REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE UNIVERSITE M’HAMED BOUGARA-BOUMERDES Faculté de Technologie Département Biologie Tp test : Recherche Dans Les Base De Donné Biologique Présenté par : Guerboukha Wardia Ben yacoub hana Rekhima mouna Rebahi Kamelia Groupe 2 Année Universitaire : 2019/2020 INTRODUCTION La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a débuté en décembre 2019 à Wuhan, en chine, et est devenue une pandémie, causant un nombre élevé de décès et perturbant la vie normale, mettant le monde presque à l’arrêt ; l’agent causal est un nouveau coronavirus appelé respiratoire aigu sévère Certains coronavirus sont activés par le contact avec l’extrémité de la TMPRSS2 qui émerge de la surface de certaines cellules, c’est le cas de coronavirus du SRAS (2003) et pour le nouveau coronavirus de 2019, dit SARS-CoV-2, on peut donc supposer que l’entrée du virus dans la cellule puisse être freinée par les inhibiteurs de TMPRSS2, selon Hoffmann et al, (mars 2020), le virus « SARS-CoV-2 » utilise le récepteur SARS-CoV ACE2 pour l’entrée et la sérine protéase TMPRSS2 pour l’amorçage de protéine S Le but du TP L’objectif de ce TP est d’avoir la meilleur description possible sur la protéine d’intérêt : enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), qui joue un rôle dans le mécanisme infectieux du covid-19, exploitant la base de données Uniprot st se liens. Le but est faire une synthèse des informations décrites et récoltes sur cette enzyme. Au début du TP ont connaissez que le nom et le code d’entrée de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) protéine inconnu. A la fin du TP et suit aux informations récoltées, on a une description complété de cette protéine ne sera plus inconnu protéine connue Les étapes à suivre pour accéder à la page de description de cette enzyme dans Uniport 1- l’interface de la base de données Uniprot 2- Sur la barre de recherche on sélectionnez UniprotKB, tapez SARS-CoV puis clique sur recherche Mot clé Clique sur recherche 3- Filtrer les résultats en sélectionnant les reviewed proteins Reviewed (103) Réalise une deuxième filtration en spécifiant l’organisme : Human en cliquand ici 4- faites une deuxième filtration en spécifiant l’organisme : humain On choisi ce protéine 5-page principale des résultats du code d’entrée O15393 : Le statut et le code d’entée de cette séquence dans Uniport: Le statut de la séquence La taxonomie de l’organisme de cette enzyme : Taxonomie de l’organisme La fonction biologique : La fonction biologique La relation avec SARS-cov2 : Certain coronavirus sont activés par le contact avec l’extrémité de la TMPRSS2 qui émerge de la structure de certaines cellules. Est le cas de coronavirus du SARS(2003) et pour le nouveau coronavirus de 2019/20, dit SARSCOV2 .on peut donc supposer que l’entrée du virus dans la cellule puisse être freinée par les inhibiteur de TMPRSS2.selon Hoffmann & al. (mars 2020), le virus SARS-COV2utilise le récepteur SARS-COV2 ACE2 pour l’entrée et la sérine protéase TMPRSS2 pour l’amorçage de la protéine S. Un inhibiteur de la TMPRSS2, approuvé pour une utilisation clinique, a bloqué l’entrée du virus et pourrait consulter une option de traitement. Il avait déjà été montré en 2011 (pour le SARS-COV de 2003 , génétiquement très proche du SARS-COV2) que quand une protéine S (périmètre saillant du virus ) du SARS se liait au récepteur ACE2 de sa cellule hôte , le complexe virus –cellule était traité protéolytique ment par la protéase transmembranaire de type 2 TMPRSS2 , conduisant au clivage de LACE2 et l’activation de la protéiné S virale , selon, un mécanisme similaire à celui observé pour la grippe ou le métapneumovirus humain facilitant ainsi la pénétration du virus dans sa cellule cible. On sait que la protéine ACE2 est le récepteur du virus, mais une hypothèse émise en 2011 était que quand une cellule présent à sa surface conjointement les deux récepteurs ACE2 et TMPRSS2 (comme les pneumocystoses de type 2) elle est davantage successible d’être infecté par le SARS-COV. La protéase transmembranaire à sérine 2 interagir avec la protéine : Interagir avec la protéine ACE2 La structure 3D de protéine transmembranaire à sérine 2 : La structure 3D de protéine Télécharger sa séquence sous format FASTA : En cliquez ici pour obtenir la séquence sous forme FASTA Et obtenu la séquence Télécharger la séquence d’ARNm sous format FASTA : En sélectionnant EMBL et cliquant Sur le code U75329 On obtient la séquence Conclusion A lumiére des information récolt , nous pouvons faire une description de lenzyme de protéase transmembranaire à sérine 2 ayont le code d’accession O15393. Cette enzyme est une protéine composé de 492 acide aminé (isoforme1). Le nom de son géne est TMPRSS2 . Deux isoformes de cette protéine ont été répértotiéés : Isoforme1 492 acide aminé et un poids moléculaire 53,859 Da. Isoforme2 529 acide aminé et un poids moléculaire 57,690Da . Cette enzyme est exprime dans les cellules humain de certain coronavirus,dont le SARS-COV2 à lorigine de la maladie covid-19. Cette enzume exprimé dans : Exprimé dans plusieurs tissus qui comprennent de grands populations de cellules épithéliales avec le plus haut niveau de transcriptions mesuré dans la glande prostatique. Exprimé dans les pneumocytes de type II du poumon (au niveau des protéines) . Exprimé fortement dans l’intestin grêle . Exprimé dans le côlon , l’estomac et la glande salivaire Exprimé avec ACE2 dans les pneumocytes de type II pulmonaire . L’enzyme de protéase transmembranaire à sérine 2,code d’accesion O15393 à une topologie composé de 3 domaine : Un domaine extracellulaire . Un domaine transmembranaire. Un domaine cytoplasmique. La forme catalytique active integrait ACE2. La séquence d’ARNm de cette enzyme ayant le code U75329 est composé 2479 pb avec se même code , nous avons pu explorer les résultats de cette séquence nucléique dans EMBL.
