ARTICLE DE RECHERCHE L'épidémie de Extended-Spectrum- Lactamase-Producing Escherichia coli ST131 est conduite par un seul sous-clone hautement pathogène, H 30-Rx Lance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, b Maria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, g Delia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko ré microbiologie et l'infection, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark e; Centre de Génétique et génomique microbienne, Northern Arizona University, Flagstaff, Arizona, États-Unis F; Groupe Santé Laboratoire clinique, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis g; Institut de recherche sur la santé du groupe, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis h; Institut de microbiologie médicale, UniversitätsklinikumMunster, Münster, Allemagne je LBP et JRJ ont contribué également au projet. Downloaded from Division de la génomique Pathogen, l'Institut de recherche génomique translationnelle, Flagstaff, Arizona, États-Unis une; Ministère de la santé et l'environnement, l'Université George Washington, Washington, DC, États-Unis b; Veterans Affairs Medical Center et de l'Université du Minnesota, Minneapolis, Minnesota, États-Unis c; Département de microbiologie, Université de Washington School of Medicine, Seattle, Washington, États-Unis ré; Contrôle de la ABSTRAIT le Escherichia coli Type de séquence 131 clone (ST131) est bien connu pour les infections extra-intestinales, de la résistance fl uoroquinolone et la production séquençage du génome entier pour reconstituer l'histoire évolutive du clone ST131. analyses cluster basé PFGE a suggéré que les deux fl résistance à la uoroquinolone et la production BLSE avaient été acquises par plusieurs sous-lignées de ST131 à travers des événements génétiques indépendants. En revanche, l'ensemble-genomesequence basée sur l'analyse phylogénomique plus robuste a révélé que la résistance fl uoroquinolone a été con fi nie presque entièrement à un seul, en expansion rapide ST131 sous-clone, désigné H 30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans H 30-R, qui a été nommé H 30-Rx en raison de sa résistance plus étendue. En dépit de sa relation étroite avec clonale H 30Rx, l'organe mobile CTX-M-15 a été inséré dans le plasmide de façon variable et les emplacements chromosomiques au sein de la http://mbio.asm.org/ spectrumbeta-lactamase étendu (ESBL), imputables à un CTX-M-15 codant pour un élément mobile. Ici, nous avons appliqué fi eld gel puisée électrophorèse (PFGE) et le H génome 30-Rx. Le dépistage d'une grande collection de clinique récente E. coli isole les deux con fi rmé l'expansion mondiale clonale de production CTX-M-15 parmi les isolats ST131 est principalement attribuable à l'expansion d'un sous-clone unique, très virulent, H 30-Rx. IMPORTANCE Nous avons appliqué une approche génomique avancée pour étudier l'histoire de l'évolution récente de l'un des plus importants Escherichia coli les souches en circulation aujourd'hui. Cette souche, appelée type de séquence 131 (ST131), provoque la vessie multirésistante, les reins et les infections de la circulation sanguine dans le monde entier. La prévalence croissante de la résistance aux antibiotiques dans E. coli rend ces infections plus dif fi ciles à traiter et est conduit à increasedmortality. Des études antérieures ont suggéré que de nombreuses souches différentes de ST131 ont gagné la résistance aux céphalosporines à spectre étendu de manière indépendante. En revanche, nos recherches indiquent que la plupart des souches extendedspectrum-résistante aux céphalosporines ST131 appartiennent à un seul sous-clone hautement pathogène, appelé H 30-Rx. La nature clonale de H 30-Rx peut offrir des possibilités de stratégies de contrôle axées sur la prévention vaccins ou de transmission, ce qui pourrait prendre de l'importance que H 30 Rx et autres pathogènes extraintestinal E. coli sous-clones deviennent résistantes à nos antibiotiques. Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013 Citation Prix LB, Johnson JR, Aziz M, Clabots C, Johnston B, Tchesnokova V, Nordstrom L, Billig M, Chattopadhyay S, Stegger M, Andersen PS, Pearson T, Riddell K, Rogers P, Scholes D, Kahl B, Keim P , Sokurenko EV. 2013. L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices Escherichia coli ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène, H 30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13. Éditeur Julian Parkhill, l'Institut Sanger droits d'auteur © 2013 Prix et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported , Ce qui permet une utilisation non commerciale sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur original et la source sont crédités. Adresse de correspondance Lance B. Prix, [email protected]. H souches peuvent potentiellement conduire la propagation de la résistance aux antibiotiques ledans transfert de gènes orizontalLeest l'une des puissantesdeforces l'évolution bactérienne. potentiel de plus transformation ce processus est dans la population bactérienne, sans aucun changement dans la répartition des souches. peut-être mieux fi é exemplifié par l'acquisition des déterminants de la résistance aux Cependant, lorsque des clones bactériens virulents acquièrent ces éléments, ils peuvent antimicrobiens: dans un événement génétique unique, une bactérie susceptible rapidement émerger au sein de la population grâce à l'expansion clonale et d'acquérir ainsi antimicrobien peut acquérir une suite complexe de déterminants de la résistance et une prédominance locale ou même mondiale (1-3). Quantification de la contribution relative de deviennent résistantes aux antimicrobiens multiples. Ainsi, le transfert horizontal fréquent l'horizontale (transfert de gènes) et verticale (expansion clonale) méca- entre les différents Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 ® mbio.asm.org 1 on February 22, 2020 by guest H 30-Rx et a révélé son association disproportionnée avec la septicémie (risque relatif, 7,5; P < 0,001). Ensemble, ces résultats suggèrent que la forte prévalence de la Prix et al. 30 ex JJ2193 JJ2608 30 JJ2118 30 30 30 30 30 sur l'évolution de ces agents pathogènes et d'informer les H fim 30 30 multirésistante fourniront des informations importantes co m pl -1 5 -R TX -M FQ C JJ2002 JJ1897 JJ1932 JJ2668 CD251 CD250 CD249 JJ2576 JJ1999 CD318 CD357 JJ1969 JJ2016 CD331 CD266 CD268 JJ2457 JJ1997 JJ2014 JJ2594 JJ2463 JJ2528 JJ1919 JJ1909 JJ2209 JJ2474 JJ2039 JJ2029 CD365 CD280 QU090 JJ2663 QU264 JJ2592 JJ2591-XXXXXX (H17) B1-2-1 JJ2240 JJ2179 JJ2134 JJ2030 JJ2451 CMB114 JJ2646 JJ2645 JJ2643-XXXXXXX JJ2011 JJ2432JJ2452 JJ2431 JJ2649 JJ2232 JJ2416 JJ2413 JJ2574 JJ2450 JJ2437 JJ2442 JJ2429 JJ2428 JJ2449 JJ2426 JJ2424 JJ1878 JJ2223 JJ1912 JJ1911 JJ1910 JJ2003 JJ2615 JJ2575 JJ2417 JJ2555-XXXXXXXX JJ2358 JJ2012 JJ2054 JJ1917 JJ1971 JJ1970 CD498 CD356 CD382 CD383 CD541 CD539 CD553 CD512 CD390 CD544 CD375 CD550 CD549 CD548 CD545 JJ2517 JJ2659 JJ2502 JJ1958 JJ2037 JJ2637 (MH8501) Calg30 JJ2608 CD325 CD296 CD297 JJ2141 JJ2635 JJ2169 JJ2633 JJ1880 JJ2127 MHAH9 MHAH15 MHAH10 CD424 JJ2244-XXXXXXX CD306 QUC13 QU299 CD262 QU258 QU255 QU251 QU253 QU252 QU300 QU271 QU270 QU268 QU289 QU259 CD265 JJ1901 CD264 CD456 CD347 CD394 PH0168 CD351 CD417 CD466 CD455 CD303 CD285 CD536 CD461 CD361 CD404 CD412 CD551 CD336 CD471 CD433 CD319 CD434 CD352 JJ1998 CD436 CD559 CD467 JJ2550 CD287 CD413 JJ1996 CD407 JJ2516 QU245 JJ2514 QU019 QUC12 JJ2055 CD437 CD437 CD288 CD301MHKN1604-XXXXXXX JJ2038-XXXXXXXX JJ2420 MHHDE3 JJ2000 JJ1916 JJ2256 JJ2521 JJ2532 JJ1913 CD505 JJ2118-XXXXXXXX QU200 QU240 JJ2010 JJ2009 CD408 CD313 CD345 CD311 JJ2208 JJ2484 JJ2166 JJ2490 JJ2335 JJ2560 JJ2559 JJ2307 JJ2237 JJ2260 JJ2657-XXXXXXXX JJ2650 JJ1923 JJ1922 JJ2621 JJ2618 JJ2547-XXXXXXXX JJ2548 JJ2546 MH5936 JJ2243-XXXXXX QU106 JJ2007 CMB107 MHFV7595 MHFV7569 JJ2053 QU015 QU102 QU073 JJ2410 JJ2241 JJ1993 JJ1951 JJ2639 JJ2605 JJ2245 JJ2566 JJ2266 JJ2262 JJ2264 JJ2647 JJ2640 JJ2258 JJ2242 JJ1920 JJ2187 JJ2320 JJ2427 JJ2422 MH6373 MH3756 MHVB8 MHHBS4 MHHDE1 JJ2087 JJ2296 JJ2604 JJ1879 JJ1991 JJ2481 CMB106 JJ2008-XXXXXXX JJ1914-XXXXXXXX JJ2425 QU249 JJ2069 JJ1980 JJ2252 JJ2171 JJ2124 JJ2526 JJ2018 JJ2017 JJ1899 JJ2345 JJ2346 JJ2205 JJ2259 JJ1896 JJ2297 JJ1907 JJ2133 JJ1908 JJ2207 JJ2341 JJ2203 JJ2197 JJ1918 JJ2188 JJ2648 JJ1959 JJ2132 JJ2199 JJ2624JJ2146 -XXXXXXXX (MH17102) Calg51 JJ2143 CD259 JJ1894 JJ1904 CD256 CD253 JJ2535 JJ2407 JJ2098 JJ2353 JJ2005 JJ1961 CD255 CD252 JJ2324 JJ2325 PH53135 JJ2321 JJ2122 JJ2191 JJ2291 JJ2285 JJ2553 JJ2362 JJ2136 JJ2001 JJ2015 JJ2190 JJ2178 QU206 QU233 JJ2277 JJ2201 JJ2221 JJ1906 QU110 JJ1977 JJ2176 QU161 JJ2332 JJ2213 JJ2212 CD260 JJ2214 JJ2145 JJ1966 JJ2041 JJ2271 JJ2150 JJ1903 CD261 JJ2032 PH0872 JJ2250 JJ1905 CD254 JJ2544 JJ2333 MHVA1 MHMECB5 JJ2045 JJ2419 JJ2483 CD452 QUC02-XXXXXX JJ2627 JJ2434XXXXX JJ2622 JJ2453 (MH1100) Calg06 JJ2436 JJ2613 JJ1930 JJ1928 JJ2441-XXXXXX MH16102 JJ2540 JJ1942 CD400 CD263 JJ2180 JJ2013 JJ2227 JJ2570 JJ2289 QU198 JJ2269 JJ1877 JJ2195 JJ2495 JJ2312 JJ1934 JJ2225 QU048 JJ2128 JJ1976 JJ1990 JJ2611 QU021 MH15802 JJ2507 JJ2224 JJ2287 JJ2306 JJ2226 JJ1895 QUC08 JJ2044 JJ1900 JJ2047 QUC04 QUC03 QUC09 JJ1974 CD358-XXXXXXXMH5800-XXXXXXX JJ2184 QU162 JJ2534 JJ1967 CD454 JJ2352 JJ2255 JJ2254 JJ2048 JJ1995 JJ2662 JJ1886-XXXXXXXX JJ2130 JJ2603 JJ1867 JJ2247 JJ1933 JJ2218 JJ2667 JJ1887-XXXXX JJ2519 QU008 JJ2317 JJ2642 QUC01 JJ2192 JJ2545 JJ2334 JJ2674 CU761 CU758 QU192 QU221 JJ2064 JJ2152 JJ2125 JJ2631 QU153 JJ2630 JJ2308 JJ2239 JJ2062 JJ2220 JJ2063 JJ2587 JJ1902 JJ2508 CD340 JJ2433 JJ2459 JJ2577 JJ2185 QUC10 JJ2580 JJ2500 JJ2351 JJ2163 JJ1972 JJ1950 JJ2579 JJ2408 JJ2033 JJ2309 CD458 JJ1952 JJ1968 JJ2251 JJ2119 JJ2350 JJ1962 CD459 CD257 JJ2004 CU797 JJ2286 CD453 JJ2539 JJ2120 JJ2489-XXXXXXX CU799 JJ2641 JJ2117 CU790 JJ2142 CD460 CD451 CD449 JJ2210 JJ2196 JJ2216 JJ2206 JJ1915 CD338 JJ2606 MH5753 QU189 MHHDE2 JJ2057 JJ2040 JJ2444-XXXXXXXX JJ2265 JJ2194 JJ1975 MHVlab2 JJ2006 JJ2135 (MH19502) Calg56 JJ2430 JJ2421 QU061 JJ2183 JJ2537 JJ2578 JJ2193 JJ2050 JJ2230 CD462 nismes à l'émergence d'agents pathogènes bactériens C T FQ X-R M-1 5 B. UNE. nouvelles stratégies d'intervention. H016 JJ2550 H006 ZH164 MVAST131 JJ2041 En 2008, précédemment non reconnu Escherichia coli groupe clonal, le type de séquence 131 30 30 30 30 30 30 30 30 (de ST131), a été identi fi ées dans neuf pays répartis SaT049 H003 MVAST179 MVAST084 MVAST0036 CD449 CU799 sur trois continents (4, 5). Aujourd'hui, ST131 est le pathogène dominant extraintestinal E. coli ( ExPEC) souche dans le monde 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 SaT158 JJ2210 MVAST014 MVAST158 MVAST038 JMI268 MVAST077 MVAST046 CU758 JJ2009 JJ2528 U024 G150 CD340 entier, mais les analyses rétrospectives suggèrent que l'émergence d'une pandémie ST131 a eu lieu sur une période de moins de 10 ans (6, 7). ST131 fait partie du groupe phylogénique virulent et B2 a été rapporté pour provoquer un large éventail d'infections, y compris la méningite, l'ostéomyélite, la myosite, 30 30 MH17102 orchiépididymite et péritonite (6, 8-10). Cependant, 30 JJ2547 30 30 JJ2555 JJ1969 JJ2008 30 JJ1914 30 JJ2444 30 JJ2434 30 JJ2441 30 JJ2038 30 JJ2489 JJ2007 30 30 30 30 ST131 est le plus souvent associée à une infection des voies urinaires (UTI) et est un important agent étiologique des infections urinaires, les infections rénales et urosepsis aux États-Unis et au niveau JJ2183 JJ2134 JJ2578 international (11- QUC02 KN1604 JJ2657 30 JJ1908 30 MH5800 30 30 30 NA114 JJ1886 30 JJ1887 35 JJ2643 CD358 35 14). La génétique des populations analyse des isolats ST131 a indiqué que la récente propagation épidémique 30 30 30 22 22 22 22 22 22 22 22 JJ2668 JJ1901 ZH063 ZH071 G132 H061 CD400 22 35 des membres des autres, ST131 moins répandues par les C001 sous-clones de transport fi mH 30, un allèle du gène G216 H17 CD331 JJ2243 CD249 CD345 JJ2087 CD311 CD301 ZH193 CD471 SaT142 35 22 seule souche, nommée sous-clone H 30, qui ne diffèrent H 30 JJ2244 22 94 de ce groupe est entraîné par les descendants d'une JJ2050 U004 CD306 JJ1897 G213 codant pour la mannose-spéci fi ques de type 1 fi mbrial adhésine, FimH (15). Au cours de la dernière décennie, l'émergence de souches multirésistantes ExPEC a fait un traitement UTI plus problématique, conduisant à une antibiothérapie discordante et augmentation de la 30 15 SaT040 JJ2016 22 QU300 22 CD413 22 CD390 31 G199 JMI025 22 morbidité et de la mortalité (16-19). Cette augmentation multirésistante a IVU été en grande partie en raison de 22 JJ1996 CD505 CD455 CD303 CD466 JJ1999 CD436 CD347 22 CD456 22 22 22 22 35 22 22 41 CD467 MVAST020 MVAST167 JJ2591 41 JJ2055 41 QUC12 U054 QU090 35 41 41 100 90 70 80 41 41 l'augmentation rapide de la prévalence de ExPEC 900 SNPs 22 les souches, en particulier de déterminants hébergeant ST131 pour à spectre étendu lactamases (ESBL) et la résistance 900 SNPs à triméthoprime le sulfaméthoxazole et le fl uoroquinolones (FQ) (16, 20-27). Le CTX-M-15 lactamase est le 300 SNPs dominante BLSE dans ST131 et est de plus en plus trouvé FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie E. coli ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de E. coli isolats 524), tel que déduit à l'intérieur de BioNumerics selon la (ST131 n Procédé de groupe de paire non pondéré basé sur les coef fi cients de dés. (B) à base de phylogénie SNP-génome entier d'isolats dans les isolats à la fois provoquant une infection urinaire et la bactériémie (13, 28-31). La phylogénie des gènes CTX-M sélectionnés ST131 ( n 105) et le génome de référence NA114. SNPs ont été identi fi é des régions génomiques équivalant à environ suggère que ces enzymes ont été soulevées par la 44,7% du génome de référence qui a été partagé entre tous les isolats et séquencés à 10 couverture. L'analyse de ces régions mobilisation des chromosomes génomiques partagées révélé 2531-informatif et parcimonie 4000 SNPs au total du génome de base (à l'exclusion des régions acquises à l'horizontale) qui ont été utilisés pour construire la phylogénie présenté ici. homoplasie indice (HI) 0,012. Le bloc violet met en évidence les H 30 sous-clone. - lactamase ( bLA) gènes de l'organisme commensale intestinale Kluyvera ( 32). Un certain nombre d'enzymes CTX-M ont augmenté à la prévalence depuis les années 1990, avec un nouveau type CTX-M apparaissant fréquemment dans plusieurs pays lointains sí- 2 ® mbio.asm.org Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 on February 22, 2020 by guest 30 30 30 30 30 22 22 27 http://mbio.asm.org/ 30 Downloaded from 30 JJ2508 FQ co -R mp le C x TX -M -1 5 Clonale extension de céphalosporine résistant E. coli JJ2193 30 JJ2608 30 JJ2118 30 H016 30 JJ2550 30 H006 30 MVAST131 ZH164 30 fim H 30 30 JJ2041 SaT049 30 H003 MVAST0036 MVAST084 MVAST179 CD449 JJ2508 CU799 30 Downloaded from 30 30 30 30 30 30 30 30 MVAST014 CU758 30 MVAST158 JJ2210 JMI268 MVAST077 30 H 30-Rx 30 30 30 30 JJ2009 30 U024 JJ2007 JJ2528 30 G150 CD340 MVAST038 JJ2547 30 G213 30 MH17102 JJ2243 JJ2555 MH5800 JJ1914 JJ2008 JJ2444 JJ2038 JJ2489 JJ2434 30 JJ2441 JJ2578 30 JJ1908 30 JJ2183 30 QUC02 JJ2657 30 30 30 30 30 30 30 30 30 on February 22, 2020 by guest H 30-R 30 http://mbio.asm.org/ SaT158 JJ2134 MVAST046 30 30 30 30 30 30 30 KN1604 NA114 (ref) JJ2643 30 30 35 35 H 30 JJ1886 30 JJ1887 U004 30 CD358 JJ2050 30 JJ2668 30 ZH193 CD306 30 30 30 30 C001 30 JJ2244 G216 JJ1897 H17 30 22 22 27 9 SNPs FIG2 analyse phylogénétique haute résolution de l'émergence de la résistance à la fl uoroquinolone production andCTX-M-15. Environ 51,8% du génome de référence a été partagé entre tous les isolats et séquencée à 10 couverture. L'analyse de ces régions génomiques partagées a révélé 72 SNPs informatif et parcimonie 771 SNPs au total lesemployés génome base (hors régions acquises à l'horizontale) qui ont été utilisés pour construire la phylogénie présenté ici. homoplasie indice (HI) 0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués, H 30 (violet), H 30-R (bleu), H 30-Rx (jaune). multanément, ce qui suggère des événements de transfert indépendants (33). Ceci, ainsi jamais, d'autres preuves suggèrent que l'expansion clonale contribue significativement à la que la diversité substantielle des éléments de résistance transférables dans ST131, a propagation de la résistance aux antimicrobiens dans les E. coli conduit certains à conclure que le transfert horizontal doit être les BLSE de (36-39). mechanismwhereby dominants ont pris de l'importance parmi les souches du clone ST131 (7, 34, 35). Comment- Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 Jusqu'à tout récemment, notre connaissance de l'épidémiologie et la dispersion des souches bactériennes, y compris d'origine ST131, est basée ® mbio.asm.org 3 Prix et al. en grande partie sur le typage de séquence (MLST) multilocus, qui a une résolution limitée au niveau du sous-clone, et sur l'analyse électrophorèse sur gel puisée fi eld base-génome ensemble regroupement des sous-clones résistants. La phylogénie base SNP du génome entier a montré des groupements distincts de souches portant spéci fi (PFGE), qui est très vulnérable aux distorsions des événements de transfert de gène ques fi mH alleles (Fig. 1B), ainsi que gyrA horizontal et l'interprétation subjective. Dans l'étude actuelle, nous avons utilisé et parC et les allèles de type O (voir l'ensemble de données S1 et S1 dans le tableau l'analyse du polymorphisme singlenucleotide du génome entier (SNP) pour reconstruire matériau supplémentaire). En particulier les souches, portant le fi mH 30 allele la phylogénie de ST131 et les déterminants de la résistance superposée et la regroupés en un seul clade à faible diversité, désigné H 30, qui comprend 58 (95%) sensibilité phénotypique sur cette phylogénie pour élucider l'histoire de l'évolution de la des 61 isolats de fl uoroquinolone résistant. De plus, presque tous les isolats, malgré fl résistance uoroquinolone et la production BLSE dans ce pathogène important. productrices de CTX-M-15 paraissant avoir diverses origines génétiques selon le dendrogramme basé PFGE (Fig. 1A), regroupées en une subclade distincte au sein de la H 30 clade (Fig. 1B). Pour résoudre davantage l'histoire de l'évolution de la H 30 sous-clone, des analyse PFGE. Une collection de 524 isolats ST131 cultivée à partir humains et les séquences génomiques de la 64 H 30 isolats et leurs trois voisins les plus proches ont animaux entre 1967 et 2011 a été analysée par électrophorèse en champ pulsé, ce qui a été analysés séparément du reste des isolats (Fig. 2). L'alignement de ces abouti à un dendrogramme complexe (Fig. 1A) .dans les dendrogramme basé PFGE, les séquences au fi nis génome de référence NA114 augmenté le nombre de isolats qui étaient résistants fl uoroquinolone et / ou bla CTX-M-15 positif, bien que sharednucleotides et a révélé SNPs d'information supplémentaires qui ont été utilisés présentant un certain regroupement, ont été entremêlés beaucoup avec ceux qui étaient pour générer la haute résolution et haute précision (HI 0,000) phyloge- fl uoroquinolone sensibles et / ou bla CTX-M-15 négatif. A ce titre, l'analyse des rapports arbre Netic représenté sur la figure. 2. Cet arbre a suggéré que l'acquisition de la fi mH 30 déterminants de la résistance fl uoroquinolone et bla CTX-M-15 entre les différents allele précédée de l'acquisition de la résistance à la fl uoroquinolone par un seul ancêtre sous-clones de ST131. au sein de la H 30 sous-clone, qui a été suivie par une grande expansion clonale de fl uoroquinolone résistant reconstruction phylogénétique ST131 base SNP-de-génome entier. De la H 30 souches. Pour distinguer les uoroquinoloneresistant fl liés clonale H 30 collection totale qui a subi une analyse de PFGE, 105 ST131 isolats ont été isolats du uoroquinolonesusceptible fl ancestral H 30 isolats, le sous-clone systématiquement sélectionné pour le séquençage génomique selon des critères fi résistant à l'intérieur H 30 a été désigné H 30-R. ées toprespeci que emphasizeddiversity de fonds génétiques selon la PFGE. Les 105 isolats, qui proviennent de cinq pays et 23 États et provinces au Canada et aux Dans ce phylogénie haute résolution, 20 (91%) des 22 isolats qui ST131 États-Unis, inclus 22 CTX-M-15 produisant des isolats, qui ont été largement effectuée bla CTX-M-15 isolats -Incluant de l'Australie, la Corée du Sud, le Portugal, le distribués à travers le dendrogramme électrophorétique (fig. 1A). Canada et les États-Unis- ont formé une distincte, sous-clone unique ancêtre http://mbio.asm.org/ précédents PFGE a soutenu suggérant l'acquisition horizontale fréquente des Downloaded from RÉSULTATS dans H 30-R. En raison de ses caractéristiques de résistance plus étendues, ce bla a été désigné sous-clone associé H 30-Rx (Fig. 2). Trois SNPs canoniques distingués H 30-Rx lesemployés reste de H 30 rAvec 100% fi délité. isolats et, par conséquent, d'information pour la reconstruction phylogénétique. Le premier arbre phylogénétique inclus souche non ST131 AA86 (groupB2; ST1876) (40) anoutgroup, à la racine de l'arbre et pour identifier les clones de base au sein de la phylogénie ST131 (voir localisation génomique de l'élément CTX-M-15. Plusieurs études antérieures ont figure S1 dans le matériau supplémentaire.). Ensuite, la souche AA86 a été exclue et une rapporté que bla CTX-M-15 est positionné sur un plasmide de type IncFII conjugatif dans le nouvelle matrice de SNP et arbre phylogénétique ont été générées (voir Fig. S2 dans le cadre d'un Tn 3- comme ISEcp1-Bla CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons matériau supplémentaire). Depuis AA86 de souche (éloignée) manque certaines des régions effectué une in silico génomiques trouvées dans le clone ST131, l'exclusion de AA86 a augmenté le nombre de analyse pour caractériser la structure et la localisation génomique de l'organe mobile régions génomiques partagées dans l'alignement de séquence et, par conséquent, CTX-M-15 parmi les 22 bla CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas, bla CTX-M-15 faisait augmenté le nombre de SNPs d'information avec qui pour résoudre la phylogénie de ST131. partie d'un Tn typique 3- comme ISEcp1-Bla CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien on February 22, 2020 by guest CTXM-15- comparaisons génomiques identi fi ées SNP loci qui étaient présents dans tous les que fi no SNPswere ed entre les différents éléments CTX-M-15, les régions fl Anking bla CTX-M-15 ont souvent été dégradés par l'insertion / suppression (non représenté). Les séquences Illumina court lues sont suf fi pour identifier de manière fiable le site d'insertion de L'indice de homoplasie (HI) pour ces deux arbres initial (voir Fig. S1 et S2) était l'élément pour tous, mais trois des 22 isolats CTX-M-15-positives séquences dans la extrêmement élevé ( 0,33), indiquant une recombinaison substantielle. reconstructions présente étude (tableau 1). Le site d'insertion varie parmi les isolats: 13 effectue une phylogénétiques qui incluent des régions génomiques acquises par transfert horizontal copie unique sur un plasmide de type de IncFII, quatre réalisée d'une seule copie dans de gènes ne représentent pas avec précision l'histoire de l'évolution des organismes le chromosome, et deux effectué une copie sur le chromosome et une autre copie sur clonales. Toutefois, ces phylogénie peuvent être utilisés pour identifier les régions un plasmide de type IncFII (tableau 1) . En outre, parmi les souches avec un élément acquises horizontalement. Cela a été accompli ici bymapping au génome de référence situé dans le chromosome, cinq sites d'insertion chromosomiques distincts ont été pour les valeurs HI SNPs individuelles, qui ont révélé quatre grandes régions identifiés ed; seulement deux souches, JJ1886 et JJ1887, qui sont les voisins les plus recombinantes représentant près de 31% du génome. proches dans la phylogénie SNP (Fig. 2), l'élément effectuées dans le même emplacement chromosomique (tableau 1). Exclusion de SNP des quatre régions acquises à l'horizontale conduit à des arbres withminimal homoplasie (indice de homoplasie [HI] 0,012) (voir Fig. S3 dans le matériau supplémentaire), suggérant Association de la production et BLSE bla CTX-M-15 avec le phylogénie de haute précision (41). La figure 1B montre le SNP du génome entier H 30-Rx ST131 sous-clone. Parce que la plupart des isolats dans les arbres résultant phylogénie pour les 105 isolats ST131, plus la souche ST131 NA114 génome phylogénétiques étaient d'origine historique (c.-à-pré-2009), nous avons évalué la de référence (42). généralisabilité de l'association observée de la H 30-Rx sous 4 ® mbio.asm.org Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 Clonale extension de céphalosporine résistant E. coli TABLEAU 1 CTX-M-15 emplacements d'éléments parmi les 22 Escherichia coli le chariot 74% du bla CTX-M-15 observée parmi les historiques genomesequenced H isole ST131 nom isole 30-Rx (Fig. 2), mais significativement plus élevée que la faible prévalence Isoler emplacement génomique une site d'insertion chromosomal b de production soit BLSE ou Le sous-clone caractère, H 30 mais pas H isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et H 30-R, mais pas H bla CTX-M-15 transport observé chez les non-récente H 30 isolats ST131 (3%) pour chaque JJ2444 H 30-Rx Chromosome 2037134 JJ2038 H 30-Rx Chromosome 2127735 30 isolats-Rx (6% et 2% pour les deux traits, respectivement) (tableau 2). Donc, bla CTX-M-15 JJ1886 H 30-Rx Chromosome 1473842 ont représenté presque tous les isolats productrices de BLSE dans le H 30 JJ1887 H 30-Rx Chromosome 1473842 H 30-Rx Plasmide et le chromosome 4493369 Rx-sous-clone; À l'inverse, dans l'ensemble ST131, la H 30-Rx a représenté la JJ2434 MH5800 H 30-Rx sous-clone grande majorité de la production BLSE et, en particulier, Plasmide et le chromosome 4191808 JJ2547 H 30-Rx Plasmide N/A JJ2555 H 30-Rx Plasmide N/A JJ2008 H 30-Rx Plasmide N/A H 30-Rx et bla CTX-M-15 se vérifiait dans les différents laboratoires qui ont fourni les récents JJ1914 H 30-Rx Plasmide N/A isolats cliniques (données non présentées). JJ2441 H 30-Rx Plasmide N/A JJ2489 H 30-Rx Plasmide N/A JJ2657 H 30-Rx Plasmide N/A JJ2643 H 30-Rx Plasmide N/A U004 H 30-Rx Plasmide N/A CD358 H 30-Rx Plasmide N/A Seattle, WA, qui dessert une population ambulatoire presque exclusivement, avec de Plasmide c N/A l'urine isole les laboratoires fromhospital dans theUnited États andGermany que N/A servemixed patients hospitalisés et externes populations. La prévalence relative des une emplacement chromosomal basé sur le génome fermé de JJ1886. NA, non applicable. c Rapporté précédemment. des patients et locale en comparant les isolats d'urine de GroupHealth Cooperative à N/A N/A N/A N/A Marqué comme indéterminé si le in silico analyse des résultats ambigus. b H 30-Rx sous-clones au sein de la population totale ST131 par rapport à la population H 30-Rx était le plus élevé parmi les isolats des hôpitaux allemands (où il a dépassé la prévalence même d'autres H isolats 30-R), intermédiaire entre les isolats hospitaliers basés aux États-Unis, et le plus bas parmi les isolats de consultation externe en santé du Groupe (tableau 3). Les données relatives à la présence / absence de septicémie cliniquement diagnostiqué étaient disponibles pour 162 des récentes États-Unis ST131 isolats cliniques, parmi lesquels 12 patients source (7%) Dans l'ensemble ont été diagnostiqués avec une septicémie (tableau 4), clone avec la production et BLSE bla CTX-M-15 en analysant les isolats cliniques plus une valeur similaire à la prévalence globale de 5,2% de septicémie diagnostiqué chez les 1.133 récents, à savoir de 2011 à 2013. Pour ce faire, un total de 261 isolats ST131 de isolats cliniques extraintestinales fromwhich les 162 ST131 souches sont dérivées ( P allèle, H 30-Rx appartenance à un sous-clone, la production BLSE, et la possession de 0,26) (15). Cependant, la septicémie a été diagnostiquée chez 28% des PA- tients avec un H 30-Rx isolât (tableau 4), une significativement plus grande proportion bla CTX-M-15 ( Tableau 2). que chez les patients atteints d'un non- H 30-Rx, H isolât 30-R (6%; P 0,02), un non- H 30, Parmi les 261 isolats récents ST131, 174 (67%) appartenaient à la H 30 sous-clone, alors que le 87 reste (33%) porté l'un de plusieurs autres associés ST131 isolât (4%; P 0,01), toute non H 30-Rx, ST131 isolât (5%; P 0,005), ou un isolât non-ST131 (5,6%; P 0,003). Pour H 30 isolats-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, ST131- fi mH allèles, comme décrit récemment (15). Parmi les 174 H 30 isolats, 163 le risque relatif de la septicémie associée était de 7,5 (95% con fi ance intervalle, de 2,3 (94%) qui étaient fl uoroquinolone résistantes ont été défini comme H 30-R. à 23,8). détection de H 30Rx spéci fi que SNPs a montré H 30-Rx composé 44 (27%) 163 DISCUSSION H souches 30-R (Tableau 2). Parmi les 44 H 30-Rx isolats, 34 (77%) étaient BLSE produire, et 33 d'entre eux réalisés bla CTX-M-15. Cela a été très similaire à Les résultats de cette étude fournissent des preuves convaincantes que l'expansion clonale est le mécanisme dominant pour la prolifération des TABLEAU 2 Association des ST131 sous-clones présentant des caractéristiques de résistance parmi 261 isolats cliniques récents de Escherichia coli ST131 des États-Unis et en Allemagne La prévalence du trait de résistance, non. (%) ST131 sous-clone (s) H 30 ( n 174) H 30-R ( n 165) Non- H 30-Rx souches total (ST131 n 261) Non- H 30 ( n 87) Non- H 30-R ( n 11) ( n 119) H 30-Rx ( n 44) FQ résistant 163 (62) 0 (0) 0 (0) 119 (100) 44 (100) une BLSE 45 (17) 3 (3) 1 (9) 7 (6) 34 (77) b bla CTX-M-15 39 (15) 3 (7) 1 (9) 2 (2) 33 (75) c trait résistance une Pour la fl uoroquinolone (FQ) fraction résistante, H 30-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, P 0,001 (test exact de Fisher [FET]). b Pour la prévalence du spectre étendu lactamases (ESBL) production, H 30-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, P 0,001 (FET). c Pour la prévalence de bla CTX-M-15, H 30-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, P 0,001 (FET). Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 ® mbio.asm.org 5 on February 22, 2020 by guest Seattle, WA, Minneapolis, MN, et Münster, en Allemagne, ont été évalués pour fi mH Type http://mbio.asm.org/ Indéterminé QUC02 H 30-Rx Indéterminé KN1604 H 30-Rx Indéterminé JJ2244 H 30, non H 30-Rx plasmide JJ2591 Non- H 30 Plasmide MH17102 H 30-Rx prévalence démographique, géographique et clinique H 30Rx. Nous avons également évalué la prévalence relative des H 30-R et Downloaded from NA1114 H 30-Rx bla CTX-M-15 le chariot. De plus, cette association étroite entre Prix et al. TABLEAU 3 La prévalence de ST131 en ce qui concerne les sous-clones de la population source parmi 261 isolats cliniques récents de Escherichia coli ST131 des États-Unis et en Allemagne ST131 sous-clones, non. (%) H 30 ( n 174) H 30-R ( n 165) Non- H 30-Rx Non- H 30 ( n 87) Non- H 30-R ( n 11) ( n 119) 86 35 (41) 3 (4) 42 (49) 120 32 (27) 4 (3) 64 (53) 20 (17) a, c 55 20 (36) 4 (7) 13 (24) 18 (33) avant JC Nombre total. des population Source isolats ST131 ambulatoire États-Unis hôpital États-Unis hôpital allemand 6 (7) un B Pour la prévalence de H 30-Rx, ambulatoires États-Unis par rapport aux isolats hospitaliers des États-Unis, P 0,054 (FET). b Pour la prévalence de H 30-Rx, ambulatoires États-Unis par rapport aux isolats hospitaliers allemands, P 0,001 (FET). c Pour la prévalence de H 30-Rx, hôpital États-Unis par rapport aux isolats hospitaliers allemands, P 0,03 (FET). la production CTX-M-15 et la résistance à la fl uoroquinolone en et, par conséquent, aucun signal phylogénétique qui pourrait être comparée à la souche E. coli ST131. Des études antérieures ont montré que les déterminants de ces deux hôte phylogénie. traits peuvent être acquises par le transfert horizontal de gènes ou, dans le cas de la On ne peut pas exclure la possibilité que chromosomiques et même certains plasmide borneCTX-M-15 éléments ont été acquiredhorizontally par H 30-RX à phylogénies à base SNP-génome entier présentées ici montrent que la quasi-totalité plusieurs reprises. Cependant, trois éléments de preuve suggèrent que, dans H 30-Rx, des fl uoroquinoloneresistant isolats ST131 appartiennent à un sous-clone distinct, H 30-R,le CTX-M-15 chromosomique codé est le résultat de la mobilisation intragénomique répétée du plasmide situé Tn 3- comme ISEcp1-Bla CTX-M-15 élément orf477, plutôt que qui a été dérivée à partir d'un seul ancêtre commun portant le des événements d'acquisition horizontaux indépendants. Tout d'abord, l'identité de fi mH 30 allele (par exemple, une partie de la H 30 sous-clone). De même, 91% des isolats séquence des éléments CTX-M-15 suggère qu'ils représentent des copies du même produisant CTX-M-15 forment un autre sous-clone distinct, élément génétique récemment dérivée. En second lieu, l'emplacement de plasmide est H 30-Rx, qui a été dérivée à partir d'un seul ancêtre commun au H 30 R-sous-clone. Ces sous-clones imbriqués forment une poupée russe comme con fi guration, dans lequel chaque lignée ultérieure est plus largement résistant que l'ancien. le plus fréquent chez les H isole 30-Rx. Troisièmement, certaines souches de CTX-M-15 (par exemple, JJ1886 et JJ1887) chromosomiquement codé maintenir également un plasmide de type IncFII, mais manquant de l'élément CTX-M-15, en accord avec l'élément CTX-M-15 ayant déplacé de la plasmide au chromosome. sous-clone en contraste frappant avec la promiscuité sexuelle de cet élément dans fi ed du ST131 genome.We H isole 30-Rx avec une copie de l'élément sur le L'histoire exacte de l'évolution de l'acquisition CTX-M-15 chromosome et un plasmide. En outre, parmi ces isolats présentant un élément H 30-Rx reste également à être élucidé. Il est possible que H 30-Rx a été fondée chromosomique CTX-M-15, l'élément a été inséré dans cinq endroits différents. En par un ancêtre qui a acquis CTX-M-15 sur un incF- particulier, les deux isolats avec des sites d'insertion chromosomiques identiques ont plasmide de type, qui a élargi et différencié avec le sous-clone. Sous thismodel, le été récupérés de frères et sœurs adultes épidémiologiquement liés qui ont tous deux CTX-M-15-négatif H 30 isolats-Rx représenteraient des événements indépendants souffert de IVU de gravité variable andwere soupçonnés de partager la même souche de perte de gènes. Une autre explication est que la H sous-clone 30-Rx a été créée ST131 (43), comme soutenu ici par la proximité de ces isolats dans la haute par un ancêtre CTXM-15-négatif et partiellement détendu avant d'être largement résolution H 30 arbre phylogénétique (Fig. 2). Parmi les 22 souches productrices de résistant à la Cephalosporine plus tard, grâce à l'acquisition de l'élément horizontal CTX-M15, les éléments CTX-M15 présentaient pas de SNP CTXM-15. En effet, cette subclonemay soit sous la troisième génération différentielle céphalosporine selectiondue à TABLEAU 4 Association des ST131 avec des sous-clones sepsis parmi les 162 isolats cliniques récents de Escherichia coli ST131 des États-Unis Non (%) des isolats cliniques associés à la présentation ST131 sous-clone (s) H 30 ( n 174) H 30-R ( n 165) Non- H 30-Rx isole totale ST131 ( n 162) Non- H 30 ( n 56) Non- H 30-R ( n 6) ( n 82) H 30-Rx ( n 18) Présentation clinique pas de septicémie 150 (92,6) 54 (96) 6 (100) 77 (94) 13 (72) État septique 12 (7.4) 2 (4) une 0 (0) b 5 (6) c 5 (28) a B c d une Pour la prévalence de la septicémie, H 30-Rx par rapport à non H 30, P 0,008 (FET). b Pour la prévalence de la septicémie, H 30-Rx par rapport à non H 30-R ( H 30), P 0,28 (FET). c Pour la prévalence de la septicémie, H 30-Rx par rapport à non H 30-Rx ( H 30-R), P 0,016 (FET). ré 6 Pour la prévalence de la septicémie, H 30-Rx par rapport à tous les autres ST131 (7/144, 5%), P 0,005 (FET). ® mbio.asm.org Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 on February 22, 2020 by guest La con fi nement quasi exclusif de l'élément CTX-M-15 à la H 30-Rx a été chromosome, sur un plasmide IncFIItype, et, dans certains cas, à la fois sur le http://mbio.asm.org/ résistance à la fl uoroquinolone, mutation indépendante (15). Cependant, les Downloaded from une H 30-Rx ( n 44) Clonale extension de céphalosporine résistant E. coli sa virulence accrue, ce qui pourrait conduire à son être exposé à un traitement fi MH- sous-clones spéci fi ques, y compris H 30) et ont été évalués pour la production BLSE par diffusion antimicrobien agressif plus souvent que d'autres de disques spéci fi ées par l'Institut clinique et des normes de laboratoire. données de dossiers E. coli souches. Les investigations ultérieures, y compris chromosome totale et la médicaux concernant la présence d'une septicémie cliniquement diagnostiquée au moment de la fermeture du plasmide, peut clarifier le mécanisme le plus probable de l'association collecte d'échantillons ou dans les 30 jours suivants étaient disponibles pour 1133 (75%) des isolats des entre H 30 Rx et CTX-M-15. Cependant, il est intéressant, la bla CTX-M-15 positif, la souche États-Unis 2010-2011. comité d'examen institutionnel de chaque centre a approuvé le protocole d'étude. JJ2244 FQ-résistant, qui occupe une position de groupe externe phylogénétique par rapport à la fois H 30-R et H 30-Rx (voir Fig. 2), représente probablement une lignée clonale émergé indépendamment multirésistante au sein de la analyse PFGE. Les 524 isolats de ST131 historiques et récentes ont été soumis à une analyse normalisée Xbal PFGE, comme décrit précédemment (46). Le dendrogramme a été déduit à l'intérieur de BioNumerics (Applied Maths) selon la méthode non pondérée de groupe de paires sur H 30 sous-clone. En effet, cette souche manque non seulement tous canonique la base de similarité de dés cients fi cient. H 30 SNPs-Rx, mais dispose également d'un resistanceconferring FQ distinct, recombinant gyrA-parC exemple, 1AB / 1aAB). Les résultats de cette analyse du génome entier SNP basée dépeints une histoire la sélection des souches. La sélection des souches ST131 pour le séquençage génomique a été fait par phases successives. Tout d'abord, pour échantillonner la largeur de la diversité phylogénétique au sein de la ST (dans la mesure où cela se reflète dans PFGE pro fi ls), 20 isolats ont été choisis pour évolutive considérablement différente de celle ST131 dérivés de l'analyse PFGE. Notre représenter des grappes largement distribués dans un PFGE pro fi dendrogrambased sur une utilisation d'une approche itérative pour identifier et exclure les SNP des régions collection publiée de 524 isolats de ST131 historiques et récentes locales fromdiverse, année recombinantes élucidé un chemin d'évolution marquée par l'expansion clonale plutôt que des acquisitions de gènes latéraux fréquents. Cela met en évidence l'un des principaux avantages d'une approche fondée sur les SNP du génome entier par rapport à PFGE. Bien que PFGE utilise également les signatures de l'ensemble du de gènes, ce qui peut conduire à de fausses hypothèses sur l'histoire de l'évolution PFGE, la priorité a été donnée à (i) la plus récente année d'isolement, (ii) l'hôte humain, et (iii) fl uoroquinolone résistance. Prochain, 28 isolats supplémentaires ont été sélectionnés à partir de ces mêmes groupes de électrophorétiques à base de (i) la proximité dans le dendrogramme des différences (index) isoler et (ii) initialement sélectionné à partir de l'isolat d'index par rapport à l'hôte et / ou fl uoroquinolone phénotype. Par la suite, un 60 isolats supplémentaires ont été sélectionnés à la fois cette collection initiale et une grande collection de récents isolats cliniques humains ST131 de Seattle, d'un organisme (44), et de l'interprétation subjective des motifs baguage et (souvent WA, et Minneapolis, MN, qui avait une analyse de séquence des subi gyrA, parC, et fi mH ( à des invalide) présomption que les bandes similarlymigrating représentent la même région sous-clones de fi nir dans ST131) et l'analyse PFGE. Ici, les critères de sélection inclus (i) distinctif gyrA, chromosomique. parC, et / ou fi mH allèles, ou leurs combinaisons, (ii) des valeurs aberrantes par rapport au phénotype fl uoroquinolone, en comparaison avec d'autres isolats partageant le même type de PFGE ou gyrA-Parc- fi mH combinaison allèle, et (iii) les espèces hôtes distinctive, des présentations cliniques (par exemple, La base biologique de la prolifération des H 30-R et H 30-Rx reste incertaine. Il est possible que la résistance aux antimicrobiens, l'explication semble évidente, n'est pas les isolats de rapport de cas), les types d'échantillons (par exemple, la nourriture ou l'environnement), http://mbio.asm.org/ génome, il est très vulnérable aux distorsions phylogénétiques de transfert horizontal d'isolement et des hôtes (Fig. 1A). En sélectionnant l'isolat représentant (s) pour un groupe donné Downloaded from allele combinaison (par exemple, 1AB / 4A), par rapport à celle présente dans H 30-R (par ou les dates d'isolement (par exemple, le plus ancien connu et le plus ancien publié ST131 isolats). Sur les 108 isolats totaux sélectionnés, quatre isolats ont ensuite été excludeddue à l'authenticité douteuse, la seule caractéristique sélective conduisant à la prolifération successive de H 30-R et H 30-Rx laissant 104 isolats pour le séquençage du génome. isolats ont été identifiés fi é qui possédait les mêmes caractéristiques de résistance phénotypique sans avoir atteint un niveau comparable de succès H 30-Rx. Augmentation de la virulence, comme le suggère l'association significative entre H 30-Rx et la septicémie, pourrait être un facteur contribuant à la réussite de cette importante sous-clone. D'autres enquêtes, notamment comparatives des études génomiques, Le séquençage du génome. Les échantillons d'ADN ont été préparés pour multiplexés, le épidémiologiques et fonctionnelles détaillées sont nécessaires pour déterminer la base séquençage de fin couplé à un analyseur de génome Illumina IIx (Illumina, Inc., SanDiego, CA). de la réussite de H 30-R et de la forte association de H 30-Rx avec septicémie. Pour chaque isolât, 1 à 5 ADNg in200 l a été cisaillée dans une plaque à 96 puits avec la SonicMAN (n ° SCM1000-3;. MATRICAL BioScience, Spokane, WA) à une plage de taille de 200 à 1000 pb, avec la majorité des matériau à ca. 600 pb, en utilisant les paramètres suivants: prérefroidissement, 0 ° C pendant 75 s; cycles, 20; sonication, 10 s; puissance, 100%; couvercle Quelle que soit ofmechanisms, l'association des H 30 Rxwith de, sa large multirésistance pro fi, et son expansion rapide et l'attention du mandat de la dispersion géographique de la communauté de la santé publique et cliniques. Bien que l'accumulation continue des déterminants de la résistance aux antibiotiques peut limiter les options thérapeutiques dans l'avenir, la nature clonale de H 30-Rx peut faciliter les stratégies de contrôle efficaces concernant les vaccins ou la prévention de la transmission. froid, à 0 ° C pendant 75 s; Plaque froid, à 0 ° C pendant 10 s; postchill, 0 ° C pendant 75 s. Le cisaillé DNAwas purifié à l'aide theQIAquick PCRpuri fi cation kit (catalogue pas 28106;. Qiagen, Valencia, CA). Le traitement enzymatique (réparation d'extrémité, une phosphorylation, une queue, et la ligature de l'adaptateur) de theDNA suivi les instructions décrites dans le protocole Illumina ( « Préparation des échantillons pour le séquençage multiplexé Paired-End, » No. PE-930-1002, partie non. 1005361). Les enzymes pour le traitement ont été obtenus fromNew Angleterre Biolabs (no E6000L,. New England Biolabs, Ipswich, MA), et les oligonucléotides et les adaptateurs ont été obtenus à partir Illumina (no PE-400-1001.). MATÉRIAUX ET MÉTHODES Et isolements patients. Les analyses épidémiologiques moléculaires ont utilisé une grande collection ( n 1908) de récente, consécutive, un seul patient E. coli Après ligature des adaptateurs, theDNAwas exécutés sur un fi gel 2% d'agarose pendant 2 h, isolats laboratoires de microbiologie clinique from6 aux États-Unis et en Allemagne. Les après quoi une tranche de gel contenant des fragments de 500 à 600 pb de chaque échantillon d'ADN a isolats (États-Unis n 1518) ont été récupérés en 2010 et 2011 emplacements from5, été isolé et purifie en utilisant le kit d'extraction de gel QIAquick (catalogue n °. 28706 ; Qiagen, includingGroupHealthCooperative, HarborviewMedical Centre, SeattleChildren'sHospital, Valencia, CA). Les bibliothèques individuelles ont été fi ées quanti par PCR quantitative sur Anabi andUniversity ofWashingtonMedical Center (tous à Seattle, WA) et le Veterans Affairs 7900HT (n ° 4329001, Life Technologies Corporation, Carlsbad, CA). en triple exemplaire à deux Medical Center à Minneapolis, MN, comme décrit précédemment (15). Les isolats concentrations, 1: 1000 et 1: 2000, en utilisant la bibliothèque Kapa quantifie kit cation (pièce n ° allemands ( n 390) ont été récupérés en 2012 à l'hôpital universitaire de Münster, KK4832 ou. KK4835, Kapa Biosystems, Woburn, MA). Sur la base des concentrations différentes Allemagne. Tous les isolats ont subi fumC- fi mH ( CH) Clonotyping (45) pour identifier bibliothèques, piscines équimolaire de pas plus de 12 indexées E. coli les bibliothèques ont été ST131 et ses CHclonotypes constitutifs (par exemple, préparées à une concentration d'au moins 1 nM Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 ® mbio.asm.org sept on February 22, 2020 by guest à partir du H 30 sous-clone. Ceci est suggéré par le fait que certains non H 30 ST131 Prix et al. en utilisant 10mMTris-HCl (pH 8,0) et 0,05% de Tween 20. Pour assurer un chargement précis sur l'écoulement la couverture autour de l'élément est sensiblement plus élevée que les régions de fl Anking. Illumina cellule, le même procédé de quantification fi a été utilisé pour quantifier les pools fi nal. Les bibliothèques lit comme suit courte ont également été assembledwith assembleur Themira (51). Les contigs ont d'extrémité paires mises en commun ont été séquences sur un analyseur génome Illumina IIx à une longueur de été alignées avec Mauve (52) contre JJ1886 et pEC_L8 pour identifier tout réarrangement lecture d'au moins 76 pb. chromosomique dans les contigs portant l'élément CTX-M-15. Les génomes ont été séquencées à une profondeur moyenne de 60,93 (écart-type [SD] 31,66, en utilisant le chromosome NA114 4971461-base en tant que référence). Une moyenne de 4,654,457.54 bases (SD 385,629.23) ont été séquences à 10 couverture. fi mH et gyrA-parC affectations alléliques. isolats séquencés ont été assemblés à l'aide VelvetOptimiser (version 2.2.2) et Velvet (53). Tout fi mH, gyrA, et parC Les séquences ont été comparées à une bibliothèque interne de séquence en utilisant BLAST (version nucléotidique de L'identification de SNPs. Illumina séquence du génome entier ensembles de données ont été nucléotides 02/02/25 ). Séquence similaritymatcheswere determinedusing seuils d'identité en nucléotides alignés contre le chromosome d'un génome de référence ST131 publiée (strainNA114;. D'accès 100% et 100% de couverture de la longueur de la séquence d'interrogation. désignations alléliques ont GenBank CP002797) (42) en utilisant le composant d'alignement de courte lecture du été attribuées sur la base d'une nomenclature en interne pour la gyrA-parC combinaison et fi mH. Burrows-Wheeler aligneur. Chaque alignement a été analysé pour SNPs à l'aide SolSNP, un outil SolSNP utilise une modi fi é statistique Kolmogorov-Smirnov et fi de données ltrage à l'appel des variantes en haute couverture, génomes alignés ( http://sourceforge.net / projets / solsnp / ). Pour éviter Méthodes statistiques. La comparaison des proportions ont été testées en utilisant le test exact ou un test chi carré de Fisher (à deux queues), avec P valeurs de 0,05 comme critère de signi fi cation. les faux appels dus à des erreurs de séquençage, locus SNP ont été exclus si elles ne répondaient pas à aminimumcoverage 10 et si la variante était présent dans 90% de la base appelle à cette position. appels SNP ont été combinés pour l'ensemble des génomes séquencés tels que, pour le lieu Numéro d'accès. Toutes les séquences Illumina ont été déposés dans le NCBI SRA ( http://www.ncbi.nlm.nih.g ), Le numéro d'accès de l'étude SRP027327. à inclure dans la fi nale matrice SNP, il devait être présent dans tous les génomes. SNPs tombant dans les régions dupliquées sur le génome de référence ont été mis au rebut. Downloaded from appelant variante ADN Java pour les données d'alignement de séquençage de nouvelle génération. MATÉRIEL COMPLÉMENTAIRE matériel supplémentaire pour cet article se trouve à http://mbio.asm.org maximum de parcimonie dans la version 4.0b10 PAUP. L'utilisation des connaissances préalables sur près Figure S2, fi chier PDF, 0,1 MB. Figure S3, fi chier PDF, 0,1 MB. Tableau S1, DOCX fi chier, 0,1 MB. Dataset S1, XLSX fi, 0,1 MB. S2 Dataset, XLS fi chier, 0,3 MB. de voisins, un publié E. coli souche appartenant au génome du groupe phylogénique B2 (souche AA86;. d'accès GenBank AFET00000000) a été sélectionné en tant que groupe externe à la racine de l'arbre de séquence wholegenome ST131 (45). ST131 isole dans le clade le plus proche de ce point de bifurcation ont été utilisés pour la racine des arbres ultérieurs. L'indice de homoplasie (HI) a été calculée en utilisant la formule PAUP HI 1 CI, où CI est l'indice de cohérence. CI sert à mesurer la Prép SNP à un arbre donné. TheCI est calculatedusing la formule CI Mme, où m est le nombre total de changements de caractères attendus et s est le nombre réel de changements qui se produisent dans l'arbre. détection de H 30-Rx spéci fi SNPs. Deux SNP qui différencient le sous-clone associée CTX-M-15 ( H 30 Rx) dans la H 30 R-sous-clone du reste de la H 30 ont été interrogés sous-clone en utilisant le séquençage Sanger. SNP-200 a été détecté comme un C à T transition à la position 299 du produit de PCR de 460 pb généré en utilisant l'amorce 5 = GACACCA TGCGTTTTGCTTC 3 = et amorce inverse 5 = TCGTACCGGCAACAAT TGAC 3 =. SNP-264 a été détectée comme une transition de G à A à la position 287 du produit de PCR de 462 pb Ce matériel est fondé sur le travail par l'Of fi ce de Recherche et Développement, Service de la recherche médicale, ministère des Affaires des anciens combattants, l'examen du mérite subvention 1I01 CX000192 01 (JRJ), la Fondation TGen (LBP), des subventions du NIH RC4 AI092828 (EVS) et USAMRMC subvention W81XWH-10-1-0753 (LBP). Nous remercions Tania Contente-Cuomo, Richard Lester, Michael Bork, Cindy M. Liu, et Laura Davis de TGen pour leur contribution à ce projet et le personnel des laboratoires de microbiologie clinique du Harborview Medical Center, Seattle, WA, Université de Washington médicale Center, Seattle, WA, et Universitätsklinikum, Münster, en Allemagne, pour leur excellente aide à la collecte des données et des isolats cliniques associés. Les fournisseurs d'isolats (de liations institutionnelle af fi) également Javier Adachi (Université de TexasM. D. Anderson Cancer Center, Houston, généré en utilisant l'amorce 5 = GTGGCGA TTTCACGCTGTTA 3 = et amorce inverse 5 = TATCCAGCACGTTCCA GGTG 3 =. Isolements ont été testés positifs pour les deux SNP ont été considérés comme des membres du H 30-Rx sous-clone. TX), Robert L. Bergsbaken (Santé Partenaires et Régions Medical Center, St. Paul, MN), Susan Butler-Wu (Département de médecine de laboratoire, Hôpital pour enfants de Seattle, Seattle, WA), Mariana Castanheira (JMI Laboratories, North Liberty, IA), Tim Cleary (Université de Miami, Miami, FL), Brad T. la détection par PCR de bla CTX-M-15. Le gène codant pour le CTX-M-15 bla CTX-M-15 a été détectée par PCR en utilisant des SNP-spéci fi que l'amorce sens 5 = A 3 = TAAAACCGGCAGCGGTGG et l'amorce inverse universelle 5 = GAATT TTGACGATCGGGG 3 = (47). Les conditions de PCR étaient de 10 min de dénaturation à 95 ° C, 33 cycles de 30 s à 94 ° C et 30 s à 67 ° C, suivi par 7 minutes à un allongement de 72 ° C. le bla CTX-M-15 spéci fi ques a été détecté 483 pb produit par PCR par électrophorèse sur gel d'agarose Lieu de CTX-M-15 codant pour un élément mobile. Illumina lit court ont été alignés sur le chromosome fermé de JJ1886 (CP006784, CP006785, CP006786, CP006787, CP006788, et CP006789) (54) et la séquence du plasmide pEC_L8 fermé en utilisant la version BWA-MEM (48) 0.7.5a-R405 avec les paramètres par défaut de lit associé. Alignements ont été analysées à l'aide de l'outil IGV (49, 50). L'emplacement de l'élément conservé CTXM-15 ( ISEcp1-Bla CTX-M-15 orf477) a ensuite été déduit sur la base des alignements de séquences. Attention a été portée aux limites de l'élément, étant donné que toutes les paires inexplorées ou incorrectement mis en correspondance ou des paires avec des insertions ou des suppressions fourni des indices sur l'emplacement génomique et réarrangements possibles. duplications putatifs ont été notées si la profondeur de 8 ® mbio.asm.org Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 on February 22, 2020 by guest quantité relative de homoplasie dans un cladogram, évaluée par le niveau de dif fi culté fi allèles REMERCIEMENTS http://mbio.asm.org/ /lookup/suppl/doi:10.1128/mBio.00377-13/-/DCSupplemental . Figure S1, fi chier PDF, 0,1 MB. Analyse phylogénétique. Les arbres phylogénétiques ont été produits en utilisant la méthode du Clonale extension de céphalosporine résistant E. coli Clinique, La Jolla, CA), Ari Robicsek (NorthShore UniversityHealthSystem, Evanston, IL), Platell J, D Trott, Zhanel G, Weissman SJ, Cookson BT, Fang FC, Limaye A, Daniel Sahm (fi Euro ns-Medinet, Chantilly, VA), Patricia Stogsdill (Maine Medical Center, Scholes D, S Chattopadhyay, Hooper DC, Sokurenko EV. Portland, ME, et Tufts University School of Medicine, Boston , MA), Carl Urban (NY 2013. émergence brutale d'une seule souche multi-résistante aux médicaments dominante de Escherichia Hospital Queens, Flushing, État de New York et NY University School of Medicine, New York, NY), Karen Vigil (Université du Texas Health Sciences Centre à Houston, Houston, coli. J. Infect. Dis. 207: 191-928. 16. Cullen IM, Manecksha RP, McCullagh E, S Ahmad, O'Kelly F, Flynn RJ, McDermott T, Murphy P, R Grainger, JP Fennell, Thornhill JA. TX), J. Scott Weissman ( Institut de recherche pour enfants de Seattle, Seattle, WA), et 2012. L'évolution de la structure de la résistance aux antimicrobiens à l'intérieur de 42033 George Zhanel (Université du Manitoba, Winnipeg, MB, Canada). Escherichia coli isolats provenant nosocomiale, infections communautaires et urologique patient spéci fi ques des voies urinaires, Dublin, 1999-2009. Int BJU. 109: 1198-1206. LES RÉFÉRENCES 1. Freitas AR, Novais C, Ruiz-Garbajosa P, Coque TM, Peixe L. 2009. expansion clonale dans Escherichia coli aux États-Unis: le temps de repenser le traitement empirique en cas de suspicion E. coli infections? Clin. Infecter. Dis. 56: 649-651. 18. Johnson JR, Menard ME, Lauderdale TL, Kosmidis C, Gordon D, génétiques Enterococcus faecalis P collignon, Maslow JN, Andrasevic' AT, Kuskowski MA, Initiative Trans-Global pour la du Portugal. J. Antimicrob. Chemother. 63: 1104-1111. résistance aux antimicrobiens Les enquêteurs analyse. 2011. associations mondiales de distribution et épidémiologiques de Escherichia coli 2. Samuelsen O, Toleman MA, Sundsfjord A, J Rydberg, Leegaard TM, clonal groupe A, 1998-2007. Emerg. Infecter. Dis. 17: 2001-2009. Walder M, Lia A, Ranheim TE, Rajendra Y, Hermansen NO, Walsh TR, Giske CG. 2010. L'épidémiologie moléculaire des métallo-bêta-lactamaseproducing Pseudomonas aeruginosa isolats19. Lu PL, Liu YC, Toh HS, Lee YL, Liu YM, Ho CM, Huang CC, Liu CE, de spectacles Norvège et la Suède importation de clones internationaux et l'expansion clonale Ko WC, Wang JH, Tang HJ, Yu KW, Chen YS, Chuang YC, Xu Y, Ni locale. Antimicrob. Agents Chemother. 54: 346-352. Y, Chen YH, Hsueh PR. 2012. Épidémiologie et sensibilité aux antimicrobiens pro fi les de Gram négatif des bactéries provoquant des infections des voies urinaires dans la région Asie-fi Paci: 3. Shu JC, Chia JH, Kuo AJ, Su LH, Wu TL. 2010. Une surveillance 7 ans pour les producteurs de BLSE Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae dans un hôpital universitaire à Taiwan: l'augmentation de CTX-M-15 dans 2009-2010 résultats de l'étude Tendances forMonitoring la résistance aux antimicrobiens (SMART). Int. J. Antimicrob. Agents 40 ( Suppl): S37-S43. 20. Christiansen N, Nielsen L, L Jakobsen, Stegger M, Hansen LH, 4. Coque TM, Novais A, Carattoli A, Poirel L, Pitout J, L Peixe, Baquero Frimodt-Møller N. 2011. mécanismes de résistance aux fluoroquinolones dans pathogènes des voies F, Canton R, P. Nordmann 2008. Diffusion de lien clonal urinaires Escherichia coli isolé au cours de l'augmentation rapide de la consommation de uoroquinolone fl Escherichia coli souches exprimant la bêta-lactamase à spectre étendu CTX-M-15. Emerg. dans un pays à faible utilisation. Microb. Drug Resist. Infecter. Dis. 14: 195-200. 5. Nicolas-Chanoine MH, Blanco J., Le fl en Guibout V, R Demarty, Alonso 17: 395-406. 21. Johnson JR, Johnston B, C Clabots, Kuskowski MA, Pendyala S, De- MP, MM CANICA, Parc YJ, Lavigne JP, Pitout J, Johnson JR. 2008. émergence broy C, B Nowicki, Riz J. 2010. Escherichia coli Type de séquence ST131 comme fl Intercontinental de Escherichia coli clone O25: H4-ST131 produisant CTX-M-15. J. uropathogen de uoroquinolone résistant émergente chez les receveurs de greffe rénale. Antimicrob. Chemother. 61: 273-281. 6. Johnson JR, Johnston B, C Clabots, Kuskowski MA, M. Castanheira Antimicrob. Agents Chemother. 54: 546-550. 22. Johnson TJ, Logue CM, Johnson JR, Kuskowski MA, Sherwood JS, Barnes HJ, Debroy C, Wannemuehler YM, Obata-Yasuoka M, Spanjaard L, Nolan LK. 2012. Les associations entre la résistance multidrogue, le contenu plasmide, et le potentiel de 51: 286-294. virulence chez les pathogènes et commensales extraintestinal Escherichia coli de l'homme et de la volaille. Pathog d'origine alimentaire. Dis. 9: 37-46. O25b-ST131: une pandémie, multirésistantes, souche associée communautaire. J. Antimicrob. Chemother. 66: 1-14. 8. Assimacopoulos A, B Johnston, Clabots C, Johnson JR. 2012. infection biopsie 23. Longhi C, Conte MP, Marazzato M, Iebba V, V Totino, Santangelo F, Gallinelli C, Pallecchi L, Riccobono E, Schippa S, Comanducci A. 2012. fl déterminants de la Postprostate avec Escherichia coli ST131 conduisant à orchiépididymite et la méningite résistance de uoroquinolone à médiation par plasmide dans Escherichia coli de la communauté sans causées par des bacilles à Gram négatif. J. Clin. Microbiol. 50: 4157-4159. complication infection des voies urinaires dans une zone de forte prévalence de la résistance aux quinolones. EUR. J. Clin. Microbiol. Infecter. Dis. 31: 1917-1921. 9. Bert F, Johnson JR, Ouattara B, Le fl sur Guibout V, Johnston B, Marcon E, Valla D, R Moreau, Nicolas-Chanoine MH. 2010. diversité génétique et la virulence pro fi les de Escherichia coli isolats provoquant une péritonite bactérienne spontanée et bactériémie chez les patients atteints de cirrhose. J. Clin. Microbiol. 48: 2709-2714. 24. Pitout JD. 2012. pathogène extra-intestinales Escherichia coli: une combinaison tion de la virulence avec la résistance aux antibiotiques. De face. Microbiol. 3: 9. 25. Tiruvury H, Johnson JR, Mariano N, Grenner L, R Colon urbaine, Erritouni M, Wehbeh W, Segal-Maurer S, Rahal JJ, Johnston B, Urban dix. Vigil KJ, Johnson JR, Johnston BD, Kontoyiannis DP, Mulanovich VE, Raad II, Dupont HL, Adachi JA. 2010. Escherichia coli pyomyosite: une maladie infectieuse émergente chez les patients atteints de tumeurs malignes hématologiques. Clin. Infecter. Dis. 50: 374-380. C. 2012. Identi fi cation des bêta-lactamases CTX-M parmi Escherichia coli de la communauté à New York. Diagn. Microbiol. Infecter. Dis. 72: 248-252. 26. van der Donk CF, van de Bovenkamp JH, De Brauwer EI, De Mol P, 11. Courpon-Claudinon A, Lefort A, X Panhard, Clermont O, Q Dornic, Feldhoff KH, Kalka-Moll WM, Nys S, Thoelen I, Trienekens TA, Stobberingh EE. 2012. La Fantin B, Mentré F, M Wolff, Denamur E, C Branger, COLIBAFI Group. 2011. bactériémie résistance aux antimicrobiens et la diffusion de médicaments multirésistante Escherichia coli isolats provoquée par cephalosporinresistant troisième génération Escherichia coli en France: collectés services d'urologie fromnine dans l'Euregio Meuse-Rhin. PLoS One sept: e47707. est ce prévalence, épidémiologie moléculaire et les caractéristiques cliniques. Clin. Microbiol. Infecter. 17: que je : 10.1371 / journal.pone.0047707 . 557-565. 12. Karfunkel D, Carmeli Y, Chmelnitsky I, Kotlovsky T, Navon-Venezia S. 2013. L'émergence et la diffusion de producteurs de CTX-M Escherichia coli type de séquence 27. Wang H, Dzink-Fox JL, Chen M, Levy SB. 2001. La caractérisation génétique de très fl uoroquinolone résistant clinique Escherichia coli les souches de la Chine: le rôle de ACRR mutations. 131 provoquant une bactériémie apparition communauté en Israël. EUR. J. Clin. Microbiol. Antimicrob. Agents Chemother. 45: Infecter. Dis. 32: 513-521. 1515-1521. NDM-1 Escherichia coli isolats appartenant au ST131 clone avec succès et virulent. 28. Cantón R, Coque TM. 2006. La pandémie bêta-lactamase CTX-M. Curr. Opin. Microbiol. 9: 466-475. Antimicrob. Agents Chemother. 55: 2986-2988. 29. Doi Y, Parc YS, Rivera JI, Adams-Haduch JM, Hingwe A, Sordillo EM, 13. Peirano G, Schreckenberger PC, Pitout JD. 2011. Caractéristiques des producteurs de 14. Vincent C, Boerlin P, D Daignault, Dozois CM, Dutil L, Galanakis C, Lewis JS, II, Howard WJ, Johnson LE, Polsky B, Jorgensen JH, Richter SS, Shutt KA, Reid-Smith RJ, Tellier PP, PA Tellis, Ziebell K, Manges AR. 2010. réservoir alimentaire pour Escherichia Paterson DL. 2012. bêta-lactamase-production de extendedspectrum associée coli causant des infections des voies urinaires. Emerg. Infecter. Dis. 16: 88-95. communautaire, Escherichia coli l'infection aux Etats-Unis. Clin. Infecter. Dis. 56: 641-648. 15. Johnson JR, Tchesnokova V, Johnston B, C Clabots, PL Roberts, Billig M, K Riddell, Rogers P, Qin X, Butler-Wu S, le prix LB, Aziz M, Nicolas-Chanoine MH, Debroy C, Robicsek A, Hansen G, Urban C, Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 30. Peirano G, Pitout JD. 2010. L'épidémiologie moléculaire des Escherichia coli la production de bêta-lactamases CTX-M: l'émergence de partout dans le monde du clone ST131 (O25: H4). Int. J. Antimicrob. Agents 35: 316-321. ® mbio.asm.org 9 on February 22, 2020 by guest 2010. Escherichia coli Type de séquence ST131 comme la principale cause de graves multirésistants E. coli infections dans les États-Unis. Clin. Infecter. Dis. sept. Rogers BA, Sidjabat HE, Paterson DL. 2011. Escherichia coli http://mbio.asm.org/ l'unité de soins intensifs. Epidemiol. Infecter. 138: 253-263. Downloaded from le complexe clonal 2 et la diffusion des plasmides vancomycine entre les différentes lignées 17. Foxman B. 2012. lactamase à spectre étendu (ESBL) produisant Price et al. 2011. transmission communautaire aux États-Unis d'un type de séquence 31. Peirano G, D Richardson, Nigrin J, McGeer A, V Loo, Toye B, Alfa M, Pienaar C, Kibsey P, Pitout JD. 2010. prévalence élevée d'isolats ST131 produisant CTX-M-15producing ST131 souche Escherichia coli entraînant la mort. CTX-M-15 et CTX-M-14 à spectre étendu entre-bêtalactamase productrices Escherichia coli isolats du Canada. Antimicrob. Agents Chemother. 54: 1327-1330. J. Clin. Microbiol. 49: 3406-3408. 44. Hao W, Allen VG, Jamieson FB, Low DE, Alexander DC. 2012. phylogénétique congruence dans E. coli O104: comprendre les relations évolutives des agents pathogènes émergents face à 32. Cantón R, Novais A, Valverde A, E Machado, Peixe L, F Baquero, la recombinaison homologue. PLoS One sept: e33971. est ce que je: 10.1371 / TM Coque. 2008. La prévalence et la propagation du spectre étendu bétalactamase-entérobactéries productrices en Europe. Clin. Microbiol. Infecter. 14 ( Suppl journal.pone.0033971 . 45. Weissman SJ, Johnson JR, Tchesnokova V, Billig M, Dykhuizen D, Riddell K, P Rogers, Qin X, Butler-Wu S, Cookson BT, Fang FC, Scholes D, S 1): 144-153. Chattopadhyay, Sokurenko E. 2012. haute résolution twolocus frappe clonale des 33. Canton R, Gonzalez-Alba JM, Galan JC. 2012. enzymes CTX-M: origine et diffusion. De pathogènes extraintestinal Escherichia coli. Appl. Environ. Microbiol. 78: 1353-1360. face. Microbiol. 3: 110. 34. Dimude JU, Amyes SG. 2013. diversité moléculaire associé à la diffusion du gène CTX-M-15 bêta-lactamase dans les isolats de culture de sang de Escherichia coli d'Edimbourg. 46. Johnson JR, Nicolas-Chanoine MH, Debroy C, M Castanheira, Robicsek A, Hansen G, Weissman S, Urban C, Platell J, D Trott, Zhanel G, Clabots C, Johnston BD, Kuskowski MA, Master enquêteurs. 2012. Comparaison des Escherichia coli ST131 pulsotypes, par des traits épidémiologiques, 1967-2009. Emerg. Infecter. Dis. 18: 598-607. SI, Kim YS, Ki HK, Son JS, Kwon KT, Heo ST, Yeom JS, Shin SY, Chung DR, Peck KR, Song JH, Ko KS. 2010. Diffusion des ST131 et ST393 apparition communautaire, Cipro fl oxacine résistant Escherichia coli clones causant des infections des voies urinaires en Corée. J. 47. Johnson JR, Urban C, Weissman SJ, Jorgensen JH, Lewis JS, II, Hansen G, Edelstein PH, Robicsek A, T Cleary, Adachi J, D Paterson, Quinn J, Hanson ND, Infect. 60: 146-153. 36. Clark G, Paszkiewicz K, J Hale, Weston V, Constantinidou C, Penn C, Johnston BD, Clabots C, Kuskowski MA, les enquêteurs AMERECUS. 2012. analyse Achtman M, McNally A. 2012. Analyse génomique découvre une phénotypiquement diversifiée mais épidémiologique moléculaire de Escherichia coli génétiquement homogène Escherichia coli clone ST131 circulant dans les infections des voies Type de séquence ST131 (O25: H4), et bla CTX-M-15 entre-lactamase-production extendedspectrum-bêta E. coli des États-Unis, 2000-2009. Antimicrob. Agents Chemother. 56: 2364-2370. urinaires non apparentées. J. Antimicrob. Chemother. 67: 868-877. 48. Li H, R. Durbin 2009. courte alignement de lecture rapide et précise avec Burrows-Wheeler plasmides codant pour bêta-lactamases à large spectre et leurs systèmes de lutte contre la toxicomanie circulant entre Escherichia coli transformer. Bio-informatique 25: 1754-1760. 49. Robinson JT, Thorvaldsdottir H, Winckler W, M Guttman, Lander ES, Getz G, Mesirov JP. viewer 2011. génomique intégrative. Nat. Biotechnol. isolats cliniques au Royaume-Uni. J. Antimicrob. Chemother. 67: 878-885. 29: 24-26. 38. Grude N, Strand L, Mykland H, Nowrouzian FL, Nyhus J, Jenkins A, Kristiansen BE. 2008. résistant à la fluoroquinolone uropathogènes Escherichia coli en Norvège: 50. Thorvaldsdottir H, JT Robinson, Mesirov JP. 2013. viewer génomique intégrative (IGV): la des signes de propagation clonale. Clin. Microbiol. Infecter. visualisation des données en génomique de haute performance et de l'exploration. Bref. Bioinform. 14: 178-192. 14: 498-500. 39. Novais A, J Pires, Ferreira H, Costa L, Monténégro C, Vuotto C, 51. Chevreux B, T Wetter, Suhai S. 1999. Ensemble séquence du génome en utilisant des signaux de Donelli G, TM Coque, Peixe L. 2012. Caractérisation de la diffusion à l'échelle mondiale trace et une information de séquence supplémentaire, p 45-56. Informatique et biologie: Actes de Escherichia coli isole ST131 (1991-2010). Antimicrob. Agents Chemother. 56: 3973-3976. la Conférence allemande sur Bioinformatique (GCB). coli AA86, isolé à partir d'excréments de vache. J. Bacteriol. 193: 3681. 41. Pearson T, Okinaka RT, Foster JT, Keim P. 2009. compréhension phylogénétique des populations clonales dans une ère de séquençage du génome entier. Infecter. Genet. Evol. 9: 1010-1019. 52. Darling AE, Mau B, Perna NT. 2010. progressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement. PLoS One 5: e11147. doi: 10.1371/journal.pone.0011147 . 53. Zerbino DR, Birney E. 2008. Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Res. 18: 821–829. 42. Avasthi TS, Kumar N, R Baddam, Hussain A, Nandanwar N, S Jadhav, Ahmed N. 2011. Génome de uropathogènes multirésistante Escherichia coli la souche Keim P, Sokurenko EV, Johnson JR, Price LB. Complete genome of the epidemic and NA114 de l'Inde. J. Bacteriol. 193: 4272-4273. highly virulent CTX-M-15-producing H30-Rx subclone of Escherichia coli ST131. Genome 43. Owens RC, Jr, Johnson JR, Stogsdill P, Yarmus L, Lolans K, J. Quinn 10 54. Andersen PS, Stegger M, Aziz M, Contente-Cuomo T, Gibbons HS, ® mbio.asm.org Announc., in press. November/December 2013 Volume 4 Issue 6 e00377-13 on February 22, 2020 by guest 40. Yi H, Cho YJ, Hur HG, Chun J. 2011. séquence du génome de escherichia http://mbio.asm.org/ 37. Doumith M, Dhanji H, Ellington MJ, Hawkey P, Woodford N. 2012. Caractérisation des Downloaded from Scand. J. Infect. Dis. 45: 32-37. 35. Lee MY, Choi HJ, Choi JY, Song M, Song Y, Kim SW, Chang HH, Jung
