Pendant les premières semaines d'occupation par les troupes allemandes, la région est placée sous administration militaire, sous les ordres du général Keitel. Lors de son annexion effective, le 21 octobre 1938, la partie méridionale de la région des Sudètes est rattachée aux Gaue limitrophes de Bayreuth, Oberdonau et Niederdonau. Tandis que la partie septentrionale constitua le Gau Sudetenland, avec Reichenberg (aujourd'hui Liberec) pour capitale. Konrad Henlein, devenu ouvertement membre du parti nazi, y est nommé Reichskommissar (« commissaire du Reich ») le 1er mars 1939, puis Reichsstatthalter (« gouverneur du Reich ») pendant six années, du 1er mai 1939 au 4 mai 1945. Le Sudetenland est alors divisé en trois districts : Eger (chef-lieu : Karlsbad) ; Aussig (chef-lieu : Aussig) ; Troppau (chef-lieu : Troppau). La mainmise du régime nazi sur la région s'accompagne comme dans tout le reste l'Allemagne, de persécution contre les « ennemis du Reich » : Juifs, communistes, socialistes ou pacifistes. Le Gleichschaltung est alors si efficace dans la région que, lors des élections de 1938, 97,32 % des voix reviennent au parti nazi (NSDAP). Un demi-million d'Allemands des Sudètes rejoignent le NSDAP avec un taux d'adhésion de 17,34 % de la population (la moyenne sur toute l'Allemagne n'est alors estimée qu'à seulement 7,85 %), ce qui en fait un des soutiens les plus solides du régime de Hitler. Pendant la guerre, des familles Mosellanes opposées à l'annexion de leur région par le Troisième Reich y seront déportées.
