Etude de banques de données chimiques indexées par structure. Cambridge Structural Database CSD Informations contenues dans la CSD Logiciels d'interrogation de la base CSD Procédure de recherche Programme d’analyse: Mercury Exemple : recherche + visualisation Autres Logiciels de visualisation Exemples : recherche + analyse Historique Cambridge Crystallographic Data Centre CCDC: crée en 1965 par le Dr Olga Kennard du Department of Organic, Inorganic and Theoretical Chemistry of the University of Cambridge (UK Research Councils) Compilation de structures organiques et organo-métalliques Mission: Création de la Cambridge Structural Database Conception de nouveaux produits scientifiques (logiciels) Diffusion de ces produits à l’échelle internationale Financement de la Recherche Scientifique Recherche fondamentale et Applications industrielles 350000 composés analysés par Rayons-X et /ou neutrons Logiciels d'interrogation de la base CSD ConQuest nouvelle interface pour la CSD Mercury Mogul VISTA visualisation de structures visualisation et statistiques analyses statistiques Rpluto visualisation de structures et graphiques DBUse base de publications IsoStar base d’interactions intermoléculaires DASH Diffraction sur poudre Inist web site : http://www.inist.fr Distribution + Utilisation Online CCDC web site : http://www.ccdc.cam.ac.uk • The Cambridge Structural Database, Version 5.27, 2005/2006 • Version 5 CSD System Software (ConQuest, Mercury, Vista and Mogul) pour UNIX • ConQuest 1.8 pour UNIX & Windows (95/98/Me/2000/NT 4.x ) • ConQuest 1.8 pour Silicon Graphics IRIX, Sun Solaris, IBM AIX 4.3, Linux Chemical Database Service http://cds.dl.ac.uk/ Cristallographie Chimie Organique Spectroscopie Chimie-Physique Logiciels Liens Types de fichiers à sauvegarder Formats utilisés fréquemment Format CIF: Crystallographic Information File data_chapm _chemical_formula_sum 'C22 H27 Cl O10' loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, -y, z+1/2' '-x, y+1/2, -z+1/2' 'x+1/2, -y+1/2, -z' _cell_length_a _cell_length_b _cell_length_c _cell_angle_alpha _cell_angle_beta _cell_angle_gamma _cell_volume 10.8814(4) 11.7790(4) 19.0447(8) 90.00 90.00 90.00 2441.00(16) loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy _atom_site_symmetry_multiplicity _atom_site_calc_flag _atom_site_refinement_flags Cl1 O7 O6 O2 O5 O4 C17 H17 Cl O O O O O C H 0.7638(2) 0.3347(2) 0.8123(3) -0.1396(3) 1.0272(4) -0.3566(3) 0.6954(3) 0.0461(3) 0.8902(5) -0.2155(3) 0.7249(4) -0.2741(3) 0.9024(5) -0.2275(4) 0.9838 -0.1927 Coordonnées fractionnaires 0.83277(14) 0.1348(11) Uani 1 1 d . . . 0.67267(16) 0.0491(9) Uani 1 1 d . . . 0.82461(18) 0.0607(10) Uani 1 1 d . . . 0.62964(19) 0.0570(10) Uani 1 1 d . . . 0.8104(2) 0.0785(14) Uani 1 1 d . . . 0.5512(2) 0.0677(12) Uani 1 1 d . . . 0.6846(3) 0.0514(13) Uani 1 1 d . . . 0.6894 0.062 Uiso 1 1 calc . . . Crystallographic Information File (CIF) est un format de fichier texte standard pour échanger des informations sur la structure des cristaux On y retrouve donc principalement les informations suivantes : Formule chimique (brute et/ou structurale). Paramètres de la maille les longueurs et les angles de liaison entre les atomes Visualisation 3D de chaque structure Mercury Visualisation et Manipulation de structures à 3D Localisation et affichage des liaisons hydrogènes Mesures géométriques : Distances Angles Plans moyens Exemple 1 1- Recherche dans la CSD ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, distance: Y-X définir plan moyen des 4 atomes N
