « espèce génomique » ou
genospecies.
 L’espèce définie sur des marqueurs phénotypiques est dite « espèce phénotypique »
ou phenospecies.
 Les espèces peuvent être subdivisées en sous-espèces, en biovars, en sérovars, en
pathovars, sur la base de marqueurs métaboliques, antigéniques ou de virulence.
 Pour des raisons pratiques, on peut également regrouper les souches d’une espèce
en fonction d’une propriété importante (antibiotypes: en fonction des profils des
résistance aux antibiotiques).
 Ex: Classification des entérobactéries en 4 groupes en fonction du profil de résistance
aux ß-lactamines.
 Ona 4 groupes bacteriennes
 Groupe I : entérobactéries sensibles à toutes les ß-lactamines:
E.coli, Salmonella spp, Shigella spp, Proteus mirabi1is.
 Groupe Il: entérobactérie résistantes aux aminopénicillines et aux Carboxypénicillines:
Klebsiella spp, Citrobacter koseri, citrobacter amalonaticus et Enterobacter hermannii.
 Groupe III : entérobactéries résistantes aux aminopénicillines, aux aminopénicillines
inhibiteurs de
ß-lactamases et aux céphalosporines de 1ère génération.
Enterobacter spp, Serratia spp, Providencia spp, Citrobacter freundii, Proteus indole ,
MorganelIa spp.
 Groupe IV: Yersinia enterolitica résistante aux aminopénicillines, aux
aminopénicillines inhibiteurs de ß-lactamases et aux céphalosporines de 1ere
génération.

Une souche est une population de bactéries qui descend d’une seule cellule
(clone).

Toutes les cellules d’une souche sont identiques.

Si le nombre de générations est élevé, des variations génétiques peuvent
apparaître et la souche n’est plus composée de cellules rigoureusement identiques
(au sein d’une même culture, on peut avoir des bactéries sensibles à un antibiotique
et des mutants résistants au même antibiotique).

La souche type d’une espèce est une souche possédant tous les caractères qui
définissent l’espèce.
3 - NOMENCLATURE BACTERIENNE:
Une souche bactérienne est nommée en latin de son nom de genre et
d’espèce.
o Le nom du genre prend une lettre MAJUSCULE et l’ensemble s’écrit
sans accent.
Ex: Staphylococcus aureus
Vibrio cholerae.
o Des locutions latines sont parfois utilisées à la suite du genre pour
préciser que la souche a été identifiée jusqu’au niveau du genre
seulement et elle peut donc appartenir à n’importe qu’elle espèce de
ce genre
Ex: Staphylococcus sp = species ou pour désigner l’ensemble des espèces
d’un genre Ex: Staphylococcus spp = species pluriel.
o Entre la découverte d’une nouvelle bactérie et son étude taxonomique,
il peut s’écouler plusieurs années. Elle est désignée par un nom ou un
code provisoire.
Exemple:
1983 : description d’une nouvelle bactérie gastrique spiralée d’abord nommée
provisoirement Campylobacter-Like- Organism ou CLO 1989: les études
taxonomiques ont montré qu’elle était différente du genre Campylobacter. Un
nouveau genre a été crée :
Helicobacter avec une dizaine d’espèces dont H.pylori.
o Des noms rappelant certains caractères morphologiques ou le pouvoir
pathogène ou le nom du découvreur sont parfois utilisés.
Exemple: Staphylocoque doré ou staphylocoque pathogène pour
Staphylococcus aureus.
o Des documents de référence donnent la classification et la
nomenclature actuelles selon un consensus international de
o







classification et de nomenclature (Journal of Systematic bacteriology
ou Bergey’s manual of determinatiive bacteriology).
o Cette classification n’est pas définitive. Elle est sujette à des
remaniements en fonction du développement des études
taxonomiques.
 Exemple: Haemophilus vaginalis puis Corynebacterium vaginalis puis
actuellement Gardnerella vaginalis.
III- METHODES TAXONOMIQUES:
Deux types de marqueurs sont utilisés:
 marqueurs phénotypiques
 marqueurs génotypiques
1- Marqueurs phénotypiques:
 Morphologie : forme, mobilité, disposition des flagelles, Gram, présence éventuelle de
spores, aspect des
colonies
 Propriétés biochimiques: rapport avec l’oxygène, utilisation de différentes sources de
carbone, étude des différentes voies métaboliques, besoin en facteurs de
croissance...
 Nature des Ag
 Sensibilité aux antibiotiques
 Sensibilité aux bactériophages
 Analyse des constituants de la paroi
 Analyse chromatographique de métabolites de la bactérie.
2- Marqueurs génotypiques :
 C’est pour les épidémiologie des infections bactériennes .