Acquisition d`un microscope pour la réalisation d`expériences
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Eléments de justification en préparation d'une acquisition d'équipement Acquisition d’un microscope pour la réalisation d’expériences d’imagerie par spectrométrie de masse histo-guidée: Descriptif du besoin : La Plate-forme Protéomique OUEST-genopole® est une plate-forme labellisée IBiSA et a pour objectif de mettre à disposition son savoir-faire en protéomique. Elle offre un large éventail de prestations d’analyse protéomique et est équipée des instruments les plus modernes pour l’identification et la quantification des protéines à partir d’échantillons biologiques. Au cours de l’année 2008, la plate-forme a ajouté la technologie d’Imagerie par Spectrométrie de Masse (IMS) à ses compétences grâce à la mise à jour complète de son spectromètre de masse AutoFlex (Bruker Daltonics) de type MALDI-TOF et à l’acquisition d’un cryostat (RC3050S, Leica), d’un robot de micro-dépôt piézo-électrique (Chip-1000, Shimadzu Biotech) et du logiciel FlexImaging (Bruker Daltonics) pour l’acquisition automatique des images par spectrométrie de masse. L’IMS est une nouvelle technique qui permet de localiser simultanément plusieurs composés biologiques d’intérêt (protéines, peptides, métabolites ou petites molécules), directement sur une coupe de tissu. La première étape d’une expérience d’IMS consiste à réaliser des coupes de tissus congelés de 8 à 12 μm d’épaisseur à l’aide d’un cryostat. Ces coupes sont ensuite déposées sur une lame de verre conductrice spécialement conçue pour l’IMS, puis lavées selon un protocole adapté au type de composés biologiques à étudier. Une matrice nécessaire au processus d’analyse par spectrométrie de masse est déposée sur les coupes de tissu de manière automatisée. Deux techniques de dépôt de matrice qui conduisent à deux applications différentes et complémentaires de l’IMS appelées « imaging » et « profiling » sont réalisables sur la plate-forme. Pour les expériences de type « profiling », la matrice est déposée par le robot Chip-1000 sous forme de microgouttes sur des zones spécifiques de la coupe de tissu et précisément déterminées par l’opérateur. La lame est finalement introduite dans la chambre d’ionisation sous vide du spectromètre de masse. Un faisceau laser UV irradie l’échantillon durant quelques secondes définissant ainsi une zone ablatée, appelée « spot ». Un spectre de masse affichant le rapport masse/charge des espèces ionisées est ainsi enregistré. Lors d’une expérience de type « imaging », l’expérience est répétée à des pas réguliers sur la coupe. Chaque spot correspond à un pixel de l’image et la distance entre chaque spot, de l’ordre de 50 μm, à la résolution spatiale. Une fois la totalité de la zone d’analyse irradiée, le logiciel de retraitement FlexImaging permet de sélectionner différentes gammes de masse et de reconstituer, pour chacun des signaux sélectionnés, une carte de densité ionique (ou image) permettant de visualiser leur localisation sur la coupe. L’approche « profiling » permet de détecter très rapidement un grand nombre de composés car l’analyse est limitée à quelques zones d’intérêt de la coupe. L’IMS a rapidement pris un essor important et ouvre de nouvelles perspectives intéressantes pour de nombreux sujets de recherche, l’exploration fonctionnelle, la compréhension du fonctionnement de maladies et le domaine pharmaceutique. L’IMS donne notamment l’opportunité de corréler la distribution spatiale des composés avec des images optiques annotées par des anatomopathologistes et de pouvoir ainsi mettre en évidence des protéines spécifiques d’une zone malade qui pourraient aider à la classification ou au pronostique d’une maladie. Cette nouvelle application, appelée IMS histo-guidée, connaît un engouement important depuis les deux dernières années. 1 Dans le but de développer l’IMS histo-guidée, la plate-forme souhaite acquérir un microscope permettant d’obtenir des images de coupes non-colorées (destinées à l’IMS) ou colorées (destinées à l’analyse histologique) de qualité adaptée à l’anatomopathologie avec des grossissements allant de 2X à 20X. Le logiciel FlexImaging utilisé par notre équipe nécessite de travailler avec des images issues de coupes entières. Le système de microscopie devra donc impérativement permettre la reconstruction d’images de coupes entières à partir de mosaïques d’images, ce qui implique de disposer d’une platine motorisée en axes X et Y. Des outils d’annotation des images sont indispensables pour guider l’analyse par IMS. Les images acquises doivent notamment pouvoir être enregistrées avec les annotations apparentes au format TIFF de manière à pouvoir être utilisées par FlexImaging. Il sera ainsi possible de corréler les signaux obtenus en IMS avec les zones d’intérêts annotées sur l’image optique et de limiter l’analyse aux zones annotées. Dans le cadre d’expériences d’IMS de type « profiling », il sera très utile de pouvoir placer les microdépôts de matrice sur les coupes aux coordonnées définies sur l’image optique. Les coordonnées des zones d’intérêt (définies dans un fichier type Excel) seront utilisées par le robot Chip-1000 pour déposer la matrice sur la coupe de tissu correspondante. Enfin, en raison des projets très différents qui seront gérés par la plate-forme, il serait très apprécié de pourvoir disposer d’outils permettant de tracer les images acquises (par projet, par client, par type de tissu etc.) et de pouvoir faciliter la rédaction des rapports d’analyse. Caractéristiques techniques du besoin : Le système dont nous disposerons devra comporter les éléments suivants : - Microscope trinoculaire en lumière transmise - Caméra Couleur 1,45 Mpixels refroidie, avec adaptation vidéo 1X. - Oculaire avec un indice de champ de 22 au minimum - Objectifs de différents grossissements : o Objectif 2X ou 2,5 X plan o Objectif 4X ou 5X qualité Fluorite (ou équivalent) o Objectif 10x qualité Fluorite (ou équivalent) o Objectif 20x qualité Fluorite (ou équivalent) - Platine motorisée en axes X et Y - PC de configuration adaptée - Logiciels permettant : o l’acquisition des images o l’annotation des images o le pilotage de la platine motorisée pour réaliser des mosaïques d’images de manière automatisée o le partage de l’image avec un correspondant extérieur via « Internet Explorer » ou un système équivalent o la traçabilité des images acquises (archivage dans une base de données) o l’édition de rapports pré-formatés compatibles avec Word (ou équivalent) 2 Adresse où l’on peut retirer le dossier : Mme Annabel Le Lidec Juriste et Responsable des Achats INSERM ADR Grand Ouest 63 quai Magellan 3eme étage Hall B BP 32116 44021 NANTES Cedex 1 Tel : +33 (0)2 40 35 86 82 Fax : +33 (0)2 40 47 77 01 Date limite : (15 jours à compter de la date de publication) Critères de sélection : - Caractéristiques techniques - Prix - Délai de livraison - Frais de livraison et de mise en service Délai de validité des offres : Contact : Mélanie LAGARRIGUE-REBOUTIER Ingénieur Spectrométrie de Masse Plate-forme protéomique OUEST-genopole® Inserm U625 Bâtiment 24 - 4e étage Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex France Tel : (+33) 2 23 23 52 78 Email : [email protected] 3
