Rapport d`activité de l`année d`exercice 2012 - École du Val-de

Plan du rapport annuel
d’activité
2013
Centre de national de référence
des ARBOVIRUS
CNR coordonnateur
IRBA Marseille
Responsable : I. Leparc-Goffart
CNR Laboratoire associé
Région Antilles Guyane
Institut Pasteur de Guyane
Responsable : D. Rousset
CNR Laboratoire associé
Région Océan Indien
CHU Saint Denis Réunion
Responsable : M-C. Jaffar-Bandjee
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Année d’exercice
2012
Résumé analytique
Les maladies virales transmises par des arthropodes hématophages (arboviroses)
rassemblent un grand nombre de pathologies affectant différentes espèces animales et/ou
l’homme. Pour certaines de ces pathologies, l’impact en santé publique et les répercussions
économiques peuvent être conséquentes tant du point de vue santé humaine qu’animale.
Elles présentent un potentiel avéré d'émergence ou d'extension à de nouveaux territoires, y
compris en zone tempérée, du fait de la présence de vecteurs. Devant le peu de moyens
prophylactiques et l’absence de traitement spécifique, la lutte contre ces maladies repose sur
des dispositifs de surveillance et d’alerte associés à une gestion du risque vectoriel. Du point
de vue géographique, certaines de ces infections circulent de façon quasi-permanente dans
la zone inter-tropicale (Dengue), d’autres sont en progression lente mais continue (Fièvre de
la Vallée du Rift), d’autres encore ont émergées dans les pays de l’hémisphère Nord (West
Nile, Chikungunya), certaines s’y étant implantées de façon pérenne (Toscana dans le sud
de la France). La colonisation de nouvelles zones géographiques par les arthropodes
vecteurs soulève de nouvelles questions en termes d’évaluation de risque sanitaire.
Situation en France Métropolitaine :
A l’heure actuelle, trois arboviroses (West Nile, Encéphalite à Tique, Toscana) sont
reconnues comme endémiques en France métropolitaine. Cette année le premier cas mortel
d’infection par le virus de l’encéphalite à tique a été diagnostiqué dans le nord-est de la
France (publication en cours).
L’implantation du vecteur Aedes albopictus dans des départements du sud de la France a
justifié la mise en place d’un dispositif de surveillance des cas d’importation du chikungunya
et de la dengue depuis 2006. L’année 2012, de par l’augmentation du nombre de
département où Ae. albopictus est implanté (11 départements), a montré la limite de
faisabilité du plan, avec un engorgement des différents acteurs de la surveillance, dont le
CNR.
Hors métropole :
La situation épidémiologique de la Dengue aux Antilles est restée calme en 2012 comme en
2011, après une année 2010 marquée par deux épidémies majeures en Martinique et en
Guadeloupe. Le nombre de cas suspects de Dengue ainsi que le nombre de cas
biologiquement confirmés y sont restés tout au long de l’année en deçà des valeurs
maximales attendues même si une augmentation d’activité a été observée en fin d’année.
Les 4 sérotypes de Dengue ont été détectés en Guadeloupe sans prédominance de l’un
d’entre eux. Dans les Iles du Nord, Saint-Martin et Saint-Barthélemy, une augmentation des
indicateurs épidémiologiques a également été observée en fin d’année avec à Saint Martin le
dépassement des valeurs maximales attendues. Cette augmentation d’activité était associée
à une circulation majoritaire du sérotype DENV-4. Ce sérotype DENV-4 n’ayant pas circulé
depuis plusieurs années au sein de ces deux îles, sa réapparition incite à la vigilance.
En Guyane, l’année 2012 a été marquée par une augmentation d’activité de la Dengue au
second semestre avec une épidémie déclarée dans le secteur de Kourou à partir de la fin du
mois de septembre. Sur le plan virologique, 3 sérotypes de dengue (sérotypes 1, 2 et 4) ont
co-circulé tout au long de l’année avec toutefois une nette prédominance du sérotype 2
notamment impliqué dans l’épidémie sur le secteur de Kourou.
Situation dans l’Océan Indien
La surveillance des arbovirus dans cette région du monde est essentiellement focalisée sur
les virus Chikungunya, Dengue, West Nile et la Fièvre de la Vallée du Rift. Aucun cas
d’infection par le virus Chikungunya n’a été détecté à la Réunion, mais deux cas d’infection
ont été confirmés dans la région (1 à Mayotte et 1 à Madagascar). Pour la Fièvre de la
Vallée du Rift, un cas a été diagnostiqué en provenance des Comores (publication en cours).
Enfin pour le virus de la Dengue, une réémergence a eu lieu en 2012 avec 20 cas
autochtones et deux sérotypes circulants : sérotype 1 et sérotype 3. La mise en évidence de
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deux chaines distinctes de transmission virale, montre bien que la situation de la Réunion
vis-à-vis de la Dengue est très sensible et que la surveillance et la lutte anti-vectorielle est
fondamentale.
Situation mondiale
La détection d’infection par des arbovirus chez des voyageurs et l’activité spécifique du CNR
coordonnateur dans le diagnostic des infections qui touchent les militaires en opération
extérieure nous permettent d’avoir une image assez représentative de la circulation des
arbovirus dans le monde et en particulier en Afrique où ils sont sous-diagnostiqués. Nous
avons ainsi pu détecter un cas d’infection par le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift en
provenance des Comores, une infection par le virus West-Nile en provenance d’Algérie et
enfin la dynamique de circulation de la dengue à Djibouti avec l’émergence de la Dengue de
sérotype 3 en 2012 après une circulation active du sérotype 1.
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1 Mission & organisation du CNR et des laboratoires associés
1.1 Rappel des missions et objectifs majeurs du CNR et des laboratoires associés
Voir Annexe 1
1.2 Organisation des équipes du CNR et des laboratoires associés
Voir Annexe 1
1.3 Organisation et description des locaux et des équipements du CNR et des
laboratoires associés
Voir Annexe 1
1.4 Description de la démarche qualité du CNR et des laboratoires associés
Tous les laboratoires du CNR des arbovirus sont rentrés dans le processus d’accréditation
selon la norme des laboratoires de biologie médicale NF EN ISO 15189. Ce processus
représente un challenge économique tout d’abord, car le coût d’un audit COFRAC par
exemple est très élevé, et humain d’autre part, car toutes les techniques de diagnostic pour
les arbovirus utilisées sont des techniques dites « maison », à accréditer en portée B. Pour
rappel, les techniques CNR sont des techniques uniques afin d’adapter au mieux le
diagnostic des arbovirus aux souches circulantes et à leurs mutations, exigence qui ne peut
être remplie par des kits commerciaux.
1.4.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille
Accréditation 15189 :
Nous sommes engagés avec la Fédération des Laboratoires de l’Hôpital d’Instruction des
Armées Laveran dans l’accréditation selon la norme NF EN ISO 15189. En 2013, le CNR
des Arbovirus rejoindra la fédération des laboratoires de l’hôpital d’instruction des armées
Laveran à Marseille, au sein de l’unité de l’IRBA-ERRIT (Equipe Résidante de Recherche en
Infectiologie Tropicale). Le CNR est inscrit dans le calendrier d’accréditation de la fédération
des laboratoires de l’hôpital, avec pour objectif l’accréditation des techniques de RT-PCR en
temps réel en 2014, et des techniques de sérologie en 2015. Dans cet objectif, en 2012, le
CNR a réalisé les travaux suivants : évaluation d’un contrôle interne d’extraction de l’ARN,
changement de la procédure de validation des antigènes utilisés en sérologie, étude de la
stabilité des antigènes aux changements en température.
Contrôles qualités externes :
1. ENIVD
Le laboratoire a participé au contrôle qualité externe organisé par l’ENIVD (European
Network for Diagnostic of Imported Viral Diseases) portant sur la PCR en temps réel pour le
virus de la fièvre de la vallée du Rift (RVFV). Nous avons détecté toutes les souches de
RVFV de cette étude collaborative quelle que soit la concentration et nous n’avons eu aucun
faux positif sur le virus Sand Fly et les contrôles négatifs.
2. SEGA
Le réseau SEGA est le réseau de Surveillance Epidémiologique et de Gestion des Alertes de
l’Océan Indien. Nous avons été invités à être laboratoire référent de ce réseau, et à
participer en plus à un contrôle qualité pour la RT-PCR chikungunya et dengue à partir de
sang sur buvard. Les résultats sont en cours d’analyse (résultats dans le rapport d’activité
2013).
3. Exercice international GHSAG
En 2001, à la suite des attentats du 11 septembre, les pays du G7 (Allemagne, Canada,
France, Royaume-Uni (RU), Japon, Italie et USA), en partenariat avec le Mexique, la
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Commission Européenne (CE) et l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), ont initié une
collaboration portant sur la détection précoce des menaces dans les domaines biologique,
chimique, radio-nucléaire (NRBC) et de la grippe pandémique, la "Global Health Security
Initiative". Un groupe de travail, le "Global Health Security Action Group" (GHSAG), a été
institué.
Dans le cadre de ce groupe, l’Institut de Recherche Biomédicale des Armées a représenté la
France pour un exercice biologique. Il s’agissait d’identifier l’agent pathogène présent dans
un échantillon accompagné d’un scénario. Nous avons réussi totalement cet exercice avec la
détection dans les différents échantillons animaux et humains du virus de la fièvre de la
Vallée du Rift (RVFV). Nous avons pu aussi déterminer que la souche utilisée pour cet
exercice était la souche vaccinale MP12 du RVFV.
1.4.2 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de
Guyane
En 1996, les Centres Nationaux de Référence (CNR) de l’Institut Pasteur ont entrepris une
démarche qualité pour suivre le référentiel GBEA et, depuis 2008, dans le cadre des
inspections ANSM, les exigences des arrêtés du 30 juillet 2004 et du 16 juillet 2007 liés aux
Micro-Organismes et Toxines (MOT). Conformément à l’ordonnance n°2010-49 du 13 janvier
2010 relative aux activités de biologie médicale, le laboratoire s’est engagé dans le
processus d’accréditation au référentiel NF EN ISO 15189, avec pour objectif une
accréditation partielle en 2014 et quasi complète avant le 1er novembre 2016. Le laboratoire
associé bénéficie de l’accompagnement méthodologique et technique du service Hygiène,
Sécurité, Qualité et Environnement de l’Institut Pasteur à Paris et d’un prestataire de service,
PREISO qui suit les avancées du laboratoire dans ce processus d’accréditation.
1.4.3 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis Réunion
Le laboratoire du CNR associé de la Réunion fait partie intégrante du laboratoire de
microbiologie du l’hôpital Félix Guyon du CHU de la Réunion. Le laboratoire du CHU a mis
en place une politique Qualité depuis 2008. Il vient d’obtenir l’Attestation de Qualification le
18 février 2013 par BioQualité, lui permettant de respecter la première échéance
réglementaire de "preuve d'entrée dans la démarche d'accréditation" fixée au 1er novembre
2013. Concernant l’activité de CNR, des contrôles de qualité externes ont été mis en place
avec le CNR de Marseille, et il a aussi participé à un contrôle de qualité organisé par le
groupe SEGA « Réseau de Surveillance et d’Investigation des Epidémies ».
2 Activités d’expertise
2.1 Capacités techniques du CNR et des laboratoires associés
Voir Annexe 1
o
Techniques développées en 2012
- Développement et validation de la détection de l’ARN des arbovirus à partir de sang sur
buvard. Cette technique est utilisée en routine pour la surveillance de la dengue à Saint
Barthélémy et Saint Martin.
- Développement et validation d’un nouveau système de RT-PCR de sérotypage pour les
virus de la dengue 4 pour permettre la détection de toutes les souches de virus de dengue
de sérotype 4 circulant dans le monde actuellement. La publication de nombreuses
séquences de virus de la dengue sérotype 4 sur genbank montrait que le système développé
en 2008 ne permettait pas la détection d’un certain nombre de souches circulant
actuellement dans le monde.
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- Comparaison et validation des RT-PCR pan-flavivirus publiés pour mettre en œuvre dans
les laboratoires la technique la plus sensible et permettant la détection de l’ARN de tous les
flavivirus.
o
Techniques en développement : principes et état d’avancement
Protéines recombinantes :
Le diagnostic des arbovirus repose en partie sur la détection des IgM et des IgG. Cette
détection se fait par ELISA avec des réactifs produits au laboratoire dont les antigènes viraux
inactivés. A l’heure actuelle, la production des antigènes viraux inactivés est une étape
lourde et coûteuse, car elle demande un travail hautement qualifié en laboratoire de
confinement 3. De plus, les anticorps détectés ne sont pas spécifiques d’un virus mais le
plus souvent d’une famille virale du fait du sérocroisement connu pour les flavivirus et les
alphavirus. Seule la séroneutralisation peut permettre de préciser la spécificité de ces
anticorps, qui est aussi une technique longue nécessitant un travail en confinement 3. Une
méthode actuellement évaluée pour pallier ces problèmes est l’utilisation de protéines
recombinantes en remplacement de l’antigène viral inactivé. Cette technique utilise comme
cible dans l’ELISA une protéine virale (ou une partie) isolée produite de façon recombinante
en bactérie. Les protéines virales sont choisies selon la littérature en fonction de leur
capacité à entraîner une réponse immunitaire. L’utilisation de protéines recombinantes
présente de nombreux avantages. Elles sont relativement peu coûteuses à produire,
pourraient pallier le problème du sérocroisement existant entre virus membres de la même
famille, comme les Flavivirus, évitant ainsi l’étape de séroneutralisation.
L’équipe de Philippe Despres à l’Institut Pasteur Paris nous a fourni des protéines
recombinantes pour la plupart des Arbovirus diagnostiqués au CNR. Les évaluations en
cours portent sur une comparaison directe entre les protéines recombinantes et les
techniques de diagnostic utilisées en routine au CNR, en déterminant le pourcentage de
résultats concordants ou discordants. Dans le cas des Flavivirus, le pourcentage de
différenciation entre virus est évalué (par exemple pour différencier une réponse contre la
Dengue ou contre le virus West Nile), ainsi que le pourcentage de discrimination entre les
Dengue de différents sérotypes. Les résultats seront compilés une fois qu’un échantillon
statistiquement significatif de serums aura été évalué.
Evaluation de la détection des IgM et IgG arbovirus par ELISA :
Les antigènes de l’IP Cayenne sont fabriqués sur souriceaux nouveau-né, et les antigènes
IRBA et du CHU Réunion sur culture cellulaire. Une comparaison sur la sensibilité et
spécificité de la détection des anticorps en fonction du système de production des antigènes
va être réalisée :
 Antigène Mayaro/Sérum hyper immun et Antigène Tonate/Ascites : Evaluation par IP
Cayenne des réactifs de l’IRBA par rapport aux réactifs de IP Cayenne.
 Antigène Dengue/encéphalite de Saint Louis/Fièvre jaune : Evaluation de ces
antigènes pour la détection des IgG pour voir si ces antigènes permettent bien de
détecter seulement les IgG d’une infection ancienne et non une trace de vaccination
fièvre jaune
Augmentation de nos capacités de diagnostic pour la détection moléculaire (RT-PCR en
temps réel) du génome de différents arbovirus
Un programme sur 2 ans de développement et validation par les 3 laboratoires du CNR a été
établi pour la détection de l’ARN viral en RT-PCR en temps réel pour les virus : Mayaro,
Oropouche, Dengue 3, VEE, Ross River. Ceci doit nous permettre d’avoir les techniques les
plus performantes en sensibilité et spécificité.
Détection des IgM des différents arbovirus en ELISA indirect :
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La détection des IgM se fait actuellement en MAC-ELISA. Pour cette technique, nous devons
utiliser des ascites ou des sérums hyper-immunisés, ressources biologiques très précieuses
et difficile à produire. La production de cette ressource biologique se fait en animalerie de
confinement 3. Elle demande le passage du virus sur cerveau de souriceau nouveau-né,
puis une hyper-immunisation avec du virus vivant chez la souris. Pour pallier cette difficulté,
nous avons deux approches :
 Développement et validation d’anticorps monoclonaux : nous avons un programme
de collaboration avec Biomérieux pour le développement d’anticorps monoclonaux.
Un anticorps monoclonal anti-chikungunya a été développé et validé, il y a quelques
années et cet anticorps est utilisé en routine au CNR. Un anticorps monoclonal antiWest Nile a été développé et a été validé au cours de l’année 2012. Enfin, un
anticorps monoclonal anti-RVF (virus de la Fièvre de la Vallée du Rift) est en cours
de développement.
 Développement et validation de la détection des IgM en ELISA indirect : la solution la
plus pertinente et pouvant s’appliquer à tous les arbovirus serait la détection des IgM
en ELISA indirect (antigène fixé sur la plaque, sérum puis anti IgM humain) pour
éliminer l’utilisation de la ressource biologique la plus contraignante (ascite ou sérum
hyperimmunisé spécifique d’un arbovirus). Pour cela, il faut éliminer les IgG qui
peuvent être présents dans l’échantillon biologique et qui peuvent donner des
résultats faux négatifs de par la compétition de la reconnaissance de l’antigène par
les IgG et IgM. Nous avons testé 3 systèmes différents pour éliminer spécifiquement
les IgG dans un sérum et nous n’avons à ce jour aucun résultat satisfaisant quel que
soit le système utilisé. Nous poursuivons activement cet axe de développement en
testant d’autres systèmes.
o
Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses : méthode, état
d’avancement, principaux résultats
Evaluation de kits de RT-PCR en temps réel pour les virus de la Dengue et du
Chikungunya :
Pour évaluer les kits nous avons prévu un programme en trois étapes :
- évaluation de la sensibilité sur des gammes de dilution de virus titré
- évaluation de la spécificité en testant un grand nombre d’arbovirus dans la même famille
virale ou des arbovirus donnant le même type de pathologie
- évaluation de la détection des arbovirus circulants actuellement dans le monde
 Chikungunya : Il existe au moins deux kits sur le marché avec le marquage CE :
Realstar® et Bio-Evolution®. L’évaluation de ces 2 kits a été faite en collaboration
avec le laboratoire CERBA. La sensibilité et la spécificité a été évaluée pour ces 2
kits, la dernière étape sera réalisée en 2013.
 Dengue : Trois kits sur le marché avec le marquage CE sont en cours d’évaluation :
Realstar®, Bio-Evolution®, Simplexa™ Dengue
Un rapport sera finalisé au cours de l’année 2013 pour l’évaluation des kits de détection par
RT-PCR en temps réel pour les virus de la Dengue et du Chikungunya.
Evaluation de kits de détection des anticorps anti-chikungunya :
 Evaluation des coffrets
INTERNATIONAL)
Chikungunya
Virus
IgM
et
IgG
ELISA
(IBL
22 sérums contenant des IgM, IgG ou IgM et IgG anti-chikungunya et 8 sérums positifs pour
la présence d’anticorps d’autres arbovirus ont été testés. 32% des sérums positifs en IgM
anti-chikungunya n’ont pas été détectés avec le kit de détection des IgM IBL. 59% des
sérums positifs en IgG anti-chikungunya n’ont pas été détectés avec le kit de détection IgG
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IBL.
 Evaluation des coffrets Chikungunya Virus IgM TDR, SD Bioline
Un panel de 25 sérums a été testé avec le test rapide SD Bioline pour la détection des IgM
chikungunya. Pour valider ces résultats, nous avons fait parvenir ce panel de sérums (sauf
les sérums Mayaro et Onyong nyong, ressources biologiques trop précieuses) au CDC chez
Robert Lanciotti. Il existe une parfaite concordance entre nos résultats et ceux du CDC. Les
résultats sont présentés dans le Tableau 1.
IgG CHIK
N° CNR
16459
16384
7217
15673
15616
15110
5896
in house ELISA CNR
CHIK
RATIO
RATIO
IgM
IgG
1,2
16,8
1
7,5
1,4
13,5
6,5
11,8
13
5,5
3,1
3,8
8,9
16,2
7107
6766
4,8
3,2
7
IgM CHIK
12249
6575
6808
IgG+IgM MAY
TDR SD
IgM chik
POSITIF
NEGATIF
POSITIF
RESULTATS CDC
RATIO
IgM
0,64
0,56
1
RATIO
SEROIgG
NEUTRALISATION
23,2
5120
11
1280
19,2
>320
4,2
4,6
5,6
5,3
4,2
4,0
8,8
9,4
320
40
2560
1280
11,2
7,6
7,6
NEGATIF
NEGATIF
POSITIF
NEGATIF
POSITIF
DOUTEUX
POSITIF
NEGATIF
3,4
3,0
4,8
13,3
6,2
6,1
640
320
1280
7,9
7,1
11,5
1,1
1,4
1,1
NEGATIF
NEGATIF
NEGATIF
3,4
3,9
4,5
1,1
0,86
1,2
<10
<10
80 ??
11085
1,9
6,2
NEGATIF
IgG+IgM ONN
5554
12,2
22,0
NEGATIF
IgG+IgM DEN
16569
16570
1,0
1,0
1,0
1,0
NEGATIF
NEGATIF
0,68
1,1
0,99
0,81
<10
<10
16719
1,0
1,0
0,66
0,79
<10
1,0
0,8
0,8
1,0
0,7
0,9
0,7
1,0
1,0
1,6
0,8
1,0
0,7
0,8
NEGATIF
POSITIF
DOUTEUX
NEGATIF
POSITIF
NEGATIF
NEGATIF
NEGATIF
NEGATIF
1,3
0,6
?
1,5
1,1
0,83
0,79
0,96
1,4
0,93
1
1,1
1,3
1,1
<10
<10
<10
<10
<10
<10
<10
IgG+IgM CHIK
7047
16720
NEGATIFS
8772
8759
6468
8525
6593
8580
Resultats CDC <2= NEG
<2,5
Resultats CNR = NEG
>3=POS
>3=POS
2-3
=DOUT
2,5-3
=DOUT
Tableau 1 : Résultats comparatifs, CDC/Sérologie maison du CNR et Test rapide SD IgM
chikungunya pour la sérologie IgM et IgG chikungunya sur un panel de 25 sérums.
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La discordance entre nos résultats et ceux du kit TDR IgM SD bioline est de 50% avec 57%
de faux positifs et 44% de faux négatifs.
En conclusion : aucun kit évalué pour la sérologie des infections par le virus
chikungunya n’a les performances requises pour être utilisé à des fins de diagnostic.
o
Techniques transférées vers d’autres laboratoires
Depuis trois ans, la technique de RT-PCR en temps réel pour la détection du génome des
virus de la Dengue et du Chikungunya est transférée aux laboratoires des Centres
Hospitaliers. Pour l’année 2012, le transfert technologique a été réalisé pour les laboratoires
des CH de Nîmes, CHU de Lyon, CH de Mayotte et CH de La Réunion. Pour évaluer la
performance des laboratoires de tous les territoires français pour la détection moléculaire
des virus de la Dengue, le CNR organise pour 2013 un contrôle qualité pour une quinzaine
de laboratoires.
2.2 Bilan d’activité
2.2.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille
Bilan de l’activité globale
Activités
Nombre de prélèvements
Nombres d’analyses
3704
14000
250
1650
1800
11000
184
1000
Diagnostic/confirmation
Expertise (Suisse, République
Démocratique du Congo,
Luxembourg, Algérie, Djibouti)
Etudes de séroprévalence
Surveillance animale
Production d’antigènes
50 lots
Tableau 2 : Bilan du nombre de prélèvements et du nombre d’analyses en 2012
En 2012, le CNR a reçu pour le diagnostic (comprenant les plans de surveillance
Dengue/Chikungunya et West Nile) 3704 prélèvements contre 3051 en 2011 (données
cumulées de l’IP Paris et de l’IRBA Marseille) (Figure 1 et Tableau 2).
Figure 1 : Evolution du nombre de prélèvements pour le CNR cordonnateur
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Cette augmentation est liée essentiellement au plan de surveillance des virus du
chikungunya et de la dengue avec un nombre toujours croissant de départements où le
vecteur Aedes albopictus est implanté. En 2011, 363 prélèvements (données cumulées de
l’IP Paris et de l’IRBA Marseille) ont été reçus pour le plan anti-dissémination. En 2012, ce
nombre de prélèvements a été multiplié par 3 avec 1235 prélèvements. La figure 2
représente la répartition par mois du nombre de prélèvements montrant la forte activité
pendant les mois d’été.
Figure 2 : Répartition par mois et par activité de diagnostic du nombre de prélèvements en
2012.
Les prélèvements reçus en dehors des plans de surveillance proviennent à 77% des
laboratoires hospitaliers, et 23% des LABM. Ceci montre une bonne orientation des
prélèvements auprès du CNR en dehors des plans nationaux de surveillance. Les
prélèvements viennent des services des urgences, d’infectiologie ou de neurologie. Les
prélèvements proviennent essentiellement de patients ayant voyagé ou de patients
présentant des syndromes neuro-méningés et pour lesquels aucune autre infection virale n’a
pu être diagnostiquée (entérovirus, herpes, etc..).
Les prélèvements reçus au laboratoire sont accompagnés d’une fiche de renseignement
clinique comportant les données nécessaires pour décider des virus à rechercher et des
techniques à mettre en œuvre : détection par biologie moléculaire et/ou sérologie (Figure 3).
La stratégie de diagnostic en dehors des syndromes neuro-méningés est la suivante :
 4 jours ou moins après la date de début des signes (DDS) : RT-PCR.
 entre 5 et 7 jours après la DDS : RT-PCR et sérologie
 plus de 7 jours après la DDS : uniquement sérologie.
Lors d’un syndrome neuro-méningé, le diagnostic repose sur un diagnostic sérologique (le
virus n’est plus présent) sauf pour les infections par le virus Toscana.
La figure 4B montre que pendant la période de surveillance renforcée nous avons beaucoup
plus d’analyse par RT-PCR : les prélèvements sont plus précoces. Ceci peut être dû à une
forte sensibilisation de la population et des professionnels de santé.
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A
B
Figure 3 : A) Répartition globale des analyses mises en œuvre sur les prélèvements ; B)
Répartition par mois des analyses mises en œuvre sur les prélèvements.
Résultats globaux des analyses de diagnostic pour l’année 2012 :
Le tableau 3 représente les détections positives par RT-PCR en temps réel des différents
arbovirus en fonction des zones géographiques. La Dengue de sérotype 1 est l’arbovirus le
plus largement représenté dans le cas d’infection des voyageurs en France métropolitaine
pour l’année 2012. Le Service de Santé des Armées a un hôpital à Djibouti et les diagnostics
sont confirmés dans notre laboratoire. Ceci explique le nombre important d’infection par la
Dengue de sérotype 3 à Djibouti qui sont des cas autochtones. Les virus isolés sont
présentés dans le tableau 4. Tout prélèvement positif en RT-PCR est mis en culture pour
tenter d’isoler le virus. Le succès de l’isolement est lié à la quantité de virus présent dans le
prélèvement initial. Cette année seule des virus de la Dengue ont été isolés.
Dengue
Chikungunya Dengue 1 Dengue 2 Dengue 3 Dengue 4
PAN
TBE
Toscana West Nile
RVF
Afrique
Djibouti
Sénégal
Somalie
Mayotte
Burkina Fasso
Réunion
Arabie Saoudite
Madagascar
Comores
5
43
3
1
1
1
1
1
1
1
1
Antilles / Amérique centrale
Guyane
Grenadines
Saint Domingue
Haiti
Mexique
1
2
1
1
1
3
4
1
Amérique du Nord
Texas
1
Amérique du Sud
Colombie
Brésil
1
1
Cambodge
Bali
Thailande
Sri Lanka
Asie du Sud Est
Indonésie
Laos
Malaisie
Inde
Birmanie
Vietnam
Philippines
2
2
7
1
1
3
Asie du Sud Est
1
1
5
6
1
2
3
1
2
1
1
1
2
Europe
Madère
Total
3
1
38
13
51
9
4
0
0
1
1
Tableau 3 : Nombre de RT-PCR positives en fonction des virus et des zones géographiques
Page 11 sur 35
Dengue 1 Dengue 2 Dengue 3 Dengue 4
Asie
Cambodge
Thaïlande
Indonésie
Sri Lanka
Laos
Birmanie
Bali
Asie du Sud Est
Inde
2
4
1
4
2
2
1
2
1
1
1
1
2
Afrique
Djibouti
Somalie
Burkina Faso
12
1
Arabie Saoudite
1
Colombie
Guyane
Mexique
Saint Domingue
Brésil
Haïti
1
1
1
1
Madère
Total
1
20
1
Moyen Orient
Amériques
3
4
1
1
Europe
12
16
5
Tableau 4 : Nombre d’isolements viraux en fonction des virus et des zones géographiques
Bilan des cas diagnostiqués en 2012
Dans cette partie de bilan, seuls les cas biologiquement confirmés (diagnostic moléculaire ou
diagnostic sérologique avec la spécificité des anticorps confirmée par séroneutralisation) ou
probables (diagnostic sérologique) sont signalés.
Dengue
Nous avons diagnostiqué pour l’année 2012, 44 cas importés d’infections par le virus de la
Dengue et 57 cas d’infections probables. Ces cas probables reposent sur un diagnostic
sérologique avec la présence d’anticorps IgM et IgG anti-flavivirus (sérocroisement dans les
flavivirus), sur des données cliniques et épidémiologiques compatibles avec une infection par
le virus de la Dengue. Les origines géographiques sont les mêmes que celles présentées
dans le tableau 3.
Nous avons aussi diagnostiqué 59 cas d’infections par le virus de la Dengue à Djibouti (cas
autochtones).
Page 12 sur 35
Chikungunya
Dix cas importés d’infection par le virus chikungunya ont été diagnostiqués : 1 cas du
Cambodge, 1 cas d’Inde, 1 cas d’Indonésie, 1 cas des Philippines, 1 cas de Mayotte, 1 cas
de Madagascar, 1 cas du Sénégal et 3 cas du Congo-Brazzaville.
West Nile
Cinq cas d’infection par le virus West Nile ont été diagnostiqués et confirmés par
séroneutralisation. Ce sont tous des cas importés. Ces patients ont été infectés pour 1 cas
au Canada, 2 cas aux USA, 1 cas à Djibouti et 1 cas en Algérie.
Toscana
Cinq cas d’infection en France métropolitaine par le virus Toscana ont été diagnostiqués
dont 1 cas présentant un syndrome neuro-méningé et venant de la région d’Aix en Provence.
Encéphalite à tiques
Un cas autochtone (région des Vosges) mortel d’infection par le virus de l’encéphalite à tique
(TBEV) a été diagnostiqué et confirmé (confirmation de la spécificité des anticorps par
séroneutralisation). Ce cas est le premier cas mortel en France directement causé par
l’infection virale. Le virus n’a pas pu être détecté, en effet au moment de l’apparition du
syndrome neuro-méningé, le virus n’est plus présent.
Nous avons aussi diagnostiqué pour le Luxembourg un cas d’infection par TBE au retour
d’un voyage en Suède.
Fièvre de la Vallée du Rift
Pour le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift, nous avons diagnostiqué un cas importé des
Comores. Nous avons un cas suspect de Mayotte avec la détection des IgM et IgG antifièvre de la Vallée du rift mais sans données cliniques et avec une cinétique peu claire. Ce
cas doit être confirmé par séroneutralisation.
2.2.2 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de
Guyane
Après une forte diminution de l’activité du CNR en 2011, liée à une situation épidémiologique
de la Dengue très calme dans la région, l’activité est repartie à la hausse en 2012 avec près
de 60% d’augmentation. Ainsi, 2154 prélèvements provenant de 2035 patients ont en effet
été reçus en 2012 au CNR des Arbovirus de l’IP Guyane contre 1394 en 2011. Pour certains
patients, plusieurs prélèvements ont été reçus, correspondant soit à des prélèvements
séquentiels (sérums précoce et tardif) soit à différents types de prélèvements (sérum et
LCR).
L’essentiel de ces prélèvements (96.4%) provient de Guyane et concerne la surveillance de
la Dengue en cohérence avec une situation épidémiologique qui est restée très calme aux
Antilles.
Parmi les prélèvements de Guyane, 26% (n=530) sont issus des centres hospitaliers de
Cayenne et de Saint-Laurent ainsi que des Centres de Santé périphériques (avec
notamment par ordre de fréquence décroissante : Saint-Georges, Maripasoula, Iracoubo et
Papaïchton..). 52% des prélèvements proviennent des LABM de Cayenne et du Centre
Médical Inter-Armées tandis que 22% proviennent du LABM de Kourou qui assure les
analyses de l’hôpital de Kourou.
Tous les échantillons étaient d’origine humaine, avec quasi exclusivement des prélèvements
sanguins (n=2148 parmi lesquels 2089 sérums voire plasmas et 59 prélèvements de sang
sur papier buvard essentiellement issus de la surveillance de la dengue dans les îles du
Page 13 sur 35
Nord (Saint-Martin et Saint-Barthélemy) complétés de quelques prélèvements issus des
centres de santé de Guyane). Quelques prélèvements de LCR (n=6) ont également été
adressés au CNR par l’hôpital de Cayenne (CHAR).
Dans 41% des cas un diagnostic d’infection par un arbovirus a été porté (dont 38% de
Dengue).
Le tableau 5 présente le détail des prélèvements reçus en fonction de leur origine, des
analyses réalisées et des résultats obtenus.
Total
Plvts
reçus
2012
ORIGINE
GUADELOUPE
22
MARTINIQUE
3
SAINT-BARTH
SAINT-MARTIN
GUYANE total
CH Cayenne
CH Saint-Laurent
Centres de Santé
CMIA (armées)
Labo Cayenne
Labo Kourou
TOTAL GENERAL
8
45
2076
308
132
90
155
931
460
2154
Plvts Résultats PCR Dengue
PCR
Dengue
Pos sérotypage
Neg
tot
D1
D2
14
11
3
1
8
45
1333
121
111
60
87
527
427
1400
2
10
633
39
57
8
76
416
37
656
6
35
700
82
54
52
11
111
390
744
1
1
20
5
4
11
22
2
6
624
67
52
48
10
73
374
633
D4
2
3
28
56
10
2
4
1
34
5
89
Plvts Résultats NS1
Plvts
ag
IgM
NS1
arbo
Neg Ind Pos
811
110
16
9
90
523
63
811
732
101
14
6
83
490
38
732
6
2
3
1
6
73
7
2
3
7
30
24
73
Résultats IgM arbo
(Den, YF, ESL, Ton, May)
Neg
5
5
2
2
Autres Résult
IgM Pos
Den YF Flavi Ton May
1305 1165 64
198 169 14
22
19
3
36
30
5
147 130 3
854 772 37
48
45
2
1312 1172 64
4 WN
1 SN
YF
4
0
0
0
1
3
0
4
45
9
0
0
13
22
1
45
25
4
0
1
0
20
0
25
2
2
0
0
0
0
0
2
3 Chik 3 neg*
8
Tableau 5 : Prélèvements reçus en 2012 en fonction de leur origine, des analyses
demandées et des résultats.
Trois principaux types d’analyses ont été réalisés :

RT-PCR nichée Dengue : 65% (1400) des prélèvements ont été testés en RTPCR Dengue parmi lesquels 53% (744) se sont révélés positifs mettant en
évidence la co-circulation de 3 sérotypes :
o Sérotype 2 (85%),
o Sérotype 4 (12%)
o Sérotype 1 (3%).
Ces 3 sérotypes avaient également co-circulé dans la région Antilles Guyane en
2011 mais dans des proportions très différentes (1 (62 ,4%) ; 4 (36.1%) et 2 (1,5%)).
Aucun sérotype 3 n’a été mis en évidence en 2012. Le sérotype 3 qui avait
prédominé en Guyane entre 2001 et 2005, n’avait que très peu circulé entre 2006 et
2008 et n’a plus été détecté en Guyane depuis décembre 2008.

IgM arbovirus (MAC Elisa combinant dans l’algorithme utilisé au laboratoire la
recherche d’IgM anti Flavivirus (Dengue, Fièvre jaune, Encéphalite Saint-Louis) et
anti Alphavirus (Tonate (complexe VEE) et Mayaro) et d’IgA (Dengue et Fièvre
Jaune) : 61% des prélèvements reçus ont été testés permettant ainsi la détection
de présence d’IgM dirigées contre au moins l’un de ces virus dans 11% des cas.

Antigénémie NS1 : 38% des prélèvements ont été testés mettant en évidence la
présence d’antigène NS1 dans 9% des cas.
D’autres analyses ont été réalisées de façon ponctuelle sur demande : 4 recherches
d’infection par le virus West Nile et 3 recherches de virus Chikungunya toutes négatives.
A noter parmi les 3 suspicions d’infection à Chikungunya, 2 se sont avérées
correspondre à des infections par un virus de la Dengue.
Une séroneutralisation pour demande de contrôle de vaccination anti-amarile a
également été réalisée.
Page 14 sur 35
4 neg
Pos
1/60
Corrélation NS1 et PCR :
Parmi les prélèvements testés, 602 prélèvements ont été testés en parallèle en NS1 et
en PCR. Les taux de positivité observés sont respectivement de 12% (72/602) et
15% (92/602) : parmi les prélèvements positifs en PCR, 25% des prélèvements PCR
positifs n’étaient pas détectés en NS1 tandis que 4% des NS1 positifs n’étaient pas
détectés en PCR, permettant de confirmer la sensibilité moindre du test NS1 par rapport
à la PCR sur ces prélèvements prélevés pour plus de 98% d’entre eux dans les 6 jours
suivant le début des symptômes (cf tableau 6).
NS1
PCR
Pos
Neg
Total
Pos
Douteux
Neg
Total
69
3
3
3
20
504
92
510
72
6
524
602
Tableau 6 – Corrélation des résultats entre le test NS1 et la RT-PCR dengue en 2012
(n=602).
2.2.3 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis
Réunion
Le laboratoire CNR de Saint-Denis reçoit des prélèvements des services hospitaliers du
CHU et des autres établissements de santé du réseau de surveillance des maladies
infectieuses établi par la CIRE de la Réunion qui couvre toute l’île, et vient en appui au
laboratoire de Mayotte.
Pour l’année 2012, l’activité concernant la surveillance des arbovirus est présentée dans les
Tableaux 7 et 8 :
CHIK
Dengue
West-Nile
Surveillance*
527
815
CHU Félix Guyon
196
199
4
Mayotte
534
546
3
491
Total
1257
1550
7
491
*Surveillance : comprend les LABM et autre établissements de santé
Tableau 7 : RT-PCR sur l’année 2012
CHIK
Dengue
Surveillance*
559
193
CHU Félix Guyon
210
208
Mayotte
567
13
Total
1336
413
*Surveillance : comprend les LABM et autre établissements de santé
Tableau 8 : Sérologie sur l’année 2012
Page 15 sur 35
Rift
En 2012, nous n’avons eu aucun cas de Chikungunya à la Réunion en RT-PCR ni en
sérologie, et aucun cas positif parmi les examens réalisés pour Mayotte.
10 cas de Dengue diagnostiqués en RT-PCR à la Réunion, présentés en Tableau 9 :
7 cas autochtones déterminés après enquête de la CIRE : 1 cas en février, 3 cas en mars, 2
cas en avril, 1 cas en juin.
Trois cas importés d’Indonésie (janvier), de Guyane (octobre) et d’Inde (octobre)
Tous les prélèvements positifs ont été mis en culture, puis adressés au CNR de Marseille.
ORIGINE
DATE
TYPAGE
Souche 1
Importé Indonésie
10 01 2012
Sérotype 1
Souche 2
autochtone
04 02 2012
Sérotype 1
Souche 3
autochtone
01 03 2013
Sérotype 1
Souche 4
autochtone
19 03 2012
Sérotype 3
Souche 5
autochtone
24 03 2012
Sérotype 3
Souche 6
autochtone
24 04 2012
Sérotype 3
Souche 7
autochtone
02 06 2012
Sérotype 1
Souche 8
autochtone
04 06 2012
Sérotype 1
Souche 9
Importé Guyane
01 10 2012
Sérotype 2
Souche 10
Importé Inde
26 10 2012
Sérotype 2
Tableau 9 : Cas de Dengue diagnostiqués en RT-PCR à la Réunion en 2012
8 Cas de dengue diagnostiqués à la Réunion en sérologie dont l’enquête avec la CIRE a
permis de les classer en : :
4 cas confirmés : 3 autochtones et un importé de Thaïlande
2 cas probables : un autochtone, un importé de Thaïlande
2 cas possibles autochtones
3. Activités de surveillance
3.1. Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections
Le CNR des Arbovirus dans ces trois composantes (métropole, Antilles Guyane, Océan
Indien) a travaillé en 2012 en étroite collaboration avec :
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
le CNR des Fièvres Hémorragiques Virales, Institut Pasteur, Lyon ;
l’Institut de Veille Sanitaire, avec le département des Maladies Infectieuses ainsi que
le département International et Tropical ;
les ARS/CIRE ;
la Direction Générale de la Santé ;
l’Agence Nationale de Sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) ;
l’Etablissement français du sang (EFS)
les laboratoires hospitaliers et laboratoires de biologie médicale ;
les services hospitaliers et les médecins libéraux ;
les hôpitaux et services médicaux d'unités militaires ;
le département d'épidémiologie et santé publique du Service de santé des armées ;
dans le domaine de la santé animale : l’Agence française de sécurité sanitaire des
aliments (AFSSA), les services vétérinaires départementaux, les vétérinaires du
Page 16 sur 35
o
Service de santé des armées, le Centre de coopération internationale en recherche
agronomique pour le développement (CIRAD) dans l’Océan Indien ;
dans le domaine de l’environnement : les Ententes Interdépartementales de
Démoustication (EID).
3.1.1
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections en
métropole
Plan anti-dissémination Chikungunya et Dengue, 2012
Le CNR coordonnateur a reçu 1235 prélèvements dans le cadre de la surveillance renforcée
Chikungunya et Dengue dans les départements de niveau 1 (Aedes albopictus implanté)
(Figure 4). Il existe une discordance entre le nombre de prélèvements reçus au CNR et le
nombre de signalements enregistrés dans la base de données Voozarbo (commune aux
CIRE/ARS/InVS et CNR). Cette discordance a plusieurs origines. La principale correspond
aux prélèvements des laboratoires de biologie médicale Biomnis et Cerba provenant des
départements de niveau 1, qui au début de la saison ont été envoyés systématiquement
pour analyse au CNR (sans renseignement) et dont seuls les positifs étaient enregistrés
dans la base de données Voozarbo.
Sur la période de surveillance renforcée du 1er mai au 30 novembre, aucun cas autochtone
d’infection par les virus de la dengue et du chikungunya n’a été détecté. Pendant cette
même période, 7 cas importés d’infection par le virus Chikungunya et 43 cas importés
d’infection par le virus de la Dengue ont été diagnostiqués (Figure 5).
La proportion de cas suspects autochtones en 2012 est de 75% (voir figure 6). Cette
proportion importante est à la hausse depuis 2010, par rapport aux premières années de
mise en place du plan de surveillance.
Figure 4 : Evolution de l’implantation d’Aedes albopictus en France métropolitaine (InVS)
Page 17 sur 35
Nombre de cas confirmés
Nombre de cas suspects
14
200
180
12
160
10
140
120
8
100
6
80
60
4
40
2
20
0
0
mai
juin
juillet
août
cas confirmés de chikungunya
septembre octobre novembre
cas confirmés de dengue
cas suspects
Figure 5 : Répartition
par signalés
mois du nombre de cas suspects et du nombre de cas importés
diagnostiqués. (InVS)
Figure 6 : Evolution du nombre de cas suspects autochtones et importés depuis la mise en
place de la surveillance renforcée en 2006 (InVS)
Page 18 sur 35
Plan de surveillance West Nile, 2012
Le CNR coordonnateur a reçu 174 prélèvements dans le cadre de la surveillance West Nile
pour le sud de la France. Cette surveillance repose sur la recherche d’une infection par le
virus West Nile dans les syndromes neuro-méningés. Il existe toujours une discordance
entre le nombre de prélèvements reçus au CNR et le nombre de signalements (voir Tableau
10). Ceci peut s’expliquer par plusieurs prélèvements pour un cas suspect signalé ou par le
non signalement par les laboratoires à la Cire. Aucun cas d’infection par le virus West Nile
n’a été diagnostiqué dans le sud de la France. Pour le virus Toscana et dans le cadre du
plan de surveillance West Nile, seul un cas d’infection a été diagnostiqué ce qui est
particulièrement faible par rapport aux autres années ou en général une dizaine de cas sont
détectés.
Les autres cas Toscana diagnostiqués l’ont été hors plan de surveillance.
Tableau 10 : Bilan surveillance West Nile 2012, Données de la CIRE Paca-Corse
3.1.2
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections liées à la
Dengue dans la région Antilles Guyane
Le laboratoire associé au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane contribue à la
surveillance des arbovirus pour la région Antilles-Guyane en interface avec les ARS
concernées et la CIRE Antilles-Guyane, à travers sa participation :

aux activités de surveillance d’investigation et d’alerte menées dans le cadre des
Programme de Surveillance, d’Alerte et de Gestion des épidémies de Dengue
(PSAGE-Dengue) de chaque département (cf §4. Alerte)

au Comité de suivi des maladies humaines transmises par les insectes
(CSMHTI). Ce comité a été mis en place en Guyane suite à l’arrêté préfectoral
n°1274/DSDS du 12 juillet 2002 qui institue un comité de suivi dans le cadre du
dispositif de lutte contre les maladies humaines transmises par les insectes.

au Groupe des Risques Epidémiques (GRE), comité de sécurité sanitaire placé
sous la coprésidence de la préfecture et de l’ARS, chargé d’étudier et de
coordonner la réponse et la gestion aux évènements ou risques susceptibles de
porter atteinte à la santé de la population (institutionnalisé par arrêté préfectoral
du 8 octobre 2012).
Dans le cadre de son mandat, le laboratoire de Virologie de l’IPG, reçoit les prélèvements
biologiques suspects d’arboviroses qui lui sont adressés à visée de diagnostic et d’expertise
Page 19 sur 35
biologique, en provenance de la Guyane, mais aussi des Antilles (Martinique, Guadeloupe,
Saint-Martin et Saint-Barthélemy).
Les prélèvements en provenance de Guyane sont adressés par les laboratoires hospitaliers,
les centres de santé et quelques laboratoires privés dont celui de l’IPG, le plus souvent dans
le cadre des activités du PSAGE-Dengue coordonné par la CIRE et l’ARS de Guyane.
Les envois en provenance des Antilles sont organisés dans le cadre de la surveillance
interrégionale de la Dengue pilotée par la CIRE Antilles-Guyane :
Les CHU de Fort de France et de Pointe à Pitre sont autonomes pour la RT-PCR Dengue à
visée diagnostique, permettant le repositionnement du laboratoire associé au CNR des
Arbovirus dans son rôle d’expertise et de soutien technique pour la Martinique comme pour
la Guadeloupe.
Pour ce qui concerne les Iles du Nord (Saint- Martin et Saint-Barthélemy), le CNR a mis en
place depuis septembre 2008, un dispositif de surveillance des sérotypes de Dengue à partir
des prélèvements positifs pour l’antigène NS1, basé sur le recueil de sang sur papier buvard.
Ce dispositif a été développé en partenariat avec les laboratoires de biologie médicale
privés, l’ARS de Guadeloupe et la Cire Antilles Guyane.
Guyane
Durant l’année 2012, la situation épidémiologique de la Dengue dans le département de la
Guyane est restée calme au cours du 1er semestre avec une circulation sous forme de petits
foyers épidémiques (= phase 2 du Psage). Une augmentation des cas de Dengue a été
observée au second semestre, essentiellement liée à l’augmentation de l’activité sur le
secteur de Kourou à partir de la semaine 38 justifiant le passage de ce secteur en phase
épidémique (= phase 4 du PSAGE) à partir du 11 octobre.
DEN-1
DEN-2
DEN-3
DEN-4
2012-07
2012-01
2011-07
2011-01
2010-07
0
2010-01
Nombre total de cas
200
2009-07
50
2009-01
400
2008-07
100
2008-01
600
2007-07
150
2007-01
800
2006-07
200
2006-01
1000
2005-07
250
2005-01
1200
2004-07
300
2004-01
Nombre total de sértotypes identifiés
Sur le plan virologique l’année a été marquée par une co-circulation de 3 sérotypes (DENV1, 2 et 4) avec une nette prédominance de DENV-2. Ce sérotype DENV-2 qui n’avait pas été
à l’origine d’épidémie depuis plus de 5 ans, a largement prédominé notamment sur le
secteur de Kourou (cf §2.2 tableau 5 et figure 7).
0
Total cas
Figure 7: Distribution mensuelle des cas cliniquement évocateurs de Dengue et des
sérotypes détectés en Guyane de janvier 2004 à décembre 2012. (Source Cire AntillesGuyane)
Page 20 sur 35
Saint-Martin et Saint-Barthélemy
Sur le plan épidémiologique, l’année 2012 à Saint-Martin a été marquée par une
transmission sporadique de la Dengue. Toutefois, une augmentation du nombre de cas
biologiquement confirmés a été observée à partir du mois de novembre. Le sérotype 4 qui
n’avait été que très ponctuellement identifié depuis 2005, est apparu en fin d’année comme
le sérotype circulant majoritaire sur l’île (cf §2.2 Tableau 5 et Figure 8). La situation
épidémiologique en fin d’année était donc en phase de vigilance correspondant à des foyers
de Dengue à potentiel évolutif et recrudescence saisonnière des cas.
Figure 8: Cas hebdomadaires de Dengue biologiquement confirmés et distribution
hebdomadaire des sérotypes détectés à Saint-Martin entre les semaines 2008-39 et 201252. (Source Cire Antilles-Guyane)
En 2012, comme d’ailleurs au cours de toute l’année 2011, la situation épidémiologique de la
Dengue a été calme à Saint-Barthélemy marquée par une circulation sporadique (Figure 9).
Toutefois, comme observée à Saint-Martin, la situation épidémiologique a changé avec
l’apparition de quelques cas de Dengue confirmés en fin d’année. Après deux cas de
Dengue impliquant respectivement les sérotypes DENV-1 et DENV-2 fin novembre, cinq cas
de DENV-4 ont été rapportés en décembre (cf §2.2 Tableau 5 et figure 9).
Page 21 sur 35
Figure 9 : Cas hebdomadaires de dengue biologiquement confirmés et distribution
hebdomadaire des sérotypes détectés à Saint-Barthélemy entre les semaines 2008-39 et
2012-52. (Source Cire Antilles-Guyane
Le sérotype DENV-4 n’ayant pas circulé depuis plusieurs années au sein de ces deux îles,
sa réapparition incite à la vigilance.
Martinique et Guadeloupe
Comme en 2011, la situation épidémiologique de la Dengue aux Antilles est restée calme en
2012, après une année 2010 marquée par deux épidémies majeures en Martinique et en
Guadeloupe.
Le nombre de cas suspects de Dengue ainsi que le nombre de cas biologiquement
confirmés y sont restés tout au long de l’année en deçà des valeurs maximales attendues
même si une augmentation liée à des foyers de transmission isolés (phase 2, niveau 1 du
Psage) ont été observés en octobre et novembre en Martinique et en novembre et décembre
2012 en Guadeloupe). Les 4 sérotypes de Dengue ont été détectés en Guadeloupe sans
prédominance de l’un d’entre eux.
3.1.3
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections dans la
région Océan Indien
Le système de surveillance des arboviroses à l’île de la Réunion repose sur le signalement à
la Cire océan Indien (Cire OI, antenne régionale de l’InVS) par les laboratoires de tout
résultat biologique compatible avec une infection récente par le virus du chikungunya ou de
la Dengue (RT-PCR positive ou présence d’IgM spécifiques). Chaque signalement entraîne
une investigation épidémiologique réalisée conjointement par la CIRE et la lutte antivectorielle (LAV) de l’ARS océan Indien et la mise en place de mesures de gestion. Le CNR
associé est un acteur majeur de ce système de surveillance (Figure 10) : d’une part, il est
amené à signaler des résultats positifs au même titre que les autres laboratoires ; d’autre
part, il est régulièrement sollicité par la Cire OI pour des examens complémentaires (typage)
ou des analyses chez les sujets symptomatiques retrouvés dans le cadre de la recherche
active autour des cas.
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LABM de ville et
hospitaliers de la Réunion
LABM Biomnis et Cerba
Métropole
CNR des arbovirus, Marseille
CNR associé, CHU Nord Réunion
Signalement de tout résultat compatible avec infection récente chikungunya ou dengue
Médecin
prescripteur
Demande
d’infos
Cire OI
- Vérification du signalement
- Recueil d’informations
Signalement des suspicions de cas
LAV
ARS OI
- Recueil d’informations
- Traitement anti-vectoriel
- Recherche active d’autres cas
- Education sanitaire
Retour d’enquête
Cire OI
Rétroinformation
- Classement final du cas
- Investigations si suspicion de foyer
en lien avec le CNR associé
- Suivi des tendances
Figure 10 : Organisation du système de surveillance de la Dengue et du Chikungunya à la
Réunion.
Une rétro-information est assurée auprès des partenaires du système et de l’ensemble du
réseau régional de santé publique via l’envoi régulier d’un bulletin épidémiologique.
Problématique de Mayotte pour l’année 2012 : CNR arbovirus, IRBA Marseille
Depuis décembre 2011, le laboratoire du CHM rencontre des difficultés de fonctionnement
qui se traduisent par un rendu des diagnostics très fragilisé. Du 12 au 15 mars, le CHM a
connu un mouvement de grêve qui a également perturbé le fonctionnement du laboratoire.
Malgré les alertes répétées de la Cire océan indien et de l’ARS océan Indien auprès du
laboratoire et de la direction du CHM, les analyses n'ont plus été réalisées. C’est pourquoi
après intervention de l'ARS, les prélèvements faits à Mayotte entre le 16 mars et le 7 mai ont
été regroupés et adressés au CNR des arbovirus IRBA Marseille. Compte tenu des délais de
transport et d'analyse, les résultats ont été rendus par le CNR le 14 mai 2012.
Sur 136 échantillons analysés, le CNR a rapporté :
- 39 cas confirmés de Dengue (PCR +) avec seulement 3 sérotypages : 2 DENV-1 et 1
DENV-2 ont été identifiés.
- 6 cas de Chikungunya (PCR +) plus 1 douteux.
Nous avons communiqué nos résultats à la CIRE Océan Indien et réalisé avec la CIRE
Ocean Indien, l’ARS Océan Indien, l’InVS et la DGS une conférence téléphonique. Ces
résultats pour nous étaient à prendre avec prudence car pour tous les prélèvements positifs,
la détection était très faiblement positive. Nous avons éliminé toute possibilité de
contamination dans notre laboratoire (les prélèvements ont été traités dans la routine du
laboratoire. Les prélèvements de métropole et de Djibouti ne présentaient aucunement de
détection faiblement positive). Nous pouvons émettre l’hypothèse qu’un composant dans ces
prélèvements a provoqué une dégradation de la sonde utilisée pour révéler le produit
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d’amplification. Nous ne pouvons quand même pas éliminer une certaine circulation des
virus de la Dengue et du Chikungunya à Mayotte.
Suite à cette « alerte », nous avons été missionné par l’ARS Océan Indien : mission d’appui
aux laboratoires du CHU de la Réunion site de Saint-Denis et du CH de Mayotte relative à la
confirmation biologique du diagnostic des arbovirus.
Les objectifs de cette mission concernaient le partage des expériences dans le domaine des
analyses par RT-PCR et sérologie des arboviroses. Il s’agissait plus spécifiquement de :
 faire un état des lieux des méthodes d’analyses utilisées par les différents
laboratoires,
 caractériser les avantages et les inconvénients des différentes méthodes ainsi que
leurs sensibilités,
 transférer les compétences du CNR des arboviroses aux laboratoires régionaux,
 définir un contrôle qualité partagé,
 mettre en place des procédures de prélèvements et de transferts des échantillons,
 définir une organisation pour les analyses par PCR dans la région et la confirmation
des résultats pour les années à venir.
Suite à cette mission, un certain nombre d’actions ont été mises en œuvre et en particulier
une action de formation des personnels du laboratoire du CH de Mayotte : 1 biologiste et 3
techniciens. Cette formation a eu lieu en 2 phases : 15 jours au laboratoire du CNR IRBA
Marseille pour la formation aux techniques de biologie moléculaire et sérologie et envoi d’un
technicien du CNR 15 jours au laboratoire du CH Mayotte pour mettre en place localement
les techniques avec le personnel.
3.2. Détection et investigation des cas groupés et des phénomènes anormaux
Région Océan Indien :
Au cours de l’année 2012, le CNR a mis en évidence 4 cas de Dengue (3 confirmés par PCR
et 1 probable) résidant dans un secteur géographique restreint de l’île. La détection de ces
cas groupés a permis d’orienter la stratégie de lutte anti-vectorielle en multipliant les efforts
sur le secteur concerné afin d’interrompre la transmission virale. Ces mesures de contrôle,
mises en place très précocement autour de chaque cas, ont probablement largement
contribué à limiter l’ampleur de l’épisode de circulation de Dengue. En effet, au total,
l’épidémie a été très modérée avec 31 cas survenus sur l’ensemble de l’île.
Par ailleurs, le typage réalisé en local par le CNR a permis d’identifier très rapidement deux
sérotypes différents parmi les cas autochtones, mettant en évidence l’installation de deux
chaînes distinctes de transmission virale.
3.3. Contribution aux réseaux de surveillance internationaux
Le CNR coordonnateur participe à l’European Network for the Diagnosis of Imported Viral
Disease (ENIVD), chargé par l’eCDC de la surveillance des maladies virales importées, dont
les arboviroses. Nous participons au réseau Episouth, réseau établi entre les pays de
l'Europe du Sud-Est, de l'Afrique du Nord et du Moyen-Orient pour créer un cadre de
collaboration sur les problèmes épidémiologiques, afin de renforcer la veille des maladies
transmissibles et le contrôle des risques pour la santé publique via la communication, la
formation, l'échange d'informations et l'assistance technique aux pays de la région
méditerranéenne.
Le laboratoire associé au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane participe au
Réseau des laboratoires de la Dengue en Amérique (RELDA) piloté par l’Organisation
Panaméricaine de la Santé (OPS). Le RELDA a pour objectif principal le renforcement des
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capacités scientifiques et techniques de la région afin de fournir une réponse adaptée et de
qualité aux programmes de gestion intégrée de prévention et contrôle de la Dengue.
Le laboratoire associé au CNR pour la région Océan Indien participe en tant que membre au
« Réseau de Surveillance et d’Investigation des Alertes », réseau SEGA de l’Océan Indien et
au contrôle qualité (détection par RT-PCR des virus de la Dengue et du Chikungunya à partir
de goutte de sang sur buvard) organisé par ce réseau.
3.4. Enquêtes ou études ponctuelles concourant à la surveillance
Etude de séroprévalence pour les arbovirus en Polynésie Française
Le CNR de l’IRBA Marseille a réalisé pour l’institut Malardé une étude de séroprévalence
des arbovirus sur 1800 échantillons provenant des différentes iles de Polynésie Française.
L’objectif de cette étude était d’étudier si d’autres arbovirus que le virus de la Dengue avait
circulé en Polynésie Française, dans un contexte de forte endémicité du virus de la dengue,
et en l’absence de données sur cette problématique.
Les techniques classiques permettant de détecter les IgG et utilisant le virus entier inactivé
étaient inadaptées à cette étude du fait du fort sérocroisement qui existe pour les flavivirus et
alphavirus. Les 1800 sérums ont été testé par une technique d’ELISA indirect utilisant des
protéines recombinantes de certains flavivirus (virus Dengue sérotypes 1, 2, 3 et 4, West
Nile, Murray Valley, Zika et Wesselsbrown ), alphavirus (virus Ross River et Chikungunya) et
phlebovirus (Virus de la Fièvre de la Vallée du rift). La présence d’IgG contre un de ces virus
a été confirmée par séroneutralisation.
La séroprévalence pour les virus de la Dengue est de 54% avec 2 profils majoritaires : IgG
spécifiques de la Dengue sérotypes 1 et 3 et IgG spécifiques de la Dengue sérotypes 1, 2, 3
et 4. Onze sérums (moins de 1%) ont donné un signal positif pour un autre flavivirus qui n’a
pas été confirmé par séroneutralisation. Pour les alphavirus, la détection d’IgG anti-Ross
River confirmée par séroneutralisation montre la circulation de ce virus dans certaines iles de
Polynésie Française.
Ces résultats révèlent, qu’en plus de la circulation active et connue du virus de la Dengue, le
virus Ross River pourraient être à l’origine de syndromes se confondant avec la fièvre
Dengue, soulignant la nécessité d’étendre la surveillance à d’autres arbovirus, dont la
circulation était jusqu’à présent restée non-détectée en Polynésie française.
4. Alerte
Métropole
Tout d’abord, nous avons mis en place une transmission hebdomadaire au département des
Maladies Infectieuses des infections par les virus de la Dengue, du Chikungunya et de la
Fièvre de la Vallée du Rift (RVF) diagnostiqués par le CNR.
Lors de la détection d’un phénomène anormal, le CNR des Arbovirus contacte
immédiatement son correspondant à l’InVS :
- Le département des Maladies Infectieuses, le département International et Tropical mais
aussi les CIRE ultra-marines pour les alertes internationales ou ultra-marines. Exemples :
cas d’infection de la Fièvre de la Vallée du Rift importé des Comores, cas d’infection par le
virus West Nile importé d’Algérie.
Dans le cadre du plan anti-dissémination Chikungunya-Dengue, le CNR contacte les ARS et
CIRE (ainsi que l’INVS) pour tous les cas confirmés importés d’infection par les virus de la
Dengue et du Chikungunya.
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Région Antilles Guyane
Un Programme de surveillance, d’alerte et de gestion des épidémies de Dengue (PsageDengue) spécifique à chaque département (Martinique, Guadeloupe continentale, Guyane et
îles du Nord, Saint-Martin et Saint-Barthélemy) a été mis en place à l’initiative de la CIRE
Antilles-Guyane. Le Psage (1) précise le rôle et les missions que chacun des partenaires
impliqués dans la lutte contre la Dengue s’engage à tenir et (2) fournit les outils nécessaires
pour la conduite des différentes actions du programme dans les domaines de la surveillance
épidémiologique et entomologique, de la démoustication, de la communication et de la prise
en charge des malades. Enfin, il propose une graduation des stratégies de surveillance et de
contrôle de la Dengue dans chaque DFA, selon le risque épidémique, évalué à partir des
résultats de la surveillance épidémiologique.
Au cours de l’année 2012, et en dehors du fonctionnement des PSAGE-Dengue, aucun
phénomène anormal, ou aucun événement n’a fait l’objet d’un signalement ou d’une alerte
par le laboratoire associé CNR des Arbovirus.
Région Océan Indien
Au cours de l’année 2012, une circulation autochtone du virus de la Dengue a été mise en
évidence. Le CNR associé a contribué à la détection de ce phénomène en signalant le
premier cas autochtone confirmé par PCR. Suite à cet événement, une alerte a été lancée
au niveau national par la Cire OI (information de l’InVS) et l’ARS OI (information de la DGS).
Par la suite, le suivi de la situation épidémiologique a été assuré par l’édition de points
épidémiologiques adressés au niveau national jusqu’à l’extinction de la circulation virale.
Par ailleurs, au niveau local, la détection d’une circulation autochtone a conduit à l’activation
des niveaux d’alerte 2A puis 2B du plan Orsec de lutte contre la Dengue et le Chikungunya.
Lors de l’alerte, le système de surveillance de la Dengue a été renforcé par une information
de l’ensemble des médecins généralistes de l’île. L’activité du CNR associé a alors
considérablement augmenté afin de répondre à des demandes croissantes de diagnostic
biologique. Cette évolution du système a permis de suivre au mieux l’évolution de la situation
épidémiologique dans l’île.
5. Activités d’information, de formation et de conseil
5.1.
Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille
5.1.1 Enseignement et formation
Enseignement
Leparc-Goffart I. Maladies virales vectorielles. Master 2. Université de Paris 6. 17 janvier
2012
Formation
- Master 2 : Emilie Javelle, Etablissement d’un modèle d’infection persistante du virus
Chikungunya in vitro.
- Formation aux techniques de biologie moléculaire et sérologie pour les arbovirus : 1 mois, 3
techniciens et 1 biologiste du CH de Mayotte
- Formation à la technique de séroneutralisation : 3 semaines, 1 technicien du CNR associé
Océan Indien
- Formation au diagnostic des arbovirus : 3 mois, 1 technicien et 1 biologiste du Service de
Santé des Armées du Maroc
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- Formation au diagnostic et à la recherche pour les arbovirus : 9 mois, 1 biologiste du
Service de Santé des Armées du Maroc
Conseil
I Leparc-Goffart. Membre de droit du Haut Conseil de la Santé publique au CMVI.
I Leparc-Goffart. Expert du Groupe de Travail Arbovirus, ANSM
I. Leparc-Goffart. Expert pour l’ECDC pour la définition de cas pour les infections par le virus
Chikungunya et de la Dengue.
I. Leparc-Goffart. Membre du groupe de travail HAS pour le diagnostic biologique direct
précoce du Chikungunya par détection génomique du virus avec RT-PCR.
I. Leparc-Goffart. Membre du groupe de travail HAS pour le diagnostic biologique direct
précoce de la Dengue par détection génomique du virus avec RT-PCR.
5.1.2 Diffusion des données de surveillance
Les données des analyses biologiques pour le plan anti dissémination Chikungunya/Dengue
et le plan de surveillance West Nile, sont rentrés tous les jours dans Voozarbo (base de
données communes à l’InVS, CIRE, ARS et CNR). Une rétro-information hebdomadaire est
réalisée par les CIRE auprès des professionnels de santé.
Lors de la confirmation d’une alerte de circulation d’un virus dans une région du monde
(exemple le cas d’infection par le virus West Nile importé d’Algérie), nous informons les
différents départements concernés de l’InVS et ce cas est ensuite publié dans le Bulletin
Hebdomadaire International pour permettre la meilleure diffusion possible de l’information.
Enfin, les cadres du CNR passent 10% de leur temps à conseiller au téléphone les différents
professionnels de santé qui nous contactent. Si la question est médicale (traitement, etc.),
nous avons un référent: Dr Fabrice Simon, Chef du service d’Infectiologie Tropicale de
l’Hôpital d’Instruction des Armées de Laveran (Marseille) qui prend le relais.
Pour le site Internet, nous avons écrit le cahier des charges. Etant un laboratoire d’un institut
militaire, la création d’un site internet demande des autorisations particulières qui sont en
cours.
5.3.
Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles-Guyane, Institut Pasteur de
Guyane
5.3.1. Enseignement et formation
Enseignement :
Séverine Matheus – Mars 2012 - Diplôme universitaire de médecine tropicale - Université
Antilles-Guyane. « La Dengue, une arbovirose d’intérêt médical »
Formation
David MOUA : Expérimentation animale de niveau II - Université Claude BERNARD- Mai juin 2012.
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5.3.2. Diffusion des données de surveillance
Rétro-information aux partenaires
Depuis 2008, la rétro-information relative aux cas de Dengue biologiquement confirmés par
le CNR, laboratoire associé pour la région Antilles-Guyane, est automatisée et journalière.
Ces données sont transmises de façon sécurisée vers le serveur du système SISMIP de
Guyane. Les destinataires de ces informations sont l’ARS de Guyane et la Cire AntillesGuyane. Cette automatisation permet une mise à disposition en temps réel des données de
cas confirmés aux autorités sanitaires compétentes pour une mise en œuvre réactive des
actions de lutte anti-vectorielle.
Pour les données relatives à la surveillance des sérotypes de Dengue circulants aux Antilles,
les résultats sont transmis de façon anonyme et sous forme de fichiers sécurisés par courriel
à la Cire Antilles Guyane ainsi qu’aux laboratoires transmetteurs. En parallèle, et dans le
cadre d’une demande de diagnostic uniquement, une feuille de résultat nominative est
adressée par courrier au laboratoire demandeur.
Ces différents types de recueil de données épidémiologiques font régulièrement l’objet de
“Points Epidémiologiques Périodiques“, mensuels ou hebdomadaires en fonction du contexte
épidémiologique. Ces bulletins de rétro-information sont édités par la Cire Antilles-Guyane
en collaboration avec les différents partenaires impliqués. Ils sont disponibles sur le site
Internet de l'InVS et permettent d’assurer une rétro-information auprès des différents
professionnels de santé du département, des DFA, de l’InVS et de la DGS, tout en faisant le
point sur la situation épidémiologique du moment.
Rapport annuel
Les rapports annuels du CNR sont disponibles sur les pages Web de l’Institut Pasteur
dédiées aux CNR (http://www.pasteur.fr/sante/clre/cnractiv/liscnr.html) et sur le site de
l’Institut Pasteur de la Guyane fonctionnel depuis septembre 2008 (www.pasteurcayenne.fr/cnrarbo). Les rapports 2006 à 2011 sont actuellement en ligne.
Activités de conseil aux professionnels
Le laboratoire de Virologie de l’IP Guyane a mis en place via les sites internet de l’Institut
Pasteur de la Guyane et de l’Institut Pasteur à Paris des pages spécifiques sur lesquelles
sont mis à disposition des documents utiles aux professionnels de santé (fiche de demande
d’examen) et des informations générales destinées au grand public. Les coordonnées des
cadres y figurent en clair et une adresse courriel générique [email protected] est
accessible aux professionnels de santé et aux particuliers pour toute demande d’information.
Activités d’information grand public
D. Rousset : participation à une émission radio Guyane 1ère : « point d’interrogation sur la
Dengue » 40mn le 02.11.12.
Activités d’expertise
Le LA au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane participe au Comité de suivi
des maladies humaines transmises par les insectes (CSMHTI) en tant qu’expert. Ce comité
a été mis en place suite à l’arrêté préfectoral n°1274/DSDS du 12 juillet 2002 qui institue un
comité de suivi dans le cadre du dispositif de lutte contre les maladies humaines transmises
par les insectes.
Le LA au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane participe au Réseau des
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laboratoires de la dengue en Amérique (RELDA) piloté par l’OPS.
5.4.
Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis
Réunion
Participation à l’élaboration de la feuille de renseignements avec la Cire OI.
Les données de la surveillance produites par la CNR font l’objet d’une diffusion régulière
(trimestrielle en l’absence de circulation virale et hebdomadaire en cas d’alerte) aux
partenaires du réseau régional de veille sanitaire (plus de 800 destinataires au total :
médecins généralistes et hospitaliers, biologistes, épidémiologistes, etc.). Par ailleurs, elles
sont diffusées chaque semaine aux membres du réseau Sega par le biais d’une
visioconférence animée par la Commission de l’océan Indien et d’un Bulletin de veille
sanitaire de l’océan indien.
Participation aux groupes de travail de la HAS sur le diagnostic biologique direct précoce de
la Dengue par détection génomique du virus avec RT-PCR
6. Travaux de recherche et publications en lien direct avec l’activité
du CNR
6.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille
6.1.1 Travaux de recherche
Développement de nouveaux outils de diagnostic pour les arbovirus :
- Nous avons mis en place depuis 2009 une convention de collaboration avec l’entreprise
Biomérieux pour le développement d’anticorps monoclonaux contre différents arbovirus
(chikungunya, dengue, West Nile, Fièvre de la Vallée du Rift). Cette collaboration nous
permet d’enrichir le nombre d’outils disponibles pour le diagnostic des arbovirus. Grâce à
cette collaboration Service de Santé des Armées - Biomérieux, l’anticorps monoclonal
Chikungunya (validé depuis plus de 3 ans par le CNR) a été mise à disposition des
laboratoires de biologie médicale pour que ceux-ci puissent réaliser les analyses
sérologiques chikungunya (pour rappel, il n’existe à l’heure actuelle aucun kit CE utilisable, cf
chapitre 2.1).
- Nous avons un projet, pour lequel un financement Ministère de la Défense a été obtenu,
afin de mettre au point un kit de diagnostic rapide IgM et IgG contre 5 flavivirus (dengue 1, 2,
3, 4 et West Nile) simultanément, type bandelette diagnostic. Ce projet est réalisé en
collaboration avec l’équipe Interactions flavivirus-hôte de Philippe Despres, Institut Pasteur
Paris) et une société de biotechnologie, à partir de protéines et fragments de protéines
virales recombinantes. L’objectif est de disposer d’un outil de diagnostic IgM et IgG
facilement diffusable hors laboratoire de diagnostic spécialisé, et également grâce à
l’utilisation d’antigènes adaptés de disposer d’un outil rapide et simple de différenciation
entre les réponses anticorps contre les flavivirus, en substitution de la séroneutralisation. Les
tests rapides sont toujours en cours de développement. Ils seront ensuite validés avec les
collections de sérum du CNR.
Santé publique
- Cycle de transmission du virus Toscana et recherche d’un réservoir animal :
Le virus Toscana (TOSV) est connu comme étant l’agent étiologique le plus important
responsable de méningites et méningo-encéphalites non bactériennes dans le bassin
méditerranéen, en particulier, pendant la saison estivale. Nous avons pu isoler des souches
de virus Toscana chez un patient souffrant de méningite, puis à partir de phlébotomes
capturés autour des lieux fréquentés par ce patient, en 2009, avec unité de temps et de lieu.
Des captures entomologiques réalisées en 2010 sur les mêmes lieux nous ont permis de
mettre à nouveau en évidence la présence du virus chez des phlébotomes (Ph. Perniciosus)
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et de justifier la présence d’un foyer de circulation de ce virus dans les Bouches du Rhône.
L’analyse génétique des souches isolées a montré que le virus Toscana présent dans ce
foyer est une souche issue de souches espagnoles, mais aujourd’hui génétiquement
séparée. Cette situation très particulière de foyer isolé permet pour la première fois l’étude
des mécanismes de circulation du virus, à ce jour inconnus. L’étude de ce foyer nous a
d’ores et déjà permis de démontrer qu’il y a pour Toscana nécessité d’une transmission
horizontale (ce qui était controversé à ce jour) : il existe un hôte amplificateur ou un réservoir
animal du virus. Des infections expérimentales chez ce réservoir animal potentiel en
collaboration avec l’équipe de Stephan Ziantara (Anses) sont en cours.
- Etude de séroprévalence des arbovirus dans le sud de la France :
Cette étude fait partie du projet ANR ARBO-MED/PRIAM (Etude des Arbopathogènes autour
de la Méditerranée) pour lequel un grand nombre de laboratoires participent (sociologues,
entomologistes, parasitologues, virologistes, épidémiologistes). Un des objectifs du projet est
de déterminer dans une population de 9000 donneur de sang des régions 'AlpesMéditerranée', 'Pyrénées-Méditerranée' et 'Auvergne-Loire' (consentements et prélèvements
déjà obtenus) les paramètres associés avec un risque d’infection par un arbovirus
endémique.
Le CNR participe avec le laboratoire de Xavier de Lamballerie à Marseille à l’étude de
séroprévalence des arbovirus suivants: Toscana, West Nile, Chikungunya, Dengue, Fièvre
Jaune, Encéphalite à Tique. Ces données nous donneront en plus une ligne de référence qui
peut évoluer rapidement dans les années à venir au vue de la circulation et l’émergence de
certains arbovirus en métropole.
- Etude de séroprévalence des arbovirus en Nouvelle Calédonie :
L’objectif principal de cette étude est de connaitre le profil sérologique des Calédoniens pour
les différents types de Dengue et les éventuelles autres arboviroses (West Nile, Ross River,
Encéphalite Japonaise, Chikungunya) qui auraient pu toucher la Nouvelle-Calédonie dans le
passé.
Ces éléments permettraient en effet :
- de mieux connaître l’épidémiologie de ces maladies,
- d’améliorer la stratégie de prévention,
- d’optimiser le diagnostic précoce,
- de planifier les stratégies d’action face à l'introduction ou à la réintroduction d'un de
ces virus en Nouvelle Calédonie
Le promoteur de cette étude est le Service des actions sanitaires (DASS) de la Nouvelle
Calédonie. Le protocole est rédigé et les prélèvements vont être réalisés courant 2013 après
la fin de l’épidémie actuelle de dengue. L’analyse sérologique sera réalisée sous la direction
du CNR IRBA Marseille avec la participation de l’Institut Pasteur de Nouméa.
- Etude de séroprévalence des arbovirus au Maroc :
La collaboration entre le Service de Santé des Armées (SSA) Français et Marocain, a permis
d’établir des liens privilégiés avec les Biologistes du SSA du Maroc et le CNR des arbovirus.
Nous avons ainsi au laboratoire 800 sérums du Maroc pour réaliser une étude préliminaire
des arbovirus circulants au Maroc. L’objectif est de connaitre au mieux les arbovirus
circulants pour mettre en place une surveillance humaine active de ces arbovirus au Maroc.
Cette étude sera finie en 2013.
Recherche fondamentale
- Etude du virus Toscana et de la réponse interféron
Il s’agit du volet recherche fondamentale de nos projets sur le virus Toscana. L’objectif de ce
projet de recherche est de déterminer l’impact de la réponse innée interféron sur la
multiplication du virus. Ce projet a été réalisé en collaboration avec l’Etablissement Français
du Sang de la région PACA et via l’accueil d’une étudiante en thèse de l’EFS.
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Les données obtenues ont montré que le virus Toscana est sensible à l’ajout d’interféron β
sur les cellules VERO. Toscana est capable lors de l’infection de cellules 293T et Hela de ne
pas induire la réponse interféron et même d’inhiber la production d’IFN-β induite par
l’infection par le virus Sendaï. Ces résultats ont été acceptés pour publication dans Virology
(Brisbarre NM, Plumet S, de Micco P, Leparc-Goffart I, Emonet S. Toscana virus inhibits the
interferon beta response in cell cultures.).
- Etablissement d’une infection persistante du virus chikungunya in vitro :
Le virus Chikungunya, transmis par les moustiques du genre Aedes, a ré-émergé depuis
2005 dans l’Océan Indien, l’Afrique et l’Asie. Ce virus est responsable d’un syndrome fébrile
accompagné d’arthralgies touchant principalement les extrémités des membres. Dans
certaines épidémies, plus de 60% des patients infectés présentent des arthralgies
chroniques plus d’un an après l’infection et certains malades développent même un
rhumatisme inflammatoire destructeur. La physiopathologie de ces infections chroniques est
peu comprise. La diversité de prévalence de ces atteintes articulaires chroniques en fonction
des épidémies pourrait être expliquée en partie par les souches de Chikungunya en cause,
certaines données de la littérature suggérant la persistance du virus dans les macrophages.
Pour tester cette hypothèse, différentes souches de Chikungunya ont été testées pour leur
capacité à établir une infection persistante dans différentes lignées cellulaires in vitro. Les six
souches étudiées n’ont établi une infection persistante dans aucune des lignées de
monocytes/macrophages testées. En revanche, une infection persistante sur les cellules
Hela a pu être initiée, avec un phénotype souches virales-dépendant. Ce modèle de
persistance in vitro, doit permettre l’étude du (des) mécanisme(s) de persistance ainsi que
l’influence du génotype viral sur celui-ci.
- Etude de la circulation de la Dengue sérotype 3 génotype III en Afrique
De nombreuses souches de Dengue 3 en provenance d’Afrique ont été isolées par le CNR
(Institut Pasteur de Paris, mandat précédent et IRBA Marseille). Le séquençage du gène
d’enveloppe de ces souches a montré que ces isolats étaient tous du génotype 3
(séquençage réalisé par l’équipe de Valérie Caro, PF8, IP Paris). L’analyse phylogénétique
de ces isolats ainsi que de ceux déjà publié dans genbank nous a permis de retracer la
circulation (et introduction) de la Dengue 3 génotype III en Afrique. Ces données sont en
cours de publication.
6.1.2 Publications internationales
Publications
Capobianchi MR, Castilletti C, Leparc-Goffart I. Arboviruses. European Manual of Clinical
Microbiology, 1st Edition, 2012.
Larrieu S, Dehecq JS, Balleydier E, Jaffar MC, Michault A, Vilain P, Leparc-Goffart I,
Polycarpe D, Filleul L. Re-emergence of dengue in Reunion, France, January to April 2012.
Euro Surveill. 2012;17. pii: 20173.
de Laval F, Plumet S, Simon F, Deparis X, Leparc-Goffart I. Dengue surveillance among
French military in Africa. Emerg Infect Dis. 2012;18:342-3.
Kam YW, Lee WW, Simarmata D, Harjanto S, Teng TS, Tolou H, Chow A, Lin RT, Leo YS,
Rénia L, Ng LF. Longitudinal analysis of the human antibody response to Chikungunya virus
infection: implications for serodiagnosis and vaccine development. J Virol. 2012;86:1300515.
Couderc T, Gangneux N, Chrétien F, Caro V, Le Luong T, Ducloux B, Tolou H, Lecuit M,
Grandadam M. Chikungunya virus infection of corneal grafts. J Infect Dis. 2012;206:851-9.
Gérôme P, Foucher B, Otto MP, Crevon L, Rabar D, Pasquet F, Tolou H. [Plasmacytosis and
dengue fever: an underestimated abnormality?]. Rev Med Interne. 2012;33:343-5.
Fernandez JC, Billecocq A, Durand JP, Cêtre-Sossah C, Cardinale E, Marianneau P, Pépin
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M, Tordo N, Bouloy M. The nonstructural protein NSs induces a variable antibody response
in domestic ruminants naturally infected with Rift Valley fever virus. Clin Vaccine Immunol.
2012, 19(1):5-10.
Communications invitées:
Leparc-Goffart I. Arbovirus émergents. 12ème journée scientifique de l’association
marocaine de lutte contre les maladies infectieuses, Marrakech, 8 décembre 2012.
Leparc-Goffart I, Plumet S, Zouhair S. Seroprevalence study of arboviruses in French
Polynesia. Workshop on Dengue and Emerging Arboviruse s in PICs, September 2012,
French Polynesia.
Leparc-Goffart I. Les infections du système nerveux central et les arboviroses. Infections
neuro‐méningées. Quels outils diagnostics pour une prise en charge optimale en 2012 ?
Société Française de Microbiologie. 11 avril 2012. Paris.
Leparc-Goffart I. Méthodes diagnostiques des arboviroses. CEMI 17 Actualités sur les
arboviroses. 15-16 mars 2012. Institut Pasteur Paris.
Leparc-Goffart I. Arbovirus, aspects épidémiologiques, préventifs et environnementaux.
Centre Hospitalier d’Ajaccio, ARS CORSE,9 mars 2012.
Communications :
Leparc-Goffart I, Gravier P, Cotteaux C, Poujol A, Stolidi P, Delannoy-Vieillard AS, Caro V,
Pages F, Plumet S. Genetic and ecological study of Toscana virus on a focus in the south of
France. 21th meeting of the European Network for Diagnostics of "Imported" Viral Diseases
(ENIVD) May 10th-11th 2012 in Riga.
Zouhair S, Cao-Lormeau VM, Roche C, Paulous, S, Desprès P, Leparc-Goffart I, Plumet S.
Etude préliminaire de séroprévalence des arbovirus en Polynésie française. 3es Journées
interrégionales de Veille Sanitaire des Antilles Guyane, Gosier, Guadeloupe du 26 au 27
octobre 2012.
Javelle E, Plumet S, Simon F, Emonet S, Leparc-Goffart I. Les manifestations persistantes
du chikungunya : du constat clinique à la physiopathologie. 2nd séminaire du département de
microbiologie. IRBA. 15 et 16 octobre 2012 École du Val-de-Grâce PARIS.
6.2. Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de
Guyane
6.2.1. Travaux de recherche
Projet « EMERGUY » pour Emergences virales en Guyane
En terme de recherche, le laboratoire de virologie va débuter au cours du premier semestre
2013 un programme de recherche clinique en collaboration avec le Centre hospitalier de
Cayenne focalisé sur l’étude de syndromes viraux sévères hospitalisés. Ce projet, prévu sur
une durée de 3 ans, visera plus précisément à identifier, à partir des échantillons biologiques
de patients hospitalisés, l’agent viral responsable de différents tableaux cliniques sévères
sans étiologie identifiée. Ce projet devrait permettre de renforcer l’expertise du laboratoire
par la mise en place de nouveaux outils de diagnostic à large spectre et ainsi d’apporter un
diagnostic étiologique pour une meilleure prise en charge des patients exposés.
Au cours de l’année, le laboratoire a finalisé les démarches règlementaires et éthiques
indispensables pour débuter cette étude, et cela en étroite collaboration avec le Pôle Intégré
de recherche clinique (PIRC) à l’Institut Pasteur. Suite à ces démarches, le laboratoire
dispose aujourd’hui de l’avis favorable du Comité de recherche Clinique (CorC) de l’IP à
Paris et des autorités compétentes que sont le Ministère de la Recherche et le CCTIRS pour
débuter ce projet. Un dernier dossier sera déposé sous peu auprès de la CNIL. Par ailleurs,
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le laboratoire a obtenu une réponse favorable du Fonds Européen de Développement
Régional, suite au dépôt d’une demande de financement. Ce projet de recherche devrait
débuter au cours du premier semestre 2013.
Evaluation de trousses prototypes pour le diagnostic de la Dengue
Le laboratoire a été sollicité par une société de biotechnologie pour évaluer les performances
(sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positives et négatives) de différentes trousses
prototypes destinées au diagnostic sérologique in vitro (IgM, IgG et IgA) d'infection par le
virus de la Dengue à l’aide d’échantillons biologiques humains (sérums) issus de la
sérothèque du Centre National de Référence Arbovirus.
Le CNR a effectué, au même titre que le programme EMERGUY, les démarches
réglementaires auprès des autorités compétentes afin d’obtenir les avis favorables requis
pour l’utilisation des échantillons biologiques de la collection. L’ensemble de ces différentes
démarches ayant abouti favorablement, l’évaluation d’un premier test diagnostique prototype
basé sur la détection des IgA anti-Dengue devrait être finalisée au cours du premier
semestre 2013.
Conséquences materno-fœtales de l’infection par le virus de la Dengue
Le laboratoire de virologie participe à un programme de recherche intitulé « Conséquences
materno-fœtales de l’infection par le virus de la Dengue chez la femme enceinte en
Guyane » porté par le Centre Intégré de recherche clinique du Centre hospitalier de
Cayenne. Ce projet prévu sur 3 ans a débuté en septembre 2012. Le laboratoire y participe
en apportant son expertise diagnostique à partir des échantillons biologiques des patientes
incluses dans cette étude. Ce projet vise à comparer les complications chez la femme
enceinte indemne d’infection par le virus de la dengue par rapport à celle ayant présenté un
tableau clinique de dengue au cours de sa grossesse. Les résultats de cette étude devraient
permettre une meilleure prise en charge de la dengue chez la femme enceinte.
6.2.2. Publications internationales
Matheus S, Chappert JL, Cassadou S, Berger F, Labeau B, Bremand L, Winicki A, HucAnais P, Quénel P, Dussart P. Virological surveillance of dengue in Saint Martin and Saint
Barthelemy, French West Indies, using blood samples on filter paper. Am J Trop Med Hyg.
2012 Jan; 86(1):159-65.
Dussart P, Baril L, Petit L, Beniguel L, Quang LC, Ly S, Azevedo Rdo S, Meynard JB, Vong
S, Chartier L, Diop A, Sivuth O, Duong V, Thang CM, Jacobs M, Sakuntabhai A, Nunes MR,
Huong VT, Buchy P, Vasconcelos PF. Clinical and virological study of dengue cases and the
members of their households: the multinational DENFRAME Project. PLoS Negl Trop Dis.
2012 Jan;6(1):e1482.
Epelboin L, Hanf M, Dussart P, Ouar-Epelboin S, Djossou F, Nacher M, Carme B. Is dengue
and malaria co-infection more severe than single infections? A retrospective matched-pair
study in French Guiana. Malar J. 2012 May 1;11:142.
Zidane N, Dussart P, Bremand L, Villani ME, Bedouelle H. Thermodynamic stability of
domain III from the envelope protein of flaviviruses and its improvement by molecular design.
Protein Eng Des Sel. 2013 Mar 10.
Berthet N, Paulous S, Coffey LL, Frenkiel MP, Moltini I, Tran C, Matheus S, Ottone C,
Ungeheuer MN, Renaudat C, Caro V, Dussart P, Gessain A, Desprès P. Resequencing
microarray method for molecular diagnosis of human arboviral diseases. J Clin Virol. 2013
Mar;56(3):238-43.
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6.3. Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis
Réunion
6.3.1. Travaux de recherche
Le Dr M-Christine Jaffar-Bandjee est la directrice adjointe du groupe de recherche sur
l’infection et l’immunopathologie (EA 4517) dirigé par le Pr Philippe Gasque. 2 doctorants
travaillent sur le modèle cellulaire de l’infection à Chikungunya :
-
Immunopathologie et rôle de l’infection à Chikungunya sur des lignées de
macrophages humains et murins
-
Infection et immuno-pathologie de l’infection de fibroblastes primaires et de lignées
humaines par le virus Chikungunya
-
Collaboration avec le Dr Philippe Desprès de l’Institut Pasteur : validation de la
technique Luminex pour la sérologie Chikungunya
6.3.2. Publications internationales
Larrieu S, Dehecq JS, Balleydier E, Jaffar MC, Michault A, Vilain P, Leparc-Goffart I,
Polycarpe D, Filleul L. Re-emergence of dengue in Reunion, France, January to April 2012.
Euro Surveill. 2012;17. pii: 20173.
Kumar S, Jaffar-Bandjee MC, Giry C, Connen de Kerillis L, Merits A, Gasque P, Hoarau JJ.
Mouse macrophage innate immune response to Chikungunya virus infection. Virol J. 2012;
9:313.
Thon-Hon VG, Denizot M, Li-Pat-Yuen G, Giry C, Jaffar-Bandjee MC, Gasque P.
Deciphering the differential response of two human fibroblast cell lines following
Chikungunya virus infection. Virol J. 2012;9:213.
Pellot AS, Alessandri JL, Robin S, Sampériz S, Attali T, Brayer C, Pasquet M, Jaffar-Bandjee
MC, Benhamou LS, Tiran-Rajaofera I, Ramful D. [Severe forms of chikungunya virus
infection in a pediatric intensive care unit on Reunion Island]. Med Trop (Mars). 2012 Mar;72
Jaffar-Bandjee MC, Gasque P. [Physiopathology of chronic arthritis following chikungunya
infection in man]. Med Trop (Mars). 2012 Mar;72 Spec No:86-7.
Ribéra A, Degasne I, Jaffar Bandjee MC, Gasque P. [Chronic rheumatic manifestations
following chikungunya virus infection: clinical description and therapeutic considerations].
Med Trop (Mars). 2012 Mar;72 Spec No:83-5
Suhrbier A, Jaffar-Bandjee MC, Gasque P. Arthritogenic alphaviruses--an overview. Nat Rev
Rheumatol. 2012 May 8;8(7):420-9.
7. Programme d’activité N+1 et N+2
Stratégie du CNR des arbovirus dans ces 3 composantes sur la durée du mandat :
 Suivi des génotypages des virus de la Dengue circulants :
Toutes les souches de Dengue isolées par le CNR seront séquencées pour le gène
d’enveloppe (prévision : une centaine d’isolats/an). Ceci devrait nous permettre de
réaliser annuellement des arbres phylogénétiques pour les 4 sérotypes de la Dengue et
de mieux comprendre à terme la circulation de ces virus.
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
Caractérisation des souchiers. Séquençage des souches arbovirus des différents
laboratoires (gène d’intérêt).
 Augmentation de l’arsenal des outils de diagnostic pour les arbovirus :
L’objectif est d’augmenter nos outils de diagnostic moléculaire et sérologique en utilisant
la force des 3 laboratoires. Nous avons prévu des échanges de réactifs, protocoles, pour
ensuite réaliser les évaluations et validations croisées entre nos laboratoires.
 Fiches de renseignement : harmonisation des renseignements cliniques et données
de voyage.
 Organisation de contrôles qualités
 Collaborations scientifiques Recherche et Développement
 Communication : mise en place d’une conférence téléphonique trimestrielle entre les
3 laboratoires composants le CNR arbovirus (La première conférence téléphonique a
eu lieu le 18 mars 2013) et une réunion annuelle.
 Gazette des CNRs :
Distribution aux labos collaborateurs pour animer le réseau, fréquence de publication à
déterminer. Premier essai automne 2013
Accréditation
Tous les laboratoires du CNR des arbovirus sont rentrés dans le processus d’accréditation
selon la norme des laboratoires de biologie médicale NF EN ISO 15189. Ce processus
représente un challenge économique tout d’abord, car le coût d’un audit COFRAC par
exemple est très élevé, et humain d’autre part, car toutes les techniques de diagnostic pour
les arbovirus utilisées sont des techniques dites « maison », à accréditer en portée B. Pour
rappel, les techniques CNR sont des techniques uniques afin d’adapter au mieux le
diagnostic des arbovirus aux souches circulantes et à leurs mutations, exigence qui ne peut
être remplie par des kits commerciaux.
Développement et validation de nouveaux outils sérologiques
Protéines recombinantes
Chaque laboratoire par sa collaboration avec Philippe Desprès va évaluer indépendamment
les protéines recombinantes (cf chapitre 2.1 pour la description) pour la détection des IgM et
des IgG anti-arbovirus soit par ELISA, soit avec la technique du Luminex.
Peptides:
Une approche similaire a été engagée avec Cyril Badaut chercheur de l’IRBA. Cette nouvelle
approche utilise des fractions ou combinaison de fractions peptidiques de protéines virales
sélectionnées pour leur potentiel à générer une réponse immunitaire. L’utilisation de peptides
présente les même avantages que l’utilisation de protéines recombinantes, mais en rajoutant
une flexibilité accrue sur les séquences peptidiques choisies en fonction des mutations
recensées dans la littérature, un coût de production encore réduit, ainsi que une traçabilité
optimale pour l’accréditation qualité. Ce projet est en phase initiale : les peptides ont été
choisis et commandés. Leur évaluation in vitro et leur comparaison directe avec les tests de
diagnostiques utilisés en routine au CNR est prévue pour 2013.
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