Formation universitaire
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Formation universitaire Depuis octobre 1998 Maître de Conférences Institut Méditerranéen d’Ecologie et de Paléoécologie (IMEP), Marseille Ecologie des populations végétales - Espèces rares/endémiques et envahissantes 1997 –1998 Assistante-Professeur Institut de Botanique, Laboratoire de Phanérogamie, Neuchâtel (Suisse) 1996 - 1997 Stage post-doctoral Institut de Botanique, Laboratoire de Phanérogamie, Neuchâtel (Suisse) Financement : European Science Foundation Septembre 1992 - Février 1996 Doctorat en Sciences Université des Sciences François Rabelais, Tours & Centre d'Ecologie Evolutive et Fonctionnelle (CEFE - CNRS), Montpellier Spécialité : Biologie des Populations Mention : Très Honorable avec les Félicitations du Jury Financement : Ministère de la Recherche et de la Technologie Directeurs : J. D. Thompson et M. Debussche Sujet : Variation du système de reproduction et structuration génétique des populations chez quatre espèces du genre Cyclamen (Primulaceae) 1991-1992 DEA Biologie des Populations et Eco-éthologie Université des Sciences François Rabelais, Tours 1990-1991 Maîtrise Biologie des Populations et des Organismes 1989-1990 Licence Biologie des Populations et des Organismes 1987-1989 DEUG B Sciences de la Vie et de la Nature Université de Montpellier II, Montpellier 1986-1987 Baccalauréat Série D Lycée de Mazamet, Tarn Publications scientifiques La liste des publications comprend 28 articles indexés dans des revues scientifiques à comité de lecture (dont 7 signés en 1er auteur), 7 articles non indexés dans des revues scientifiques à comité de lecture, 6 chapitres dans des ouvrages collectifs, 4 actes de colloque. Publications indexées dans des revues à comité de lecture Nombre Facteur d’Impact d’articles (ISI-JCR 2009) Acta Botanica Gallica 4 0.064 American Journal of Botany 1 2.684 Annals of Botany 2 3.501 Biological invasions 1 3.074 Biological Journal of the Linnean Society 2 2.040 Botanical Journal of the Linnean Society 1 0.984 C.R. Biologies 2 1.712 Ecology 1 4.874 Ecological Indicators 1 2.967 Evolutionary Ecology 1 3.193 Flora 1 1.657 Revue scientifique (ordre alphabétique) Folia Geobotanica 1 1.320 Heredity 3 4.122 Journal of Evolutionary Biology 1 3.816 Plant Molecular Biology Reporter 1 0.711 Plant and Soil 1 2.517 Plant Systematics and Evolution 1 1.410 Population Ecology 1 1.539 Taxon 2 2.747 Total 26 (noms soulignés = Doctorants/DES/M2R sous mon co-encadrement) Baumberger T., Mesléard F., Croze T. & Affre L. soumis. Effects of submersion on survival, growth, and biomass allocation according to development stages of the rare halophyte Limonium girardianum. Aquatic Botany. Baumberger T., Croze T., Mesléard F. & Affre L. in press. Habitat requirements and population structure of the rare endangered Limonium girardianum in industrialized salt marshes. Flora. Baumberger T., Affre L., Torre F., Vidal E., Dumas P.J. & Tatoni T. 2011. Plant community changes as ecological indicator of seabird colonies’ impact on Mediterranean Islands. Ecological Indicators, 15(1): 76-84. Saatkamp A., Affre L., Baumberger T., Dumas P.J., Gasmi A., Gachet S. & Arène F. 2011. Soil depth detection by seeds and diurnally fluctuating temperatures: different dynamics in 10 annual plants. Plant and Soil, in press. Youssef S., Baumel A., Véla E., Juin M., Dumas E., Affre L. & Tatoni T. 2011. Factors underlying the narrow distribution of the Meditteranean annual plant Arenaria provincialis (Caryophyllaceae). Folia Geobotanica, in press. Saatkamp A., Affre L., Dutoit T. & Poschlod P. 2011. Germination traits explain soil seed persistence across species - the case of Mediterranean annual plants in cereal fields. Annals of Botany. 107(3): 415-426. Verlaque R., Affre L., Diadema K., Suehs C.M. & Médail F. 2011. Unexpected morphological and karyological changes in invasive Carpobrotus (Aizoaceae) in Provence (S-E France) compared to native South African species. C.R. Biologies, 334: 311-319. Affre L., Suehs C.M., Charpentier S., Vilà M., Brundu G., Lambdon P., Traveset A., & Hulme P.E. 2010. Consistency on the habitat degree of invasion for three invasive plant species across Mediterranean islands. Biological Invasions, 12: 2537-2548. Saatkamp A., Affre L., Dutoit T. & Poschlod P. 2009. The seed bank longevity index revisited - limited reliability evident from a burial experiment and database analyses. Annals of Botany, 104(4): 715-724. Campagne P., Baumel A., Affre L., Juin M., Duong N., Roche P., Tatoni T. 2009a. Genetic signs of connectivity in Primula vulgaris (Primulaceae) in a hedgerow network landscape. C.R. Biologies, 332: 652-661. Campagne P., Affre L., Baumel A., Roche P. & Tatoni T. 2009b. Fine scale response to landscape structure in Primula vulgaris Huds.: Does hedgerow network connectedness ensure connectivity through gene flow?. Population Ecology, 51: 209-219. Baumel A., Affre L., Véla E., Auda P., Torre F., Youssef S. & Tatoni T. 2009. Ecological magnitude and fine scale dynamics of the mediterranean narrow endemic therophyte, Arenaria provincialis (Caryophyllaceae). Acta Botanica Gallica, 156(2): 259-272. Diadema K., Médail F., Castagné H., Affre L., Roux J.P. & Bretagnolle F. 2007. Ecologie, distribution et morphologie comparées des nivéoles de Nice (Acis nicaeensis) et de Fabre (Acis fabrei), Alliaceae endémiques des Alpes maritimes et de la Nesque (Vaucluse). Acta Botanica Gallica, 154(4): 619-634. Suehs C.M., Charpentier S., Affre L. & Médail F. 2006. The evolutionary potential of invasive Carpobrotus (Aizoaceae) taxa: are pollen-mediated gene flow potential and hybrid vigor levels connected ? Evolutionary Ecology, 20: 447-463. Diadema K., Bretagnolle F., Affre L., Yuan Y.M., & Médail F. 2005. Geographic structure of molecular variation of Gentiana ligustica (Gentianaceae) in the Maritime and Ligurian regional hotspot, inferred from ITS sequences. Taxon, 54(4): 887-894. Thompson J.D., Lavergne S., Affre L., Gaudeul M. & Debussche M. 2005. Ecological differentiation of Mediterranean endemic plants. Taxon, 54(4): 967-976. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. 2005. Unexpected insularity effects in invasive plant mating systems: the case of Carpobrotus (Aizoaceae) taxa in the Mediterranean Basin. Biological Journal of the Linnean Society, 85: 65-79. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. 2004a. Invasion dynamics of two alien Carpobrotus (Aizoaceae) taxa on a Mediterranean Island: I. Genetic diversity and introgression. Heredity, 92: 31-40. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. 2004b. Invasion dynamics of two alien (Aizoaceae) taxa on a Mediterranean Island: II. Reproductive strategies. Heredity, 93: 1-7. Diadema K., Baumel A., Le Bris M. & Affre L. 2003. Genomic DNA isolation and amplification from callus culture for DNA isolation in succulent plants, Carpobrotus sepcies. Plant Molecular Biology Reporter, 21: 1-5. Affre L. & Thompson J.D. 1999. Variation in self-fertility, inbreeding depression and levels of inbreeding in four Cyclamen species. Journal of Evolutionary Biology, 12: 113-122. Affre L. & Thompson J.D. 1998. Floral trait variation and covariation within and among four Cyclamen (Primulaceae) species. Plant Systematics and Evolution, 212: 279-293. Affre L., Thompson J.D. & Debussche M. 1997. Genetic structure of continental and island populations of the Mediterranean endemic Cyclamen balearicum (Primulaceae). American Journal of Botany, 84: 437-451. Affre L. & Thompson J.D. 1997. Variation in the population genetic structure of two Cyclamen species on the island of Corsica. Heredity, 78: 205-214. Affre L. & Thompson J.D. 1997. Population genetic structure and levels of inbreeding depression in the Mediterranean island endemic Cyclamen creticum (Primulaceae). Biological Journal of the Linnean Society, 60: 527-549. Thébaud C., Finzi A.C., Affre L., Debussche M. & Escarré J. 1996. Assessing why two introduced Conyza differ in their ability to invade Mediterranean old fields. Ecology, 77: 791-804. Debussche M., Grandjanny M., Debussche G. & Affre L. 1996. Ecologie d'une espèce endémique et rare à distribution fragmentée : Cyclamen balearicum Willk. en France. Acta Botanica Gallica, 143: 65-84. Affre L., Thompson J.D. & Debussche M. 1995. The reproductive biology of the Mediterranean endemic Cyclamen balearicum Willk. (Primulaceae). Botanical Journal of the Linnean Society, 118: 309-330. Debussche M., Debussche G. & Affre L. 1995. La distribution fragmentée de Cyclamen balearicum Willk. en France : analyse historique et conséquence des activités humaines. Acta Botanica Gallica, 142: 439-450. Publications non indexées dans des revues à comité de lecture Baumberger T., Croze T., Affre L. & Mesléard F. in press. Co-occurring species indicate rare species' habitats: the case of Limonium girardianum. Plant Ecology and Evolution. Laffont-Schwob I., Dumas P.J., Pricop A., Rabier J., Miché L., Affre L., Masotti V., Prudent P. & Tatoni T. 2011. Insights on metal-tolerance and symbionts of the rare species Astragalus tragacantha aiming at phytostabilization of polluted soils and plant conservation. Ecologia Mediterranea, 37(2): 57-62. Hardion L., Baumel A., Dumas P.J., Duong N., Affre L., Tatoni T. 2010. Phylogenetic relationships and infrageneric classification of Astragalus tragacantha L. (Fabaceae), inferred from nuclear ribosomal DNA Internal transcribed spacers data (nrDNA ITS). Ecologia Mediterranea, 36: 99106. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. 2004. Dynamique d'invasion de deux végétaux introduits dans le bassin méditerranéen, Carpobrotus spp (Aizoaceae) sur l’île de Bagaud (Parc National de PortCros, S.E. France) : hybridation, structure clonale et stratégies de reproduction. Scientific Reports of the Port-Cros National Park, 20: 19-46. Thompson J.D., Debussche M. & Affre L. 2001. Ecological and evolutionary aspects of population differentiation in three related Cyclamen species in the western Mediterranean. Bocconea, 13: 165-172. Barroit A., Gerbaud E., Affre L. & Raquet, V. 2000. Stratégies de reproduction et de dispersion des graines chez les espèces messicoles: implications pour leur conservation dans le Parc naturel régional du Luberon. Courrier Scientifique du Parc naturel régional du Luberon, 4: 128-142. Bretagnolle F., Gory G. & Affre L. 1995. Deux nouveaux sites de nidification du martinet pâle (Apus pallidus) en France continentale. Alauda, 63: 101-103. Chapitres d’ouvrage Affre L. 2011. Ecological and Evolutionary Insights from Plant Invasions: The Case of Carpobrotus spp. (Aizoaceae) in the Mediterranean Basin. In: Berhardt L.V. (ed). Advances in Medicine and Biology. Volume 16. Nova Science Publishers, Hauppauge, NY, USA, in press. Affre L. & Médail F. 2010. Les griffes de sorcière (Carpobrotus spp.) en France méditerranéenne. In: Barbault R. & Atramentowicz M. (eds.). Les invasions biologiques, une question de natures et de sociétés. Editions Quae, Paris, pp. 27-28. Diadema K., Médail F., Affre L., Castagné H., Torre F. & Bretagnolle F. 2004. Ecology and demography of two endangered narrow endemic plants (Leucojum, Amaryllidaceae) in southern France. In: Arianoutsou M. & Papanastasis V.P. (eds.). Ecology, Conservation and Management of Mediterranean climate ecosystems. Millpress Science Publishers, Rotterdam, pp 1-9. Médail F., Affre L. & Suehs C.M. 2004. Carpobrotus sp. [C. edulis (L.) N.E. Br., C. aff. acinaciformis (L.) L. Bolus], les griffes-de-sorcière. In: Muller S. (ed.). Plantes invasives en France. Collection Patrimoines Naturels vol. 62, Publications scientifiques du Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris, pp. 52-55. Suehs C.M., Medail M. & Affre L. 2001. Ecological and genetic features of the invasion by the alien Carpobrotus (Aizoaceae) plants in Mediterranean island habitats. In: Brundu G., Brock J., Camarda I., Child L., Wade M. (eds). Plants invasions: Species ecology and ecosystem management. Backhuys Publishers, Leiden, p. 145-158. Suehs C.M., Médail F. & Affre L. 2003. Invasion by South African Carpobrotus (Aizoaceae) taxa in the Mediterranean basin: the effects of islands on plant reproductive systems. In: Child. L.E., Brock J.H., Brundu G., Brach K., Pysek P., Wade P.M. & Williamson M. et al. (eds.). Plant Invasions : ecological threats and management solutions. Backhuys Publisher, Leiden, pp. 247-263. Actes de colloque Laffont-Schwob I., Dumas P.J., Rabier J., Miché L., Affre L. & Tatoni T. 2011. Insights on symbioses of Astragalus tragacantha (Fabaceae), an endangered plant species, for ecological restoration purpose". Proceedings of the 7th European Conference on Ecological Restoration. Moragues E., Traveset A., Suehs C.M., Affre L. & Médail F. 2004. Effect of Carpobrotus spp. on the pollination success of native species. Interspecific pollen transfer as a mechanism of competition. In: Arianoutsou M. (ed.). Proceedings of the 10' MEDECOS – International Conference on Ecology, Conservation and Management. Millpress Science Publishers, Rotterdam. pp. 1-8. Vilà M., Tessier M., Suehs C.M., Gimeno I., Lambdon P., Médail F., de la Bandera M.C., Moragues E., Traveset A., Dalias P., Petsikos B. & Affre L. 2004. Impact of plant invasion on species diversity in Mediterranean islands. In: Arianoutsou M. (ed.). Proceedings of the 10' MEDECOS – International Conference on Ecology, Conservation and Management. Millpress Science Publishers, Rotterdam.pp. 1-7. Affre L., Dutoit T., Jaeger M. & Garraud L. 2003. Ecologie de la reproduction, de la dispersion et structure génétique chez les espèces messicoles : Propositions de gestion dans le Parc naturel régional du Luberon. Les Actes du Bureau des Ressources Génétiques, 4: 405-428. Communications orales et Posters La liste des communications comprend 12 communications orales internationales et 21 nationales (dont 4 en tant que conférencière invitée), 3 posters internationaux et 6 nationaux. (noms soulignés = Doctorants/DES/M2R sous mon co-encadrement) Communications orales internationales et nationales 2011. Pricop A-D, Laffont-Schwob I., Dumas P.J., Prudent P., Rabier J., Salducci M.-D., Affre L., Masotti V., Tatoni T. Trace metals and metalloids tolerance of an endemic plant species from Marseille urban area, Astragalus tragacantha: prospect for phytostabilization of local industrial polluted site. 5th European Bioremediation Conference in Chania (Crète). 2011. Pricop A-D, Laffont-Schwob I., Lixandru B., Dumas P.J., Prudent P., Rabier J., Salducci M-D, Affre L., Masotti V., Tatoni T. Do we protect them or do they protect us? Heavy metals tolerance and phytostabilization potential of rare protected species – Astragalus tragacantha L. International Scientific Symposium "Bioengineering in animal production », Faculty of Animal Science And Biotechnologies de Timisoara (Roumanie). 2011. Baumberger T., Mesléard F, Croze T., Thaler F. & Affre L.. Human disturbance effects on plant populations: the case study of Limonium girardianum, a protected endemic species of coastal salt marshes. IAVS 54th Symposium of the International Association for Vegetation Science, Lyon. 2011. Baumberger T., Affre L. & Mesléard F. Habitat favorable, communautés végétales associées et dynamique populationnelle du Limonium girardianum dans les marais salés ECO-VEG VII, Lausanne (Suisse). 2010. Laffont-Schwob I., Dumas P.J., Rabier J. Miché L., Affre L., Tatoni T., Insights on symbioses of Astragalus tragacantha (Fabaceae), an endangered plant species, for ecological restoration purpose, 7th European Conference on Ecological Restoration, Avignon. 2010. Saatkamp A., Affre L., Dutoit T. & PoschlodP. Germination traits and soil seed persistence - a comparative study on rare and common arable weeds. Third International Society for Seed Science, Seed Ecology III, Salt Lake City, Utah, (USA). 2010. Saatkamp A., Affre L., Dutoit T., Poschlod P. Comparative experiences on how germination traits trigger soil seed persistence and a perspective on climatic factors. UMR CNRS 5553 LECA, université Joseph Fourrier, Grenoble. 2008. Saatkamp A., Affre L., Poschlod P., Dutoit T. Éléments d'écologie de communautés et de populations des plantes messicoles. Réseau Messicoles, Ste Tulle. 2008. Saatkamp A., Affre L., Poschlod P., Dutoit T. Rôle de la banque de graines du sol pour le maintien et la restauration de plantes annuelles méditerranéennes. Conseil Scientifique du CBNM. 2008. Saatkamp A., Affre L., Poschlod P., Dutoit T. Importance de la banque de graines du sol pour le maintien et la restauration de populations de plantes annuelles méditerranéennes. ECO-VEG IV, Rennes. 2007. Saatkamp A., Affre L., Poschlod P., Dutoit T. Fonctionnalité des banques de graines du sol leur importance pour la conservation. Colloque interne du MNHN, Paris. 2007. Dumas P.J., Affre L. & Tatoni T. Structure, Dynamics and Vulnerability of mediterranean coastal Phryganas. The Buffon Legacy. National History in the 21st century. Université de Bourgogne – Dijon. 2007. Campagne P., Baumel A., Affre L., Roche P. & T. Tatoni. Putting microevolution in landscape ecology: does connectedness necessarily provide connectivity ? The case of the landscape genetics and pollen flows of Primula vulgaris in a hedgerow network landscape. 29ème rencontre du Groupe Français de Génétique et Biologie des Populations Université de Poitiers – Poitiers. 2007. Saatkamp A., Dutoit T., Affre L. & Poschlod P. Fluctuations de tailles de populations et traits fonctionnels chez les plantes annuelles des champs de céréales. ECOVEG3 - 3ème colloque d'écologie des communautés végétales, ISTAB Campus de Talence, Bordeaux. 2006. Campagne P., Affre L. Oratrice, Baumel A., Roche P. & Tatoni T. Structure du paysage et flux de gènes chez Primula vulgaris : La connectivité du réseau de haies réduit-elle ou amplifie-t-elle les flux de gènes ? 3èmes journées de l'Association Française d'Ecologie du Paysage IALE France 2006, Rennes. 2006. Suehs C.M., Affre L., Médail F. The pollinators of invasive Carpobrotus spp (Aizoaceae): communities, pollinator networks, and potential evolutionary links. Unité Mixte de Recherches 406 INRA / Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse, Avignon. 2006. Affre L. & Baumel A. Conférencière invitée. Espèces rares et menacées. Génétique et Evolution. Hôtel de Ville de Martigues - Université du temps Libre de Martigues. 2006. Affre L. & Baumel A. Conférencière invitée. Espèces rares et menacées. Génétique et Evolution. Muséum d'histoire Naturelle de Marseille et Théâtre du golfe de la Ciotat, Marseille. 2005. Diadema K., Bretagnolle F. Affre L. & Médail F. Historical and contemporary processes of Gentiana ligustica: toward evolutionary conservation at a regional hotspot scale. XVII International Botanical Congress, Vienna (Autriche). 2005. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. The impacts of Carpobrotus spp. (Aizoaceae) on Mediterranean plant communities. Colloque International Mediterranean plant Conservation in a changing world, Hyères. 2004. Diadema K., Caillau A., Bretagnolle F., Médail F., Affre L. & Yuan, Y.-M. Geographic structure of molecular variation of Gentiana ligustica (Gentianaceae) in the Maritime and Ligurian Alps regional hotspot, inferred from rDNA ITS sequences and AFLP. IXth IOPB Meeting, Plant evolution in Mediterranean climate zones. Valencia (Espagne). 2004. Diadema K., Caillau A., Bretagnolle F., Médail F., Affre L. & Yuan Y.-M. Structure géographique de la variation moléculaire de Gentiana ligustica (Gentianaceae) au sein du hotspot régional des Alpes maritimes et ligures 27ème Réunion annuelle du groupe de biologie et génétique des populations (Petit Pois Déridé), Paris. 2003. Affre L., Médail F., Bretagnolle F. & Caillau A. Reproduction et diversité génétique chez une espèce endémique des Alpes maritimes et ligures, Gentiana ligustica (Gentianaceae) : Rôle des zones refuges et effet de la taille des populations. Journées Francophones de Conservation de la Biodiversité. Université de Lyon. 2001. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. Invasion by South African Carpobrotus (Aizoaceae) species in the Mediterranean Basin: The effects of insularity on plant reproductive systems. 6th International Conference on the Ecology and Management of Alien Plant invasions. Loughborough (Angleterre). 2001. Affre L., Suehs C.M. & Médail F. Dynamique d'invasion des Carpobrotus ssp. (Aizoaceae) dans le Bassin Méditerranéen : effets d'insularité sur les stratégies de reproduction ? 23ème Colloque du Petit Pois Déridé - Université de Paris-Sud XI. 2001. Suehs C.M., Affre L. & Médail F. Aspects écologiques et génétiques de l'invasion des Carpobrotus spp. (Aizoaceae) dans les habitats insulaires du Basin Méditerranéen Workshop "flux de gènes" - INRA Avignon (St Paul). 2001. Barroit A. & Affre L. Implications pour la conservation des espèces messicoles dans le Parc naturel régional du Luberon : Approche à l'échelle des populations Workshop "flux de gènes" INRA Avignon (St Paul). 1999. Suehs C.M., Medail F. & Affre L. Ecological and genetic features of the invasion by the alien Carpobrotus (Aizoaceae) plants in Mediterranean island habitats 5th International Conference on the Ecology of Invasive Alien Plants. La Maddalena, Sardaigne (Italie). 1999. Affre L. Conférencière invitée. Ecological and evolutionary features involved in the diversification patterns of Cyclamen (Primulaceae) species in the Mediterranean region - 14 Internationales Symposium. Jena (Allemagne). 1996. Affre L. Conférencière invitée. Mating system variation in the genus Cyclamen (Primulaceae): importance of reproductive assurance and inbreeding depression. University of St Andrews (Ecosse). 1994. Affre L. Biologie florale du genre Cyclamen (Primulaceae) : évolution vers l'autogamie ? 16ème Réunion du Groupe de Biologie et de Génétique des Populations. Université de Poitiers. 1994. Affre L. Biologie de la reproduction et structuration génétique des populations au sein du genre Cyclamen (Primulaceae). Réunion "Métapopulation". Ecole Normale Supérieure de Paris. 1992. Affre L. Structuration génétique des populations réduites et isolées d'une espèce végétale rare et endémique, Cyclamen balearicum (Primulaceae). 14ème réunion du Groupe de Biologie et de Génétique des Populations. Université de Poitiers. Posters internationaux et nationaux 2010. Laffont-Schwob I., Dumas P.J., Rabier J., Miché L., Affre L. & Tatoni T. Insights on symbioses of Astragalus tragacantha (Fabaceae), an endangered plant species, for ecological restoration purpose. SER, 7th European Conference on Ecological Restoration, Palais des Papes, Avignon. 2010. Affre L. & Médail F. Ecological and evolutionary insights from plant invasions: The case of Carpobrotus spp. (Aizoaceae) in the Mediterranean Basin. Ecologie 2010, Palais des Congrès (Corum), Montpellier. 2010. Youssef S., Baumel A., Véla E., Juin M., Dumas E., Affre L. & Tatoni T. Comprendre la différentiation écologique et l'endémisme au sein du genre Arenaria dans le sud de la Provence par une approche reposant sur les communautés végétales. Ecologie 2010, Palais des congrès (Corum), Montpellier. 2009. Amm A., Boissy M.L., Brest S., Di Liello M., Dumas P.J., Affre L., Baumel A., Roche P., Tatoni T., Torre F., Delauge J. & Patrick V. Vulnerability of Mediterranean coastal phryganas. Congrès International de la SISV et FIP: Biodiversity Hotspots in the Mediterranean Area. Cagliari (Italie). 2009. Amm A., Boissy M.L., Brest S., Di Liello M., Dumas P.J., Affre L., Baumel A., Roche P., Tatoni T., Torre F., Delauge J. & Patrick V. Vulnerability of Mediterranean coastal phryganas. DODO, Montpellier. 2007. Saatkamp A., Affre L., Dutoit T. & Poschlod P. Temporal population size fluctuations and plant traits - the case of mediterranean annual weeds in cereal fields. Doctoriales Agora des Sciences, Marseille. 2005. Gonçalves V., Affre L., Baumel A., Torre F. & Tatoni T. A first look on the population ecology and viability of Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae), a narrow endemic living near a mediterranean megapol. Colloque International Conservation de la flore méditerranéenne dans un environnement changeant. Hyères-les-Palmiers. 2004. Diadema K., Médail F., Affre L., Castagné H., Torre F. & Bretagnolle, F. The importance of microhabitat types for a global conservation planning of two endangered Mediterranean snowflakes (Leucojum = Acis, Amaryllidaceae). Planta Europa, 4th European Conference on the Conservation of Wild Plants. Valencia (Espagne). 2004. Diadema K., Médail F., Affre L., Castagné H., Torre F. & Bretagnolle F. Influence de l’habitat sur la démographie et le succès reproducteur de deux végétaux (Leucojum, Amaryllidaceae) menacés du sud-est de la France. 2èmes journées de l’Institut Français de la Biodiversité, Marseille. Encadrements scientifiques / Formation à la recherche J’ai participé au co-encadrement officiel de 4 doctorats. A noter que je ne suis pas officiellement coencadrante des 3 doctorats de S. Youssef (encadrants : T. Tatoni & A. Baumel), P. Campagne (encadrants : T. Tatoni & P. Roche) et K. Diadema (encadrants : F. Médail & F. Bretagnolle) mais mon engagement dans la réalisation de ces doctorats correspond à 20% de mon temps de travail pour ces 3 doctorats en ce qui concerne tous les aspects d’Ecologie des populations, de Génétique des populations et/ou d’Ecologie expérimentale et cela se matérialise par des publications scientifiques communes. J’ai (co)encadré aussi 4 DES/DU, 5 M2Recherche, 4 M2Pro, 7 groupes de Master1 et 4 groupes de Licence. (% d’encadrement, Financements, Situation actuelle des doctorant(e)s et Publications/Communications/Posters en commun) Doctorat 1. BAUMBERGER Teddy. 2008/2011. Bourse MRE. Dynamique des populations et restauration d'espèces rares dans un site industriel. Le cas de Limonium girardianum sur le GPMM. Co-encadrement officiel 70% - En cours de thèse - 3 publications + 1 publication non indexée + 2 communications orales. 2. DUMAS Pierre Jean. 2006/2011. Bourse 100% Région PACA. Vulnérabilité écologique des phryganes littorales méditerranéennes. Co-encadrement officiel 60% - En cours de thèse – 1 publication + 2 publications non indexées + 1 acte de colloque + 3 communications orales + 3 posters. 3. YOUSSEF Sami. 2006/2011. Bourse MAE franco-syrienne. Écologie d’une espèce endémique méditerranéenne : étude des adaptations et des facteurs déterminant sa persistance et sa distribution. Participation 20% - En cours de thèse – 2 publications + 1 poster. 4. SAATKAMP Arne. 2005/2009. Mi-temps ECO-MED, Marseille et CDD Parc Naturel du Luberon. Cotutelle France/Allemagne. Population dynamics and functional traits of annual plants – A comparative study on how rare and common arable weeds persist in agro-ecosystems. Co-encadrement officiel 50% - 2 années ATER et CDD programme IKEA – 3 publications + 7 communications orales + 1 poster. 5. CAMPAGNE Pascal. 2003/2007. Bourse MRE. Contrainte du paysage et flux biologiques : analyse de la connectivité pour les assemblages des espèces et les populations végétales dans le bocage de Champsaur (Hautes-Alpes). Participation 20% - Post-Doc IRD LEGS – 2 publications + 2 communications orales. 6. SUEHS C.M. 2000/2005. Programme européen EPIDEMIE. Facteurs écologiques et évolutifs influençant les processus d’invasion chez Carpobrotus spp. (Aizoaceae) en région méditerranéenne. Co-encadrement officiel 70% - Retour aux USA – 8 publications + 3 chapitres d’ouvrage + 1 acte de colloque + 4 communications orales. 7. DIADEMA Katia. 2002/2004. Interactions biotiques et structure génétique chez 2 végétaux endémiques du sud-est de la France : implications pour la conservation des populations. Participation 20% - CDD Conservatoire Botanique National de Porquerolles – 3 publications + 1 chapitre d’ouvrage + 3 communications orales + 2 posters. D.E.S./D.U. 1. CHARPENTIER Stéphane. Septembre 2003 - Décembre 2004. DES Invasions Biologiques en milieu insulaire méditerranéen. Facteurs écologiques et anthropiques impliqués dans l'invasibilité des habitats. 2 publications. 2. THALER Florent. Novembre 2009 - Avril 2010. DU Habitat favorable du Limonium girardianum dans les steppes salées du littoral méditerranéen (sud de la France). 1 communication orale. 3. SERRANO Magali. Octobre 2008 - Mars 2009. DU Effet de la salinité et de la compétition interspécifique sur la dynamique des phryganes littorales méditerranéennes. 4. MAHIEUX Jérémy. Avril 2007 - Juin 2007. DU Vulnérabilité écologique des phryganes littorales méditerranéennes : Caractérisation des habitats et de la végétation. Master 2 Recherche et Professionnel 1. CROZE Thomas. Janvier 2009 - Juillet 2009. Master Recherche 2ème année BIOECO. Vulnérabilité du Limonium girardianum (Plumbaginaceae) à partir de sa niche écologique, sa dynamique des populations, ses capacités de dispersion et d'immersion. 1 communication orale. 2. FRACHON-DUGAS Camille. Janvier 2008 - Septembre 2008. Master Pro 2ème année IngeBio en collaboration avec EcoMed. Répartition géographique et caractérisation écologique des sites de reproduction du Pélobate cultripède dans le sud de la France. 3. BAUMBERGER Teddy. Janvier 2008 - Juillet 2008. Master Recherche 2ème année BIOECO. Etude diachronique de l'impact des goélands leucophées sur les communautés végétales des îles de Marseille. 1 publication in review dans Ecological Indicators. 4. GONCALVES Virginie. Janvier 2005 - Juin 2005. Master Recherche 2ème année BIOECO. Etude préliminaire de l’écologie et de la dynamique des populations de l’endémique, Gouffeia arenarioides DC (Caryophyllaceae), dans le massif des Calanques. 1 poster. 5. CASTAGNE Hervé. Janvier 2003 - Septembre 2003. DESS Amélioration et valorisation des plantes méditerranéennes. Etude comparative chez deux végétaux endémiques et rares (Leucojum nicaeense et L. fabrei, Amaryllidaceae) en vue de leur conservation. 1 publication + 1 chapitre d’ouvrage + 2 posters. 6. DIADEMA Katia. Janvier 2002 - Septembre 2002. DESS Amélioration et valorisation des plantes méditerranéennes. Facteurs génétiques, cytologiques et morphométriques impliqués dans la dynamique d’invasion de Carpobrotus spp. (Aizoaceae) sur l’île de Bagaud (Parc National de Port-Cros). 1 publication. 7. CAILLIAU Ariane. Janvier 2001 – Septembre 2002. DEA (Suisse). Etude des caractéristiques biologiques et écologiques des populations de Gentiane de Ligurie (Gentiana ligustica, Gentianaceae) dans le Parc National du Mercantour, en vue de leur conservation. 3 communications orales. 8. BARROIT Aurélia. Janvier 2000 - Septembre 2000. DESS Espace Rural et Environnement. Implications pour la conservation des espèces messicoles dans le Parc Naturel Régional du Luberon : de l'approche populationnelle (flux de gènes) à la fonctionnalité agronomique (valeur alimentaire). 1 publication + 1 communication orale. 9. SUEHS Carey M.. Janvier 1999 - Septembre 1999. DEA Biosciences de l'Environnement et Santé. Biologie de la reproduction et structure génétique clonale de deux végétaux exotiques envahissants en région méditerranéenne : Carpobrotus edulis et C. acinaciformis (Aizoaceae) sur l'île de Bagaud (Parc National de Port-Cros). 2 communications orales. Master 1 1. BORN Dorothea, LAVIOLLE Lysa & ROUMEJON Loïc. Avril 2008 - Mai 2008. Master 1ère année BIOECO. Suivi diachronique de trois espèces protégées sur l'archipel du Frioul : Astragalus tragacantha L., Limonium pseudominutum Erben, Plantago subulata L. ssp. subulata et des communautés végétales associées. 2. CESSELIN Célia, SAID Nardjes & VINCI Vanessa. Avril 2007 - Mai 2007. Master 1ère année BIOECO. Vulnérabilité écologique des phryganes littorales méditerranéennes : Effets des stress environnementaux - stress hydriques et embruns pollués. 3. VAN DER PERT Héloïse, YOUSSEF Sami, TAREK Ouiza & CELLIER Jean-Luc. Avril 2006 – Mai 2006. Master 1ère année BIOECO. Caractérisation des habitats de Gouffeia arenarioides (Caryophyllaceae) dans les Calanques provençales. 4. AMM Anabelle, BOISSY Marie-Line, BREST Sébastien, DI LIELLO Marion & DUMAS Pierre-Jean. Avril 2005 – Juin 2005. Master 1ère année BIOECO. Démographie de trois espèces végétales protégées de l’archipel du Frioul : Etude des perturbations et élaboration d’un suivi diachronique dans la perspective d’une analyse de viabilité. 2 posters. 5. CHARPENTIER Stéphane & BARRAL Geoffroy. Avril 2002 - Juin 2002. Maîtrise Biologie des Populations et Ecosystèmes. Potentialités d’hybridation-polyploïdisation et systèmes de reproduction dans la dynamique d’invasion de Carpobrotus spp. (Aizoaceae) sur l’île de Bagaud (Parc National de Port-Cros). 6. LOUIS Sophie & RICCI Sébastien. Avril 2001 - Juin 2001. Maîtrise Biologie des Populations et Ecosystèmes. Cartographie de végétaux exotiques à caractère envahissant sur l'île de Porquerolles (Var). 7. PASQUALE Nicolas. Avril 2001 - Juin 2001. Maîtrise Sciences de l'Environnement. Etude de la structure génétique d'une espèce messicole dans un but de conservation : Legousia speculumveneris L. (Campanulaceae). Licence 1. DANIEL Sara & SERRANO Magali. Avril 2006. Licence L3 BPE. Etude préliminaire de la viabilité des graines de Gouffeia arenarioides (Caryophyllaceae). 2. SAUVE Mathieu & SEGUIN Olivier. Avril 2006. Licence L3 BPE. Impact de la nitrification des goélands sur les potentialités d’établissement d’Astragalus tragacantha (Fabaceae) sur les îles du Frioul. 3. ABDELKRIM Nidal, BOTTA Loïc, GIBERT Pierre & MERCIER Eva. Avril 2006. Licence L3 BPE. Système bocager du Champsaur: les réseaux de haies fonctionnent-ils comme des corridors ou des barrières pour les flux de gènes ? 4. MENARD Léa & VAN DER PERT Héloïse. Avril 2005. Licence L3 BPE. Ecologie et biologie d’une espèce rare et endémique de Provence calcaire : Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae). Responsabilités pédagogiques / Enseignements 2003 – 2004. Lors de la réforme LMD à l’Université Paul Cézanne je me suis investie dans toutes les réunions de préparation et d’homogénéisation pour la mention Biologie et Environnement ce qui a résulté en la création du Parcours BPE pour la Licence Sciences de la vie dont j’ai pris la responsabilité par la suite. 2004 – 2007. Responsable de la Licence Sciences de la Vie incluant les 3 années L1, L2 & L3 Parcours Biologie des Populations et Ecologie – Université Paul Cézanne. 1998 – 2011. Depuis ma nomination (cf pièces administratives), j’effectue un service complet d’enseignement universitaire. Son contenu a varié au cours des années mais actuellement, j’enseigne depuis le L2 Biologie, L3 BPE, M1 BIOECO/EEGB jusqu’au M2Recherche BIOECO pour les cours magistraux, TD, TP et Sorties Terrain sur les campus de St Jérôme et Aix-Montperrin. Enseignements réalisés Année Niveau Licence Niveau Master Total (HTD) 2008/2009 129.1 70.6 199.7 2009/2010 112.5 78.5 191.0 2010/2011 130.5 77.0 207.5 Licence Biologie – L2 Génétique des eucaryotes (CM, TD - Responsable du module) : Histoire de la théorie chromosomique et de l’évolution biologique - Structure de l’ADN - Génomes eucaryotes (définition - taille – complexité – ADN simple-copie/répété - polyploïdie) - Génome des organites (structure - hérédité - origine) - Réplication / Transcription / Traduction / Régulation de l'ADN Genèse de la diversité génétique - Hérédité liée au sexe - Interactions entre les gènes Génétique humaine - Génie Génétique et application aux biotechnologies. Interactions biotiques (CM, TD - Responsable du module) : Relations à bénéfices réciproques (Symbioses – Mutualismes obligatoires et facultatifs – Pollinisation – Dispersion - Facilitation) Notions de coévolution. Biologie des populations (CM, TD - Responsable du module) : Génétique des populations - Modèle d’Hardy-Weinberg - Systèmes de reproduction – Mutation - Dérive génétique - Sélection naturelle – Migration – F statistiques - Effet Wahlund. Licence Biologie - Parcours BPE – L3 Systématique phylogénétique (CM, TD) : Définition et importance de la systématique - Historique de la systématique - Objets et résultats de la phylogénétique - Méthodes de la systématique phylogénétique - Systématique moléculaire – Applications. Découverte de la flore méditerranéenne (Sorties Terrain - Responsable du module) : Identification et caractères diagnostiques de plantes dans différents écosystèmes. Master Recherche Sciences de l'Environnement Terrestre – M1 & M2 Bases génétiques de la biodiversité (CM, TD, TP) : Génétique de populations - Mutation et origines de la variation génétique - Structure génotypique et allélique - Indices de diversité génétique Phénomènes de polyploïdie et d’hybridation – Sélection - Flux de gènes - Dérive génétique Indices de différenciation populationnelle - Métapopulation - Cas d'étude. Méthodes d'échantillonnage de la flore (CM, TP, Sorties Terrain - Responsable du module) : Démarche de recherche scientifique - Description des approches expérimentales - Relevé de végétation - Technique des quadrats, des transects et des méthodes ponctuelles - Estimation de la fréquence et l’abondance des espèces et leurs biovolumes - Utilisation d’abaque – Dendrométrie - Dénombrement/Spatialisation des individus - Structure en âge - Taux de renouvellement - Reproduction/dispersion - Banques des graines - Cas d’étude. Les grands enjeux environnementaux (TD) : Biodiversité menacée – Ecologie des invasions. Atelier Biologie des Invasions et Transferts (CM - Responsable du module) en cotutelle avec l'Université de la Méditerranée : Problématique, Définitions, Vecteurs d'introduction - Les causes de succès des introductions et leur cinétique - Conséquences écologiques des introductions et transferts - Conséquences économiques des introductions et des transferts - La prévention, l'éradication et le contrôle. Responsabilités scientifiques 2002 - 2011. Responsable du Service Commun Jardin Botanique et Serres Expérimentales au sein de l’IMEP. Jusqu’à ce jour, je dirige un Service Commun d’expérimentations végétales en conditions semi-contrôlées (jardin botanique) et contrôlées (7 chapelles avec hors gel ou variations température/humidité/luminosité + 1 chapelle tropicale) sur 3 campus de recherche IMEP qui sont Arbois – St Jérôme – St Charles. Avec l’aide de 2 personnels techniques (Alain BENCE et Patrick METODINI), ce service présente deux vocations (i) collections et pédagogie et (ii) recherche expérimentale. Expertises 2002 - 2011. Référée (nombre d’articles «reviewés») : Plant Systematic and Evolution (1) - Molecular Ecology (3) - Conservation Genetics (1) – Biological conservation (2) - Journal of Biogeography (1) Annals of Botany (1) – Plant Ecology & Diversity (1) - Australian Journal of Botany (1) - Biological Invasions (1) - Biological Conservation (1) – Forest Ecology and Management (1) – Industrial crops and Products (1) - Ecologia Mediterranea (2). 2006 & 2009. Expertise pour l'ANR - Catégorie "Jeunes Chercheurs". 1998 - 2006. Co-éditrice de la revue scientifique internationale Ecologia Mediterranea Unité de Formation et de Recherche 2002 – 2004. Membre élue du conseil et bureau de l’UFR 3ème cycle - Université d'Aix-Marseille III. Commissions de recrutement MCF/ATER 2011. Membre titulaire d’un comité de sélection – IMEP – Université Paul Cézanne. 2010. Membre titulaire d’un comité de sélection – IMEP – Université Paul Cézanne. 2006 – 2007. Membre suppléante de la commission de spécialiste « Biologie » - IMEP- Université Paul Cézanne. 2006 – 2007. Membre suppléante de la commission de spécialiste « Biologie » Université d'AixMarseille II. 2004 – 2007. Membre suppléante de la commission de spécialiste « Biologie » - Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie - Université d'Aix-Marseille III. 2004 – 2007. Membre suppléante de la commission de spécialiste « Biologie » Université d'AixMarseille II. 2002 – 2005. Membre titulaire de la commission de spécialiste « Biologie » - Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie - Université d'Aix-Marseille III. 2002 – 2005. Membre suppléante de la commission de spécialiste « Biologie » – Université de Bourgogne – Dijon. Programmes de recherche Depuis ma nomination (cf pièces administratives), j’ai participé ou dirigé 11 programmes de recherche régionaux, nationaux et internationaux. 1. 2008-2012. Participation au programme ANR/CES. MARSéCO: Flux de contaminants et fonctionnement des écosystèmes littoraux provençaux : transferts sol-eau-biocénose. 2. 2008-2011. Responsable du programme financé par l'entreprise ELECTRABEL : Dynamique des populations et Restauration d'espèces rares dans un site industriel - Le cas de Limonium girardianum sur le GPMM. 3. 2008-2011. Participation au programme CNRS/PIRVE. VuLiGAM: Vulnérabilité des systèmes Littoraux d'une Grande agglomération méditerranéenne. 4. 2008. Responsable du programme régional APO. VELCRO: Vulnérabilité des Ecosystèmes Littoraux sur la Côte pROvençale. 5. 2005-2008. Co-responsable (cotutelle France-Allemagne) du programme régional financé par le Parc Naturel Régional du Luberon: Dynamique des populations végétales en relation avec les traits fonctionnels - Le cas des espèces messicoles des cultures méditerranéennes". 6. 2006-2007. Responsable du programme financé par les Services de la ville de Marseille: Vulnérabilité écologique des phryganes littorales méditerranéennes. 7. 2006-2007. Co-responsable du programme financé par le FEDD Fond d'intervention de l'Environnement et du Développement Durable: Ecologie et gestion intégrative des populations de l'endémique provençale, Arenaria provincialis (Caryophyllaceae). 8. 2001-2004. Co-responsable du programme financé par la Communauté Européenne : The Fifth Framework Work Programme 2.2.1.: Ecosystem vulnerability intitulé EPIDEMIE Exotic Plant Invasions: Deleterious Effects on Mediterranean Island Ecosystems. 9. 2001-2004. Co-responsable du programme national financé par le Ministère de l'Ecologie et du Développement Durable (MEED) intitulé INVABIO: Facteurs écologiques, évolutifs et sociologiques impliqués dans l'invasion du littoral méditerranéen par Carpobrotus spp. (Aizoaceae) ; Eléments pratiques pour leur limitation. 10. 2000-2002. Responsable du Programme national financé par le Bureau des Ressources Génétiques : Dynamique des populations des espèces messicoles au sein des agroécosystèmes du Parc naturel régional du Luberon : Implications pour la conservation des espèces menacées. 11. 2000-2002. Co-responsable du Programme régional financé par le Parc National du Mercantour : Etude des caractéristiques biologiques et écologiques des populations de Gentiane de Ligurie (Gentiana ligustica, Gentianaceae) dans le Parc National du Mercantour en vue de leur conservation.
