Texte du projet en français

Institut Sénégalais de
Recherche Agronomique
Centre de ressources
Microbiologiques MIRCEN
Université Chekh Anta Diop
(UCAD)
Institut de Recherche
pour le Développement
Projet d’Université d’été
Ecologie Microbienne des Sols
Tropicaux
Alain Brauman 1 Frédéric Ampe2 et Edouard Miambi 3
http://comm.mpl.ird.fr/microtrop/
co-organisateurs : Mamadou Gueye2, Ouatarra Aboubacar4, Ibrahima Ndoye5
1
: Laboratoire de Microbiologie du sol, Centre IRD-ISRA-UCAD de Bel-Air, Dakar, Sénégal
: Laboratoire des Symbioses Tropicales et Méditerranéennes - IRD Montpellier. France
3
: Laboratoire de Microbiologie, DGRST, Brazzaville, Congo (act. en accueil à l’IRD Pointe-Noire)
2
2
MICROTROP
4
5
: Laboratoire de Microbiologie,
Université de Ouagadougou (Burkina Faso)
: UCAD, Laboratoire de Microbiologie du sol, Centre IRD-ISRA-UCAD de Bel-Air, Dakar,
3
MICROTROP
1- OBJECTIFS
MICROTROP est un programme de formation d’étudiants et de jeunes chercheurs
africains et européens à la démarche écologique d’étude des communautés microbiennes dans les
sols tropicaux. Cet atelier de quatre semaines combinera une formation à la fois théorique et
pratique et sera dispensé au sein du laboratoire de Microbiologie des sols tropicaux du Centre
IRD-ISRA- de Dakar (Sénégal). Ce laboratoire abrite le centre de ressources microbiologiques
MIRCEN de l’Unesco
Cette formation permettra également de créer un réseau durable entre les jeunes
chercheurs en écologie microbienne des pays du Nord et du Sud.
2. MOTIVATION
“ La forme de vie dominante sur Terre est, a toujours été, et restera, celle des bactéries ”
(Stephen J. Gould, L’éventail du vivant, 1997)
L’Ecologie Microbienne : un domaine en pleine mutation
La Microbiologie est l’une des sciences biologiques qui a le plus évolué au cours des 20
dernières années. La bactérie est passée du statut de modèle biologique simplifié à celui
d’organisme central des environnements naturels. Cette évolution due aux développements des
outils de la biologie moléculaire a permis la renaissance de l’écologie microbienne, devenu
aujourd’hui un domaine clef de l’écologie moderne.
Ces outils moléculaires devraient permettre aux microbiologistes de franchir le stade de
l’étude du seul microorganisme pour passer à l’analyse des communautés microbiennes dans leur
environnement naturel. Ce retour au terrain nécessite une approche combinant à la fois des outils
d’observation classiques (techniques d’échantillonnage, observation microscopique, cultures sur
milieux sélectifs) et moléculaires. Seule cette approche globale, systémique des communautés
microbiennes permettra aux microbiologistes d’aborder la complexité des problématiques
actuelles environnementales (réhabilitation des sols dégradés, durabilité des agro-systèmes,
dépollution, connaissance et exploitation des milieux extrêmes, etc.).
Des compétences peu partagées
Une telle approche moderne de l’écologie microbienne nécessite cependant la maîtrise de
connaissances à la fois théoriques et pratiques qui ne sont pas ou peu enseignées dans les cursus
universitaires, particulièrement en Afrique. L’initiation à la diversité du monde microbien dans
différents écosystèmes n’est actuellement dispensée que dans le cadre d’une formation intensive,
unique au monde, organisée chaque année aux Etats-Unis (Station de Biologie Marine, Woods
Hole). Peu de chercheurs, en particulier africains, ont accès à cette formation en raison du coût
élevé de ce stage et surtout du nombre limité de places.
Ce manque de formation entraîne une sous-représentation du monde microbien dans les
grands programmes internationaux de biodiversité. Ceci est particulièrement sensible en Afrique
où les chercheurs sont en marge d’une part du flux informationnel sur l’écologie microbienne
moderne, d’autre part de l’avancée rapide des techniques moléculaires. Dans ce contexte
4
MICROTROP
d’évolution permanente, la formation ponctuelle des chercheurs du Sud s’avère insuffisante. Le
brassage de ces chercheurs avec des scientifiques d’origine différente au sein d’une même
formation leur permettra de s’intégrer dans des réseaux internationaux, seule alternative à
l’isolement scientifique.
Ecologie microbienne et durabilité des sols tropicaux
Parmi tous les écosystèmes présents sur notre planète, les sols sont certainement les plus
complexes et aussi les plus méconnus. Ce sont des milieux vivants qui abritent la plus importante
diversité de microorganismes. Ces microorganismes agissent en interactions constantes avec leur
milieu, les plantes ou la faune du sol, et sont les acteurs clés de la majorité des transformations
biologiques qui s'y déroulent. L’écologie microbienne a pour objectif de mieux appréhender cette
formidable diversité des microorganismes et des interactions qu’ils développent avec les autres
acteurs biologiques du sol. Elle doit permettre une meilleure appréhension du rôle de cette
diversité sur le fonctionnement biologique du sol préalable indispensable à la mise en place de
systèmes de gestion durable des sols
Les sols tropicaux présentent une très grande variété d’interactions biologiques : on
retrouve ainsi des relations fortes entre plantes/microorganismes, nématodes-bactéries ou encore
faune du sol (termites, vers de terre)/microorganismes, ce qui permet l’étude in vivo de la
symbiose, de la prédation ou de la compétition. En outre, les sols présentent des caractéristiques
très diverses auxquelles les microorganismes se sont adaptées en développant des mécanismes
extrêmement variés..
Pourtant, les sols tropicaux demeurent des milieux fragiles, soumis à des stress
environnementaux majeurs (déforestation, agriculture intensive, pollution). La réhabilitation des
sols ainsi que leur gestion à long terme nécessite une approche multidisciplinaire dont la
microbiologie est souvent cruellement absente malgré le rôle clé joué par les microorganismes
dans les sols. Cette absence est liée à un manque de personnes compétentes pour l'étude et la
compréhension de l'écologie microbienne des sols tropicaux. Il s’avère donc urgent d’initier à
l’écologie microbienne la communauté scientifique concernée par les problématiques
environnementales des pays tropicaux afin qu’elle puisse y répondre de manière plus efficace.
3. PRODUITS ATTENDUS
MICROTROP
(i) La formation de quinze jeunes chercheurs1 aux outils théoriques et pratiques de l’écologie
microbienne appliqués aux sols tropicaux
(ii) La constitution d’un réseau durable entre ces jeunes chercheurs.
(iii) Une coopération étendue entre les différents laboratoires MIRCEN
La mise en place du réseau télématique e-MET (écologistes microbiens des
environnements tropicaux) via la constitution d’un forum et d’un site Internet communs. Le site
Internet (http://comm.mpl.ird.fr/microtrop/) en cours de réalisation constitue une base de travail
importante au cours de la formation. Il sera également un lien fort reliant les participants après la
: Lors de la première édition de Microtrop, 15 chercheurs seront formés. Ce nombre devrait passer à 20 lors des
éditions ultérieures de la formation.
1
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MICROTROP
formation assurant ainsi la pérennité du réseau de jeunes chercheurs en écologie microbienne
ainsi formée.
L’édition sous forme d’un CD-ROM et d’un ouvrage de l’ensemble des protocoles des
travaux pratiques et des supports des séminaires dispensés. Ces supports seront disponibles au
début de la formation et seront conçus de manière à êtres utilisables pour les participants à la
formation lors de leur retour dans leur établissement d’origine. Ils serviront ainsi de base au
transfert des connaissances acquises lors de la formation à un plus grand nombre d’étudiants et de
chercheurs dans le pays d’origine des participants.
4. DAKAR AU CENTRE DE L’ECOLOGIE MICROBIENNE DES SOLS TROPICAUX
Le centre IRD de Dakar est un lieu idéal pour dispenser une formation en écologie
microbienne des sols tropicaux. Ce choix permet de combiner la diversité des milieux tropicaux
présents au Sénégal et l’importance des moyens scientifiques humains et logistiques existants à
l’IRD. Les atouts de ce choix peuvent être résumés en trois points :
 Diversité des modèles biologiques :
-
bactéries et plantes tropicales
bactéries et milieux spécifiques (sol salés du lac Retba, rizière du Sénégal oriental...)
bactéries et faune du sol (termites, nématodes, vers de terre...)
 Infrastructures : des laboratoires de recherche de haut niveau bénéficiant d’excellentes
infrastructures sont regroupés à Dakar
-
Plusieurs laboratoires de recherche IRD orientés sur l’étude des interactions bactéries
–sol : laboratoire de biopédologie, laboratoire de nématologie, et le Laboratoire
MIRCEN de Microbiologie des Sols Tropicaux où se déroulera la formation.
Institutions sénégalaises de recherche : ISRA, Université Cheikh Anta Diop, Institut
Pasteur, CERAS avec lesquelles l’IRD a des collaborations scientifiques
Disponibilité d’équipements scientifiques lourds sur le site de l’IRD de Dakar (cf.
liste en annexe)
Existence d’un centre de documentation IRD, d’un laboratoire d’analyses chimiques,
d’un garage avec des véhicules tout terrain et de ville disponible, d’un centre
informatique, d’un accès au réseau Internet
Existence au Sénégal d’infrastructures routières, aéroportuaires et hôtelières
modernes.
 Ressources humaines :
-
Présence de 3 équipes de recherche IRD (environ 10 chercheurs) travaillant dans le
domaine de la diversité microbienne des sols
Présence de 5 techniciens spécialisés dans les techniques de base de microbiologie,
d’analyse physiologique et les outils moléculaires
6
MICROTROP
5. CONTENU DE L’ATELIER2
L’atelier comportera (i) des séminaires, (ii) des travaux pratiques et (iii) la réalisation d’un
mini-projet en trinôme, chaque aspect représentant environ un tiers de la durée totale de la
formation. Les thèmes des séminaires et des travaux pratiques seront étroitement liés.
La formule proposée s’inspire du modèle de l’Université d’été dispensée chaque année à
Woodshole au sein du Laboratoire de Biologie Marine (MBL), et qui connaît un succès
ininterrompu depuis plusieurs dizaines d’années, mais dont l’équivalent n’existe ni en Europe, ni
ailleurs dans le monde. Cependant, à la différence de cette formation américaine destinée aux
étudiants des pays du nord et qui s’intéressent à la biodiversité microbienne en général, Microtrop
aura pour originalité l’étude plus spécifique des sols tropicaux et veut s’ouvrir à un public africain
et européen.
5.1. Séminaires
L’objectif des séminaires est de fournir aux participants les bases théoriques des
approches classiques et moléculaires de l’écologie microbienne. Le premier cycle de séminaires
est organisé autour de l’étude des trois modèles choisis, et chaque intervention replacera l’étude
écologique des microorganismes de ces modèles d’étude dans une perspective plus générale. Le
second cycle s’attachera aux méthodologies classiques et modernes employées dans le cadre de
l’étude écologique des sols tropicaux.
Le détail des séminaires est donné en Annexe.
5.2. Travaux pratiques
Les travaux pratiques seront centrés autour de l’étude de sites ou modèle définis (sol salé
du lac Retba, rizière, termitières, nodules de plantes ...) et les échantillons utilisés seront
directement prélevés par les étudiants. L’observation - de terrain et au microscope - sera à la base
des travaux pratiques. Les échantillons des biotopes étudiés seront à la base de (i) l’isolement de
microorganismes avec la plus grande diversité possible, et de (ii) l’application des méthodes
modernes d’écologie moléculaire. Cette formation pratique sera complétée par une approche de
l’utilisation des banques de données en écologie moléculaire et du traitement statistique des
données écologiques.
5.3. projets
Des mini-projets de recherche seront proposés aux participants. Ils permettront d’une part
d'appliquer les techniques acquises et d’autre part de se familiariser à la conduite d'un projet de
recherche. Ces projets seront directement liés aux biotopes tropicaux étudiés lors des séminaires
et des travaux pratiques et porteront sur des thèmes différents de l'activité de recherche des
participants. Ces derniers pourront également proposer des sujets, mais leur sélection dépendra de
la prise en compte de leur adéquation avec la thématique de la formation et des moyens
techniques disponibles. Ces mini-projets dureront deux semaines et seront réalisés en trinômes.
Les enseignants et assistants superviseront le déroulement de ces mini-projets tout en laissant une
2
: Le détail des séminaires et travaux pratiques est précisé en Annexes 1 et 2.
7
MICROTROP
large place à l’initiative des participants. Les résultats obtenus feront l'objet d'un rapport et seront
présentés en fin de formation.
6. ORGANISATION
6.1. Comité de parrainage
Pr. Moustapha Sourang, Recteur de l'Université Cheikh Anta Diop,
Dr. Jean-René Durand, représentant de l’IRD au Sénégal
Dr. Moussa Bakhayokho, Directeur général de l'ISRA
Daniel Prieur, responsable de la section d’écologie microbienne de la Société Française de
Microbiologie (SFM)
Pr John Breznak, et Martin Dworkin, anciens responsables de la formation “ Bacterial diversity ”
a Woodshole (USA).
6.2. Comité d’organisation
Dr. Frédéric Ampe, Chargé de recherche à l’IRD Montpellier
Dr. Alain Brauman, Chargé de recherche à l’IRD Dakar
Dr. Edouard Miambi, Chargé de recherche à la DGRST (Congo)
Dr. Mamadou Gueye, (ISRA) Chef du département Production Végétale a l’ISRA, directeur du
MIRCEN Sénégal
Dr..Ibrahima Ndoye, Maître de conférence l’UCAD
Dr. Tahir Abdoulaye Diop, Maître assistant l’UCAD
Pr. Amadou Tidiane Ba, Chef de département de Biologie végétale à l’UCAD.
Dr Aboubakar Sidiki Ouattara , Maître de conférence à l'Université de Ouagadougou
Dr. Alfred Traoré, Chef de département de Microbiologie Biochimie de l'Université de
Ouagadougou
Dr. Paul Senghor, Responsable du laboratoire de biotechnologie végétale de l’ISRA.
6.3. Comité Scientifique et de Sélection
Frédéric Ampe (IRD), CR, microbiologiste.
Alain Brauman (IRD Dakar), CR, microbiologiste.
Mamadou Gueye, (ISRA, Dakar), microbiologiste, responsable du département Production
Végétale, Directeur du MIRCEN
Dr..Ibrahima Ndoye, Maître de conférence l’UCAD
Marion Leclerc (INRA Narbonne), CR, microbiologiste
Sylvie Nazaret (CNRS, Lyon), CR, spécialiste des techniques d’écologie moléculaire
Marc Neyra (IRD Dakar), Directeur du laboratoire de microbiologie des sols de l’IRD Dakar
Edouard Miambi (DGRST Congo), CR, microbiologiste
Pierre Roger (IRD Marseille), DR, écologiste microbien
8
MICROTROP
6.4. Assistants techniques d’encadrement
Saliou Fall (IRD-ISRA Dakar)
Saidou Sall (IRD-ISRA Dakar)
Jérome Hamelin, Thésitif, microbiologiste
Stéphane André, Thésitif en microbiologie (Dakar)
ainsi que trois techniciens du Laboratoire de Microbiologie de Dakar
6.5. Intervenants
Luc Abadie, (ENS, Paris) DR CNRS, spécialiste des interactions plantes microorganismes en
milieu tropical.
Frédéric Ampe (IRD), Chargé de recherche en microbiologie, Ecologie et physiologie des
microorganismes (symbiose plantes/microorganismes, dégradation des composés aromatiques).
Structure des communautés microbiennes.
Amadou Ba : ISRA, Chargé de recherche, spécialiste des endo et ecto-mycorhizes.
Alain Brauman (IRD Dakar), Chargé de recherche en microbiologie3. Ecologie des
microorganismes du sol et des tubes digestifs
Andreas Brüne (Université de Constance, Allemagne), Professeur, écophysiologiste, spécialiste
des microenvironnements sous réserve
Jean-Luc Chotte (IRD Dakar), CR, Biopédologue, microbiologiste du sol, spécialiste des
habitats microbiens des sols tropicaux
Joël Doré (INRA Jouy-en-Josas), CR, écologiste microbien des systèmes digestifs, ancien
assistant de la formation ‘Microbial Diversity’ (Woodshole, USA)
Robin Duponnois (IRD Dakar) Microbiologiste et nematologiste, étude des symbioses
ectomycorhiziennes
Mamadou Gueye, Chercheur ISRA microbiologiste, responsable du département Production
Végétale, spécialiste des symbioses bactéries-légumineuses
Patrick Lavelle (Paris VI), Spécialiste de la faune des sols tropicaux
Marion Leclerc (INRA Narbonne), CR, écologiste microbienne des fermentations anaérobies du
traitement des eaux et des sédiments, ancienne assistante de la formation ‘Microbial Diversity’
(Woodshole, USA)
Magdalena Martinez-Cañamero (Université de Jaen, Espagne), Professeur, spécialiste du
développement chez les procaryotes, ancienne assistante de la formation ‘Microbial Diversity’
(Woodshole, USA)
Edouard Miambi (DGRST Congo), écologie moléculaire des fermentations alimentaires
traditionnelles et des tubes digestifs.
Sylvie Nazaret (CNRS, Lyon), CR, spécialiste des techniques d’écologie moléculaire
Robert Lensi (CNRS, Lyon), spécialiste des bactéries liées aux cycle de l’azote dans les sols
tropicaux
Marc Neyra (IRD Dakar), Directeur du laboratoire de microbiologie des sols de l’IRD Dakar
Pierre Roger (IRD Marseille), DR, écologiste microbien, spécialiste des communautés
microbiennes des rizières (cyanobactéries) et des statistiques appliquées à l’écologie microbienne
Corinne Rouland (Paris XII) , spécialiste de la mesure des activités enzymatiques dans les sols
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MICROTROP
Aboubakar Sidiki Ouattara (Univ. of Ouagadougou), Maitre assistant en Microbiologie,
Biotechnologie, Ecologie des bactéries sulfato-réductrices des rizières , biotransformations.
Cécile Villenave (IRD Dakar) Nématologiste
7. PUBLIC CONCERNE
- Nombre de participants : 15 personnes 4
- Profil : Microbiologistes ou biologistes du sol, doctorants , post-doctorants ou jeunes chercheurs
- Origine : Jeunes chercheurs Africains (nord et sub-saharienne) , Europe, Canada
- Etablissements/pays d’origine des candidats africains (liste non exhaustive) :
DGRST, Université Marien N’Gouabi (Congo)
INERA (Burkina Faso)
Université du Bénin (Cotonou – Bénin)
Université d’Adis-Abeba (Ethiopie)
UCAD (Dakar – Sénégal)
Université de Cocody (Abidjan – Côte-d’Ivoire)
Université de Yaoundé (Cameroun)
(cette liste provisoire dépendra des candidats qui seront sélectionnés
: Lors de la première édition de Microtrop, 15 chercheurs seront formés. Ce nombre devrait passer à 20 lors des
éditions ultérieures de la formation.
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MICROTROP
8 . CALENDRIER
mars -septembre 1999 : audit interne du projet au sein de l’IRD, contact avec les partenaires
Sénégalais et finalisation du projet .
Ce projet a d’ores et déjà obtenu l’aval des autorités de l’IRD.
septembre –décembre 1999 : demande de parrainage de la section d’écologie microbienne de la
Société Française de Microbiologie (SFM) et recherche de financements auprès des organismes
publics et entreprises privées.
Parrainage de la SFM obtenu
Mai 2000 : Première annonce dans la presse spécialisée et sur les sites web des organismes
publics et privés. Mise en route du site web de la formation.
Décembre 2000 : Deuxième annonce
Mars 2001 : Clôture de la soumission des candidatures
Avril 2001: Sélection finale des candidats
Mai 2001 : Réunion préparatoire avec les formateurs et encadreurs
Mi- Juin 2001 : accueil des encadreurs et préparation technique de l’atelier
début Juillet 2001 : début de l’atelier
fin juillet 2001 : fin de l’atelier et évaluation
9. PERENNITE
Il est prévu de renouveler et d’actualiser cette formation tous les deux ans. Le comité
d’organisation actuel se propose d’assurer les formations de 2003 et de 2005 avant de laisser la
place à une autre équipe. Ces prochaines éditions de MICROTROP pourront se dérouler au
Laboratoire MIRCEN du centre IRD-ISRA de Dakar ou dans un autre centre MIRCEN.
Cette Université d'été servira de projet incubateur pour la mise en place d’une formation
de troisième cycle diplomante sur la gestion durable du fonctionnement des sols en milieu
tropical.
L’acquisition des équipements à l’occasion de ce premier atelier diminuera les coûts
d’organisation des sessions suivantes.
A la fin de la formation, les équipements acquis seront mis à la disposition du Laboratoire
de Microbiologie de l’IRD de Dakar qui pourra les utiliser avec l’accord du comité d’organisation
de l’atelier. Ces équipements pourront également servir à d’autres formations organisées par
l’IRD de Dakar et ses partenaires.
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MICROTROP
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MICROTROP
ANNEXE 1
Liste des séminaires
ECOLOGIE MICROBIENNE : CONCEPTS GENERAUX
I. Les microorganismes dans la nature : introduction à la diversité microbienne
II. Rôle de la diversité microbienne dans les écosystèmes naturels
III. Les concepts d'écologie s'appliquent-ils à la microbiologie ?
MICROORGANISMES ET BIOTOPES TROPICAUX
I. Microorganismes et sols tropicaux
1. Spécificité de l'écosystème 'sol tropical'
2. Hétérogénéité des sols : notion de micro-habitat
3. Rôle et fonction des communautés microbiennes dans les sols.
II.Microorganismes et plantes tropicales
1. Symbiose plantes-bactéries
2. Les microorganismes pathogènes des plantes tropicales
3. La symbiose Mycorhizienne
III. Microorganismes et milieux extrêmes
1. L'adaptation au sel
2. L’adaptation aux milieux inondés
3. Microorganismes et pollution des sols
4. La vie sans oxygène
IV. Microorganismes et faune du sol
1. Rôles des ingénieurs du sol sur la diversité et l’activité bactérienne
2. Interactions nématodes-bactéries
3 La symbiose bactérienne chez les termites
V.Applications
1. Réhabilitation des sols par les symbioses plantes-microorganismes
2. Production et inoculations en champ de bactéries fixatrices d'azote
3. Biodépollution des sols
4. Lutte contre les pathogènes de plantes
METHODOLOGIES POUR L'ECOLOGIE MICROBIENNE
I. Stratégies d’échantillonnage en écologie microbienne
II. Enrichissement et dénombrement des microorganismes
III. Biodiversité et structure des communautés microbiennes
IV. Activité in situ des microorganismes
V. Banques de données appliquées à l'écologie microbienne
VI. Traitement statistique des données écologiques
Répondre aux appels d'offre internationaux
FA
AB
LA
JLC*
LA/RL
JLC
RL
FA*
MN, FA
RB
RD ABa
ML*
ML
PR, OA
SN
ML, DP
AB*
PL/AB
CV
AB
1
2
2
2
2
2
2
1,5
3
1,5
1,5
1,5
1,5
2
1,5
1,5
BD
MG
SN, LJM
RB
1
1
1,5
1,5
PR
EM, OA
JD, SN, FA
CR
SN, JD,
MN
PR
Gaillard/IF
S
Total =
1,5
1,5
2
2
2

: responsables du module
ABa: Amadou Ba, AB: Alain Brauman; CR : Corinne Rouland, CV : Cécile Villenave; DP: Daniel Prieur; EM: Edouard Miambi;
FA: Frédéric Ampe; JD: Joël Doré; JLC: Jean-Luc Chotte; MG :Mamadou Gueye, ML: Marion Leclerc; MMC: Magdalena
Martinez Cañamero; MN : Marc Neyra, OA : Ouatarra Aboubakar; PL : Patrick Lavelle, PR: Pierre Roger, RD : Robin
Duponnois ; RL : Robert Lensi, SN: Sylvie Nazaret;
3
2
45,5
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MICROTROP
ANNEXE 2
Liste des travaux pratiques
Titre
Intervenant Durée
OBSERVATION, ENRICHISSEMENT ET ISOLEMENT DE MICROORGANISMES
I. Sols, plantes et microorganismes tropicaux
1. Observation des nodules et mycorhizes
MN, RD
2
2. Isolement de bactéries fixatrices libres d'azote
FA, EM
6
3a. Enrichissement et isolement de fixateurs symbiotiques d'azote
MN
4
3b. Piégeage de fixateurs symbiotiques sur plante
MN
2
4. Caractérisation pseudomonas & actinomycètes de la rhizosphère
RD
3
II. Bactéries telluriques
1. Isolement de bactéries saprophytes : (myxobactéries)
MMC
4
2. Mesure d’activité des bactéries ammonifiantes et dénitrifiantes
RL
3
3. Enrichissement et isolement de clostridia
EM
4
III. Milieux extrêmes
1. Observation in situ des tapis microbiens. Phototropisme
ML, PR
6
2. Observation et isolement de cyanobactéries
PR
4
3a. Compétition entre sulfatoréducteurs et méthanogènes des rizières
OA, AT
3
3b. Suivi écosystème rizière
OA, AT,
4
EM
4. Enrichissement et isolement de bactéries luminescentes
FA
3
5. Observation et isolement de Beggiatoa
AB, FA,
4
EM
6. Isolement de bactéries halophiles
ML
4
IV. Faune du sol et bactéries
1. Observation de la microflore des tubes digestifs de termites
AB, EM
1
2. Observation et manipulation de nématodes bactériophages
CV
3
METHODOLOGIES POUR L'ECOLOGIE MICROBIENNE
1. Utilisation du Microscope
???
2
2. Mesure de l’activité des bactéries
AB, CR
3
3. Analyse de la biodiversité par DGGE et ARDRA
FA, EM, SN 7
4. Discrimination de souches par PCR-RFLP
MN
7
5. Utilisation des banques de données appliquées à l'écologie microbienne
SN, JD, MN 3
6. Traitement statistique des données écologiques
PR
4
Total = 86
14
MICROTROP
ANNEXE 3
Liste des équipements mis à la disposition de MICROTROP
par le Laboratoire de Microbiologie de l’IRD Dakar
Equipements scientifiques
-
Matériels pour techniques de biologie moléculaire :
- Analyseur de gel (Gel doc, Bio Rad)
- Equipement DGGE/TTGE (Bio Rad)
- Kit ARDRA /RISA
- 2 Amplificateurs
- 4 Générateurs
- 5 Cuves électrophorèse
- Dot Blotter + accessoires pour hybridation
- Four d’hybridation
- Hotte aspirante d’extraction
- Broyeur à bille
- Speed vac + pompe
- Appareil photo polaroid pour photo de gel
-
Autres matériels
- 7 Hottes à flux laminaire
- Rampe pour culture en anaérobiose
- 2 Centrifugeuses de paillasse réfrigérées
- 1 Microscope (contraste de phase + fluorescence)
- 3 Microscopes de paillasse
- 2 Centrifugeuses réfrigérées
- 7 Etuves bactériologiques
- 2 Chromatographes en phase gazeuse
- 2 Chromatographes en phase liquide
- 2 Spectrophotomètres UV/visible
- 2 Technicons pour mesure C/N/P
- 12 micro – ordinateurs
- 1 Photocopieuse
- 3 autoclaves
- 1 compteur à scintillation